Using SCOPE to Identify Potential Regulatory Motifs in Coregulated Genes

SCOPE is an ensemble motif finder that uses three component algorithms in parallel to identify potential regulatory motifs by over-representation and ...

Dartmouth College

&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x65E2;&#x5B58;&#x306E;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x306F;&#x5341;&#x5206;&#x306B;&#x5171;&#x767A;&#x73FE;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x30B5;&#x30D6;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x533A;&#x5225;&#x3057;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x306B;&#x9996;&#x5C3E;&#x4E00;&#x8CAB;&#x3057;&#x305F;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x7684;&#x306B;&#x610F;&#x5473;&#x306E;&#x3042;&#x308B;&#x30B5;&#x30D6;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x3092;&#x751F;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x5F0F;&#x3068;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3092;&#x7D71;&#x5408;&#x3059;&#x308B;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x8003;&#x6848;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x540C;&#x69D8;&#x306E;&#x5185;&#x5BB9;&#x3068;&#x30C7;&#x30A3;&#x30B9;&#x30C8;&#x30EA;&#x30D3;&#x30E5;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066;&#x5177;&#x4F53;&#x7684;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x304C;&#x5171;&#x767A;&#x73FE;&#x3059;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x4E0A;&#x6D41;&#x9818;&#x57DF;&#x306E;&#x7D71;&#x8A08;&#x7684;&#x306B;&#x6709;&#x610F;&#x306A;&#x914D;&#x5217;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

&#x4E0A;&#x6D41;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x89E3;&#x6790;&#x3068;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x60C5;&#x5831;&#x3092;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x3001;&#x5171;&#x767A;&#x73FE;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x5185;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x95A2;&#x4FC2;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;

&#x73B0;&#x6709;&#x7684;&#x805A;&#x7C7B;&#x57FA;&#x56E0;&#x82AF;&#x7247;&#x6570;&#x636E;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x6CA1;&#x6709;&#x5145;&#x5206;&#x533A;&#x5206;&#x7684;&#x591A;&#x53D1;&#x6027;&#x9AA8;&#x9AD3;&#x7624;&#x57FA;&#x56E0;&#x5B50;&#x96C6;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5236;&#x8BA2;&#x4E86;&#x96C6;&#x6210;&#x8868;&#x8FBE;&#x548C;&#x5E8F;&#x5217;&#x6570;&#x636E;&#x4EE5;&#x751F;&#x6210;&#x529F;&#x80FD;&#x534F;&#x8C03;&#x4E00;&#x81F4;&#x7684;&#x65B0;&#x65B9;&#x6CD5;&#x548C;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x6709;&#x610F;&#x4E49;&#x5C0F;&#x7C7B;&#x3002;&#x5177;&#x4F53;&#x6765;&#x8BF4;&#xFF0C;&#x529E;&#x6CD5;&#x96C6;&#x7FA4;&#x591A;&#x53D1;&#x6027;&#x9AA8;&#x9AD3;&#x7624;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x5185;&#x5BB9;&#x548C;&#x9884;&#x6D4B;&#x5177;&#x6709;&#x7EDF;&#x8BA1;&#x610F;&#x4E49;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x56FE;&#x6848;&#xFF0C;&#x5176;&#x4E0A;&#x6E38;&#x5730;&#x533A;&#x5206;&#x5E03;&#x7684;&#x57FA;&#x7840;&#x4E0A;&#x3002;

&#x901A;&#x8FC7;&#x7ED3;&#x5408;&#x4E0A;&#x6E38;&#x89C4;&#x7BA1;&#x6BCD;&#x9898;&#x5206;&#x6790;&#x548C;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x4FE1;&#x606F;&#x6807;&#x8BC6;&#x5185;&#x7684;&#x591A;&#x53D1;&#x6027;&#x9AA8;&#x9AD3;&#x7624;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x529F;&#x80FD;&#x7684;&#x5173;&#x7CFB;&#x3002;

Existing clustering approaches for microarray data do not adequately differentiate between subsets of co-expressed genes. We devised a novel approach that integrates expression and sequence data in order to generate functionally coherent and biologically meaningful subclusters of genes. Specifically, the approach clusters co-expressed genes on the basis of similar content and distributions of predicted statistically significant sequence motifs in their upstream regions.

Identifying functional relationships within sets of co-expressed genes by combining upstream regulatory motif analysis and gene expression information.

Des approches de clustering existantes pour les donn&#xE9;es de biopuces ne sont pas suffisamment la distinction entre sous-ensembles de g&#xE8;nes co-exprim&#xE9;es. Nous avons &#xE9;labor&#xE9; une nouvelle approche qui int&#xE8;gre les donn&#xE9;es d&#x26;#39;expression et la s&#xE9;quence afin de g&#xE9;n&#xE9;rer des sous-groupes fonctionnellement coh&#xE9;rentes et biologiquement significative des g&#xE8;nes. G&#xE8;nes sp&#xE9;cifiquement, les grappes approche co-exprim&#xE9;es sur la base d&#x26;#39;un m&#xEA;me contenu et les distributions de la valeur pr&#xE9;dite motifs de s&#xE9;quence statistiquement significatives dans leurs r&#xE9;gions en amont.

Identifier les relations fonctionnelles au sein d&#x26;#39;ensembles de Co sur les g&#xE8;nes en combinant l&#x26;#39;analyse en amont Motif de la r&#xE9;glementation et de l&#x26;#39;information expression des g&#xE8;nes

Vorhandenen Clusterbildung Ans&auml;tze f&uuml;r Microarray Daten angemessen unterscheiden nicht zwischen Teilmengen von co-expressed Genen. Wir entwickelten ein neuartiger Ansatz, der Ausdruck und Sequenzdaten integriert um funktionell koh&auml;rent zu generieren, und biologisch sinnvolle Subclusters Gene. Insbesondere Cluster der Ansatz co-expressed Gene auf der Grundlage &auml;hnlicher Inhalt und Verteilungen der vorhergesagten statistisch signifikante Sequenz Motive in ihren vorgelagerten Regionen.

Identifizieren funktionelle Beziehungen innerhalb der S&auml;tze von co-expressed Gene, durch die Kombination von upstream regulatorischen Motiv-Analyse und Gen-Ausdruck-Informationen.

Attuali approcci per i dati di microarray di clustering non adeguatamente distinguere tra sottoinsiemi di geni espressi. Abbiamo ideato un nuovo approccio che integra i dati di sequenza e di espressione al fine di generare funzionalmente coerente e subclusters biologicamente significativa dei geni. In particolare, l&#39;approccio dei cluster di geni espressi sulla base delle distribuzioni del predetto motivi di sequenza statisticamente significativi nelle loro regioni di a monte e contenuti simili.

Identificando rapporti funzionali all&#39;interno di gruppi di geni espressi combinando informazioni sull&#39;espressione genica e analisi a Monte motivo normativo.

Microarray &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC811;&#xADFC;&#xC744; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130;&#xB9C1; &#xAE30;&#xC874; &#xAD6C;&#xBD84; &#xD558;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xC801;&#xC808; &#xD558; &#xAC8C; co-expressed &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xD558;&#xC704; &#xC9D1;&#xD569;. &#xC0DD;&#xC131;&#xD560; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC77C;&#xAD00; &#xB41C; &#xD45C;&#xD604;&#xACFC; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xB97C; &#xD1B5;&#xD569; &#xD558;&#xB294; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xC811;&#xADFC; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC744; &#xD558; &#xACE0; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC758;&#xBBF8; &#xC788;&#xB294; subclusters &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xACE0;&#xC548;. &#xD2B9;&#xD788;, &#xC811;&#xADFC; &#xBE44;&#xC2B7;&#xD55C; &#xCF58;&#xD150;&#xCE20; &#xBC0F; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xC5C5;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xB9BC; &#xC601;&#xC5ED;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC608;&#xCE21; &#xB41C; &#xD1B5;&#xACC4;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xD504;&#xC758; &#xBC30;&#xD3EC;&#xD310;&#xC744; &#xAE30;&#xC900;&#xC73C;&#xB85C; co-expressed &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130;.

&#xC5C5;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xB9BC; &#xADDC;&#xC81C; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xD504; &#xBD84;&#xC11D; &#xBC0F; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC2DD; &#xC815;&#xBCF4;&#xB97C; &#xACB0;&#xD569; &#xD558; &#xC5EC; co-expressed &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC9D1;&#xD569; &#xB0B4;&#xC758; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC801; &#xAD00;&#xACC4;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4;.

&#x764C;&#x80DA;&#x662F;&#x80DA;&#x80CE;&#x53D1;&#x80B2;&#x4EE5;&#x53CA;&#x80BF;&#x7624;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5206;&#x5316;&#x7684;&#x4E00;&#x4E2A;&#x6A21;&#x578B;&#x3002;&#x5168;&#x53CD;&#x5F0F;&#x7EF4;&#x7532;&#x9178; (RA) &#x7684;&#x54CD;&#x5E94;&#xFF0C;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x80DA;&#x80CE;&#x764C; (EC) &#x7EC6;&#x80DE;&#x7CFB;&#xFF0C;NT2/D1&#x3001; &#x533A;&#x5206;&#x5BF9;&#x795E;&#x7ECF;&#x5143;&#x7684;&#x6CBF;&#x88AD;&#x4E0E;&#x7EC6;&#x80DE;&#x751F;&#x957F;&#x548C;&#x81F4;&#x7624;&#x6027;&#x5E26;&#x6765;&#x7684;&#x635F;&#x5931;&#x3002;&#x901A;&#x8FC7;&#x57FA;&#x4E8E; cDNA &#x82AF;&#x7247;&#x4F7F;&#x7528;&#x6211;&#x4EEC;&#x5BFB;&#x6C42;&#x5728; NT2/D1 &#x7EC6;&#x80DE;&#x5206;&#x5316;&#x627F;&#x8BFA;&#x671F;&#x95F4;&#x786E;&#x5B9A; RA &#x7684;&#x65E9;&#x671F;&#x4E0B;&#x6E38;&#x76EE;&#x6807;&#x3002;57 &#x57FA;&#x56E0;&#x5171;&#x8BF1;&#x5BFC;&#x548C; 37 &#x57FA;&#x56E0;&#x9547;&#x538B;&#x8F89;&#x714C;&#x5730;&#x53D1;&#x82BD;&#x3002;RA &#x8C03;&#x8282;&#x57FA;&#x56E0;&#x88AB;&#x9650;&#x5236;&#x5728; 8 h 27 &#x57FA;&#x56E0;&#x8BF1;&#x5BFC;&#x4E0E;&#x4E94;&#x538B;&#x6291;&#x3002;RA &#x54CD;&#x5E94;&#x6210;&#x7EE9;&#x5355;&#x603B;&#x6570;&#x589E;&#x52A0; 24 &#x548C; 48 h&#xFF0C;&#x66F4;&#x5BF9;&#x79F0;&#x53CA;&#x5176;&#x6A21;&#x5F0F;&#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x5F0F;&#x3002;&#x5BF9;&#x4E8E;&#x4E00;&#x4E2A;&#x7ED9;&#x5B9A;&#x7684;&#x65F6;&#x95F4;&#x70B9;&#x98CE;&#x6E7F;&#x89C4;&#x7BA1; 9128 &#x6269;&#x589E;&#x8868;&#x8FBE;&#x9635;&#x5217;&#x4E0A;&#x7684;&#x4E0D;&#x8DB3; 1 %&#x8FD9;&#x4E9B;&#x57FA;&#x56E0;&#x4EA7;&#x7269;&#x8BB8;&#x591A;&#x5173;&#x8054;&#x4E0E;&#x53D1;&#x5C55;&#x9014;&#x5F84;&#xFF0C;&#x5176;&#x4E2D;&#x5305;&#x62EC; TGF-&beta; (&#x5DE6;&#x6487;&#x5B50; A&#x3001; &#x771F;&#x6027;&#x3001; &#x4E24;&#x79CD;&#x5375;&#x6CE1;&#xFF09;&#x3001; &#x540C;&#x6027;&#x57DF; &#xFF08;HoxD1&#x3001; Meis2&#x3001; Meis1&#x3001; Gbx2)&#x3001; &#x80F0;&#x5C9B;&#x7D20;&#x6837;&#x751F;&#x957F;&#x56E0;&#x5B50; (IGFBP3&#x3001; IGFBP6&#x3001; &#x7ED3;&#x7F14;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x751F;&#x957F;&#x56E0;&#x5B50;)&#x3001; &#x51F9;&#x69FD; (&#x8E81;&#x72C2;&#x8FB9;&#x7F18;&#xFF0C;ADAM11)&#xFF0C;&#x523A;&#x732C; (&#x4FEE;&#x8865;) &#x548C; (Frat2&#xFF0C;&#x5206;&#x6CCC;&#x70EB;&#x76F8;&#x5173;&#x86CB;&#x767D; 1) Wnt &#x4FE1;&#x53F7;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#x57FA;&#x56E0;&#x8BF1;&#x5BFC; RA &#x5728; 24-48 h &#x5927;&#x5361;&#x5E26;&#x672A;&#x5173;&#x8054;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7C98;&#x9644;&#xFF0C;&#x9AA8;&#x67B6;&#x548C;&#x57FA;&#x8D28;&#x91CD;&#x5851;&#x3001; &#x751F;&#x957F;&#x6291;&#x5236;&#x548C;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5185;&#x4FE1;&#x53F7;&#x8F6C;&#x5BFC;&#x53F6;&#x6805;&#x3002;&#x88AB;&#x538B;&#x6291;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x5927;&#x90E8;&#x5206;&#x4E0E;&#x86CB;&#x767D;/RNA &#x52A0;&#x5DE5;&#x3001; &#x8425;&#x4E1A;&#x989D;&#x6216;&#x4EE3;&#x8C22;&#x76F8;&#x5173;&#x8054;&#x3002;&#x786E;&#x5B9A;&#x7684;&#x65E9;&#x671F;&#x8BF1;&#x5BFC;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x53EF;&#x80FD;&#x5728; RA &#x4ECB;&#x5BFC;&#x751F;&#x957F;&#x6291;&#x5236;&#x548C;&#x7EC8;&#x7AEF;&#x5206;&#x5316;&#x4E2D;&#x53D1;&#x6325;&#x7BA1;&#x7406;&#x7684;&#x4F5C;&#x7528;&#x548C;&#x53EF;&#x80FD;&#x6709;&#x751F;&#x7406;&#x6216;&#x836F;&#x7406;&#x671F;&#x95F4;&#x6B63;&#x5E38;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x53D1;&#x5C55;&#x548C;&#x7EF4;&#x7532;&#x9178;&#x4E3A;&#x57FA;&#x7840;&#x7684;&#x764C;&#x75C7;&#x6CBB;&#x7597;&#x6216;&#x9884;&#x9632;&#x7684;&#x91CD;&#x8981;&#x6027;&#x3002;

&#x53D1;&#x80B2;&#x6709;&#x5173;&#x5019;&#x9009;&#x4EBA;&#x7EF4;&#x7532;&#x9178;&#x9178;&#x9776;&#x57FA;&#x56E0;&#x8C03;&#x8282;&#x65E9;&#x5728;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x80DA;&#x80CE;&#x764C;&#x5206;&#x5316;&#x4E3A;&#x795E;&#x7ECF;&#x5143;&#x3002;

Embryonal carcinoma is a model of embryonic development as well as tumor cell differentiation. In response to all-trans retinoic acid (RA), the human embryonal carcinoma (EC) cell line, NT2/D1, differentiates toward a neuronal lineage with associated loss of cell growth and tumorigenicity. Through the use of cDNA-based microarrays we sought to identify the early downstream targets of RA during differentiation commitment of NT2/D1 cells. A total of 57 genes were induced and 37 genes repressed by RA. RA regulated genes were restricted at 8 h with 27 genes induced and five repressed. The total number of RA-responsive transcripts increased at 24 and 48 h and their pattern of expression was more symmetrical. For a given time point less than 1% of the 9128 cDNAs on the expression array were regulated by RA. Many of these gene products are associated with developmental pathways including those of TGF-beta (Lefty A, NMA, follistatin), homeo domain (HoxD1, Meis2, Meis1, Gbx2), IGF (IGFBP3, IGFBP6, CTGF), Notch (manic fringe, ADAM11), Hedgehog (patched) and Wnt (Frat2, secreted frizzled-related protein 1) signaling. In addition a large cassette of genes induced by RA at 24-48 h are associated with cell adhesion, cytoskeletal and matrix remodeling, growth suppression and intracellular signaling cascades. The majority of repressed genes are associated with protein/RNA processing, turnover or metabolism. The early induced genes identified may play a regulatory role in RA-mediated growth suppression and terminal differentiation and may have physiologic or pharmacologic importance during normal human development and retinoid-based cancer therapy or prevention.

Developmentally-related candidate retinoic acid target genes regulated early during neuronal differentiation of human embryonal carcinoma.

Carcinome embryonnaire est un mod&#xE8;le du d&#xE9;veloppement embryonnaire ainsi que la diff&#xE9;renciation des cellules tumorales. En r&#xE9;ponse &#xE0; acide tout-trans r&#xE9;tino&#xEF;que (RA), le carcinome embryonnaire humaine (CE) lign&#xE9;e cellulaire, NT2/D1, diff&#xE9;rencie vers une lign&#xE9;e neuronale associ&#xE9;e &#xE0; la perte de la croissance cellulaire et la tumorig&#xE9;nicit&#xE9;. Gr&#xE2;ce &#xE0; l&#x26;#39;utilisation de l&#x26;#39;ADNc &#xE0; base de puces &#xE0; ADN, nous avons cherch&#xE9; &#xE0; identifier les cibles premi&#xE8;res en aval de la PR au cours l&#x26;#39;engagement diff&#xE9;renciation des cellules NT2/D1. Un total de 57 g&#xE8;nes ont &#xE9;t&#xE9; induits et 37 g&#xE8;nes r&#xE9;prim&#xE9;s par la polyarthrite rhumato&#xEF;de. RA g&#xE8;nes r&#xE9;gul&#xE9;s ont &#xE9;t&#xE9; limit&#xE9;s &#xE0; 8 h avec 27 g&#xE8;nes induits et cinq refoul&#xE9;s. Le nombre total de RA-sensibles transcriptions augment&#xE9; &#xE0; 24 et 48 h et de leur profil d&#x26;#39;expression &#xE9;tait plus sym&#xE9;trique. Pour un instant donn&#xE9; moins de 1% des 9128 ADNc sur le tableau d&#x26;#39;expression ont &#xE9;t&#xE9; r&#xE9;glement&#xE9;es par la polyarthrite rhumato&#xEF;de. Beaucoup de ces produits g&#xE9;niques sont associ&#xE9;s &#xE0; des voies de d&#xE9;veloppement, y compris ceux de TGF-b&#xEA;ta (Lefty A, NMA, follistatine), hom&#xE9;o domaine (HoxD1, Meis2, Meis1, Gbx2), l&#x26;#39;IGF (IGFBP3, IGFBP6, CTGF), Notch (frange maniaque , ADAM11), H&#xE9;risson (patch&#xE9;e) et Wnt (Frat2, s&#xE9;cr&#xE9;t&#xE9;e frizzled-related protein 1) de signalisation. En outre, une grande cassette des g&#xE8;nes induite par RA &#xE0; 24-48 h sont associ&#xE9;s &#xE0; l&#x26;#39;adh&#xE9;sion cellulaire, le remodelage du cytosquelette et la matrice, la suppression de croissance et de cascades de signalisation intracellulaire. La majorit&#xE9; des g&#xE8;nes r&#xE9;prim&#xE9;s sont associ&#xE9;s &#xE0; la prot&#xE9;ine / ARN, le chiffre d&#x26;#39;affaires ou le m&#xE9;tabolisme. Les g&#xE8;nes pr&#xE9;coces induits identifi&#xE9;s peuvent jouer un r&#xF4;le r&#xE9;gulateur dans la suppression de croissance RA-m&#xE9;diation et de la diff&#xE9;renciation terminale et peuvent avoir une importance physiologique ou pharmacologique au cours du d&#xE9;veloppement humain normal et le traitement du cancer &#xE0; base de r&#xE9;tino&#xEF;des ou &#xE0; la pr&#xE9;vention.

D&#xE9;veloppemental li&#xE9;s g&#xE8;nes candidats r&#xE9;tino&#xEF;que cibles r&#xE9;gul&#xE9;s pr&#xE9;coce cours de la diff&#xE9;renciation neuronale du carcinome embryonnaire humain

Entwicklungsspezifisch verwandten Kandidat Retins&#xE4;ure Zielgene fr&#xFC;h w&#xE4;hrend der neuronalen Differenzierung von humanen embryonalen Karzinom geregelt.

Carcinoma embrionale &egrave; un modello di sviluppo embrionale, cos&igrave; come la differenziazione delle cellule tumorali. In risposta all&#39;acido all-trans retinoico (RA), il carcinoma embrionale umano (CE) cell line, NT2/D1, differenzia verso un lignaggio neuronale con associata perdita della crescita cellulare e tumorigenicity. Attraverso l&#39;utilizzo di base di cDNA Microarray abbiamo cercato di identificare i primi bersagli a valle di RA durante l&#39;impegno di differenziazione delle cellule NT2/D1. Un totale di 57 geni sono stati indotti e 37 geni repressi da RA RA regolato geni erano limitati a 8 h 27 geni indotti e cinque represso. Il numero totale delle trascrizioni RA-reattivo aumentato a 24 e 48 h e loro pattern di espressione era pi&ugrave; simmetrica. Per un punto dato periodo di tempo inferiore all&#39;1% dei 9128 cDNAs alla matrice di espressione erano regolati da RA Molti di questi prodotti del gene sono associate a percorsi dello sviluppo, compresi quelli di TGF-beta (Lefty A, NMA, follistatin), omeo dominio (HoxD1, Meis2, Meis1, Gbx2), IGF (IGFBP3, IGFBP6, CTGF), tacca (frangia maniaca, ADAM11), riccio (patchata) e Wnt (Frat2, secrete frizzled-related protein 1) segnalazione. Inoltre una grande cassetta di geni indotti da RA a 24-48 h sono associati con l&#39;adesione delle cellule, del citoscheletro e matrice rimodellamento, soppressione della crescita e cascate di segnalazione intracellulare. La maggior parte dei geni repressi &egrave; associata con elaborazione di proteine/RNA, fatturato o metabolismo. Il precoce indotti geni identificati possono giocare un ruolo normativo nella differenziazione di soppressione e terminale di crescita RA-mediata e possono avere importanza fisiologica o farmacologica durante il normale sviluppo umano e la terapia del cancro a base di retinoidi o la prevenzione.

Candidato evolutivamente correlati retinoic acid geni dell&#39;obiettivo regolamentati all&#39;inizio durante la differenziazione neuronale di carcinoma embrionale umano.

&#x80CE;&#x5150;&#x6027;&#x764C;&#x306F;&#x3001;&#x80DA;&#x767A;&#x751F;&#x3060;&#x3051;&#x3067;&#x306A;&#x304F;&#x3001;&#x816B;&#x760D;&#x7D30;&#x80DE;&#x5206;&#x5316;&#x306E;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x5168;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30EC;&#x30C1;&#x30CE;&#x30A4;&#x30F3;&#x9178;&#xFF08;RA&#xFF09;&#x3001;&#x30D2;&#x30C8;&#x80CE;&#x5150;&#x6027;&#x764C;&#xFF08;EC&#xFF09;&#x7D30;&#x80DE;&#x682A;&#x3001;NT2/D1&#x306B;&#x5FDC;&#x7B54;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x7D30;&#x80DE;&#x5897;&#x6B96;&#x3068;&#x816B;&#x760D;&#x5F62;&#x6210;&#x306E;&#x95A2;&#x9023;&#x640D;&#x5931;&#x304C;&#x795E;&#x7D4C;&#x7CFB;&#x7D71;&#x306B;&#x5411;&#x304B;&#x3063;&#x3066;&#x533A;&#x5225;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002; cDNA&#x3092;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x306E;&#x4F7F;&#x7528;&#x3092;&#x901A;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x306F;NT2/D1&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x5206;&#x5316;&#x306E;&#x30B3;&#x30DF;&#x30C3;&#x30C8;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x9593;&#x306B;RA&#x306E;&#x65E9;&#x671F;&#x4E0B;&#x6D41;&#x6A19;&#x7684;&#x3092;&#x7279;&#x5B9A;&#x3057;&#x3088;&#x3046;&#x3068;&#x3057;&#x305F;&#x3002; 57&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x7DCF;&#x6570;&#x306F;&#x3001;&#x8A98;&#x5C0E;&#x3055;&#x308C;&#x3001;37&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x304C;RA&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x6291;&#x5727;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002; RA&#x898F;&#x5236;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306F;&#x3001;27&#x8A98;&#x5C0E;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3068;5&#x6291;&#x5727;&#x3092;8&#x6642;&#x9593;&#x3067;&#x5236;&#x9650;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002; RA-&#x5FDC;&#x7B54;&#x6027;&#x8EE2;&#x5199;&#x306E;&#x7DCF;&#x6570;&#x306F;&#x3001;24&#x304A;&#x3088;&#x3073;48&#x6642;&#x9593;&#x3067;&#x5897;&#x52A0;&#x3057;&#x3001;&#x8868;&#x73FE;&#x306E;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x306F;&#x3088;&#x308A;&#x5BFE;&#x79F0;&#x7684;&#x3067;&#x3042;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x4E0E;&#x3048;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x6642;&#x70B9;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x4E0A;&#x306E;cDNA&#x306F;9128&#x306E;1&#xFF05;&#x672A;&#x6E80;&#x3067;&#x306F;&#x3001;RA&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x898F;&#x5236;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x7523;&#x7269;&#x306E;&#x591A;&#x304F;&#x306F;&#x3001;&#x30CE;&#x30C3;&#x30C1;&#x304C;&#xFF08;&#x8E81;&#x30D5;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B8;&#x3001;TGF-&#x3B2;&#x306E;&#x3082;&#x306E;&#xFF08;&#x5DE6;&#x5229;&#x304D;&#x3001;NMA&#x3001;&#x30D5;&#x30A9;&#x30EA;&#x30B9;&#x30BF;&#x30C1;&#x30F3;&#xFF09;&#x3001;&#x30DB;&#x30E1;&#x30AA;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#xFF08;HoxD1&#x3001;Meis2&#x3001;Meis1&#x306E;&#x3001;Gbx2&#xFF09;&#x3001;IGF&#xFF08;IGFBP3&#x3001;IGFBP6&#x3001;CTGF&#xFF09;&#x306A;&#x3069;&#x306E;&#x767A;&#x9054;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3001;ADAM11&#xFF09;&#x3001;&#x30D8;&#x30C3;&#x30B8;&#x30DB;&#x30C3;&#x30B0;&#xFF08;&#x30D1;&#x30C3;&#x30C1;&#xFF09;&#x304A;&#x3088;&#x3073;Wnt&#xFF08;Frat2&#x3001;&#x5206;&#x6CCC;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30D5;&#x30EA;&#x30C3;&#x30C4;&#x30EB;&#x30C9;&#x95A2;&#x9023;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;1&#xFF09;&#x306E;&#x30B7;&#x30B0;&#x30CA;&#x30EB;&#x4F1D;&#x9054;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3001;24&#x301C;48&#x6642;&#x9593;&#x3067;RA&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x8A98;&#x5C0E;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x306A;&#x30AB;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306F;&#x3001;&#x7D30;&#x80DE;&#x63A5;&#x7740;&#x3001;&#x7D30;&#x80DE;&#x9AA8;&#x683C;&#x3068;&#x30DE;&#x30C8;&#x30EA;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x518D;&#x69CB;&#x7BC9;&#x3001;&#x6210;&#x9577;&#x6291;&#x5236;&#x3068;&#x7D30;&#x80DE;&#x5185;&#x30B7;&#x30B0;&#x30CA;&#x30EB;&#x4F1D;&#x9054;&#x30AB;&#x30B9;&#x30B1;&#x30FC;&#x30C9;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6291;&#x5727;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x5927;&#x534A;&#x306F;&#x3001;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;/ RNA&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3001;&#x58F2;&#x4E0A;&#x9AD8;&#x3084;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x540C;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x65E9;&#x671F;&#x306B;&#x8A98;&#x5C0E;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306F;&#x3001;RA&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x5897;&#x6B96;&#x6291;&#x5236;&#x3068;&#x5206;&#x5316;&#x306E;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x7684;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x679C;&#x305F;&#x3059;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x3001;&#x901A;&#x5E38;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x958B;&#x767A;&#x3068;&#x30EC;&#x30C1;&#x30CE;&#x30A4;&#x30C9;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x304C;&#x3093;&#x6CBB;&#x7642;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x4E88;&#x9632;&#x6642;&#x306E;&#x751F;&#x7406;&#x5B66;&#x7684;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x85AC;&#x7406;&#x5B66;&#x7684;&#x91CD;&#x8981;&#x6027;&#x3092;&#x6301;&#x3064;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30D2;&#x30C8;&#x80CE;&#x5150;&#x6027;&#x764C;&#x306E;&#x795E;&#x7D4C;&#x5206;&#x5316;&#x306E;&#x521D;&#x671F;&#x6BB5;&#x968E;&#x3067;&#x898F;&#x5236;&#x767A;&#x9054;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3059;&#x308B;&#x5019;&#x88DC;&#x30EC;&#x30C1;&#x30CE;&#x30A4;&#x30F3;&#x9178;&#x6A19;&#x7684;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;

