在仿真研究中使用复杂脂质混合物进行真实膜建模

细胞膜生物物理学正在迅速发展。常见的实验方法包括荧光显微镜、中子和X射线散射、质谱和原子力显微镜。计算方法包括语音模型和基于统计热力学的模型，这些模型帮助我们理解膜界面及其疏水核心内部发生的相互作用的原子或分子水平细节。

使用分子动力学模拟时，挑战包括对感兴趣的事件进行采样、设置模拟长度、确保结果收敛并再现物理值以及获得计算能力。对于膜界面处的瞬时事件尤其如此，例如外周蛋白与其的相互作用或脂质和蛋白质的聚集，这些都需要在确认中发生较大的变化。该协议提供了一个初学者友好的分步指南，以开始运行复杂脂质膜的分子动力学模拟。

有许多软件替代品可以进行这些模拟，有些软件包有教程或手册。我们希望我们的方案为实际的膜建模提供一个简明的基础，并提供有关影响结果质量和这些类型建模研究的考虑因素的提示。该协议使我们能够捕获膜脂质与其他生物分子之间的相互作用，这些相互作用是使用纯脂质或二元脂质混合物未观察到的。

膜表面的许多相互作用取决于膜本身脂质的多样性。我们的模型证明了掺入适当的脂质种类以准确探索膜内的生物分子功能的重要性。