首先，通过在终端中键入命令从 GitHub 下载压缩的分析管道。下载后，输入命令解压 zip 文件。解压缩完成后，删除 zip 文件并更改解压缩后的文件夹名称。
然后，为工作目录中的所有 shell 脚本设置可执行权限。从可用选项中，找到相应的安装 shell 脚本。查找名为 Script_01_Installation.sh 的脚本。
打开终端并键入 echo SHELL 以检查活动终端中使用的默认 shell。如果 bash 不是默认 shell，请在终端中键入 chsh s 进行设置。在终端中键入 fast queue download 脚本，或将脚本文件拖到终端中，然后按 Enter。
运行脚本后，检查日志文件中是否有错误消息。现在，在终端中输入 trimming 脚本并执行它。接下来，在终端中键入 bowtie2 索引创建脚本并执行它。
最后，运行 bowtie2 映射脚本并按 Enter。在终端中键入 bam 筛选和排序脚本并执行它。接下来，通过在终端中键入适当的命令并按 Enter 键，将 bam 转换为 BEDPE、BED 和 bedGraph 格式。
使用 SRPMC 方法执行归一化，然后运行插入片段大小分析脚本。在终端中使用 MACS 命令执行峰值呼叫。然后，使用 SEACR 键入峰值呼叫命令，然后按 Enter。
使用终端中的相应命令创建峰 BED 文件，然后筛选峰。接下来，输入用于合并 MACS 峰的命令。在终端中键入命令以合并 SEACR 峰。
生成相关图，并在终端中运行命令进行主成分分析。然后，使用适当的命令创建一个维恩图，比较不同的方法。输入命令以生成用于仿行的维恩图。
最后，生成聚焦峰中心热图。然后，生成整个峰中心热图。
