אנו מודים אוליבר Brüstle וכל חברי קבוצת תא גזע להנדסה, אוניברסיטת בון, לתמיכה ודיונים יקר. אנו מודים סבין שנק להכנת SDS-PAGE ותמיכה מתמשכת לאורך הפרויקט. ניקול ראס ואנה Magerhans סיפק תמיכה טכנית מעולה. יתר על כן, אנו רוצים להודות אנדריאס בר שילה Mertens להפקת הסרט. עבודה זו נתמכה על ידי מענקים מקרן פולקסווגן (Az I/77864) ומשרד הגרמני לחינוך ולמחקר (BMBF, 01 GN 0813).

בנייה של וקטור הביטוי הביטוי: וקטור pSESAME-Cre ביטוי נבנה על ידי הוספת קטע Cre קידוד לתוך pSESAME דרך אתרי AvrII ו NheI הגבלה באמצעות שיטות שיבוט סטנדרטיות. pSESAME מקודד חלבון איחוי המורכב תג-היסטידין, TAT-תחום, רצף NLS ו Cre, מקוצר HTNCre. עבור ביטוי HTNCre pSESAME-Cre הפך (DE3) TUNER pLacI ומשומשים להכין מלאי גליצרול. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> תרבות על הלילה היה מחוסן באמצעות קצה pipet מצופה חיידקים הפך ממלאי גליצרול. תרבות הלילה מעל כללה התקשורת LB בתוספת גלוקוז 0.5% [v / v] ו carbenicillin בריכוז סופי של 50 מיקרוגרם / מ&quot;ל ​​ו הורשה לגדול ב 37 מעלות צלזיוס למשך 16 שעות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> למחרת גדל בצפיפות יתר לילה תרבות שימש לחסן את התרבות ביטוי ביחס של 1 עד 40 ו הושם באינקובטור ב 37 ° C. תרבות הביטוי כללה התקשורת TB בתוספת גלוקוז 0.5% [v / v] ו אמפיצילין בריכוז הסופי של 100 מיקרוגרם / מ&quot;ל. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ב OD 595 של 1.5 תרבות הביטוי היה מושרה עם IPTG 0.5 מ&quot;מ 1 ח </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כתוצאה מכך חיידקים נאספו על ידי צנטריפוגה בסל&quot;ד 5000 למשך 10 דקות בתוך הרוטור SLA3000. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדורי חיידקים היו מאוחסנים בטמפרטורה של מינוס 20 מעלות צלזיוס עד לטיהור. </li></ol> טיהור של חלבון התא חדיר: <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> חיידקים קפואים כדורי היו resuspended במאגר מ&quot;ל 10 תמוגה לכל תרבות בקבוק ליטר במשך 15 דקות בטמפרטורת החדר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> השעיה הודגר אז עם ליזוזים מ&quot;ג / מ&quot;ל ​​1 במשך 15 דקות נוספות תוך ערבוב בטמפרטורת החדר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 25 U / mL benzonase נוספה לאחר מכן מודגרות תוך ערבוב במשך 15 דקות בטמפרטורת החדר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לאחר sonification על קרח דק 1.5 עם פולסים של 0.5 ב 45% של הכוח, 1 מ&quot;ל מלח קר חיץ טרטרית (TSB) לכל מ&quot;ל ההשעיה נוספה בקפידה תוך ערבוב במשך 5 דקות מודגרות על הקרח. SDS-PAGE מדגם של חלק lysate (L) נלקח. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Lysate פינה הושג על ידי צנטריפוגה על 4 מעלות צלזיוס למשך 30 דקות ב 30,000 g. SDS-PAGE דוגמאות של שברים מסיסים (S) מסיסים (אני) נלקחו. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Supernatant הועבר לתוך צינורות טרי 50 מ&quot;ל בז והיה מעורב אז בעדינות במשך שעות 1 על 4 ° C עם 2 מ&quot;ל של 50% Ni-נ.ת. ע slurry לליטר של תרבות הביטוי הראשוני. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ההשעיה היה דחוס לתוך טור זרימת הכבידה EconoPac (SDS-PAGE מדגם של זרימה דרך שבריר (FT) נלקח) ורחץ פעמיים עם 5 למיטה כרכים של חיץ כביסה. SDS-PAGE דגימות של שני שברים כביסה (W1 &amp; W2) נאספו. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> HTNCre המכילים שברים היו eluted עם 3 המיטה כרכים של חיץ elution מדגם של חלק eluate (ה) לצורך ניתוח SDS-PAGE נלקח. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Imidazole הוסר על ידי dialyzing חלק elution נגד המאגר מלח גבוה פעמיים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הפתרון חלבון היה מרוכז יותר על ידי dialyzing נגד המאגר גליצרול פעמיים. בכל השלבים דיאליזה יחס חיץ המדגם היה לפחות 50. הליך זה הביא לפתרון גליצרול המכיל מניות HTNCre בריכוז הרגיל בין 200 ל 450 מיקרומטר, כלומר, 1 ליטר של תרבות הביטוי תגרום ~ 12 מ&quot;ג של חלבון. דוגמאות של מניות גליצרול (GS) לניתוח SDS-PAGE נאסף. פתרון HTNCre המניות יכולים להיות מאוחסנים בטמפרטורה של מינוס 20 ° C. </li></ol><img border="0" src="/files/ftp_upload/1627/1627fig1tmb.jpg" alt="איור 1" /> איור 1: SDS-PAGE ניתוח של דגימות שנאספו במהלך תהליך טיהור Cre recombinase. אינדוקציה של ביטוי Cre הוא הצביע על ידי הלהקה הדומיננטי חלק lysate. אמנם חלק של החלבון היא חלבון מסיס Cre ניתן להעשיר עוד יותר כפי שניתן לראות eluate ומלאי שברים גליצרול. L: lysate, אני: מסיסים, S: Supernatant, FT: זרימה דרך, W:, E כביסה: Eluate, GS: במלאי Gylcerol. אנא <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/1627/1627fig1.jpg">לחץ כאן</a> כדי לראות גרסה גדולה יותר של דמות 1. חלבון התמרה לתוך Murine גזע עובריים (ES) התאים: <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> תאים ES נושא מותנה β-Galactosidase 5 לבנות הכתב היו זורעים כמו תאים בודדים באמצעות TrypLE ™ Express עבור ניתוק של תאים חסיד. לאחר 4 עד 6 שעות התאים לו מחדש מצורף המדיום הוסר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בהמשך תאים ES הודגרו עם המדיום HTNCre המכילים במשך 16 שעות. <ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כמות נאותה של חלבון HTNCre (המקביל ל 10 מיקרומטר) מתוך המלאי גליצרול היה מדולל לתוך מדיום ES ו filtrated סטרילי לאחר מכן (0.22 מיקרומטר). </li></ul></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לאחר התמרה בינוני חלבון שונה בחזרה בינוני צמיחה נורמלית. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לאחר שני תאים ימים נשטפו עם PBS וקבוע עם Paraformaldehyde 4% (PFA) במשך 10 דקות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שני addiצעדים כביסה tional עם PBS הוצאו להורג לפני X-Gal מכתים בוצעה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> תאים קבוע היו מכוסים בשכבה של פתרון ה-X גל מכתים 6 וטופחו על הלילה 37 ° C. </li></ol> נציג תוצאות: למחרת X-Gal פתרון מכתים היה שאף והתאים היו מכוסים בשכבה של PBS לניתוח במיקרוסקופ. 8-10% של תאים recombined יכול להיבחן בתוך תאים ES Murine להישפט על ידי פעילות β-Galactosidase.

