המחברים מודים פרופ. קיארה קמפנלה ואת עמרה מרכז כשירות, אוניברסיטת נאפולי פדריקו השני, נאפולי, איטליה, למתן אותם עם השימוש microdissector לייזר, ומר נצו Vicidomini לעזרה נדיבה אנימציה 3D.

חלק 1. הכנת דיסקים תסיסנית דמותי אגף נתון RNAi ספציפיים לשפות אחרות. כמו חומר ביולוגי, השתמשנו תסיסנית דיסקים דמותי כנף המתקבל הזחלים מהונדס נתון השתקת הגן מקומיים ספציפיים באמצעות המערכת GAL4/UAS 1. זה הצאצאים הזחל orginates מן הצלב גנטית מעורבים שני קווים ההורים: האחד נושא את הנהג GAL4, השני מגיב כטב&quot;מ. בנוסף להביע GAL4 דפוס הזמני ספציפיים ו / או מרחבית, קו הנהג נושא כתב כטב&quot;מ-GFP המאפשר לחזות את תחום GAL4 הביטוי. הקו המגיב כטב&quot;מ מבטא, תחת שליטתו של רצף כטב&quot;מ, מכבנה השתקת RNA (hpRNA) מסוגלים במיוחד למקד את הגן הנבחר של עניין (קוראים לזה גן X) 2. הביע פעם בתא, X hpRNA הוא ביקע ליצירת RNA התערבות קטנה (siRNA) מסוגלים במיוחד להשתיק את הגן שנבחר. בשנת הצאצאים הזחל, שנושאת גם הנהג המגיב transgenes, לבנות כטב&quot;מ-ההשתקה הוא עיבד רק באותם תאים המבטאים את חלבון GAL4, וכך הוא מסוגל לגרום השתקה מוגבלת מרחבית של הגן X. נבחרים בין מגוון של יישומים אפשריים, אנו ליישם את הגישה הזאת כדי להשתיק גן נבחרים של האינטרס שלנו (גן X) תחת שליטה של engrailed-GAL4 (en) נהג, אשר יכול להפעיל השתקה ספציפיים בתא האחורי של הדיסק כנף 3 , שטח אשר סומן על ידי ביטוי של transgene כטב&quot;מ-GFP. הדיסקים השתיק כנף דמותי היו ביד גזור, דואג לחסל זיהום ברקמות שמסביב, ובעיקר דבקות וקנה הנשימה. דיסק כל אגף מבודד אז הועבר במהירות ובעדינות על מסגרת שטופלו בעבר RNase, דיסקציה חינם microdissection לייזר מיידי של אזורים נבחרים. חלק 2. לייזר microdissection של אזורים נבחרים מן (קדמית) תאים השתיק (האחורי) ו unsilenced של הדיסק כנף. לאחר דיסק האגף היה על הממברנה, microdissection לייזר של אזורים ספציפיים של השתיק (האחורי; GFP שכותרתו) ו unsilenced (קדמית, GFP-תווית) תאים הושגה. זה בוצע על ידי ציור שטח זה יכול בקלות להשתלב בשני הצדדים GFP-GFP חיובי שלילי של הדיסק. תחת microdissector, אנחנו הראשונים התמקדה קרן הלייזר על הרקמה GFP חיובי, ביצוע חתך לאורך המערכת שנבחרה. התמורה microdissector עם חיתוך במהירות שנבחרה כוח, אבל זה אפשרי כדי לחדד את חיתוך ידני, עד האזור הנבחר של רקמת נופל הצינור מתחת. צינורית זו מכילה נפח קטן של מגיב TRI, כך רקמות GFP חיובי מוכן להפקת RNA הבאים. אנו מכן עבר האזור חיתוך אל מול, GFP שלילי הצד של הדיסק כנף, על מנת לנתח שטח שווה ערך מן הרקמה unsilenced GFP-שלילי. שוב, אחרי לחתוך את האוטומטי, אנו המשיך הזיקוק לחתוך באופן ידני. לאחר לחתוך נעשתה, גם את רקמת ה-GFP שלילי נמצאה בתוך מגיב TRI, מוכן להפקת RNA. חלק 3. הפקת RNA ו פרופיל תמלול מאזורים רקמות Microdissected. סובבנו את הצינורות כדי לנתק את הנוזל מתוך כובע והוסיף מגיב TRI עד 1 מ&quot;ל, ואז ביצע מיצוי רנ&quot;א בעקבות פרוטוקול מגיב תקן TRI. כדי לאסוף מספיק חומר, אנחנו חוזרים ונשנים את הליך החיתוך על 100 דיסקים כנף דמותי. החל מ 100 מיקרומטר על שטחי 5000 2 כל אחד, התשואה שלנו היתה של 1.5 מיקרוגרם של רנ&quot;א. דיוק של דיסקציה ידנית נשלט אז על ידי בדיקת ביטוי של GFP בדגימות הושתק unsilenced על ידי RT-PCR, באמצעות סופר סקריפט III (Invitrogen) לסנתז cDNA עם Hexamers אקראיים. ניתוחים כמותיים לאחר ממוקד כדי לקבוע את רמות הביטוי של גנים מושתקים X, יחד עם אלו של יעדים המשוערת של מסלול הרגולציה שלה, בוצעו על ידי זמן אמת RT-PCR באמצעות מאסטר מיקס (Invitrogen).

