Method Article
L’objectif de ce projet est de développer une filière modélisation interactive, spécifiques à un patient pour simuler les effets de la stimulation cérébrale profonde en temps quasi réel et fournir une rétroaction utile quant à l’influence des ces appareils sur l’activité neuronale dans le cerveau.
Stimulation cérébrale profonde (SCP), qui consiste en l’insertion d’une électrode pour fournir la stimulation à une région localisée du cerveau, est un traitement reconnu pour les troubles du mouvement et est appliquée à un nombre croissant de troubles. La modélisation a été utilisée avec succès pour prédire les effets cliniques des DBS ; Toutefois, il est nécessaire pour les techniques de modélisation roman au même rythme que la complexité croissante des dispositifs DBS. Ces modèles doivent également produire des prévisions rapidement et avec précision. L’objectif de ce projet est de développer un pipeline de traitement d’image pour intégrer un modèle interactif, patient pour simuler les effets de la DBS structurels d’imagerie par résonance magnétique (IRM) et l’imagerie de diffusion pondérée (DWI). Une avance DBS virtuelle peut être placée à l’intérieur du modèle de patients, ainsi que des contacts actifs et réglages de stimulation, où les changements dans la position de chef de file ou l’orientation génèrent un nouveau maillage éléments finis et la solution du problème champ bioélectrique en temps quasi réel, un TimeSpan d’environ 10 secondes. Ce système permet également la simulation de plusieurs pistes à proximité afin de permettre la direction actuelle par des anodes et cathodes sur différentes pistes. Les techniques présentées dans ce document de réduisent le fardeau de génération et à l’aide de modèles informatiques tout en fournissant une rétroaction utile quant aux effets de la position de l’électrode, la conception de l’électrode et configurations de stimulation aux chercheurs ou cliniciens qui ne peuvent être que des experts de la modélisation.
Stimulation cérébrale profonde (SCP) est un traitement reconnu pour les troubles du mouvement comme le tremblement essentiel1 et2de la maladie de Parkinson. Cette thérapie est aussi étudiée comme traitement potentiel pour un nombre croissant de troubles y compris de lésion cérébrale traumatique3, syndrome de Tourette4et5de la dépression. DBS systèmes nécessitent l’implantation chirurgicale d’un câble d’électrode au niveau de stimulation dans une région du cerveau localisée pour moduler l’activité neuronale en cours6. L’emplacement des électrodes et les paramètres de stimulation à la fois avoir un effet sur la modulation des circuits neuronaux qui fournissent l’avantage thérapeutique. Au lieu de petites variations peuvent affecter la fenêtre thérapeutique, éventuellement augmente la probabilité d’effets secondaires indésirables avant bénéfice thérapeutique est atteint7,8,9. Dans la pratique, il est souvent difficile de prédire que la stimulation effets auront sur l’activité neuronale ; par conséquent, cette fenêtre de bénéfice thérapeutique est identifiée sur une base de patient par patient comme le dispositif de stimulation est programmé par le clinicien8,9. Ce processus devient plus complex, car les nouvelles générations d’appareils DBS deviennent disponibles. Par exemple, plomb de nouveaux dessins sont mis en place avec plusieurs contacts10,11,12, et dans certains cas, plusieurs pistes sont étant implantés à proximité d’un autre13. Par conséquent, il y a un besoin d’être en mesure d’explorer et de prédire les effets de DBS dans un espace de paramètre important et croissant.