<ol>
	<li>Gump, J. M., Dowdy, S. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TAT+transduction:+the+molecular+mechanism+and+therapeutic+prospects.">TAT transduction: the molecular mechanism and therapeutic prospects.</a> Trends Mol Med. 13 (10), 443-448 (2007).</li><li>Edenhofer, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein+transduction+revisited:+novel+insights+into+the+mechanism+underlying+intracellular+delivery+of+proteins.">Protein transduction revisited: novel insights into the mechanism underlying intracellular delivery of proteins.</a> Curr Pharm Des. 14 (34), 3628-3636 (2008).</li><li>Branda, C. S., Dymecki, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Talking+about+a+revolution:+The+impact+of+site-specific+recombinases+on+genetic+analyses+in+mice.">Talking about a revolution: The impact of site-specific recombinases on genetic analyses in mice.</a> Dev Cell. 6 (1), 7-28 (2004).</li><li>Nolden, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Site-specific+recombination+in+human+embryonic+stem+cells+induced+by+cell-permeant+Cre+recombinase.">Site-specific recombination in human embryonic stem cells induced by cell-permeant Cre recombinase.</a> Nat Methods. 3 (6), 461-467 (2006).</li><li>Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inducible+site-directed+recombination+in+mouse+embryonic+stem+cells.">Inducible site-directed recombination in mouse embryonic stem cells.</a> Nucleic Acids Res. 24 (4), 543-548 (1996).</li><li>Peitz, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enhanced+purification+of+cell-permeant+Cre+and+germline+transmission+after+transduction+into+mouse+embryonic+stem+cells.">Enhanced purification of cell-permeant Cre and germline transmission after transduction into mouse embryonic stem cells.</a> Genesis. 45 (8), 508-517 (2007).</li><li>Bosnali, M., Edenhofer, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Generation+of+transducible+versions+of+transcription+factors+Oct4+and+Sox2.">Generation of transducible versions of transcription factors Oct4 and Sox2.</a> Biol Chem. 389 (7), 851-861 (2008).</li><li>Landry, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Runx+genes+are+direct+targets+of+Scl/Tal1+in+the+yolk+sac+and+fetal+liver.">Runx genes are direct targets of Scl/Tal1 in the yolk sac and fetal liver.</a> Blood. 111 (6), 3005-3014 (2008).</li></ol>

