EPA שיטת המדידה של 1615. Enterovirus ומופע norovirus במים על ידי תרבות וRT-qPCR. I. איסוף דגימות וירוסים

Summary

EPA Method 1615 uses an electropositive filter to concentrate enteroviruses and noroviruses in environmental and drinking waters. This manuscript describes the procedure for collecting samples for Method 1615 analyses.

Abstract

EPA Method 1615 was developed with a goal of providing a standard method for measuring enteroviruses and noroviruses in environmental and drinking waters. The standardized sampling component of the method concentrates viruses that may be present in water by passage of a minimum specified volume of water through an electropositive cartridge filter. The minimum specified volumes for surface and finished/ground water are 300 L and 1,500 L, respectively. A major method limitation is the tendency for the filters to clog before meeting the sample volume requirement. Studies using two different, but equivalent, cartridge filter options showed that filter clogging was a problem with 10% of the samples with one of the filter types compared to 6% with the other filter type. Clogging tends to increase with turbidity, but cannot be predicted based on turbidity measurements only. From a cost standpoint one of the filter options is preferable over the other, but the water quality and experience with the water system to be sampled should be taken into consideration in making filter selections.

Introduction

וירוסי enteric אדם לשכפל בתוך מערכת העיכול ומתפשטים באמצעות מחזור הצואה-פה. וירוסים אלה נמצאים לעתים קרובות בשפכים בריכוזים גבוהים ^1-3. הם יכולים להתמיד בשפכי ביוב ^4,5, ובמשטח ^6,7, קרקע ^8-10, והתייחסו שתיית מים ^11. כאשר קיימים, הריכוז של וירוס במים הסביבתיים בארה"ב בדרך כלל נמוך מדי למדידה ישירה ^12,13. זה דורש שוירוסים להיות מרוכזים מכמויות גדולות של מים. במהלך איסוף המידע כלל (ICR) ניטור שנערך על ידי הסוכנות האמריקנית להגנת הסביבה (USEPA) ^14, ריכוזי הווירוס של דגימות חיוביות במי המקור של כלי עזר גדולים נעו בפריסה ארצית .009-19.7 מספר הסביר ביותר של יחידות זיהומיות (MPN) / L. ריכוזי חציון והממוצעים של דגימות חיוביות היו 0.03 ו 0.17 MPN / L למי מקור מנחלים זורמים, 0.010.07 MPN / L למי מאגמים ומאגרי מים, ו0.04-0.74 MPN / L של אלה המשתמשים groundwaters ¹¹ (נתונים מבסיס נתוני גישת 18 חודש מיום ICR Aux1 2000/04/25). ריכוזי וירוס של דגימות חיוביות ממחקר USEPA של groundwaters הלאומי נעו .009-2.12 יחידות מדבקות / L עם חציון וריכוזים ממוצעים של 0.13 ו0.29 יחידות מדבקות / L ^8. הריכוז של וירוס בדגימות מי תהום חיוביות היה גבוה יותר מאלו בנחלים זורמים. רוב המתקנים באמצעות מי תהום במחקרים אלה הושגו מים מאקוויפרים הממוקמים באזורי הקארסט. אלה, יחד עם אלה הממוקמים באבן גיר וגבישי הגדרות (סלע שבר) עשויים להיות להם ריכוזי וירוס גבוהים יותר מאשר בהגדרות אחרות ^8,15,16. שיטות וירוס USEPA לציין כרכי דגימה של 200 L (ICR) 300 L (שיטת 1,615) של מים עיליים ו1,000 L (ICR) ל -1,500 ליטר (שיטת 1,615) של מי תהום ^17,18. עם זאת, אפילו עם השימוש בכרכי מדגם גדולים, רוב דגימות פני השטח ומי תהום הן שליליות לנגיף ^8,11,19,20.

