高压是改变蛋白质构象样品相对量的选择方法。它对于隔离和描述高能构象状态非常有用。与所有扰动方法(如 pH 值或温度)相比,压力扰动易于应用且完全可逆。
它也是局部扰动,主要影响玻璃腔或空量区域。首先,使用玻璃移液器将氮-15标签样品引入氧化锌管,并确保样品位于管底。为了防止样品与透水液混合,将样品与 200 微升矿物油覆盖,然后用透气液填充管子的其余部分。
将一次性 O 环放在氧化锌管顶部,将管子滑入底座。然后将管子连接到高压系绳线,然后用手将底座拧紧到细胞上。然后应用 14.7 牛顿米扭矩,以防止在较低压力下泄漏。
为了检查压力电池组件的完整性,使用电池支撑和密封容器对光谱仪外的管子加压至多 300 条。15 分钟后,将压力重置到一个栏,并使用干净的无绒毛擦拭检查泄漏情况。通过仔细引导系绳线,将未加压管插入光谱仪。
将管子滑入光谱仪,直到管子达到样品坐姿。锁定,闪烁,匹配和调整的钚和氮通道,并保存优化的 shims 为未来。使用异质单量子相干光谱设置横向放松优化光谱,并在大气条件下进行记录参考实验。
每 500 条记录一系列 2D 实验,从一个栏到 2.5 千巴。如果已知精确的折叠或展开速率,在每 500 条增量后,让样品均等化 15 到 20 分钟。当折叠或展开过渡的拐点到达时,记录额外的实验以提高拟合精度。
该协议用于探讨RRM2的压力依赖性,RRM2是第二个RNA识别主题异质核核核蛋白A1。横向放松优化光谱与异质单量子相干光谱收集在一个酒吧,1.5千巴,两千巴和2.5千巴。RRM2 几乎完全展开在 2.5 千巴范围内。根据此处显示的方程安装单个压力强度配置文件,以获得与展开反应相关的标准 Gibbs 自由能量和体积的相应变化。
在域结构上映射时,在域结构核心中发现了体积变化幅度最大的残留物,而体积变化幅度最小的残留物主要位于β链和β链与C终端氦的连接环中。为了探究折叠状态合奏的可压缩性和构象异质性,分析了蛋白化学移位。使用所示方程(提取特定地点的线性系数和非线性系数)来安装作为压力函数的蛋白化学移位的个别配置文件。
非线性系数最大的残留物大多位于域的结构核心中,而非线性系数最小的残留物大多位于连接不同结构主题的环中。正确设置管子作为压力设置非常重要,以防止泄漏。如果发生泄漏,探测器可能需要拆除,以清理矿物油的任何痕迹。