Analyse et modélisation informatique permet de prédire les effets physiologiques et cliniques de DBS sur une base spécifique au patient. Ces modèles utilisent des éléments finis (MEF) de modélisation de construire trois représentations de dimension du tissu cérébral ainsi que les caractéristiques biophysiques de l’électrode implantée. MEF champ bioélectrique modèles ont été utilisés avec succès pour prédire les effets de la DBS14, mais jusqu'à présent, ceux-ci ont été lente et coûteuse par le calcul à générer. Il y a un besoin pour les techniques de modélisation roman au même rythme que la complexité croissante des dispositifs DBS. Ces modèles spécifiques au patient doivent fournir près de rétroaction visuelle en temps réel sur les effets de la DBS comme emplacement de plomb ou paramètres de stimulation sont modifiés. L’utilisateur pourrait obtenir une rétroaction sur un emplacement de plomb et réglage de stimulation en quelques secondes, ce qui permet a continué de raffinement du placement de la tête au cours de plusieurs minutes. Patient-spécificité est obtenue en incorporant de l’anatomie du patient, la forme de leur cerveau et taille, lors de la création du FEM et en appliquant les propriétés biophysiques de leur cerveau, telles que la conductivité des tissus anisotrope. Conductivité anisotrope décrit comment le courant se propage par le biais de différentes régions du cerveau et peut être mesurée de façon non invasive pour l’ensemble du cerveau similaire à une image typique de résonance magnétique (IRM).
DBS approches qui n’utilisent pas d’informations spécifiques à un patient de modélisation peuvent fournir des prédictions rapides, mais moins précises des effets de la stimulation, en raison des géométries généralisées et valeurs de la conductivité des tissus cérébraux. Dans cette approche, une FEM unique est utilisé pour tous les patients et l’activité neuronale prévue peut être calculée à l’avance. Les modèles spécifiques à un patient ne peut pas être généralisées et pré calculées depuis un nouveau MEF est construit pour chaque individu. Ces modèles nécessitent davantage d’efforts à construire, mais peut être plus précis. Plusieurs facteurs limitent la vitesse à laquelle ces modèles peuvent être construits et utilisés : 1) modifiant les paramètres au début de l’oléoduc de bâtiment modèle, tels que de la position de l’électrode, exige un effort manuel pour mettre à jour toutes les étapes subséquentes ; et 2) les étapes du pipeline de modélisation ne sont pas facilement intégrés entre eux, nécessitant le passage de données entre plusieurs logiciels. Souvent, nous voulons évaluer les nombreuses situations comme électrodes, les paramètres de stimulation ou conceptions de l’électrode. Pour fournir des commentaires utiles sur l’effet de ces changements sur l’effet thérapeutique, que le patient recevra, ces résultats doivent être précises et généré rapidement.
Notre objectif est de présenter de nouvelles techniques de construction des modèles spécifiques à un patient qui tirent parti de la vitesse obtenues dans les modèles généralisés et automatisant de nombreuses des étapes pipeline pour créer un environnement de modélisation interactive qui fournit près de visual en temps réel vos commentaires sur les effets de la DBS. Une simulation interactive vous permet de tester des prédictions et obtenir des résultats rapidement sans se concentrer sur les détails du modèle de construction. Cela est bénéfique lorsqu’il y a un espace de paramètre grand à explorer et comment ces paramètres influencent la simulation sont incertaines. Nous décrirons les étapes décrites dans le pipeline de traitement pour produire des modèles de MEF interactives, spécifiques à un patient des acquisitions de l’imagerie par résonance magnétique (IRM). Utilisant les outils et les techniques décrites dans cet article réduira le coût du temps pour créer des modèles de champ bioélectrique MEF et offrent un moyen de rendre ces modèles accessibles aux chercheurs et cliniciens qui ne sont pas modeler experts.