וירוסים הנמצאים במים עיליים מהווים סיכון בריאותי פוטנציאלי לצרכנים של מי שתייה. Surface טיפול במים כלל מחייב את כל מתקני הטיפול באמצעות מים עיליים להפחתת ריכוזי נגיף על ידי לפחות 4 log-. אפילו עם ירידת 4 log-, ריכוזי וירוס מדבקים במי מקור קטנים כמו .0044 MPN / L עלולים להוביל לזיהום אחד ליום בהנחה כגון תנאי חשיפה וטיפול ממוצע ופרמטרי תגובת המינון לרוטה-וירוס ^11,21. הסיכון מהווירוס בgroundwaters שלא טופל עלול להיות גדול עוד יותר בשל חוסר הטיפול והתרחשות ויראלי. Borchardt ועמיתים מעריכים כי עד 22% מקיבה והמעיים חריפים במבוגרים ו -63% בילדים פחות מחמש שנים יכולות להיות בגלל הווירוס במי שתייה בקהילות באמצעות groundwaters שלא טופל ^19.

USEPA Method 1,615 פותח כדי לזהות enterovirus וnorovirus במהלך מחזור הניטור השלישי של תקנת הניטור המזהם ללא פיקוח (UCMR3) ²² כלאומי מעקב לממצאי Borchardt ועמיתי ^19,23. שיטת USEPA נועדה בעיקר למדידת וירוס במערכות באמצעות groundwaters שלא טופל, אך נכתבה באופן כללי יותר לכוללת סוגים אחרים מטריצת מים. השיטה החדשה היא היברידית שימור מרכיבים רבים משיטת הווירוס הקודמת שימשה במהלך ICR ^17, התוספת של נהלים מולקולריים המבוססת על השיטה של Borchardt et al. ^19,23, וערכות פריימר נוספות לnorovirus ^24. מטרת מאמר זה היא לתאר את הליך דגימה ואת הצעדים הדרושים כדי לשמור על שלמות המדגם במהלך איסוף ומשלוח. הערכה של השיטה הכוללת מתוארת בet al Cashdollar. ^25. פרוטוקול זה מכסה collectio שדה פשוטn של מים עיליים והקרקע שבה משאבה וprefilter אינם נחוצות ושבו התאמות אינן נדרשות לpH או הנוכחות של חומר חיטוי במים שנדגמו. דרישות הדגימה מורכבות יותר מתוארות בet al Fout. ^17,18.

