Après avoir effectué l’imagerie par résonance magnétique haute résolution, convertissez les fichiers de numérisation DICOM pondérés T1, pondérés T2 et écho à temps zéro du format DICOM au format NIfTI à l’aide de l’outil dcm2niix. À l’aide de l’outil SimNIBS Charm, exécutez la co-inscription et l’extraction du masque tissulaire. Ensuite, ouvrez Brainsight.
Cliquez sur Nouveau projet vide et chargez l’image NIfTI pondérée T1 du participant. Cliquez sur l’onglet Reconstructions, puis sur le menu déroulant Nouvelle Reconstruction. Cliquez sur Habillage, puis sur Habillage de calcul dans la nouvelle fenêtre.
Une fois terminé, cliquez sur le bouton Fermer dans le coin supérieur gauche de la fenêtre. Dans l’onglet Reconstructions, cliquez sur le menu déroulant Nouvelle Reconstruction, puis sur Full Brain Curvilinear. Ajustez maintenant la position de la boîte verte sur les plans sagittal, coronal et transversal en faisant glisser ses bords pour entourer étroitement le cerveau.
Faites défiler toutes les tranches pour vous assurer qu’aucun bord de tissu ne se chevauche. Cliquez sur Calculer curvilinéaire et ajustez la profondeur de pelage à quatre millimètres. Cliquez ensuite sur l’onglet Points de repère sur Brainsight, puis sur Configurer les points de repère.
Placez le réticule sur le bout du nez et, dans le champ du nom, étiquetez le point de repère Nez. Placez ensuite le réticule entre les yeux au-dessus de l’arête du nez et étiquetez le point de repère Nasion. Ensuite, placez le réticule sur l’oreille gauche et étiquetez le point de repère L Ear.
Placez ensuite le réticule sur l’oreille droite et étiquetez le point de repère R Ear. Ensuite, cliquez sur l’onglet Cibles, puis sur Configurer les cibles. Placez le réticule à l’emplacement de la cible souhaitée et utilisez les bascules d’angle sur le côté droit de l’écran pour définir l’angle de trajectoire.
Une fois la cible et la trajectoire souhaitées sélectionnées, cliquez sur le nouveau menu déroulant et choisissez Trajectoire. Pour nommer la cible, tapez dans la zone de texte en regard de nom. Cliquez sur Exporter pour exporter la cible et l’enregistrer dans le dossier d’objet approprié.
Ouvrez BabelBrain et sélectionnez les fichiers requis pour les simulations acoustiques et thermiques. Pour sélectionner le fichier texte précédemment exporté depuis Brainsite, cliquez sur Sélectionner une trajectoire et choisissez le fichier de participant approprié. Cliquez sur sélectionner SimNIBS, pour choisir le fichier SimNIBS créé précédemment.
Cliquez sur Sélectionner T1W, puis choisissez l’image pondérée T1 produite et utilisée précédemment pour la cartographie de la cible et de la trajectoire. Choisissez maintenant Real CT pour les tomodensitogrammes, CTE pour les tomodensitogrammes ou non pour utiliser un masque simplifié généré par l’outil Charm. Lorsque vous utilisez une image CT ou CTE, cliquez sur le menu déroulant Coreg, puis sur CT à MR. Cliquez sur Sélectionner et choisissez l’image correspondante dans le fichier du participant approprié.
Cliquez sur Sélectionner un profil thermique, puis choisissez le fichier de profil thermique qui décrit les paramètres de sonication de l’expérience en termes de durée d’activation, de durée d’arrêt et de rapport cyclique. Cliquez ensuite sur le menu déroulant à côté de Sonde et sélectionnez la sonde utilisée pour l’expérimentation. Cliquez sur le menu déroulant à côté du backend informatique, puis choisissez le backend informatique de l’ordinateur exécutant les simulations.
Une fois toutes les informations saisies, cliquez sur Continuer pour terminer le reste des simulations. Sélectionnez maintenant la fréquence d’échographie du transducteur et les points appropriés par longueur d’onde. Cliquez sur Calculer le masque de planification.
Inspectez l’image pour vous assurer que les limites de la peau, du crâne et du cerveau ont été reconnues avec précision. Pour la simulation acoustique, cliquez sur l’onglet Étape 2 AC Sim pour l’ouvrir. Ajustez la distance entre le cône et le point focal en tapant la distance appropriée.
Pour exécuter la simulation, cliquez sur le bouton Calculer les champs. Ajustez la valeur ZSteering de sorte que le réticule soit au centre du point focal. Appuyez sur les flèches vers le haut ou vers le bas ou entrez manuellement la valeur requise.
Cliquez ensuite sur Calculer les champs. Pour la simulation thermique, cliquez sur l’onglet Étape 3 Simulation thermique, puis cliquez sur Calculer les champs thermiques.