Embryonal &#xC554; &#xC885; &#xC885;&#xC591; &#xC138;&#xD3EC; &#xBD84;&#xD654; &#xBC30;&#xC544; &#xAC1C;&#xBC1C;&#xC758; &#xBAA8;&#xB378; &#xC774;&#xB2E4;. &#xBAA8;&#xB4E0; &#xD2B8;&#xB79C;&#xC2A4; retinoic &#xC0B0; (RA)&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC751;&#xB2F5;, &#xC778;&#xAC04;&#xC758; embryonal &#xC554; &#xC885; (EC) &#xC140; &#xB77C;&#xC778;, NT2/D1, &#xC138;&#xD3EC; &#xC131;&#xC7A5; &#xBC0F; tumorigenicity&#xC758; &#xC5F0;&#xACB0; &#xC190;&#xC2E4; &#xC2E0;&#xACBD; &#xD608;&#xD1B5;&#xC73C;&#xB85C; &#xCC28;&#xBCC4;&#xD654;. CDNA &#xAE30;&#xBC18; microarrays &#xD1B5;&#xD574; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; NT2/D1 &#xC140;&#xC758; &#xCC28;&#xBCC4;&#xD654; &#xB178;&#xB825; &#xC911; RA&#xC758; &#xCD08;&#xAE30; &#xB2E4;&#xC6B4;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xB9BC; &#xB300;&#xC0C1; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558;&#xACE0;&#xC790; &#xD588;&#xB2E4;. &#xCD1D; 57 &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC720;&#xB3C4; &#xBC0F; 37 &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xB77C;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC5B5;&#xC555; &#xD588;&#xB2E4; RA &#xADDC;&#xC81C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC720;&#xB3C4; 27 &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC640; &#xC5B5;&#xC555; 5&#xC5D0; 8 h &#xC81C;&#xD55C; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. RA &#xC751;&#xB2F5; &#xC131;&#xC801; &#xC99D;&#xBA85;&#xC11C;&#xC758; &#xCD1D; &#xC218; 24 &#xBC0F; 48 h&#xC5D0;&#xC11C; &#xC99D;&#xAC00; &#xD558; &#xACE0; &#xC2DD;&#xC758; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xD328;&#xD134;&#xC740; &#xB354; &#xB300;&#xCE6D;. &#xB77C;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xADDC;&#xC81C; &#xD588;&#xB2E4; &#xC2DD; &#xBC30;&#xC5F4;&#xC5D0; 9128 Cdnas&#xC758; 1% &#xBBF8;&#xB9CC; &#xC8FC;&#xC5B4;&#xC9C4;&#xB41C; &#xC2DC;&#xAC04; &#xC9C0;&#xC810;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC81C;&#xD488;&#xC758; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84; TGF-&#xBCA0;&#xD0C0; (&#xC67C;&#xC190;&#xC7A1;&#xC774; A, NMA, follistatin), &#xBD80;&#xC11C;&#xAC04; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; (HoxD1, Meis2, Meis1, Gbx2)&#xC758; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xC5EC; &#xBC1C;&#xB2EC; &#xACBD;&#xB85C;&#xC640; &#xC5F0;&#xACB0; &#xB41C; IGF (IGFBP3, IGFBP6, CTGF), &#xB178;&#xCE58; (&#xC870; &#xBCD1; &#xD504;&#xB9B0;&#xC9C0;, ADAM11), &#xACE0;&#xC2B4;&#xB3C4;&#xCE58; (&#xD328;&#xCE58;)&#xC640; (Frat2, &#xBE44; frizzled &#xAD00;&#xB828; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; 1) Wnt &#xC2E0;&#xD638;. &#xB610;&#xD55C; &#xD070; &#xCE74;&#xC138;&#xD2B8;&#xC5D0; 24-48 h RA&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC720;&#xB3C4; &#xB41C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC138;&#xD3EC; &#xC811;&#xCC29;, cytoskeletal &#xBC0F; &#xB9E4;&#xD2B8;&#xB9AD;&#xC2A4; &#xAC1C;&#xC7A5;, &#xC131;&#xC7A5; &#xC5B5;&#xC81C; &#xBC0F; &#xC138;&#xD3EC;&#xB0B4; &#xC2E0;&#xD638; &#xCE90;&#xC2A4;&#xCF00;&#xC774;&#xB4DC; &#xC5F0;&#xACB0; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5B5;&#xC555; &#xB41C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84;&#xC740; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;/RNA &#xCC98;&#xB9AC;, &#xB9E4;&#xCD9C; &#xB610;&#xB294; &#xBB3C;&#xC9C8; &#xB300;&#xC0AC;&#xC640; &#xAD00;&#xB828;. &#xCD08;&#xAE30; &#xC720;&#xBC1C;&#xB41C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xACAC; RA &#xC911;&#xC7AC; &#xC131;&#xC7A5; &#xC5B5;&#xC81C; &#xBC0F; &#xD130;&#xBBF8;&#xB110; &#xBD84;&#xD654;&#xC5D0; &#xADDC;&#xC81C; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xD560; &#xC218; &#xD558; &#xACE0; &#xC815;&#xC0C1;&#xC801;&#xC778; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xBC1C;&#xB2EC; &#xBC0F; retinoid &#xAE30;&#xBC18; &#xC554; &#xCE58;&#xB8CC; &#xB610;&#xB294; &#xC608;&#xBC29; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; &#xC0DD;&#xB9AC; &#xB610;&#xB294; &#xC57D;&#xB9AC;&#xD559; &#xC801;&#xC778; &#xC911;&#xC694;&#xC131;&#xC744; &#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xBC1C;&#xB2EC; &#xAD00;&#xB828; &#xD6C4;&#xBCF4; retinoic acid &#xB300;&#xC0C1; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; embryonal &#xC554;&#xC758; &#xC2E0;&#xACBD; &#xBD84;&#xD654; &#xB3D9;&#xC548; &#xC77C;&#xCC0D; &#xADDC;&#xC81C;.

Carcinoma embrionario es un modelo de desarrollo embrionario, as&#xED; como la diferenciaci&#xF3;n de las c&#xE9;lulas tumorales. En respuesta a &#xE1;cido trans-retinoico (RA), el carcinoma embrionario humano (CE) l&#xED;nea celular, NT2/D1, diferencia hacia un linaje neuronal asociada con la p&#xE9;rdida del crecimiento celular y la tumorigenicidad. Mediante el uso de microarrays de ADNc basados &#x200B;&#x200B;hemos tratado de identificar los objetivos iniciales aguas abajo de la AR en el compromiso de la diferenciaci&#xF3;n de las c&#xE9;lulas NT2/D1. Un total de 57 genes fueron inducidos y 37 genes reprimidos por la AR. RA genes regulados se limita a las 8 horas con 27 genes inducidos y reprimidos de cinco a&#xF1;os. El n&#xFA;mero total de AR-sensibles transcripciones aument&#xF3; a 24 y 48 h, y su patr&#xF3;n de expresi&#xF3;n era m&#xE1;s sim&#xE9;trica. Para un punto de tiempo dado menos de 1% de los 9128 ADNc de la matriz de expresi&#xF3;n estaban regulados por RA. Muchos de estos productos de los genes est&#xE1;n asociados con las v&#xED;as de desarrollo, incluidas las de TGF-beta (Zurdo A, NMA, follistatina), homeo dominio (HoxD1, Meis2, Meis1, Gbx2), IGF (IGFBP3, IGFBP6, FCTC), Notch (franja man&#xED;aco , ADAM11), Erizo (parches) y Wnt (Frat2, secretada rizado relacionados con la prote&#xED;na 1) de se&#xF1;alizaci&#xF3;n. Adem&#xE1;s una cassette grande de genes inducida por RA en 24-48 h se asocian con la adhesi&#xF3;n celular, la remodelaci&#xF3;n del citoesqueleto y la matriz, la supresi&#xF3;n del crecimiento y cascadas de se&#xF1;alizaci&#xF3;n intracelulares. La mayor&#xED;a de los genes reprimidos se asocian con la prote&#xED;na / el procesamiento del ARN, la facturaci&#xF3;n o el metabolismo. Los principios de los genes inducidos identificados pueden jugar un papel regulador en la supresi&#xF3;n del crecimiento AR-mediada y la diferenciaci&#xF3;n terminal y pueden tener una importancia fisiol&#xF3;gica o farmacol&#xF3;gica durante el desarrollo humano normal y retinoide basada en la terapia del c&#xE1;ncer o la prevenci&#xF3;n.

Desarrollo relacionados con los genes candidatos retinoico diana de &#xE1;cido regularse desde el comienzo Durante la diferenciaci&#xF3;n neuronal de carcinoma embrionario humano

&#x8981;&#x4E86;&#x89E3;&#x7684;&#x6C34;&#x86ED;&#x6C34;&#x86ED; &#x2170;&#x3001; &#x4E2D;&#x67A2;&#x795E;&#x7ECF;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x529F;&#x80FD;&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#x57FA;&#x7840;&#x6211;&#x4EEC;&#x5DF2;&#x7ECF;&#x9694;&#x79BB;&#x56DB;&#x4E2A;&#x65B0;&#x578B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x7F16;&#x7801;&#x5047;&#x5B9A;&#x5B58;&#x5728;&#x7535;&#x538B;&#x95E8;&#x63A7;&#x94A0; (Na) &#x901A;&#x9053; &alpha; &#x4E9A;&#x57FA;&#xFF0C;&#x548C;&#x5DF2;&#x7ECF;&#x5206;&#x6790;&#x4E86;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x57FA;&#x56E0;&#x5728;&#x5355;&#x4E2A;&#x795E;&#x7ECF;&#x5143;&#x7684;&#x5DF2;&#x77E5;&#x51FD;&#x6570;&#x4E2D;&#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x5F0F;&#x3002;&#x82E5;&#x8981;&#x5F00;&#x59CB;&#xFF0C;&#x4E0E;&#x9884;&#x5148;&#x5B58;&#x5728;&#x7684; cDNA &#x5E93;&#x548C;&#x8026;&#x5408;&#x9006;&#x8F6C;&#x5F55;-&#x805A;&#x5408;&#x9176;&#x94FE;&#x53CD;&#x5E94; (RT-PCR) &#x7ED3;&#x5408;&#x4F7F;&#x7528;&#x4E86;&#x7B80;&#x5E76;&#x5BE1;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x5F15;&#x7269;&#x3002;&#x5047;&#x5B9A;&#x6C34;&#x86ED; Na &#x901A;&#x9053;&#x6269;&#x589E; (LeNas) &#x8868;&#x73B0;&#x51FA;&#x8F83;&#x9AD8;&#x7A0B;&#x5EA6;&#x7684;&#x7535;&#x538B;&#x95E8;&#x63A7;&#x6027;&#x9499;&#x6216;&#x94BE;&#x901A;&#x9053;&#x57FA;&#x56E0;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x90A3;&#x4E9B;&#x5728;&#x6C34;&#x86ED;&#x8868;&#x793A;&#x6BD4;&#x5176;&#x4ED6;&#x7684;&#x7269;&#x79CD;&#x94A0;&#x901A;&#x9053;&#x57FA;&#x56E0;&#x5E8F;&#x5217;&#x540C;&#x6E90;&#x6027;&#x3002;&#x6240;&#x6709;&#x8389;&#x5A1C;&#x83DC;&#x82B1;&#x542B;&#x6709;&#x94A0;&#x901A;&#x9053; &alpha; &#x4E9A;&#x57FA;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x91CD;&#x8981;&#x6027;&#x7684;&#x533A;&#x57DF;&#x5BF9;&#x5E94;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&quot;S4 &#x533A;&#x57DF;&quot;&#x53C2;&#x4E0E;&#x6FC0;&#x6D3B;&#x3001;&quot;&#x5B54;&#x5FAA;&#x73AF;&quot;&#x8D1F;&#x8D23;&#x79BB;&#x5B50;&#x9009;&#x62E9;&#x6027;&#x548C;&quot;&#x706D;&#x6D3B;&#x5FAA;&#x73AF;&quot;&#x5728;&#x7B2C;&#x4E09;&#x548C;&#x7B2C;&#x56DB;&#x4E2A;&#x57DF;&#x4E4B;&#x95F4;&#xFF0C;&#x867D;&#x7136;&#x540E;&#x8005;&#x7F3A;&#x4E4F;&#x5173;&#x952E;&#x7684;&#x54FA;&#x4E73;&#x52A8;&#x7269; Na &#x901A;&#x9053;&#x706D;&#x6D3B;&#x7684;&#x9AD8;&#x4FDD;&#x5B88;&quot;IFM&quot;&#x6BCD;&#x9898;&#x3002;&#x5728;&#x4E00;&#x4E9B;&#xFF0C;&#x4F46;&#x4E0D;&#x662F;&#x6240;&#x6709;&#x7684;&#x8389;&#x5A1C;&#x6269;&#x589E;&#xFF0C;&#x7B26;&#x5408;&#x4E8B;&#x5148;&#x5728;&#x6B64;&#x6BD2;&#x7D20;&#x5BF9;&#x6C34;&#x86ED; Na &#x901A;&#x9053;&#x975E;&#x5747;&#x8D28;&#x6027;&#x7684;&#x7535;&#x751F;&#x7406;&#x8BC1;&#x636E;&#x4E2D;&#x627E;&#x5230;&#x5E8F;&#x5217;&#x5BF9;&#x5E94;&#x6CB3;&#x8C5A;&#x6BD2;&#x7D20;&#x7684;&#x654F;&#x611F;&#x6027;&#x7684;&#x91CD;&#x8981;&#x51B3;&#x5B9A;&#x56E0;&#x7D20;&#x3002;&#x968F;&#x540E;&#xFF0C;&#x4E24;&#x5957;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x5F02;&#x6784;&#x4F53;&#x7279;&#x5F02;&#x5F15;&#x7269;&#x548C; RT-pcr &#x6280;&#x672F;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x654F;&#x611F;&#x7684;&#x3001; &#x57FA;&#x4E8E;&#x8367;&#x5149;&#x7684;&quot;&#x5B9E;&#x65F6;&quot;&#x9006;&#x8F6C;&#x5F55;-&#x805A;&#x5408;&#x9176;&#x94FE;&#x53CD;&#x5E94;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x88AB;&#x7528;&#x4E8E;&#x5206;&#x6790;&#x529F;&#x80FD;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x795E;&#x7ECF;&#x5143;&#x8389;&#x5A1C;&#x5F02;&#x6784;&#x4F53;&#x8868;&#x8FBE;&#x3002;&#x4ECE;&#x8FD9;&#x4E24;&#x79CD;&#x65B9;&#x6CD5;&#x7684;&#x7ED3;&#x679C;&#x662F;&#x4E00;&#x81F4;&#x7684;&#x5E76;&#x4E0D;&#x53EA;&#x8868;&#x660E;&#x8BE5;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x795E;&#x7ECF;&#x5143;&#x5F80;&#x5F80;&#x8868;&#x793A;&#x591A;&#x4E2A;&#x8389;&#x5A1C;&#x5F02;&#x6784;&#x4F53;&#xFF0C;&#x4F46;&#x4E5F;&#x63ED;&#x793A;&#x4E86; Na &#x901A;&#x9053;&#x5F02;&#x6784;&#x4F53;&#x8868;&#x8FBE;&#x6C34;&#x86ED;&#x4E2D;&#x67A2;&#x795E;&#x7ECF;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x4E2D;&#x7684;&#x7279;&#x5B9A;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7684;&#x683C;&#x5C40;&#x3002;

&#x5355;&#x4E2A;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x5206;&#x6790;&#x63ED;&#x793A;&#x51FA;&#x7279;&#x5B9A;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7684;&#x6C34;&#x86ED;&#x5047;&#x5B9A;&#x5B58;&#x5728;&#x7535;&#x538B;&#x95E8;&#x63A7;&#x94A0;&#x901A;&#x9053;&#x57FA;&#x56E0;&#x5BB6;&#x65CF;&#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x6A21;&#x5F0F;&#x3002;

To understand the molecular basis of nervous system function in the leech, Hirudo medicinalis, we have isolated four novel cDNAs encoding putative voltage-gated sodium (Na) channel alpha subunits, and have analyzed the expression of these genes in individual neurons of known function. To begin, degenerate oligonucleotide primers were used in combination with pre-existing cDNA libraries and reverse transcriptase-coupled polymerase chain reactions (RT-PCR). The putative leech Na channel cDNAs (LeNas) exhibit a higher degree of sequence homology to Na channel genes in other species than to voltage-gated calcium or potassium channel genes, including those expressed in leech. All LeNa cDNAs contain sequences corresponding to regions of functional importance in Na channel alpha subunits, including the "S4 region" involved in activation, the "pore loops" responsible for ion selectivity, and the "inactivation loop" between the third and fourth domains, though the latter lacks the highly conserved "IFM" motif critical for mammalian Na channel inactivation. Sequences corresponding to important determinants of tetrodotoxin sensitivity are found in some, but not all, LeNa cDNAs, consistent with prior electrophysiological evidence of Na channel heterogeneity in the leech with respect to this toxin. Subsequently, two different sets of isoform-specific primers and methods of RT-PCR, including a sensitive, fluorescence-based "real time" RT-PCR, were used to analyze LeNa isoform expression in functionally distinct neurons. The results from both approaches were consistent, and not only demonstrated that individual neurons often express more than one LeNa isoform, but also revealed cell-specific patterns of Na channel isoform expression in the leech nervous system.

Single-cell analysis reveals cell-specific patterns of expression of a family of putative voltage-gated sodium channel genes in the leech.

Pour comprendre la base mol&#xE9;culaire de la fonction du syst&#xE8;me nerveux de la sangsue, Hirudo medicinalis, nous avons isol&#xE9; quatre ADNc codant pour de nouveaux putatif voltage-d&#xE9;pendants de sodium (Na) sous-unit&#xE9;s alpha de canaux, et ont analys&#xE9; l&#x26;#39;expression de ces g&#xE8;nes dans les neurones individuels de fonction connue. Pour commencer, des amorces oligonucl&#xE9;otidiques d&#xE9;g&#xE9;n&#xE9;r&#xE9;es ont &#xE9;t&#xE9; utilis&#xE9;es en combinaison avec pr&#xE9;-existantes des banques d&#x26;#39;ADNc et transcriptase inverse coupl&#xE9;s r&#xE9;actions en cha&#xEE;ne par polym&#xE9;rase (RT-PCR). Le putatif sangsue canal Na ADNc (Lenas) pr&#xE9;sentent un degr&#xE9; plus &#xE9;lev&#xE9; d&#x26;#39;homologie de s&#xE9;quence avec des g&#xE8;nes de canal Na dans esp&#xE8;ces autres que de voltage-d&#xE9;pendant du calcium ou des g&#xE8;nes de canaux potassiques, y compris ceux qui sont exprim&#xE9;s sangsue. Tous les ADNc Lena contenir des s&#xE9;quences correspondant &#xE0; des r&#xE9;gions de l&#x26;#39;importance fonctionnelle de sous-unit&#xE9;s alpha de canaux Na, y compris la &#xAB;r&#xE9;gion S4&#x26;quot; impliqu&#xE9;s dans l&#x26;#39;activation, les &#x26;quot;boucles&#x26;quot; pores responsables de la s&#xE9;lectivit&#xE9; d&#x26;#39;ions, et la &#xAB;boucle inactivation&#x26;quot; entre les troisi&#xE8;me et quatri&#xE8;me domaines, si ce dernier n&#x26;#39;a pas la tr&#xE8;s conserv&#xE9;e &#x26;quot;IFM&#x26;quot; motif essentiel pour l&#x26;#39;inactivation du canal Na mammif&#xE8;res. S&#xE9;quences correspondant &#xE0; des d&#xE9;terminants importants de la sensibilit&#xE9; t&#xE9;trodotoxine se trouvent dans quelques-uns, mais pas tous, Lena ADNc, compatibles avec les donn&#xE9;es &#xE9;lectrophysiologiques avant de l&#x26;#39;h&#xE9;t&#xE9;rog&#xE9;n&#xE9;it&#xE9; de canal Na dans la chute &#xE0; l&#x26;#39;&#xE9;gard de cette toxine. Par la suite, deux ensembles diff&#xE9;rents de isoforme amorces sp&#xE9;cifiques et des m&#xE9;thodes de RT-PCR, y compris un sensible, bas&#xE9; sur la fluorescence &#x26;quot;temps r&#xE9;el&#x26;quot; RT-PCR, ont &#xE9;t&#xE9; utilis&#xE9;es pour analyser Lena isoforme expression dans les neurones fonctionnellement distinctes. Les r&#xE9;sultats des deux approches sont compatibles, et pas seulement d&#xE9;montr&#xE9; que les neurones individuels expriment souvent plus d&#x26;#39;une isoforme Lena, mais a &#xE9;galement r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; des cellules sp&#xE9;cifiques modes de canal Na isoforme expression dans le syst&#xE8;me nerveux de sangsue.

Analyse unicellulaire r&#xE9;v&#xE8;le Cell-sp&#xE9;cifiques des modes d&#x26;#39;expression d&#x26;#39;une famille de putatifs voltage-d&#xE9;pendants g&#xE8;nes des canaux sodiques dans le Leech

Einzel-Zell-Analyse zeigt, zellspezifische Expressionsmuster einer Familie von putativen spannungsabh&#xE4;ngigen Natrium-Kanal-Gene in der Blutegel.

Per capire le basi molecolari della funzione del sistema nervoso nella sanguisuga, Hirudo medicinalis, ci hanno isolato quattro cDNAs romanzo putativo sodio voltaggio-dipendenti (Na) canale subunit&agrave; alfa e hanno analizzato l&#39;espressione di questi geni nei singoli neuroni della funzione conosciuta. Per iniziare, primer oligonucleotidici degenerati sono stati usati in combinazione con le librerie di cDNA preesistenti e reazioni a catena della polimerasi trascrittasi inversa-accoppiato (RT-PCR). La sanguisuga putativo Na canale cDNAs (LeNas) presentano un pi&ugrave; elevato grado di omologia di sequenza di geni canale Na in altre specie rispetto alla tensione-gated calcio o potassio canale geni, compresi quelli espressi in leech. Tutti i cDNAs LeNa contengono sequenze corrispondenti alle regioni di importanza funzionale in subunit&agrave; alfa Na canale, tra cui la &quot;regione S4&quot; coinvolti attivazione, il &quot;poro loop&quot; responsabile della selettivit&agrave; dello ione e il &quot;ciclo di inattivazione&quot; tra i domini di terzi e quarto, anche se quest&#39;ultima manca il motivo &quot;IFM&quot; altamente conservato critico per inattivazione di canale Na dei mammiferi. Sequenze corrispondenti a importanti fattori determinanti della sensibilit&agrave; tetrodotossina si trovano in alcuni, ma non tutti, cDNAs LeNa, coerente con preventiva evidenza elettrofisiologica di eterogeneit&agrave; canale Na nella sanguisuga rispetto a questa tossina. Successivamente, due diversi set di primer specifici isoforma e metodi di RT-PCR, tra cui un sensibile, basati sulla fluorescenza &quot;tempo reale&quot; RT-PCR, sono stati utilizzati per analizzare l&#39;espressione isoforma LeNa in neuroni funzionalmente distinti. I risultati di entrambi gli approcci sono stati coerenti, e non, solo dimostrato che singoli neuroni spesso esprimono pi&ugrave; di una isoforma di LeNa, ma anche rivelato cella specifici pattern di espressione di isoform canale Na sanguisuga del sistema nervoso.

Cella singola analisi rivelano cella specifici pattern di espressione di una famiglia di geni canale putativo sodio voltaggio-dipendenti nella sanguisuga.

