Diese Studie bezieht sich nicht auf ethische Zustimmung und Zustimmung zur Teilnahme. Die in dieser Studie verwendeten Daten wurden aus Gendatenbanken gewonnen.
1. Vorhersage von Krankheitszielen
<ol><li>Greifen Sie auf die GeneCards-Datenbank (https://www.genecards.org) und die Online-Datenbank zur Mendelschen Vererbung beim Menschen (OMIM, https://www.omim.org) zu, indem Sie "Anusekzem" als Suchbegriff für Krankheitsziele verwenden.</li>
	<li>Laden Sie die Tabellen der Krankheitsziele herunter. Löschen Sie die wiederholten Ziele, um die Anusekzemziele zu erhalten.</li>
</ol>2. Auswahl der Wirkstoffe
<ol><li>Suchen Sie nach dem Stichwort "Indigo naturalis, goldene Zypresse, kalzinierter Gips, Galmei und chinesische Galle" in der pharmakologischen Datenbank des Systems der Traditionellen Chinesischen Medizin (TCMSP; http://tcmspw.com/tcmsp.php), um die Liste der Wirkstoffkandidaten und Ziele der SDG zu erhalten.</li>
	<li>Vertrauen Sie die Komponente der Schweizer ADME-Datenbank (http://www.swissadme.ch/index.php) an und extrahieren Sie Details derjenigen, die eine "hohe" GI-Absorption aufweisen, gepaart mit mindestens zwei "Ja"-DL-Werten als aktive Elemente. HINWEIS: Normalerweise werden nur Inhaltsstoffe mit arzneimittelähnlichen (DL) Werten ≥0,18 in der Datenbank als Wirkstoffe aufgenommen.</li>
</ol>3. Aufbau des PPI-Netzwerks und Screening der Kernproteine
<ol><li>Geben Sie in Venny2.1( https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html) die Ziele SDG und Anusekzem in LIST1 bzw. LIST2 ein. Eine visuelle Darstellung der Kreuzung wird sofort generiert. Klicken Sie auf den freigegebenen Bereich, um die gemeinsamen Ziele im Abschnitt Ergebnisse anzuzeigen.</li>
	<li>Greifen Sie auf die STRING-Datenbank zu (https://string-db.org/). Geben Sie die Ziele in das Feld Namensliste ein. Wählen Sie dann Homo sapiens als Organismus aus und fahren Sie mit Suchen > Weiter fort.</li>
	<li>Wenn die Ergebnisse verfügbar sind, öffnen Sie die erweiterten Einstellungen und wählen Sie die Option Getrennte Knoten im Netzwerk ausblenden. Legen Sie im Minimum Required Interaction Score die höchste Konfidenz (0,900) fest und klicken Sie dann auf Aktualisieren.</li>
	<li>Klicken Sie auf Exporte , um den Text des Protein-Protein-Interaktionsnetzwerks (PPI) im .png- und .tsv-Format herunterzuladen.</li>
</ol>4. Aufbau eines Wirkstoff-Komponenten-Krankheits-Zielnetzwerks
<ol><li>Öffnen Sie Cytoscape 3.9.1 und importieren Sie die in Schritt 3.4 erwähnte .tsv-Datei. Klicken Sie in der Systemsteuerung auf die Stilleiste , um Farbe, Schriftart und Seite der Netzwerkknoten zu optimieren.</li>
	<li>Verwenden Sie für die Analyse der Netzwerk-Topologie die Funktion Netzwerk analysieren . Um Hub-Gene zu erhalten, verwenden Sie CytoHubba in der Cytoscape-Software. Etablieren Sie das Netzwerk Medikament-Komponente-Krankheit-Ziel.</li>
</ol>5. GO- und KEGG-Anreicherungsanalyse
<ol><li>Rufen Sie die Metascape-Website auf (https://metascape.org/). Wählen Sie eine Datei aus oder fügen Sie eine Genliste in das Dialogfeld ein und klicken Sie auf die Schaltfläche Senden . Wählen Sie dann H. sapiens sowohl in Eingabe als Spezies als auch in Analyse als Spezies aus; Aktivieren Sie danach die Funktion Benutzerdefinierte Analyse .</li>
	<li>Wählen Sie in der Anreicherungsoption GO Molecular Functions, GO Biological Processes, GO Cellular Components und die KEGG Pathway-Datenbank aus. Aktivieren Sie Ausgewählte GO-Cluster auswählen, und klicken Sie dann auf die Schaltfläche Anreicherungsanalyse . Initiieren Sie nach Abschluss des Fortschrittsbalkens einen Klick auf eine Analyseberichtsseite , um die Anreicherungsergebnisse abzurufen.</li>
</ol>6. Analyse des GEO-Genchip-Datensatzes
<ol><li>Durchsuchen und analysieren Sie den GEO-Genchip-Datensatz (GDS3806) mit dem GEO2R-Tool (https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/), um die Expression zentraler Gene in verschiedenen Datengruppen (Kontrollgruppe-nicht-atopische Dermatitis; experimentelle Gruppe-atopische Dermatitis) zu untersuchen.</li>
