Cuantificación de microorganismos ambientales y virus utilizando qPCR

Visión general

Fuente: Laboratorios del Dr. Ian Pepper y el Dr. Charles Gerba - Universidad de Arizona
Demostrando autor: Bradley Schmitz

Reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa (qPCR), también conocido como PCR en tiempo real, es una técnica molecular utilizada para la enumeración de microorganismos en el ambiente. Antes de este enfoque, cuantificación de microorganismos fue limitada en gran medida a las técnicas clásicas basadas en la cultura. Sin embargo, el cultivo de microbios de muestras ambientales puede ser particularmente difícil, y generalmente se mantiene número 1 y el 10% de los microorganismos presentes en muestras ambientales son detectable utilizando estas técnicas. El advenimiento de la qPCR en investigación Microbiología Ambiental por lo tanto ha avanzado el campo enormemente permitiendo más precisa determinación de las concentraciones de microorganismos como causantes de enfermedades de patógenos en muestras ambientales. Sin embargo, una limitación importante de qPCR como una técnica microbiológica aplicada es que viva y viables de las poblaciones no pueden ser distinguidas de poblaciones inactivas o inertes.

Este video muestra el uso de qPCR para detectar virus del moteado suave de pimienta de una muestra de agua ambiental.

Procedimiento

1. muestras

  1. Recoger el suelo con una barrena o pala a una profundidad determinada. Recogida de suelo de la rizosfera, sólo recoger suelo de 7 mm alrededor de la raíz de la planta, por golpear el exceso de suciedad de la raíz y raspar el suelo deseada en un barril de la colección.
  2. Coloque una botella de Nalgene estéril en palillo de la inmersión. Sujete el extremo del palo y recoger agua sumergiendo la botella. Coloque la botella en una hielera con hielo.
  3. Transferencia de muestras al labora

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Aplicación y resumen

La capacidad de cuantificar objetivo segmento genómico copias utilizando la técnica de qPCR es de importancia en un número de campos científicos. Aplicaciones de ejemplo incluyen:

(1) la enumeración de patógenos en el agua, suelo, alimentos, superficies, etcetera.

PCR en tiempo real se utiliza para enumerar patógenos en varios ambientes. Durante los brotes, se pueden analizar muestras de agua y suelo para el patógeno de interés para encontrar la fu...

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Referencias
  1. Zhang, T., Breitbart, M., et al. RNA Viral Community in Human Feces: Prevalence of Plant Pathogenic Viruses. PLoS Biology. 4, e3 (2005).
  2. Haramoto, E., et al. Occurrence of Pepper Mild Mottle in Drinking Water Sources in Japan. Applied Environmental Microbiology. 79, 7413-7418 (2013).
Tags
Quantitative Polymerase Chain ReactionQPCRMicroorganismsVirusesEnvironmental SampleDNA SequencesMicrobial DetectionPCR MethodologiesActively Growing MicrobesChemical InnovationsRNA VirusSoil SamplesEnvironmental Microbiology

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Overview

1:20

Principles of qPCR

3:51

Sample Collection and qRT-PCR Setup

7:54

Applications

9:29

Summary

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