Ce protocole décrit comment construire un modèle spécifique au patient par éléments finis des volumes acquis de MRI et puis de simuler le champ électrique induit par une électrode DBS. Les principales étapes dans la création de ces modèles sont de : 1) construire un modèle éléments finis (MEF), qui représente le cerveau du patient et l’électrode implantée et 3) résoudre pour 2) ajoutez les propriétés biophysiques des paramètres du cerveau et de la stimulation de l’appareil DBS à la FEM la tension générée par l’électrode dans le modèle. Deux modalités d’imagerie sont nécessaires pour construire un patient modèle spécifique pour la simulation de DBS. Une IRM T1 est utilisée pour construire les segmentations de la surface du cerveau, ventricules et noyaux spécifiques. Imagerie de diffusion pondérée (DWI), une mesure de la diffusivité de l’eau, est utilisée pour estimer les tenseurs de diffusion dans le tissu de cerveau15. Les tenseurs de diffusion sont transformés en des tenseurs de conductivité qui quantifier les propriétés biophysiques inhomogènes anisotropes du tissu sur un voxel par voxel base16. La distribution de tension dans tout le cerveau induite par l’électrode est calculée en résolvant l’équation de Poisson, qui, grâce à l’application du FEM se simplifie en un système linéaire d’équations Ax = b où A est une matrice de raideur qui représente la conductivité et la géométrie de la maille, x est la solution de tension à chaque nœud de la maille, et b est modifiée en fonction des conditions aux limites et sources de courant.
1. traitement de l’image
2. finis modèle Generation
3. bioélectriques champ calcul
À la fin du présent protocole, toutes les entrées nécessaires pour créer un modèle spécifique au patient sont fournis : la surface du cerveau, la géométrie de l’électrode et tenseurs de conductivité. Un réseau de SCIRun devrait également ont été créé qui intègre toutes les entrées de construire un modèle éléments finis et de simuler le champ bioélectrique induit. Le modèle de simulation permet de mouvement de l’électrode dans le cerveau et la modification des paramètres tels que les contacts actifs ou l’amplitude de la stimulation.
Figure 1 illustre la capacité de simuler et comparer les prédictions d’activation fibre dans plusieurs emplacements des électrodes. Génération des tracts de la fibre de l’imagerie de diffusion n’a pas été démontrée dans ce protocole, mais cette analyse peut être effectuée par toute méthode de tractographie déterministes. Position 2 prédit une activation plus robuste du fibré de cible à des amplitudes de stimulation plus faibles dans l’ensemble de tous les contacts par rapport à la position 1. Cette analyse est utilisée durant les étapes de planification de la chirurgie DBS pour déterminer la trajectoire de l’électrode qui stimule efficacement la voie de fibre cible.
Une nouveauté de ce système réside dans la possibilité de basculer rapidement la géométrie de l’électrode dans le modèle et la capacité de simuler plusieurs pistes à proximité les uns. Deux de ces approches sont utilisées pour mieux contrôler la forme et la direction du champ électrique autour de l’électrode. La figure 2 illustre la comparaison des prédictions d’activation fibre entre une symétrie axiale et une directionnelle que DBS conduire tout en étudiant les localités de plomb pour stimuler les voies centrale fibre thalamiques et éviter des endroits tels que les noyaux sensitifs à proximité . Pour la même trajectoire d’électrode, on voit que le plomb directionnel est capable d’orienter l’activation de la fibre vers la région cible tout en évitant la stimulation des fibres indésirables. Cette analyse peut être utilisée pour déterminer le moment où il serait nécessaire de changer l’appareil que le patient recevrait pour thérapie DBS pour éviter la stimulation des régions voisines qui induirait des effets secondaires indésirables. Cette approche est utile afin de cibler le noyau sous-thalamique pour traiter les symptômes de la maladie de Parkinson, tout en évitant la capsule interne à proximité.
Figure 1 : Comparaison des électrodes et des prédictions d’activation fibre cible. Prédiction d’activation bundle fibres totales pour les amplitudes de stimulation (-0,5 V à -5,0 V) et tous les quatre contacts pour deux électrodes différentes. S’il vous plaît cliquez ici pour visionner une version agrandie de cette figure.