	<li>Rufen Sie die Website der GEO-Datenbank auf (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/). Geben Sie das Schlüsselwort oder die GEO-Akzession ein und klicken Sie auf die Schaltfläche Suchen . Wählen Sie das am besten passende Ergebnis aus. Suchen Sie die Referenzreihe (GSE26952).</li>
	<li>Rufen Sie die Website des GEO2R-Werkzeugs (https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/) auf, geben Sie die Referenzreihe in das Feld GEO-Beitritt ein und klicken Sie auf die Schaltfläche Festlegen . Wählen Sie Atopische Dermatitis als Versuchsgruppe aus, wählen Sie Nichtatopische Kontrolle als Kontrollgruppe und klicken Sie auf die Schaltfläche Analysieren . Nachdem die Berechnung abgeschlossen ist, wird das Ergebnis angezeigt.</li>
</ol>7. Molekulares Andocken
<ol><li>Öffnen Sie die TCMSP-Datenbank und laden Sie die 3D-Struktur der ausgewählten Zutaten herunter. Verwenden Sie das Suchfeld "Chemischer Name" und suchen Sie nach den ausgewählten Inhaltsstoffnamen, um die entsprechenden 3D-Strukturdateien im mol2-Format herunterzuladen.</li>
	<li>Öffnen Sie die RCSB-Proteindatenbank (http://www.pdb.org/) und laden Sie die Kristallstrukturen der wichtigsten Ziele herunter. Suchen Sie im Suchfeld nach den Zielnamen und laden Sie die entsprechenden Kristallstrukturdateien im pdb-Format herunter.</li>
	<li>Importieren Sie Inhaltsstoffe und Zielstrukturdateien in die Analysesoftware. Löschen Sie Wassermoleküle, indem Sie auf Bearbeiten > Wasser löschen klicken. Fügen Sie Wasserstoff hinzu, indem Sie auf Bearbeiten > Wasserstoff > Hinzufügen klicken. Legen Sie die Inhaltsstoffe als Liganden fest, wählen Sie ganze Ziele als Rezeptor aus und führen Sie ein blindes Docking durch.</li>
	<li>Bestimmen Sie den Bereich des molekularen Andockens.<ol><li>Wählen Sie den Rezeptor und den Liganden nacheinander aus. Klicken Sie auf Raster > Rasterfeld , um das Rasterfeld so anzupassen, dass es das gesamte Modell enthält. Klicken Sie auf Datei > Schließen Sie den aktuellen Speicher, um den Status der Rasterbox zu speichern. Speichern Sie Dateien im gpf-Format.</li>
		<li>Klicken Sie auf Ausführen > Autogrid4 ausführen > Parameterdateiname > Durchsuchen, wählen Sie die gpf-Datei aus und klicken Sie dann auf die Schaltfläche Starten .</li>
	</ol></li>
	<li>Verwenden Sie AutoDock 4, um molekulares Andocken durchzuführen.<ol><li>Klicken Sie auf Docking > Macromolecule > Set Rigid Filename , um den Rezeptor auszuwählen. Klicken Sie auf Docking > Ligand > Öffnen/ Auswählen , um den Liganden auszuwählen.</li>
		<li>Klicken Sie auf Docking- > Suchparameter , um Betriebsalgorithmen festzulegen, und auf Docking- > Dockingparameter , um Dockingparameter festzulegen. Wählen Sie die dpf-Datei aus und klicken Sie dann auf die Schaltfläche Starten. Speichern Sie Dateien im dpf-Format.</li>
		<li>Klicken Sie auf Analyze > Docking > Open, wählen Sie die DLG-Datei aus, klicken Sie auf Analyze > Macromolecule , um den Rezeptor zu öffnen, klicken Sie auf Analyze > Conformations > Play, Ranked by Energy, um die Ergebnisse zu analysieren. Klicken Sie auf Set Play > Write Complex , um die Ergebnisse im pdbqt-Format zu speichern.</li>
	</ol></li>
	<li>Importieren Sie die Docking-Dateien in die PyMOL-Software, um eine weitere Visualisierung zu erstellen.<ol><li>Wählen Sie den Liganden aus und klicken Sie auf Aktion > > Polarkontakte suchen > zu anderen Atomen im Objekt , um Wasserstoffbrückenbindungen zwischen Liganden und der äußeren Umgebung anzuzeigen. Klicken Sie auf c, um die Farbe zu ändern.</li>
		<li>Klicken Sie auf Aktion > Objekt extrahieren. Klicken Sie auf > Sticks anzeigen , um die Stickstruktur des Rezeptors anzuzeigen. Identifizieren Sie die mit Liganden verbundenen Rückstände und zeigen Sie die Stickstruktur.</li>
		<li>Klicken Sie auf Hide > Sticks , um die Stickstruktur des Rezeptors auszublenden. Klicken Sie auf Wizard > Measurement und klicken Sie nacheinander auf zwei Atome. Klicken Sie auf > Rückstände beschriften , um das Etikett der Rückstände anzuzeigen. Passen Sie bei Bedarf die Hintergrundfarbe und Transparenz an. Klicken Sie auf Datei > Bild exportieren als , um das Bild zu speichern.</li>
	</ol></li>
</ol>

