我们要感谢为编写本文运临实验室的BAC阵列队，特别是三轮铃木和布赖恩志的成员。这项工作是支持由来自加拿大研究所的资金卫生研究院，加拿大基因组/基因组不列颠哥伦比亚省和美国国立卫生研究院/ NIDCR授予RO1 DE15965 - 01。

探针标记 注：限制接触CYE染料在任何时候都光（这可以通过在黑暗的领域工作，或屏蔽如铝箔盖管） <ol><li>结合： （安装1个反应管样品，以供参考和1个反应管） <ul><li> DNA（25-400纳克） </li><li> 5μL5X缓冲随机引物（终浓度：5X Promega公司的Klenow缓冲和7微克/μL，随机八聚体） </li><li>稀释到17.0μL，用蒸馏水H 2 O的总体积</li></ul></li><li>煮沸10分钟，在100 ° C。立即转移到1分钟的冰。 </li><li>加入4μL10X dNTP混合液（2MM的dATP，dGTP，dTTP的，1.2mm的dCTP）。 </li><li>新增CyeDyes： <ul><li> CY - 3标记的dCTP 2μL（2 nmoles）样品DNA </li><li> CY - 5标记的dCTP 2μL（2 nmoles）参考DNA（例如，Novagen公司人类基因组DNA） </li></ul></li><li>添加2.5μL的Klenow（9 U /μL，Promega公司）和混合。 </li><li>在37 ° C孵育过夜*（〜18小时）。 *杂交过夜时间可以调整14至24小时之间，无不良影响贴标过程，以适应实验室时间表。 </li></ol>样本数据库 （探头的清理和准备杂交组合） <ol><li>使用一个单片机YM - 30柱： <ul><li>添加100μLCOT - 1 DNA（1μg/μL）列。请勿触摸膜与枪头。 </li><li>游泳池的反应（参考样本），并添加到列。 </li><li>将列在提供管和旋转10分钟，在13000克。 </li><li>加入200微升蒸馏水2 0膜和重复旋转洗。 </li><li>丢弃管，添加45μL杂交液：（罗氏辛易） </li></ul>可选：添加5μL剪切鲱鱼精子DNA（10μg/μL单位，Promega公司） <ul><li>反转单片机，在一个新的标记管的地方，并在3000克3分钟旋转。 </li></ul></li></ol>的法团的计算<ol><li>卸下1.5μL和使用NanoDrop分光光度计测量荧光法团。使用您的杂交缓冲液作为空白（辛轻松）按照屏幕上的指示。 （您可以从底座中恢复过来的样品，测量后，如果必要的。） （ 注：低于3.0 pmol /μL在任一通道的法团有不同的结果。 ） </li><li>变性在85 ° C 10分钟。 </li><li>将探头放置在45 ° C 30分钟至1小时（允许COT - 1 DNA退火。） </li></ol>阵列杂交<ol><li>广场44μL到盖玻片探头解决方案（22毫米× 60毫米）（尔科技）。如果可以，盖玻片放在幻灯片温暖或热块预热至45 ° C，保持温度。 </li><li>对齐滑动盖玻片和探头解决方案，低的一个幻灯片的边缘，使杂交液接触。继续降低，直到盖玻片表面张力的幻灯片。反向滑动。 </li><li>放置到杂交带（Telechem）的幻灯片，预热至45 ° C，并添加10μL的水，在低槽（控制杂交过程中的湿度）。 </li><li>密封的纸盒和孵育36 - 40小时在45 ° C。 </li></ol>阵列洗涤 注：所有的清洗解决方案，在pH 7.0 从杂交盒去除幻灯片是至关重要的。辛轻松快速晶体在室温下。幻灯片，应立即浸入和盖玻片，在洗涤液中删除。 <ol><li>加入约60毫升0.1XSSC，0.1％SDS（pH值7.0，45℃）洗一个Coplin JAR的解决方案之前，开放的杂交室。 </li><li>开放室，添加幻灯片洗涤液，取出盖玻片（应滑出）。 </li><li>洗净幻灯片0.1XSSC 3倍+ 0.1％SDS在45℃，各1分钟与躁动。 </li><li>冲洗幻灯片新鲜0.1XSSC的3倍*。应无残留的气泡从SDS洗可见。 *幻灯片可以保持在最后的洗涤液，直到准备离心机和扫描（〜15分钟）。 </li><li>离心3分钟，在700克50毫升猎鹰管的幻灯片。 </li><li>立即扫描幻灯片（信号强度会随着时间的推移减弱。） </li></ol>