במהלך תהליך טיהור של החלבון היתוך Cre חשוב לא להשמיט את התוספת של חיץ קרח כפות קר לפני צנטריפוגה. אחרת Cre recombinase נוטה לשקוע בתוך למאגר גליצרול. אם חלק eluate מופיע להיות עכורים בשל ריכוז גבוה של חלבון חיץ היתוך elution נוספים יש להוסיף עד לפתרון פינתה שוב. היישום של 10 מיקרומטר של חלבון היתוך Cre בדרך כלל התוצאות יעילות רקומבינציה של 80% עד 100. עוברית עגל סרום (FCS) להיות מרכיב מרכזי של המדיום הסלולרי ES מאוד מעכב חלבון התמרה. לכן ריכוז גבוה של Cre recombinase היה לשמש. כאשר עובדים בסרום ללא תנאים פחות חלבון (0.5-2 מיקרומטר) ניתן להשתמש כדי להשיג יעילות רקומבינציה דומה. עם מערכת וקטור pSESAME ב מצד אחד יכול ליישם את הטכניקה של התמרה החלבון לחלבונים אחרים, כולל גורמי שעתוק כגון Oct4 ו Sox2 7 ו - 8 Scl/Tal1.

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>TUNER (DE3) pLacI</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Novagen</td>
<td>70625</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Glycerol</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Carl Roth</td>
<td>3783.2</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Na2HPO4</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roth</td>
<td>T876.1</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Trizma Base</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma-Aldrich</td>
<td>T1503</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>HCl</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roth</td>
<td>4625.1</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Imidazol</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roth</td>
<td>X998.4</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NaCl</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roth</td>
<td>9265.2</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Yeast Extract</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roth</td>
<td>2363.4</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Trypton/Pepton</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roth</td>
<td>8952.4</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>K2HPO4 </td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roth</td>
<td>P749.2</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>KH2PO4</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roth</td>
<td>3904.1</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Ampicillin</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>A9518</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Carbenicillin</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>6344.2</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>HEPES</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>H3375</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Lysozyme</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>62971</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Benzonase</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Novagen</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>L-Tartaric acid, disodium salt </td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>50% Ni-NTA slurry</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>R901-15</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>EconoPac columns</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Biorad</td>
<td>732-1010</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Sterile filter 0,22&mu;m</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Whatman</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Paraformaldehyde (PFA)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>LB medium</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Yeast extract, Trypton/Pepton, NaCl</td>
</tr>
<tr>
<td>TB medium</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Yeast extract, Trypton/Pepton, Glycerol, K2HPO4, KH2PO4</td>
</tr>
<tr>
<td>Lysis Buffer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>50 mM Na2HPO4, 5 mM Tris, pH 7.8</td>
</tr>
<tr>
<td>Tartaric Salt Buffer (TSB)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>PTB containing 2 M L-Tartaric acid, disodium salt, and 20 mM Imidazol</td>
</tr>
<tr>
<td>Washing Buffer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>PTB, 500 mM NaCl, 15 mM Imidazol</td>
</tr>
<tr>
<td>Elution Buffer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>PTB, 500 mM NaCl, 250 mM Imidazol</td>
</tr>
<tr>
<td>High Salt Buffer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>600 mM NaCl, 20 mM HEPES, pH 7.4</td>
</tr>
<tr>
<td>Gylcerol Buffer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>50% glycerol, 500 mM NaCl, 20 mM HEPES, pH 7.4</td>
</tr>
<tr>
<td>TrypLE&trade; Express</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>ESGRO (LIF)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Millipore</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NEAA</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Gibco</td>
<td>11140035</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>L-Glutamin</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Gibco</td>
<td>25030024</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>&beta;-Mercaptoethanol</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Gibco</td>
<td>31350010</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>DMEM</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Gibco</td>
<td>11960044</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>PBS</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Gibco</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Fetal Calf Serum (FCS)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>PAA</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>X-Gal staining solution:</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>4 mM K3(FeIII(CN)6), 4 mM K4(FeII(CN)6), 2mM MgCl2 0.4 mg/mL X-Gal solved in PBS</td>
</tr>
<tr>
<td>K3(FeIII(CN)6)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>P-3367</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>K4 (FeII(CN)6)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>P-9387</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MgCl2</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>M8266</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>X-Gal</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>B4252</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

