CUT&RUN 测序数据的介绍性分析和验证

我们的研究探讨了重复 DNA 元件在癌症发生和进展中的作用。我们询问这些因素是否直接参与癌症发生的机制，如果是，我们是否可以使用这些信息来改善患者的预后。已经开发了许多下一代测序技术和分析流程来捕获表观遗传因子的特征和变化，例如转录或翻译后染色质变化以及染色质特异性定位的结合以及 DNA 或 RNA 序列的结合，这些序列被防御蛋白以大细胞和单细胞分辨率捕获。

用于推进我们领域研究的技术是那些可以绘制染色质上修饰组蛋白或转录因子的基因组位置的技术。就我们的目的而言，这个技术伞中最相关的技术是一种称为 CUT&RUN 的技术。许多公开可用的 CUT&RUN 分析管道对于想要了解分析流程并为他们的项目开发自己的分析管道的生物信息学初学者来说相对复杂。

但是我们的 CUT&RUN 分析管道是用单一程序语言逐步开发的，更容易理解流程，也更容易修改以获得出版质量的数据并建立生物信息学的经验。我们主要关注寻找有关慢性双链 RNA 表达如何影响癌症发展中的仿生学逃避和免疫治疗率，以及 TP53 蛋白如何调节慢性双链 RNA 表达和仿生学逃避的答案。最后，我们想了解如何通过了解和靶向慢性双链 RNA 表达和仿生逃避过程来治愈免疫治疗耐药性癌症。