<ol>
	<li>Elliott, D. A., Brand, A. H., Dahmann, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+GAL4+System+A+Versatile+System+for+the+Expression+of+Gene.">The GAL4 System A Versatile System for the Expression of Gene.</a> , (2008).</li><li>Klein, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Wing+disc+development+in+the+fly:+the+early+stages.+.">Wing disc development in the fly: the early stages. .</a> Current Opinion in Genetics &#38; Development. 11, 470-475 (2001).</li><li>Dietzl, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+genome-wide+transgenic+RNAi+library+for+conditional+gene+inactivation+in+Drosophila.">A genome-wide transgenic RNAi library for conditional gene inactivation in Drosophila.</a> Nature. 448, 151-U1-151-U1 (2007).</li><li>Martin, F. A., Morata, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Compartments+and+the+control+of+growth+in+the+Drosophila+wing+imaginal+disc.">Compartments and the control of growth in the Drosophila wing imaginal disc.</a> Development. 133, 4421-4426 (2006).</li><li>Tabata, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetics+of+morphogen+gradients.">Genetics of morphogen gradients.</a> Nature Reviews Genetics. 2, 620-630 (2001).</li><li>Moreno, E. &. a. m. p. ;. a. m. p., Basler, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=dMyc+transforms+cells+into+super-competitors.">dMyc transforms cells into super-competitors.</a> Cell. 117, 117-129 (2004).</li></ol>

לגבי רמות הבסיס שלהם ביטוי להשיג התאים קדמית / אחורית של דיסקים כנף unsilenced, הפעילות של הגן X שנבחר נמצא מופחת 40% על ההשתקה. לעומת זאת, אחת המטרות המשוערת שלה (גנים Y) נמצא באופן משמעותי מעלה מוסדר (7 מתקפלת עליה), מוביל אותנו כדי לאמת את ההשערה כי זה היה מוסדר באופן שלילי על ?...

