Wir danken dem späten Dr. Norm Taylor, Abteilung Pflanzen-und Bodenwissenschaften an der Universität von Kentucky, für die Erlaubnis, seine Proben aus Rotklee Grundstücke für diese Studie zu verwenden. Dieses Projekt wurde von der United States Department of Agriculture finanziert.

1. Herstellung von Pflanzenextrakt <ol><li> Siehe Kagan und Flythe 10 für die Extraktion von phenolischen Verbindungen aus Trifolium pratense cv. Kenland. </li><li> Zum anderen Verbindungen in andere Pflanzen zu extrahieren, überprüfen Sie die phytochemical Analyse Literatur für Pflanzen oder Metaboliten-spezifischen Extraktionsmethoden (viele sind beschrieben), oder schauen Sie für Protokolle wie die von Khurram et al. 7,8, die viele Verbindungen mit einem breiten isolieren Bereich von Polaritäten. </li></ol> 2. Herstellung von Dünnschicht-Platten <ol><li> Saubere DC-Platten durch die Entwicklung in einem oder mehreren polaren, neutralen Lösungsmittel, um adsorbierte Verunreinigungen von der Zone der Entwicklung zu bewegen. <ol><li> In einer Abzugshaube, bereiten genug Reinigungsmittel (zB 15-100 ml Ethylacetat-Methanol 2:1, V / V), um den Boden der TLC-Entwicklungskammer sowie den unteren Rand einer DC-Platte, wenn Satz decken im Inneren der Kammer. </li><li> Verwenden Sie handelsüblichen Glas TLC Entwicklungskammern (verschiedene Größen, mit Deckel) oder Folie abgedeckten Pyrex Bechergläser oder Einmachgläser. </li><li> Mit einer Schere aus Aluminium-oder Kunststoff-Backed (flexibel) Kieselgel-Platten, die in verschiedenen Größen (20 cm x 20 cm und kleiner) zu kommen, um die verfügbare Entwicklungskammer passen geschnitten. (Vorsicht: Kieselsäure kann Lungenschäden verursachen beim Einatmen Arbeiten in einem Abzug, und Griff DC-Platten mit Handschuhen zu vermeiden, Hautöle auf der Kieselsäure.). </li><li> Legen Sie die Platten in die Kammer, mit den Spitzen lehnte sich gegen den Kammerwänden. Die Platten sollten sich nicht berühren. Decken Sie die Kammer und ließ das Lösungsmittel bewegen sich die Platte durch Kapillarwirkung. </li><li> Als Lösungsmittel die obere der Platten erreicht hat, entfernen Platten von Kammer-und arrangieren in einer stehenden Position innerhalb der Abzug bis das Lösungsmittel verdampft ist. </li><li> Prüfen Sie, ob Verunreinigungen in der Nähe der Spitze der DC-Platte durch die Suche nach einem gelben Band unter sichtbarem migriertLicht, oder eine fluoreszierende Bande unter UV-Licht (UV) (siehe die &quot;Verunreinigung vor&quot; oder IF in Abbildung 2B). Wenn die Mehrheit der Platte noch einen Gelbstich, wiederholen Sie den Reinigungsvorgang. </li><li> Nach DC-Platten aus der Kammer zu entfernen, entsorgen Sie die Lösungsmittel. Lassen Restlösemittel vollständig, bevor Sie die Kammer für Protokoll 2 verdampfen. </li><li> So entfernen Restfeuchte, die die Migration von Verbindungen auf Kieselgel 16 beeinflussen können, stütze die Platten aufrecht in einem Trockenofen bei 100 ° C (10-15 min für eine 20 cm x 20 cm Platte, und 5 min für 7 cm x 10 cm-Platten ). </li><li> Wenn eine 100 º C Trockenofen nicht verfügbar ist, Heizplatten für eine längere Zeit bei niedrigeren Temperaturen (z. B. 40 Minuten bei 60 ° C). </li><li> Nachdem die Platten trocken sind, lassen Sie sie auf Umgebungstemperatur vor dem Laden abkühlen. </li></ol></li></ol> 3. Vorbereitung der Entwicklung von Kammern für Extract Trennung <ol&gt; <li> Mit einer Schere ein Stück Filterpapier leicht unter Kammerhöhe, und etwa die Hälfte der Kammer Umfang in der Breite geschnitten. Dieses Papier dient als Docht zu zeichnen Lösungsmittel die Kammerwand und die Sättigung der Kammer mit Lösungsmitteldämpfen und verbessert so die Reproduzierbarkeit der Trennungen ein. </li><li> In einem Abzug, Mischungslösemittel (Ethylacetat-Methanol 4:1 v / v, für diese Studie). Gießen Sie Lösungsmittel-Gemisch in die Kammer und zu decken. Warten Sie, bis die gesamte Docht nass mit Lösungsmittel, was Kammersättigung, um Platten in die Kammer gestellt. </li></ol> 4. Laden und Entwicklung von DC-Platten <ol><li> Leicht markieren den Ursprung mit Bleistift. Wenn die DC-Platte Adsorbens ist weich und leicht beschädigt, stellen Marken Kanten. Verbindungen oberhalb der Oberfläche des Entwicklungsmittel, wenn Platten in der TLC-Kammer eingeführt werden. </li><li> Auflösen Extrakte genügend organische Lösungsmittel (in diesem Fall Methanol), um eine konzentrierte Lösung anstelle eines trüben habenFederung. </li><li> Laden Sie die Proben und Standards als schmale Bänder mit einer Mikroliter-Spritze oder Kapillare Mikropipetten, so dass eine 1 cm Rand an den Seiten der Platte. Lassen Sie die Bänder, um zu trocknen (schüren die Platte oder Einlegen in einer Abzugshaube hilft). </li><li> Wenn eine größere Konzentration der Probe wird auf einer Platte, &quot;Überdrucken&quot; von dem Laden der Proben wieder auf die getrocknete Bänder nötig. </li><li> Mit einer Pinzette oder einer Zange, setzen Platte (n) in der gesättigten DC-Kammer. Platten sollten nicht den Docht berührt, da dies zu den Platten an Kontaktpunkten bereitzustellen Lösungsmittel unter Änderung der Pfad der Verbindung Migration. Decken Sie Kammer und lassen Platten zu entwickeln. </li></ol> 5. Herstellung von Platten für Bioassay <ol><li> Entfernen Platte (n) von TLC Tank, bevor die Lösungsmittelfront die Oberkante der Platte erreicht, und markieren Sie die Höhe der Mittelfront mit einem Bleistift. Lassen Platte trocken in Abzug. <ol><li> Entwickeln Sie alle restlichen DC-Platten in der gleichen DC-Kammer, die ge istnerally nutzbar für einen ganzen Tag, wenn geschlossen gehalten. Erneuern Lösungsmittelgemisch für DC-Kammer, wenn die Menge des Lösungsmittels in der Kammer abnimmt, insbesondere. </li></ol></li><li> Nach Platten trocken sind, Banden sichtbar unter sichtbarem oder UV-Licht, und abzugrenzen Bands mit einem Bleistift. Ein Sichtkammer mit einem tragbaren UV-Lampe ist bequem, vor allem, wenn die Lampe an beiden Verbindungen 254 nm (kurzwelliges UV) und 365 nm (langwelliges UV) zu erfassen. Hinweis: Zu diesem Zeitpunkt oder nach dem nächsten Schritt können Platten in Kunststofffolie eingewickelt werden, mit Folie abgedeckt und bei -20 ° C gelagert Die maximale Lagerzeit ist abhängig von Verbindung Stabilität. Da Kieselsäure ist nicht neutral, können einige Verbindungen, während auf der DC-Platte abzubauen. </li><li> Fotografieren oder zeichnen Platten. <ol><li> Verwenden Sie eine Fotodokumentation Gel-System, wenn man mit Overhead-UV-und / oder sichtbares Licht ausgestattet zur Verfügung steht. </li><li> Wenn keine kommerzielle Fotodokumentation System verfügbar ist, fotografieren Platten innerhalb einer Box ausgekleidet mit dunklen Papier oder Stoff, with eine Kamera auf ein Stativ und einen tragbaren UV-Licht eingespannt zu einem Ring stehen 17. Beim Fotografieren von Platten, die keine Fluoreszenzindikator, verwenden Sie einen Blaulichtfilter über der Kameralinse zu Band 17 Aussehen zu verbessern. </li></ol></li><li> Um bei der Charakterisierung von Bands zu unterstützen, berechnen Retentionsfaktor (R f)-Werte durch Messen von Entfernungen durch Verbindung und Lösungsmittelfront gereist und Aufteilung der ehemaligen von dieser (Abbildung 2A). </li></ol> 6. Bakterielle Kultur und Assay <ol><li> Vorbereiten und impfen Medien unter anaeroben Bedingungen. Das in diesem Fall verwendete Kultur war Clostridium-Stamm sticklandii SR, die aus der Kultur Sammlung von James B. Russell, Cornell University, Ithaca, NY erhalten. <ol><li> Siehe Flythe Kagan und 13 und die Materialliste für eine Beschreibung der HAB Medien. </li></ol></li><li> Die Kultur exponentielle oder stationären Phase. Verwenden Sie sterile anaeroben techniques bei der Arbeit mit anaeroben Mikroorganismen. </li><li> Inokulieren die Kultur (1% v / v) in geschmolzenem Agar, nachdem die Temperatur des Agar (0,75% w / v) wurde auf unter 60 ° C gesenkt Vorsichtig mischen und sofort in einer anaeroben Kammer zu bringen (95% CO 2 -5% H 2-Atmosphäre für HAB-Medien) zu gießen. </li><li> Gießen Sie in 15 mm x 100 mm Petrischalen aus Kunststoff und lassen sich zu verfestigen. </li><li> Mit Schere, schneiden Sie die DC-Platte in Zonen-Band (en), die von Interesse sind. Legen Bands Gesicht nach unten auf Agar-Platten, Markierungsstreifen auf der Kennzeichenträger zu verfolgen ursprünglichen Ausrichtung auf DC-Platte zu halten. Legen Sie eine unbenutzte TLC Streifen auf einer Agar-Platte als Kontrolle. </li><li> Inkubieren Agar-Platten, Agar Seite nach unten in der anaeroben Kammer (24 h, 39 ° C). </li></ol> 7. Visualisierung von Bioassay-Agar-Platten <ol><li> Mit Pinzette Bands aus Agar-Platten, während sie in der anaeroben Kammer sind. </li><li> 1% (w / v) tetrazolium rot, in Wasser, tropfenweise auf die Oberfläche der Agar-Platten. Lassen Sie die Farbe, die für mindestens 20 min zu entwickeln, oder bis der Steuerplatte schaltet sich komplett rot, vor dem Entfernen aus dem anaeroben Kammer. Die anaeroben Bakterien beginnt Fähigkeit unmittelbar nach der Entnahme aus der anaeroben Kammer zu verlieren, aber die Farbe ist für mehr als 24 h stabil. </li><li> Fotografieren unter sichtbarem Licht. </li></ol>

