Detección de microorganismos ambientales con la reacción en cadena de polimerasa y la electroforesis en Gel de

Visión general

Fuente: Laboratorios del Dr. Ian Pepper y el Dr. Charles Gerba - Universidad de Arizona
Demostrando autor: Bradley Schmitz

Reacción en cadena de polimerasa (PCR) es una técnica utilizada para detectar microorganismos que están presentes en entornos atmosféricos, agua y suelo. Amplificando la secciones específicas de la DNA, PCR puede facilitar la detección e identificación de microorganismos de la blanco a la especie, cepa y serovar/patovar nivel. La técnica también puede ser utilizada para caracterizar comunidades enteras de microorganismos en las muestras.

El cultivo de microorganismos en el laboratorio usando medios de cultivo especializados es una técnica larga y permanece en uso para la detección de microorganismos en muestras ambientales. Muchos microbios en el ambiente natural, mientras viva, mantienen bajos niveles de actividad metabólica y/o duplicación veces y así se refieren como viables pero no cultivables organismos (VBN). El uso de técnicas basadas en la cultura solo puede detectar estos microbios y, por lo tanto, no proporciona una evaluación exhaustiva de poblaciones microbianas en muestras. El uso de la PCR permite la detección de microbios cultivables, organismos VBN, y los que ya no están vivos o activos, como la amplificación de secuencias genéticas no requieren generalmente el enriquecimiento previo de microorganismos presentes en muestras ambientales. Sin embargo, la PCR no puede distinguir los Estados antes mencionados de la viabilidad y actividad. Cuando se combina con una o más técnicas basadas en la cultura, puede aún determinarse la viabilidad de ciertos subconjuntos de los microorganismos.

Procedimiento

1. muestras

  1. Recoger el suelo con una barrena o pala a una profundidad determinada. Recogida de suelo de la rizosfera (región estrecha del suelo circundante e influenciado por raíces de las plantas y los microbios asociados), sólo recoger directamente alrededor de las raíces de la planta golpeando el suelo en un barril de la colección.
  2. Recoger muestras de agua sumergiendo una botella de plástico estéril en el agua sujetando el extremo del palillo que sumerge.

2. los á

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Resultados

En la figura 1, la escalera de ADN (carril 1) proporciona una referencia para el tamaño y la concentración aproximada para las bandas de los productos PCR. El control negativo (carril 2) no contiene ningún material genético, mientras que el control positivo (carril 3) es amplificado de plantillas que contienen el ADN para indicar el tamaño y la ubicación de las bandas de blanco Diana. Muestras de 4, 6, 8 y 9 muestran patrón de bandas similar como control positivo, por lo tanto, lo que indica que d...

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Aplicación y resumen

PCR se puede emplear para determinar rápidamente la presencia o ausencia de patógenos en el ambiente. Por ejemplo, cartillas específicas para la ameba come cerebro, Naegleria fowleri, amplificar ADN y producir fuertes bandas en un gel si el organismo está presente en una muestra. Si un solo organismo no es el principal interés, sino más bien los genes asociados con la producción de la toxina de una variedad de organismos, PCR puede utilizarse para determinar la presencia o ausencia de estos materiales gen...

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Valor vac ocuesti n

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0:00

Overview

1:45

Principles of the Polymerase Chain Reaction (PCR)

5:14

Setting Up and Running PCR

6:47

Gel Electrophoresis

10:30

Applications

12:58

Summary

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