Notre protocole utilise un logiciel hautement accessible et ouvert pour permettre un calcul rapide des effets indésirables à court terme des produits chimiques perturbateurs endocriniens. Cette boîte à outils QSAR de l’OCDE est utile pour prédire la toxicité des substances chimiques et fournit une méthode efficace pour évaluer l’écotoxicité aiguë des perturbateurs endocriniens d’une manière conviviale. Au démarrage de la boîte à outils QSAR, l’utilisateur commence à l’étape de la boîte à outils d’entrée par défaut et la boîte à outils crée automatiquement un fichier de travail nommé Document 1.
Après avoir cliqué sur le numéro de service de l’abstrait chimique, entrez le numéro de service abstrait chimique de la substance cible dans le champ texte disponible et cliquez sur Recherche. Via le bouton Structure, la substance peut également être recherchée par le code simplifié du système d’entrée de ligne d’entrée moléculaire. Pour effectuer l’analyse in-silico pour plusieurs substances cibles, écrivez une liste de substances simple dans un éditeur de texte dans lequel chaque numéro de service abstrait chimique est répertorié en une seule rangée et enregistrez le fichier texte avec un nom approprié.
Ensuite, cliquez sur Données et confirmez que les bases de données répertoriées dans les informations écotoxicologiques sont vérifiées. Cliquez sur Entrée, sélectionnez Requête et cliquez oui dans la fenêtre de dialogue pour accepter les paramètres sélectionnés. Sous l’onglet Service abstrait chimique, sélectionnez Liste de charge pour télécharger la liste des substances enregistrées sous forme de fichier texte.
Cliquez sur Ajouter en bas du menu pop-up et cliquez sur Exécuter. La boîte à outils QSAR affichera un message indiquant le nombre de substances qui ont été récupérées pour la recherche. Pour le profilage, cliquez sur le bouton d’étape de la boîte à outils de profilage et accédez aux méthodes de profilage dans le panneau d’option d’étape.
Cliquez sur Unselect Tous dans la fenêtre Méthodes de profilage et confirmez que tous les profileurs répertoriés sous prédéfinis et profileurs liés à la toxicité aquatique sous Endpoint Specific sont vérifiés, puis cliquez sur Appliquer, cliquez sur Paramètres clic droit pour exécuter les modèles QSAR intégrés 2D et 3D comme vous le souhaitez. Pour la collecte de données, cliquez sur le bouton d’étape de la boîte à outils de données et cliquez sur Rassembler sur la barre d’outils actions. Sélectionnez tous les paramètres pour recueillir toutes les données expérimentales ou sélectionnez Choisir de recueillir les données expérimentales spécifiques au point de terminaison.
Cliquez à droite sur le point de terminaison d’intérêt et organisez l’arbre de point de terminaison de la manière préférée en utilisant les termes et flèches disponibles avant de cliquer sur Ok. Cliquez ensuite à droite sur le point d’intérêt final et sélectionnez Export Data Matrix pour exporter les données recueillies dans une feuille de calcul. Un assistant d’exportation matricielle apparaîtra, permettant l’ajout d’autres points de terminaison à la liste d’exportation.
Terminez la sélection et cliquez sur Export pour enregistrer le fichier. Pour combler l’écart de données, cliquez sur le bouton d’étape data gap filling toolbox et cliquez sur Automatisé. Sélectionnez informations écotoxicologiques et poissons, concentration mortelle à 50% à 96 heures et cliquez sur Ok.
La fenêtre du contrôleur de flux de travail s’affiche. Si vous exécutez le mode Batch, spécifiez la plage de substances sur lesquelles exécuter le flux de travail. Si la prédiction a été exécutée avec succès, cliquez sur le bouton étape de la boîte à outils du rapport, cliquez à gauche sur la valeur de prédiction résultante, cliquez sur Prédiction et personnalisez le contenu et l’apparence du rapport dans l’assistant pop-up.
Après avoir cliqué sur Suivant, cliquez sur Créer un rapport et enregistrez les rapports de prédiction et de catégorie sous forme de fichiers PDF et de matrice de données sous forme de fichier de feuille de calcul. Dans cette analyse quantitative des toxicités aiguës prévues de certains perturbateurs endocriniens, lorsque les points de données prévus ont été tracés par rapport aux points de données expérimentaux comme échelle de journal, une corrélation positive entre les deux paramètres a été trouvée pour tous les poissons analysés ainsi que pour nos espèces représentatives. Afin de permettre une évaluation de l’innocuité de la plus grande fiabilité, une analyse computationnelle plus poussée a été effectuée en traçant la limite inférieure prévue de l’intervalle de confiance de 95 % de la concentration létale à 50 % par rapport aux valeurs dérivées expérimentalement.
Dans cette évaluation avec un seuil de sécurité élevé, 92% du total des composés perturbateurs endocriniens testés se sont présentés dans la gamme protectrice par rapport aux valeurs dérivées expérimentalement. Ici, les niveaux moyens de la concentration létale prévue à 50% des valeurs pour les liants de récepteur d’oestrogène étaient plus élevés que ceux des non-liants. En revanche, pour la concentration mortelle expérimentale à 50% des valeurs, trois niveaux des liants non et faibles étaient plus élevés que ceux des liants plus forts de récepteur d’oestrogène.
Cette procédure ne peut être appliquée qu’aux substances chimiques avec un identificateur unique, qui dans ce cas est le code SMILES. Il y a un autre flux de travail automatisé intégré dans la boîte à outils QSAR de l’OCDE qui peut être appliqué de la même manière et qui est pour la sensibilisation de la peau.