<ol>
	<li>Lockwood, W. W., Chari, R., Chi, B., Lam, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recent+advances+in+array+comparative+genomic+hybridization+technologies+and+their+applications+in+human+genetics.">Recent advances in array comparative genomic hybridization technologies and their applications in human genetics.</a> European Journal of Human Genetics. 14, 139-1x`48 (2006).</li><li>Ishkanian, A. S., Malloff, C. A., Watson, S. K., deLeeuw, R. J., Chi, B., Coe, B. P., Snijders, A., Albertson, D. G., Pinkel, D., Marra, M. A., Ling, V., MacAulay, C., Lam, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+tiling+resolution+DNA+microarray+with+complete+coverage+of+the+human+genome.">A tiling resolution DNA microarray with complete coverage of the human genome.</a> Nature Genetics. 36, 299-303 (2004).</li><li>Watson, S. K., DeLeeuw, R. J., Ishkanian, A. S., Malloff, C. A., Lam, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Methods+for+high+throughput+validation+of+amplified+fragment+pools+of+BAC+DNA+for+constructing+high+resolution+CGH+arrays.">Methods for high throughput validation of amplified fragment pools of BAC DNA for constructing high resolution CGH arrays.</a> BMC Genomics. 5, 6 (2004).</li><li>Watson, S. K., DeLeeuw, R. J., Horsman, D. E., Squire, J. A., Lam, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cytogenetically+balanced+translocations+are+associated+with+focal+copy+number+alterations.">Cytogenetically balanced translocations are associated with focal copy number alterations.</a> Human Genetics. 120, 795-805 (2007).</li><li>Chi, B., DeLeeuw, R. J., Coe, B. P., MacAulay, C., Lam, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SeeGH+--+a+software+tool+for+visualization+of+whole+genome+array+comparative+genomic+hybridization+data.">SeeGH -- a software tool for visualization of whole genome array comparative genomic hybridization data.</a> BMC Bioinformatics. 5, 13 (2004).</li><li>Chi, B., DeLeeuw, R. J., Coe, B. P., Ng, R. T., MacAulay, C., Lam, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MD-SeeGH:+a+platform+for+integrative+analysis+of+multi-dimensional+genomic+data.">MD-SeeGH: a platform for integrative analysis of multi-dimensional genomic data.</a> BMC Bioinformatics. 9, 243 (2008).</li><li>Coe, B. P., Ylstra, B., Carvalho, B., Meijer, G. A., Macaulay, C., Lam, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Resolving+the+resolution+of+array+CGH.">Resolving the resolution of array CGH.</a> Genomics. 89, 647-653 (2007).</li><li>Garnis, C., Coe, B. P., Lam, S. L., MacAulay, C., Lam, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+array+CGH+increases+heterogeneity+tolerance+in+the+analysis+of+clinical+samples.">High-resolution array CGH increases heterogeneity tolerance in the analysis of clinical samples.</a> Genomics. 85, 790-793 (2005).</li></ol>

