Visual Dynamics 3.0'daki Yeni Özellikler

Özet

Visual Dynamics, Gromacs kullanarak moleküler dinamik simülasyonunda uygulamaları ve öğrenmeyi hızlandıran açık kaynaklı bir araçtır. Sunulan protokol, ACPYPE'de hazırlanmış bir protein-ligand simülasyonunu kolaylıkla gerçekleştirme adımlarında ve diğer simülasyon modellerine genel adımlarda size rehberlik edecektir.

Özet

Görsel Dinamikler (VD), Gromacs'ta yürütülen Moleküler Dinamiğin (MD) kullanımını ve uygulanmasını kolaylaştırmayı amaçlayan bir web aracıdır ve hesaplama aşinalığı olmayan kullanıcıların doğrulama, gösterim ve öğretim amaçları için kısa süreli simülasyonlar çalıştırmasına olanak tanır. Kuantum yöntemlerinin en doğru olduğu doğrudur. Bununla birlikte, şu anda MD'nin gerçekleştirdiği deneyleri gerçekleştirmek için herhangi bir hesaplama fizibilitesi yoktur. Burada açıklanan araç, son birkaç yıl boyunca sürekli olarak iyileştirildi. Bu protokol, daha önce ACPYPE'de hazırlanmış bir protein-ligand kompleksi ile VD'de bir simülasyonu çalıştırmak için neyin gerekli olduğunu ve mevcut diğer simülasyon modelleriyle ilgili bazı genel talimatları açıklayacaktır. Ayrıntılı simülasyon için, inhibitör D5 (PDB ID: 4mgv) ile komplekslenmiş Plasmodium vivax'tan FK506 bağlayıcı protein kullanılacak ve kullanılan tüm dosyalar sağlanacaktır. Bu protokolün, sunulan sonuçların aynısını elde etmek için kullanılacak her seçeneği söyleyeceğini, ancak bu seçeneklerin yalnızca mevcut olması gerekmediğini unutmayın.

Giriş

IUPAC tanımına göre MD, Newton'un hareket yasalarına göre bir moleküldeki atomların veya katılar, sıvılar ve gazlardaki tek tek atomların veya moleküllerin hareketini hesaplamaktan oluşan simülasyon prosedürüdür. Atomlara etki eden ve hareketlerini simüle etmek için gerekli olan kuvvetler, genellikle moleküler mekanik^1'den gelen kuvvet alanları kullanılarak hesaplanır. Moleküler ve genellikle atomik düzeyde² bilgi elde etmeye çalışan herhangi bir fenomene uygulanabilir.

MD, biyoinformatiğe, özellikle yapısal biyoinformatiğe dahil edilen tekniklerden biridir. Bununla beraber, biyomoleküler yapı....

Protokol

1. Yazılıma erişim ve yeni kullanıcı kaydı

1. Visual Dynamics (VD) web sayfasını ziyaret edin. Bir hesap oluşturmak için sağ üstteki +Kaydol simgesine tıklayın. Yazılımı kullanmak için kaydolun.
   NOT: Yalnızca kurumsal e-posta adreslerine izin verilir. Kullanıcı, kaydı onaylandıktan sonra bir e-posta bildirimi alacaktır.
2. Sistem giriş ekranına erişmek için sağ üstteki Login'e tıklayın. Kullanıcı adı/e-posta ve şifre alanlarını doldurun ve Oturum aç'a tıklayın. Giriş yaptıktan sonra, kullanıcı simülasyon gönderme alanına erişebilecektir. Ayrıca VD için öğreticileri ve kullanım istatis....

Tartışmalar

Süreçleri otomatikleştirmek kolay değildir, ancak aynı zamanda bir sistemi sıfırdan yeniden programlamaktan daha az zordur. Gromacs şu anda en popüler moleküler simülasyon yazılımıdır ve sürekli güncellenmektedir. Groningen Üniversitesi Biyofiziksel Kimya Bölümü başlangıçta geliştirdi ve şu anda Stockholm⁴³ Üniversitesi'ndeki Yaşam Bilimleri Laboratuvarı tarafından sürdürülüyor.

Herhangi bir yeni kullanıcı için simülasyon teknikleri.......

Malzemeler

Name	Company	Catalog Number	Comments
ACPYPE Server	Bio2Byte		Available at https://www.bio2byte.be/acpype/
GRACE software	Plasma Laboratory at the Weizmann Institute of Science		Available at https://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/
GROMACS software	GROMACS Team		Installation instructions at https://manual.gromacs.org/current/install-guide/index.html
The structure of the FK506-binding protein From Plasmodium vivax complexed with the inhibitor D5	RCSB Protein Data Bank		Available at https://www.rcsb.org/structure/4mgv Already contains the ligand complexed to the macromolecule.