&#x30EA;&#x30FC;&#x30C1;&#x3001;Hirudo&#x306E;medicinalis&#x306E;&#x795E;&#x7D4C;&#x7CFB;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x57FA;&#x76E4;&#x3092;&#x7406;&#x89E3;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x63A8;&#x5B9A;&#x4E0A;&#x306E;&#x96FB;&#x4F4D;&#x4F9D;&#x5B58;&#x6027;&#x30CA;&#x30C8;&#x30EA;&#x30A6;&#x30E0;&#xFF08;Na&#xFF09;&#x30C1;&#x30E3;&#x30CD;&#x30EB;&#x3B1;&#x30B5;&#x30D6;&#x30E6;&#x30CB;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;4&#x65B0;&#x898F;&#x306E;cDNA&#x3092;&#x5358;&#x96E2;&#x3057;&#x3066;&#x304A;&#x308A;&#x3001;&#x65E2;&#x77E5;&#x306E;&#x95A2;&#x6570;&#x306E;&#x500B;&#x3005;&#x306E;&#x30CB;&#x30E5;&#x30FC;&#x30ED;&#x30F3;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x3092;&#x5206;&#x6790;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x958B;&#x59CB;&#x3059;&#x308B;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x7E2E;&#x91CD;&#x30AA;&#x30EA;&#x30B4;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30DE;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;&#x65E2;&#x5B58;&#x306E;cDNA&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x30FC;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x9006;&#x8EE2;&#x5199;&#x9175;&#x7D20;&#x7D50;&#x5408;&#x30DD;&#x30EA;&#x30E1;&#x30E9;&#x30FC;&#x30BC;&#x9023;&#x9396;&#x53CD;&#x5FDC;&#xFF08;RT-PCR&#xFF09;&#x3068;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x3066;&#x4F7F;&#x7528;&#x200B;&#x200B;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x63A8;&#x5B9A;&#x30EA;&#x30FC;&#x30C1;&#x306E;Na&#x30C1;&#x30E3;&#x30CD;&#x30EB;&#x306E;cDNA&#xFF08;LeNas&#xFF09;&#x306F;&#x3001;&#x96FB;&#x4F4D;&#x4F9D;&#x5B58;&#x6027;&#x30AB;&#x30EB;&#x30B7;&#x30A6;&#x30E0;&#x3084;&#x30EA;&#x30FC;&#x30C1;&#x3067;&#x8868;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3082;&#x306E;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x30AB;&#x30EA;&#x30A6;&#x30E0;&#x30C1;&#x30E3;&#x30CD;&#x30EB;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x4ED6;&#x306E;&#x7A2E;&#x306E;Na&#x30C1;&#x30E3;&#x30CD;&#x30EB;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306B;&#x914D;&#x5217;&#x76F8;&#x540C;&#x6027;&#x306E;&#x9AD8;&#x3044;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x3002;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x30EC;&#x30CA;&#x306E;cDNA&#x306F;&#x3001;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x306B;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3059;&#x308B; &#x26;quot;S4&#x9818;&#x57DF;&#x26;quot;&#x3001;&#x30A4;&#x30AA;&#x30F3;&#x9078;&#x629E;&#x6027;&#x306E;&#x8CAC;&#x4EFB; &#x26;quot;&#x30DD;&#x30A2;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x26;quot;&#x3001;&#x305D;&#x3057;&#x3066;3&#x756A;&#x76EE;&#x3068;4&#x756A;&#x76EE;&#x306E;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x306E;&#x9593;&#x306E; &#x26;quot;&#x4E0D;&#x6D3B;&#x5316;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x26;quot;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x30CA;&#x30C8;&#x30EA;&#x30A6;&#x30E0;&#x30C1;&#x30E3;&#x30CD;&#x30EB;&#x3B1;&#x30B5;&#x30D6;&#x30E6;&#x30CB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x91CD;&#x8981;&#x6027;&#x306E;&#x9818;&#x57DF;&#x306B;&#x5BFE;&#x5FDC;&#x3059;&#x308B;&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x5F8C;&#x8005;&#x306F;&#x3001;&#x54FA;&#x4E73;&#x985E;&#x306E;Na&#x30C1;&#x30E3;&#x30CD;&#x30EB;&#x4E0D;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x306B;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x305F; &#x26;quot;IFM&#x26;quot;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x3092;&#x6B20;&#x3044;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x306E;&#x306B;&#x3002;&#x30C6;&#x30C8;&#x30ED;&#x30C9;&#x30C8;&#x30AD;&#x30B7;&#x30F3;&#x611F;&#x53D7;&#x6027;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x8981;&#x56E0;&#x306B;&#x5BFE;&#x5FDC;&#x3059;&#x308B;&#x914D;&#x5217;&#x306F;&#x3001;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x3053;&#x306E;&#x6BD2;&#x7D20;&#x306B;&#x5BFE;&#x3059;&#x308B;&#x30EA;&#x30FC;&#x30C1;&#x306E;Na&#x30C1;&#x30E3;&#x30CD;&#x30EB;&#x306E;&#x4E0D;&#x5747;&#x4E00;&#x6027;&#x306E;&#x524D;&#x306B;&#x96FB;&#x6C17;&#x751F;&#x7406;&#x5B66;&#x7684;&#x8A3C;&#x62E0;&#x3068;&#x4E00;&#x81F4;&#x3057;&#x3066;&#x30EC;&#x30CA;&#x306E;cDNA&#x3092;&#x3001;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x3067;&#x898B;&#x3064;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x304C;&#x3001;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;&#x305D;&#x306E;&#x5F8C;&#x3001;&#x86CD;&#x5149;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x3001;&#x654F;&#x611F;&#x306A; &#x26;quot;&#x30EA;&#x30A2;&#x30EB;&#x30BF;&#x30A4;&#x30E0;&#x26;quot; RT-PCR&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x30A2;&#x30A4;&#x30BD;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0;&#x7279;&#x7570;&#x7684;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30DE;&#x30FC;&#x3068;RT-PCR&#x306E;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3001;&#x306E;2&#x3064;&#x306E;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306F;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x306B;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x30CB;&#x30E5;&#x30FC;&#x30ED;&#x30F3;&#x306B;&#x30EC;&#x30CA;&#x30A2;&#x30A4;&#x30BD;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x3092;&#x5206;&#x6790;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x4E00;&#x81F4;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3001;&#x500B;&#x3005;&#x306E;&#x30CB;&#x30E5;&#x30FC;&#x30ED;&#x30F3;&#x306F;&#x3057;&#x3070;&#x3057;&#x3070;&#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x30EC;&#x30CA;&#x30A2;&#x30A4;&#x30BD;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0;&#x3092;&#x8868;&#x73FE;&#x3059;&#x308B;&#x3060;&#x3051;&#x3067;&#x306A;&#x304F;&#x3001;&#x30EA;&#x30FC;&#x30C1;&#x795E;&#x7D4C;&#x7CFB;&#x306E;Na&#x30C1;&#x30E3;&#x30CD;&#x30EB;&#x30A2;&#x30A4;&#x30BD;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0;&#x767A;&#x73FE;&#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x7279;&#x7570;&#x7684;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x5B9F;&#x8A3C;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x306A;&#x3044;&#x3060;&#x3051;&#x3002;

&#x5358;&#x4E00;&#x30BB;&#x30EB;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x306F;&#x3001;&#x30EA;&#x30FC;&#x30C1;&#x306E;&#x63A8;&#x5B9A;&#x96FB;&#x4F4D;&#x4F9D;&#x5B58;&#x6027;&#x30CA;&#x30C8;&#x30EA;&#x30A6;&#x30E0;&#x30C1;&#x30E3;&#x30CD;&#x30EB;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30D5;&#x30A1;&#x30DF;&#x30EA;&#x30FC;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x7279;&#x7570;&#x7684;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;

&#xAC70;&#xBA38;&#xB9AC;, Hirudo medicinalis, &#xC2E0; &#xACBD;&#xACC4; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC758; &#xBD84;&#xC790; &#xB2E8;&#xC704;&#xB85C; &#xC774;&#xD574; &#xD558; &#xC0C1; &#xC804;&#xC555; &#xAC1C;&#xD3D0; &#xB098;&#xD2B8;&#xB968; (Na) &#xCC44;&#xB110; &#xC54C;&#xD30C; &#xC18C; &#xB2E8;&#xC704;, &#xC778;&#xCF54;&#xB529; 4 &#xC18C;&#xC124; Cdnas&#xB97C; &#xACA9;&#xB9AC; &#xD558; &#xACE0; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4; &#xD568;&#xC218;&#xC758; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xC2E0;&#xACBD;&#xC5D0; &#xC788;&#xB294;&#xC774; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC2DD;&#xC744; &#xBD84;&#xC11D; &#xD574;. &#xC2DC;&#xC791; &#xD558;&#xB824;&#xBA74;, &#xD0C0;&#xB77D; &#xD55C; oligonucleotide &#xB1CC;&#xAD00; &#xAE30;&#xC874; cDNA &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC;&#xC640; &#xACB0;&#xD569; &#xC5ED;&#xC804;&#xC0AC; &#xC911; &#xD569; &#xD6A8;&#xC18C; &#xC5F0;&#xC1C4; &#xBC18;&#xC751; (RT-PCR)&#xC640; &#xD568;&#xAED8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;. &#xC0C1; &#xAC70;&#xBA38;&#xB9AC; &#xB098; &#xCC44;&#xB110; cDNAs (LeNas) &#xB098; &#xCC44;&#xB110; &#xC804;&#xC555; &#xAC1C;&#xD3D0; &#xCE7C;&#xC298; &#xB610;&#xB294; &#xCE7C;&#xB968; &#xCC44;&#xB110; &#xC720;&#xC804;&#xC790;, &#xAC70;&#xBA38;&#xB9AC; &#xD45C;&#xD604;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD55C; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xB2E4;&#xB978; &#xC885;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; homology&#xC758; &#xB192;&#xC740; &#xD559;&#xC704;&#xB97C; &#xC804;&#xC2DC;. &#xBAA8;&#xB4E0; &#xB808;&#xB098; cDNAs Na &#xCC44;&#xB110; &#xC54C;&#xD30C; &#xC18C; &#xB2E8;&#xC704; &#xAE30;&#xB2A5; &#xC911;&#xC694; &#xC9C0;&#xC5ED;&#xC5D0; &#xD574;&#xB2F9; &#xD558;&#xB294; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568;, &#xD3EC;&#xD568; &quot;S4 &#xC9C0;&#xC5ED;&quot;&#xC5D0; &#xCC38;&#xC5EC; &#xD65C;&#xC131;&#xD654;, &#xB8E8;&#xD504;&quot;&quot; &#xAE30; &#xACF5; &#xC774;&#xC628; &#xC120;&#xD0DD;&#xB3C4; &#xD558; &#xACE0; &#xC138; &#xBC88;&#xC9F8; &#xBC0F; &#xB124; &#xBC88;&#xC9F8; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; &#xC0AC;&#xC774;&#xC758; &quot;&#xBE44;&#xD65C;&#xC131;&#xD654; &#xB8E8;&#xD504;&quot;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xCC45;&#xC784;, &#xBE44;&#xB85D; &#xD6C4;&#xC790;&#xC758; &#xBD80;&#xC871; &#xD3EC;&#xC720;&#xB958; &#xB098; &#xCC44;&#xB110; &#xBE44;&#xD65C;&#xC131;&#xD654;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xB192;&#xC740; &#xBCF4;&#xC874;&#xB41C; &quot;IFM&quot; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C;. &#xC77C;&#xBD80;, &#xC804;&#xBD80;&#xB294; &#xC544;&#xB2C8;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xB808;&#xB098; cDNAs,&#xC774; &#xB3C5; &#xC18C;&#xC5D0; &#xB300;&#xD574; &#xAC70;&#xBA38;&#xB9AC;&#xC5D0; Na &#xCC44;&#xB110; &#xC774;&#xC885;&#xC758; &#xC0AC;&#xC804; electrophysiological &#xC99D;&#xAC70;&#xC640; &#xC77C;&#xCE58;&#xC5D0; &#xD14C;&#xD2B8;&#xB85C;&#xB3C4;&#xD1A1;&#xC2E0; &#xAC10;&#xB3C4;&#xC758; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xACB0;&#xC815; &#xC694;&#xC778;&#xC5D0; &#xD574;&#xB2F9; &#xD558;&#xB294; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; &#xCC3E;&#xC744; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8; &#xD6C4;, isoform &#xD2B9;&#xC815; &#xB1CC;&#xAD00;&#xC758; 2 &#xAC1C;&#xC758; &#xB2E4;&#xB978; &#xC138;&#xD2B8;&#xC640; RT-PCR, &#xBBFC;&#xAC10;&#xD55C;, &#xD615;&#xAD11; &#xAE30;&#xBC18;&#xC758; &quot;&#xC2E4;&#xC2DC;&#xAC04;&#xC73C;&#xB85C;&quot; RT-PCR &#xB4F1;&#xC758; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xBD84;&#xC11D; &#xD558;&#xB294; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC11C;&#xB85C; &#xB2E4;&#xB978; &#xC2E0;&#xACBD; &#xC138;&#xD3EC;&#xC5D0; &#xB808;&#xB098; isoform &#xC2DD; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD588;&#xB2E4;. &#xB450; &#xBC29;&#xBC95; &#xBAA8;&#xB450;&#xC5D0;&#xC11C; &#xACB0;&#xACFC;&#xAC00; &#xC77C;&#xAD00;&#xC131;, &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xC2DC;&#xC5F0; &#xBFD0;&#xB9CC; &#xC2E0;&#xACBD; &#xC885;&#xC885; &#xD558;&#xB098; &#xC774;&#xC0C1;&#xC758; &#xB808;&#xB098; isoform &#xD45C;&#xD604; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xD558;&#xC9C0; &#xAC70;&#xBA38;&#xB9AC; &#xC2E0; &#xACBD;&#xACC4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB098; &#xCC44;&#xB110; isoform &#xD45C;&#xD604;&#xC758; &#xC140; &#xD2B9;&#xC815; &#xD328;&#xD134;&#xC744; &#xACF5;&#xAC1C; &#xD588;&#xB2E4;.

&#xB2E8;&#xC77C; &#xC138;&#xD3EC; &#xBD84;&#xC11D;&#xC740; &#xAC70;&#xBA38;&#xB9AC;&#xC5D0; &#xC0C1; &#xC804;&#xC555; &#xAC1C;&#xD3D0; &#xB098;&#xD2B8;&#xB968; &#xCC44;&#xB110; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xAC00;&#xC871;&#xC758; &#xD45C;&#xD604;&#xC758; &#xC140; &#xD2B9;&#xC815; &#xD328;&#xD134;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC900;&#xB2E4;.

Para entender la base molecular de la funci&#xF3;n del sistema nervioso en la sanguijuela, Hirudo medicinalis, hemos aislado cuatro nuevos cDNAs que codifican putativo dependiente de voltaje de sodio (Na) subunidades del canal alfa, y han analizado la expresi&#xF3;n de estos genes en las neuronas individuales de funci&#xF3;n conocida. Para empezar, degenerados oligonucle&#xF3;tidos fueron utilizados en combinaci&#xF3;n con pre-existentes bibliotecas de cDNA y acoplados inversa transcriptasa reacciones en cadena de polimerasa (RT-PCR). El putativo sanguijuela Na canal ADNc (Le&#xF1;as) exhiben un mayor grado de homolog&#xED;a de secuencia con los genes de los canales de Na en una especie no a dependiente de voltaje de calcio o genes del canal de potasio, incluidas las expresadas en sanguijuela. Todos los ADNc Lena contienen secuencias correspondientes a las regiones de importancia funcional en Na canal subunidades alfa, incluyendo la &#x26;quot;regi&#xF3;n S4&#x26;quot; implicado en la activaci&#xF3;n, los &#x26;quot;bucles poro&#x26;quot; responsables de la selectividad de iones, y el &#x26;quot;bucle inactivaci&#xF3;n&#x26;quot; entre los dominios tercero y cuarto, aunque este &#xFA;ltimo carece de la altamente conservadas &#x26;quot;IFM&#x26;quot; motivo fundamental para la inactivaci&#xF3;n de los mam&#xED;feros del canal de Na. Las secuencias correspondientes a los determinantes importantes de la sensibilidad tetrodotoxina se encuentran en algunas, pero no todos, Lena ADNc, consistente con la evidencia electrofisiol&#xF3;gica antes de la heterogeneidad canal de Na en la sanguijuela con respecto a esta toxina. Posteriormente, dos conjuntos diferentes de isoforma primers espec&#xED;ficos y m&#xE9;todos de RT-PCR, como un ser sensible, basado en la fluorescencia &#x26;quot;tiempo real&#x26;quot; de RT-PCR, se utilizaron para analizar la expresi&#xF3;n de la isoforma de Lena funcionalmente distintas neuronas. Los resultados de ambos enfoques son compatibles, y no s&#xF3;lo demostr&#xF3; que las neuronas individuales a menudo expresan m&#xE1;s de una isoforma de Lena, pero tambi&#xE9;n revel&#xF3; c&#xE9;lulas espec&#xED;ficas de los patrones de expresi&#xF3;n de la isoforma del canal de Na en el sistema nervioso sanguijuela.

Sola c&#xE9;lula de an&#xE1;lisis revela que las c&#xE9;lulas espec&#xED;ficas de patrones de expresi&#xF3;n de una familia de putativos genes dependientes de voltaje canales de sodio en la Sanguijuela

&#x4F7F;&#x7528;&#x684C;&#x9762;&#x514B;&#x9686;&#x8F6F;&#x4EF6;&#x8BA1;&#x5212;&#x3001; &#x8DDF;&#x8E2A;&#x548C;&#x8BC4;&#x4F30;&#x514B;&#x9686;&#x9879;&#x76EE;&#x3002;

Using desktop cloning software to plan, track, and evaluate cloning projects.

Utilisation de logiciel de clonage de bureau pour planifier, suivre et &#xE9;valuer les projets de clonage

Mit Desktop-Cloning-Software zu planen, verfolgen und auswerten Klonen Projekte.

Usando il desktop software clonazione per pianificare, monitorare e valutare progetti di clonazione.

&#x3001;&#x30C8;&#x30E9;&#x30C3;&#x30AF;&#x3092;&#x8A08;&#x753B;&#x3057;&#x3001;&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30CB;&#x30F3;&#x30B0;&#x30D7;&#x30ED;&#x30B8;&#x30A7;&#x30AF;&#x30C8;&#x3092;&#x8A55;&#x4FA1;&#x3059;&#x308B;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x30C7;&#x30B9;&#x30AF;&#x30C8;&#x30C3;&#x30D7;&#x306E;&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30CB;&#x30F3;&#x30B0;&#x30BD;&#x30D5;&#x30C8;&#x30A6;&#x30A7;&#x30A2;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;

&#xB370;&#xC2A4;&#xD06C;&#xD1B1; &#xBCF5;&#xC81C; &#xC18C;&#xD504;&#xD2B8;&#xC6E8;&#xC5B4;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xACC4;&#xD68D;, &#xCD94;&#xC801; &#xBC0F; &#xBCF5;&#xC81C; &#xD504;&#xB85C;&#xC81D;&#xD2B8; &#xD3C9;&#xAC00;&#xC5D0;.

Uso del software de clonaci&#xF3;n de escritorio para planificar, seguir y evaluar proyectos de clonaci&#xF3;n

To assess patients' experiences with topical cyclosporine A (tCSA) 0.05% ophthalmic emulsion (Restasis) to treat keratoconjunctivitis sicca (KCS) in a real-world setting.

The impact of topical cyclosporine A emulsion 0.05% on the outcomes of patients with keratoconjunctivitis sicca.

Afin d&#x26;#39;&#xE9;valuer les exp&#xE9;riences des patients avec de la cyclosporine A topique &#xE9;mulsion (TCSA) ophtalmique &#xE0; 0,05% (Restasis) pour traiter la k&#xE9;ratoconjonctivite s&#xE8;che (KCS) dans un contexte r&#xE9;el.

L&#x26;#39;impact de la cyclosporine A topique &#xE9;mulsion 0,05% sur les r&#xE9;sultats des patients avec k&#xE9;rato-conjonctivite Sicca

Die Auswirkungen der aktuellen Cyclosporin A-Emulsion 0,05% auf die Ergebnisse von Patienten mit Keratokonjunktivitis sicca.

Per valutare i pazienti esperienze con ciclosporina topica un&#39;emulsione oftalmica (Restasis) per trattare la cheratocongiuntivite secca (KCS) in un mondo reale 0,05% (tCSA).

L&#39;impatto della ciclosporina topica A emulsione 0.05% sugli esiti dei pazienti affetti da cheratocongiuntivite secca.

&#x5C40;&#x6240;&#x30B7;&#x30AF;&#x30ED;&#x30B9;&#x30DD;&#x30EA;&#x30F3;&#x73FE;&#x5B9F;&#x4E16;&#x754C;&#x306E;&#x8A2D;&#x5B9A;&#x3067;&#x4E7E;&#x6027;&#x89D2;&#x7D50;&#x819C;&#x708E;&#xFF08;KCS&#xFF09;&#x3092;&#x6CBB;&#x7642;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#xFF08;TCSA&#xFF09;0.05&#xFF05;&#x70B9;&#x773C;&#x30A8;&#x30DE;&#x30EB;&#x30B8;&#x30E7;&#x30F3;&#xFF08;Restasis&#xFF09;&#x60A3;&#x8005;&#x306E;&#x4F53;&#x9A13;&#x3092;&#x8A55;&#x4FA1;&#x3059;&#x308B;&#x3002;

&#x4E7E;&#x6027;&#x89D2;&#x7D50;&#x819C;&#x708E;&#x60A3;&#x8005;&#x306E;&#x30A2;&#x30A6;&#x30C8;&#x30AB;&#x30E0;&#x306B;&#x5BFE;&#x3059;&#x308B;&#x5C40;&#x6240;&#x30B7;&#x30AF;&#x30ED;&#x30B9;&#x30DD;&#x30EA;&#x30F3;&#x30A8;&#x30DE;&#x30EB;&#x30B8;&#x30E7;&#x30F3;0.05&#xFF05;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;

&#xD658;&#xC790; &#xB4E4;&#xC744; &#xD3C9;&#xAC00; &#xD558;&#xB294; (tCSA) 0.05%&#xC758; &#xC548;&#xACFC; &#xC5D0;&#xBA40;&#xC83C; (Restasis) &#xC131; &#xAC01; &#xACB0;&#xB9C9;&#xC5FC; sicca (&#xAD00;&#xC138;) &#xC2E4;&#xC81C; &#xD658;&#xACBD;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCE58;&#xB8CC; &#xD558; &#xAD6D; &#xC18C; cyclosporine&#xACFC; &#xACBD;&#xD5D8;.

&#xAD6D; &#xC18C; cyclosporine A&#xC758; &#xC601;&#xD5A5; &#xC131; &#xAC01; &#xACB0;&#xB9C9;&#xC5FC; sicca &#xD658;&#xC790;&#xC758; &#xACB0;&#xACFC;&#xC5D0; 0.05% &#xC5D0;&#xBA40;&#xC83C;.

Para evaluar las experiencias de los pacientes con ciclosporina A t&#xF3;pica (STT) emulsi&#xF3;n oft&#xE1;lmica 0,05% (Restasis) para el tratamiento de la queratoconjuntivitis seca (KCS) en un ambiente del mundo real.

El impacto de la ciclosporina A t&#xF3;pica Emulsi&#xF3;n 0,05% sobre los resultados de los pacientes con queratoconjuntivitis sicca

&#x8981;&#x8BC4;&#x4F30;&#x75C5;&#x4EBA;&#x7684;&#x7ECF;&#x9A8C;&#x4E13;&#x9898;&#x73AF;&#x5B62;&#x83CC;&#x7D20; (tCSA) 0.05%&#x773C;&#x79D1;&#x4E73;&#x6DB2; (Restasis) &#x6CBB;&#x7597;&#x5E72;&#x71E5;&#x6027;&#x89D2;&#x7ED3;&#x819C;&#x708E; (KCS) &#x5728;&#x771F;&#x5B9E;&#x4E16;&#x754C;&#x7684;&#x8BBE;&#x7F6E;&#x3002;

&#x5916;&#x7528;&#x73AF;&#x5B62;&#x7D20; A &#x7684;&#x5F71;&#x54CD;&#x4E73;&#x6DB2;&#x7684;&#x5E72;&#x71E5;&#x6027;&#x89D2;&#x7ED3;&#x819C;&#x708E;&#x60A3;&#x8005;&#x7ED3;&#x679C;&#x7684; 0.05%&#x3002;

&#x7EDF;&#x8BA1;&#x4E0A;&#x4EFB;&#x804C;&#x4E0A;&#x6E38;&#x5730;&#x533A;&#x7684; coregulated &#x57FA;&#x56E0;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x8BC6;&#x522B;&#x7406;&#x8BBA;&#x4E0A;&#x5E94;&#x5141;&#x8BB8;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x72EC;&#x8054;&#x4F53;&#x8C03;&#x63A7;&#x5143;&#x4EF6;&#x7684;&#x9274;&#x5B9A;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x5728;&#x5B9E;&#x8DF5;&#x4E2D;&#x72EC;&#x8054;&#x4F53;&#x76D1;&#x7BA1;&#x7684;&#x8BB8;&#x591A;&#x5185;&#x5BB9;&#x90FD;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x9000;&#x5316;&#xFF0C;&#x6392;&#x9664;&#x4F7F;&#x7528;&#x8BE6;&#x5C3D;&#x7684; word &#x8BA1;&#x7B97;&#x6218;&#x7565;&#x67E5;&#x660E;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x7684;&#x8EAB;&#x4EFD;&#x3002;&#x867D;&#x7136;&#x63A8;&#x65AD;&#x57FA;&#x5730;&#x5206;&#x5E03;&#x4F7F;&#x7528;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x6743;&#x91CD;&#x77E9;&#x9635;&#x7684;&#x5B58;&#x5728;&#x65E0;&#x6570;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x4F46;&#x6700;&#x8FD1;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x8868;&#x660E;&#xFF0C;&#x56FA;&#x6709;&#x7684;&#x6A21;&#x5F0F;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x53CA;&#x672A;&#x80FD;&#x8FBE;&#x6210;&#x5168;&#x7403;&#x6700;&#x4F73;&#x7684;&#x72EC;&#x7ACB;&#x6027;&#x5047;&#x8BBE;&#x9650;&#x5236;&#x8FD9;&#x79CD;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;

&#x754C; de novo &#x67E5;&#x660E;&#x7684;&#x9000;&#x5316;&#x72EC;&#x8054;&#x4F53;&#x76D1;&#x7BA1;&#x5185;&#x5BB9;&#x7684;&#x641C;&#x7D22;&#x3002;

The identification of statistically overrepresented sequences in the upstream regions of coregulated genes should theoretically permit the identification of potential cis-regulatory elements. However, in practice many cis-regulatory elements are highly degenerate, precluding the use of an exhaustive word-counting strategy for their identification. While numerous methods exist for inferring base distributions using a position weight matrix, recent studies suggest that the independence assumptions inherent in the model, as well as the inability to reach a global optimum, limit this approach.

Bounded search for de novo identification of degenerate cis-regulatory elements.

L&#x26;#39;identification de s&#xE9;quences statistiquement surrepr&#xE9;sent&#xE9;s dans les r&#xE9;gions en amont de g&#xE8;nes cor&#xE9;gul&#xE9;s devrait th&#xE9;oriquement permettre l&#x26;#39;identification des potentiels &#xE9;l&#xE9;ments cis-r&#xE9;gulateurs. Toutefois, en pratique, de nombreux &#xE9;l&#xE9;ments cis-r&#xE9;gulateurs sont fortement d&#xE9;g&#xE9;n&#xE9;r&#xE9;s, ce qui exclut l&#x26;#39;utilisation d&#x26;#39;un mot-exhaustive de comptage strat&#xE9;gie pour leur identification. Alors que de nombreuses m&#xE9;thodes existent pour inf&#xE9;rer les distributions de base en utilisant une matrice de poids de position, des &#xE9;tudes r&#xE9;centes sugg&#xE8;rent que les hypoth&#xE8;ses d&#x26;#39;ind&#xE9;pendance inh&#xE9;rentes au mod&#xE8;le, ainsi que l&#x26;#39;incapacit&#xE9; d&#x26;#39;atteindre un optimum global, limiter cette approche.

Recherche born&#xE9; pour De Novo Identification des d&#xE9;g&#xE9;n&#xE9;r&#xE9;s &#xE9;l&#xE9;ments cis-r&#xE9;gulateurs

Die Identifikation statistisch &uuml;berrepr&auml;sentiert Sequenzen in vorgelagerten Regionen coregulated Gene sollte theoretisch die Identifizierung von potenziellen Cis-regulatorischen Elementen erm&ouml;glichen. In der Praxis sind jedoch viele Cis-regulatorische Elementen stark degenerierte, entgegensteht, die Verwendung einer ersch&ouml;pfenden Wortz&auml;hlungs-Strategie f&uuml;r ihre Identifizierung. Zwar es zahlreiche Methoden zum Herleiten der Basis Distributions mit einer Lage-Gewicht-Matrix gibt, zufolge neuere Studien die Unabh&auml;ngigkeit Annahmen innewohnen des Modells sowie die Unf&auml;higkeit, eine global optimale erreichen dieser Ansatz beschr&auml;nken.

Die Suche nach de-Novo-Identifikation von degenerierten Cis-regulatorischen Elementen begrenzt.

L&#39;identificazione delle sequenze statisticamente sovrarappresentati nelle regioni a Monte dei geni coregulated teoricamente dovrebbe consentire l&#39;identificazione di potenziali elementi cis-regolatori. Tuttavia, in pratica, molti elementi cis-regolatori sono altamente degenerati, precludendo l&#39;utilizzo di una strategia di conteggio di parola esauriente per la loro identificazione. Mentre esistono numerosi metodi per la deduzione base distribuzioni usando una matrice di peso posizione, studi recenti suggeriscono che l&#39;ipotesi di indipendenza insite nel modello, come pure l&#39;incapacit&agrave; di raggiungere un optimum globale, limitano questo approccio.

Delimitata cerca de novo identificazione di elementi cis-regolatori degenerati.

