Die Autoren danken, die Unterstützung der CAMH Stiftung anerkennen, Dank an Michael und Sonja Koerner, der Kimel Familie, und dem Paul E. Garfinkel New Investigator Catalyst Award. Dieses Projekt wurde vom Fonds de Recherches Santé Québec, der kanadischen Institutes of Health Research (CIHR), den Natur- und Ingenieurwissenschaften Research Council of Canada, die Weston Brain Institute, die Alzheimer-Gesellschaft von Kanada und den Micheal J. Fox Foundation für die Parkinson-Forschung (MMC) sowie CIHR, der Ontario Mental Health Foundation, NARSAD, und dem National Institute of Mental Health (R01MH099167) (ANV). Die Autoren möchten auch Anusha Ravichandran Hilfenahme der Bilder bedanken.

Die Studienteilnehmer (; Alter 29-57, avg 37. 3F, 2 M), die frei von neurologischen und neuropsychiatrischen Erkrankungen und Fälle von schweren Kopfverletzungen waren das Protokoll in diesem Manuskript wurde für fünf repräsentativen hochauflösenden Bildern von gesunden Freiwilligen gesammelt entwickelt. Alle Probanden wurden am Zentrum für Sucht und psychische Gesundheit (CAMH) rekrutiert. Die Studie wurde von der CAMH Forschungsethik Board genehmigt und wurde in Übereinstimmung mit der Deklaration von Helsinki durchgeführt. Alle Probanden vorgesehen geschrieben, informierte Zustimmung für die Datenerfassung und des Teilens. Weitere Einzelheiten zu der Aufnahmesequenz verwendet, um diese Bilder zu sammeln, finden Sie in Winterburn et al., 2013 Park et al., 2014 wurden 26,34 Images für alle fünf Themen für die Qualität überprüft und festgehalten beziehen. Der Hippocampus überspannt einen Durchschnitt von 118 koronalen Scheiben in diesen Bildern. 1. Software Set-up <ol><li> Öffnen Sie Anzeige: </strong&gt; Vom Terminal mit dem folgenden Befehl: Anzeige image_name.mnc -label label_name.mnc. Das Programm wird 3-Fenster zu öffnen: 3D-Visualisierungsfenster Bild 3-Orientierungssichtfenster und ein Navigationsfenster. Das Endgerät wird auch verwendet, um das Programm auszuführen ist. Vergrößern Sie die Koronalansicht, weil die Segmentierungen wird koronal durchgeführt werden. Vergrößern Sie die Hippocampus. Wählen Sie F (Segmentierung) im Navigationsfenster. Wählen Sie F (XY Radius: 0,1). Das Terminal-Fenster werden Sie aufgefordert, dass der Benutzer &quot;Enter xy Pinselgröße&quot;. Auf 0,1. Dadurch wird die Größe des Pinsels einstellen. Der Benutzer kann nun beginnen Ziehen des Hippocampus auf dem MR-Bild. </li></ol> 2. Whole Hippocampus manuelle Segmentierung <ol><li> Set-up: Die Verwendung einer T1-gewichteten Bild, blättern Sie zu der anterior-koronalsten Scheibe des Hippocampus. Um Scheiben in der vorderen Richtung voranzutreiben, verwenden Sie die &#39;+&#39; Taste; verwenden Sie die &quot;-&quot; Taste, um in der hinteren Richtung zu bewegen. </li><li><strong&gt; Scheibe A: Anterior-Most Scheibe: Mit der rechten Maustaste auf der Maus, ziehen Sie die äußerste Grenze des Hippocampus grauen Substanz, wo es die umliegende Temporallappen weißen Substanz erfüllt und verwenden Sie die mit hoher Intensität weißen Substanz des alveus , um mit dem oberen Rand, in denen der Hippocampus erfüllt die Amygdala 12,22 unterstützen. Verwenden Sie das E (Label-Fill) Schlüssel in der Segmentierung Menü des Navigationsfenster, um auf dem Etikett im Inneren der Grenze zu füllen. Weiterhin diese Grenzen in der gesamten vorderen Hippocampus Kopf anzuwenden. </li><li> Scheibe B: Hippocampus-Head 1 (1B): <ol><li> Superior, inferior, lateral, medial Grenzen: Weiter, um die Grenzen zu ziehen, wie in Schritt 2.2 beschrieben, mit der weißen Substanz des Schläfenlappens und alveus als Leitfaden. </li><li> Supero-medialen Rand: Dazu mit der axiale Ansicht, zeichnen Sie eine horizontale Linie von der Vorderkante der Seiten Hippocampus 29 und umfassen alles, was unterhalb dieser Linie, wie Hippocampus.HINWEIS: Die supero-medialen Rand wird weniger eindeutig in diesen Scheiben, wo die grauen Zellen des Hippocampus verschmilzt mit der grauen Substanz der Amygdala. </li></ol></li><li> Scheibe C: Hippocampus-Head 2 mit Zahnungen: Je nach Motiv können die Zahnungen des Hippocampus für 3-4 Scheiben sichtbar sein (in der Regel sind sie auf T2-gewichteten gegen T1-gewichteten Bildern sichtbar). In diesen Scheiben, auch weiterhin die weiße Substanz des alveus und Schläfenlappen verwenden, um