用于 MOFA 分析的数据的准备、预处理和协调

首先将所有多组学输入数据集添加到输入数据文件夹中。在这里，它们包含来自稳定、慢性和急性冠脉综合征患者的数据。要预处理数据，请单击文件夹符号，然后双击mofa_workflow脚本和配置以访问配置文件夹。

双击数据配置 CSV 文件以将其打开。在 value 列中，输入 input data 和 results 文件夹的路径。在 configuration name-value 列中，指定要添加为所有已保存文件的文件扩展名的名称。

要保存更改，请选择 文件 和 保存 CSV 文件 从顶部的菜单中。然后，使用左侧的导航菜单，单击 scripts 以转到 scripts 文件夹。双击 00_Configuration_Update。

ipynb 打开初始化笔记本。要运行脚本，请单击顶部的 Restart Kernel and Run All Cells 按钮，然后单击弹出窗口中的 Restart。要导航到 configurations 文件夹，请双击 configurations。

然后双击 01_Pre_Processing_SC_Data。csv 打开文件。验证自动填充的值，选择 文件 和 保存 CSV 文件 从顶部的菜单中保存更改。

然后使用左侧的导航菜单并单击 scripts 导航到 scripts 文件夹。双击 01_Prepare_Pseudobulk。ipynb 打开笔记本。

要运行脚本，请单击顶部的 Restart Kernel and Run All Cells 按钮，然后单击弹出窗口中的 Restart。要导航到 figures 文件夹，请先双击 figures，然后双击 01_figures。打开新生成的绘图，FIG01_Amount_of_Cells overview。

然后检查该图以识别每个样品中细胞数量非常少的细胞类型簇。记下这些集群 ID 的名称，以便在后续步骤中将其排除。要导航回配置文件夹，请单击点并双击 configurations。

然后打开文件 02_Pre_Processing_Configuration_SC.csv。添加在上一步中标识为排除的所有群集 ID，在 cell_type_exclusion 列中用逗号分隔。要保存更改，请选择 文件 和 保存 CSV 文件 从顶部的菜单中。

现在打开文件02_Pre_Processing_Configuration。CSV，并调整数据输入文件夹中包含和存储的每个数据集的预处理配置。根据需要调整列中的参数，具体取决于应应用的预处理步骤。

通过选择 File （文件） 和 Save CSV File （保存 CSV 文件） 来保存更改。要导航到 scripts 文件夹，请单击 scripts。打开笔记本 02_Integrate_and_Normalize_Data_Sources.ipynb。

点击 重启内核并运行所有单元 顶部的按钮，然后单击 重新启动 在弹出窗口中。接下来，导航到生成的 02_results 文件夹。单击文件夹符号，然后双击结果并02_results。

验证它是否包含文件 02_Combined_Data、配置名称、包含组合预处理数据输入文件的 INTEGRATED CSV。