Netzwerkpharmakologie und GEO-Datensatzanalyse von SDG bei der Behandlung von Anusekzemen

<ol>
	<li>Ma, M., Lu, H., Yang, Z., Chen, L., Li, Y., Zhang, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Differences+in+microbiota+between+acute+and+chronic+perianal+eczema.">Differences in microbiota between acute and chronic perianal eczema.</a> Medicine. 100 (16), e25623 (2021).</li><li>Dietrich, C. 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Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Exploring+the+mechanism+of+Indigo+Naturalis+in+the+treatment+of+ulcerative+colitis+based+on+TLR4/MyD88/NF-&#954;B+signaling+pathway+and+gut+microbiota.">Exploring the mechanism of Indigo Naturalis in the treatment of ulcerative colitis based on TLR4/MyD88/NF-&#954;B signaling pathway and gut microbiota.</a> Frontiers in Pharmacology. 12, 674416 (2021).</li><li>Sun, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Indigo+Naturalis+alleviates+dextran+sulfate+sodium-induced+colitis+in+rats+via+altering+gut+microbiota.">Indigo Naturalis alleviates dextran sulfate sodium-induced colitis in rats via altering gut microbiota.</a> Frontiers in Microbiology. 11, 731 (2020).</li><li>Cao, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Immune+and+metabolic+regulation+mechanism+of+Dangguiliuhuang+decoction+against+insulin+resistance+and+hepatic+steatosis.">Immune and metabolic regulation mechanism of Dangguiliuhuang decoction against insulin resistance and hepatic steatosis.</a> Frontiers in Pharmacology. 8, 445 (2017).</li><li>Min, S. Y., Park, C. H., Yu, H. W., Park, Y. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Anti-inflammatory+and+anti-allergic+effects+of+saponarin+and+its+impact+on+signaling+pathways+of+RAW+264.7,+RBL-2H3,+and+HaCaT+cells.">Anti-inflammatory and anti-allergic effects of saponarin and its impact on signaling pathways of RAW 264.7, RBL-2H3, and HaCaT cells.</a> International Journal of Molecular Sciences. 22 (16), 8431 (2021).</li><li>Seo, K. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Saponarin+from+barley+sprouts+inhibits+NF-&#954;B+and+MAPK+on+LPS-induced+RAW+264.7+cells.">Saponarin from barley sprouts inhibits NF-&#954;B and MAPK on LPS-induced RAW 264.7 cells.</a> Food &amp; Function. 5 (11), 3005-3013 (2014).</li><li>Moreno-Anz&#250;rez, N. 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N., Gayathri, D., Sudandiradoss, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bioactivity+of+melianone+against+Salmonella+and+in+silico+prediction+of+a+membrane+protein+target.">Bioactivity of melianone against Salmonella and in silico prediction of a membrane protein target.</a> 3 Biotech. 10 (10), 460 (2020).</li><li>Ma, M., Lu, H., Yang, Z., Chen, L., Li, Y., Zhang, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Differences+in+microbiota+between+acute+and+chronic+perianal+eczema.">Differences in microbiota between acute and chronic perianal eczema.</a> Medicine. 100 (16), e25623 (2021).</li><li>Williams, H. C., Chalmers, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Prevention+of+atopic+dermatitis.">Prevention of atopic dermatitis.</a> Acta Dermato-Venereologica. 100 (12), (2020).</li><li>Nogales, C., Mamdouh, Z. M., List, M., Kiel, C., Casas, A. I., Schmidt, H. H. H. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Network+pharmacology:+curing+causal+mechanisms+instead+of+treating+symptoms.">Network pharmacology: curing causal mechanisms instead of treating symptoms.</a> Trends in Pharmacological Sciences. 43 (2), 136-150 (2022).</li><li>Wang, T., Zhou, Y., Wang, K., Jiang, X., Wang, J., Chen, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Prediction+and+validation+of+potential+molecular+targets+for+the+combination+of+Astragalus+membranaceus+and+Angelica+sinensis+in+the+treatment+of+atherosclerosis+based+on+network+pharmacology.">Prediction and validation of potential molecular targets for the combination of Astragalus membranaceus and Angelica sinensis in the treatment of atherosclerosis based on network pharmacology.</a> Medicine (Baltimore). 101 (26), e29762 (2022).</li><li>Jiang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Exploration+of+Fuzheng+Yugan+mixture+on+COVID-19+based+on+network+pharmacology+and+molecular+docking.">Exploration of Fuzheng Yugan mixture on COVID-19 based on network pharmacology and molecular docking.</a> Medicine (Baltimore). 102 (3), e32693 (2023).</li><li>Dong, Y., Zhao, Q., Wang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Network+pharmacology-based+investigation+of+potential+targets+of+astragalus+membranaceous-angelica+sinensis+compound+acting+on+diabetic+nephropathy.">Network pharmacology-based investigation of potential targets of astragalus membranaceous-angelica sinensis compound acting on diabetic nephropathy.</a> Scientific Reports. 11 (1), 19496 (2021).</li><li>Wang, T., Jiang, X., Lu, Y., Ruan, Y., Wang, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+and+integration+analysis+of+a+novel+prognostic+signature+associated+with+cuproptosis-related+ferroptosis+genes+and+relevant+lncRNA+regulatory+axis+in+lung+adenocarcinoma.">Identification and integration analysis of a novel prognostic signature associated with cuproptosis-related ferroptosis genes and relevant lncRNA regulatory axis in lung adenocarcinoma.</a> Aging (Albany NY). 15 (5), 1543-1563 (2023).</li><li>Wang, T., Jiang, X., Ruan, Y., Zhuang, J., Yin, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Based+on+network+pharmacology+and+in+vitro+experiments+to+prove+the+effective+inhibition+of+myocardial+fibrosis+by+Buyang+Huanwu+decoction).">Based on network pharmacology and in vitro experiments to prove the effective inhibition of myocardial fibrosis by Buyang Huanwu decoction).</a> Bioengineered. 13 (5), 13767-13783 (2022).</li></ol>