质量差的DNA，将不会提供一个良好的杂交个人资料。它是必不可少的，以确保样品和参照DNA污染物，如苯酚，RNA，盐等可能与干预的随机总理标签步骤之前开始杂交实验。例如再悬浮的DNA在Tris - EDTA代替水（TE）是不建议高盐浓度能抑制标记反应。我们建议使用Nanodrop分光光度计测量DNA的数量以及吸光度曲线的整体形状和260/280，二百三十分之二百六十零比例化验DNA的质量。 洗衣机：从杂交盒中删除的幻灯片?...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>5X Klenow Buffer</td>
<td>Reagent</td>
<td>Promega</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Random Octamers </td>
<td>Reagent</td>
<td>Alpha DNA</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>10X dNTP mix</td>
<td>Reagent</td>
<td>Promega</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>2mM dATP, dGTP, dTTP, 1.2mM dCTP</td>
</tr>
<tr>
<td>Cy-3 labeled dCTP</td>
<td>Reagent</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Cy-5 labeled dCTP</td>
<td>Reagent</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Human Genomic DNA Reference</td>
<td>Reagent</td>
<td>Novagen</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Example of a possible reference</td>
</tr>
<tr>
<td>Klenow</td>
<td>Reagent</td>
<td>Promega</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>YM-30 Column</td>
<td>Reagent</td>
<td>Millipore</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Cot-1 DNA</td>
<td>Reagent</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>DIG Easy</td>
<td>Reagent</td>
<td>Roche</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Sheared Herring Sperm DNA</td>
<td>Reagent</td>
<td>Promega</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Coverslip</td>
<td>Reagent</td>
<td>Fisher Scientific</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>22mm x 60mm</td>
</tr>
<tr>
<td>Hybridization Cassette</td>
<td>Tool</td>
<td>Telechem</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

technical demonstration of whole genome array comparative genomic hybridization

阵列比较基因组杂交（阵列CGH）技术是一种检测DNA片段或基因的基因组中的1剂量的收益和损失的方法。这项技术的最新进展，使高分辨率的整个基因组的遗传变异在癌症和其他遗传性疾病 2鉴定比较。小组Megabase分辨率平铺设置阵列（SMRT）阵列是由一组细菌人工染色体（BAC），跨越2〜100个碱基对的人类基因组（KB）段的克隆约三万重叠。这些BAC的目标是独立的合成和发现重复单一载玻片 2-4 。阵列比较基因组杂交的基础上有竞争力的杂交的原则。样品和参照DNA差异与菁- 3标记和荧光染料菁- 5，和合作的阵列杂交。潜伏期后，未​​结合的样品从幻灯片冲洗成像阵列。 SeeGH（www.flintbox.ca）免费提供的自定义软件包是用来处理大量的数据收集 - 一个单一的实验产生53892个数据点。 SeeGH可视化之间在每个BAC目标的2样品与5,6染色体的位置，这是垂直对齐的log2信号强度的比值。 SMRT的阵列，可以检测高达50 KB的大小 7小的改动。 SMRT的阵列，可以检测多种，包括DNA的收益，损失，扩增和纯合性缺失的DNA重组事件。 SMRT的阵列的一个独特优势是，可以使用从福尔马林固定石蜡包埋样品中分离DNA。当与非放大的DNA（25 - 100ng）的低投入的要求相结合 ，这使得如7,8显微切割生产的珍贵样品的分析。这要归功于大尺寸每个BAC杂交的目标，让约束力，以生产足够的标记的样品进行检测的信号。这个平台的另一个优势是组织异质性的耐受性，减少繁琐的组织显微切割8的需要。此视频的协议是一个标签输入DNA，通过对整个基因组的瓦片路径SMRT的阵列信号收购一步一步的教程。

Watch this Scientific Journal Video about Technical Demonstration of Whole Genome Array Comparative Genomic Hybridization at JoVE.com

Technical Demonstration of Whole Genome Array Comparative Genomic Hybridization

这个视频是一个全基因组平铺路径阵列比较基因组杂交，扫描整个人类基因组只用25-100纳克的DNA，可以从多种来源，包括档案福尔马林固定材料隔离​​技术示范的杂交协议。

全基因组阵列比较基因组杂交技术示范

Array comparative genomic hybridization (array CGH) is a method for detecting gains and losses of DNA segments or gene dosage in the genome 1.  Recent ...

technical-demonstration-whole-genome-array-comparative-genomic

Research

JoVE Journal

Biology

12.6K 次观看.  BC Cancer Research Centre. *The slides can remain in the 