Protocol

1. נהלים ראשוניים

1. להרכיב מכשירי סינון סטנדרטיים כפי שמוצג באיור 1 בהיקף של מודול הצריכה, מודול דיור מחסנית, ומודול שחרור כפי שתוארו בחומרים נוספים.
2. לכייל את המד / totalizer הזרימה בספיקות המשמשות לדגימה לפני השימוש הראשון. בדוק את הכיול לאחר השימוש הראשון ולאחר מכן לאחר חודש של שימוש. אם כיול קצב הזרימה השתנה לאחר או השימוש הראשון או לאחר החודש הראשון של שימוש, לקבוע את התדירות לבדיקות כיול כמתואר בחומרים נוספים.
   1. חבר מודול פריקה למודול הצריכה ולאחר מכן חבר את מודול הצריכה לברז. הגדר את המטר / totalizer הזרימה לקרוא את קצב הזרימה. הפעל את ברז לחלוטין ולאחר מכן להתאים את קצב הזרימה עד 10 L / min באמצעות שסתום גלובוס ברונזה. ברגע שקצב הזרימה יציב של 10 L / min, לאפס את המד / totalizer הזרימה לקרוא נפח כולל.
   2. הנח את החוצהבואו של מודול הזרמה לL 4 או יותר סיימתי גליל ובו-זמנית לאפס totalizer לאפס. מדוד את קריאת totalizer בסימן 4 L-ואת הזמן הנדרש כדי להגיע לסימן 4 L על הגליל. לשנות את המטר / totalizer זרימת הגדרה חזרה לקצב זרימה.
      הערה: אם קצב זרימת ירד אל מתחת ל 9.95 L או עלה ליותר מ 10.05 L לאחר שסיים את שלב 1.2.2, לחכות עד שקצב הזרימה הוא שלב יציב וחזור על 1.2.2. מטר מכויל כראוי יגיע סימן 4 L בגליל סיים ב 24 ± 1 שניות עם קריאת totalizer של 4.0 ± 0.04 ל '
   3. אם קריאת totalizer היא פחות מ 3.96 או יותר מ 4.04 L, לחשב גורם תיקון הדרוש כדי להתאים את ההבדל שנצפה. לדוגמא, אם המטר / totalizer הזרימה קוראת 3.9 L בסימן 4 L בגליל סיים, גורם התיקון יהיה 1.026 (4 ÷ 3.9). לכן, אם הנפח הרצוי של מדגם שדה היה 300 L, אסף את הנפח פי reading על המטר / totalizer הזרימה צריכה להיות 300 מעלות 1.026 = 292.4 L.
3. לעקר את מנגנון הסינון הסטנדרטי ולהכין אותו לאיסוף דגימה.
   1. לעקר את המודולים דיור הצריכה ומחסנית עם .525% היפוכלוריט נתרן לפחות 30 דקות לפני כל שימוש על ידי הטבילה באופן מלא את המודולים בפתרונות או על ידי במחזור hypochlorite נתרן אם כי מודולים באמצעות משאבה. יש לשטוף את המודולים עם סטרילי DH ₂ O ולאחר מכן dechlorinate בתמיסה המכילה 50 מיליליטר של 1 thiosulfate M נתרן לליטר המים כיתה מגיב סטרילי במשך 5 דקות. מכסה את מודול מנגנון דגימת המסנן מסתיים ברדיד אלומיניום סטרילי.
   2. הוספת מסנן מחסנית electropositive לסביבה נקיה מחיידקי מודול דיור המחסנית.
      הערה: תשמור על מנת להבטיח שמסנן המחסנית יושב כראוי את מעטה. כראוי מסננים יושבים לא ידלפו והמסנן לא יעבור בתוך הדיור כאשר מזועזע. האטמים על aproperly מסנן יושב יהיה חריצים גלויים מראים אם במגעים מסננם. האטמים תמיד צריכים להיבדק לחריצים מייד לאחר הסינון הוא להסיר את הדיור.
   3. להקליט מספר מדגם ייחודי בגיליון נתוני מדגם (ראה נוספים חומרים לדוגמא) ולאחר מכן לקחת או לשלוח את מכשיר דגימת מסנן וגיליון נתונים לדוגמא לאדם שיהיה איסוף דגימת השדה, יחד עם כל הוראות הדרושות בנוגע למדגם אוסף (לדוגמא, נפח דגימה, מיקום דגימה, וכו ').