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Prod. 50 (1), 19-22 (1987).</li><li>Flythe, M., Kagan, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antimicrobial+effect+of+red+clover+(Trifolium+pratense)+phenolic+extract+on+the+ruminal+hyper+ammonia-producing+bacterium,+Clostridium+sticklandii.">Antimicrobial effect of red clover (Trifolium pratense) phenolic extract on the ruminal hyper ammonia-producing bacterium, Clostridium sticklandii.</a> Curr. Microbiol. 61, 125-131 .</li><li>Rahalison, L., Hamburger, M., Hostettmann, K., Monod, M., Frenk, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+bioautographic+agar+overlay+method+for+the+detection+of+antifungal+compounds+from+higher+plants.">A bioautographic agar overlay method for the detection of antifungal compounds from higher plants.</a> Phytochem. 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G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+2D-TLC+bioautography+method+for+the+discovery+of+novel+antifungal+agents+to+control+plant+pathogens.">A new 2D-TLC bioautography method for the discovery of novel antifungal agents to control plant pathogens.</a> J. Nat. Prod. 63 (8), 1050-1054 (2000).</li><li>Beck, A. B., Knox, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+acylated+isoflavone+glycosides+from+subterranean+clover+and+red+clover.">The acylated isoflavone glycosides from subterranean clover and red clover.</a> Aust. J. Chem. 24 (7), 1509-1518 (1971).</li><li>Kahn, R. A., Bak, S., Svendsen, I., Halkier, B. A., M&#248;ller, B. 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Dieses Protokoll beschreibt ein einfaches Verfahren zum Trennen eines Extrakts in Untergruppen von Verbindungen und Testen dieser Untermengen von Kontakt Bioautographie. Die Methode ist ganz ähnlich wie ein von Chomnawang et al. Verwendet werden, um für 15 Pflanzenstoffe hemmend auf Gonorrhoe-Bakterien zu untersuchen. Die Art der Bioautographie zu Bildschirm für die antimikrobielle Pflanzenstoffe verwendet, hängt von vielen Faktoren, einschließlich der Testmikroorganismus, der Laboraufbau und de...