טוס זנים תסיסנית כטב&quot;מ-השתקת השורות ניתן לקבל VDRC RNAi אוסף 2. אוסף של GAL4 נהג קווי זמין ב תסיסנית Bloomington במלאי מרכז (אינדיאנה, ארה&quot;ב). ציוד הציוד הנדרש כולל לייזר microdissector (לייקה LMD6000), קולטר Microfuge 22R (Beckman), PCR (BIO-RAD Cycler שלי), זמן PCR נדל (BIO-RAD iQ5). כלים כלים נדרשים כוללים: זכוכית בארות, מברשת, מלקחיים microdissection, מגלשות ירידה תלוי, סיכות חרקים רכוב על מחטי מזרק, מסגרות מתכת עם קרום PET, צינורות פלסטיק (50 מ&quot;ל, 05 מ&quot;ל, 0.25 מ&quot;ל).

laser microdissection applied to gene expression profiling of subset of cells from the drosophila wing disc

טבע הטרוגניות של רקמות הוכיחה להיות גורם מגביל בסכום של מידע ניתן להפיק מן דגימות ביולוגיות, להתפשר על מנתח במורד הזרם. בהתחשב עמותות הסלולר מורכב ודינמי הקיימים בתוך רקמות רבות, על מנת לשחזר את הניתוח באינטראקציות vivo מולקולרית יסודי אחד חייב להיות מסוגל לנתח אוכלוסיות תאים ספציפיים בהקשר הטבעי שלהם. לייזר בתיווך microdissection יכולים להשיג מטרה זו, המאפשרת זיהוי חד משמעי וקציר מוצלח של תאים בעלי עניין תחת להדמיה מיקרוסקופית ישירה תוך שמירה על שלמות מולקולרית. יש לנו ליישם את הטכנולוגיה הזאת כדי לנתח ביטוי גנים באזורים מוגדרים של הדיסק בפיתוח האגף תסיסנית, המייצג את מערכת מודל יתרון ללמוד לשלוט צמיחה, התמיינות תאים ו organogenesis. הדיסקים מחולקים דמותי הזחל מפותח על ידי גבולות הגבלה השושלת לתאים הקדמי ואת האחורי, הגבי ו הגחון. עשיית שימוש של ועין מתנהלת GAL4-כטב&quot;מ ביטוי בינארי המערכת, כל אחד תאים אלה יכולים להיות מתויג במיוחד זבובים מהונדס המבטא כטב&quot;מ-GFP transgene בשליטת המתאים GAL4 נהג לבנות. ב הדיסקים מהונדס, ביטוי גנים פרופיל של תת דיסקרטית של תאים יכול להיקבע בדיוק אחרי microdissection לייזר בתיווך, באמצעות אותות ה-GFP ניאון מדריך לחתוך לייזר. בין מגוון של יישומים במורד הזרם, אנו מתמקדים פרופיל תעתיק הרנ&quot;א לאחר מקומי התערבות RNA (RNAi). עם כניסתו של RNAi הטכנולוגיה, GFP תיוג יכול להיות בשילוב עם מציאה מקומי של גן מסוים, המאפשר דטרמיניסטיות תעתיק את התגובה של האוכלוסייה תא בדידים כדי להשתיק את הגן הספציפי. כדי לאמת גישה זו, ניתחנו אזורים המקבילה של הדיסק מן האחורי (מסומן על ידי ביטוי של GFP), ואת תא קדמי (תווית) על השתקה אזורי בתא P של הגן אחרת לידי ביטוי בכל מקום בגוף. RNA הופק מאזורים הושתק unsilenced microdissected ואת הגן השוואתי הביטוי פרופיל נקבע על ידי כמותי בזמן אמת RT-PCR. אנו מראים כי בשיטה זו יכול למעשה להיות מיושם עבור transcriptomics מדויק של תת קבוצות של תאים בתוך הדיסקים דמותי תסיסנית. ואכן, תוך הכנת דיסק מסיבי כמקור של RNA בדרך כלל מניחה הומוגניות התא, זה ידוע היטב כי הביטוי תעתיק יכול להשתנות במידה רבה בתוך מבנים אלה עקב מידע מיקומית. בעזרת ה-GFP מקומי אות ניאון מדריך לחתוך לייזר, ניתוחים תעתיק מדויק יותר ניתן לבצע ויישומי רווחי ליישומים שונים, כולל פרופיל תמליל של שושלות תאים נפרדים בהקשר הטבעי שלהם.