Die Autoren haben nichts offenzulegen.

Atopische Dermatitis ist eine spezifische Form des Ekzems, die den zugrunde liegenden Mechanismen mit Ekzemen teilt. Hub-Gene, von denen angenommen wird, dass sie mit dieser Erkrankung zusammenhängen, sind TNF, MAPK14 und CASP3. Die therapeutische Wirkung von SDG auf das Analekzem wird hauptsächlich auf seine Wirkung auf die TNF- und MAPK-Signalwege über diese drei Hub-Gene zurückgeführt17.
SDG umfasst fünf verschiedene Medikamente: Indigo naturalis, goldene Zypre...

Das Analekzem ist eine allergische Hauterkrankung, die die perianale Region und die Schleimhaut betrifft und verschiedene klinische Manifestationen aufweist1. Zu den charakteristischen Symptomen gehören Analerythem, Papeln, Blasen, Erosion, Exsudate und Krustenbildung. Diese Symptome entstehen meist durch Kratzen, Verdickung und Rauheit des betroffenen Bereichs2.
Das Analekzem, das durch eine verlängerte Krankheitsdauer, wiederkehrende Anfälle und eine schwierige Behandlung gekennzeichnet ist, kann sich nachteilig auf die körperliche und geistige Gesundheit der Patienten auswirken3. Die Pathogenese des Analekzems ist noch nicht klar, und die moderne Medizin legt nahe, dass es mit lokalen Analläsionen, Ernährung, Umwelt, Genetik und anderen Faktoren zusammenhängenkann 4. Neben der Vermeidung des Kontakts mit Reizstoffen und potenziellen Allergenen konzentriert sich die Behandlung von Analekzemen hauptsächlich auf Methoden wie die Hemmung von Entzündungen, Antiallergien und die Linderung von Juckreiz5.
SDG wird in großem Umfang zur Behandlung von Analekzemen und anderen Analerkrankungen eingesetzt. SDG reguliert die Ausscheidung der Analhaut, reduziert die Feuchtigkeit, repariert die Analhaut und bekämpft effektiv Juckreiz 6,7,8. Darüber hinaus hat SDG das Potenzial, die Perianus-Mikrobiota zu regulieren und dadurch das Anusekzem zu verbessern 9,10.
Die Netzwerkpharmakologie, ein neuartiger und interdisziplinärer, hochmoderner bioinformatischer Ansatz im Bereich der künstlichen Intelligenz und Big Data, bietet eine eingehende Erforschung der traditionellen chinesischen Medizin. Diese Disziplin konzentriert sich auf die systemische Darstellung molekularer Korrelationsregeln zwischen Medikamenten und Krankheiten aus einer ökologischen Netzwerkperspektive. Es wurde in großem Umfang für verschiedene Aspekte eingesetzt, darunter die Identifizierung wichtiger Wirkstoffe in Kräuterextrakten, die Entschlüsselung ihrer globalen Wirkmechanismen, die Formulierung von Arzneimittelkombinationen und die Untersuchung der verschreibungspflichtigen Kompatibilität. Traditionelle chinesische Rezepte weisen die Eigenschaften von Mehrkomponenten- und Multi-Target-Rezepten auf, was auf ihre erhebliche Anpassungsfähigkeit an den Bereich der Netzwerkpharmakologie hinweist. Angetrieben von dieser Methodik haben sich neue Perspektiven bei der Untersuchung komplexer Systeme der traditionellen chinesischen Medizin ergeben, die eine solide technische Unterstützung für die Rationalisierung klinischer Anwendungen und Arzneimittelinnovationen bieten 11,12,13,14.
Diese Studie zielt darauf ab, den Wirkmechanismus von SDG bei der Behandlung von Analekzemen zu untersuchen. Diese Forschungsbemühungen zielten darauf ab, den Mechanismus der topischen Arzneimittelverabreichung durch eine synergistische Integration von Netzwerkpharmakologie und GEO-Datensätzen aufzuklären. Die Ergebnisse liefern wertvolle Einblicke in die Wirksamkeit und die zugrunde liegenden Mechanismen von SDG bei der Behandlung von Anusekzemen und weisen auf sein Potenzial als wirksamer therapeutischer Ansatz für diese Erkrankung hin. Das detaillierte Workflow-Diagramm der Studie ist in Abbildung 1 dargestellt.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>AutoDockTools</td>
			<td>AutoDock</td>
			<td>https://autodocksuite.scripps.edu/adt/</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cytoscape 3.9.1&#160;</td>
			<td>Cytoscape</td>
			<td>https://cytoscape.org/</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GeneCards database&#160;</td>