Untersuchung auf antimikrobielle Verbindungen in Pflanzen erfordert die Trennung der Komponenten eines Pflanzenextrakts, Belichten eines Testmikroorganismus zu diesen Komponenten und Bestimmen, ob das Wachstum des Mikroorganismus wird von irgendeiner der Verbindungen gehemmt. Trennungen von Papier-oder Dünnschichtchromatographie (TLC oder PC) sind praktisch, weil viele Verbindungen können auf einer ebenen Oberfläche getrennt werden. Trennung auf Polarität basiert, wobei einige Verbindungen feste Bindung an das Adsorbens (Zellulose im Fall von PC, und eine Vielzahl von Adsorptionsmitteln bei der TLC) und die Migration unter anderem 1. Fig. 1 stellt ein Beispiel für die relativen Positionen der polare und unpolare phenolische Verbindungen nach Trennung auf einer Silica-TLC-Platte. <img alt="Figur 1" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51411/51411fig1highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51411/51411fig1.jpg" /> Fig. 1 ist. Schematische Darstellung Verteilungen von Verbindungen unterschiedlicher Polarität nach der Trennung auf einer Silica-Dünnschicht-Chromatographie (DC)-Platte. Phenolverbindungen von Rotklee (Trifolium pratense L.) als Beispiel verwendet. Polare Verbindungen, wie clovamide, haben eine starke Affinität zu einem polaren Adsorbens wie Siliciumdioxid und bleiben in der Nähe des Ursprungs (OR), während weniger polaren Verbindungen, wie die drei Isoflavone in der Nähe der Lösungsmittelfront (SF), Partition leichter in den Lösungsmitteln (es sei denn, das Wasser, Säuren oder Basen enthalten sind weniger polar als Kieselsäure) und wandern weiter bis der Platte. Nach der Abtrennung eines Extrakts auf eine DC-Platte können Testmikroorganismen zu allen Verbindungen auf der Platte freigelegt werden, und beschleunigt somit die Identifizierung der aktiven Komponenten eines Extraktes 2. Wenn ein Pilz-oder Bakterienkultur wird dem Chromatogramm ausgesetzt ist, wird das mikrobielle Wachstum überall, außer in Bereichen mit Wachstums-Inhibitor auftreteny-Verbindungen. Inhibitionszonen dann kann durch die Beobachtung der Kontrast zwischen Mycel-Wachstum und die Wachstumsfreie Bereiche, wenn Pilze angewendet wurden 3 oder durch Besprühen mit Verbindungen, die Farbe ändern, wenn reduziert oder durch lebende Zellen 4 hydrolysiert visualisiert werden. Obwohl die Verwendung von Papier-oder Dünnschicht-Chromatogramme antimikrobiellen Assays wurde zuerst 5 Antibiotika und Fungizide 3,6 aufgebracht, Pflanzenextrakte werden jetzt häufig für antimikrobielle Verbindungen mit diesem Verfahren, das oft als Bioautographie bezeichnet gescreent. Die beschriebenen Protokolle hierin Bioautographie von Dünnschichtchromatogrammen gelten. TLC wird weithin verwendet, weil es relativ schnell und kann auf verschiedene Adsorbentien (z. B. Siliciumdioxid, Stärke, Aluminiumoxid), sowie eine gute Auflösung und Empfindlichkeit 1 durchgeführt werden. Pflanzenextrakte können für TLC auf viele Arten hergestellt werden. Gängige Methoden sind extraPflanzenMaterial in alcohol-Wasser-Gemische, wie 80% Ethanol 7,8, gegebenenfalls unter Zusatz von Säure oder Base 9. Nach einer Extraktion in solchen Lösungsmitteln, die etwas Wasser enthalten und gegebenenfalls sauren oder basischen, müssen Extrakte konzentriert werden, so dass sie auf TLC-Platten in einem minimalen Volumen angewendet werden. Die Konzentration der Alkohol-Wasser-Extrakte können durch Aufteilung mit Wasser nicht mischbaren organischen Lösungsmitteln 8 oder mit einem Gemisch solcher Lösungsmittel, wie Ethylacetat-Ethylether (1:1, v / v) 10,11 erreicht werden. Verschiedenen Pflanzenmetabolite werden in verschiedenen organischen Lösungsmitteln extrahiert werden, in Abhängigkeit von ihrer Polarität. Um sicherzustellen, dass die Pflanze organischen Säuren oder Basen werden bei dieser Stufe in organischen Lösungsmitteln extrahiert werden, kann der pH-Wert einer Alkohol-Wasser-Extrakt erhöht oder mit einer wasserlöslichen Säure oder Base zu dissoziierten Analyten in ihre nondissociated Formen, die dann konvertiert abgesenkt löslich in organischen Lösungsmitteln 9 neutral. Die organische Phase kann dann e seinunter Vakuum oder unter Stickstoff vaporated und auf das gewünschte Volumen für die DC eingestellt. Der pH-Wert des Extrakts ist unwahrscheinlich letal Bioassay Mikroorganismen aufgrund der Partitionierung des Analyten in neutralen Lösungsmittel, kleine Endvolumen und Eindampfen des Extraktes auf der DC-Platte vor der Trennung ist. Beide Pilze und Bakterien werden als Test Mikroorganismen in Bioautographie von Pflanzenextrakten eingesetzt 2. Sporen einiger Pilze wie Cladosporium cucumerinum, keimen auf TLC-Platten (abgesehen von den Bereichen mit Inhibitorverbindungen), wenn auf Platten in einer Nährlösung besprüht und in einer feuchten Umgebung für mehrere Tage 3 inkubiert. Die dunkle Myzel von C. cucumerinum auf nichthemmenden Zonen bietet einen scharfen Kontrast zu den Zonen frei von Myzel-Wachstum. Obwohl Bakterien zu Dünnschicht-Chromatographie (DC)-Platten in der gleichen Weise 4,12 angewendet wurde, werden die Bakterien auch über TLC gegossenPlattenoberflächen in Agar überlagert 13,14. Hefen, wie Candida albicans, in Agar-Overlay sowie 14 aufgebracht werden. Alternativ DC-Platten können dem Gesicht nach unten auf Agar mit Bakterien oder Hefe 10,15 8, ein Verfahren, wie Kontakt Bioautographie 2 bekannt geimpft platziert werden. Wir beschreiben ein Verfahren zur Kontakt Bioautographie für antimikrobielle phenolische Verbindungen aus Rotklee (Trifolium pratense cv. Kenland) zu screenen. Das Testmikroorganismus Clostridium sticklandii eine Pansen hyper Ammoniak-produzierenden Bakterium (HAB) und anaerobe verpflichten. Obwohl die verwendeten Abstände nicht alle Komponenten des Extrakts zu beheben, erleichtern sie die Identifizierung von Bereichen der antimikrobiellen Aktivität, wodurch Verengung der Pool von möglichen antimikrobielle Verbindungen. Das Protokoll nutzt Standardverfahren für die DC ein. Das Protokoll beschreibt auch einige der Techniken zur Kultivierung erforderlichen VerGate Anaerobier für einen solchen Test ein Verwendungskontakt Bioautographie 15 und einer Visualisierungsmethode mit einem Tetrazolium-Salz, das lebende Zellen 2,4 färbt.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="739">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Silica F254 TLC plates, aluminum-backed, 0.2 mm thickness, 20 &#215; 20 cm</td>
			<td>EMD Chemicals&#160;</td>
			<td>5554/7</td>
			<td>These plates are coated with silica that contains an indicator fluorescing at 254 nm.&#160; Compounds absorbing at that wavelength appear dark on a fluorescent green background.&#160; Alternative sources include Analtech, Selecto Scientific, Fluka.&#160; Adsorbents other than silica may be needed.&#160; Plastic-backed plates may be suitable, depending on the solvents to be used.&#160;&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sharp, heavy-duty scissors&#160;</td>
			<td>any sewing supply company</td>
			<td>similar to Fiskars&#160; 175800-1002</td>
			<td>For cutting TLC plates.&#160; A paper cutter with a sharp blade can be used as well.&#160; Do not inhale silica dust.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Drying oven at 100 &#176;C (mechanical convection)</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>PR305225M</td>
			<td>Quincy Lab, Inc, Chicago, IL (www.quincylab.com); Cascade Technical Sciences, Hillsboro, OR (www.cascadetek.com)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TLC chamber</td>