2. הכנה לאוסף דוגמאות באתר הדגימה

1. שטוף את הידיים בעת הגעה לאתר האיסוף ודון כפפות מנתחים כדי למזער את האפשרות של זיהום מדגם. אל תאספו דגימות אם חווים תסמיני מעי או בדרכי הנשימה. שנת כפפות בתדירות גבוהה, ובמיוחד לאחר שנגע ברזי מים ופריטים אחרים שעשויות להיות המשךaminated.
2. מדגם רלוונטי שיא מעקב אחר מידע על גיליון נתונים לדוגמה. מידע רלוונטי כולל אתר וזיהוי מדגם, שמו של דגם, ודגמי ציוד ומספרים סידוריים.
3. הפעל את ברז המים במשך 2-3 דקות כדי לנקות את כל פסולת שהתיישבה בשורה. במידת צורך, להשתמש בצינור גינה או צינורות כדי להגיע לטמיון במהלך שלב זה.
4. אם מודולים מנגנון הדגימה מחוברים, נתק אותם ולהגן על הקצוות הפתוחים של מודול דיור המחסנית בנייר סטרילי. חבר את מודול ההזרמה למודול הצריכה ולאחר מכן לחבר את שני לברז המים. חבר צינור גינה בסופו של מודול הפריקה ולמקם את הקצה החופשי במכל פוליפרופילן 1 ליטר.
5. הפעל את הברז ולהעביר לפחות 75 ליטר של המים שנדגמו באמצעות המנגנון.
   1. מדוד ורשום את הפרמטרים של איכות מים בתקופת הסומק במים זורמות לתוך מיכל resid כלור פוליפרופילןרע"מ, pH, טמפרטורה, ועכירות.
   2. לאחר כיבוי במים בברז, נתק את מודול השחרור ממודול הצריכה, ולאחר מכן חבר את מודול דיור מחסנית ליציאה של מודול הצריכה ואת מודול ההזרמה ליציאה של מודול דיור מחסנית. איפוס totalizer קריאה לאפס.

אוסף דוגמאות 3. שדה

1. רשום את קריאת totalizer הראשונית יחד עם התאריך והשעה ולאחר מכן פתח את ברז המים באיטיות.
   1. ודא שמחסנית הדיור הוא בתנוחה זקופה ושימלא לחלוטין במים. יש לי מעטה חלקן פורקן אשר יכול להיות לחוץ למוציא אוויר מהדיור במהלך תהליך המילוי.
   2. פתח את הברז לחלוטין. התאם את קצב הזרימה עד 10 L / min באמצעות שסתום גלובוס ברונזה ואז להקליט את קצב הזרימה הראשוני.
2. לעבור 300 ליטר של מים עיליים או 1,500 ל -1,800 ליטר של מי תהום באמצעות המנגנון באמצעותקריאות totalizer (כפי שהותאם, במידת צורך). אם קבקבי המסנן לפני הנפח הנדרש הוא הגיע ויותר ממחצית הנפח נאסף, להשתמש במודול בית מסנן שני כדי לאסוף את המדגם שנותר, אם זמין.
3. שים לב לקצב הזרימה כנפח הדגימה מתקרב לסוף תקופת הדגימה ולאחר מכן לכבות את זרימת מים בברז המדגם. רשום את קצב הזרימה הסופי, תאריך, השעה ביום, קריאת totalizer הסופית, ונפח הדגימה הכולל.
4. נתק את מכשיר דגימת מסנן מהברז. נתק את מודול דיור מחסנית ממודולים האחרים.
   1. הפעל בית המסנן (ים) במהופך ולאפשר למים לזרום החוצה עודפים עד לא יותר מים יהיה לנקז משתי יציאות הכניסה ויציאה.
   2. הפעל הדיור זקוף ולכסות את החיבור מהיר בכל קצה ברדיד אלומיניום סטרילי. הנח את הדיור לשקיות פלסטיק סגר אחד או יותר.
   3. מסננים את המים מהצריכה ודמודולים ischarge. הנח את המודולים לשקיות פלסטיק סגר אחד או יותר.

4. משלוח של דוגמאות שדה

1. הנח את המודולים מנגנון דגימת מסנן למקרר אחסון והובלה מבודד.
2. להוסיף שקיות קרח קפוא או קוביות קרח כפולות שטיח עטוף לאחסון והובלה קריר כדי להבטיח כי המדגם נותר בין 1-10 מעלות צלזיוס במהלך משלוח. שתי גדולים או 6-8 שקיות קרח קטנות צריכה להיות מספיק.
3. מניחים את מכשיר הקלטה בטמפרטורה באחסון המבודד וחזה תחבורה במיקום ללא קשר לשקיות קרח או שקיות קרח.
   הערה: מכשיר טמפרטורת ההקלטה הוא אופציונאלי אם המעבדה האנליטית תהיה באמצעות מדחום אינפרא אדום חזותי כדי למדוד את הטמפרטורה של דיור המחסנית מייד עם הגעה והפתיחה של המכל.
4. למלא את כל חלל הריק עם חומרי אריזה ולאחר מכן למקם את גיליון נתוני מדגם, מוגן בשקית ניילון סגר, על top. סגור את האחסון מבודד וחזה תחבורה וקלטתו כדי למנוע כל דליפה של מים.
5. תחבורה או לשלוח את הדגימה למעבדה האנליטית. ודא כי המדגם מגיע למעבדה האנליטית לא יאוחר מ -24 שעות לאחר תחילת איסוף דגימת שדה (כלומר, הזמן שנרשם בשלב 3.1).