			<td>GeneCards</td>
			<td>https://www.genecards.org</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GEO database</td>
			<td>National Center for Biotechnology Information</td>
			<td>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GEO2R tool&#160;</td>
			<td>National Center for Biotechnology Information</td>
			<td>https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Metascape</td>
			<td>Metascape</td>
			<td>https://metascape.org/</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Online Mendelian inheritance in man database</td>
			<td>OMIM</td>
			<td>https://www.omim.org</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RCSB protein database&#160;</td>
			<td>RCSB Protein Data Bank (RCSB PDB)</td>
			<td>http://www.pdb.org/</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>STRING database&#160;</td>
			<td>STRING</td>
			<td>https://string-db.org/</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Swiss ADME database&#160;</td>
			<td>Swiss Institute of Bioinformatics</td>
			<td>http://www.swissadme.ch/index.php</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Traditional Chinese Medicine system&#39;s pharmacology database (TCMSP)</td>
			<td>Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform</td>
			<td>http://tcmspw.com/tcmsp.php</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Venny2.1</td>
			<td>BioinfoGP</td>
			<td>https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

the efficacy and underlying pathway mechanisms of shidugao treatment for anus eczema based on geo datasets and network pharmacology

Das Anusekzem ist eine chronische und wiederkehrende entzündliche Hauterkrankung, die den Bereich um den Anus betrifft. Während die Läsionen hauptsächlich in der Anal- und Perianalhaut auftreten, können sie sich auch auf den Damm oder die Genitalien erstrecken. Es wurde festgestellt, dass ShiDuGao (SDG) signifikante reparative Eigenschaften gegen analen Juckreiz, Exsudationskontrolle, Feuchtigkeitsreduzierung und Hautreparatur besitzt. Die genetischen Ziele und pharmakologischen Mechanismen von SDG bei Analekzemen müssen jedoch noch umfassend aufgeklärt und diskutiert werden. Folglich verwendete diese Studie einen netzwerkpharmakologischen Ansatz und verwendete Genexpressions-Omnibus-Datensätze (GEO), um Genziele zu untersuchen. Darüber hinaus wurde ein Protein-Protein-Interaktionsnetzwerk (PPI) etabliert, das zur Identifizierung von 149 Zielen führte, von denen 59 als Hub-Gene innerhalb des "Drug-Target-Disease"-Interaktionsnetzwerks galten.
Die Genfunktion von SDG bei der Behandlung von perianalen Ekzemen wurde durch die Verwendung der Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) und der Gene Ontology (GO) Analyse bewertet. Anschließend wurden die antiperianale Ekzemfunktion und der potenzielle Weg von SDG, wie sie in der pharmakologischen Netzwerkanalyse identifiziert wurden, mit Hilfe der molekularen Docking-Methodik validiert. Die biologischen Prozesse, die mit SDG-gerichteten Genen und Proteinen bei der Behandlung von Anusekzemen verbunden sind, umfassen unter anderem hauptsächlich Zytokin-vermittelte Reaktionen, Entzündungsreaktionen und Reaktionen auf Lipopolysaccharid. Die Ergebnisse der Signalweganreicherung und der funktionellen Annotationsanalysen deuten darauf hin, dass SDG eine entscheidende Rolle bei der Prävention und Behandlung von Analekzemen spielt, indem es die Infektionswege Shigellose und Herpes-simplex-Virus 1 reguliert. Die Analyse der Netzwerkpharmakologie und der GEO-Datenbank bestätigt den Multi-Target-Charakter von SDG bei der Behandlung von Analekzemen, insbesondere durch die Modulation von TNF, MAPK14 und CASP3, die entscheidende Hub-Ziele in den TNF- und MAPK-Signalwegen sind. Diese Ergebnisse geben eine klare Richtung für die weitere Untersuchung des therapeutischen Mechanismus von SDG für Analekzeme vor und unterstreichen gleichzeitig sein Potenzial als wirksamer Behandlungsansatz für diese schwächende Erkrankung.