engineering cell-permeable protein

הטכניקה התמרה חלבון ומאפשרת העברה ישירה של החומר הפעיל מבחינה ביולוגית לתוך בתאי יונקים [לבדיקה לראות 1,2]. עבור אחד זה יכול לעשות שימוש ביכולת translocating של המכונים פפטידים בתא החודר (CPPs), המיועד גם התמרה תחומים חלבון (PTDs). TAT-CPP נגזר סוג נגיף הכשל החיסוני האנושי 1 (HIV-1) תאת (טרנס activator של שעתוק) חלבון כבר בשימוש נרחב. תאת חיובי ומקדם חדירות התא ובכך להתגבר על מחסומים של קרום התא על ידי אנדוציטוזה ו / או חדירה קרום ישיר 2. בשילוב עם אות לוקליזציה גרעיני (NLS) חלבונים היתוך מסוגלים להיכנס פונקציונליות גרעין בתערוכה. מצגת וידאו שלנו מוכיח, כמו הדגמה של הנדסה של התא חדיר חלבונים, הבנייה, ייצור ויישום של גרסת התא חדיר של שינוי ה-DNA אנזים Cre. Cre הוא recombinase אתר ספציפי כי הוא מסוגל לזהות recombine 34 זוג בסיס אתרי loxP בתאי יונקים במבחנה in vivo. לכן מערכת Cre / loxP נעשה שימוש נרחב על תנאי להשרות מוטציות בגנום של תאים חיים 3,4. מסירת פעיל Cre recombinase לתאים, לעומת זאת, מהווה מגבלה. אנו מתארים את מערכת וקטור pSESAME, המאפשר החדרה ישירה של הריבית גנים של מספק פלטפורמה במהירות שיבוט תחומים שונים ותגי בשימוש בתוך וקטור בצורה נוחה סטנדרטית. סידור מחדש של תגים שונים הוכח כדי לשנות את המאפיינים הביוכימיים של חלבונים היתוך מתן אפשרות להשיג תשואה גבוהה יותר מסיסות טובה יותר. אנו מדגימים כיצד לבטא ולטהר רקומביננטי התא permeant חלבונים מ החיידק. הפונקציונליות של החלבון Cre רקומביננטי הוא תוקף בסופו של דבר על ידי הערכת הפעילות recombinase תאיים בתרבות התא.

Watch this Scientific Journal Video about Engineering Cell-permeable Protein at JoVE.com

Engineering Cell-permeable Protein

התמרה חלבון ומאפשרת העברה ישירה של חלבונים פעילים ביולוגית לתוך התאים. בניגוד לשיטות קונבנציונליות כגון transfection DNA נגיפי או התמרה זו פרדיגמה פולשנית מאפשרת מניפולציה הסלולר היעילה ביותר באופן titratable עקיפת רעילות הסלולר את הסיכון של שינוי בשעור על ידי הנדסה גנטית קבע.