			<td>Kimble Chase&#160;</td>
			<td>416180-0000</td>
			<td>Alternative sources:&#160; Aldrich. Pyrex beakers or preserving jars can be used for small plates (i.e. 5 &#215; 10 cm).&#160; Cover with aluminum foil (jar lids may contain material extractable by solvent vapors).</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50-&#181;L syringe with flat needle tip</td>
			<td>Hamilton</td>
			<td>80965</td>
			<td>For loading amounts of standard or sample exceeding 5-10 &#181;L.&#160; Alternative sources are equivalent.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>micropipets</td>
			<td>Drummond</td>
			<td>2-000-001</td>
			<td>For loading small amounts of standards or samples.&#160; Alternative sources:&#160; VWR.&#160; Also, Pasteur pipets can be stretched to a thinner diameter with a butane torch.&#160;&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Filter paper (#1 grade)</td>
			<td>Whatman</td>
			<td>1001 917</td>
			<td>Serves as a chamber wick.&#160; Other grades of filter paper are OK.&#160; This size can be trimmed for the chambers holding 20 &#215; 20 cm plates.&#160;&#160;&#160;&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Beaker tongs</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>15-186</td>
			<td>For putting plates in and out of a large TLC chamber.&#160; Alternate sources: VWR&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Flat-edge forceps&#160;</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>10-275</td>
			<td>For putting plates in and out of a small chamber.&#160;&#160; Alternate sources: VWR&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Small portable UV lamp with 4-Watt or 6-Watt bulbs for short- and long-wave UV light illumination (254 and 365 nm, respectively)</td>
			<td>Ultraviolet Products&#160;</td>
			<td>95-0271-01</td>
			<td>Alternate sources: Spectronics Corporation (www.spectroline.net)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Viewing cabinet for use with hand-held UV lamp</td>
			<td>Ultraviolet Products&#160;</td>
			<td>Chromato-Vue C-10E</td>
			<td>UV-active bands are more easily circled if plates can be set in here.&#160; Alternate sources: Spectronics Corporation.&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Photodocumentation system with overhead UV lamp and visible lamp</td>
			<td>Kodak&#160;</td>
			<td>Gel Logic 200</td>
			<td>&#160;Alternate sources: Ultraviolet Products (www.uvp.com).&#160; See protocol for homemade alternative.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anaerobic Chamber, Type A, Vinyl</td>
			<td>Coy&#160;</td>
			<td>7150000</td>
			<td>This chamber is appropriate for anaerobic bacteria, like Clostridium sticklandii, as described. &#160;However, growth conditions must be tailored to organism used in the assay.&#160; A biosafety cabinet and other precautions should be taken if pathogenic organisms are used. Alternate sources: Anaerobe Systems, BioRad, Plas Labs, others&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tetrazolium red</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>T8877</td>
			<td>Alternate sources: MP Biomedicals, Santa Cruz Biotechnology, Alfa Aesar</td>
		</tr>
		<tr>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Ingredients for HAB media</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pyridoxamine &#183; 2 HCl</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P9380</td>
			<td>For this and for all the other reagents in this table, alternative sources are equivalent.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Riboflavin</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>R4500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thiamine HCl</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>T3902</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nicotinamide</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>N3376</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Calcium D-Pantothenate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>C8731</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lipoic Acid&#160;</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>T5625</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>p-Aminobenzoic acid&#160;</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>A9878</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Folic acid</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>F8798</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Biotin</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>B4639</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cobalamine&#160;</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>C3607</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pyridoxal HCl</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P9130</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pyridoxine</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P5669</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>&#160;E6758</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Iron sulfate &#183; 7 H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>&#160;F8263</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Zinc sulfate &#183; 7 H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>Z0251</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Manganese chloride &#183; 4 H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>M8054</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Boric acid</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>B6768</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cobalt chloride &#183; 6 H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>&#160;C8661</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Copper chloride &#183; 2 H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>459097</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nickel chloride &#183; 6 H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>203866</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium molybdate &#183; 2 H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>331058</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&#160;Trypticase (Pancreatic digest of casein)</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>B11921</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Potassium phosphate monobasic anhydrous</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>P284</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>sodium carbonate &#183; H2O&#160;</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>S636</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agar</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>50841063</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnesium sulfate &#183; 6 H2O</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>7791-18-6</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Calcium chloride &#183; 2 H2O</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>BP510</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cysteine HCl</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>19464780</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Potassium phosphate dibasic anhydrous</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>P290</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium chloride</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>BP358</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