&#x7D71;&#x8A08;&#x306E;&#x540C;&#x5B9A;&#x306F;coregulated&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x4E0A;&#x6D41;&#x9818;&#x57DF;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x306F;&#x7406;&#x8AD6;&#x7684;&#x306B;&#x306F;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x306A;&#x30B7;&#x30B9;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x30A8;&#x30EC;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x540C;&#x5B9A;&#x3092;&#x53EF;&#x80FD;&#x306B;&#x3059;&#x3079;&#x304D;&#x4EE3;&#x8868;&#x8005;&#x306E;&#x591A;&#x904E;&#x304E;&#x308B;&#x3002;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x5B9F;&#x969B;&#x306B;&#x306F;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x30B7;&#x30B9;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x30A8;&#x30EC;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x8B58;&#x5225;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x5FB9;&#x5E95;&#x7684;&#x306A;&#x5358;&#x8A9E;&#x30AB;&#x30A6;&#x30F3;&#x30C8;&#x6226;&#x7565;&#x306E;&#x4F7F;&#x7528;&#x3092;&#x6392;&#x9664;&#x3057;&#x3001;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x9000;&#x5316;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x591A;&#x6570;&#x306E;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x306F;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x306E;&#x91CD;&#x307F;&#x884C;&#x5217;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x305F;&#x63A8;&#x8AD6;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x30C7;&#x30A3;&#x30B9;&#x30C8;&#x30EA;&#x30D3;&#x30E5;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x5B58;&#x5728;&#x3057;&#x306A;&#x304C;&#x3089;&#x3001;&#x6700;&#x8FD1;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x306B;&#x56FA;&#x6709;&#x306E;&#x72EC;&#x7ACB;&#x6027;&#x306E;&#x4EEE;&#x5B9A;&#x3068;&#x540C;&#x69D8;&#x306B;&#x3001;&#x5927;&#x57DF;&#x7684;&#x6700;&#x9069;&#x89E3;&#x306B;&#x5230;&#x9054;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x306A;&#x3044;&#x304C;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x5236;&#x9650;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x304A;&#x52E7;&#x3081;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x7E2E;&#x9000;&#x306E;&#x30B7;&#x30B9;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x30A8;&#x30EC;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;de novo&#x540C;&#x5B9A;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x6709;&#x754C;&#x691C;&#x7D22;

Coregulated &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC5C5;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xB9BC; &#xC601;&#xC5ED;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD1B5;&#xACC4;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; overrepresented &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xC7A0;&#xC7AC;&#xC801;&#xC778; cis &#xADDC;&#xC81C; &#xC694;&#xC18C; &#xC2DD;&#xBCC4;&#xC744; &#xD5C8;&#xC6A9; &#xC774;&#xB860;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xD55C;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xC2E4;&#xC81C;&#xB85C; &#xB9CE;&#xC740; cis &#xADDC;&#xC815; &#xC694;&#xC18C;&#xB294; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xD0C0;&#xB77D; &#xD55C;, &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xC2E0;&#xBD84;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xCCA0;&#xC800; &#xD55C; &#xB2E8;&#xC5B4; &#xCE74;&#xC6B4;&#xD305; &#xC804;&#xB7B5;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD574;&#xC57C; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC218;&#xB9CE;&#xC740; &#xBC29;&#xBC95;&#xC774; &#xC874;&#xC7AC; &#xC704;&#xCE58; &#xBB34;&#xAC8C; &#xB9E4;&#xD2B8;&#xB9AD;&#xC2A4;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xAE30;&#xBCF8; &#xBC30;&#xD3EC;&#xD310;&#xC744; &#xC720;&#xCD94; &#xD558;&#xB294; &#xAC83;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xCD5C;&#xADFC; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xC81C;&#xC548; &#xB3C5;&#xB9BD; &#xAC00;&#xC815; &#xBAA8;&#xB378;, &#xAE00;&#xB85C;&#xBC8C; &#xCD5C;&#xC801;&#xC5D0; &#xB3C4;&#xB2EC; &#xD558;&#xB294; &#xBB34; &#xB2A5;&#xB825;&#xC5D0; &#xB0B4;&#xC7AC; &#xB41C;&#xC774; &#xC811;&#xADFC; &#xC81C;&#xD55C;.

&#xB4DC; &#xB178; &#xBCF4; &#xC2E0;&#xBD84;&#xC758; &#xD0C0;&#xB77D; &#xD55C; cis &#xADDC;&#xC81C; &#xC694;&#xC18C; &#xAC80;&#xC0C9; &#xC81C;&#xD55C;.

La identificaci&#xF3;n de secuencias estad&#xED;sticamente sobrerrepresentados en las regiones de aguas arriba de los genes coregulated te&#xF3;ricamente deber&#xED;a permitir la identificaci&#xF3;n de los posibles elementos reguladores cis. Sin embargo, en la pr&#xE1;ctica muchos elementos reguladores cis son altamente degenerados, lo que impide el uso de una exhaustiva palabra de conteo de estrategia para su identificaci&#xF3;n. Si bien existen numerosos m&#xE9;todos para inferir la distribuci&#xF3;n de base que utilizan una matriz de pesos posici&#xF3;n, estudios recientes sugieren que los supuestos de independencia inherentes al modelo, as&#xED; como la imposibilidad de alcanzar un &#xF3;ptimo global, limitar este enfoque.

B&#xFA;squeda limitada a De Novo identificaci&#xF3;n de los degenerados elementos reguladores cis-

&#x6F5C;&#x5728;&#x86CB;&#x767D;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9; (&#x72EC;&#x8054;&#x4F53;&#x8C03;&#x63A7;&#x5143;&#x4EF6;) &#x4E0A;&#x6E38;&#x5730;&#x533A;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x9274;&#x5B9A;&#x662F;&#x7406;&#x89E3;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x8C03;&#x8282;&#x673A;&#x5236;&#x7684;&#x5173;&#x952E;&#x3002;&#x4E3A;&#x6B64;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x73B0;&#x65F6;&#x7B80;&#x5355;&#x3001; &#x9AD8;&#x6548;&#x7684;&#x7B97;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x6881; &#xFF08;&#x6BCD;&#x9898;&#x627E;&#x6881;&#x641C;&#x7D22;&#x679A;&#x4E3E;&#x7B97;&#x6CD5;&#xFF09;&#xFF0C;&#x65E8;&#x5728;&#x53D1;&#x73B0;&#x7684;&#x72EC;&#x8054;&#x4F53;&#x76D1;&#x7BA1;&#x7684;&#x4E00;&#x7EC4;&#x76F8;&#x5173;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x4E0A;&#x6E38;&#x7684; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#x4E2D;&#x7684;&#x5143;&#x7D20;&#x3002;&#x6B64;&#x7B97;&#x6CD5;&#x5927;&#x5927;&#x9650;&#x5236;&#x6269;&#x5927;&#x5E8F;&#x5217;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x4E00;&#x4E2A;&#x6307;&#x6570;&#x4E2D;&#x7684;&#x56FE;&#x6848;&#x4E4B;&#x4E00;&#xFF0C;&#x662F;&#x7EBF;&#x6027;&#x7684;&#x8981;&#x6C42;&#x957F;&#x5EA6;&#x8F6C;&#x6362;&#x95EE;&#x9898;&#x7684;&#x641C;&#x7D22;&#x7A7A;&#x95F4;&#x3002;&#x4E0E;&#x91C7;&#x6837;&#x7B97;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x662F;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7B97;&#x6CD5;&#x6536;&#x655B;&#xFF0C;&#x80FD;&#x591F;&#x627E;&#x5230;&#x4E0E;&#x4F4E;&#x6545;&#x969C;&#x7387;&#x7684;&#x7EDF;&#x8BA1;&#x4EFB;&#x804C;&#x56FE;&#x6848;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7B97;&#x6CD5;&#x662F;&#x4E0D;&#x4F9D;&#x8D56;&#x4E8E;&#x76EE;&#x6807;&#x51FD;&#x6570;&#x6216;&#x4F7F;&#x7528;&#x7684;&#x6709;&#x673A;&#x4F53;&#x3002;&#x5019;&#x9009;&#x56FE;&#x6848;&#x7684;&#x7A7A;&#x95F4;&#x9650;&#x5236;&#x542F;&#x7528;&#x7684;&#x7B97;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x53EA;&#x4E13;&#x6CE8;&#x4E8E;&#x90A3;&#x4E9B;&#x6700;&#x6709;&#x53EF;&#x80FD;&#x88AB;&#x751F;&#x7269;&#x6709;&#x5173;&#x7684;&#x56FE;&#x6848;&#xFF0C;&#x5E76;&#x542F;&#x7528;&#x8981;&#x4F7F;&#x7528;&#x80CC;&#x666F;&#x9891;&#x7387;&#x7684;&#x76F4;&#x63A5;&#x8BC4;&#x4EF7;&#xFF0C;&#x800C;&#x4E0D;&#x662F;&#x8BC9;&#x8BF8;&#x6982;&#x7387;&#x4F30;&#x8BA1;&#x7684;&#x7B97;&#x6CD5;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x5019;&#x9009;&#x4EBA;&#x56FE;&#x6848;&#x7684;&#x7A7A;&#x95F4;&#x9650;&#x5236;&#x4F7F;&#x80FD;&#x591F;&#x4F7F;&#x7528;&#x6D88;&#x8017;&#x5927;&#x91CF;&#x8BA1;&#x7B97;&#x8D44;&#x6E90;&#x7684;&#x76EE;&#x6807;&#x51FD;&#x6570;&#xFF0C;&#x80FD;&#x591F;&#x6B63;&#x786E;&#x8BC6;&#x522B;&#x751F;&#x7269;&#x6709;&#x5173;&#x7684;&#x56FE;&#x6848;&#x3002;

&#x6881;&#xFF1A; &#x6881;&#x641C;&#x7D22;&#x7B97;&#x6CD5;&#x5728;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4E2D;&#x7684;&#x72EC;&#x8054;&#x4F53;&#x8C03;&#x63A7;&#x5143;&#x4EF6;&#x7684;&#x9274;&#x5B9A;&#x3002;

The identification of potential protein binding sites (cis-regulatory elements) in the upstream regions of genes is key to understanding the mechanisms that regulate gene expression. To this end, we present a simple, efficient algorithm, BEAM (beam-search enumerative algorithm for motif finding), aimed at the discovery of cis-regulatory elements in the DNA sequences upstream of a related group of genes. This algorithm dramatically limits the search space of expanded sequences, converting the problem from one that is exponential in the length of motifs sought to one that is linear. Unlike sampling algorithms, our algorithm converges and is capable of finding statistically overrepresented motifs with a low failure rate. Further, our algorithm is not dependent on the objective function or the organism used. Limiting the space of candidate motifs enables the algorithm to focus only on those motifs that are most likely to be biologically relevant and enables the algorithm to use direct evaluations of background frequencies instead of resorting to probabilistic estimates. In addition, limiting the space of candidate motifs makes it possible to use computationally expensive objective functions that are able to correctly identify biologically relevant motifs.

BEAM: a beam search algorithm for the identification of cis-regulatory elements in groups of genes.

L&#x26;#39;identification de sites potentiels de fixation de prot&#xE9;ines (&#xE9;l&#xE9;ments cis-r&#xE9;gulateurs) dans les r&#xE9;gions en amont de g&#xE8;nes est essentielle pour comprendre les m&#xE9;canismes qui r&#xE9;gulent l&#x26;#39;expression des g&#xE8;nes. &#xC0; cette fin, nous pr&#xE9;sentons un simple algorithme efficace, BEAM (faisceau algorithme de recherche &#xE9;num&#xE9;rative pour motif de recherche), visant &#xE0; la d&#xE9;couverte de cis-r&#xE9;gulatrices &#xE9;l&#xE9;ments dans des s&#xE9;quences d&#x26;#39;ADN en amont d&#x26;#39;un groupe li&#xE9; de g&#xE8;nes. Cet algorithme limite consid&#xE9;rablement l&#x26;#39;espace de recherche de s&#xE9;quences expans&#xE9;es, la conversion du probl&#xE8;me de celui qui est exponentielle de la longueur de motifs recherch&#xE9;s &#xE0; celle qui est lin&#xE9;aire. Contrairement &#xE0; des algorithmes d&#x26;#39;&#xE9;chantillonnage, notre algorithme converge et est capable de trouver des motifs statistiquement surrepr&#xE9;sent&#xE9;s avec un faible taux d&#x26;#39;&#xE9;chec. En outre, l&#x26;#39;algorithme n&#x26;#39;est pas d&#xE9;pendante de la fonction objective ou l&#x26;#39;organisme utilis&#xE9;. Limiter l&#x26;#39;espace de motifs candidats permet &#xE0; l&#x26;#39;algorithme de se concentrer uniquement sur ces motifs qui sont les plus susceptibles d&#x26;#39;&#xEA;tre biologiquement pertinente et permet &#xE0; l&#x26;#39;algorithme &#xE0; utiliser des &#xE9;valuations directes de fr&#xE9;quences de fond au lieu de recourir &#xE0; des estimations probabilistes. En outre, en limitant l&#x26;#39;espace de motifs candidats, il est possible d&#x26;#39;utiliser des fonctions objectives de calcul co&#xFB;teux qui sont en mesure d&#x26;#39;identifier correctement des motifs biologiquement pertinentes.

FAISCEAU: un algorithme de recherche de faisceau pour l&#x26;#39;identification des &#xE9;l&#xE9;ments cis-r&#xE9;gulateurs dans des groupes de g&#xE8;nes

Die Identifizierung von potenziellen Protein-Bindungsstellen (Cis-regulatorischen Elementen) in vorgelagerten Regionen von Genen ist Schl&uuml;ssel zum Verst&auml;ndnis der Mechanismen, die Genexpression regulieren. Zu diesem Zweck stellen wir eine einfache und effiziente Algorithmus, Strahl (Strahl-wehtut Suchalgorithmus Motiv zu finden), darauf abzielen, die Entdeckung von Cis-regulatorischen Elementen in der DNA-Sequenzen oberhalb der eine zusammenh&auml;ngende Gruppe von Genen. Dieser Algorithmus begrenzt drastisch den Suchraum der erweiterten Sequenzen, konvertieren das Problem von einer, die exponentiell in der L&auml;nge von Motiven, die versuchten, das linear ist. Im Gegensatz zu Probenahme Algorithmen unser Algorithmus konvergiert und kann statistisch &uuml;berrepr&auml;sentiert Motive mit einer niedrigen Fehlerquote zu finden. Die Zielfunktion oder den Organismus verwendet abh&auml;ngig ist, nicht unser Algorithmus. Begrenzung des Raumes der Kandidat Motive kann den Algorithmus nur auf die Motive konzentrieren, die am ehesten biologisch relevant sein und den Algorithmus zum direkte Auswertungen Hintergrund Frequenzen verwenden statt R&uuml;ckgriff auf probabilistischen Sch&auml;tzungen. Dar&uuml;ber hinaus macht begrenzen den Raum der Kandidat Motiven es m&ouml;glich rechnerisch teuer Objektive Funktionen verwenden, die biologisch relevanten Motive richtig identifizieren k&ouml;nnen.

Breite: ein Strahl-Suchalgorithmus zur Identifizierung von Cis-regulatorische Elemente in Gruppen von Genen.

L&#39;identificazione di potenziali siti di legame proteico (elementi cis-regolatori) nelle regioni a Monte dei geni &egrave; la chiave per comprendere i meccanismi che regolano l&#39;espressione genica. A tal fine, vi presentiamo un algoritmo semplice, efficiente, fascio (algoritmo enumerativi fascio-ricerca per l&#39;individuazione di motivo), finalizzato alla scoperta di elementi cis-regolatori in sequenze di DNA a Monte di un gruppo di geni correlato. Questo algoritmo limita notevolmente lo spazio di ricerca di sequenze espanse, il problema di conversione da uno che &egrave; esponenziale nella lunghezza di motivi cercato di uno che &egrave; lineare. A differenza di algoritmi di campionamento, nostro algoritmo converge ed &egrave; in grado di trovare motivi sovrarappresentati statisticamente con un tasso di guasto basso. Ulteriormente, il nostro algoritmo non &egrave; dipendente da funzione obiettivo o l&#39;organismo utilizzato. Limitando lo spazio di motivi candidato consente l&#39;algoritmo di concentrarsi solo su quei motivi che sono pi&ugrave; probabili essere biologicamente rilevanti e consente l&#39;algoritmo da utilizzare valutazioni diretti delle frequenze di sfondo invece di ricorrere a stime probabilistiche. Inoltre, limitando lo spazio di motivi candidato rende possibile utilizzare funzioni obiettive computazionalmente costose che sono in grado di identificare correttamente i motivi biologicamente rilevanti.

TRAVE: un fascio algoritmo di ricerca per l&#39;individuazione di elementi cis-regolatori in gruppi di geni.

&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x4E0A;&#x6D41;&#x9818;&#x57DF;&#x306E;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x306A;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#xFF08;&#x30B7;&#x30B9;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x30A8;&#x30EC;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#xFF09;&#x306E;&#x540C;&#x5B9A;&#x306F;&#x3001;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x3092;&#x7406;&#x89E3;&#x3059;&#x308B;&#x9375;&#x3068;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x76EE;&#x7684;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x95A2;&#x9023;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x306E;&#x4E0A;&#x6D41;&#x306E;DNA&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x30B7;&#x30B9;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x30A8;&#x30EC;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x767A;&#x898B;&#x3092;&#x76EE;&#x6307;&#x3057;&#x305F;&#x3001;&#x30B7;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x3067;&#x52B9;&#x7387;&#x7684;&#x306A;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30EA;&#x30BA;&#x30E0;&#x3001;&#x30D3;&#x30FC;&#x30E0;&#xFF08;&#x898B;&#x3064;&#x3051;&#x308B;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x306E;&#x30D3;&#x30FC;&#x30E0;&#x63A2;&#x7D22;&#x6570;&#x3048;&#x4E0A;&#x3052;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30EA;&#x30BA;&#x30E0;&#xFF09;&#x304C;&#x5B58;&#x5728;&#x3059;&#x308B;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30EA;&#x30BA;&#x30E0;&#x306F;&#x3001;&#x98DB;&#x8E8D;&#x7684;&#x306B;&#x7DDA;&#x5F62;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3082;&#x306E;&#x306B;&#x6C42;&#x3081;&#x3089;&#x308C;&#x308B;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x306E;&#x9577;&#x3055;&#x306E;&#x6307;&#x6570;&#x306F;1&#x3064;&#x304B;&#x3089;&#x554F;&#x984C;&#x306B;&#x5909;&#x63DB;&#x3057;&#x3001;&#x62E1;&#x5F35;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x63A2;&#x7D22;&#x7A7A;&#x9593;&#x3092;&#x5236;&#x9650;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30EA;&#x30BA;&#x30E0;&#x3068;&#x306F;&#x7570;&#x306A;&#x308A;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30EA;&#x30BA;&#x30E0;&#x306F;&#x53CE;&#x675F;&#x3057;&#x3001;&#x4F4E;&#x3044;&#x6545;&#x969C;&#x7387;&#x3068;&#x7D71;&#x8A08;&#x7684;&#x306B;&#x4EE3;&#x8868;&#x8005;&#x306E;&#x591A;&#x904E;&#x304E;&#x308B;&#x306E;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x3092;&#x898B;&#x3064;&#x3051;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30EA;&#x30BA;&#x30E0;&#x306F;&#x76EE;&#x7684;&#x95A2;&#x6570;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x751F;&#x7269;&#x306B;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;&#x5019;&#x88DC;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x306E;&#x30B9;&#x30DA;&#x30FC;&#x30B9;&#x3092;&#x5236;&#x9650;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3067;&#x3001;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30EA;&#x30BA;&#x30E0;&#x306F;&#x3001;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x7684;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x6700;&#x3082;&#x9AD8;&#x3044;&#x3068;&#x78BA;&#x7387;&#x306E;&#x63A8;&#x5B9A;&#x306B;&#x983C;&#x308B;&#x306E;&#x3067;&#x306F;&#x306A;&#x304F;&#x80CC;&#x666F;&#x306E;&#x5468;&#x6CE2;&#x6570;&#x306E;&#x76F4;&#x63A5;&#x8A55;&#x4FA1;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30EA;&#x30BA;&#x30E0;&#x3092;&#x53EF;&#x80FD;&#x306B;&#x3057;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x306B;&#x3060;&#x3051;&#x96C6;&#x4E2D;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3001;&#x5019;&#x88DC;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x306E;&#x30B9;&#x30DA;&#x30FC;&#x30B9;&#x3092;&#x5236;&#x9650;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x53EF;&#x80FD;&#x306B;&#x6B63;&#x3057;&#x304F;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x7684;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3057;&#x305F;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x8A08;&#x7B97;&#x30B3;&#x30B9;&#x30C8;&#x304C;&#x9AD8;&#x3044;&#x306E;&#x76EE;&#x7684;&#x95A2;&#x6570;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

BEAM&#xFF1A;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x5185;&#x306E;&#x30B7;&#x30B9;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x30A8;&#x30EC;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x540C;&#x5B9A;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30D3;&#x30FC;&#x30E0;&#x63A2;&#x7D22;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30EA;&#x30BA;&#x30E0;

&#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC0C1;&#xB958; &#xC9C0;&#xC5ED;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC7A0;&#xC7AC;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC758;&#xBB34; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; (cis &#xADDC;&#xC81C; &#xC694;&#xC18C;)&#xC758; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604;&#xC744; &#xC870;&#xC808; &#xD558;&#xB294; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xC744; &#xC774;&#xD574; &#xD558;&#xB294; &#xC5F4;&#xC1E0;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xAD00;&#xB828;&#xB41C; &#xADF8;&#xB8F9;&#xC758; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; DNA &#xC21C;&#xC11C;&#xB97C; &#xC0C1;&#xB958;&#xC5D0;&#xC11C; cis &#xADDC;&#xC815; &#xC694;&#xC18C; &#xBC1C;&#xACAC;&#xC744; &#xACA8;&#xB0E5; &#xD55C; &#xAC04;&#xD3B8; &#xD558; &#xACE0; &#xD6A8;&#xC728;&#xC801;&#xC778; &#xC54C;&#xACE0;&#xB9AC;&#xC998;, &#xBE54; (&#xBE54; &#xAC80;&#xC0C9; enumerative &#xC54C;&#xACE0;&#xB9AC;&#xC998; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xD504; &#xCC3E;&#xAE30;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C;), &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00;&#xC774; &#xC704;&#xD574;. &#xC774; &#xC54C;&#xACE0;&#xB9AC;&#xC998;&#xC740; &#xADF9;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xD558;&#xB098; &#xD558;&#xB098; &#xC120;&#xD615;&#xC740; &#xD558;&#xACE0;&#xC790; &#xD558;&#xB294; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xD504;&#xC758; &#xAE38;&#xC774;&#xC5D0; &#xC9C0; &#xC218;&#xB294; &#xBB38;&#xC81C;&#xB97C; &#xBCC0;&#xD658; &#xD655;&#xC7A5; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xAC80;&#xC0C9; &#xACF5;&#xAC04;&#xC744; &#xC81C;&#xD55C; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC0D8;&#xD50C;&#xB9C1; &#xC54C;&#xACE0;&#xB9AC;&#xC998; &#xB2EC;&#xB9AC; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC54C;&#xACE0;&#xB9AC;&#xC998; &#xC218;&#xB834; &#xD558;&#xBA70; &#xB0AE;&#xC740; &#xACE0;&#xC7A5;&#xC728;&#xC73C;&#xB85C; &#xD1B5;&#xACC4;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; overrepresented &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C;&#xB97C; &#xCC3E;&#xB294; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB610;&#xD55C;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC54C;&#xACE0;&#xB9AC;&#xC998; &#xBAA9;&#xC801; &#xD568;&#xC218; &#xB610;&#xB294; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB418;&#xB294; &#xC720;&#xAE30; &#xCCB4;&#xC5D0; &#xC885;&#xC18D; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xD6C4;&#xBCF4; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xD504;&#xC758; &#xACF5;&#xAC04; &#xC81C;&#xD55C; &#xC54C;&#xACE0;&#xB9AC;&#xC998;&#xC740; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xAD00;&#xB828;&#xC774; &#xC788;&#xC744; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC774; &#xB192;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xADF8; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C;&#xC5D0;&#xB9CC; &#xC9D1;&#xC911;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xAC8C; &#xD558; &#xACE0; &#xD655;&#xB960; &#xCD94;&#xC815;&#xC5D0;&#xC758; &#xC9C0; &#xD558;&#xB294; &#xB300;&#xC2E0; &#xBC30;&#xACBD; &#xC8FC;&#xD30C;&#xC218;&#xC758; &#xC9C1;&#xC811; &#xD3C9;&#xAC00; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558;&#xB294; &#xC54C;&#xACE0;&#xB9AC;&#xC998;. &#xB610;&#xD55C;, &#xD6C4;&#xBCF4; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xD504;&#xC758; &#xACF5;&#xAC04; &#xC81C;&#xD55C; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559; &#xAD00;&#xB828; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C;&#xB97C; &#xC62C;&#xBC14;&#xB974;&#xAC8C; &#xC2DD;&#xBCC4;&#xD560; &#xC218; &#xB9CE;&#xC740; &#xACC4;&#xC0B0; &#xACFC;&#xC815;&#xC774; &#xD544;&#xC694;&#xD55C; &#xAC1D;&#xAD00;&#xC801;&#xC778; &#xD568;&#xC218; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC;.

&#xBE54;: &#xBE54; &#xAC80;&#xC0C9; &#xC54C;&#xACE0;&#xB9AC;&#xC998;&#xC744; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xADF8;&#xB8F9; ci &#xADDC;&#xC815; &#xC694;&#xC18C; &#xC2DD;&#xBCC4;.

La identificaci&#xF3;n de sitios potenciales de uni&#xF3;n de prote&#xED;nas (cis-elementos reguladores) en las regiones de aguas arriba de los genes es clave para entender los mecanismos que regulan la expresi&#xF3;n g&#xE9;nica. Con este fin, se presenta un algoritmo simple, eficiente, BEAM (haz algoritmo de b&#xFA;squeda enumerativa de encontrar motivos), cuyo objetivo es el descubrimiento de elementos reguladores cis-en las secuencias de ADN aguas arriba de un grupo relacionado de los genes. Este algoritmo limita dr&#xE1;sticamente el espacio de b&#xFA;squeda de secuencias expandidas, convirtiendo el problema de una que es exponencial en la longitud de los motivos tratado de una que es lineal. A diferencia de los algoritmos de toma de muestras, nuestro algoritmo converge y es capaz de encontrar motivos estad&#xED;sticamente sobre-representados con una baja tasa de fallos. Adem&#xE1;s, el algoritmo no depende de la funci&#xF3;n objetivo o el organismo utilizado. Limitar el espacio de los motivos candidatos permite que el algoritmo para centrarse &#xFA;nicamente en los motivos que tienen m&#xE1;s probabilidades de ser biol&#xF3;gicamente relevante y permite que el algoritmo a utilizar las evaluaciones directas de frecuencias de fondo en lugar de recurrir a las estimaciones probabil&#xED;sticas. Adem&#xE1;s, lo que limita el espacio de motivos candidatos hace posible el uso de funciones objetivo computacionalmente costosos que son capaces de identificar correctamente motivos biol&#xF3;gicamente relevantes.