תוצאות

סתימת מסנן היא בעיה פוטנציאלית גדולה שניתן נתקלה עם שיטת 1615. סתימה מקטינה את קצב הזרימה של מים דרך המסנן. בחלק מהמקרים ניתן להתגבר על ידי פתיחת שסתום הגלובוס כדי לאפשר זרימה גדולה יותר. במקרים אחרים המסנן להיות סתום לחלוטין לפני הנפח הנדרש עבר דרכו. טבלת 1 מציגה את אחוז הדגימות עם כרכים מופחתים כפונקציה של סוג המסנן, סוג מים, ועכירות. סתימה התרחשה עם דגימות שניהם מי תהום ומים עיליים, עם המסנן מבוסס nanofiber תחמוצת האלומיניום יעלה בביצועי המסנן האמין מבוססת הרבעונים לדגימות מי תהום ואילו ההפוך היה במקרה של דגימות מים עיליות. בסך הכל, 6% מהדגימות שנאספו באמצעות המסנן אמין מבוסס רבעונים היו לקויים בהיקף גדול, תוך 10% מהדגימות שנאספו עם המסננים המבוססים על תחמוצת אלומיניום nanofiber לא עמדו במינימום הנדרש שצוין הנפח עקב סתימה. בgeneral, סתימה גדל עם עכירות, אבל מספר הרכיבים שונים תורם לעכירות וחלק מאלה לא יובילו לסתימה. לדוגמא, 43% מכל האירועים המתרחשים סתימה במהלך מחקר ICR היו מוגבלים לשתי מערכות נהר (מידע לא מוצג). במהלך ICR מינימום נפח היעד למים עיליים היה 200 ל 'הנפח הממוצע שנאסף במהלך המחקר היה L 217 ± 32 עם נפח ממוצע של 208 L (נתונים מבסיס נתוני גישת 18 חודש מיום ICR Aux1 2000/04/25) . לפיכך, מלא נפח ניתן לאסוף ממים רבים אפילו גבוה turbidities.

ICR נדרש דוגמים להשתמש prefilter כאשר turbidities היה מעל 75 NTU, אבל גם עם prefilter, 34% מהדגימות שנאספו במים עם turbidities מעל 75 NTU סתום. שיטה 1,615 ממליצה על השימוש בprefilter עם מים מעל 50 NTU; עם זאת, מאז פרסום השיטה 1615, מספר אפשרויות prefilter שונות בנוסף לכך רשום בשיטה היונבדק. אף אחד מאלה הביא לשיפור משמעותי בנפח דגימה (מידע לא מוצג).

איור 1. מכשירי סינון רגילים. מנגנון המסנן הסטנדרטי מורכב מהצריכה, בית המסנן, ומודולים פריקה (ראה נוספים חומרים לתיאור של כל מודול). אנא לחץ כאן כדי לצפות בגרסה גדולה יותר של דמות זו.