הנדסה Cell-חדיר חלבון

The protein transduction technique enables the direct delivery of biologically active material into mammalian cells [for review see 1,2]. For this one can ...

Research

JoVE Journal

Biology

14.4K Views.  University of Bonn - Life & Brain Center and Hertie Foundation. התמרה חלבון ומאפשרת העברה ישירה של חלבונים פעילים ביולוגית לתוך התאים. בניגוד לשיטות קונבנציונליות כגון transfection DNA נגיפי או התמרה זו פרדיגמה פולשנית מאפשרת מניפולציה הסלולר היעילה ביותר באופן titratable עקיפת רעילות הסלולר את הסיכון של שינוי בשעור על ידי הנדסה גנטי?...

Video: Engineering Cell-permeable Protein

Experimental Approaches to Tissue Engineering

גישות ניסויית כדי הנדסת רקמות

Micro-scale Engineering for Cell Biology

מיקרו בקנה מידה הנדסה לביולוגיה של התא

Staining of Proteins in Gels with Coomassie G-250 without Organic Solvent and Acetic Acid

In classical protein staining protocols using Coomassie Brilliant Blue (CBB), solutions with high contents of toxic and flammable organic solvents (Methanol, Ethanol or 2-Propanol) and acetic acid are used for fixation, staining and destaining of proteins in a gel after SDS-PAGE. To speed up the procedure, heating the staining solution in the microwave oven for a short time is frequently used. This usually results in evaporation of toxic or hazardous Methanol, Ethanol or 2-Propanol and a strong smell of acetic acid in the lab which should be avoided due to safety considerations. In a protocol originally published in two patent applications by E.M. Wondrak (US2001046709 (A1), US6319720 (B1)), an alternative composition of the staining solution is described in which no organic solvent or acid is used. The CBB is dissolved in bidistilled water (60-80mg of CBB G-250 per liter) and 35 mM HCl is added as the only other compound in the staining solution. The CBB staning of the gel is done after SDS-PAGE and thorough washing of the gel in bidistilled water. By heating the gel during the washing and staining steps, the process can be finished faster and no toxic or hazardous compunds are evaporating. The staining of proteins occurs already within 1 minute after heating the gel in staining solution and is fully developed after 15-30 min with a slightly blue background that is destained completely by prolonged washing of the stained gel in bidistilled water, without affecting the stained protein bands.

A short protocol for protein staining with Coomassie Brilliant Blue (CBB) G-250 in polyacrylamide gels is described without using organic solvents or acetic acid as in the classical staining procedures with CBB.

הכתמה של חלבונים עם ג&#39;ל Coomassie G-250 ללא חומצה אצטית ממס אורגני

In classical protein staining protocols using Coomassie Brilliant Blue (CBB), solutions with high contents of toxic and flammable organic solvents ...

Cellular Encapsulation in 3D Hydrogels for Tissue Engineering 

The 3D encapsulation of cells within hydrogels represents an increasingly important and popular technique for culturing cells and towards the development of constructs for tissue engineering. This environment better mimics what cells observe in vivo, compared to standard tissue culture, due to the tissue-like properties and 3D environment. Synthetic polymeric hydrogels are water-swollen networks that can be designed to be stable or to degrade through hydrolysis or proteolysis as new tissue is deposited by encapsulated cells. A wide variety of polymers have been explored for these applications, such as poly(ethylene glycol) and hyaluronic acid. Most commonly, the polymer is functionalized with reactive groups such as methacrylates or acrylates capable of undergoing crosslinking through various mechanisms. In the past decade, much progress has been made in engineering these microenvironments - e.g., via the physical or pendant covalent incorporation of biochemical cues - to improve viability and direct cellular phenotype, including the differentiation of encapsulated stem cells (Burdick et al.).
The following methods for the 3D encapsulation of cells have been optimized in our and other laboratories to maximize cytocompatibility and minimize the number of hydrogel processing steps. In the following protocols (see Figure 1 for an illustration of the procedure), it is assumed that functionalized polymers capable of undergoing crosslinking are already in hand; excellent reviews of polymer chemistry as applied to the field of tissue engineering may be found elsewhere (Burdick et al.) and these methods are compatible with a range of polymer types. Further, the Michael-type addition (see Lutolf et al.) and light-initiated free radical (see Elisseeff et al.) mechanisms focused on here constitute only a small portion of the reported crosslinking techniques. Mixed mode crosslinking, in which a portion of reactive groups is first consumed by addition crosslinking and followed by a radical mechanism, is another commonly used and powerful paradigm for directing the phenotype of encapsulated cells (Khetan et al., Salinas et al.).