überschreitende Segmentierung 12,22 führen. Für weitere Details, folgen Sie den Schritten 2.5.1-2.5.2. </li><li> Scheibe D: Hippocampus-Leiter 3: <ol><li> Superior, inferior, lateral, medial Grenzen: Ziehen Sie den unteren Rand des Hippokampus in der weißen Substanz des Schläfenlappens, dem seitlichen Rand am Unterhorn des Seitenventrikels, Oberrand, im Anschluss an die Kurve der Zahnungen, bei der weißen Substanz des alveus / Fimbrien und der medialen Rand am hypointense region der Umgebungs Zisterne 12,22. </li><li> Supero-medialen und infero-medialen Grenzen: Fahren Sie mit dem supero-medialen Rand zu definieren, wie in Schritt 2.3.2 beschrieben. Zeichnen Sie den unteren Abschnitt des medialen Grenze, wo der Hippocampus lichtet leicht und erstreckt sich in den leicht hyperintense grauen Substanz des entorhinalen Kortex 12,22. </li></ol></li><li> Scheibe E: Hippocampus Head 4 mit Uncus: Fahren Sie mit der in den Schritten 2.5.1-2.5.2 beschrieben inferior, lateral und superior Grenzen zu ziehen. Fügen Sie die Uncus im Hippocampus (die Medaille mit dem Hauptkörper des Hippocampus befindet und von geringer Intensität CSF umgeben) Segmentierung 12,2 2. </li><li> Scheibe F: Hippocampus Körper: Fahren Sie mit der in den Schritten 2.5.1-2.5.2 beschrieben inferior, lateral, medial und superior Grenzen zu ziehen. Zeichnen Sie die infero-medialen Rand an der Stelle, wo der Hippocampus verdünnt, wie es zum entorhinalen Kortex / para-Hippocampus Gyrus 12,22 Gänge.Enthalten Sie nicht die Low-Intensity-CSF der Rest Sulcus hippocampi in der Segmentierung. </li><li> Scheibe G: Hippocampus Endstück 1: Beginnen Sie die Segmentierung Hippocampus-tail-Typ-Scheiben, wenn die Schenkel des Fornix zunächst sichtbar. Schließen Sie die faszikuläre Gyrus (a grauen Substanz Struktur, die mit dem Hippocampus in Teilen des Hippocampus Schwanz verbindet) von der Segmentierung durch Extrapolieren der Form des faszikuläre Gyrus in die Hippocampus-Schwanz aus mehr vorderen Scheiben 12,22. Diese Extrapolation ist nur für 2-3 Scheiben, wonach die beiden Strukturen nicht genau unterschieden werden kann; an dieser Stelle, behandeln alle sichtbaren grauen Substanz in diesem Bereich, wie Hippocampus. </li><li> Slice H: Hippocampus Endstück 2: Segment der Low-Intensity-grauen Substanz des hinteren Hippocampus Schwanz aus dem umgebenden hoher Intensität weißen Substanz. </li><li> Scheibe I: Posterior-Most Scheibe: Segment der kleinen verbleibenden Bereich des Hippocampus grauen Substanz ausdie umgebende weiße Substanz des Schläfenlappens. </li></ol> 3. Hippocampus-Unterfeld manuelle Segmentierung <ol><li> Set-up: Die Verwendung einer T2-gewichteten Bild, um die anterior-koronalsten Scheibe des Hippocampus zu blättern (wie in Schritt 2.1). Um die Farbe des Pinsels ändern, wählen Sie D (Set Malen Lbl :) auf der Segmentierung Menü im Navigationsfenster. Der Befehl Terminal fordert: &quot;Geben Sie das aktuelle Farbe Label:&quot;. Geben Sie eine Zahl zwischen 1 und 255. Jede Zahl entspricht einem anderen Etikett Farbe. </li><li> Scheibe A: Anterior-Most Scheibe: Seit Unterfeld-Divisionen sind noch nicht im anterior-esten Scheibe sichtbar ist, ziehen Sie eine Linie, die das sichtbare Hippocampus grauen Substanz entlang ihrer längsten sichtbaren Achse (die nicht unbedingt parallel zu einer der Hauptachsen wird) in zwei gleiche Abschnitte um die wahre Anatomie 12,22 nähern. Beschriften Sie die überlegene dieser beiden Abschnitte als CA1 und den unteren Abschnitt als Subiculum durch choosing einen andersfarbigen Bezeichnung für jedes Teilfeld 23,35. </li><li> Scheibe B: Hippocampus-Head 1: Beschriften Sie die Low-Intensity-Bereich in der Mitte des Hippocampus als SR / SL / SM 13,37. Wenn die Biegung entlang der Unterkante des Hippocampus wird deutlich, verwenden Sie dieses Wahrzeichen wie die laterale Grenze zwischen der Subiculum aus der CA1 12,22. Fahren Sie mit der längsten Achse des Hippocampus zu folgen, um die CA1-Subiculum Grenze auf der supero-medialen Spitze 37 zu ziehen. </li><li> Scheibe C: Hippocampus-Head 2 mit Zahnungen: <ol><li> SR / SL / SM, CA4 / DG und Subiculum: Beschriften Sie die SR / SL / SM, CA4 / DG und Subiculum wie für Scheibe D beschrieben (Schritt 3.5.1). </li><li> CA2 / CA3 und CA1: Definieren Sie die Grenze zwischen CA1 und CA2 / CA3 als Winkel von 45 ° Linie, die sich in der superolaterale Richtung von der die meisten superolaterale Rand des SR / SL / SM 12,22. Erweitere CA2 / CA3 medial entlang der Oberkante zum Trog zwischen dem dentagen 12,22. Beschriften Sie den Rest der Oberkante als CA1 12,22. </li></ol></li><li> Scheibe D: Hippocampus-Leiter 3 <ol><li> SR / SL / SM, CA4 / DG und Subiculum: Beschriften Sie die dunklen SR / SL / SM Band ersten, die den Verlauf der CA1 37 folgen wird. Beschriften Sie jede mit hoher Intensität der grauen Substanz im Inneren des SR / SL / SM als CA4 / DG 12,22,23,35,37. Dies kann nicht eine kontinuierliche Region sein, wie in 2C. Fahren Sie mit dem Subiculum-CA1 Grenze definieren, mit dem Knick in der minderwertigen Hippocampus 12,22. </li><li> CA2 / CA3 und CA1: Fahren Sie mit dem CA1 und CA2 / CA3 Grenze, wie in Schritt 3.4.2 zu definieren. Erweitere CA2 / CA3 medial auf halbem Weg entlang der Oberkante des Hippocampus 12,22 und beschriften Sie die andere Hälfte des übergeordneten Kante als CA1 12,22. </li><li> Supero mediale Hippocampus-Kopf: In diesem Stück, teilen Sie die supero mediale Hippocampus Kopf vertikal in zwei Hälften. Beschriften Sie die mediale Hälfte SR / SL / SM 12. Teilen Sie die seitlichendie Hälfte in die Hälfte, diesmal horizontal. Beschriften Sie die überlegene Teil als CA4 / DG und den unteren Abschnitt als CA2 / CA3 12. </li></ol></li><li> Scheibe E: Hippocampus Head 4 mit Uncus <ol><li> Lateral Hippocampus Kopf (Subiculum): In den seitlichen Teil dieser Scheiben, definieren die Subiculum-CA1 Grenze als eine vertikale Linie, die sich in der unteren Richtung von der die meisten medialen Rand der CA4 / DG 12,22. </li><li> Lateral Hippocampus Kopf (CA1, CA2 / CA3, CA4 / DG, SR / SL / SM.): Definieren Sie die CA1-CA2 / CA3 Grenze in der gleichen Weise wie in Schritt 3.4.2. Fahren Sie mit dem SR / SL / SM als geringer Intensität Region kennzeichnen nach der Kurve der CA Regionen. Beschriften CA4 / DG als Zentrum Hohlraum innerhalb des SR / SL / SM, wie in Schritt 3.5.1. </li><li> Uncal Hippocampus Kopf (SR / SL / SM): Beschriften Sie die Uncus des Hippocampus für etwa 10 Scheiben wie die Hippocampus-Kopf-Übergänge in die Hippocampus-Körper. Im Uncus, beschriften Sie die niedrige Intensität Bereich in der Mitte, wie SR / SL / SM (wenn dies ist schwer zu sehen, anzunähern, die Anatomie durch Segmentieren einer Linie 2-3 Voxel breiten sich im Zentrum der Uncus) 12. </li><li> Uncal Hippocampus Kopf (CA2 / CA3, CA4 / DG): Zeichnen Sie eine Linie am oberen Rand des SR / SL Schnitt / SM entlang infero-lateral / supero-Mittelachse des Uncus. Beschriften Sie alle grauen Substanz oberhalb dieser Linie, wie CA2 / CA3 12. Beschriften Sie jedes unmarkierten grauen Substanz unterhalb dieser Linie (auf beiden Seiten des SR / SL / SM) als CA4 / DG 12. </li></ol></li><li> Scheibe F: Hippocampus Körper: Weiter, um die in Schritt 3.6.1-3.6.2 beschriebenen Grenzen gelten. </li><li> Scheibe G: Hippocampus Endstück 1: Fahren Sie mit der in Schritt 3.6.1-3.6.2 beschriebenen Regeln gelten. Die Subiculum-CA1 Grenze zu einem Winkel von 45 ° Linie in der infero-medialer Richtung von der medialen Rand der CA4 / DG 12,22 erstreckt. </li><li> Slice H: Hippocampus-Endstück 2: Nachdem die faszikulären Gyrus kann nicht mehr aus dem Hippocampus formatio unterscheiden/ SM (wie in früheren Scheiben) und der verbleibende grauen Substanz in der Mitte als CA4 / DG 12,22 n, beschriften Sie die gesamte äußere Schicht als CA1, der niedriger Intensität Bereich innerhalb dieses als SR / SL. </li><li> Scheibe I: Posterior-Most Scheibe: Sobald der Dunkelheit SR / SL / SM ist in der Mitte des Hippocampus nicht mehr sichtbar ist, kennzeichnen die gesamte Struktur als CA1 12,22. </li></ol> 4. Protokoll Zuverlässigkeit <ol><li> Resegment entweder den rechten oder linken Hippocampus von jedem Probanden nach einer Wartezeit von etwa einem Monat Durchführung der ursprünglichen Segmentierung. Segment alle Teilfelder entlang der gesamten anterior-posterior Länge des Hippocampus, zu versuchen, die Protokollregeln so konsequent wie möglich zu folgen. </li><li> Berechnen Sie die Würfel Kappa zwischen den ursprünglichen und neu segmentiert Bände: <img alt="Gleichung 1" src="/files/ftp_upload/51861/51861eq1.jpg" /> wobei k = Dice kappa und A und B sind Etikettenvolumina. </li></ol>

