les rétrotransposons non-LTR sont un type de transposons de classe 1 qui représente actuellement environ 17%du génome humain. Contrairement aux rétrotransposons LTR avec leurs répétitions terminales longues caractéristiques, les rétrotransposons non-LTR ont gagné leur nom de l'absence de ces motifs particuliers. Les rétrotransposons non-LTR eux-mêmes sont subdivisés en deux catégories, les longs éléments nucléaires intercalés, ou LINEs, et les petits éléments nucléaires intercalés, ou SINEs.

Tandis que les LINEs sont autonomes et peuvent coder les protéines essentielles à leur mobilisation, Les SINEs sont des rétrotransposons non-autonomes, et nécessitent des protéines codées par d'autres éléments pour leur mobilisation. Par exemple, les éléments L1, un type de rétrotransposons LINEs et l'un des rares transposons autonomes actifs chez l'homme, sont des éléments de 6 Kb environ de long contenant deux cadres de lecture ouverts. ORF1 code une protéine avec des activités de liaison à l'ARN et de chaperon.

ORF2 code une protéine avec des domaines de transcriptase inverse et d'endonucléase. Ces deux protéines sont essentielles à la mobilisation de l'élément L1.À l'intérieur du noyau, l'ARN polymérase transcrit l'élément L1 en un ARN L1, qui est ensuite polyadénylé et transporté vers le cytoplasme pour être traduit en protéines ORF1 et ORF2. Ces deux protéines s'associent ensuite à l'ARN L1 pour former une ribonucléoprotéine L1, ou RNP.

La RNP L1 est réimporté dans le noyau, où elle utilise son activité endonucléase pour faire des entailles en quinconce au site cible riche en AT.La transcriptase inverse utilise alors l'extrémité trois prime libre de l'un des brins de l'ADN comme amorce pour la transcription inverse du ARN L1.Ce processus est appelé transcription inverse amorcée sur le site cible. L'ARN L1 est ensuite digéré, tandis qu'une ADN polymérase cellulaire commence à étendre l'extrémité trois prime OH du brin complémentaire de l'ADN en utilisant le brin d'ADN nouvellement synthétisé comme modèle. Enfin, les extrémités de l'élément L1 nouvellement synthétisé sont scellées par les enzymes hôtes, ce qui entraîne une duplication du site cible.

Contrairement aux LINEs, les SINEs ne mesurent que 100 à 400 paires de bases et ne peuvent pas coder pour les protéines nécessaires à leur transposition. Cependant, la plupart des éléments SINEs contiennent des fonctions structurelles, telles qu'une séquence trois prime riche en AT, qui permet, lors de la transcription, d'être reconnus par les protéines LINEs codées. Cela facilite leur intégration dans le génome par la même entraille et le processus de copie comme les éléments LINEs.