Cellular Encapsulation in 3D Hydrogels for Tissue Engineering

We present protocols for the 3-dimensional (3D) encapsulation of cells within synthetic hydrogels. The encapsulation procedure is outlined for two commonly used methods of crosslinking (michael-type addition and light-initiated free radical mechanisms), as well as a number of techniques for assessing encapsulated cell behavior.

Encapsulation נייד ב הידרוג 3D עבור הנדסת רקמות

The 3D encapsulation of cells within hydrogels represents an increasingly important and popular technique for culturing cells and towards the development ...

Using the GELFREE 8100 Fractionation System for Molecular Weight-Based Fractionation with Liquid Phase Recovery

The GELFREE 8100 Fractionation System is a novel protein fractionation system designed to maximize protein recovery during molecular weight based fractionation. The system is comprised of single-use, 8-sample capacity cartridges and a benchtop GELFREE Fractionation Instrument. During separation, a constant voltage is applied between the anode and cathode reservoirs, and each protein mixture is electrophoretically driven from a loading chamber into a specially designed gel column gel. Proteins are concentrated into a tight band in a stacking gel, and separated based on their respective electrophoretic mobilities in a resolving gel. As proteins elute from the column, they are trapped and concentrated in liquid phase in the collection chamber, free of the gel. The instrument is then paused at specific time intervals, and fractions are collected using a pipette. This process is repeated until all desired fractions have been collected. If fewer than 8 samples are run on a cartridge, any unused chambers can be used in subsequent separations.
This novel technology facilitates the quick and simple separation of up to 8 complex protein mixtures simultaneously, and offers several advantages when compared to previously available fractionation methods. This system is capable of fractionating up to 1mg of total protein per channel, for a total of 8mg per cartridge. Intact proteins over a broad mass range are separated on the basis of molecular weight, retaining important physiochemical properties of the analyte. The liquid phase entrapment provides for high recovery while eliminating the need for band or spot cutting, making the fractionation process highly reproducible1.

The accompanying video describes the use of the GELFREE 8100 Fractionation System, which partitions complex protein samples on the basis of molecular weight and recovers the fractions in liquid phase. The video describes how the technology works, how it is used, and provides resultant data, with polyacrylamide gel electrophoresis analysis of fractionated bovine liver homogenate.

באמצעות מערכת GELFREE 8100 ההיפוך חלוקה על ההיפוך חלוקה משקל מבוסס מולקולרית עם שלב החילוץ נוזלי

The GELFREE 8100 Fractionation System is a novel protein fractionation system designed to maximize protein recovery during molecular weight based ...

Imaging Protein-protein Interactions in vivo

Protein-protein interactions are a hallmark of all essential cellular processes. However, many of these interactions are transient, or energetically weak, preventing their identification and analysis through traditional biochemical methods such as co-immunoprecipitation. In this regard, the genetically encodable fluorescent proteins (GFP, RFP, etc.) and their associated overlapping fluorescence spectrum have revolutionized our ability to monitor weak interactions in vivo using F&ouml;rster resonance energy transfer (FRET)1-3. Here, we detail our use of a FRET-based proximity assay for monitoring receptor-receptor interactions on the endothelial cell surface.

Imaging Protein-protein Interactions in vivo

This protocol describes how to image protein-protein interactions using a FRET-based proximity assay.

הדמיה חלבונים אינטראקציות In vivo</em

Protein-protein interactions are a hallmark of all essential cellular processes. However, many of these interactions are transient, or energetically weak, ...