thin-layer chromatographic (tlc) separations and bioassays of plant extracts to identify antimicrobial compounds

Ein gemeinsamer Bildschirm für Pflanzen antimikrobielle Verbindungen besteht aus der Trennung von Pflanzenextrakten Papier oder Dünnschichtchromatographie (TLC oder PC), Aussetzen der Chromatogramme mikrobiellen Suspensionen (z. B. Pilze und Bakterien in der Brühe oder Agar), so dass genügend Zeit für die Mikroben wachsen in einer feuchten Umgebung und Visualisieren Zonen ohne mikrobielle Wachstum. Die Wirksamkeit dieser Screening-Methode, wie Bioautographie bekannt, hängt sowohl von der Qualität der chromatographischen Trennung und der Sorgfalt, mit mikrobiellen Kulturbedingungen behandelt. Dieses Papier beschreibt Standardprotokolle für TLC und Kontakt Bioautographie mit einer neuen Anwendung zu Säure-Fermentation von Bakterien Aminosäuren. Der Extrakt wird über flexible (Aluminium-backed) Kieselgel-DC-Platten getrennt, und die Banden werden unter UV-(UV-) Licht sichtbar gemacht. Zonen werden auf Agar mit dem Testmikroorganismus beimpft geschnitten und inkubiert Gesicht nach unten. Hemmende Banden werden durch Anfärben der Agar-Platte sichtbars mit Tetrazolium rot. Das Verfahren wird auf die Trennung von Rotklee (Trifolium pratense cv. Kenland) phenolischen Verbindungen und ihre Screening-Aktivität gegen Clostridium sticklandii, einem hyper Ammoniak-produzierenden Bakterium (HAB), die ursprünglich aus der Rinder-Pansen aufgebracht. Die TLC-Verfahren anzuwenden, um viele Arten von Pflanzenextrakten und anderen Bakterienspezies (aerob oder anaerob), sowie Pilze, können als Testorganismen verwendet werden, wenn Kulturbedingungen verändert werden, um die Wachstumsanforderungen der Art passen.

Repräsentative Kieselgel-DC-Trennungen von Rotklee (Trifolium pratense cv. Kenland) Extrakte, mit phenolischen Verbindungen, sind in Abbildung 2 dargestellt. Trennung von Rotklee-Extrakt in Ethylacetat-Hexan (9:1, v / v), mehr als 8,5 cm, ergab fünf Bänder, eines unvollständig vom Ursprung gelöst (Fig. 2A). Allerdings zeigt, 2B, dass etwa doppelt so viele Bands offenbart wurden, wenn eine andere Probe von Rotklee-Extrakt (aus der gleichen Sorte, aber in ei...

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Thin-layer Chromatographic TLC Separations and Bioassays of Plant Extracts to Identify Antimicrobial Compounds

Methoden werden für die Dünnschicht-Chromatographie (DC) Trennung von Pflanzenextrakten und Kontakt Bioautographie antibakterielle Metaboliten zu identifizieren beschrieben. Die Methoden sind für das Screening von Rotklee phenolischen Verbindungen Hemmung hyper Ammoniak-produzierende Bakterien (HAB) stammt aus dem Rinder-Pansen aufgebracht.