Figure 2 : Comparaison des prédictions d’activation centrale fibre thalamiques bundle avec DBS axisymétriques et directionnel amène. (A) visualisation des deux les DBS cylindriques de Medtronic 3387 plomb et les DBS directionnels Sapiens de plomb avec l’activation des calculs de fonction sur la cible centrale thalamiques fibré pour une amplitude de stimulation monopolaire unique. (B) (i) une transversale tranche à travers les faisceaux de câble et fibre DBS. (ii) une projection bidimensionnelle de la section transversale avec l’identification de la DBS conduisent, cibler les fibres et les fibres à éviter. (C) la propagation de l’activation sur les deux fibres de cible et les fibres d’évitement comme amplitude de stimulation augmente pour la symétrie axiale et directionnel DBS conduire. Les fibres activées pour une amplitude de stimulation donnée apparaissent en rouge, tandis que les fibres non activés sont indiquées en bleu. (D) une compilation de toutes les simulations montré dans le groupe C, montrant l’amplitude de seuil de stimulation prévues dans toutes les régions des faisceaux de fibres. S’il vous plaît cliquez ici pour visionner une version agrandie de cette figure.
Ce protocole a démontré des techniques pour réduire le fardeau du temps et des coûts informatiques de construction de modèles spécifiques patients pour DBS dans une mesure qui permet à près de rétroaction en temps réel des résultats de simulation. Rétroaction rapide permet l’exploration d’un espace de paramètre important pour mieux comprendre comment les changements de paramètre affectent les résultats du modèle. Ces paramètres incluent l’emplacement principal, choix de contacts actifs et l’amplitude, largeur d’impulsion et fréquence de l’onde de stimulation à ces contacts. Les principales caractéristiques de l’outil proposé sont : 1) A une interface utilisateur simple pour régler les paramètres du modèle avec près de visualisation en temps réel de comment ces paramètres influent sur la simulation et 2) automatisation de création de modèle d’un petit ensemble d’intrants : la surface du cerveau, tenseurs des conductivité tissus du cerveau et une représentation de la géométrie de l’électrode de surface. Cette automatisation accélère la création de modèles spécifiques au patient pour les nombreuses personnes qui ont le cerveau différentes géométries et conductivités de tissu ainsi que d’évaluation des effets d’insertion des conceptions différentes électrodes dans les modèles existants. Les étapes de prétraitement image décrites dans le présent protocole n’étaient pas entièrement automatisées et peuvent prendre jusqu'à une journée de temps de traitement. Cependant, une fois terminé les données générées par les étapes suivantes sont considérées comme statique, ce qui signifie que ces données ne sont pas modifiées pendant les simulations. L’automatisation de la création de modèles découle de la capacité du système à appliquer ces données à la MEF spécifiques à un patient sans effort manuel. Le réseau SCIRun d’effectuer toutes la génération de modèle, la simulation, la visualisation étapes ne doit être construite une fois. Par conséquent, uniquement les étapes de prétraitement image doivent être effectuées à nouveau pour générer un modèle propre au patient pour un patient entrant.
Le gain de performances en générant des résultats provenant du pipeline de modélisation est due à l’intégration de la génération de maille, calculs de champs bioélectriques et visualisation de la solution dans un environnement logiciel unique. Les techniques de modélisation existant telles que la génération de maillage adaptatif ont servi à créer plus maille densité autour de l’électrode et une densité plus faible plus éloigné de l’électrode qui réduit le temps de construire et de résoudre le FEM. Le logiciel, SCIRun, permet également l’automatisation de la génération de maillage et calculs de champs bioélectriques. Mouvement défini par l’utilisateur de l’électrode à l’aide des widgets interactifs déclenche la construction d’un nouveau maillage avec la position de l’électrode de mise à jour. Cela inclut la modification des conditions aux limites et des valeurs de conductivité de la nouvelle position de l’électrode.