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J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Subfields+of+the+hippocampal+formation+at+7+T+MRI:+in+vivo.+volumetric+assessment.">Subfields of the hippocampal formation at 7 T MRI: in vivo. volumetric assessment.</a> NeuroImage. 61 (4), 1043-1049 (2012).</li><li>Yelnik, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+three-dimensional,+histological+and+deformable+atlas+of+the+human+basal+ganglia.+I.+Atlas+construction+based+on+immunohistochemical+and+MRI+data.">A three-dimensional, histological and deformable atlas of the human basal ganglia. I. Atlas construction based on immunohistochemical and MRI data.</a> NeuroImage. 34 (2), 618-638 (2007).</li><li>Yushkevich, P. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+high-resolution+computational+atlas+of+the+human+hippocampus+from+postmortem+magnetic+resonance+imaging+at+9.4+T.">A high-resolution computational atlas of the human hippocampus from postmortem magnetic resonance imaging at 9.4 T.</a> NeuroImage. 44 (2), 385-398 (2009).</li><li>Yushkevich, P. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+Comparison+of+21+Protocols+for+Labeling+Hippocampal+Subfields+and+Parahippocampal+Subregions+in+In+Vivo+MRI:+Towards+a+Harmonized+Segmentation+Protocol.">Quantitative Comparison of 21 Protocols for Labeling Hippocampal Subfields and Parahippocampal Subregions in In Vivo MRI: Towards a Harmonized Segmentation Protocol.</a> NeuroImage. , (2015).</li></ol>