Watch this Scientific Journal Video about Laser Microdissection Applied to Gene Expression Profiling of Subset of Cells from the Drosophila Wing Disc at JoVE.com

Laser Microdissection Applied to Gene Expression Profiling of Subset of Cells from the Drosophila Wing Disc

Microdissection לייזר יושמה כדי לנתח את הביטוי פרופיל גנטי בתאים מסוימים של הדיסק כנף תסיסנית נתון RNAi מקומי<em&gt; In vivo</em&gt;. RNA המופק אזורים המקבילה של תאים הושתק unsilenced נותח על ידי RT-PCR כמותי כדי לקבוע פרופיל השוואתי ביטוי גנים בהקשר של microecology רקמות הילידים.

Microdissection לייזר יישומית כדי Gene Expression Profiling של תת קבוצה של תאים מן תסיסנית אגף דיסק

Heterogeneous nature of tissues has proven to be a limiting factor in the amount of information that can be generated from biological samples, ...

laser-microdissection-applied-to-gene-expression-profiling-subset

Research

JoVE Journal

Biology

Laser Microdissection Applied to Gene Expression Profiling of Subset of Cells from the Drosophila Wing Disc

11.1K Views.  University of Naples. Microdissection לייזר יושמה כדי לנתח את הביטוי פרופיל גנטי בתאים מסוימים של הדיסק כנף תסיסנית נתון RNAi מקומי In vivo. RNA המופק אזורים המקבילה של תאים הושתק unsilenced נותח על ידי RT-PCR כמותי כדי לקבוע פרופיל השוואתי ביטוי גנים בהקשר של microecology רקמות הילידים.

Video: Laser Microdissection Applied to Gene Expression Profiling of Subset of Cells from the Drosophila Wing Disc

Laser Capture Microdissection of Mammalian Tissue

Laser capture microscopy, also known as laser microdissection (LMD), enables the user to isolate small numbers of cells or tissues from frozen or formalin-fixed, paraffin-embedded tissue sections. LMD techniques rely on a thermo labile membrane placed either on top of, or underneath, the tissue section. In one method, focused laser energy is used to melt the membrane onto the underlying cells, which can then be lifted out of the tissue section. In the other, the laser energy vaporizes the foil along a path "drawn" on the tissue, allowing the selected cells to fall into a collection device. Each technique allows the selection of cells with a minimum resolution of several microns. DNA, RNA, protein, and lipid samples may be isolated and analyzed from micro-dissected samples. In this video, we demonstrate the use of the Leica AS-LMD laser microdissection instrument in seven segments, including an introduction to the principles of LMD, initializing the instrument for use, general considerations for sample preparation, mounting the specimen and setting up capture tubes, aligning the microscope, adjusting the capture controls, and capturing tissue specimens. Laser-capture micro-dissection enables the investigator to isolate samples of pure cell populations as small as a few cell-equivalents. This allows the analysis of cells of interest that are free of neighboring contaminants, which may confound experimental results.

לייזר Microdissection לכידה של רקמות היונקים

Laser capture microscopy, also known as laser microdissection (LMD), enables the user to isolate small numbers of cells or tissues from frozen or ...

The Preparation of Primary Hematopoietic Cell Cultures From Murine Bone Marrow for Electroporation

It is becoming increasingly apparent that electroporation is the most effective way to introduce plasmid DNA or siRNA into primary cells. The Gene Pulser MXcell  electroporation system and Gene Pulser  electroporation buffer were specifically developed to transfect nucleic acids into mammalian cells and difficult-to-transfect cells, such as primary and stem cells.This video demonstrates how to establish primary hematopoietic cell cultures from murine bone marrow, and then prepare them for electroporation in the MXcell system. We begin by isolating femur and tibia. Bone marrow from both femur and tibia are then harvested and cultures are established. Cultured bone marrow cells are then transfected and analyzed.