Anal eczema is an allergic skin condition that affects the perianal region and mucosa, exhibiting various clinical manifestations1. The characteristic symptoms include anal erythema, papules, blisters, erosion, exudates, and crusting. These symptoms mostly arise due to scratching, thickening, and roughness of the affected area2.
Anal eczema, characterized by a prolonged duration of the disease, recurrent attacks, and challenging treatment, can have adverse effects on patients&#39; physical and mental health3. The pathogenesis of anal eczema is not yet clear, and modern medicine suggests that it may be related to local anal lesions, diet, environment, genetics, and other factors4. In addition to avoiding contact with irritants and potential allergens, the treatment of anal eczema mainly focuses on methods such as inhibiting inflammation, anti-allergy, and relieving itching5.
SDG has been extensively utilized for the treatment of anal eczema and other anal conditions. SDG regulates anal skin exudation, reduces moisture, repairs anal skin, and effectively addresses pruritus6,7,8. Furthermore, SDG has the potential to regulate perianus microbiota, thereby improving anus eczema9,10.
Network pharmacology, a novel and interdisciplinary, cutting-edge bioinformatic approach in the realm of artificial intelligence and big data, provides an in-depth exploration of traditional Chinese medicine. This discipline emphasizes the systemic expounding of molecular correlation rules between drugs and diseases from an ecological network perspective. It has been extensively adopted for various aspects, including identifying key active ingredients in herb extracts, deciphering their global mechanisms of action, formulating drug combinations, and studying prescription compatibility. Traditional Chinese prescriptions exhibit the attributes of multi-component and multi-target, signifying their substantial adaptability to the realm of network pharmacology. Driven by this methodology, fresh perspectives have emerged in the examination of complex traditional Chinese medicine systems, furnishing robust technical support for clinical application rationalization and drug innovation11,12,13,14.
This study aims to explore the mechanism of effectiveness of SDG in the treatment of anal eczema. This investigative effort sought to elucidate the mechanism of topical drug administration using a synergistic integration of network pharmacology and GEO datasets. The findings provide valuable insights into the efficacy and underlying mechanisms of SDG in the management of anus eczema, indicating its potential as an effective therapeutic approach for this condition.The detailed workflow diagram of the study is presented in Figure 1.

Autor im Rampenlicht: Erforschung des Multi-Target-Ansatzes von ShiDuGao bei der Behandlung von Anusekzemen

Die Wirksamkeit und die zugrunde liegenden Signalwegmechanismen der ShiDuGao-Behandlung von Anusekzemen basierend auf GEO-Datensätzen und Netzwerkpharmakologie

1 This article evaluated the feasibility, target<v>2 and the mechanism of ShiDuGao in treating anus eczema. 3 Network pharmacology and GEO database analysis 4 confirms the multi-target nature of SDG 5 in treating anal eczema, 6 specifically by modulating TNF and APK 14, 7 and the CASP3, 8 which are crucial hub targets in the TNF 9 and MAPK signaling pathways. 10 These fundings provide a clear direction 11 for further investigation into SDG's 12 therapeutic mechanism for anal eczema, 13 while highlighting its potential 14 as an effective treatment approach 15 for this debilitating condition.16 Mechanism research is acknowledged<v>17 as the most intricate aspect 18 of herbal prescription investigation. 19 Network pharmacology currently permits diverse aspect 20 of the pharmacentrical field, 21 making a paradigm shift from conventional 22 to contemporary biomedicine, 23 and refining traditional Chinese medicine development. 24 This research combined network pharmacology 25 with GEO dataset to discern to topical drug mechanisms.26 In this study, the pure data generation method<v>27 was used to maximize data utilization 28 by combining modified disease, 29 especially for some diseases that are difficult 30 to build animal models for. 31 The online data are used primarily to predict 32 and verify diseases and drug targets, 33 so as to gather research direction 34 and lay a good foundation 35 for subsequent experimental verification.