The authors have no conflicts of interest to declare.

Hippocampus-Unterfeldsegmentierung in MR-Bildern ist in der Literatur gut vertreten. , Bestehende Protokolle auszuschließen jedoch Teile des Hippocampus 20,23,33,35, gelten nur für Standbilder 37 oder erfordern Ultrahochfeld-Scanner für die Bildaufnahme 35,37. Diese Handschrift bietet eine Segmentierung Protokoll, das fünf Hauptunterteilungen (CA1, CA2 / CA3, CA4 / Gyrus dentatus, SR / SL / SM und Subiculum) des Hippocampus umfasst und erstreckt sich über die gesamte anterior-poster...

Der Hippocampus ist ein weitgehend untersucht medialen Temporallappens Struktur, die mit episodischen Gedächtnis, räumliche Navigation und andere kognitive Funktionen 10,31 verbunden ist. Ihre Rolle bei neurodegenerativen und neuropsychiatrischen Störungen, wie Alzheimer-Krankheit, Schizophrenie und bipolarer Störung ist gut dokumentiert 4,5,18,24,30. Das Ziel dieser Handschrift ist es, zusätzliche Details zu dem zuvor 34 für den menschlichen Hippocampus Subfelder veröffentlicht auf hochauflösenden Magnetresonanz (MR) Bilder bei 3T erworbenen manuelle Segmentierung Protokoll bereitzustellen. Darüber hinaus wird die diese Handschrift begleitenden Video-Komponente bieten weitere Unterstützung für Forscher, die auf das Protokoll über ihre eigenen Datensätzen implementieren möchten. Der Hippocampus kann in Teilfelder unterteilt werden basierend auf beobachteten in histologisch vorbereitet post-mortem zytoarchitektonischen Unterschiede Proben 12,22. Solche postmortal entnommenen Proben definieren die ground Wahrheit für die Identifizierung und Untersuchung von Hippocampus-Teilfelder; jedoch Präparate dieser Art erfordern spezielle Fähigkeiten und Ausrüstung für die Färbung und werden durch die Verfügbarkeit von fixiertem Gewebe vor allem in erkrankten Populationen beschränkt. In-vivo-Bildgebung hat den Vorteil eines viel größeren Pool von Themen, und stellt auch die Möglichkeit für Folge Studien und Beobachtung von Veränderungen in der Bevölkerung. Obwohl es sich gezeigt hat, dass die Signalintensitäten in T2-gewichteten ex vivo MR-Bilder zu reflektieren Zelldichte 13, ist es immer noch schwierig, unbestrittenen Grenzen zwischen den Unterfeldern mit ausschließlich MR-Signalintensitäten zu ermitteln. Als solches ist eine Anzahl von verschiedenen Ansätzen für die Identifizierung Histologie Detailebene auf MR-Bildern entwickelt worden. Einige Gruppen haben sich bemüht, zu rekonstruieren und zu digitalisieren histologische Datensätze und dann diese Rekonstruktionen mit den Bildregistrierungstechniken zur Hippocampus-Unterfeld neuroanat lokalisieren gemachtschaft auf in vivo MR 1,2,8,9,14,15,17,32. Obwohl dies ein effektives Verfahren zum Abbilden einer Version der histologischen Ground Truth direkt auf MR-Bildern sind Rekonstruktionen dieser Art schwierig zu vervollständigen. Projekte wie diese von der Verfügbarkeit von intakten medialen Temporallappen Proben, histologische Techniken, Datenverlust bei der histologischen Verarbeitung, und die Grund morphologischen Inkonsistenzen zwischen festen und in vivo Gehirn beschränkt. Andere Gruppen haben Hochfeld-Scannern (7T oder 9,4-T) in dem Bemühen verwendet werden, um in vivo erwerben oder Ex-vivo-Bilder mit einer klein genug (0,20 bis 0,35 mm isotrope) Voxelgröße zu visualisieren räumlich lokale Unterschiede in der Bildkontrast, die verwendet werden, folgern Grenzen zwischen Unterfeldern 35,37. Selbst bei 7T-9,4 T und bei einem so geringen Voxelgrße die zytoarchitektonischen Charakteristika hippocampalen