Para comenzar, descargue la canalización de análisis comprimido de GitHub escribiendo el comando en el terminal. Después de la descarga, ingrese el comando para descomprimir el archivo zip. Una vez completada la descompresión, elimine el archivo zip y cambie el nombre de la carpeta descomprimida.
A continuación, establezca los permisos ejecutables para todos los scripts de shell en el directorio de trabajo. De las opciones disponibles, localice el script de shell de instalación adecuado. Busque un script llamado Script_01_Installation.sh.
Abra el terminal y escriba echo SHELL para comprobar el shell predeterminado utilizado en el terminal activo. Si bash no es el shell predeterminado, configúrelo escribiendo chsh s en el terminal. Escriba el script de descarga de cola rápida en el terminal, o arrastre el archivo de script al terminal y presione enter.
Después de ejecutar el script, compruebe si hay mensajes de error en el archivo de registro. Ahora, ingrese el script de recorte en la terminal y ejecútelo. A continuación, escriba el script de creación de índices bowtie2 en el terminal y ejecútelo.
Por último, ejecute el script de mapeo bowtie2 y pulse Intro. Escriba el script de filtrado y clasificación de bam en el terminal y ejecútelo. A continuación, convierta bam a formatos BEDPE, BED y bedGraph escribiendo el comando apropiado en el terminal y presionando enter.
Realice la normalización mediante el método SRPMC y, a continuación, ejecute el script de análisis de tamaño de inserción. Realice llamadas máximas utilizando el comando MACS en el terminal. A continuación, escriba el comando para las llamadas máximas mediante SEACR y pulse Intro.
Cree archivos BED de picos mediante el comando adecuado en el terminal y, a continuación, filtre los picos. A continuación, ingrese el comando para fusionar los picos de MACS. Escriba el comando en el terminal para fusionar los picos de SEACR.
Genere un gráfico de correlación y ejecute el comando para el análisis de componentes principales en el terminal. A continuación, crea un diagrama de Venn comparando diferentes métodos utilizando el comando adecuado. Introduzca el comando para generar un diagrama de Venn para réplicas.
Por último, genere un mapa de calor del centro de pico enfocado. A continuación, genere un mapa de calor central de picos completo.
