Para empezar, descarga las estructuras cristalinas de Xanthatin y Keap1. Después de procesar las estructuras, navegue por dos tareas y seleccione la opción de acoplamiento de ligandos. Elija la cuadrícula del receptor como en el archivo y haga clic en Examinar.
A continuación, haga clic en Escritorio, abra la carpeta de acoplamiento molecular y haga doble clic en el archivo 2FLU de glide-grid. Seleccione el archivo zip glide-grid 2FLU y haga clic en Abrir. Ahora, haga clic en usar ligandos de archivos.
A continuación, haga clic en Examinar y seleccione Escritorio. Seleccione la carpeta de acoplamiento molecular y abra el archivo ligprep_1. Después de eso, seleccione el archivo ligprep_1-out-maegz y haga clic en Abrir.
Acceda a Configuración y elija la opción precisión como XP, precisión extra. Modifique el nombre del trabajo para deslizarlo. xp2flu y, a continuación, haga clic en Ejecutar.
Para ver los resultados del acoplamiento, haga clic en Archivo y seleccione Opciones de importación de estructuras. Navegue hasta el escritorio y abra la carpeta de acoplamiento molecular. A continuación, seleccione el archivo glide-dock XP 2FLU.
Elija el muelle deslizante XP 1 pv. maegz y haga clic en Abrir. A continuación, haga doble clic en el punto del espacio de trabajo para seleccionar el ligando.
Elija sitemap_1_protein. Haga clic en Tabla y deslice hacia el extremo derecho para ver la puntuación de acoplamiento. Para visualizar los resultados 2D, seleccione sitemap_1_protein como se ha demostrado anteriormente.
Haga clic en Interacción del ligando, seleccione Ver y marque la casilla de leyenda LID. A continuación, haga clic en Archivo, elija Guardar captura de pantalla e introduzca 6.000 para el ancho. Desmarque la casilla de fondo transparente y haga clic en Aceptar. Guarde el archivo en el escritorio como 2D-xanthatin-2FLU.
El análisis de acoplamiento molecular predijo la interacción entre la xanthatina y la proteína Keap1.
