一种用于临床病例报告的元数据抽取方法, 以实现对生物医学概念的深入了解

此方法通过提供疾病症状、诊断和治疗程序以及临床病例报告中的患者结果的结构化视图来帮助回答有关疾病和病理的问题。该技术的主要优点是，它可以应用于生物医学文献中的任何患者群体。使对罕见或新出现的情况的流行病学研究更加可实现。

此方法使后续文本分析工作流更加直观和易于实现。通过使文本数据机具有丰富的元数据可读，我们可以将临床案例报告建立为可查找、可访问、可互操作、可重用或公平的数据资源。此方法的中心是用于提取所选临床病例报告中包含的所有临床信息的元数据模板。

按照如图所示的工作流程，可以组装临床病例报告库。提高临床病例报告中医疗内容的查找能力、可访问性、互操作性和可再可用性。在每个字段中包括上下文详细信息，而不是仅从受控词汇中提供术语。

省略常见的重复单词和短语。在注释模板中，提供文档中标识的特定术语，通常在其标题中作为与分号分隔的关键术语。提供人口统计值。

具体描述患者背景的任何文本陈述，包括性别和/或性别、年龄种族或国籍。提供临床叙述中提及的地理位置，但特定机构地址以外的位置。提供生活方式价值观，包括描述患者频繁活动或与一般健康相关的行为的任何文本声明。

在实践中，这通常涉及吸烟或饮酒习惯，但也可能包括阳光照射，饮食或特定类型的身体活动的频率。提供病史值，指家族史，包括描述临床观察和兄弟姐妹、父母和其他家庭成员经历的事件的任何文本陈述。以及遗传条件和负面观察。

提供参考社会历史的价值观，包括描述人口或生活方式部分未涵盖的患者背景的任何文本陈述。这些陈述可能包括职业历史和社会习惯。提供参考患者医疗和手术史的价值，包括描述临床陈述开始之前发生的医学观察、治疗或其他事件的任何文本声明。

根据国际疾病和相关健康问题统计分类中使用的疾病分类，指定以下16种疾病系统类别的一个或多个类别，如表所示，修订第10号修订本。提供所有体征和症状的详细信息，包括任何文本声明，描述从最初陈述时开始的任何体征或症状的医学观察，如所提供的症状的发病、持续时间、严重程度或解决方法。提供任何合并症的详细信息，包括描述初始临床演示时存在的不同疾病的任何术语或短语。

提供所有诊断技术和程序的详细信息，包括为诊断目的完成的医疗程序的名称。比如考试、考试和想象。以及进行测试的条件和相关解剖位置。

但不包括任何测试结果。提供诊断的详细信息。包括描述疾病诊断的任何文本声明。

即使最终诊断是模棱两可的。提供所有实验室值和测试结果。包括诊断测试的名称、值以及执行测试的条件。

使用数值和定性值是可以接受的。提供病理学的详细信息。包括描述病理学和组织学研究的所有结果的任何文本语句。

如毛病理学、免疫学或显微镜研究。某些术语可能与诊断技术和程序部分中使用的术语重叠。提供所有的药理疗法。

包括描述治疗过程中使用的药物治疗以及停止治疗的时和方式的任何文本声明。使用一般术语，如抗生素或特定药物名称。提供所有干预程序。

包括描述治疗过程中使用的治疗程序以及停止手术的时和方式以及任何侵入性程序的任何文本声明。植入医疗设备或程序完成，以促进其他疗法。提供患者结果。

包括报告中描述的临床陈述结束时描述患者健康状况的任何文本陈述。包括任何后续测试。然后，提供所有诊断图像、图形、视频或动画和表的计数。

以指示格式包括报告中包含的所有视觉媒体计数。要区分数字和图像，请将图像作为临床诊断的任何产品进行计数。包括照片、微图、心电图节律图像或其他诊断成像产品。

而数字应被视为所有其他图像。通常包括数据图和插图。在此表中，将显示两组已完成的临床病例报告元数据注释的示例。

第一个示例包括模拟数据，以说明每个值的理想格式。虽然第二个示例包含从实际发布的罕见病例报告中提取的值;杂技炎肠病。此方法便于使用人工和自动方法注释自由文本临床文档。

通过建立结构化元数据标准模板，确保 其中包含的信息既可访问又有用。此方法生成的元数据支持下游文本分析，如命名实体识别。使研究人员能够提取有关症状和症状、诊断技术和程序的信息，以及生物医学文献中代表的患者群体中的实验室值。