首先，制备 10 mL 2X AlkB 反应缓冲液，并通过 0.2 μm 针式过滤器进行灭菌。在无菌 PCR 管中，加入 20 μL 接头 1 连接 RNA、50 μL 2X AlkB 反应缓冲液、2 μL AlkB 去甲基化酶、1 μL RNA 抑制剂和 27 μL 游离 RNA 的水，以制备 AlkB 消化反应。将 AlkB 消化混合物在室温下孵育 2 小时，以去除 RNA 中的转录后甲基化。
对于清洁相分离，在 AlkB 反应中加入 50 μL 不含 RNA 的水。然后，加入 100 微升苯酚、氯仿和异戊醇混合物。摇晃试管 10 秒钟。
将 AlkB 混合物以 16， 000G 离心 10 分钟。将大约 140 μL 的顶部含水层的 RNA 转移到无菌的 1.5 mL试管中。要去除残留的苯酚，向提取的 RNA 中加入 100 微升氯仿并摇动试管。
将混合物以 16， 000G 离心 10 分钟，然后将大约 120 微升的顶部水层转移到 1.5 毫升无菌管中。逆转录反应后，向 RNA cDNA 杂交体中加入 1 微升 5 摩尔氢氧化钠。在 93 摄氏度下孵育 3 分钟，以水解 RNA cDNA 杂交体的 RNA 链。
然后，加入 0.77 微升 5 摩尔盐酸以中和反应。在 TAE 缓冲液中制备 3% 琼脂糖凝胶。将 1 μL 6X 上样染料混合到 5 μL PCR 产物中，然后将混合物上样到凝胶中。
在第一个样品之前和最后一个样品之后的孔中，将 5 μL 50 或 100 碱基对 DNA 分子量标准加载到孔中。在 120 V 和 400 mA 的电压下运行凝胶电泳 75 分钟，以定位 PCR 产物。电泳后，将凝胶放入盒子中，并用去离子水填充，直到凝胶完全浸没。
将 10 微升溴化乙锭加入水中。用铝箔纸包裹盒子，在摇摇杯上染色 30 分钟。将含溴化乙锭的水倒入放置在通风橱中的废液瓶中。
用去离子水冲洗凝胶一次，然后将水倒入废液瓶中。用去离子水洗涤凝胶 10 分钟后，使用凝胶成像仪观察条带并获取凝胶的高分辨率图像。
