세포막 생물물리학은 빠르게 성장하고 있습니다. 일반적인 실험 접근 방식에는 형광 현미경, 중성자 및 X선 산란, 질량 분광법 및 원자력 현미경이 포함됩니다. 계산적 접근 방식에는 음운 모델과 막 계면과 소수성 코어 내부에서 발생하는 상호 작용의 원자 또는 분자 수준 세부 사항을 이해하는 데 도움이 되는 통계적 열역학을 기반으로 하는 모델이 포함됩니다.
분자 역학 시뮬레이션을 사용할 때 과제에는 관심 있는 이벤트 샘플링, 시뮬레이션 길이 설정, 결과가 물리적 값을 수렴 및 재현하는지 확인, 계산 능력에 액세스하는 것이 포함됩니다. 이러한 문제는 말초 단백질과 멤브레인 계면의 상호 작용 또는 확인에 큰 변화가 필요한 지질 및 단백질의 응집과 같은 일시적인 사건에 특히 해당됩니다. 이 프로토콜은 복잡한 지질막의 분자 역학 시뮬레이션을 실행하기 위한 초보자 친화적인 단계별 가이드를 제공합니다.
이러한 시뮬레이션을 수행하기 위한 많은 소프트웨어 대안이 있으며 일부 패키지에는 자습서 또는 설명서가 있습니다. 우리의 프로토콜이 현실적인 멤브레인 모델링에 대한 간결한 기초와 결과의 품질 및 이러한 유형의 모델링 연구에 영향을 미치는 고려 사항에 대한 팁을 제공하기를 바랍니다. 이 프로토콜을 통해 순수 또는 이원 지질 혼합물을 사용하여 관찰되지 않은 막 지질과 다른 생체 분자 간의 상호 작용을 포착할 수 있었습니다.
막 표면에서의 많은 상호 작용은 막 자체에 있는 지질의 다양성에 따라 달라집니다. 당사의 모델은 멤브레인 내에서 생체 분자 기능을 정확하게 탐색하기 위해 적절한 지질 종을 통합하는 것의 중요성을 보여줍니다.