La géométrie de l’électrode est traitée comme un objet en mouvement libre à l’intérieur du volume du cerveau avant que sa position est intégrée à la FEM. Une implication clée de cette approche pour la construction de maille est que plusieurs électrodes peuvent facilement être insérés dans le modèle. Par exemple, une deuxième copie de la géométrie de l’électrode peut être placée plusieurs millimètres loin et les deux seront incluses dans le FEM. Dans une étude récente, les deux électrodes ont été implantés à proximité pour traiter la sclérose en plaques tremblement13 et ont été utilisés dans des expériences de primate non humain à explorer une stimulation efficace des cibles21. L’avantage d’utiliser des électrodes multiples est de fournir le meilleur contrôle du champ électrique généré dans le tissu sur une surface plus grande. Stimulation avec des contacts actifs sur les deux électrodes peut orienter actuel vers la région cible et loin des régions qui conduiraient à des effets secondaires négatifs. Un contrôle précis de la stimulation sur une vaste zone est également utile d’explorer des endroits différents de stimulation lorsque l’emplacement exact de la cible visée est inconnu, comme c’est le cas pour de nombreux les applications émergentes de la thérapie de DBS. Toutefois, déterminer les paramètres pour obtenir une stimulation thérapeutique est plus difficile que d’une seule électrode en raison de l’augmentation dans un espace déjà important paramètre.
Nous prévoyons que cet outil de modélisation interactive pourrait fournir des prestations au cours de la planification préopératoire pour l’implantation de DBS. Commentaires sur l’ampleur de la stimulation dans le tissu cérébral permettent aux chirurgiens modifier l’emplacement de l’électrode dans leur plan chirurgical pour fournir la stimulation thérapeutique à la région cible. Tandis que DBS thérapie était le principal facteur de motivation pour le développement de cet outil, les techniques présentées dans cet article peuvent être appliqués à n’importe quel modèle de champ bioélectrique MEF avec stimulation différente ou des paradigmes de l’enregistrement. Traitements de stimulation comme la stimulation transcrânienne courant continu pour dépression22 ou de l’utilisation d’électrodes de profondeur pour le traitement de l’épilepsie23 partagent les mêmes difficultés que la DBS pour déterminer le meilleur emplacement de stimulation pour atteindre résultats thérapeutiques. Expression, une technique d’enregistrement avec des tableaux d’électrodes à la surface du cerveau pour identifier les régions de début de saisie, a le défi de déterminer où placer les électrodes d’enregistrer à partir des régions ciblées dans le cerveau24. Toutes ces applications sont tributaires de la position de l’électrode tout en traitant de l’incertitude de comment courant circule à travers le tissu cérébral. Les techniques présentées dans ce document d’alléger le fardeau de génération et à l’aide de modèles informatiques tout en fournissant une rétroaction utile aux chercheurs et cliniciens à l’aide de ces appareils qui ne sont pas des spécialistes de la modélisation.
Christopher R. Butson, Ph.D. a servi comme consultant pour NeuroPace, Advanced Bionics, Boston Scientific, Intelect Medical, St. Jude Medical et Neuromodulation fonctionnelle.
Ce projet a été soutenu par l’Institut National de santé subventions UH3, NS095554. Support technique a été fourni par le Centre pour l’informatique biomédicale intégrative à l’Institut d’imagerie et de calcul scientifique et a été rendu possible en partie par un logiciel développé de la NIH P41-GM103545, centre de Integrative Biomedical Computing.
Gratitude est étendu au plancher de Lexie et Nathan Galli à l’Institut d’imagerie pour la production et le montage de la vidéo de présentation et de calcul scientifique et également à Theresa Lins pour l’assistance dans la préparation du manuscrit.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
FreeSurfer | Athinoula A. Martinos Center for Biomedical Imaging | https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/ | |
3D Slicer | BWH, Harvard University | https://www.slicer.org/ | |
SCIRun | University of Utah Center for Integrative Biomedical Computing | http://www.sci.utah.edu/cibc-software/scirun.html |
Demande d’autorisation pour utiliser le texte ou les figures de cet article JoVE
Demande d’autorisationThis article has been published
Video Coming Soon