Préparation d’échantillons pour OPTIR-FISH afin de sonder le métabolisme du glucose dans les communautés bactériennes

Pour commencer, prenez des lames normalisées de fluorure de calcium. Plongez-les dans de l’éthanol à 70 % pendant 15 minutes et rincez-les deux fois à l’eau déminéralisée. Transférez les lames propres dans une solution de lysine à 0,1 % de poly L et incubez-les pendant la nuit à quatre degrés Celsius.

Rincez ensuite les lames à l’eau déminéralisée et laissez-les sécher. Ensuite, décongelez les échantillons cellulaires préparés à température ambiante tout en les protégeant de la lumière. Pour éviter la présence excessive de cristaux de sel de PBS pendant le séchage de l’échantillon, lavez deux fois les cellules décongelées avec de l’eau déminéralisée.

Centrifuger à 14 000 g pendant 10 minutes et retirer le surnageant. Réintroduisez le volume d’origine d’eau déminéralisée dans les cellules et vortexez-les doucement. Après le lavage, centrifugez les cellules à 14 000 G pendant 10 minutes pour concentrer les échantillons de cellules bactériennes et éliminer le surnageant.

Agitez doucement la solution restante pendant environ 30 secondes et appliquez un à deux microlitres de cette solution sur la lame de fluorure de calcium préparée.