Nuevas características de Visual Dynamics 3.0

Resumen

Visual Dynamics es una herramienta de código abierto que acelera las implementaciones y el aprendizaje en la simulación de dinámica molecular utilizando Gromacs. El protocolo presentado lo guiará a través de los pasos para realizar una simulación de proteína-ligando preparada en ACPYPE con facilidad y los pasos generales para otros modelos de simulación.

Resumen

Visual Dynamics (VD) es una herramienta web que tiene como objetivo facilitar el uso y la aplicación de la Dinámica Molecular (MD) ejecutada en Gromacs, permitiendo a los usuarios sin familiaridad computacional ejecutar simulaciones de corto tiempo con fines de validación, demostración y enseñanza. Es cierto que los métodos cuánticos son los más precisos. Sin embargo, actualmente no existe factibilidad computacional para llevar a cabo los experimentos que realiza MD. La herramienta descrita aquí ha recibido mejoras continuas en el transcurso de los últimos años. Este protocolo describirá lo que se necesita para ejecutar una simulación en VD con un complejo proteína-ligando previamente preparado en ACPYPE y algunas instrucciones generales sobre los otros modelos de simulación disponibles. Para la simulación detallada, se utilizará la proteína de unión FK506 de Plasmodium vivax complejada con el inhibidor D5 (PDB ID: 4mgv) y se proporcionarán todos los archivos utilizados. Tenga en cuenta que este protocolo indicará todas las opciones que se utilizarán para lograr los mismos resultados presentados, pero estas opciones no son necesariamente las únicas disponibles.

Introducción

De acuerdo con la definición de la IUPAC, MD es el procedimiento de simulación que consiste en calcular el movimiento de los átomos en una molécula o de átomos individuales o moléculas en sólidos, líquidos y gases, de acuerdo con las leyes del movimiento de Newton. Las fuerzas que actúan sobre los átomos, necesarias para simular su movimiento, se calculan comúnmente utilizando campos de fuerza^{de la mecánica} molecular. Se puede aplicar a cualquier fenómeno que busque extraer información a nivel molecular y, a menudo, atómico².

La MD es una de las técnicas incorporadas a la bioinformática, concr....

Protocolo

1. Acceso al software y registro de nuevos usuarios

1. Visite la página web de Visual Dynamics (VD). Haga clic en el icono +Registrarse en la parte superior derecha para crear una cuenta. Regístrese para usar el software.
   NOTA: Solo se permiten direcciones de correo electrónico institucionales. El usuario recibirá una notificación por correo electrónico una vez que se apruebe su registro.
2. Haga clic en Iniciar sesión en la parte superior derecha para acceder a la pantalla de inicio de sesión del sistema. Rellene los campos de nombre de usuario/correo electrónico y contraseña y haga clic en I....

Discusión

Automatizar procesos no es fácil, pero también es menos difícil que reprogramar un sistema desde cero. Gromacs es actualmente el software de simulación molecular más popular y se actualiza constantemente. El Departamento de Química Biofísica de la Universidad de Groninga lo desarrolló inicialmente, y ahora es mantenido por el Laboratorio de Ciencias de la Vida de la Universidad de Estocolmo⁴³.

Para cualquier usuario nuevo, el aprendizaje de técnicas de simulaci.......

Materiales

Name	Company	Catalog Number	Comments
ACPYPE Server	Bio2Byte		Available at https://www.bio2byte.be/acpype/
GRACE software	Plasma Laboratory at the Weizmann Institute of Science		Available at https://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/
GROMACS software	GROMACS Team		Installation instructions at https://manual.gromacs.org/current/install-guide/index.html
The structure of the FK506-binding protein From Plasmodium vivax complexed with the inhibitor D5	RCSB Protein Data Bank		Available at https://www.rcsb.org/structure/4mgv Already contains the ligand complexed to the macromolecule.