^ג

סה"כ דוגמאות	מספר b דוגמאות הלקויה	דוגמאות לקויות אחוזים	עכירות (NTU)
מי תהום באמצעות NanoCeram ג מסננים
113	1	1	<20
מים עיליים באמצעות ג מסנני NanoCeram
83	12	14	<20 ד
8	4	50	20 - <50
6	5	83	≥ 50 ד
סה"כ ג NanoCeram
210	22	10	≥ 0
מי תהום באמצעות ג מסנני 1MDS
374	75	20	<20
2,693	27	1 דואר	<20 דואר
505	36	7 ו	20 - <50 f
122	19	16 דואר	50 - <75 g
175	60	34 E, F	≥ 75 E, F, G
ג סה"כ 1MDS
3,869	217	6	≥ 0

שלוחה-align: מרכז "> מים עיליים באמצעות מסנני 1MDS

קיבולת סינון טבלת 1. דוגמאות מהמחקרים הבאים שממנו נפח הנתונים ועכירות זמינים:. 1) מחקר ICR של USEPA (נתונים מבסיס נתוני גישת 18 חודש מיום 4/2 ICR Aux15/2000), 2) מחקר מי תהום USEPA ^8, 3) USEPA לורנס וואל,, 4) USEPA נהר המיסיסיפי מחקר מחקר MA (נתונים שלא פורסמו) (נתונים שלא פורסמו), 5) מחקר מתקן לטיפול במי שתיית USEPA (נתונים שלא פורסמו), USEPA שיטת 1,615 מחקר הערכה ^25, ו -6) 7) בשלושת החודשים הראשונים של ניטור UCMR3 (נתונים שלא פורסם). דוגמאות ^b בי המסנן סתום לפני ההיקף המינימאלי של מים שנקבעו לכל מחקר נאסף. זה היה 200 L למים עיליים ו1,500 L לgroundwaters, אבל היה 200 L למי מקור שהיו מי תהום מתחת לICR USEPA ו1,893 L לחקר תהום USEPA. ^ג היכולת לאסוף המינימום המלא צוין נפח הוא שונה באופן משמעותי ל דגימות שנאספו באמצעות NanoCeram ומסנני 1MDS (P = 0.002) ובין מים העיליים וgroundwaters שתי כולל (P <0.001) ולכל סוג מסנן (P <0.001) באמצעות בדיקת מאן-ויטני הדרגה הסכום. ^{d & #}8211; ^g קבוצות עם אותו הערך עילי שונות באופן משמעותי (P <0.05) על פי ניתוח קרוסקל-ווליס דרך אחת של שונות במבחן דרגות וPairwise השוואת הנוהל המרובים של דאן. לכל המבחנים הסטטיסטיים המשתנה התלוי הוא הנפח עבר דרך המסנן כחלק של המינימום שצוין הנפח, אבל עם ערך מקסימאלי של 1.0.

Discussion

סוגי מסנן שונים לריכוז וירוסים ממים הסביבתיים כבר בשימוש במשך השנים ^26. שיטות קיימים כיום מעסיקות ²⁷ ultrafilters, מסנני אלקטרו ^13,28,29, מסנני צמר זכוכית ^23, ומסנני electropositive ^30. מסנני אלקטרו היו בשימוש נרחב במשך שנים רבות, אך דרישה לתוספת של מלח והתאמת pH המים בתחום לפני או במהלך הדגימה מגבילה את השימושיות שלהם ^13. בחירת המסנן המעשית ביותר לדגימת שדה היא מסנני electropositive. מסננים אלה מאפשרים הדגימה של כמויות גדולות של מים בספיקה גבוהה וללא כל תניה של המים. מסנני צמר זכוכית הם האופציה הפחות יקרה, אבל יש לי ספיקות איטיות יותר ממסנני electropositive ואינם זמינים באופן מסחרי. Ultrafilters לספק ההחלמה הווירוס הגבוהה ביותר על פני טווח גדול של איכות מים, אך הציוד דרוש לשם sampling לא מתקיים שדה נייד ואת הזמן הנדרש כדי לאסוף דגימות הוא הרבה יותר ^27. שיטות לאחרונה פותחו כי שימוש preconditioned מסנני אלקטרו, כדי למנוע את הצורך בהתאמה בתחום, אבל אלה לא יכולים להיות ישימים לאיסוף כרכי מדגם גדול ^28,29.