Automated Hydrophobic Interaction Chromatography Column Selection for Use in Protein Purification

In contrast to other chromatographic methods for purifying proteins (e.g. gel filtration, affinity, and ion exchange), hydrophobic interaction chromatography (HIC) commonly requires experimental determination (referred to as screening or "scouting") in order to select the most suitable chromatographic medium for purifying a given protein 1. The method presented here describes an automated approach to scouting for an optimal HIC media to be used in protein purification.
HIC separates proteins and other biomolecules from a crude lysate based on differences in hydrophobicity. Similar to affinity chromatography (AC) and ion exchange chromatography (IEX), HIC is capable of concentrating the protein of interest as it progresses through the chromatographic process. Proteins best suited for purification by HIC include those with hydrophobic surface regions and able to withstand exposure to salt concentrations in excess of 2 M ammonium sulfate ((NH4)2SO4). HIC is often chosen as a purification method for proteins lacking an affinity tag, and thus unsuitable for AC, and when IEX fails to provide adequate purification. Hydrophobic moieties on the protein surface temporarily bind to a nonpolar ligand coupled to an inert, immobile matrix. The interaction between protein and ligand are highly dependent on the salt concentration of the buffer flowing through the chromatography column, with high ionic concentrations strengthening the protein-ligand interaction and making the protein immobile (i.e. bound inside the column) 2. As salt concentrations decrease, the protein-ligand interaction dissipates, the protein again becomes mobile and elutes from the column. Several HIC media are commercially available in pre-packed columns, each containing one of several hydrophobic ligands (e.g. S-butyl, butyl, octyl, and phenyl) cross-linked at varying densities to agarose beads of a specific diameter 3. Automated column scouting allows for an efficient approach for determining which HIC media should be employed for future, more exhaustive optimization experiments and protein purification runs 4.
The specific protein being purified here is recombinant green fluorescent protein (GFP); however, the approach may be adapted for purifying other proteins with one or more hydrophobic surface regions. GFP serves as a useful model protein, due to its stability, unique light absorbance peak at 397 nm, and fluorescence when exposed to UV light 5. Bacterial lysate containing wild type GFP was prepared in a high-salt buffer, loaded into a Bio-Rad DuoFlow medium pressure liquid chromatography system, and adsorbed to HiTrap HIC columns containing different HIC media. The protein was eluted from the columns and analyzed by in-line and post-run detection methods. Buffer blending, dynamic sample loop injection, sequential column selection, multi-wavelength analysis, and split fraction eluate collection increased the functionality of the system and reproducibility of the experimental approach.

An automated method for identifying suitable hydrophobic interaction chromatography (HIC) media to be used in the process of protein purification is presented. The method utilizes a medium-pressure liquid chromatography system including automated buffer blending, dynamic sample loop injection, sequential column selection, multi-wavelength analysis, and split fraction eluate collection.

הידרופובי אוטומטי אינטראקציה כרומטוגרפיה טור בחירה עבור שימוש ב טיהור חלבון

In contrast to other chromatographic methods for purifying proteins (e.g. gel filtration, affinity, and ion exchange), hydrophobic interaction ...

Protein WISDOM: A Workbench for In silico De novo Design of BioMolecules

The aim of de novo protein design is to find the amino acid sequences that will fold into a desired 3-dimensional structure with improvements in specific properties, such as binding affinity, agonist or antagonist behavior, or stability, relative to the native sequence. Protein design lies at the center of current advances drug design and discovery. Not only does protein design provide predictions for potentially useful drug targets, but it also enhances our understanding of the protein folding process and protein-protein interactions. Experimental methods such as directed evolution have shown success in protein design. However, such methods are restricted by the limited sequence space that can be searched tractably. In contrast, computational design strategies allow for the screening of a much larger set of sequences covering a wide variety of properties and functionality. We have developed a range of computational de novo protein design methods capable of tackling several important areas of protein design. These include the design of monomeric proteins for increased stability and complexes for increased binding affinity.
To disseminate these methods for broader use we present Protein WISDOM (<a href="http://www.proteinwisdom.org" target="_blank">http://www.proteinwisdom.org</a>), a tool that provides automated methods for a variety of protein design problems. Structural templates are submitted to initialize the design process. The first stage of design is an optimization sequence selection stage that aims at improving stability through minimization of potential energy in the sequence space. Selected sequences are then run through a fold specificity stage and a binding affinity stage. A rank-ordered list of the sequences for each step of the process, along with relevant designed structures, provides the user with a comprehensive quantitative assessment of the design. Here we provide the details of each design method, as well as several notable experimental successes attained through the use of the methods.

