La SOA è uno strumento automatizzato che ha un'interfaccia user-friendly, per l'identificazione, la segmentazione e l'estrazione di importanti informazioni morfologiche da immagini di complesse reti di linee 2D. Il processo di lavoro è semplice e intuitivo e i dati si ottengono immediatamente e facilmente. Inoltre, poiché SOA è adattabile e flessibile, la sua capacità analitica può essere ampliata per altre applicazioni.
La SOA può essere utilizzata per l'analisi di altri tipi di reti 2D, come reti di cellule non neurali, strutture complesse generate dal citoscheletro e reti non biologiche, come i nanotubi. Apri la pagina web, trova la SOA. zip cartella compressa e scaricare il file zip facendo doppio clic.
Decomprimi la cartella facendo clic con il pulsante destro del mouse e selezionando estrai file. Osservare il percorso di estrazione nella finestra delle opzioni visualizzata nella casella di testo dell'indirizzo di destinazione che visualizza il percorso dei file estratti. Quindi, apri il file SOA estratto e fai doppio clic su SOA.exe.
Attendi che si apra una finestra nera, dopodiché apparirà l'applicazione. Nella barra dei menu di caricamento del visualizzatore SOA, selezionare Scegli file, quindi scegliere un'immagine dai file del computer e fare clic su di essa. Fare clic su Apri, osservare il percorso del file, quindi fare clic su Avanti.
Per l'ottimizzazione della segmentazione nei bordi, regolate la soglia per la visualizzazione selezionando la soglia e immettendo un numero. Nelle linee di unione, regolate la distanza minima da unire per la visualizzazione selezionando la distanza minima da unire e immettendo un numero e l'angolo minimo da unire per la visualizzazione selezionando l'angolo minimo da unire e immettendo un numero. Quindi, fai clic su Crea immagine di segmentazione di anteprima e modifica i parametri per ottenere la massima identificazione dei segmenti.
Se è necessario modificare le proprietà, fare clic sul pulsante Chiudi finestra e regolare nuovamente la soglia nella distanza minima e nell'angolo da unire. Per creare i file di output, premere OK per visualizzare le immagini di segmentazione nei grafici di analisi. Nella finestra che appare, selezionare una posizione in cui verrà salvato il file xlsx.
Inserisci un nome file, quindi scegli Salva e attendi che il file xlsx con i dati venga creato e salvato. Per spostarsi avanti e indietro tra le viste definite in precedenza, utilizzare i pulsanti Avanti e Indietro. Attivare la panoramica e lo zoom premendo il pulsante zoom, quindi spostare il mouse nella posizione desiderata.
Quindi, eseguire una panoramica della figura tenendo premuto il pulsante sinistro del mouse mentre la si trascina in una nuova posizione. Rilascia il pulsante del mouse e il punto selezionato nell'immagine apparirà nella nuova posizione. Tenete premuti i tasti X o Y per limitare il movimento degli assi.
Per ingrandire, tieni premuto il pulsante destro del mouse e trascinalo in una nuova posizione. Spostarsi a destra per ingrandire l'asse x e spostarsi a sinistra per ridurre lo zoom sull'asse x. Fate lo stesso per l'asse y nei movimenti su e giù.
Quando si esegue lo zoom, tenere presente che il punto sotto il mouse rimane fermo, rendendo possibile lo zoom avanti o indietro intorno a quel punto. Utilizzate i tasti modificatori X, Y o Ctrl per limitare lo zoom rispettivamente alla conservazione delle proporzioni X, Y o delle proporzioni. Per attivare la modalità zoom su rettangolo, fare clic sul pulsante Zoom a rettangolo.
Posizionare il cursore sull'immagine e premere il pulsante sinistro del mouse. Trascinare il mouse in una nuova posizione tenendo premuto il pulsante per definire un'area rettangolare. Utilizzare lo strumento di configurazione della sottotrama per configurare l'aspetto della sottotrama.
Per aprire una finestra di dialogo di salvataggio file, fare clic sul pulsante Salva e salvare il file nei formati appropriati. Un tipico flusso di lavoro SOA viene applicato a un'immagine 2D rappresentativa di una rete dendritica etichettata con un anticorpo fluorescente anti-MAP2. La GUI della SOA consente il confronto dell'immagine originale con l'immagine segmentata e fornisce il monitoraggio in tempo reale dell'effetto di eventuali modifiche alle impostazioni di segmentazione.
I rami dendritici sono classificati come in crescita parallela e non parallela. Una volta completata l'analisi, il numero di rami paralleli all'interno dell'intervallo testato viene estratto e tracciato in un grafico di frequenza. Per capire se l'estensione della crescita parallela tra i rami dendritici è casuale o diretta, i risultati di questo grafico vengono confrontati con quelli estratti dalla simulazione di crescita casuale di linee dello stesso numero di quelle dei rami dendritici nelle colture.
La SOA misura quindi le distanze tra i rami paralleli, nonché le lunghezze dei rami dendritici paralleli e non paralleli e le loro lunghezze medie. Per determinare se esistono direzioni di crescita preferenziali, la SOA visualizza un istogramma di distribuzione degli angoli di crescita dei rami dendritici, consentendo una rapida identificazione delle direzioni di crescita preferite e dei rami dendritici specifici in ciascun gruppo. L'output SOA può essere utilizzato come database per strumenti che eseguono analisi più approfondite e complesse.