EPA שיטה 1,615 משתמשת במסנני מחסנית electropositive אשר להשיג מטען החיובי שלהם משני nanofibers תחמוצת אלומיניום או אמינים רבעונים. היתרונות של הראשונה על פני האחרונה הוא שזה פחות יקר ויעילות אוסף וירוס ממים על פני טווח רחב יותר של pH הטבעי ערכי ^30,31; עם זאת, כל מחסנית, כמו גם את מסנני צמר זכוכית בשימוש על ידי Borchardt ועמיתים לתת החלמה דומה של enterovirus וnorovirus ^מ23,31,32 מים (Cashdollar, נתונים שלא פורסמו). מסנני מחסנית ממוקמים לתוך מנגנון דגימה פשוט שנועד לפשט את איסוף דגימותולהפחית את הזיהום במהלך דגימה.

שיטות סטנדרטיים הן לא יסולא בפז, כאשר מחקרים גדולים שנערכו באמצעות מעבדות אנליטיות מרובות. EPA שיטת 1,615 קובעת נהלים והדרכה כדי למזער את שתי סוגיות אוסף מדגם גדולות שיכול להשפיע על נתונים שנאספו במהלך אלה סטנדרטיים לימודים-שווא תוצאות חיוביות הנובעות מזיהום במהלך איסוף דגימה או מרכיבים כראוי חיטוי מכשיר, והסתימה נקבוביות סינון לפי רכיבים ב שנדגמו המים.

בדיוק כפי שניתן להפיץ וירוסי enteric אדם לאדם בשל היגיינה לקויה, יכולים להיות הציגו וירוסים לתוך דגימות מהידיים או כפות הידיים שטפו היטב עם כפפות מזוהמות ^33. זה חיוני כי דוגמים להבין את המסלולים האפשריים של זיהום ולהשתמש בטכניקת ספטית בדגימה. דוגמים צריכים להבין כי כפפות משמשות בעיקר כדי להגן על סמפלר מחשיפה ולא protect המנגנון מזיהום. יש לשטוף ידיים לפני תחילת הדגימה ויש להקפיד במהלך עוטת כפפות כדי למנוע יד לכפפת זיהום. דוגמים עם סימפטומים במערכת עיכול או בדרכי הנשימה אסור לאסוף דגימות, כפי שהם יכולים להיות שפיכת enteroviruses או noroviruses ברמות גבוהות.

שנית, יש להקפיד כדי למנוע שריד של וירוס מאירועי דגימה קודמים. כדי למזער את המקור פוטנציאלי של זיהום, מנגנון הדגימה בשיטה 1,615 שונה מזה של ICR על ידי לא כולל ווסת לחץ ומד לחץ בין הכניסה ומודול דיור מחסנית. רכיבים אלו הוסרו בגלל הלחצים שנצפו במהלך אירועי דגימה תמיד היו מתחת לדירוג המרבי הדיור (למשל, 125 psi למבני מחסנית 5 אינץ ') ובגלל שהם היו קשים לחיטוי. הבעיה האחרונה הודגמה באמצעות פקדים ריקים ציוד בstudies לאחר ICR ^6,20. המידה שבה זה השפיע על נתוני ICR אינם ידוע, אך עשוי קטן; היו רק שתי דוגמאות שליליות חיוביות כוזבות הערכת ביצועים במהלך המחקר (מידע לא מוצג). כדי לצמצם את האפשרות של זיהום שריד נוסף, מומלץ גם שצינורות מודול הכניסה יוחלפו לאחר כל אירוע דגימה. זה חשוב במיוחד על מנת להבטיח חיטוי נאות אם המנגנון שימש לבקרת איכות או ביצועים שנזרעה עם וירוס. קודם לביצוע חיטוי, הריכוז של כלור חופשי יש למדוד לכל אובדן במהלך האחסון. בנוסף לשינויים בתצורה של המנגנון שתואר לעיל, הוא חיוני, כי חסר ציוד רגיל לרוץ להפגין החיטוי כי הוא יעיל. שיטת 1,615 מנדטים שחסרי ציוד להתבצע באמצעות מנגנונים שכבר לחטא לאחר שמשמש לבקרת וירוס-זרע, ובכך לפשטההליך על ידי ביטול הצורך לעבור פתרון וירוס זרע באמצעות המנגנון לפני החיטוי. הריכוז של חומר חיטוי הוגדל ל .525 היפוכלוריט% לשיטה 1615, כפי שנדרש ריכוז זה הן כדי להשבית כל וירוסי קיימא על הציוד ולהשפיל חומצות גרעין. לכן, חסר ציוד חייב להיות מנותח בשתי תרבית תאים ומבחני qPCR.