BEAM: un algoritmo de b&#xFA;squeda en haz para la identificaci&#xF3;n de elementos reguladores cis-en grupos de genes

&#x751F;&#x7269;&#x819C;&#x5F62;&#x6210;&#x901A;&#x5E38;&#x88AB;&#x63CF;&#x8FF0;&#x4E3A;&#x53D7;&#x73AF;&#x5883;&#x7EBF;&#x7D22;&#x7684;&#x53D1;&#x80B2;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x3002;&#x5728;&#x76EE;&#x524D;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5C55;&#x793A;&#x673A;&#x68B0;&#x6A21;&#x578B;&#x6765;&#x89E3;&#x91CA;&#x89C4;&#x4F8B;&#x7684;&#x8367;&#x5149;&#x5047;&#x5355;&#x80DE;&#x83CC;&#x751F;&#x7269;&#x819C;&#x5F62;&#x6210;&#x7684;&#x73AF;&#x5883;&#x6709;&#x5173;&#x4FE1;&#x53F7;&#x65E0;&#x673A;&#x78F7; &#xFF08;P(i))&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x663E;&#x793A;&#x8BE5;&#x6FC0;&#x6D3B;&#x7684; Pho regulon&#xFF0C;&#x78F7;&#x9650;&#x5236;&#xFF0C;&#x9002;&#x5E94;&#x4E3B;&#x8981;&#x9014;&#x5F84;&#x4E2D;&#x7684; c-di-GMP &#x78F7;&#x9178;&#x4E8C;&#x916F;&#x9176;&#x7684;&#x6761;&#x4EF6;&#x8868;&#x8FBE;&#x5F0F;&#x7684;&#x7ED3;&#x679C;&#x79F0;&#x4E3A;&#x62C9;&#x5E15;&#x3002;&#x9057;&#x4F20;&#x5206;&#x6790;&#x8868;&#x660E;&#x62C9;&#x5E15;&#x662F;&#x4E00;&#x79CD;&#x6291;&#x5236;&#x5242;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x819C;&#x5F62;&#x6210;&#x548C;&#x6240;&#x9700;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x819C;&#x5F62;&#x6210;&#x7684;&#x9650;&#x5236; P(i) &#x54CD;&#x5E94;&#x7684;&#x635F;&#x5931;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E;&#x829C;&#x964D;&#x4F4E;&#x4E86; c-di-GMP&#xFF0C;&#x8FD9;&#x53CD;&#x8FC7;&#x6765;&#x6291;&#x5236;&#x5206;&#x6CCC;&#x7684; LapA&#xFF0C;&#x6240;&#x9700;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x819C;&#x5F62;&#x6210;&#x7684;&#x4F53;&#x80B2;&#x8367;&#x5149;&#x5927;&#x7C98;&#x9644;&#x7684;&#x6C34;&#x5E73;&#x3002;C-di-GMP &#x80FD;&#x591F;&#x8C03;&#x8282;&#x86CB;&#x767D;&#x5206;&#x6CCC;&#x662F;&#x5C0F;&#x8BF4;&#x67E5;&#x627E;&#x548C;&#x8FDB;&#x4E00;&#x6B65;&#x6269;&#x5C55;&#x7684; c-di-GMP &#x4EE5;&#x5916;&#xFF0C;&#x89C4;&#x7BA1;&#x80DE;&#x5916;&#x591A;&#x7CD6;&#x5408;&#x6210;&#x53CA;&#x52A8;&#x529B;&#x751F;&#x7269;&#x5F71;&#x54CD;&#x3002;&#x6709;&#x8DA3;&#x7684;&#x662F;&#xFF0C;Pho regulon &#x8868;&#x8FBE;&#x5F0F;&#x6CA1;&#x6709;&#x635F;&#x5BB3;&#x5230;&#x8868;&#x9762;&#x7684;&#x9644;&#x4EF6;&#x7684;&#x901F;&#x7387;&#xFF0C;&#x4F46;&#x4E0E;&#x8868;&#x9762;&#x66F4;&#x7A33;&#x5B9A;&#x7684;&#x4E92;&#x52A8;&#x800C;&#x6291;&#x5236;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x8FC7;&#x6E21;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x63A8;&#x6D4B; Pho regulon &#x8868;&#x8FBE;&#x5F0F;&#x8D4B;&#x4E88;&#x4F53;&#x80B2;&#x8367;&#x5149;&#x9762;&#x9065;&#x611F;&#x6A21;&#x5F0F;&#x548C;&#x8868;&#x660E;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x79CD;&#x6218;&#x7565;&#x53EF;&#x80FD;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x9002;&#x7528;&#x4E8E;&#x5176;&#x4ED6;&#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x3002;

C-di-GMP &#x6C34;&#x5E73;&#x7684;&#x78F7;&#x9178;&#x76D0;&#x4F9D;&#x8D56;&#x8C03;&#x5236;&#x901A;&#x8FC7;&#x63A7;&#x5236; LapA &#x9ECF;&#x9644;&#x7D20;&#x7684;&#x5206;&#x6CCC;&#x8C03;&#x8282;&#x8367;&#x5149;&#x5047;&#x5355;&#x80DE;&#x83CC; Pf0 1 &#x751F;&#x7269;&#x819C;&#x5F62;&#x6210;&#x3002;

Biofilm formation is commonly described as a developmental process regulated by environmental cues. In the current study we present a mechanistic model to explain regulation of Pseudomonas fluorescens biofilm formation by the environmentally relevant signal inorganic phosphate (P(i)). We show that activation of the Pho regulon, the major pathway for adaptation to phosphate limitation, results in conditional expression of a c-di-GMP phosphodiesterase referred to as RapA. Genetic analysis indicated that RapA is an inhibitor of biofilm formation and required for loss of biofilm formation in response to limiting P(i). Our results suggest that RapA lowers the level of c-di-GMP, which in turn inhibits the secretion of LapA, a large adhesion required for biofilm formation by P. fluorescens. The ability of c-di-GMP to modulate protein secretion is a novel finding and further extends the biological influence of c-di-GMP beyond that of regulating exopolysaccharide synthesis and motility. Interestingly, Pho regulon expression does not impinge on the rate of attachment to a surface but rather inhibits the transition of cells to a more stable interaction with the surface. We hypothesize that Pho regulon expression confers a surface-sensing mode on P. fluorescens and suggest this strategy may be broadly applicable to other bacteria.

Phosphate-dependent modulation of c-di-GMP levels regulates Pseudomonas fluorescens Pf0-1 biofilm formation by controlling secretion of the adhesin LapA.

La formation du biofilm est commun&#xE9;ment d&#xE9;crite comme un processus de d&#xE9;veloppement r&#xE9;gul&#xE9; par des signaux environnementaux. Dans l&#x26;#39;&#xE9;tude actuelle, nous pr&#xE9;sentons un mod&#xE8;le m&#xE9;caniste pour expliquer la r&#xE9;gulation de la formation du biofilm de Pseudomonas fluorescens par le phosphate inorganique signal de l&#x26;#39;environnement pertinents (P (i)). Nous montrons que l&#x26;#39;activation du r&#xE9;gulon Pho, la principale voie pour l&#x26;#39;adaptation &#xE0; la limitation de phosphate, les r&#xE9;sultats de l&#x26;#39;expression conditionnelle d&#x26;#39;un c-di-GMP phosphodiesterase d&#xE9;nomm&#xE9;e Rapa. Analyse g&#xE9;n&#xE9;tique a indiqu&#xE9; que Rapa est un inhibiteur de la formation de biofilm et n&#xE9;cessaire pour la perte de la formation de biofilm en r&#xE9;ponse &#xE0; la limitation P (i). Nos r&#xE9;sultats sugg&#xE8;rent que Rapa abaisse le niveau de c-di-GMP, qui &#xE0; son tour inhibe la s&#xE9;cr&#xE9;tion de Lapa, une adh&#xE9;sion importante n&#xE9;cessaire &#xE0; la formation du biofilm par P. fluorescens. La capacit&#xE9; de c-di-GMP &#xE0; moduler la s&#xE9;cr&#xE9;tion de la prot&#xE9;ine est une nouvelle d&#xE9;couverte et s&#x26;#39;&#xE9;tend en outre l&#x26;#39;influence biologique de c-di-GMP au-del&#xE0; de r&#xE9;gulation de la synth&#xE8;se des exopolysaccharides et de la motilit&#xE9;. Fait int&#xE9;ressant, Pho r&#xE9;gulon d&#x26;#39;expression ne pas empi&#xE9;ter sur le taux de fixation &#xE0; une surface, mais inhibe plut&#xF4;t la transition des cellules &#xE0; une interaction plus stable avec la surface. Nous &#xE9;mettons l&#x26;#39;hypoth&#xE8;se que les Pho r&#xE9;gulon expression conf&#xE8;re un mode de surface de d&#xE9;tection de P. fluorescens sur et sugg&#xE8;rent que cette strat&#xE9;gie peut &#xEA;tre largement applicable &#xE0; d&#x26;#39;autres bact&#xE9;ries.

Phosphate-d&#xE9;pendante de modulation de la C-di-GMP niveaux R&#xE9;gule Pseudomonas fluorescens Formation PF0-1 biofilm par contr&#xF4;le de la s&#xE9;cr&#xE9;tion de la Lapa Adhesin

Biofilm-Bildung wird h&auml;ufig als einen Entwicklungsprozess, geregelt durch &ouml;kologische Signale beschrieben. In der aktuellen Studie pr&auml;sentieren wir eine mechanistische Modell zu erkl&auml;ren, Verordnung Pseudomonas Fluorescens Biofilm Formation von umweltrelevanten Signal anorganischen Phosphat (P(i)). Wir zeigen die Aktivierung der Pho Regulon, der gro&szlig;e Weg zur Anpassung an Phosphat Einschr&auml;nkung, genannt Ergebnisse in bedingten Ausdruck von einer c-di-GMP Phosphodiesterase RapA. Genetische Analyse ergab, dass RapA ein Inhibitor der Biofilm-Bildung ist und f&uuml;r Verlust der Biofilm Formation als Reaktion auf die Begrenzung der P(i) erforderlich. Unsere Ergebnisse legen nahe, dass RapA senkt das Niveau der c-di-GMP, das wiederum die Sekretion von LapA, eine gro&szlig;e Adh&auml;sion zur Biofilm-Bildung von p. Fluorescens erforderlich hemmt. Die F&auml;higkeit des c-di-GMP, Protein Sekretion moduliert ist, dass ein Roman suchen und weitere den biologischen Einfluss des c-di-GMP &uuml;ber die Regulierung von Exopolysaccharide Synthese und Motilit&auml;t erweitert. Interessanterweise Pho Regulon Ausdruck beeinflusst nicht auf den Preis der Anlage auf einer Fl&auml;che aber eher hemmt den &Uuml;bergang von Zellen zu einer stabileren Interaktion mit der Oberfl&auml;che. Wir vermuten, dass Pho Regulon Ausdruck verleiht einen Oberfl&auml;che-Sensorik-Modus auf p. Fluorescens und schlage vor, dass diese Strategie auf andere Bakterien breit anwendbar sind.

Phosphat-abh&auml;ngigen Modulation der c-di-GMP Ebenen regelt Pseudomonas Fluorescens Pf0-1-Biofilm-Bildung durch die Kontrolle der Sekretion von Adhesin LapA.

Formazione di biofilm &egrave; comunemente descritto come un processo di sviluppo regolato da stimoli ambientali. In questo studio presentiamo un modello meccanicistico per spiegare il regolamento della formazione di biofilm di Pseudomonas fluorescens da fosfato inorganico il segnale ecologicamente rilevanti (P(i)). Mostriamo che attivazione della Pho regulon, la via principale per l&#39;adattamento a una limitazione di fosfato, risultati nell&#39;espressione condizionale di una fosfodiesterasi di c-di-GMP denominato RapA. Analisi genetica indicano che la RapA &egrave; un inibitore della formazione di biofilm e necessaria per la perdita della formazione di biofilm in risposta a limitare P(i). I nostri risultati suggeriscono che la RapA abbassa il livello di c-di-GMP, che a sua volta inibisce la secrezione di LapA, una grande aderenza necessaria per la formazione di biofilm di p. fluorescens. La capacit&agrave; di modulare la secrezione della proteina c-di-GMP &egrave; che un romanzo di trovare e ulteriore estende l&#39;influenza biologica di c-di-GMP oltre che di regolazione della motilit&agrave; e sintesi di esopolisaccaridi. &Egrave; interessante notare che, Pho regulon espressione non incidono sul tasso di attaccamento ad una superficie, ma piuttosto inibisce la transizione delle cellule ad un&#39;interazione pi&ugrave; stabile con la superficie. Ipotizziamo che Pho regulon espressione conferisce una modalit&agrave; di rilevazione della superficie p. fluorescens e suggerire questa strategia pu&ograve; essere ampiamente applicabile ad altri batteri.

Fosfato-dipendenti dalla modulazione dei livelli di c-di-GMP regola Pseudomonas fluorescens Pf0-1 formazione di biofilm da controllo della secrezione di adhesin LapA.

&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x30D5;&#x30A3;&#x30EB;&#x30E0;&#x5F62;&#x6210;&#x306F;&#x3001;&#x4E00;&#x822C;&#x74B0;&#x5883;&#x306E;&#x5408;&#x56F3;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x898F;&#x5236;&#x306E;&#x767A;&#x9054;&#x904E;&#x7A0B;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x8A18;&#x8FF0;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x73FE;&#x5728;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x74B0;&#x5883;&#x95A2;&#x9023;&#x306E;&#x4FE1;&#x53F7;&#x7121;&#x6A5F;&#x30EA;&#x30F3;&#x9178;&#xFF08;P&#xFF08;i&#xFF09;&#xFF09;&#x3067;&#x30B7;&#x30E5;&#x30FC;&#x30C9;&#x30E2;&#x30CA;&#x30B9;&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x30D5;&#x30A3;&#x30EB;&#x30E0;&#x5F62;&#x6210;&#x306E;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3092;&#x8AAC;&#x660E;&#x3059;&#x308B;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x306E;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3092;&#x63D0;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30EC;&#x30AE;&#x30E5;&#x30ED;&#x30F3;&#x3001;&#x30EA;&#x30F3;&#x9178;&#x5869;&#x306E;&#x5236;&#x9650;&#x306B;&#x9069;&#x5FDC;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x4E3B;&#x8981;&#x306A;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x306E;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3001;C  - &#x30B8; -  GMP&#x306E;&#x6761;&#x4EF6;&#x5F0F;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x3001;&#x30DB;&#x30B9;&#x30DB;&#x30B8;&#x30A8;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E9;&#x30FC;&#x30BC;&#x30E9;&#x30D1;&#x30CC;&#x30A4;&#x3068;&#x547C;&#x3070;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x89E3;&#x6790;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x30E9;&#x30D1;&#x30CC;&#x30A4;&#x306F;&#x3001;P&#xFF08;i&#xFF09;&#x3092;&#x5236;&#x9650;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x5FDC;&#x7B54;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x30D5;&#x30A3;&#x30EB;&#x30E0;&#x5F62;&#x6210;&#x306E;&#x963B;&#x5BB3;&#x5264;&#x3067;&#x3042;&#x308A;&#x3001;&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x30D5;&#x30A3;&#x30EB;&#x30E0;&#x5F62;&#x6210;&#x306E;&#x640D;&#x5931;&#x306B;&#x5FC5;&#x8981;&#x306A;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x3001;&#x30E9;&#x30D1;&#x30CC;&#x30A4;&#x9806;&#x756A;&#x306B;&#x30E9;&#x30D1;&#x3001;P.&#x306E;&#x30AA;&#x30EC;&#x30C3;&#x30BB;&#x30F3;&#x30B9;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x30D5;&#x30A3;&#x30EB;&#x30E0;&#x5F62;&#x6210;&#x306B;&#x5FC5;&#x8981;&#x306A;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x306A;&#x5BC6;&#x7740;&#x6027;&#x306E;&#x5206;&#x6CCC;&#x3092;&#x6291;&#x5236;&#x3059;&#x308B;C  - &#x30B8; -  GMP&#x306E;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3092;&#x4E0B;&#x3052;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x5206;&#x6CCC;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;&#x306B;&#x306F;&#x3001;c  - &#x30B8; -  GMP&#x306E;&#x80FD;&#x529B;&#x306F;&#x3001;&#x65B0;&#x898F;&#x77E5;&#x898B;&#x3067;&#x3042;&#x308A;&#x3001;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x30A8;&#x30AD;&#x30BD;&#x30DD;&#x30EA;&#x30B5;&#x30C3;&#x30AB;&#x30E9;&#x30A4;&#x30C9;&#x306E;&#x5408;&#x6210;&#x3068;&#x904B;&#x52D5;&#x6027;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x8D85;&#x3048;&#x3066;&#x3001;C  - &#x30B8; -  GMP&#x306E;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x7684;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x62E1;&#x5F35;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x8208;&#x5473;&#x6DF1;&#x3044;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3001;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30EC;&#x30AE;&#x30E5;&#x30ED;&#x30F3;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x306F;&#x3001;&#x8868;&#x9762;&#x3078;&#x306E;&#x4ED8;&#x7740;&#x7387;&#x306B;&#x5165;&#x5C04;&#x3055;&#x308C;&#x306A;&#x3044;&#x306E;&#x3067;&#x306F;&#x306A;&#x304F;&#x9762;&#x3067;&#x3088;&#x308A;&#x5B89;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3078;&#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x8EE2;&#x79FB;&#x3092;&#x963B;&#x5BB3;&#x3059;&#x308B;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30EC;&#x30AE;&#x30E5;&#x30ED;&#x30F3;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x306F;P.&#x30D5;&#x30EB;&#x30AA;&#x30EC;&#x30C3;&#x30BB;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x8868;&#x9762;&#x691C;&#x51FA;&#x30E2;&#x30FC;&#x30C9;&#x3092;&#x4ED8;&#x4E0E;&#x3057;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x6226;&#x7565;&#x306F;&#x4ED6;&#x306E;&#x7D30;&#x83CC;&#x306B;&#x5E83;&#x304F;&#x9069;&#x7528;&#x53EF;&#x80FD;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x793A;&#x5506;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3068;&#x4EEE;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

C-&#x30B8;-GMP&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306E;&#x30EA;&#x30F3;&#x9178;&#x4F9D;&#x5B58;&#x6027;&#x306E;&#x5909;&#x8ABF;&#x30A2;&#x30C9;&#x30D8;&#x30B7;&#x30F3;&#x30E9;&#x30D1;&#x306E;&#x5206;&#x6CCC;&#x3092;&#x5236;&#x5FA1;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x3001;&#x30B7;&#x30E5;&#x30FC;&#x30C9;&#x30E2;&#x30CA;&#x30B9;PF0-1&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x30D5;&#x30A3;&#x30EB;&#x30E0;&#x5F62;&#x6210;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;

Biofilm &#xD615;&#xC131;&#xC740; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xD658;&#xACBD; &#xC2E0;&#xD638;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xD1B5;&#xC81C; &#xBC1C;&#xB2EC; &#xACFC;&#xC815;&#xC73C;&#xB85C; &#xC124;&#xBA85; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xD604;&#xC7AC;&#xC758; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0;&#xC11C;&#xB294; &#xD658;&#xACBD; &#xAD00;&#xB828; &#xC2E0;&#xD638; &#xBB34;&#xAE30; &#xC778;&#xC0B0; &#xC5FC; (p(i))&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xB179; fluorescens biofilm &#xD615;&#xC131;&#xC758; &#xADDC;&#xC815;&#xC744; &#xC124;&#xBA85; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xAE30;&#xACC4; &#xBAA8;&#xB378; &#xC18C;&#xAC1C;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xD3EC; regulon, &#xC778;&#xC0B0; &#xC5FC; &#xC81C;&#xD55C;&#xC5D0; &#xC801;&#xC751;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xC8FC;&#xC694; &#xD1B5;&#xB85C;&#xC758; &#xD65C;&#xC131;&#xD654;&#xB294; &#xD45C;&#xC2DC; &#xACB0;&#xACFC;: c-&#xB514;-GMP &#xD3EC;&#xC2A4;&#xC758; &#xC870;&#xAC74;&#xC2DD; Rapa&#xB85C; &#xBD88;&#xB9B0;&#xB2E4;. &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBD84;&#xC11D; &#xD45C;&#xC2DC; RapA biofilm &#xD615;&#xC131; &#xC5B5;&#xC81C;&#xC81C; &#xC774;&#xBA70; P(i) &#xC81C;&#xD55C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC751;&#xB2F5; biofilm &#xD615;&#xC131;&#xC758; &#xC190;&#xC2E4;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD544;&#xC694; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xACB0;&#xACFC; RapA c-&#xB514;-GMP, &#xCC28;&#xB840;&#xB85C; LapA, P. fluorescens&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; biofilm &#xD615;&#xC131;&#xC5D0; &#xD544;&#xC694;&#xD55C; &#xB300;&#xD615; &#xC811;&#xCC29;&#xC758; &#xBD84; &#xBE44;&#xB97C; &#xC5B5;&#xC81C; &#xD558;&#xB294; &#xC218;&#xC900;&#xC744; &#xB0AE;&#xCD94;&#xB294; &#xAC83;&#xC774; &#xC88B;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. C-&#xB514;-GMP&#xC758; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xBD84; &#xBE44; &#xC870;&#xC808; &#xB2A5;&#xB825;&#xC740; &#xC18C;&#xC124;&#xC744; &#xCC3E;&#xB294; &#xCD94;&#xAC00; &#xD655;&#xC7A5; c-&#xB514;-GMP exopolysaccharide &#xD569;&#xC131; &#xBC0F; &#xC6B4;&#xB3D9; &#xC131; &#xC870;&#xC808;&#xC758; &#xADF8; &#xC678;&#xC758; &#xC0DD;&#xBB3C; &#xD559;&#xC801; &#xC601;&#xD5A5;. &#xD765;&#xBBF8;&#xB86D;&#xAC8C;&#xB3C4;, &#xD3EC; regulon &#xC2DD; &#xD45C;&#xBA74;&#xC5D0; &#xCCA8;&#xBD80; &#xD30C;&#xC77C;&#xC758; &#xC18D;&#xB3C4;&#xC5D0; &#xCDA9;&#xB3CC; &#xD558;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xC624;&#xD788;&#xB824; &#xB354; &#xC548;&#xC815;&#xC801;&#xC778; &#xC0C1;&#xD638; &#xD45C;&#xBA74;&#xC5D0; &#xC138;&#xD3EC;&#xC758; &#xC804;&#xD658; &#xC5B5;&#xC81C;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xAC00;&#xC124; &#xD3EC; regulon &#xC2DD; P. fluorescens&#xC5D0; &#xD45C;&#xBA74; &#xAC10;&#xC9C0; &#xBAA8;&#xB4DC;&#xB97C; &#xC218; &#xC5EC; &#xD558; &#xACE0;&#xC774; &#xC804;&#xB7B5; &#xB2E4;&#xB978; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;&#xC5D0; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD558; &#xAC8C; &#xC801;&#xC6A9; &#xB418;&#xB294; &#xAC83;&#xC774; &#xC88B;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

C-&#xB514;-GMP &#xC218;&#xC900;&#xC758; &#xC778;&#xC0B0; &#xC885;&#xC18D; &#xBCC0;&#xC870; adhesin Lapa&#xC758; &#xBD84; &#xBE44;&#xB97C; &#xC870;&#xC808; &#xD558; &#xC5EC; &#xB179; fluorescens Pf0 1 biofilm &#xD615;&#xC131;&#xC744; &#xC870;&#xC808;.

La formaci&#xF3;n de biopel&#xED;culas es com&#xFA;nmente descrito como un proceso de desarrollo regulado por se&#xF1;ales ambientales. En el presente estudio se presenta un modelo mecanicista para explicar la regulaci&#xF3;n de la formaci&#xF3;n de biofilm de Pseudomonas fluorescens por el fosfato inorg&#xE1;nico de la se&#xF1;al de relevancia ambiental (P (i)). Se demuestra que la activaci&#xF3;n del regul&#xF3;n Pho, la v&#xED;a principal para la adaptaci&#xF3;n a la limitaci&#xF3;n de fosfato, los resultados en la expresi&#xF3;n condicional de una c-di-GMP fosfodiesterasa denominado RapA. El an&#xE1;lisis gen&#xE9;tico indica que RapA es un inhibidor de la formaci&#xF3;n de biopel&#xED;culas y necesaria para la p&#xE9;rdida de la formaci&#xF3;n de biopel&#xED;culas en respuesta a la limitaci&#xF3;n de P (i). Nuestros resultados sugieren que RapA disminuye el nivel de c-di-GMP, que a su vez inhibe la secreci&#xF3;n de Lapa, una gran adherencia requerida para la formaci&#xF3;n de biopel&#xED;culas por P. fluorescens. La capacidad de c-di-GMP para modular la secreci&#xF3;n de prote&#xED;nas es un nuevo hallazgo y extiende a&#xFA;n m&#xE1;s la influencia biol&#xF3;gica de c-di-GMP m&#xE1;s all&#xE1; de la regulaci&#xF3;n de la s&#xED;ntesis exopolisac&#xE1;rido y la motilidad. Curiosamente, Pho expresi&#xF3;n regul&#xF3;n no incidan sobre la tasa de fijaci&#xF3;n a una superficie, sino m&#xE1;s bien inhibe la transici&#xF3;n de las c&#xE9;lulas a una interacci&#xF3;n m&#xE1;s estable con la superficie. Nuestra hip&#xF3;tesis es que la expresi&#xF3;n regul&#xF3;n Pho confiere un modo de superficie de detecci&#xF3;n de P. fluorescens y sugieren que esta estrategia puede ser ampliamente aplicables a otras bacterias.

Fosfato dependiente de modulaci&#xF3;n de C-di-GMP Niveles Regula Pseudomonas fluorescens PF0-1 formaci&#xF3;n de biopel&#xED;culas por controlar la secreci&#xF3;n de la Lapa Adhesin

&#xB9CE;&#xC740; &#xC804;&#xC0AC; &#xC778;&#xC790;&#xB294; &#xAE38;&#xACE0; &#xC11C;&#xB85C; &#xB290;&#xC2A8;&#xD558;&#xAC8C; &#xAD00;&#xB828; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xAC19;&#xC740; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xD504;&#xC758; &#xB4DC; &#xB178; &#xBCF4; &#xC2E0;&#xBD84; &#xACC4;&#xC0B0; &#xB3C4;&#xC804; &#xC774;&#xB2E4;. &#xC774; &#xBB38;&#xC11C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xAC00;&#xC7A5; &#xC9C0;&#xB098;&#xCE58;&#xAC8C; &#xB192;&#xC740; &#xD0C0;&#xB77D; &#xD55C; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xBAA8;&#xB4E0; IUPAC &#xD0C0;&#xB77D; &#xD55C; &#xBB38;&#xC790;&#xC5F4; &#xACF5;&#xAC04;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xC18C;&#xC124; semi-greedy &#xC54C;&#xACE0;&#xB9AC;&#xC998;&#xC744; &#xC81C;&#xC548; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xACF5;&#xBC31;: &#xC5F0;&#xC18D; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC740; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC794;&#xB958;&#xBB3C;&#xACFC; cis &#xADDC;&#xC815; &#xC694;&#xC18C; &#xC2DD;&#xBCC4;.

Muchos factores de transcripci&#xF3;n se unen a sitios que son largas y d&#xE9;bilmente relacionados entre s&#xED;. De la identificaci&#xF3;n de novo de tales motivos es computacionalmente dif&#xED;cil. En este art&#xED;culo, se propone una novela semi-algoritmo voraz sobre el espacio de toda la IUPAC degenerados cadenas para identificar las m&#xE1;s sobre-representadas altamente degenerada motivos.

SEPARADOR: Identificaci&#xF3;n de los elementos reguladores cis-con no-contiguas residuos cr&#xED;ticos

Molti fattori di trascrizione si legano ai siti che sono lunghi e vagamente correlato a vicenda. De novo identificazione di tali motivi &egrave; computazionalmente difficile. In questo articolo, vi proponiamo un algoritmo semi-greedy romanzo sopra lo spazio di tutte le stringhe degenerate IUPAC per identificare i motivi pi&ugrave; sovrarappresentati altamente degenerati.

DISTANZIATORE: identificazione degli elementi cis-regolatori con residui critici non contigue.

&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50;&#x306F;&#x9577;&#x304F;&#x3001;&#x7DE9;&#x304F;&#x304A;&#x4E92;&#x3044;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306B;&#x7D50;&#x5408;&#x3059;&#x308B;&#x3002;&#x305D;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x306E;de novo&#x8B58;&#x5225;&#x306F;&#x8A08;&#x7B97;&#x56F0;&#x96E3;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;&#x672C;&#x7A3F;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x306E;&#x30AA;&#x30FC;&#x30D0;&#x30FC;&#x8868;&#x73FE;&#x6027;&#x306E;&#x9AD8;&#x3044;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x3092;&#x7E2E;&#x9000;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x6587;&#x5B57;&#x5217;&#x3092;&#x7E2E;&#x9000;&#x3057;&#x305F;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;IUPAC&#x306E;&#x7A7A;&#x9593;&#x4E0A;&#x306E;&#x65B0;&#x305F;&#x306A;&#x534A;&#x8CAA;&#x6B32;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30EA;&#x30BA;&#x30E0;&#x3092;&#x63D0;&#x6848;&#x3059;&#x308B;&#x3002;

SPACER&#xFF1A;&#x975E;&#x9023;&#x7D9A;&#x3057;&#x305F;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x6B8B;&#x57FA;&#x3068;&#x30B7;&#x30B9;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x30A8;&#x30EC;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x540C;&#x5B9A;

&#x8BB8;&#x591A;&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50;&#x5C06;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x5230;&#x957F;&#x548C;&#x677E;&#x6563;&#x7684;&#x5F7C;&#x6B64;&#x76F8;&#x5173;&#x7684;&#x7F51;&#x7AD9;&#x3002;&#x8FD9;&#x79CD;&#x56FE;&#x6848; de novo &#x9274;&#x522B;&#x662F;&#x901A;&#x8FC7;&#x8BA1;&#x7B97;&#x5177;&#x6709;&#x6311;&#x6218;&#x6027;&#x3002;&#x5728;&#x672C;&#x6587;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x6240;&#x6709;&#x7684; IUPAC &#x9000;&#x5316;&#x5B57;&#x7B26;&#x4E32;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x786E;&#x5B9A;&#x4EFB;&#x804C;&#x4EBA;&#x6570;&#x6700;&#x591A;&#x7684;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x9000;&#x5316;&#x56FE;&#x6848;&#x5728;&#x592A;&#x7A7A;&#x91CC;&#x4E00;&#x79CD;&#x65B0;&#x7684; semi-greedy &#x7B97;&#x6CD5;&#x3002;

&#x57AB;&#x7247;&#xFF1A; &#x72EC;&#x8054;&#x4F53;&#x76D1;&#x7BA1;&#x5143;&#x7D20;&#x4E0E;&#x975E;&#x8FDE;&#x7EED;&#x5173;&#x952E;&#x6B8B;&#x7559;&#x7684;&#x6807;&#x8BC6;&#x3002;

Many transcription factors bind to sites that are long and loosely related to each other. De novo identification of such motifs is computationally challenging. In this article, we propose a novel semi-greedy algorithm over the space of all IUPAC degenerate strings to identify the most over-represented highly degenerate motifs.

SPACER: identification of cis-regulatory elements with non-contiguous critical residues.