Unterfelder sind nicht sichtbar. Als solche haben manuelle Segmentierung Protokolle entwickelt worden, daß einpproximate die bekannten histologischen Grenzen, die auf MR-Bildern. Diese Protokolle bestimmen, Unterfeldgrenzen durch die Interpretation lokalen Bildkontrastunterschiede und die Definition geometrischen Regeln (wie gerade Linien und Winkel) in Bezug auf sichtbare Strukturen. Obwohl Bilder mit hoher Feldstärke genommen in der Lage, detaillierte Einblicke in Hippocampus-Teilfelder bieten, sind Hochfeld-Scanner noch nicht in der klinischen oder Forschungs Einstellungen gemeinsam, so 7T und 9,4-T-Protokolle derzeit haben Anwendbarkeit begrenzt. Ähnliche Protokolle für Bilder auf 3T und 4T Scanner 11,20,21,23,24,25,28,33 gesammelt entwickelt. Viele dieser Protokolle werden auf Bildern mit Unter 1mm Voxel Voxel-Dimensionen in der Frontalebene basiert, aber haben große Schichtdicken (0,8-3 mm) 11,20,21,23,25,28,33 oder große Zwischenschichtabstände 20,28, die beide zu einer signifikanten Messfehler bei der Schätzung der Volumina der einzelnen Teilfelder. Zusätzlich sind viele der existierenden 3T Protokollenauszuschließen Teilfelder in allen oder einem Teil der Hippocampus-Kopf oder Schwanz 20,23,25,33 oder nicht bieten detaillierte Segmentierungen von wichtigen Unterkonstruktionen (dh verbinden die DG mit CA2 / CA3 oder enthalten nicht die Schichten radiatum / lacunosum / moleculare Die CA) 11,20,21,23,24,25,28,33. Es besteht daher ein Bedarf auf dem Gebiet für eine detaillierte Beschreibung eines Protokolls, die zuverlässig ermitteln kann relevanten Teilfelder ganzen Kopf, Körper und Schwanz des Hippocampus, die auf einen Scanner in der klinischen und Forschungs verfügbaren Einstellungen basiert. Die Bemühungen sind derzeit von der Hippocampus-Teilfelder Group (www.hippocampalsubfields.com) im Gange, um die Hippocampus-Unterfeld Segmentierungsprozess zwischen den Laboratorien zu harmonisieren, ähnlich wie bei einer bestehenden Harmonisierungsbemühungen für ganze Hippocampus Segmentierung 6 und einer anfänglichen Papier Vergleichen 21 bestehenden Protokolle wurde kürzlich veröffentlichten 38 . Die Arbeit dieser Gruppe wird weiter aufzuklären optimale Segmentierung proceWeisen. Diese Handschrift enthält detaillierte schriftliche und Video-Anleitungen für die zuverlässige Umsetzung der zuvor von Winterburn und Kollegen 34 auf hochauflösenden 3T MR-Bildern beschrieben Hippocampus-Unterfeldsegmentierung Protokoll. Das Protokoll wurde auf fünf Bildern von gesunden Kontrollen für den gesamten Hippocampus und fünf Hippocampus Subfelder (CA1, CA2 / CA3, CA4 / Gyrus dentatus, Schichten radiatum / lacunosum / moleculare und Subiculum) umgesetzt. Diese segmentierten Bilder sind für die Öffentlichkeit online (cobralab.ca/atlases/Hippocampus). Das Protokoll und die segmentierten Bilder werden nützlich für die Gruppen, die detaillierte Hippocampus Neuroanatomie in MR-Bildern studieren wollen.

<table border="0">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Discovery MR750 3T</td>
			<td>GE</td>
			<td>NA</td>
			<td>Or equivalent 3T scanner</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Minc Tool Kit</td>
			<td>McConnell Brain Imaging Center, Montreal Neurological Institute</td>
			<td>NA</td>
			<td>Open source: http://www.bic.mni.mcgill.ca/ServicesSoftware/ServicesSoftwareMincToolKit</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

high-resolution in vivo manual segmentation protocol for human hippocampal subfields using 3t magnetic resonance imaging

