树枝状分支及其方向的自动识别

SOA是一种自动化工具，具有用户友好的界面，用于从复杂的2D线网络的图像中识别，分割和提取重要的形态信息。工作流程简单直观，数据立即轻松获取。此外，由于SOA具有适应性和灵活性，因此可以针对其他应用程序扩展其分析能力。

SOA可用于分析其他类型的2D网络，例如非神经细胞网络，细胞骨架生成的复杂结构以及非生物网络，如纳米管。打开网页，找到 SOA。zip 压缩文件夹，然后双击下载 zip 文件。

通过右键单击并选择解压缩文件来解压缩文件夹。观察在目标地址文本框中打开的选项窗口中的提取路径，该文本框显示提取文件的路径。接下来，打开提取的 SOA 文件，然后双击 SOA.exe。

等待黑色窗口打开，之后将出现应用程序。在 SOA 查看器上传菜单栏中，选择选择文件，然后从计算机文件中选择一个图像并单击它。点按"打开"，观察文件的路径，然后点按"下一步"。

对于边缘的分割优化，请通过选择阈值并输入数字来调整显示的阈值。在合并线中，通过选择要合并的最小距离并输入数字来调整要合并的显示的最小距离，以及通过选择要合并的最小角度并输入数字来调整要合并的显示的最小角度。然后，单击创建预览分割图像并更改参数以实现最大程度的分割识别。

如果需要更改属性，请单击关闭窗口按钮，然后在要合并的最小距离和角度内重新调整阈值。要创建输出文件，请按"确定"以可视化分析图中的分割图像。在出现的窗口中，选择保存 xlsx 文件的位置。

插入文件名，然后选择"保存"并等待创建并保存包含数据的 xlsx 文件。若要在以前定义的视图之间来回导航，请使用前进和后退按钮。按下缩放按钮激活平移和缩放，然后将鼠标移动到所需位置。

然后，通过按住鼠标左键并将其拖动到新位置来平移图形。松开鼠标按钮，图像中的选定点将显示在新位置。按住 X 或 Y 键以限制轴的运动。

要缩放，请按住鼠标右键并将其拖动到新位置。向右移动以放大 x 轴，向左移动以在 x 轴上缩小。在上下运动中对 y 轴执行相同的操作。

缩放时，请注意鼠标下方的点保持静止，以便可以放大或缩小该点。使用修饰键 X、Y 或 Control 将缩放比例分别限制为保留的 X、Y 或纵横比。要激活缩放至矩形模式，请单击缩放至矩形按钮。

将光标放在图像上，然后按鼠标左键。按住按钮将鼠标拖动到新位置以定义矩形区域。使用子情节配置工具配置子情节的外观。

要打开文件保存对话框，请单击保存按钮并以适当的格式保存文件。典型的SOA工作流程应用于用荧光抗MAP2抗体标记的树突状网络的代表性2D图像。SOA 的 GUI 允许将原始映像与分段映像进行比较，并提供对分割设置的任何更改的影响的实时监视。

树突分支分为生长平行和非平行。分析完成后，将提取测试范围内的并行分支数量并将其绘制在频率图中。为了了解树突分支之间平行生长的程度是随机的还是定向的，将该图的结果与从模拟中与培养物中树突分支的线的随机生长数量相同的线中提取的结果进行比较。

然后，SOA 测量平行分支之间的距离，以及平行和非平行树突分支的长度及其平均长度。为了确定是否存在优先生长方向，SOA显示树突状支流的生长角度的分布直方图，从而可以快速识别每组中的首选生长方向和特定的树突支。SOA 输出可用作执行更深入、更复杂分析的工具的数据库。