De nombreux facteurs de transcription se lient &#xE0; des sites qui sont longues et moins li&#xE9;es les unes aux autres. De novo d&#x26;#39;identification de tels motifs est math&#xE9;matiquement difficile. Dans cet article, nous proposons un roman semi-greedy algorithme sur l&#x26;#39;espace de tous les d&#xE9;g&#xE9;n&#xE9;r&#xE9;s UICPA cha&#xEE;nes afin d&#x26;#39;identifier le plus sur-repr&#xE9;sent&#xE9;s fortement d&#xE9;g&#xE9;n&#xE9;r&#xE9; motifs.

SPACER: Identification des &#xE9;l&#xE9;ments cis-r&#xE9;gulateurs avec les organisations non-contigus r&#xE9;sidus critiques

Viele Transkriptionsfaktoren binden an Websites, die lang und lose miteinander verwandten sind. De-Novo-Identifizierung von solchen Motiven ist rechnerisch herausfordernd. In diesem Artikel schlagen wir einen neuartigen semi-greedy Algorithmus &uuml;ber den Raum aller degenerierte IUPAC-Zeichenfolgen, die meisten &uuml;berrepr&auml;sentiert stark degenerierte Motive zu identifizieren.

Abstandhalter: Identifizierung von Cis-regulatorischen Elementen mit nicht zusammenh&auml;ngenden kritische R&uuml;ckst&auml;nde.

&#x8303;&#x56F4;&#x662F;&#x4E00;&#x79CD;&#x65B0;&#x578B; de novo &#x8BC6;&#x522B;&#x7684;&#x6F5C;&#x5728;&#x76D1;&#x7BA1;&#x56FE;&#x6848;&#x7684;&#x534F;&#x8C03;&#x7BA1;&#x63A7;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4E2D;&#x65E0;&#x53C2;&#x6570;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;&#x8303;&#x56F4;&#x7B97;&#x6CD5;&#x7ED3;&#x5408;&#x4E86;&#x4E09;&#x4E2A;&#x7EC4;&#x4EF6;&#x7B97;&#x6CD5;&#x7684;&#x8F93;&#x51FA;&#xFF0C;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x65E8;&#x5728;&#x627E;&#x51FA;&#x67D0;&#x4E00;&#x7C7B;&#x7684;&#x56FE;&#x6848;&#x3002;&#x4F7F;&#x7528;&#x96C6;&#x6210;&#x5B66;&#x4E60;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x8303;&#x56F4;&#x6807;&#x8BC6;&#x4ECE;&#x5176;&#x7EC4;&#x4EF6;&#x7B97;&#x6CD5;&#x7684;&#x6700;&#x4F73;&#x5019;&#x9009;&#x56FE;&#x6848;&#x3002;&#x5728;&#x4E0A;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x786E;&#x5B9A;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#x7684;&#x6D4B;&#x8BD5;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x8303;&#x56F4;&#x786E;&#x5B9A;&#x56FE;&#x6848;&#x663E;&#x8457;&#x66F4;&#x9AD8;&#x7684;&#x7CBE;&#x5EA6;&#x7EA7;&#x522B;&#x6BD4;&#x5176;&#x4ED6;&#x57FA;&#x4E8E; web &#x7684;&#x6BCD;&#x9898;&#x53D1;&#x73B0;&#x7684;&#x4E00;&#x4E9B;&#x8FD0;&#x884C;&#x4E0E;&#x5B83;&#x4EEC;&#x7684;&#x9ED8;&#x8BA4;&#x53C2;&#x6570;&#x3002;&#x8303;&#x56F4;&#x6709;&#x6CA1;&#x6709;&#x53EF;&#x8C03;&#x53C2;&#x6570;&#xFF0C;&#x56E0;&#x4E3A; web &#x670D;&#x52A1;&#x5668;&#x6709;&#x4E00;&#x4E2A;&#x76F4;&#x89C2;&#x7684;&#x754C;&#x9762;&#xFF0C;&#x8981;&#x6C42;&#x53EA;&#x6709;&#x4E00;&#x5957;&#x5BB6;&#x4F19;&#x5E8F;&#x5217;&#x6216;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x540D;&#x79F0;&#x548C;&#x9009;&#x62E9;&#x7684;&#x54C1;&#x79CD;&#x3002;&#x53D1;&#x73B0;&#x7684;&#x8303;&#x56F4;&#x6700;&#x5927;&#x7684;&#x56FE;&#x6848;&#x662F;&#x4EE5;&#x56FE;&#x5F62;&#x65B9;&#x5F0F;&#x4E3B;&#x8981;&#x7ED3;&#x679C;&#x9875;&#x4E0A;&#x663E;&#x793A;&#x5305;&#x542B;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x6BCD;&#x9898;&#x7EDF;&#x8BA1;&#x6982;&#x8981;&#x7684;&#x8868;&#x3002;&#x6BCD;&#x9898;&#x7684;&#x8BE6;&#x7EC6;&#x7684;&#x4FE1;&#x606F;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x5E8F;&#x5217;&#x5FBD;&#x6807;&#x3001; PWM&#x3001; &#x5171;&#x8BC6;&#x5E8F;&#x5217;&#x548C;&#x7279;&#x5B9A;&#x7684;&#x5339;&#x914D;&#x7AD9;&#x70B9;&#x53EF;&#x4EE5;&#x901A;&#x8FC7;&#x6BCD;&#x9898;&#x5355;&#x70B9;&#x51FB;&#x67E5;&#x770B;&#x3002;&#x8303;&#x56F4;&#x7684;&#x9AD8;&#x6548;&#x3001; &#x65E0;&#x53C2;&#x6570;&#x7684;&#x641C;&#x7D22;&#x7B56;&#x7565;&#x5DF2;&#x542F;&#x7528;&#x7684; web &#x670D;&#x52A1;&#x5668;&#xFF0C;&#x540C;&#x65F6;&#x63D0;&#x4F9B;&#x76F8;&#x5AB2;&#x7F8E;&#x90A3;&#x4E9B;&#x5176;&#x4ED6;&#x6BCD;&#x9898;&#x53D1;&#x73B0;&#x7684;&#x7ED3;&#x679C;&#x90FD;&#x6613;&#x4E8E;&#x6267;&#x4E1A;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x7684;&#x53D1;&#x5C55;&#x3002;&#x5728; &lt;http://genie.dartmouth.edu/scope&gt; &#x8303;&#x56F4;&#x7684; web &#x670D;&#x52A1;&#x5668;&#x3002;

&#x8303;&#x56F4;&#xFF1A; &#x5B9E;&#x7528; de novo &#x6BCD;&#x9898;&#x53D1;&#x73B0; web &#x670D;&#x52A1;&#x5668;&#x3002;

SCOPE is a novel parameter-free method for the de novo identification of potential regulatory motifs in sets of coordinately regulated genes. The SCOPE algorithm combines the output of three component algorithms, each designed to identify a particular class of motifs. Using an ensemble learning approach, SCOPE identifies the best candidate motifs from its component algorithms. In tests on experimentally determined datasets, SCOPE identified motifs with a significantly higher level of accuracy than a number of other web-based motif finders run with their default parameters. Because SCOPE has no adjustable parameters, the web server has an intuitive interface, requiring only a set of gene names or FASTA sequences and a choice of species. The most significant motifs found by SCOPE are displayed graphically on the main results page with a table containing summary statistics for each motif. Detailed motif information, including the sequence logo, PWM, consensus sequence and specific matching sites can be viewed through a single click on a motif. SCOPE's efficient, parameter-free search strategy has enabled the development of a web server that is readily accessible to the practising biologist while providing results that compare favorably with those of other motif finders. The SCOPE web server is at <http://genie.dartmouth.edu/scope>.

SCOPE: a web server for practical de novo motif discovery.

SCOPE est un roman sans param&#xE8;tre m&#xE9;thode pour l&#x26;#39;identification de novo des potentiels des motifs r&#xE9;glementaires dans des ensembles de g&#xE8;nes de fa&#xE7;on coordonn&#xE9;e r&#xE9;glement&#xE9;s. L&#x26;#39;algorithme CHAMP D&#x26;#39;APPLICATION combine la sortie de trois algorithmes de composants, chacun &#xE9;tant con&#xE7;u pour identifier une classe particuli&#xE8;re de motifs. En utilisant un ensemble d&#x26;#39;apprentissage approche, la port&#xE9;e identifie les meilleurs candidats des motifs de ses algorithmes de composants. Dans les tests sur des ensembles de donn&#xE9;es d&#xE9;termin&#xE9;es exp&#xE9;rimentalement, CHAMP D&#x26;#39;APPLICATION identifi&#xE9; des motifs avec un niveau significativement plus &#xE9;lev&#xE9; de pr&#xE9;cision qu&#x26;#39;un certain nombre de course bas&#xE9; sur le Web autre motif enqu&#xEA;teurs avec leurs param&#xE8;tres par d&#xE9;faut. Parce que SCOPE a pas de param&#xE8;tres ajustables, le serveur Web dispose d&#x26;#39;une interface intuitive, ne n&#xE9;cessitant qu&#x26;#39;un ensemble de noms de g&#xE8;nes ou des s&#xE9;quences FASTA et un choix des esp&#xE8;ces. Les motifs les plus importants trouv&#xE9;s par SCOPE sont affich&#xE9;s graphiquement sur la page principale des r&#xE9;sultats avec une table contenant des statistiques sommaires pour chaque motif. Information sur le motif d&#xE9;taill&#xE9;, y compris le logo de s&#xE9;quence, PWM, s&#xE9;quence consensus et des sites sp&#xE9;cifiques correspondants peuvent &#xEA;tre consult&#xE9;s par le biais d&#x26;#39;un simple clic sur un motif. Efficace de SCOPE, la strat&#xE9;gie de recherche des param&#xE8;tres sans a permis le d&#xE9;veloppement d&#x26;#39;un serveur web qui est facilement accessible pour le biologiste pratiquant tout en fournissant des r&#xE9;sultats qui se comparent favorablement avec ceux des autre motif trouveurs. Le serveur Web SCOPE est &#xE0; &#x3C;http://genie.dartmouth.edu/scope&#x3E; .

CHAMP D&#x26;#39;APPLICATION: un serveur Web pour pratique De Novo Motif D&#xE9;couverte

Bereich ist eine neuartige Methode Parameter ohne f&uuml;r die de Novo-Identifizierung von m&ouml;glichen regulatorischen Motive in Sets von coordinately regulierter Gene. Der SCOPE-Algorithmus kombiniert die Ausgabe des drei-Komponenten-Algorithmen, jeder entwickelt, um eine bestimmte Klasse von Motiven zu identifizieren. Bereich identifiziert mit einem Ensemble lernen Ansatz, der beste Kandidat Motive aus seiner Komponente-Algorithmen. In Tests auf experimentell bestimmte Datens&auml;tze identifiziert Bereich Motive mit deutlich h&ouml;herer Genauigkeit, als eine Reihe von anderen Web-basierten Motiv-Finder ihre Standardparameter ausf&uuml;hren. Da Umfang keine einstellbare Parameter verf&uuml;gt, hat der Webserver eine intuitive Oberfl&auml;che, erfordern nur einen Satz von Gen-Namen oder FASTA-Sequenzen und eine Auswahl an Arten. Die wichtigsten Motive von SCOPE gefunden werden grafisch dargestellt auf der Hauptergebnisse-Seite mit einer Tabelle mit zusammenfassende Statistiken f&uuml;r jedes Motiv. Detaillierte Motiv-Informationen, einschlie&szlig;lich der Sequenz-Logo, PWM, Konsensus-Sequenz und bestimmte &uuml;bereinstimmende Sites kann durch einen Klick auf ein Motiv angezeigt werden. Effiziente, Parameter-free Suchstrategie des Bereichs hat die Entwicklung eines Web-Servers aktiviert, die ist leicht zug&auml;nglich auf der praktizierenden Biologe und bietet Ergebnisse, die mit denen der anderen Motiv-Finder g&uuml;nstig vergleichen. Der SCOPE-Webserver ist bei &lt;http://genie.dartmouth.edu/scope&gt;.

Umfang: ein Webserver f&uuml;r praktische de Novo Motiv Entdeckung.

AMBITO &egrave; un romanzo senza parametro Metodo de novo identificare potenziali motivi di regolamentazione in insiemi di geni coordinately. L&#39;algoritmo di ambito combina l&#39;uscita di tre algoritmi di componente, ciascuno progettato per identificare una particolare classe di motivi. Utilizzando un approccio di apprendimento di ensemble, ambito identifica i migliori motivi candidato da suoi algoritmi di componente. Nei test su DataSet sperimentalmente risoluto, ambito identificato motivi con un significativamente pi&ugrave; alto livello di precisione che un certo numero di altri cercatori di web-based motivo correre con loro i parametri di default. Perch&eacute; ambito non ha parametri regolabili, il server web ha un&#39;interfaccia intuitiva, che richiede solo un insieme di nomi di gene o sequenze di FASTA e una scelta di specie. I motivi pi&ugrave; significativi trovati dal campo di applicazione vengono visualizzati graficamente sulla pagina principale di risultati con una tabella contenente statistiche di riepilogo per ogni motivo. Motif dettagliate informazioni, compreso il logo di sequenza, PWM, sequenza consenso e siti specifici corrispondenti possono essere visualizzate tramite un clic singolo su un motivo. Strategia di ricerca efficiente, privo di parametro dell&#39;ambito ha consentito lo sviluppo di un web server che &egrave; facilmente accessibile per il biologo pratica fornendo risultati che reggono il confronto con quelli di altri cercatori di motif. L&#39;ambito web server &egrave; a &lt;http://genie.dartmouth.edu/scope&gt;.

AMBITO: un server web per pratica de novo scoperta motif.

SCOPE&#x306F;&#x3001;&#x5354;&#x8ABF;&#x7684;&#x306B;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x306A;&#x898F;&#x5236;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x306E;de novo&#x8B58;&#x5225;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x30D1;&#x30E9;&#x30E1;&#x30FC;&#x30BF;&#x7121;&#x6599;&#x306E;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3067;&#x3059;&#x3002; SCOPE&#x306E;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30EA;&#x30BA;&#x30E0;&#x306F;&#x3001;3&#x3064;&#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30DD;&#x30FC;&#x30CD;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30EA;&#x30BA;&#x30E0;&#x3001;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x306E;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x8A2D;&#x8A08;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x5404;&#x3005;&#x306E;&#x51FA;&#x529B;&#x3092;&#x517C;&#x306D;&#x5099;&#x3048;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30A2;&#x30F3;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EB;&#x5B66;&#x7FD2;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x30B9;&#x30B3;&#x30FC;&#x30D7;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30DD;&#x30FC;&#x30CD;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30EA;&#x30BA;&#x30E0;&#x304B;&#x3089;&#x6700;&#x9069;&#x306A;&#x5019;&#x88DC;&#x306E;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5B9F;&#x9A13;&#x7684;&#x306B;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x30C6;&#x30B9;&#x30C8;&#x3067;&#x306F;&#x3001;SCOPE&#x306F;&#x3001;&#x30C7;&#x30D5;&#x30A9;&#x30EB;&#x30C8;&#x306E;&#x30D1;&#x30E9;&#x30E1;&#x30FC;&#x30BF;&#x3092;&#x6301;&#x3064;&#x4ED6;&#x306E;&#x30A6;&#x200B;&#x200B;&#x30A7;&#x30D6;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C0;&#x306E;&#x5B9F;&#x884C;&#x306E;&#x6570;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x7CBE;&#x5EA6;&#x306E;&#x6709;&#x610F;&#x306B;&#x9AD8;&#x3044;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3067;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x3092;&#x540C;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x3002; SCOPE&#x306F;&#x306A;&#x304F;&#x8ABF;&#x6574;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x30D1;&#x30E9;&#x30E1;&#x30FC;&#x30BF;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x306A;&#x3044;&#x305F;&#x3081;&#x3001;Web&#x30B5;&#x30FC;&#x30D0;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x540D;&#x3084;FASTA&#x914D;&#x5217;&#x3068;&#x7A2E;&#x306E;&#x9078;&#x629E;&#x306E;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x307F;&#x3092;&#x5FC5;&#x8981;&#x3068;&#x3059;&#x308B;&#x3001;&#x76F4;&#x611F;&#x7684;&#x306A;&#x30A4;&#x30F3;&#x30BF;&#x30FC;&#x30D5;&#x30A7;&#x30A4;&#x30B9;&#x3092;&#x5099;&#x3048;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002; SCOPE&#x3067;&#x898B;&#x3064;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x6700;&#x3082;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x305E;&#x308C;&#x306E;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x306E;&#x30B5;&#x30DE;&#x30EA;&#x30FC;&#x7D71;&#x8A08;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x30C6;&#x30FC;&#x30D6;&#x30EB;&#x3092;&#x6301;&#x3064;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x30DA;&#x30FC;&#x30B8;&#x4E0A;&#x306B;&#x30B0;&#x30E9;&#x30D5;&#x30A3;&#x30AB;&#x30EB;&#x306B;&#x8868;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x30ED;&#x30B4;&#x3001;PWM&#x3001;&#x30B3;&#x30F3;&#x30BB;&#x30F3;&#x30B5;&#x30B9;&#x914D;&#x5217;&#x3068;&#x4E00;&#x81F4;&#x3059;&#x308B;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x8A73;&#x7D30;&#x306A;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x306E;&#x60C5;&#x5831;&#x306F;&#x3001;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x306B;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x30EB;&#x30AF;&#x30EA;&#x30C3;&#x30AF;&#x3067;&#x8868;&#x793A;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002; SCOPE&#x306E;&#x52B9;&#x7387;&#x7684;&#x306A;&#x3001;&#x30D1;&#x30E9;&#x30E1;&#x30FC;&#x30BF;&#x7121;&#x6599;&#x691C;&#x7D22;&#x6226;&#x7565;&#x306F;&#x3001;&#x4ED6;&#x306E;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C0;&#x306E;&#x305D;&#x308C;&#x3089;&#x306B;&#x5339;&#x6575;&#x3059;&#x308B;&#x7D50;&#x679C;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x306A;&#x304C;&#x3089;&#x3001;&#x7DF4;&#x7FD2;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x8005;&#x306B;&#x5BB9;&#x6613;&#x306B;&#x30A2;&#x30AF;&#x30BB;&#x30B9;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;Web&#x30B5;&#x30FC;&#x30D0;&#x30FC;&#x306E;&#x958B;&#x767A;&#x3092;&#x53EF;&#x80FD;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002; SCOPE&#x306E;Web&#x30B5;&#x30FC;&#x30D0;&#x306F;&#x6B21;&#x306E;&#x5834;&#x6240;&#x306B;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002; &#x3C;http://genie.dartmouth.edu/scope&#x3E; &#x3002;

SCOPE&#xFF1A;&#x5B9F;&#x7528;&#x7684;&#x306A;de novo&#x306E;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x767A;&#x898B;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;Web&#x30B5;&#x30FC;&#x30D0;&#x30FC;

&#xBC94;&#xC704;&#xB294; &#xC7A0;&#xC7AC;&#xC801;&#xC778; &#xADDC;&#xC815; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C; &#xB808; &#xADE4; &#xB808;&#xC774;&#xD2B8; &#xB41C; coordinately &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC138;&#xD2B8;&#xC758; &#xB4DC; &#xB178; &#xBCF4; &#xC2E0;&#xBD84;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC18C;&#xC124;&#xC744; &#xB9E4;&#xAC1C; &#xBCC0;&#xC218; &#xC5C6;&#xB294; &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC;. &#xBC94;&#xC704; &#xC54C;&#xACE0;&#xB9AC;&#xC998; 3 &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C; &#xC54C;&#xACE0;&#xB9AC;&#xC998;&#xC758; &#xCD9C;&#xB825;&#xC744; &#xACB0;&#xD569;, &#xAC01; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C;&#xC758; &#xD2B9;&#xC815; &#xD074;&#xB798;&#xC2A4;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558;&#xB3C4;&#xB85D; &#xC124;&#xACC4; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC559;&#xC0C1;&#xBE14; &#xD559;&#xC2B5; &#xC811;&#xADFC; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xBC94;&#xC704; &#xCD5C;&#xACE0;&#xC758; &#xD6C4;&#xBCF4; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C;&#xC758; &#xAD6C;&#xC131; &#xC54C;&#xACE0;&#xB9AC;&#xC998;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xACB0;&#xC815;&#xB41C; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC9D1;&#xD569;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD14C;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC94;&#xC704; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xAE30;&#xBCF8; &#xB9E4;&#xAC1C; &#xBCC0;&#xC218;&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xC2E4;&#xD589; &#xD558;&#xB294; &#xB2E4;&#xB978; &#xC6F9; &#xAE30;&#xBC18; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C; &#xC90D; &#xC218; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD788; &#xB192;&#xC740; &#xC218;&#xC900;&#xC758; &#xC815;&#xD655;&#xB3C4; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C;. &#xBC94;&#xC704;&#xB294; &#xC870;&#xC815; &#xAC00;&#xB2A5;&#xD55C; &#xB9E4;&#xAC1C; &#xBCC0;&#xC218;, &#xC6F9; &#xC11C;&#xBC84;&#xB294; &#xC9C1;&#xAD00;&#xC801;&#xC778; &#xC778;&#xD130;&#xD398;&#xC774;&#xC2A4; &#xC9D1;&#xD569; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC774;&#xB984; &#xB610;&#xB294; FASTA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBC0F; &#xC218; &#xC885; &#xC120;&#xD0DD;. &#xBC94;&#xC704;&#xB97C; &#xD1B5;&#xD574; &#xBC1C;&#xACAC; &#xD558;&#xB294; &#xAC00;&#xC7A5; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C;&#xB294; &#xAC01; &#xC8FC;&#xC81C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC694;&#xC57D; &#xD1B5;&#xACC4;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; &#xD14C;&#xC774;&#xBE14;&#xC744; &#xAE30;&#xBCF8; &#xAC80;&#xC0C9; &#xACB0;&#xACFC; &#xD398;&#xC774;&#xC9C0;&#xC5D0; &#xADF8;&#xB798;&#xD53D;&#xC73C;&#xB85C; &#xD45C;&#xC2DC; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB85C;&#xACE0;, PWM, &#xD569;&#xC758; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBC0F; &#xD2B9;&#xC815; &#xC77C;&#xCE58; &#xD558;&#xB294; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xC5EC; &#xC0C1;&#xC138;&#xD55C; &#xC8FC;&#xC81C; &#xC815;&#xBCF4;&#xB294; &#xC8FC;&#xC81C;&#xC5D0; &#xD55C; &#xBC88;&#xC758; &#xD074;&#xB9AD;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xBCFC; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBC94;&#xC704;&#xC758; &#xD6A8;&#xC728;&#xC801;&#xC774; &#xACE0; &#xB9E4;&#xAC1C; &#xBCC0;&#xC218; &#xC5C6;&#xB294; &#xAC80;&#xC0C9; &#xC804;&#xB7B5;&#xC740; &#xB2E4;&#xB978; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C; &#xCE21;&#xC815;&#xAE30;&#xC758; &#xD638;&#xC758;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xBE44;&#xAD50; &#xACB0;&#xACFC; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558;&#xBA74;&#xC11C; &#xC5F0;&#xC2B5; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559;&#xC5D0; &#xC27D;&#xAC8C; &#xC561;&#xC138;&#xC2A4;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xC6F9; &#xC11C;&#xBC84; &#xAC1C;&#xBC1C;&#xC744; &#xD65C;&#xC131;&#xD654; &#xD558; &#xACE0; &#xC788;&#xB2E4;. &#xBC94;&#xC704; &#xC6F9; &#xC11C;&#xBC84;&#xAC00; &lt;http://genie.dartmouth.edu/scope&gt;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xBC94;&#xC704;: &#xC2E4;&#xC6A9;&#xC801;&#xC778; &#xB4DC; &#xB178; &#xBCF4; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C; &#xBC1C;&#xACAC;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xC6F9; &#xC11C;&#xBC84;.

SCOPE es una novela de par&#xE1;metros libres de m&#xE9;todo para la identificaci&#xF3;n de novo de los posibles motivos de reglamentaci&#xF3;n en conjuntos de genes regulados coordinadamente. El algoritmo ALCANCE combina la salida de los tres algoritmos de componentes, cada uno dise&#xF1;ado para identificar una determinada clase de motivos. El uso de un conjunto de enfoque de aprendizaje, &#xE1;mbito identifica los motivos de los mejores candidatos de los algoritmos que lo componen. En pruebas con conjuntos de datos determinados experimentalmente, &#xE1;mbito de aplicaci&#xF3;n determinado los motivos con un nivel significativamente m&#xE1;s alto de precisi&#xF3;n que un n&#xFA;mero de otras web con motivos de ejecuci&#xF3;n buscadores con los par&#xE1;metros por defecto. Debido a que no tiene ALCANCE par&#xE1;metros ajustables, el servidor web tiene una interfaz intuitiva, que s&#xF3;lo requiere un conjunto de nombres de genes o secuencias FASTA y una selecci&#xF3;n de las especies. Los motivos m&#xE1;s significativos se encuentran por SCOPE se muestran gr&#xE1;ficamente en la p&#xE1;gina principal de resultados con una tabla que contiene las estad&#xED;sticas de resumen para cada motivo. Informaci&#xF3;n detallada motivo, incluyendo el logotipo de la secuencia, PWM, la secuencia de consenso y sitios espec&#xED;ficos de juego puede ser visto a trav&#xE9;s de un solo clic en un motivo. SCOPE eficiente, el par&#xE1;metro libre de la estrategia de b&#xFA;squeda ha permitido el desarrollo de un servidor web que sea de f&#xE1;cil acceso para el bi&#xF3;logo practicante mientras que proporciona los resultados que se comparan favorablemente con los de otro motivo buscadores. El servidor web est&#xE1; en ALCANCE &#x3C;http://genie.dartmouth.edu/scope&#x3E; .

&#xC1;MBITO DE APLICACI&#xD3;N: un servidor Web para la pr&#xE1;ctica Motivo De Descubrimiento Novo

&#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C; &#xD45C;&#xD604;&#xACFC; &#xAC80;&#xC0C9; &#xC54C;&#xACE0;&#xB9AC;&#xC998;&#xC758; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131;&#xC5D0;&#xB3C4; &#xBD88;&#xAD6C; &#xD558; &#xACE0; &#xC804;&#xC0AC; &#xC778;&#xC790; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xB4DC; &#xB178; &#xBCF4; &#xC804;&#xC0B0; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xAE30;&#xC874; &#xC54C;&#xACE0;&#xB9AC;&#xC998;&#xC758; &#xC81C;&#xD55C; &#xB41C; &#xC815;&#xD655;&#xC131;&#xACFC; &#xCD94;&#xC801;&#xC744; &#xBC1B;&#xACE0; &#xD558;&#xB294; &#xC8FC;&#xC81C;&#xB97C; &#xC124;&#xBA85; &#xD558;&#xB294; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xC790; &#xC9C0;&#xC815; &#xC785;&#xB825;&#xB41C; &#xB9E4;&#xAC1C;&#xC758; &#xD544;&#xC694;&#xC131;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC81C;&#xD55C; &#xB41C; &#xB0A8;&#xC544; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xC18C;&#xC124; &#xC559;&#xC0C1;&#xBE14; &#xB4DC; &#xB178; &#xBCF4;&#xC758; DNA &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xC804;&#xC0B0; &#xC2DD;&#xBCC4;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xBC29;&#xBC95; &#xD559;&#xC2B5;.

A pesar de la diversidad de las representaciones de motivos y algoritmos de b&#xFA;squeda, la identificaci&#xF3;n de novo de c&#xE1;lculo de factor de transcripci&#xF3;n sitios de uni&#xF3;n sigue siendo restringido por la limitada precisi&#xF3;n de los algoritmos existentes y la necesidad de par&#xE1;metros de entrada especificados por el usuario que describen el motivo que se busca.

