Neue Funktionen in Visual Dynamics 3.0

Zusammenfassung

Visual Dynamics ist ein Open-Source-Tool, das die Implementierung und das Lernen in der Molekulardynamik-Simulation mit Gromacs beschleunigt. Das vorgestellte Protokoll führt Sie mit Leichtigkeit durch die Schritte zur Durchführung einer Protein-Liganden-Simulation, die in ACPYPE vorbereitet wurde, und durch allgemeine Schritte zu anderen Simulationsmodellen.

Zusammenfassung

Visual Dynamics (VD) ist ein Web-Tool, das darauf abzielt, die Verwendung und Anwendung von Molecular Dynamics (MD) zu erleichtern, das in Gromacs ausgeführt wird, und es Benutzern ohne rechnerische Erfahrung ermöglicht, Kurzzeitsimulationen zu Validierungs-, Demonstrations- und Lehrzwecken durchzuführen. Es stimmt, dass Quantenmethoden am genauesten sind. Derzeit gibt es jedoch keine rechnerische Machbarkeit, um die von MD durchgeführten Experimente durchzuführen. Das hier beschriebene Tool wurde in den letzten Jahren kontinuierlich verbessert. Dieses Protokoll beschreibt, was erforderlich ist, um eine Simulation in VD mit einem Protein-Liganden-Komplex durchzuführen, der zuvor in ACPYPE hergestellt wurde, und einige allgemeine Anweisungen zu den anderen verfügbaren Simulationsmodellen. Für die detaillierte Simulation wird das FK506-bindende Protein aus Plasmodium vivax verwendet, das mit dem Inhibitor D5 (PDB-ID: 4mgv) komplexiert ist, und alle verwendeten Dateien werden zur Verfügung gestellt. Beachten Sie, dass dieses Protokoll angibt, dass jede Option verwendet werden soll, um die gleichen Ergebnisse zu erzielen, aber diese Optionen sind nicht unbedingt die einzigen, die verfügbar sind.

Einleitung

Nach der IUPAC-Definition ist MD das Simulationsverfahren, das darin besteht, die Bewegung von Atomen in einem Molekül oder von einzelnen Atomen oder Molekülen in Festkörpern, Flüssigkeiten und Gasen nach den Newtonschen Bewegungsgesetzen zu berechnen. Die auf Atome wirkenden Kräfte, die notwendig sind, um ihre Bewegung zu simulieren, werden üblicherweise mit Hilfe von Kraftfeldern aus der Molekularmechanik^{berechnet 1}. Es kann auf jedes Phänomen angewendet werden, das versucht, Informationen auf molekularer und oft atomarer Ebene zu extrahieren².

MD ist eine der Techniken, die in die Bioinform....

Protokoll

1. Zugriff auf die Software und Registrierung neuer Benutzer

1. Besuchen Sie die Webseite von Visual Dynamics (VD). Klicken Sie oben rechts auf das Symbol +Registrieren , um ein Konto zu erstellen. Registrieren Sie sich, um die Software zu nutzen.
   HINWEIS: Es sind nur institutionelle E-Mail-Adressen zulässig. Der Benutzer erhält eine E-Mail-Benachrichtigung, sobald seine Registrierung genehmigt wurde.
2. Klicken Sie oben rechts auf Anmelden , um auf den Anmeldebildschirm des Systems zuzugreifen. Füllen Sie die Felder Benutzername/E-Mail und Passwort aus und klicken Sie auf Anmelden. N....

Diskussion

Die Automatisierung von Prozessen ist nicht einfach, aber auch weniger schwierig, als ein System von Grund auf neu zu programmieren. Gromacs ist derzeit die beliebteste molekulare Simulationssoftware und wird ständig aktualisiert. Das Institut für Biophysikalische Chemie der Universität Groningen hat es ursprünglich entwickelt und wird heute vom Labor für Biowissenschaften der Universität Stockholm^{betreut 43}.

Für jeden neuen Benutzer ist das Erlernen von Simulati.......

Materialien

Name	Company	Catalog Number	Comments
ACPYPE Server	Bio2Byte		Available at https://www.bio2byte.be/acpype/
GRACE software	Plasma Laboratory at the Weizmann Institute of Science		Available at https://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/
GROMACS software	GROMACS Team		Installation instructions at https://manual.gromacs.org/current/install-guide/index.html
The structure of the FK506-binding protein From Plasmodium vivax complexed with the inhibitor D5	RCSB Protein Data Bank		Available at https://www.rcsb.org/structure/4mgv Already contains the ligand complexed to the macromolecule.