Anusekzem-verwandte Gene, SDG-Zielgene und gemeinsame Ziele Insgesamt wurden 958 potenzielle Genkandidaten in Genecards und 634 in OMIM-Datenbanken gescreent, während Duplikate ausgeschlossen wurden. Um ein umfassendes Verständnis der mit Analekzemen verbundenen Gene zu erlangen, wurden die Ergebnisse aus mehreren Datenbanken zusammengeführt, so dass insgesamt 958 verschiedene Gene ergeben wurden. Folglich wurde ein Protein-Protein-Interaktionsnetzwerk (PPI) entwickelt, das für Analekzeme spezifis...

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Diese Untersuchung zielte darauf ab, den Mechanismus der topischen Arzneimittelverabreichung durch eine synergistische Integration von Netzwerkpharmakologie und Genexpressions-Omnibus (GEO)-Datensätzen aufzuklären. In diesem Artikel wurden die Machbarkeit, das Ziel und der Mechanismus von ShiDuGao (SDG) bei der Behandlung von Anusekzemen untersucht.

Anus eczema is a chronic and recurrent inflammatory skin disease affecting the area around the anus. While the lesions primarily occur in the anal and ...

the-efficacy-underlying-pathway-mechanisms-shidugao-treatment-for

Research

JoVE Journal

Medicine

The Efficacy and Underlying Pathway Mechanisms of ShiDuGao Treatment for Anus Eczema Based on GEO Datasets and Network Pharmacology

537 Aufrufe.  Tianjin Medical University General Hospital. 1 In diesem Artikel wurden die Machbarkeit, das Ziel2 und der Mechanismus von ShiDuGao bei der Behandlung von Anusekzemen untersucht. 3 Die Analyse der Netzwerkpharmakologie und der GEO-Datenbank 4 bestätigt den Multi-Target-Charakter von SDG 5 bei der Behandlung von Analekzemen, 6 insbesondere durch die Modulation von TNF und APK 14, 7 und dem CASP3, 8, die entscheidende Hub-Targets in den TNF 9- und MAPK-Signalwegen sind. 10 Diese Finanzierungen geben e...

Serie: Autor im Rampenlicht: Erforschung des Multi-Target-Ansatzes von ShiDuGao bei der Behandlung von Anusekzemen

Anus eczema is a chronic and recurrent inflammatory skin disease affecting the area around the anus. While the lesions primarily occur in the anal and perianal skin, they can also extend to the perineum or genitalia. ShiDuGao (SDG) has been found to possess significant reparative properties against anal pruritus, exudation control, moisture reduction, and skin repair. However, the genetic targets and pharmacological mechanisms of SDG on anal eczema have yet to be comprehensively elucidated and discussed. Consequently, this study employed a network pharmacological approach and utilized gene expression omnibus (GEO) datasets to investigate gene targets. Additionally, a protein-protein interaction network (PPI) was established, resulting in the identification of 149 targets, of which 59 were deemed hub genes, within the "drug-target-disease" interaction network.
The gene function of SDG in the treatment of perianal eczema was assessed through the utilization of the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) and Gene Ontology (GO) analysis. Subsequently, the anti-perianal eczema function and potential pathway of SDG, as identified in network pharmacological analysis, were validated using molecular docking methodology. The biological processes associated with SDG-targeted genes and proteins in the treatment of anus eczema primarily encompass cytokine-mediated responses, inflammatory responses, and responses to lipopolysaccharide, among others. The results of the pathway enrichment and functional annotation analyses suggest that SDG plays a crucial role in preventing and managing anal eczema by regulating the Shigellosis and herpes simplex virus 1 infection pathways. Network pharmacology and GEO database analysis confirms the multi-target nature of SDG in treating anal eczema, specifically by modulating TNF, MAPK14, and CASP3, which are crucial hub targets in the TNF and MAPK signaling pathways. These findings provide a clear direction for further investigation into SDG's therapeutic mechanism for anal eczema while highlighting its potential as an effective treatment approach for this debilitating condition.

This investigative effort sought to elucidate the mechanism of topical drug administration using a synergistic integration of network pharmacology and gene expression omnibus (GEO) datasets. This article evaluated the feasibility, target, and mechanism of ShiDuGao (SDG) in treating anus eczema.