Protein WISDOM: A Workbench for In silico De novo Design of BioMolecules

We developed computational de novo protein design methods capable of tackling several important areas of protein design. To disseminate these methods we present Protein WISDOM, an online tool for protein design (<a href="http://www.proteinwisdom.org" target="_blank">http://www.proteinwisdom.org</a>). Starting from a structural template, design of monomeric proteins for increased stability and complexes for increased binding affinity can be performed.

חוכמת חלבון: Workbench ל<em&gt; בסיליקון</em&gt;<em&gt; דה נובו</em&gt; עיצוב של ביומולקולות

The aim of de novo protein design is to find the amino acid sequences that will fold into a desired 3-dimensional structure with improvements in specific ...

Mouse Genome Engineering Using Designer Nucleases

Transgenic mice carrying site-specific genome modifications (knockout, knock-in) are of vital importance for dissecting complex biological systems as well as for modeling human diseases and testing therapeutic strategies. Recent advances in the use of designer nucleases such as zinc finger nucleases (ZFNs), transcription activator-like effector nucleases (TALENs), and the clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/CRISPR-associated (Cas) 9 system for site-specific genome engineering open the possibility to perform rapid targeted genome modification in virtually any laboratory species without the need to rely on embryonic stem (ES) cell technology. A genome editing experiment typically starts with identification of designer nuclease target sites within a gene of interest followed by construction of custom DNA-binding domains to direct nuclease activity to the investigator-defined genomic locus. Designer nuclease plasmids are in vitro transcribed to generate mRNA for microinjection of fertilized mouse oocytes. Here, we provide a protocol for achieving targeted genome modification by direct injection of TALEN mRNA into fertilized mouse oocytes.

Designer nucleases such as zinc finger nucleases (ZFNs) and transcription activator-like effector nucleases (TALENs) can be used to modify the genome of mouse preimplantation embryos by triggering both the nonhomologous end joining (NHEJ) and homologous recombination (HR) pathways. These advances enable the rapid generation of mice with precise genetic modifications.

עכבר הגנום הנדסה באמצעות nucleases מעצב

Transgenic mice carrying site-specific genome modifications (knockout, knock-in) are of vital importance for dissecting complex biological systems as well ...

siRNA Screening to Identify Ubiquitin and Ubiquitin-like System Regulators of Biological Pathways in Cultured Mammalian Cells

Post-translational modification of proteins with ubiquitin and ubiquitin-like molecules (UBLs) is emerging as a dynamic cellular signaling network that regulates diverse biological pathways including the hypoxia response, proteostasis, the DNA damage response and transcription.&#160; To better understand how UBLs regulate pathways relevant to human disease, we have compiled a human siRNA &#8220;ubiquitome&#8221; library consisting of 1,186 siRNA duplex pools targeting all known and predicted components of UBL system pathways. This library can be screened against a range of cell lines expressing reporters of diverse biological pathways to determine which UBL components act as positive or negative regulators of the pathway in question.&#160; Here, we describe a protocol utilizing this library to identify ubiquitome-regulators of the HIF1A-mediated cellular response to hypoxia using a transcription-based luciferase reporter.&#160; An initial assay development stage is performed to establish suitable screening parameters of the cell line before performing the screen in three stages: primary, secondary and tertiary/deconvolution screening. &#160;The use of targeted over whole genome siRNA libraries is becoming increasingly popular as it offers the advantage of reporting only on members of the pathway with which the investigators are most interested.&#160; Despite inherent limitations of siRNA screening, in particular false-positives caused by siRNA off-target effects, the identification of genuine novel regulators of the pathways in question outweigh these shortcomings, which can be overcome by performing a series of carefully undertaken control experiments.

Here, we describe a methodology to perform a targeted siRNA &#8220;ubiquitome&#8221; screen to identify novel ubiquitin and ubiquitin-like regulators of the HIF1A-mediated cellular response to hypoxia.&#160; This can be adapted to any biological pathway where a robust read out of reporter activity is available.

הקרנת siRNA לזיהוי יוביקוויטין ורגולטורים מערכת דמויות יוביקוויטין של מסלולים ביולוגיים בתאי יונקים בתרבית

Post-translational modification of proteins with ubiquitin and ubiquitin-like molecules (UBLs) is emerging as a dynamic cellular signaling network that ...

הנדסה Cell-חדיר חלבון

Summary

Explore More Videos

Chapters in this video