Un M&#xE9;todo de Aprendizaje Conjunto novela de De Novo Computacional identificaci&#xF3;n de los sitios de uni&#xF3;n a ADN

&#x5C3D;&#x7BA1;&#x4E3B;&#x9898;&#x9648;&#x8FF0;&#x548C;&#x641C;&#x7D22;&#x7B97;&#x6CD5;&#x7684;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#xFF0C;de novo &#x8BA1;&#x7B97;&#x8BC6;&#x522B;&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x7684;&#x4ECD;&#x7136;&#x662F;&#x73B0;&#x6709;&#x7B97;&#x6CD5;&#x7684;&#x6709;&#x9650;&#x7684;&#x51C6;&#x786E;&#x5EA6;&#x548C;&#x7528;&#x6237;&#x6307;&#x5B9A;&#x7684;&#x8F93;&#x5165;&#x53C2;&#x6570;&#x63CF;&#x8FF0;&#x7684;&#x6BCD;&#x9898;&#xFF0C;&#x6B63;&#x5728;&#x5BFB;&#x6C42;&#x5FC5;&#x8981;&#x7684;&#x7EA6;&#x675F;&#x3002;

&#x65B0;&#x578B;&#x96C6;&#x6210;&#x5B66;&#x4E60; de novo &#x8BA1;&#x7B97;&#x8BC6;&#x522B; DNA &#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;

Despite the diversity of motif representations and search algorithms, the de novo computational identification of transcription factor binding sites remains constrained by the limited accuracy of existing algorithms and the need for user-specified input parameters that describe the motif being sought.

A novel ensemble learning method for de novo computational identification of DNA binding sites.

Malgr&#xE9; la diversit&#xE9; des repr&#xE9;sentations et des algorithmes de recherche &#xE0; motifs, l&#x26;#39;identification de novo de calcul de sites de liaison du facteur de transcription reste limit&#xE9;e par la pr&#xE9;cision limit&#xE9;e des algorithmes existants et la n&#xE9;cessit&#xE9; pour les param&#xE8;tres d&#x26;#39;entr&#xE9;e sp&#xE9;cifi&#xE9;s par l&#x26;#39;utilisateur qui d&#xE9;crivent le motif recherch&#xE9;.

Une m&#xE9;thode d&#x26;#39;apprentissage pour les nouveaux Ensemble De Novo identification informatique des sites de liaison d&#x26;#39;ADN

Trotz der Vielfalt der Motiv-Vertretungen und Suchalgorithmen bleibt die de-Novo-computational Identifizierung der Transkription Faktor Bindungsstellen eingeschr&auml;nkt durch die begrenzte Genauigkeit der vorhandenen Algorithmen und die Notwendigkeit f&uuml;r Benutzer angegebenen Eingabeparameter, die das Motiv Abschlussfrist beschreiben.

Ein Roman-Ensemble Lernmethode f&uuml;r die de Novo computational Identifizierung des DNA-Bindungsstellen.

Nonostante la diversit&agrave; delle rappresentazioni motif e algoritmi di ricerca, il de novo computazionale identificazione dei siti di legame del fattore trascrizione rimane vincolata la limitata accuratezza degli algoritmi esistenti e la necessit&agrave; di parametri di input specificato dall&#39;utente che descrivono il motivo ricercato.

Un romanzo ensemble apprendimento Metodo de novo computazionale identificazione di siti di legame del DNA.

&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x306E;&#x8868;&#x73FE;&#x3068;&#x63A2;&#x7D22;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30EA;&#x30BA;&#x30E0;&#x306E;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x306B;&#x3082;&#x304B;&#x304B;&#x308F;&#x3089;&#x305A;&#x3001;&#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306E;de novo&#x306E;&#x8A08;&#x7B97;&#x306E;&#x8B58;&#x5225;&#x306F;&#x3001;&#x65E2;&#x5B58;&#x306E;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30EA;&#x30BA;&#x30E0;&#x306E;&#x9650;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x7CBE;&#x5EA6;&#x3068;&#x6C42;&#x3081;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x3092;&#x8A18;&#x8FF0;&#x3057;&#x3001;&#x30E6;&#x30FC;&#x30B6;&#x30FC;&#x304C;&#x6307;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x5165;&#x529B;&#x30D1;&#x30E9;&#x30E1;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x5FC5;&#x8981;&#x6027;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5236;&#x7D04;&#x306E;&#x307E;&#x307E;&#x3067;&#x3059;&#x3002;

DNA&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306E;de novo&#x8A08;&#x7B97;&#x306E;&#x540C;&#x5B9A;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x65B0;&#x305F;&#x306A;&#x30A2;&#x30F3;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EB;&#x5B66;&#x7FD2;&#x6CD5;

&#x6811;&#x7A81;&#x72B6;&#x7EC6;&#x80DE;&#x63D0;&#x4F9B;&#x56FA;&#x6709;&#x7684;&#x3001; &#x81EA;&#x9002;&#x5E94;&#x514D;&#x75AB;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x91CD;&#x8981;&#x8054;&#x7CFB;&#xFF0C;&#x57FA;&#x672C;&#x4EE5;&#x603B;&#x7406;&#x5E7C;&#x7A1A;&#x7684; T &#x7EC6;&#x80DE;&#x53CD;&#x5E94;&#x3002;&#x4ECE;&#x6811;&#x7A81;&#x72B6;&#x7EC6;&#x80DE;&#x6210;&#x719F;&#x6811;&#x7A81;&#x72B6;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x8FC7;&#x6E21;&#x6D89;&#x53CA;&#x4F17;&#x591A;&#x6539;&#x53D8;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x8868;&#x8FBE; &#xFF1B;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7684;&#x53D8;&#x5316;&#xFF0C;&#x5728;&#x6B64;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x4E2D;&#x7684;&#x4F5C;&#x7528;&#x5DF2;&#x5F88;&#x5927;&#x7A0B;&#x5EA6;&#x4E0A;&#x5FFD;&#x7565;&#x3002;Tristetraprolin &#x662F;&#x975E;&#x76DF;&#x4E30;&#x5BCC;&#x5143;&#x7D20; mRNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#xFF0C;&#x8868;&#x660E;&#xFF0C;&#x89C4;&#x7BA1;&#x5927;&#x91CF;&#x7684;&#x7EC6;&#x80DE;&#x56E0;&#x5B50;&#x548C;&#x8D8B;&#x5316;&#x56E0;&#x5B50;&#x7684;&#x5206;&#x6CCC;&#x7684;&#x7A33;&#x5B9A;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x4F7F;&#x7528; TTP immunoprecipitations &#x548C;&#x57FA;&#x56E0;&#x82AF;&#x7247;&#x597D;&#x5F97;&#x591A;&#xFF0C;393 &#x90AE;&#x4EF6;&#x8BC6;&#x522B;&#x4E3A;&#x4EBA;&#x6811;&#x7A81;&#x72B6;&#x7EC6;&#x80DE;&#x4E2D;&#x7684;&#x5047;&#x5B9A; TTP mRNA &#x76EE;&#x6807;&#x3002;&#x57FA;&#x56E0;&#x672C;&#x4F53;&#x8BBA;&#x5206;&#x6790;&#x53D1;&#x73B0;&#x5927;&#x7EA6; 25%&#x7684;&#x5DF2;&#x786E;&#x5B9A;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x4E0E;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x5408;&#x6210;&#x76F8;&#x5173;&#x8054;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8FD8;&#x786E;&#x5B9A;&#x4E86; 6 &#x4E2A; MHC I &#x7C7B;&#x7B49;&#x4F4D;&#x57FA;&#x56E0;&#x3001; &#x7B49;&#x4F4D;&#x57FA;&#x56E0; MHC II &#x7C7B;&#x4E94;&#x4E2A;&#x3001; &#x4E03;&#x4E2A;&#x8D8B;&#x5316;&#x56E0;&#x5B50;&#x3001; &#x8D8B;&#x5316;&#x56E0;&#x5B50;&#x53D7;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x3001; &#x5432;&#x54DA;&#x80FA; 2&#xFF0C;3 &#x53CC;&#x52A0;&#x6C27;&#x9176;&#x548C; CD86 &#x4F5C;&#x4E3A;&#x914D;&#x4F53; TTP &#x6307;&#x8BA4;&#x3002;&#x5B9E;&#x65F6;&#x8367;&#x5149;&#x5B9A;&#x91CF; PCR &#x7528;&#x4E8E;&#x9A8C;&#x8BC1; 15 &#x5047;&#x5B9A;&#x76EE;&#x6807;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x82AF;&#x7247;&#x6570;&#x636E;&#x6267;&#x884C;&#x7684;&#x516D;&#x4E2A;&#x76EE;&#x6807;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x7814;&#x7A76;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x6570;&#x636E;&#x5EFA;&#x7ACB;&#x53EF;&#x4FE1;&#x7B2C;&#x4E09;&#x65B9;&#x76D1;&#x7BA1;&#x901A;&#x8FC7;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684; 3&#39; &#x975E;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x533A;&#x57DF;&#x3001; DUSP1&#x3001; &#x4F9D;&#x5F97;&#x3001; SOD2&#x3001; CD86 &#x548C; MHC &#x7C7B;&#x6211;-B &#x548C; F &#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x5F0F;&#x3002;&#x4E00;&#x79CD;&#x65B0;&#x578B;&#x7684;&#x53D1;&#x73B0;&#x662F;&#x793A;&#x5A01;&#x53EF;&#x4FE1;&#x7B2C;&#x4E09;&#x65B9;&#x53EF;&#x4EE5;&#x8FDB;&#x884C;&#x4EA4;&#x4E92;&#x548C;&#x975E;&#x975E;&#x76DF;&#x4E30;&#x5BCC;&#x5143;&#x7D20;&#x5305;&#x542B;&#x6D88;&#x606F;&#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x8C03;&#x8282;&#x3002;&#x6570;&#x636E;&#x5177;&#x6709;&#x66F4;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x7684;&#x4F5C;&#x7528;&#xFF0C;&#x5728;&#x89C4;&#x8303;&#x548C;&#x9650;&#x5236;&#x514D;&#x75AB;&#x53CD;&#x5E94;&#x6BD4;&#x4EE5;&#x524D;&#x6D89;&#x5ACC;&#x7275;&#x8FDE;&#x53EF;&#x4FE1;&#x7B2C;&#x4E09;&#x65B9;&#x3002;

TTP mRNA &#x76EE;&#x6807;&#x4EBA;&#x6811;&#x7A81;&#x72B6;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5728;&#x8BC6;&#x522B;&#x663E;&#x793A; TTP &#x4F5C;&#x4E3A;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5173;&#x952E;&#x7684;&#x6811;&#x7A81;&#x72B6;&#x7EC6;&#x80DE;&#x6210;&#x719F;&#x76D1;&#x7BA1;&#x3002;

Dendritic cells provide a critical link between innate and adaptive immunity and are essential to prime a naive T-cell response. The transition from immature dendritic cells to mature dendritic cells involves numerous changes in gene expression; however, the role of post-transcriptional changes in this process has been largely ignored. Tristetraprolin is an AU-rich element mRNA-binding protein that has been shown to regulate the stability of a number of cytokines and chemokines of mRNAs. Using TTP immunoprecipitations and Affymetrix GeneChips, we identified 393 messages as putative TTP mRNA targets in human dendritic cells. Gene ontology analysis revealed that approximately 25% of the identified mRNAs are associated with protein synthesis. We also identified six MHC Class I alleles, five MHC Class II alleles, seven chemokine and chemokine receptor genes, indoleamine 2,3 dioxygenase, and CD86 as putative TTP ligands. Real-time PCR was used to validate the GeneChip data for 15 putative target genes and functional studies performed for six target genes. These data establish that TTP regulates the expression of DUSP1, IDO, SOD2, CD86, and MHC Class I-B and F via the 3'-untranslated region of each gene. A novel finding is the demonstration that TTP can interact with and regulate the expression of non-AU-rich element-containing messages. The data implicate TTP as having a broader role in regulating and limiting the immune response than previously suspected.

Identification of TTP mRNA targets in human dendritic cells reveals TTP as a critical regulator of dendritic cell maturation.

Les cellules dendritiques de fournir un lien essentiel entre l&#x26;#39;immunit&#xE9; inn&#xE9;e et adaptative et sont essentiels pour amorcer une na&#xEF;ve r&#xE9;ponse des lymphocytes T. Le passage de cellules dendritiques immatures &#xE0; des cellules dendritiques matures implique de nombreux changements dans l&#x26;#39;expression des g&#xE8;nes, mais le r&#xF4;le de la post-transcriptionnelle des changements dans ce processus a &#xE9;t&#xE9; largement ignor&#xE9;. Tristetraprolin est un &#xE9;l&#xE9;ment riche en AU ARNm-prot&#xE9;ine de liaison qui a &#xE9;t&#xE9; montr&#xE9; pour r&#xE9;guler la stabilit&#xE9; d&#x26;#39;un certain nombre de cytokines et de chimiokines d&#x26;#39;ARNm. Utilisation immunopr&#xE9;cipitations TTP et GeneChips Affymetrix, nous avons identifi&#xE9; 393 messages comme putatifs ARNm cibles TTP dans les cellules dendritiques humaines. Analyse a r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; que ontologie g&#xE8;ne environ 25% des ARNm identifi&#xE9;s sont associ&#xE9;s &#xE0; la synth&#xE8;se des prot&#xE9;ines. Nous avons aussi identifi&#xE9; six CMH de classe I, cinq all&#xE8;les du CMH de classe II, sept all&#xE8;les de chimiokines et de g&#xE8;nes r&#xE9;cepteurs de chimiokines, indoleamine 2,3 dioxyg&#xE9;nase, et CD86 en tant que ligands putatifs TTP. PCR en temps r&#xE9;el a &#xE9;t&#xE9; utilis&#xE9;e pour valider les donn&#xE9;es GeneChip pour 15 g&#xE8;nes cibles putatifs et des &#xE9;tudes fonctionnelles r&#xE9;alis&#xE9;es pour six g&#xE8;nes cibles. Ces donn&#xE9;es &#xE9;tablissent que TTP r&#xE9;gule l&#x26;#39;expression de DUSP1, IDO, SOD2, CD86, et IB du CMH de classe et F via la r&#xE9;gion 3 &#x26;#39;non traduite de chaque g&#xE8;ne. Une constatation roman est la d&#xE9;monstration que TTP peuvent interagir avec et de r&#xE9;glementer l&#x26;#39;expression de la non-AU-riches &#xE9;l&#xE9;ment contenant des messages. Les donn&#xE9;es impliquent TTP comme ayant un plus large r&#xF4;le dans la r&#xE9;gulation et la limitation de la r&#xE9;ponse immunitaire qu&#x26;#39;on ne le pensait.

Identification des ARNm cibles TTP dans des cellules dendritiques humaines r&#xE9;v&#xE8;le TTP en tant que r&#xE9;gulateur critique de maturation des cellules dendritiques

Dendritische Zellen stellen eine wichtige Verbindung zwischen angeborenen und erworbenen Immunit&auml;t und unverzichtbar zu einem naiven T-Zell-Antwort prime. Der &Uuml;bergang von unreifen dendritischen Zellen Reifen dendritische Zellen beinhaltet zahlreiche &Auml;nderungen in der Genexpression; die Rolle der Posttranskriptionale Ver&auml;nderungen in diesem Prozess wurde jedoch weitgehend ignoriert. Tristetraprolin ist ein AU-Reich-Element-mRNA-Bindung-Protein, das gezeigt wurde, um die Stabilit&auml;t verschiedener Zytokine und Chemokine mRNAs regulieren. Mit TTP Immunpr&auml;zipitation und Affymetrix GeneChips, wurden 393 Nachrichten als vermeintliche TTP mRNA-Ziele in den menschlichen dendritischen Zellen. Ontologie Genanalyse ergab, dass etwa 25 % der identifizierten mRNAs Proteinsynthese zugeordnet sind. Wir auch identifiziert sechs MHC Klasse I-Allele, f&uuml;nf MHC-Klasse-II-Allele, sieben Chemokine und Chemokin-Rezeptor-Gene, Indolamin-2, 3-Dioxygenase und CD86 als vermeintliche TTP-Liganden. Echtzeit-PCR wurde zur Validierung der GeneChip Daten f&uuml;r 15 vermeintliche Zielgene und Funktionsstudien f&uuml;r sechs Zielgene durchgef&uuml;hrt. Diese Daten belegen, dass TTP Ausdruck DUSP1, IDO, SOD2, CD86 und MHC-Klasse I-B und F &uuml;ber der Region nicht 3&#39;-&uuml;bersetzte jedes Gen reguliert. Eine neuartige Erkenntnis ist der Beweis, dass TTP einzuwirken und den Ausdruck von AU-Nichtreichen Element-haltigen Nachrichten zu regulieren kann. Die Daten implizieren TTP als eine breitere Rolle Regulierung und die Immunantwort zu begrenzen, als zuvor vermutet.

Identifizierung von TTP mRNA Zielen im menschlichen dendritischen Zellen enth&uuml;llt TTP als wichtiger Regulator der Reifung von dendritischen Zellen.

Le cellule dendritiche forniscono un collegamento fondamentale tra immunit&agrave; innata e adattiva e sono essenziali per innescare una risposta delle cellule T naive. Il passaggio da cellule dendritiche immature di maturare le cellule dendritiche comporta numerosi cambiamenti nell&#39;espressione genica; Tuttavia, il ruolo di espresione cambiamenti in questo processo &egrave; stato in gran parte ignorato. Tristetraprolin &egrave; un&#39;AU-rich element mRNA-proteina che &egrave; stata dimostrata per regolare la stabilit&agrave; di un certo numero di citochine e chemiochine dei mRNAs. Utilizzando TTP immunoprecipitazione e Affymetrix GeneChips, abbiamo identificato 393 messaggi come putativo obiettivi TTP mRNA nelle cellule dendritiche umane. Gene ontology analisi hanno rivelato che circa il 25% dei mRNAs identificati sono associati con la sintesi proteica. Abbiamo anche individuato sei MHC di classe I alleli, cinque alleli MHC classe II, sette delle chemochine e chemokine receptor, geni, indoleamine 2,3 diossigenasi e CD86 come ligandi TTP putativi. PCR in tempo reale &egrave; stato utilizzato per convalidare i dati di GeneChip per 15 geni bersaglio putativo e studi funzionali eseguiti per sei geni bersaglio. Questi dati stabilire che TTP regola l&#39;espressione di DUSP1, IDO, SOD2, CD86 e MHC di classe I-B e F tramite il 3&#39;-untranslated regione di ciascun gene. Una romanzo constatazione &egrave; la dimostrazione che TTP pu&ograve; interagire con e regolano l&#39;espressione del non-AU-rich element-contenente messaggi. I dati coinvolgono TTP come aventi un ruolo pi&ugrave; ampio nel disciplinare e limitare la risposta immunitaria in quanto in precedenza sospettato.

Identificazione degli obiettivi TTP mRNA nelle cellule dendritiche umane rivela TTP come regolatore critico di maturazione delle cellule dendritiche.

&#x6A39;&#x72B6;&#x7D30;&#x80DE;&#x306F;&#x81EA;&#x7136;&#x514D;&#x75AB;&#x3068;&#x9069;&#x5FDC;&#x514D;&#x75AB;&#x306E;&#x9593;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x30EA;&#x30F3;&#x30AF;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x3001;&#x30CA;&#x30A4;&#x30FC;&#x30D6;T&#x7D30;&#x80DE;&#x5FDC;&#x7B54;&#x3092;&#x6E96;&#x5099;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4E0D;&#x53EF;&#x6B20;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;&#x672A;&#x719F;&#x306A;&#x6A39;&#x72B6;&#x7D30;&#x80DE;&#x304B;&#x3089;&#x6210;&#x719F;&#x6A39;&#x72B6;&#x7D30;&#x80DE;&#x3078;&#x306E;&#x79FB;&#x884C;&#x306F;&#x3001;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x306E;&#x591A;&#x6570;&#x306E;&#x5909;&#x66F4;&#x3092;&#x4F34;&#x3046;&#x304C;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x904E;&#x7A0B;&#x3067;&#x3001;&#x8EE2;&#x5199;&#x5F8C;&#x306E;&#x5909;&#x5316;&#x306E;&#x5F79;&#x5272;&#x306F;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x7121;&#x8996;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002; Tristetraprolin&#x306F;&#x3001;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x30AB;&#x30A4;&#x30F3;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30B1;&#x30E2;&#x30AB;&#x30A4;&#x30F3;&#x306E;mRNA&#x306E;&#x6570;&#x306E;&#x5B89;&#x5B9A;&#x6027;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;AU-&#x30EA;&#x30C3;&#x30C1;&#x306A;&#x8981;&#x7D20;&#x306E;mRNA&#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002; TTP&#x514D;&#x75AB;&#x6C88;&#x964D;&#x3068;&#x30A2;&#x30D5;&#x30A3;&#x30E1;&#x30C8;&#x30EA;&#x30AF;&#x30B9;GeneChips&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x3066;&#x3001;&#x30D2;&#x30C8;&#x6A39;&#x72B6;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x63A8;&#x5B9A;TTP mRNA&#x306E;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x3068;&#x3057;&#x3066;393&#x30E1;&#x30C3;&#x30BB;&#x30FC;&#x30B8;&#x3092;&#x78BA;&#x8A8D;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30AA;&#x30F3;&#x30C8;&#x30ED;&#x30B8;&#x30FC;&#x5206;&#x6790;&#x306F;&#x3001;&#x8B58;&#x5225;&#x3055;&#x308C;&#x305F;mRNA&#x306E;&#x7D04;25&#xFF05;&#x304C;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x5408;&#x6210;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x307E;&#x305F;&#x3001;&#x63A8;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x308B;TTP&#x30EA;&#x30AC;&#x30F3;&#x30C9;&#x3068;&#x3057;&#x3066;6 MHC&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;I&#x5BFE;&#x7ACB;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3001;5 MHC&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;II&#x5BFE;&#x7ACB;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3001;7&#x30B1;&#x30E2;&#x30AB;&#x30A4;&#x30F3;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30B1;&#x30E2;&#x30AB;&#x30A4;&#x30F3;&#x53D7;&#x5BB9;&#x4F53;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3001;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C9;&#x30FC;&#x30EB;&#x30A2;&#x30DF;&#x30F3;2,3&#x30B8;&#x30AA;&#x30AD;&#x30B7;&#x30B2;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;CD86&#x3092;&#x540C;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30EA;&#x30A2;&#x30EB;&#x30BF;&#x30A4;&#x30E0;PCR&#x306F;&#x3001;6&#x3064;&#x306E;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306B;&#x5BFE;&#x3057;&#x3066;&#x5B9F;&#x884C;15&#x306E;&#x63A8;&#x5B9A;&#x6A19;&#x7684;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3068;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7814;&#x7A76;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;GeneChip&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3092;&#x691C;&#x8A3C;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x305D;&#x306E;TTP&#x3092;&#x78BA;&#x7ACB;&#x3057;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306F;DUSP1&#x3001;IDO&#x3001;SOD2&#x3001;CD86&#x3001;&#x5404;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;3&#x26;#39;-&#x975E;&#x7FFB;&#x8A33;&#x9818;&#x57DF;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066;MHC&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;IB&#x304A;&#x3088;&#x3073;F&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;&#x3002;&#x65B0;&#x305F;&#x306A;&#x767A;&#x898B;&#x306F;&#x3001;TTP&#x304C;&#x5BFE;&#x8A71;&#x3068;&#x975E;AU-&#x30EA;&#x30C3;&#x30C1;&#x306A;&#x8981;&#x7D20;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x30E1;&#x30C3;&#x30BB;&#x30FC;&#x30B8;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x30C7;&#x30E2;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306F;&#x3001;&#x4EE5;&#x524D;&#x306B;&#x7591;&#x308F;&#x308C;&#x308B;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x3001;&#x514D;&#x75AB;&#x5FDC;&#x7B54;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;&#x3001;&#x5236;&#x9650;&#x306E;&#x3088;&#x308A;&#x5E83;&#x7BC4;&#x306A;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x6301;&#x3064;&#x3082;&#x306E;&#x3068;&#x3057;&#x3066;TTP&#x3092;&#x5DFB;&#x304D;&#x8FBC;&#x3080;&#x3002;

&#x30D2;&#x30C8;&#x6A39;&#x72B6;&#x7D30;&#x80DE;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;TTP mRNA&#x6A19;&#x7684;&#x306E;&#x540C;&#x5B9A;&#x306F;&#x3001;&#x6A39;&#x72B6;&#x7D30;&#x80DE;&#x6210;&#x719F;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x56E0;&#x5B50;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x3001;TTP&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;

&#xC218;&#xC9C0;&#xC0C1; &#xC138;&#xD3EC; &#xD0C0;&#xACE0; &#xB09C; &#xBC0F; &#xC801;&#xC751;&#xD615; &#xBA74;&#xC5ED; &#xC0AC;&#xC774;&#xC758; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC5F0;&#xACB0;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558; &#xACE0; &#xC21C;&#xC9C4;&#xD55C; T&#xC758; &#xC138;&#xD3EC; &#xC751;&#xB2F5; &#xD504;&#xB77C;&#xC784; &#xD544;&#xC218;&#xC801;. &#xBBF8; &#xC131;&#xC219;&#xD55C; &#xC218;&#xC9C0;&#xC0C1; &#xC138;&#xD3EC; &#xC218;&#xC9C0;&#xC0C1; &#xC138;&#xD3EC;&#xB97C; &#xC131;&#xC219;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC804;&#xD658; &#xAD00;&#xB828; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604;; &#xC218;&#xB9CE;&#xC740; &#xBCC0;&#xD654; &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;,&#xC774; &#xACFC;&#xC815;&#xC5D0;&#xC11C; post-transcriptional &#xBCC0;&#xACBD; &#xC5ED;&#xD560; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84; &#xBB34;&#xC2DC; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. Tristetraprolin&#xC740; &#xB204;&#xAD6C;&#xB098; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xC694;&#xC18C; mRNA &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC744; &#xC870;&#xC808; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; cytokines &#xBC0F; chemokines Mrnas&#xC758; &#xC548;&#xC815;&#xC131;&#xC744; &#xBCF4;&#xC600;&#xB2E4;. TTP immunoprecipitations &#xBC0F; Affymetrix Genechips&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC;, &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC218;&#xC9C0;&#xC0C1; &#xC138;&#xD3EC;&#xC758; putative TTP mRNA &#xB300;&#xC0C1;&#xC73C;&#xB85C; 393 &#xBA54;&#xC2DC;&#xC9C0; &#xC2DD;&#xBCC4;. &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC628;&#xD1A8;&#xB85C;&#xC9C0; &#xBD84;&#xC11D; &#xC2DD;&#xBCC4;&#xB41C; Mrnas&#xC758; &#xC57D; 25%&#xB294; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xD569;&#xC131; &#xC5F0;&#xAD00; &#xBC1D;&#xD614;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB610;&#xD55C; 6 &#xC2DD;&#xBCC4; MHC &#xD074;&#xB798;&#xC2A4; I &#xB300;&#xB9BD;, 5 MHC &#xD074;&#xB798;&#xC2A4; II &#xB300;&#xB9BD;, 7 chemokine &#xBC0F; chemokine &#xC218;&#xC6A9; &#xCCB4; &#xC720;&#xC804;&#xC790;, indoleamine 2, 3 dioxygenase&#xACFC; CD86 putative TTP ligands&#xB85C;. &#xC2E4;&#xC2DC;&#xAC04; PCR 15 &#xC0C1; &#xB300;&#xC0C1; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC0F; &#xAE30;&#xB2A5; &#xC5F0;&#xAD6C; 6 &#xB300;&#xC0C1; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC218;&#xD589; GeneChip &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC758; &#xC720;&#xD6A8;&#xC131;&#xC744; &#xAC80;&#xC0AC; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD55C;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB370;&#xC774;&#xD130; TTP &#xC870;&#xC808; &#xAC01; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; 3&#39;-untranslated &#xC601;&#xC5ED;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574;, DUSP1, IDO SOD2 CD86, MHC &#xD074;&#xB798;&#xC2A4; I-B&#xC640; F&#xC758; &#xC2DD;&#xC744; &#xC124;&#xC815; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC18C;&#xC124; &#xCC3E;&#xB294; TTP&#xC640; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC73C;&#xBA70; &#xB204;&#xAD6C;&#xB098; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xC694;&#xC18C;&#xC5D0; &#xD3EC;&#xD568; &#xB41C; &#xBA54;&#xC2DC;&#xC9C0;&#xC758; &#xC2DD;&#xC744; &#xC870;&#xC808; &#xD558;&#xB294; &#xB370;&#xBAA8;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xC758;&#xC2EC; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xBA74;&#xC5ED; &#xC751;&#xB2F5;&#xC744; &#xC81C;&#xD55C; &#xD558;&#xB294; &#xADDC;&#xC81C;&#xC5D0; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xAC00;&#xC9C4; &#xAC83;&#xC73C;&#xB85C; TTP &#xC5F0;&#xB8E8;.