Forschung

Medizin

Identifying Disease Targets and Active Components in Traditional Chinese Medicine for Anus Eczema

Establishing a Drug-Component-Disease-Target Network, GO and KEGG Enrichment, and GEO Gene Chip Dataset Analysis in Anus Eczema

1 To begin, launch the Cytoscape 3.9.1 software<v>2 on the desktop and import the tsv file 3 containing core proteins of anus eczema. 4 Click on the style bar in the control panel 5 to optimize the color, font, and size of the network nodes. 6 For network topology analysis, 7 employ the analyze network function.8 To obtain hub genes, use CytoHubba 9 and establish the drug component disease target network. 10 Open the Metascape website. 11 Select a file or paste a gene list into the dialog box 12 and click the submit button.13 Then select H.sapiens in both input as species 14 and analysis as species, 15 and enable the custom analysis function. 16 In the enrichment option, 17 select GO molecular functions, GO biological processes, 18 GO cellular components, and the KEGG Pathway database. 19 Check pick selective GO clusters, 20 and click on the enrichment analysis button.21 Upon completion of the progress bar, 22 initiate an analysis report page and click 23 to retrieve the enrichment results. 24 Open the GEO2R tool to search 25 and analyze the GEO gene chip database. 26 Open the GEO database website.27 Then enter the keyword or GEO accession 28 and click on the search button. 29 Select the best matching result, 30 and find the reference series. 31 Now on the GEO2R tool website, 32 enter the reference series in the GEO accession box 33 and click the set button.34 Select atopic dermatitis as the experimental group 35 and nonatopic control as the control group. 36 Click the analyze button and wait for the results to appear. 37 KEGG and GO enrichment analyses of 59 key targets 38 identified 218 pathways and over 3, 000 biological processes, 39 highlighting significant pathways in SDG and anal eczema.40 GO analysis on biological processes, cell composition, 41 and molecular function 42 emphasized common targets in SDG and anal eczema. 43 Relevant biological functions included peptidyl-tyrosine 44 phosphorylation and regulation of cell-cell adhesion.

Aufbau eines Wirkstoff-Komponenten-Krankheits-Zielnetzwerks, GO- und KEGG-Anreicherung und GEO-Genchip-Datensatzanalyse bei Anusekzemen

Predicting the Binding of SDG Active Components to Anus Eczema Targets

1 To begin, 2 open the traditional Chinese Medicine Systems 3 Pharmacology database. 4 Using the chemical name search box, 5 search the selected ingredient names 6 to download the corresponding 3D structure files 7 in Mol2 format. 8 To download the crystal structures of the key targets, 9 open the RCSB Protein database.10 In the search box, 11 search the target names 12 and download the corresponding 13 crystal structure files in PDB format. 14 Import ingredients and target structure files 15 in the analysis software. 16 Click Edit, then Delete Water to delete water molecules.17 To add hydrogens, click on Edit, Hydrogens, and Add. 18 Set the ingredients as the ligand. 19 Select whole targets as the receptor 20 and perform blind docking.21 To determine the range of molecular docking, 22 select the receptor and ligand in sequence. 23 Click on Grid, then Grid Box to adjust the grid box 24 to include the entire model. 25 Click on File and Close to save the current grid box status 26 and save the files in GPF format.27 Now click on Run and Run Auto Grid Four, 28 click Parameter File Name, and Browse, 29 to select the GFP file. 30 Then click the Launch button. 31 For molecular docking, 32 open the auto doc four and click on docking, Macromolecule, 33 and set rigid file name to select the receptor.34 Then click on Docking, Ligand and open, 35 or choose to select the ligand. 36 Now click on Docking 37 and Search Parameters to set operation algorithms. 38 Then click Docking and Docking Parameters 39 to set docking parameters.40 Select the DPF file and click the launch button. 41 Save files in the DPF format. 42 Click on Analyze, Docking, 43 and open to select the DLG file.44 Then click on Analyze and Macromolecule 45 to open the receptor. 46 Now click on Analyze, Confirmations, and Play, 47 ranked by energy to analyze the results. 48 Finally, click Set Play, 49 and write complex to save the results in PDBQT format.50 Import the docking files into PyMOLE, 51 then select the ligand and click on Action, Find, 52 Polar Contracts and to other atoms and object 53 to display hydrogen bonds between ligands 54 and the external environment. 55 Click on single letter C to change color. 56 Click Action and Extract Object.57 Click Show, then Sticks, 58 to show the stick structure of the receptor, 59 identify the residuals connected to ligands 60 and show the stick structure. 61 Then click Wizard and Measurement 62 and click on two atoms in sequence. 63 Click Label then Residue to show the label of the residues.64 If necessary, adjust the background color and transparency. 65 Finally, click File, then Export Image As 66 to save the picture. 67 In the atopic dermatitis group, 68 GEO database analysis revealed upregulation 69 of P-P-A-R-G, E-G-F-R, T-N-F 70 and P-T-P-R-C MMP Nine, MAPK 14, 71 and CASP Three were downregulated.72 Docking analysis confirmed the interaction 73 between active SDG components 74 and potential target proteins 75 indicating their significant role in anal eczema treatment. 76 Indigo and Berberrubine demonstrated strong binding activity 77 with energy's less than minus five kilo calories per MOL, 78 emphasizing their therapeutic potential.