Dünnschicht-Chromatographie-(TLC) Trennungen und Bioassays der Pflanzenextrakte antimikrobielle Verbindungen zu identifizieren

A common screen for plant antimicrobial compounds consists of separating plant extracts by paper or thin-layer chromatography (PC or TLC), exposing the ...

thin-layer-chromatographic-tlc-separations-bioassays-plant-extracts

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Chemistry

Unit 1

Thin-layer Chromatographic (TLC) Separations and Bioassays of Plant Extracts to Identify Antimicrobial Compounds

Principles of Chromatography

SCIENTISTS IN ACTION

67.5K Aufrufe.  United States Department of Agriculture.  Methoden werden für die Dünnschicht-Chromatographie (DC) Trennung von Pflanzenextrakten und Kontakt Bioautographie antibakterielle Metaboliten zu identifizieren beschrieben. Die Methoden sind für das Screening von Rotklee phenolischen Verbindungen Hemmung hyper Ammoniak-produzierende Bakterien (HAB) stammt aus dem Rinder-Pansen aufgebracht. 

Serie: Thin-layer Chromatographic TLC Separations and Bioassays of Plant Extracts to Identify Antimicrobial Compounds

Profiling the Triacylglyceride Contents in Bat Integumentary Lipids by Preparative Thin Layer Chromatography and MALDI-TOF Mass Spectrometry

The mammalian integument includes sebaceous glands that secrete an oily material onto the skin surface. Sebum production is part of the innate immune system that is protective against pathogenic microbes. Abnormal sebum production and chemical composition are also a clinical symptom of specific skin diseases. Sebum contains a complex mixture of lipids, including triacylglycerides, which is species-specific. The broad chemical properties exhibited by diverse lipid classes hinder the specific determination of sebum composition. Analytical techniques for lipids typically require chemical derivatizations that are labor-intensive and increase sample preparation costs. This paper describes how to extract lipids from mammalian integument, separate broad lipid classes by thin-layer chromatography, and profile the triacylglyceride contents using matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry. This robust method enables a direct determination of the triacylglyceride profiles among species and individuals, and it can be readily applied to any taxonomic group of mammals.

Mammalian integument contains solvent-extractable lipids that can provide chemical compositions characteristic of individual species. This paper presents a routine method for separating broad lipid classes isolated from integumentary tissues using thin layer chromatography and determining the triacylglyceride profile by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry.

Profilierung der Triacylglycerid Inhalt in Bat Integumentary Lipide durch präparative Dünnschicht-Chromatographie und MALDI-TOF-Massenspektrometrie

The mammalian integument includes sebaceous glands that secrete an oily material onto the skin surface. Sebum production is part of the innate immune ...

Forschung

Chemie

Methods to Identify the NMR Resonances of the 13C-Dimethyl N-terminal Amine on Reductively Methylated Proteins

Nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy is a proven technique for protein structure and dynamic studies. To study proteins with NMR, stable magnetic isotopes are typically incorporated metabolically to improve the sensitivity and allow for sequential resonance assignment. Reductive 13C-methylation is an alternative labeling method for proteins that are not amenable to bacterial host over-expression, the most common method of isotope incorporation. Reductive 13C-methylation is a chemical reaction performed under mild conditions that modifies a protein&#39;s primary amino groups (lysine &#949;-amino groups and the N-terminal &#945;-amino group) to 13C-dimethylamino groups. The structure and function of most proteins are not altered by the modification, making it a viable alternative to metabolic labeling. Because reductive 13C-methylation adds sparse, isotopic labels, traditional methods of assigning the NMR signals are not applicable. An alternative assignment method using mass spectrometry (MS) to aid in the assignment of protein 13C-dimethylamine NMR signals has been developed. The method relies on partial and different amounts of 13C-labeling at each primary amino group. One limitation of the method arises when the protein&#39;s N-terminal residue is a lysine because the &#945;- and &#949;-dimethylamino groups of Lys1 cannot be individually measured with MS. To circumvent this limitation, two methods are described to identify the NMR resonance of the 13C-dimethylamines associated with both the N-terminal &#945;-amine and the side chain &#949;-amine. The NMR signals of the N-terminal &#945;-dimethylamine and the side chain &#949;-dimethylamine of hen egg white lysozyme, Lys1, are identified in 1H-13C heteronuclear single-quantum coherence spectra.

Methods to Identify the NMR Resonances of the 13C-Dimethyl N-terminal Amine on Reductively Methylated Proteins

Two methods for assigning the &#945;- and &#949;-dimethylamine nuclear magnetic resonance signals of a reductively 13C-methylated N-terminal lysine are described. One method utilizes the pH-induced selectivity of the reductive methylation reaction, and the other uses aminopeptidase to selectively remove the N-terminal lysine.

Methoden, um die NMR-Resonanzen von Identify<sup&gt; 13</sup&gt; C-Dimethyl-N-terminalen Amins auf reduktiv methylierte Proteine

Nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy is a proven technique for protein structure and dynamic studies. To study proteins with NMR, stable magnetic ...

Analysis of Volatile and Oxidation Sensitive Compounds Using a Cold Inlet System and Electron Impact Mass Spectrometry

This video presents a protocol for the mass spectrometrical analysis of volatile and oxidation sensitive compounds using electron impact ionization. The analysis of volatile and oxidation sensitive compounds by mass spectrometry is not easily achieved, as all state-of-the-art mass spectrometric methods require at least one sample preparation step, e.g., dissolution and dilution of the analyte (electrospray ionization), co-crystallization of the analyte with a matrix compound (matrix-assisted laser desorption/ionization), or transfer of the prepared samples into the ionization source of the mass spectrometer, to be conducted under atmospheric conditions. Here, the use of a sample inlet system is described which enables the analysis of volatile metal organyls, silanes, and phosphanes using a sector field mass spectrometer equipped with an electron impact ionization source. All sample preparation steps and the sample introduction into the ion source of the mass spectrometer take place either under air-free conditions or under vacuum, enabling the analysis of compounds highly susceptible to oxidation. The presented technique is especially of interest for inorganic chemists, working with metal organyls, silanes, or phosphanes, which have to be handled using inert conditions, such as the Schlenk technique. The principle of operation is presented in this video.