TTP mRNA &#xB300;&#xC0C1;&#xC774; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC218;&#xC9C0;&#xC0C1; &#xC138;&#xD3EC;&#xC758; &#xC218;&#xC9C0;&#xC0C1; &#xC138;&#xD3EC; &#xC131;&#xC219;&#xC758; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xB808; &#xADE4; &#xB808;&#xC774; &#xD130;&#xB85C; TTP&#xB97C; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC900;&#xB2E4;.

Las c&#xE9;lulas dendr&#xED;ticas proporcionar un enlace cr&#xED;tico entre la inmunidad innata y adaptativa y son esenciales para preparar una ingenua respuesta de c&#xE9;lulas T. La transici&#xF3;n de las c&#xE9;lulas dendr&#xED;ticas inmaduras a las c&#xE9;lulas dendr&#xED;ticas maduras implica numerosos cambios en la expresi&#xF3;n g&#xE9;nica, sin embargo, el papel de la post-transcripcional cambios en este proceso ha sido ampliamente ignorada. Tristetraprolin es un AU-rico elemento ARNm-prote&#xED;na de uni&#xF3;n que se ha demostrado que regulan la estabilidad de un n&#xFA;mero de citocinas y quimiocinas de mRNAs. Usando immunoprecipitations TTP y Affymetrix GeneChips, se identificaron 393 mensajes como supuestos objetivos de mRNA TTP en las c&#xE9;lulas dendr&#xED;ticas humanas. El an&#xE1;lisis del gen ontolog&#xED;a revel&#xF3; que aproximadamente el 25% de los mRNAs identificados est&#xE1;n asociados con la s&#xED;ntesis de prote&#xED;nas. Tambi&#xE9;n se identificaron seis alelos de MHC de clase I, cinco alelos MHC de clase II, siete de quimioquinas y los genes de los receptores de quimioquinas, indoleamina 2,3 dioxigenasa, y CD86 como supuestos ligandos TTP. PCR en tiempo real se utiliz&#xF3; para validar los datos de GeneChip de 15 genes diana putativos y estudios funcionales realizados por seis genes diana. Estos datos establecen que el TTP regula la expresi&#xF3;n de DUSP1, IDO, SOD2, CD86 y MHC de clase IB y F a trav&#xE9;s de la regi&#xF3;n 3 &#x26;#39;no traducida de cada gen. Un nuevo hallazgo es la demostraci&#xF3;n de que pueden interactuar con los TTP y regulan la expresi&#xF3;n de la no-AU-ricos que contienen elementos de mensajes. Los datos implican TTP como tener un papel m&#xE1;s amplio en la regulaci&#xF3;n y limitaci&#xF3;n de la respuesta inmune que se sospechaba.

Identificaci&#xF3;n de los objetivos de mRNA TTP en las c&#xE9;lulas dendr&#xED;ticas humanas revela TTP como un regulador cr&#xED;tico de la maduraci&#xF3;n de c&#xE9;lulas dendr&#xED;ticas

&#x767D;&#x8272;&#x9886;-1 (WC-1&#xFF09; &#x548C;&#x767D;&#x8272;&#x9886;-2 (WC-2&#xFF09; &#x662F;&#x5149;&#x4ECB;&#x5BFC;&#x53CD;&#x5E94;&#x94FE;&#x5B62;&#x9709;&#xFF0C;&#x975E;&#x5E38;&#x91CD;&#x8981;&#xFF0C;&#x4F46;&#x5E95;&#x5C42;&#x57FA;&#x56E0;&#x8BF1;&#x5BFC;&#x548C;&#x89D2;&#x8272;&#x7684;&#x5176;&#x4ED6;&#x4E0D;&#x52A8;&#x4EA7;&#x548C;&#x5047;&#x5B9A;&#x7684;&#x611F;&#x5149;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#x673A;&#x5236;&#x4ECD;&#x5F88;&#x5DEE;&#x7684;&#x7279;&#x70B9;&#x3002;&#x65E0;&#x76D1;&#x7763;&#x5C42;&#x6B21;&#x805A;&#x7C7B;&#x7684;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x82AF;&#x7247;&#x6280;&#x672F;&#x63ED;&#x793A;&#x4E86; 5.6%&#x7684;&#x68C0;&#x51FA;&#x6210;&#x7EE9;&#x5355;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x51E0;&#x79CD;&#x65B0;&#x578B;&#x7684;&#x8C03;&#x89E3;&#x5458;&#xFF0C;&#x662F;&#x6216;&#x65E9;&#x6216;&#x665A;&#x5149;&#x53CD;&#x5E94;&#x3002;&#x8BC1;&#x636E;&#x4E3A;&#x4E3B;&#x5BFC;&#xFF0C;&#x5982;&#x679C;&#x6CA1;&#x6709; photoreception &#x6240;&#x793A;&#xFF0C;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x786E;&#x8BA4;&#x7684;&#x60C5;&#x51B5;&#x4E0B;&#xFF0C;&#x89C4;&#x5B9A;&#x4E86;&#x4E24;&#x79CD;&#x7C7B;&#x578B;&#x7684;&#x5149;&#x54CD;&#x5E94;&#x7684;&#x767D;&#x9886;&#x60C5;&#x7ED3; (&#x57FA;&#x7763;&#x6559;&#x534F;&#x8FDB;&#x4F1A;)&#x3002;&#x2501; &#x4E3B;&#x8981;&#x662F;&#x8C03;&#x8282;&#x8FDF;&#x4EA4;&#x7684;&#x7B54;&#x590D;&#xFF0C;&#x800C;&#x5149;&#x53CD;&#x5E94;&#x8FC5;&#x901F;&#x6DF9;&#x6CA1;&#x7684; protoperithecia-1 &#xFF08;SUB-1&#xFF09;&#xFF0C;&#x795E;&#x7ECF;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x5BB6;&#x65CF;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50;&#xFF0C;&#x5219;&#x6700;&#x665A;&#x8F7B;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x5FC5;&#x8981;&#x6761;&#x4EF6;&#x3002;&#x7ECF;&#x8FC7; 15 &#x5206;&#x949F;&#x7684;&#x5149;&#x523A;&#x6FC0;&#xFF0C;&#x534F;&#x8FDB;&#x4F1A;&#x76F4;&#x63A5;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x5B50; 1 &#x542F;&#x52A8;&#x5B50;&#x3002;&#x751F;&#x7269;&#x4FE1;&#x606F;&#x5B66;&#x5206;&#x6790;&#x68C0;&#x6D4B;&#x8BB8;&#x591A;&#x65E9;&#x671F;&#x5149;&#x54CD;&#x5E94;&#x5143;&#x7D20; &#xFF08;ELREs&#xFF09;&#xFF0C;&#x67E5;&#x660E;&#x665A;&#x5149;&#x54CD;&#x5E94;&#x5143;&#x7D20; (&#x6708;&#x7403;) &#x6240;&#x9700;&#x7684;&#x91CE;&#x751F;&#x578B;&#x6D3B;&#x52A8;&#x665A;&#x5149;&#x54CD;&#x5E94;&#x5BA3;&#x4F20;&#x5458;&#x3002;&#x6570;&#x636E;&#x63D0;&#x4F9B;&#x5168;&#x7403;&#x8F6C;&#x5F55;&#x53CD;&#x5E94;&#x8F7B;&#x3001; &#x4EE5;&#x53CA;&#x7167;&#x660E;&#x7EC4;&#x6210;&#x7684;&#x76D1;&#x7BA1;&#x4FE1;&#x53F7;&#x7EA7;&#x8054;&#x7BA1;&#x8F96;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x53CD;&#x5E94;&#x7684;&#x987A;&#x5F0F;&#x548C;&#x53CD;&#x5F0F;&#x4F5C;&#x7528;&#x5143;&#x7D20;&#x7684;&#x56FE;&#x7247;&#x3002;

&#x5149;&#x8BF1;&#x5BFC;&#x53CD;&#x5E94;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5206;&#x6790;&#x63ED;&#x793A;&#x4E86;&#x5206;&#x5C42;&#x7684;&#x5149;&#x4FE1;&#x53F7;&#x5728;&#x7C97;&#x7CD9;&#x8109;&#x5B62;&#x3002;

White collar-1 (WC-1) and white collar-2 (WC-2) are essential for light-mediated responses in Neurospora crassa, but the molecular mechanisms underlying gene induction and the roles of other real and putative photoreceptors remain poorly characterized. Unsupervised hierarchical clustering of genome-wide microarrays reveals 5.6% of detectable transcripts, including several novel mediators, that are either early or late light responsive. Evidence is shown for photoreception in the absence of the dominant, and here confirmed, white collar complex (WCC) that regulates both types of light responses. VVD primarily modulates late responses, whereas light-responsive submerged protoperithecia-1 (SUB-1), a GATA family transcription factor, is essential for most late light gene expression. After a 15-min light stimulus, the WCC directly binds the sub-1 promoter. Bioinformatics analysis detects many early light response elements (ELREs), as well as identifying a late light response element (LLRE) required for wild-type activity of late light response promoters. The data provide a global picture of transcriptional response to light, as well as illuminating the cis- and trans-acting elements comprising the regulatory signalling cascade that governs the photobiological response.

Genome-wide analysis of light-inducible responses reveals hierarchical light signalling in Neurospora.

Collier-2 en col blanc-1 (WC-1) et blanc (WC-2) sont essentiels pour la lumi&#xE8;re des r&#xE9;ponses &#xE0; m&#xE9;diation dans Neurospora crassa, mais les m&#xE9;canismes mol&#xE9;culaires qui sous-tendent l&#x26;#39;induction de g&#xE8;nes et les r&#xF4;les des autres photor&#xE9;cepteurs r&#xE9;els et putatifs demeurent mal caract&#xE9;ris&#xE9;. Non supervis&#xE9; de classification hi&#xE9;rarchique de l&#x26;#39;ensemble du g&#xE9;nome puces r&#xE9;v&#xE8;le 5,6% des transcriptions d&#xE9;tectables, y compris les m&#xE9;diateurs plusieurs nouvelles, qui sont au d&#xE9;but ou &#xE0; la lumi&#xE8;re tardive r&#xE9;ponse. Preuves est repr&#xE9;sent&#xE9; par photor&#xE9;ception en l&#x26;#39;absence de la dominante, et ici confirm&#xE9;e, complexe collier blanc (COE) qui r&#xE9;gule les deux types de r&#xE9;ponses de lumi&#xE8;re. VVD module surtout les r&#xE9;ponses tardives, alors que sensible &#xE0; la lumi&#xE8;re immerg&#xE9;e protoperithecia-1 (SUB-1), un facteur de transcription GATA famille, est essentiel pour la plupart l&#x26;#39;expression de lumi&#xE8;re g&#xE8;ne tardif. Apr&#xE8;s un stimulus lumineux de 15 min, le COE se lie directement le sous-1 promoteur. Analyse bioinformatique d&#xE9;tecte de nombreux &#xE9;l&#xE9;ments de r&#xE9;ponse au d&#xE9;but de lumi&#xE8;re (ELREs), ainsi que l&#x26;#39;identification d&#x26;#39;un &#xE9;l&#xE9;ment l&#xE9;ger retard de r&#xE9;ponse (LLRE) requis pour l&#x26;#39;activit&#xE9; de type sauvage de la fin du promoteurs r&#xE9;ponse &#xE0; la lumi&#xE8;re. Les donn&#xE9;es fournissent une image globale de la r&#xE9;ponse transcriptionnelle &#xE0; la lumi&#xE8;re, ainsi que l&#x26;#39;&#xE9;clairage de la cis-et trans-action comprenant des &#xE9;l&#xE9;ments de la cascade de signalisation r&#xE9;glementaire qui r&#xE9;git la r&#xE9;ponse photobiologique.

L&#x26;#39;&#xE9;chelle du g&#xE9;nome analyse de la lumi&#xE8;re-inductibles r&#xE9;ponses r&#xE9;v&#xE8;le signalisation lumineuse hi&#xE9;rarchique dans Neurospora

Wei&szlig;e Kragen-1 (WC-1) und wei&szlig;e Kragen-2 (WC-2) f&uuml;r Licht-vermittelte Reaktionen in Neurospora Crassa wesentlich, aber sind die molekularen Mechanismen gen Induktion und die Rollen der anderen echten und vermeintlichen Photorezeptoren schlecht gekennzeichnet. Unbeaufsichtigt hierarchische Clusterung von genomweiten Microarrays zeigt 5,6 % der nachweisbaren Abschriften, darunter mehrere neuartige Mediatoren, die fr&uuml;hen oder sp&auml;ten sind leichte reagieren. Beweise f&uuml;r PHOTOREZEPTION in Ermangelung der Dominant gezeigt, und hier best&auml;tigt, wei&szlig;em Kragen-Komplex (&Ouml;RK), der beide Typen von leichten Antworten regelt. VVD moduliert vor allem sp&auml;te Antworten, Licht-responsive versunkene Protoperithecia-1 (SUB-1), GATA Familie Transkriptionsfaktor, ist unerl&auml;&szlig;lich f&uuml;r die meisten sp&auml;ten Licht Genexpression. Nach einem 15-min leichten Reiz bindet die &Ouml;RK direkt der Sub-1-Promoter. Bioinformatik-Analyse erkennt, dass viele fr&uuml;h Response-Elemente (ELREs), leichte sowie Identifizierung einer sp&auml;ten Licht Response-Element (LLRE) erforderlich f&uuml;r Wildtyp Aktivit&auml;t light der sp&auml;ten Antwort Promotoren. Die Daten liefern ein globales Bild der transkriptionelle Reaktion auf Licht sowie beleuchten die Cis - und Trans wirkende Elemente bestehend aus regulatorische signalisierende Kaskade, die die photobiological Antwort regelt.

Genomweiten Analyse der Licht-inducible Antworten zeigt hierarchische Licht in Neurospora signalisieren.

Collare bianco-1 (WC-1) e collare bianco-2 (WC-2) sono essenziali per la luce-mediata responses in Neurospora crassa, ma i meccanismi molecolari sottostanti ad induzione genica e i ruoli di altri reali e presunte fotorecettori rimangono scarsamente caratterizzati. Clustering gerarchico senza supervisione del genome-wide microarrays rivela il 5,6% delle trascrizioni rilevabili, tra cui diversi mediatori romanzo, che sono presto o tardi luce reattiva. Evidenza &egrave; indicato per photoreception in assenza di dominanti e qui confermata, colletto bianco complesso (WCC) che regola entrambi i tipi di luce risposte. VVD modula principalmente risposte tardi, considerando che la luce-reattiva sommerse protoperithecia-1 (SUB-1), un fattore di trascrizione famiglia di GATA, &egrave; essenziale per la pi&ugrave; tarda espressione genica luce. Dopo uno stimolo luminoso di 15 min, il WCC direttamente si lega il promotore sub-1. Analisi bioinformatica rileva che molti presto luce gli elementi di risposta (ELREs), oltre a identificare un elemento luce risposta tardiva (LLRE) necessaria per attivit&agrave; di selvaggio-tipo luce del tardo promotori di risposta. I dati forniscono un quadro globale della risposta trascrizionale alla luce, oltre a illuminare gli elementi cis - e trans-acting comprendente la cascata di segnalazione normativa che governa la risposta fotobiologica.

Analisi genome-wide di luce-inducible risposte rivelano gerarchica luce di segnalazione in Neurospora.

&#x895F;-1&#x30DB;&#x30EF;&#x30A4;&#x30C8;&#xFF08;WC-1&#xFF09;&#x3068;&#x30DB;&#x30EF;&#x30A4;&#x30C8;&#x30AB;&#x30E9;&#x30FC;-2&#xFF08;WC-2&#xFF09;&#x306F;&#x30A2;&#x30AB;&#x30D1;&#x30F3;&#x30AB;&#x30D3;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x5149;&#x5A92;&#x4ECB;&#x6027;&#x5FDC;&#x7B54;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4E0D;&#x53EF;&#x6B20;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x304C;&#x3001;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x8A98;&#x5C0E;&#x3068;&#x4ED6;&#x306E;&#x5B9F;&#x3068;&#x63A8;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x5149;&#x53D7;&#x5BB9;&#x4F53;&#x306E;&#x5F79;&#x5272;&#x306E;&#x6839;&#x5E95;&#x306B;&#x3042;&#x308B;&#x5206;&#x5B50;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x306F;&#x5341;&#x5206;&#x306B;&#x7279;&#x5FB4;&#x4ED8;&#x3051;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x307E;&#x307E;&#x306B;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30EF;&#x30A4;&#x30C9;&#x306A;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x306E;&#x6559;&#x5E2B;&#x306A;&#x3057;&#x968E;&#x5C64;&#x7684;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x306F;&#x3001;&#x65E9;&#x671D;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x6DF1;&#x591C;&#x306E;&#x5149;&#x5FDC;&#x7B54;&#x306E;&#x3044;&#x305A;&#x308C;&#x304B;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x30E1;&#x30C7;&#x30A3;&#x30A8;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x3001;&#x691C;&#x51FA;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x8EE2;&#x5199;&#x7523;&#x7269;&#x306E;5.6&#xFF05;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3059;&#x308B;&#x3002;&#x8A3C;&#x62E0;&#x306F;&#x3001;&#x5149;&#x53CD;&#x5FDC;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7;&#x3092;&#x5236;&#x5FA1;&#x3059;&#x308B;&#x652F;&#x914D;&#x7684;&#x306A;&#x3001;&#x3053;&#x3053;&#x3092;&#x78BA;&#x8A8D;&#x3057;&#x3001;&#x30DB;&#x30EF;&#x30A4;&#x30C8;&#x30AB;&#x30E9;&#x30FC;&#x306E;&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#xFF08;WCC&#xFF09;&#x306E;&#x975E;&#x5B58;&#x5728;&#x4E0B;&#x3067;&#x306E;&#x5149;&#x53D7;&#x5BB9;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002; VVD&#x306F;&#x3001;&#x4E3B;&#x306B;&#x5149;&#x53CD;&#x5FDC;&#x6027;&#x304C;protoperithecia-1&#xFF08;SUB-1&#xFF09;&#x3001;GATA&#x30D5;&#x30A1;&#x30DF;&#x30EA;&#x30FC;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50;&#x3092;&#x6C34;&#x6CA1;&#x3055;&#x305B;&#x3001;&#x4E00;&#x65B9;&#x3001;&#x5F8C;&#x671F;&#x5FDC;&#x7B54;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;&#x6700;&#x3082;&#x9045;&#x3044;&#x5149;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x306B;&#x5FC5;&#x9808;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002; 15&#x5206;&#x5149;&#x523A;&#x6FC0;&#x3057;&#x305F;&#x5F8C;&#x3001;WCC&#x306F;&#x3001;&#x76F4;&#x63A5;&#x30B5;&#x30D6;-1&#x30D7;&#x30ED;&#x30E2;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x3092;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C9;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x30A4;&#x30F3;&#x30D5;&#x30A9;&#x30DE;&#x30C6;&#x30A3;&#x30AF;&#x30B9;&#x306E;&#x89E3;&#x6790;&#x3060;&#x3051;&#x3067;&#x306A;&#x304F;&#x3001;&#x9045;&#x3044;&#x5149;&#x53CD;&#x5FDC;&#x30D7;&#x30ED;&#x30E2;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x306E;&#x91CE;&#x751F;&#x578B;&#x6D3B;&#x6027;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x5FC5;&#x8981;&#x9045;&#x3044;&#x5149;&#x306E;&#x5FDC;&#x7B54;&#x30A8;&#x30EC;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#xFF08;LLRE&#xFF09;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x3001;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x521D;&#x671F;&#x5149;&#x53CD;&#x5FDC;&#x8981;&#x7D20;&#xFF08;ELREs&#xFF09;&#x3092;&#x691C;&#x51FA;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306F;&#x3001;&#x8EE2;&#x5199;&#x306E;&#x5149;&#x306B;&#x5BFE;&#x3059;&#x308B;&#x5FDC;&#x7B54;&#x3068;&#x540C;&#x69D8;&#x306B;&#x3001;&#x7167;&#x660E;&#x30B7;&#x30B9;&#x3068;&#x5149;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x7684;&#x5FDC;&#x7B54;&#x3092;&#x652F;&#x914D;&#x3059;&#x308B;&#x898F;&#x5236;&#x306E;&#x30B7;&#x30B0;&#x30CA;&#x30EB;&#x4F1D;&#x9054;&#x30AB;&#x30B9;&#x30B1;&#x30FC;&#x30C9;&#x3092;&#x69CB;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x4F5C;&#x7528;&#x8981;&#x7D20;&#x306E;&#x5168;&#x4F53;&#x50CF;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x5149;&#x8A98;&#x5C0E;&#x6027;&#x5FDC;&#x7B54;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30EF;&#x30A4;&#x30C9;&#x306A;&#x89E3;&#x6790;&#x306F;&#x3001;&#x30A2;&#x30AB;&#x30D1;&#x30F3;&#x30AB;&#x30D3;&#x306E;&#x968E;&#x5C64;&#x5149;&#x30B7;&#x30B0;&#x30CA;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;

&#xD654;&#xC774;&#xD2B8; &#xCE7C;&#xB77C;-1 (&#xD654;&#xC7A5;&#xC2E4; 1)&#xACFC; &#xD654;&#xC774;&#xD2B8; &#xCE7C;&#xB77C; 2 (&#xD654;&#xC7A5;&#xC2E4; 2) &#xBE5B; &#xC911;&#xC7AC; &#xC751;&#xB2F5; Neurospora crassa&#xC5D0; &#xC911;&#xC694; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC720;&#xB3C4; &#xBC0F; &#xB2E4;&#xB978; &#xD604;&#xC2E4;&#xACFC; &#xC0C1; &#xB300;&#xB1CC;&#xC758; &#xC5ED;&#xD560; &#xAE30;&#xBCF8; &#xBD84;&#xC790; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998; &#xC800;&#xC870;&#xD55C; &#xD2B9;&#xC9D5;&#xC774; &#xB0A8;&#xC544; &#xC788;&#xB2E4;. &#xC77C;&#xCC0D; &#xB610;&#xB294; &#xB2A6;&#xAC8C; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xC18C;&#xC124; &#xC911;&#xC7AC;&#xC790;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xC5EC; &#xAC10;&#xC9C0; &#xB179;&#xCDE8; &#xB85D;&#xC758; 5.6%&#xB97C; &#xBCF4;&#xC5EC; &#xAC8C;&#xB188; &#xB113;&#xC740; microarrays&#xC758; &#xC790;&#xC728; &#xACC4;&#xCE35;&#xC801; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130;&#xB9C1; &#xBE5B;&#xC774; &#xBC18;&#xC751;. &#xC99D;&#xAC70;&#xB294; &#xAD8C;&#xC704;&#xC758; &#xBD80;&#xC7AC;&#xC5D0; photoreception&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD45C;&#xC2DC; &#xD558; &#xACE0; &#xB450; &#xAC00;&#xC9C0; &#xC720;&#xD615;&#xC758; &#xAC00;&#xBCBC;&#xC6B4; &#xC751;&#xB2F5;&#xC744; &#xC870;&#xC808; &#xD558;&#xB294; &#xD654;&#xC774;&#xD2B8; &#xCE7C;&#xB77C; &#xBCF5;&#xD569; (WCC)&#xC744; &#xD655;&#xC778; &#xD558;&#xB294; &#xAC83;&#xC774; &#xC5EC;&#xAE30;. &#xBC18;&#xBA74; &#xBE5B; &#xBC18;&#xC751; &#xCE68;&#xC218; protoperithecia-1 (&#xC11C;&#xBE0C;-1) &#xAC00;&#xD0C0; &#xAC00;&#xC871; &#xC804;&#xC0AC; &#xC778;&#xC790;&#xB294; &#xAC00;&#xC7A5; &#xB2A6;&#xAC8C; &#xBE5B; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604;&#xC5D0; &#xD544;&#xC218;&#xC801;&#xC778; VVD &#xC8FC;&#xB85C; &#xB2A6;&#xC740; &#xC751;&#xB2F5;&#xB97C; &#xBCC0;&#xC870;. 15 &#xBD84; &#xBE5B; &#xC790;&#xADF9; &#xD6C4;&#xB294; WCC&#xC5D0; &#xC9C1;&#xC811; &#xD558;&#xC704; 1 &#xBC1C;&#xAE30;&#xC778;&#xC744; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC0DD;&#xBB3C; &#xC815;&#xBCF4;&#xD559; &#xBD84;&#xC11D; &#xB2A6;&#xAC8C; &#xBE5B; &#xC751;&#xB2F5; &#xC694;&#xC18C; (LLRE) &#xC57C;&#xC0DD;-&#xD0C0;&#xC785; &#xD65C;&#xB3D9; &#xB2A6;&#xAC8C; &#xC751;&#xB2F5; &#xBC1C;&#xAE30;&#xC778; &#xBE5B;&#xC5D0; &#xD544;&#xC694;&#xD55C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xBFD0;&#xB9CC; &#xC544;&#xB2C8;&#xB77C; &#xB9CE;&#xC740; &#xCD08;&#xAE30; &#xC751;&#xB2F5; &#xC694;&#xC18C; (ELREs), &#xBE5B;&#xC744; &#xAC10;&#xC9C0; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC758; transcriptional &#xC751;&#xB2F5; &#xC870;&#xBA85; &#xAE30;&#xD0C0; &#xC751;&#xB2F5;&#xC744; &#xC81C;&#xC5B4; &#xD558;&#xB294; &#xADDC;&#xC81C; &#xC2E0;&#xD638; &#xCE90;&#xC2A4;&#xCF00;&#xC774;&#xB4DC; &#xAD6C;&#xC131; cis &#xBC0F; &#xD2B8;&#xB79C;&#xC2A4; &#xC5F0;&#xAE30; &#xC694;&#xC18C; &#xBFD0;&#xB9CC; &#xC544;&#xB2C8;&#xB77C; &#xBE5B;&#xC758; &#xAE00;&#xB85C;&#xBC8C; &#xADF8;&#xB9BC; &#xC81C;&#xACF5;.

&#xBE5B;&#xC744; &#xC720;&#xB3C4;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xC751;&#xB2F5;&#xC758; &#xAC8C;&#xB188; &#xB113;&#xC740; &#xBD84;&#xC11D; &#xACC4;&#xCE35;&#xC801; &#xBE5B;&#xC744; Neurospora &#xC2E0;&#xD638;&#xB97C; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC900;&#xB2E4;.

Collar de cuello blanco-2-1 (WC-1) y blanco (CC-2) son esenciales para la luz de las respuestas mediadas por Neurospora crassa, pero los mecanismos moleculares que subyacen a la inducci&#xF3;n de genes y las funciones de otros fotorreceptores reales y la posible permanecer mal caracterizado. Agrupaci&#xF3;n jer&#xE1;rquica sin supervisi&#xF3;n de todo el genoma microarrays revela un 5,6% de las transcripciones detectables, incluyendo varios nuevos mediadores, que son ya sea temprano o tarde la luz de respuesta. La evidencia se muestra para fotorrecepci&#xF3;n en ausencia de la dominante, y se confirm&#xF3; aqu&#xED;, complejo de cuello blanco (CMI) que regula ambos tipos de respuestas de luz. VVD principalmente modula las respuestas finales, mientras que la luz que responde sumergida protoperithecia-1 (SUB-1), una familia GATA factor de transcripci&#xF3;n, es esencial para la mayor&#xED;a de expresi&#xF3;n tard&#xED;a del gen luz. Despu&#xE9;s de un est&#xED;mulo de luz de 15 minutos, el CMI se une directamente la sub-1 promotor. An&#xE1;lisis de la bioinform&#xE1;tica detecta muchos elementos de respuesta temprana de luz (ELREs), as&#xED; como la identificaci&#xF3;n de un elemento luminoso respuesta tard&#xED;a (LLRE) requerido para la actividad de tipo salvaje de finales de los promotores de respuesta a la luz. Los datos proporcionan una visi&#xF3;n global de la respuesta transcripcional a la luz, as&#xED; como la iluminaci&#xF3;n de la cis-y trans-actuando elementos que componen el regulador de cascada de se&#xF1;alizaci&#xF3;n que regula la respuesta fotobiol&#xF3;gica.

Robert H. Gross

Department of Biology

Dartmouth College

Using SCOPE to Identify Potential Regulatory Motifs in Coregulated Genes

Robert H. Gross

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Dartmouth College

Using SCOPE to Identify Potential Regulatory Motifs in Coregulated Genes

Department of Biology