שני הסוגים של מסנני electropositive היו כפופים לסתימה במחקרים שדווחו בטבלה 1. מספר לא ידועים של דגימות עם כרכים מופחתים אולי בשל טעויות דגימה, כגון הבנה מוטעית של totalizer או עצירה מוקדמת מכוונת של דגימה לפגוש עוד מועד אחרון, במיוחד למים עם קריאות עכירות פחות מ -20 NTU. התואר של סתימה תלוי הן בפרמטרי סוג המסנן ואיכות מים. Prefilters לספק מידה מסוימת של שיפור, אבל אם משתמש בו, צריך להיות מעובד ומנותחבנפרד ממסנן electropositive. ההמלצה הנוכחית לUCMR3 היא שהמדגם ייאסף ללא prefilters באמצעות מסננים מבוססי nanofiber תחמוצת אלומיניום שני אם לפחות מחצית מהנפח יכול להיות שנאסף באמצעות המסנן הראשון.

Materials

Name	Company	Catalog Number	Comments
1-L polypropylene bottle	Nalgene	2104-0032
Aluminum foil squares	Cole-Parmer	06275-40
Autoclave	Steris	Amsco Lab Series
Bubble wrap	U.S. Plastics	50776
Closable bag	Uline	S-12283
Closable bag	Fisher Scientific	S31798C
Commercial ice packs	Cole-Parmer	06345-20
Cool safe box	Diversified Biotech	CSF-BOX
Gauze sponge	Fisher Scientific	22-415-469
Graduated cylinder	Cole-Parmer	06135-90	4-L or larger
Hype Wipe	Fisher Scientific	14-412-56
iButtons temperature data logger	Maxim	DS1921G
Insulated storage and transport chest	Fisher Scientific	11-676-12
Packing tape	U.S. Plastics	50083
Portable chlorine colorimeter II test kit	Hach	5870062
Portable pH and temperature probe	Omega	PHH-830
Portable turbidity meter	Omega	TRB-2020-E
PTFE thread tape	Cole-Parmer	08270-34	Use on all threaded connections
Pump, Centrifugal Magnetic Drive	Cole-Parmer	72010-20
Reduction nipple	Cole-Parmer	06349-87
Sodium hypochlorite (NaClO)			Use locally available household bleach
Sodium thiosulfate (Na2S2O3)	Sigma Aldrich	217247
Surgical gloves	Fisher Scientific	19-058-800
Waterproof marker	Fisher Scientific	22-290546
Media	Composition
0.525% sodium hypochlorite (NaClO)	Prepare a 0.525% NaClO solution by diluting household bleach 1:10 in dH2O.  Store 0.525% NaClO solutions for up to 1 week at room temperature.
[header]
1 M sodium thiosulfate (Na2S2O3) pentahydrate	Prepare a 1 M solution by dissolving 248.2 g of Na2S2O3 in 1 L of dH2O.  Store sodium thiosulfate for up to 6 months at room temperature.