This video presents a protocol for the mass spectrometrical analysis of volatile and oxidation sensitive compounds using electron impact ionization. The presented technique is especially of interest for inorganic chemists, working with metal organyls, silanes, or phosphanes which have to be handled using inert conditions, such as the Schlenk technique.

Analyse flüchtiger und oxidationsempfindlichen Verbindungen mit einem kalten Einlasssystem und Elektronenstoß-Massenspektrometrie

This video presents a protocol for the mass spectrometrical analysis of volatile and oxidation sensitive compounds using electron impact ionization. The ...

On-line Analysis of Nitrogen Containing Compounds in Complex Hydrocarbon Matrixes

The shift to heavy crude oils and the use of alternative fossil resources such as shale oil are a challenge for the petrochemical industry. The composition of heavy crude oils and shale oils varies substantially depending on the origin of the mixture. In particular they contain an increased amount of nitrogen containing compounds compared to the conventionally used sweet crude oils. As nitrogen compounds have an influence on the operation of thermal processes occurring in coker units and steam crackers, and as some species are considered as environmentally hazardous, a detailed analysis of the reactions involving nitrogen containing compounds under pyrolysis conditions provides valuable information. Therefore a novel method has been developed and validated with a feedstock containing a high nitrogen content, i.e., a shale oil. First, the feed was characterized offline by comprehensive two-dimensional gas chromatography (GC &#215; GC) coupled with a nitrogen chemiluminescence detector (NCD). In a second step the on-line analysis method was developed and tested on a steam cracking pilot plant by feeding pyridine dissolved in heptane. The former being a representative compound for one of the most abundant classes of compounds present in shale oil. The composition of the reactor effluent was determined via an in-house developed automated sampling system followed by immediate injection of the sample on a GC &#215; GC coupled with a time-of-flight mass spectrometer (TOF-MS), flame ionization detector (FID) and NCD. A novel method for quantitative analysis of nitrogen containing compounds using NCD and 2-chloropyridine as an internal standard has been developed and demonstrated.

A method combining comprehensive two-dimensional gas chromatography with nitrogen chemiluminescence detection has been developed and applied to on-line analysis of nitrogen containing compounds in a complex hydrocarbon matrix.

On-line-Analyse von stickstoffhaltige Verbindungen in komplexen Kohlenwasserstoff Matrixes

The shift to heavy crude oils and the use of alternative fossil resources such as shale oil are a challenge for the petrochemical industry. The ...

Using Capillary Electrophoresis to Quantify Organic Acids from Plant Tissue: A Test Case Examining Coffea arabica Seeds

Carboxylic acids are organic acids containing one or more terminal carboxyl (COOH) functional groups. Short chain carboxylic acids (SCCAs; carboxylic acids containing three to six carbons), such as malate and citrate, are critical to the proper functioning of many biological systems, where they function in cellular respiration and can serve as indicators of cell health. In foods, organic acid content can have significant impact on taste, with increased SCCA levels resulting in a sour or &#34;acid&#34; taste. Because of this, methods for the rapid analysis of organic acid levels are of particular interest to the food and beverage industries. Unfortunately, however, most methods used for SCCA quantification are dependent on time-consuming protocols requiring the derivatization of samples with hazardous reagents, followed by costly chromatographic and/or mass spectrometric analyses. This method details an alternate method for the detection and quantification of organic acids from plant material and food samples using free zonal capillary electrophoresis (CZE), sometimes simply referred to as capillary electrophoresis (CE). CZE provides a cost-effective method for measuring SCCAs with a low limit of detection (0.005 mg/ml). This article details the extraction and quantification of SCCAs from plant samples. While the method provided focuses on measurement of SCCAs from coffee beans, the method provided can be applied to multiple plant-based food materials.

Using Capillary Electrophoresis to Quantify Organic Acids from Plant Tissue: A Test Case Examining Coffea arabica Seeds

This article presents a method for the detection and quantification of organic acids from plant material using free zonal capillary electrophoresis. An example of the potential application of this method, determining the effects of a secondary fermentation on organic acid levels in coffee seeds, is provided.

Mit Hilfe der Kapillarelektrophorese organischen Säuren aus Pflanzengewebe zu beziffern: ein Test Untersuchen<em&gt; Coffea arabica</em&gt; Saatgut

Carboxylic acids are organic acids containing one or more terminal carboxyl (COOH) functional groups. Short chain carboxylic acids (SCCAs; carboxylic ...

Raman and IR Spectroelectrochemical Methods as Tools to Analyze Conjugated Organic Compounds

In the presented work, two spectroelectrochemical techniques are discussed as tools for the analysis of the structural changes occurring in the molecule on the vibrational level of energy. Raman and IR spectroelectrochemistry can be used for advanced characterization of the structural changes in the organic electroactive compounds. Here, the step-by-step analysis by means of Raman and IR spectroelectrochemistry is shown. Raman and IR spectroelectrochemical techniques provide complementary information about structural changes occurring during an electrochemical process, i.e. allows for the investigation of redox processes and their products. The examples of IR and Raman spectroelectrochemical analysis are presented, in which the products of the redox reactions, both in solution and solid state, are identified.

A protocol of step-by-step Raman and IR spectroelectrochemical analysis is presented.

Raman und IR Spectroelectrochemical Methoden als Werkzeuge konjugierte organische Verbindungen zu analysieren

In the presented work, two spectroelectrochemical techniques are discussed as tools for the analysis of the structural changes occurring in the molecule ...

Using Cyclic Voltammetry, UV-Vis-NIR, and EPR Spectroelectrochemistry to Analyze Organic Compounds

Cyclic voltammetry (CV) is a technique used in the analysis of organic compounds. When this technique is combined with electron paramagnetic resonance (EPR) or ultraviolet-visible and near-infrared (UV-Vis-NIR) spectroscopies, we obtain useful information such as electron affinity, ionization potential, band-gap energies, the type of charge carriers, and degradation information that can be used to synthesize stable organic electronic devices. In this study, we present electrochemical and spectroelectrochemical methods to analyze the processes occurring in active layers of an organic device as well as the generated charge carriers.