Der menschliche Hippocampus wurde weitgehend im Rahmen der Speicher und die normale Funktion des Gehirns und seiner Rolle in verschiedenen neuropsychiatrischen Erkrankungen untersucht wurde stark untersucht. Während viele Bildgebungsstudien behandeln den Hippocampus als einzelne einheitliche neuroanatomische Struktur ist es in der Tat aus mehreren Unterfeldern, die eine komplexe dreidimensionale Geometrie zusammengesetzt ist. Als solche ist bekannt, dass diese Unterfelder führen spezialisierte Funktionen und differentiell durch den Verlauf der verschiedenen Krankheitszuständen betroffen sind. Magnetresonanz (MR) kann als ein leistungsfähiges Werkzeug verwendet, um die Morphologie des Hippocampus und seine Unterfelder abzufragen. Viele Gruppen nutzen fortschrittliche Imaging-Software und Hardware (&gt; 3T), um Bildunterfelder; Jedoch ist diese Art von Technik kann in den meisten Forschung und klinische Bildgebungszentren leicht verfügbar sein. Um diesem Bedarf zu begegnen, bietet das Manuskript eine detaillierte Schritt-für-Schritt-Protokoll zur Segmentierung des vollen Vorwärts-Rückwärts-Längedes Hippocampus und seine Unterfelder: Ammonshorn (CA) 1, CA2 / CA3, CA4 / Gyrus dentatus (DG), Schichten radiatum / lacunosum / moleculare (SR / SL / SM) und Subiculum. Dieses Protokoll wurde zu fünf Themen (; Alter 29-57, avg 37. 3F, 2 M) angewendet. Protokoll Zuverlässigkeit wird durch resegmenting entweder den rechten oder linken Hippocampus jedes Thema und die Berechnung der Überlappung mit der Dice kappa Metrik bewertet. Mittlere Dice kappa (Bereich) in den fünf Themen sind: ganze Hippocampus, 0,91 (0,90-0,92); CA1, 0,78 (0,77 bis 0,79); CA2 / CA3, 0,64 (0,56 bis 0,73); CA4 / Gyrus dentatus, 0,83 (0,81-0,85); Schichten radiatum / lacunosum / moleculare, 0,71 (0,68-0,73); und Subiculum 0,75 (0,72-0,78). Die hier vorgestellte Segmentierung Protokoll stellt anderen Laboratorien mit einer zuverlässigen Methode, um die Hippocampus und Hippocampus Subfelder in vivo unter Verwendung von handelsüblichen MR-Tools zu untersuchen.

. Die Ergebnisse aus dem Protokoll Zuverlässigkeitsprüfung sind in Tabelle 2 zusammengefaßt Für das gesamte bilaterale Hippocampus, bedeutet räumliche Überlappung wie von Dice kappa gemessen wird, ist 0,91 und liegt im Bereich von 0,90 bis 0,92. Unterfeld Kappa-Werte reichen von 0,64 (CA2 / CA3) auf 0,83 (CA4 / Gyrus dentatus). Durchschnittsmengen für alle Teilbereiche und den ganzen Hippocampus sind in Tabelle 3 2456,72 bis 3325,02 mm 3 ang...

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High-resolution In Vivo Manual Segmentation Protocol for Human Hippocampal Subfields Using 3T Magnetic Resonance Imaging

The goal of this manuscript is to study the hippocampus and hippocampal subfields using MRI. The manuscript describes a protocol for segmenting the hippocampus and five hippocampal substructures: cornu ammonis (CA) 1, CA2/CA3, CA4/dentate gyrus, strata radiatum/lacunosum/moleculare, and subiculum.

Hohe Auflösung<em&gt; In-vivo-</em&gt; Manuelle Segmentierung Protokoll für Menschen Hippocampus Teilfelder Verwenden von 3T Kernspintomographie

The human hippocampus has been broadly studied in the context of memory and normal brain function and its role in different neuropsychiatric disorders has ...

high-resolution-vivo-manual-segmentation-protocol-for-human

Research

JoVE Journal

Neuroscience

High-resolution In Vivo Manual Segmentation Protocol for Human Hippocampal Subfields Using 3T Magnetic Resonance Imaging

9.2K Aufrufe.  University of Toronto. The goal of this manuscript is to study the hippocampus and hippocampal subfields using MRI. The manuscript describes a protocol for segmenting the hippocampus and five hippocampal substructures: cornu ammonis (CA) 1, CA2/CA3, CA4/dentate gyrus, strata radiatum/lacunosum/moleculare, and subiculum. 