In this article, we describe electrochemical, electron paramagnetic resonance, and ultraviolet-visible and near-infrared spectroelectrochemical methods to analyze organic compounds for application in organic electronics.

Mithilfe von zyklischer Voltammetrie, UV-Vis-NIR und EPR Spectroelectrochemistry organische Verbindungen analysieren

Cyclic voltammetry (CV) is a technique used in the analysis of organic compounds. When this technique is combined with electron paramagnetic resonance ...

Electrophoretic Crystallization of Ultrathin High-performance Metal-organic Framework Membranes

We report the synthesis of thin, highly intergrown, polycrystalline metal-organic framework (MOF) membranes on a wide range of unmodified porous and non-porous supports (polymer, ceramic, metal, carbon, and graphene). We developed a novel crystallization technique, which is termed the ENACT approach: the electrophoretic nuclei assembly for the crystallization of highly intergrown thin films (ENACT). This approach allows for a high density of heterogeneous nucleation of MOFs on a chosen substrate via the electrophoretic deposition (EPD) directly from the precursor sol. The growth of well-packed MOF nuclei leads to a highly intergrown polycrystalline MOF film. We show that this simple approach can be used for the synthesis of thin, intergrown zeolite imidazole framework (ZIF)-7 and ZIF-8 films. The resulting 500 nm-thick ZIF-8 membranes show a considerably high H2 permeance (8.3 x 10-6 mol m-2 s-1 Pa-1) and ideal gas selectivities (7.3 for H2/CO2, 15.5 for H2/N2, 16.2 for H2/CH4, and 2655 for H2/C3H8). An attractive performance for C3H6/C3H8 separation is also achieved (a C3H6 permeance of 9.9 x 10-8 mol m-2 s-1 Pa-1 and a C3H6/C3H8 ideal selectivity of 31.6 at 25 &#176;C). Overall, the ENACT process, owing to its simplicity, can be extended to synthesize intergrown thin films of a wide range of nanoporous crystalline materials.

A simple, reproducible, and versatile approach for the synthesis of intergrown, polycrystalline metal-organic framework membranes on a wide range of unmodified porous and non-porous supports is presented.

Elektrophoretische Kristallisation von ultradünnen Hochleistungs-Metall-organischen Rahmen Membranen

We report the synthesis of thin, highly intergrown, polycrystalline metal-organic framework (MOF) membranes on a wide range of unmodified porous and ...

Design, Synthesis, and Photochemical Properties of Clickable Caged Compounds

Caged compounds enable the photo-mediated manipulation of the cell physiology with high spatiotemporal resolution. However, the limited structural diversity of currently available caging groups and the difficulties in synthetic modification without sacrificing their photolysis efficiencies are obstacles to expanding the repertoire of caged compounds for live cell applications. As the chemical modification of coumarin-type photo-caging groups is a promising approach for the preparation of caged compounds with diverse physical and chemical properties, we report a method for the synthesis of clickable caged compounds that can be modified easily with various functional units via the copper(I)-catalyzed Huisgen cyclization. The modular platform molecule contains a (6-bromo-7-hydroxycoumarin-4-yl)methyl (Bhc) group as a photo-caging group, which exhibits a high photolysis efficiency compared to those of the conventional 2-nitrobenzyls. General procedures for the preparation of clickable caged compounds containing amines, alcohols, and carboxylates are presented. Additional properties such as the water solubility and cell targeting ability can be readily incorporated into clickable caged compounds. Furthermore, the physical and photochemical properties, including the photolysis quantum yield, were measured and were found to be superior to those of the corresponding Bhc caged compounds. The described protocol could therefore be considered a potential solution for the lack of structural diversity in the available caged compounds.

A protocol for the synthesis and measurement of the photochemical properties of modular caged compounds with clickable moieties is presented.

Design, Synthese und photochemische Eigenschaften von anklickbaren Käfigverbindungen

Caged compounds enable the photo-mediated manipulation of the cell physiology with high spatiotemporal resolution. However, the limited structural ...

Chromatographic Fingerprinting by Template Matching for Data Collected by Comprehensive Two-Dimensional Gas Chromatography

Data processing and evaluation are critical steps of comprehensive two-dimensional gas chromatography (GCxGC), particularly when coupled to mass spectrometry. The rich information encrypted in the data may be highly valuable but difficult to access efficiently. Data density and complexity can lead to long elaboration times and require laborious, analyst-dependent procedures. Effective yet accessible data processing tools, therefore, are key to enabling the spread and acceptance of this advanced multidimensional technique in laboratories for daily use. The data analysis protocol presented in this work uses chromatographic fingerprinting and template matching to achieve the goal of highly automated deconstruction of complex two-dimensional chromatograms into individual chemical features for advanced recognition of informative patterns within individual chromatograms and across sets of chromatograms. The protocol delivers high consistency and reliability with little intervention. At the same time, analyst supervision is possible in a variety of settings and constraint functions that can be customized to provide flexibility and capacity to adapt to different needs and goals. Template matching is shown here to be a powerful approach to explore extra-virgin olive oil volatilome. Cross-alignment of peaks is performed not only for known targets, but also for untargeted compounds, which significantly increases the characterization power for a wide range of applications. Examples are presented to evidence the performance for the classification and comparison of chromatographic patterns from sample sets analyzed under similar conditions.

This protocol presents an approach to fingerprint and explore multi-dimensional data collected by comprehensive two-dimensional gas chromatography coupled to mass spectrometry. Dedicated pattern recognition algorithms (template matching) are applied to explore the chemical information encrypted in the extra-virgin olive oil volatile fraction (i.e., volatilome).