This procedure describes how to establish primary hematopoietic cell cultures from murine bone marrow and is followed by transfection using the Gene Pulser MXCell electroporation system.

הכנת ראשי בתרביות תאים hematopoietic ממח העצם Murine עבור electroporation

It is becoming increasingly apparent that electroporation is the most effective way to introduce plasmid DNA or siRNA into primary cells. The Gene Pulser ...

Using the Gene Pulser MXcell Electroporation System to Transfect Primary Cells with High Efficiency

It is becoming increasingly apparent that electroporation is the most effective way to introduce plasmid DNA or siRNA into primary cells. The Gene Pulser MXcell electroporation system and Gene Pulser electroporation buffer (Bio-Rad) were specifically developed to easily transfect nucleic acids into mammalian cells and difficult-to-transfect cells, such as primary and stem cells. We will demonstrate how to perform a simple experiment to quickly identify the best electroporation conditions. We will demonstrate how to run several samples through a range of electroporation conditions so that an experiment can be conducted at the same time as optimization is performed. We will also show how optimal conditions identified using 96-well electroporation plates can be used with standard electroporation cuvettes, facilitating the switch from electroporation plates to electroporation cuvettes while maintaining the same electroporation efficiency. In the video, we will also discuss some of the key factors that can lead to the success or failure of electroporation experiments.

This procedure shows how to use the Gene Pulser MXcell electroporation system to rapidly and easily identify the best electroporation conditions for mouse embryonic fibroblasts (MEFs) or other primary cells. Considerations for troubleshooting are also discussed in the associated video.

שימוש ג&#39;ין Pulser מערכת MXcell electroporation כדי Transfect תאים ראשוניים עם יעילות גבוהה

Hi-C: A Method to Study the Three-dimensional Architecture of Genomes.

The three-dimensional folding of chromosomes compartmentalizes the genome and and can bring distant functional elements, such as promoters and enhancers, into close spatial proximity 2-6. Deciphering the relationship between chromosome organization and genome activity will aid in understanding genomic processes, like transcription and replication. However, little is known about how chromosomes fold. Microscopy is unable to distinguish large numbers of loci simultaneously or at high resolution. To date, the detection of chromosomal interactions using chromosome conformation capture (3C) and its subsequent adaptations required the choice of a set of target loci, making genome-wide studies impossible 7-10.
We developed Hi-C, an extension of 3C that is capable of identifying long range interactions in an unbiased, genome-wide fashion. In Hi-C, cells are fixed with formaldehyde, causing interacting loci to be bound to one another by means of covalent DNA-protein cross-links. When the DNA is subsequently fragmented with a restriction enzyme, these loci remain linked. A biotinylated residue is incorporated as the 5' overhangs are filled in. Next, blunt-end ligation is performed under dilute conditions that favor ligation events between cross-linked DNA fragments. This results in a genome-wide library of ligation products, corresponding to pairs of fragments that were originally in close proximity to each other in the nucleus. Each ligation product is marked with biotin at the site of the junction. The library is sheared, and the junctions are pulled-down with streptavidin beads. The purified junctions can subsequently be analyzed using a high-throughput sequencer, resulting in a catalog of interacting fragments.
Direct analysis of the resulting contact matrix reveals numerous features of genomic organization, such as the presence of chromosome territories and the preferential association of small gene-rich chromosomes. Correlation analysis can be applied to the contact matrix, demonstrating that the human genome is segregated into two compartments: a less densely packed compartment containing open, accessible, and active chromatin and a more dense compartment containing closed, inaccessible, and inactive chromatin regions. Finally, ensemble analysis of the contact matrix, coupled with theoretical derivations and computational simulations, revealed that at the megabase scale Hi-C reveals features consistent with a fractal globule conformation.

The Hi-C method allows unbiased, genome-wide identification of chromatin interactions (1). Hi-C couples proximity ligation and massively parallel sequencing. The resulting data can be used to study genomic architecture at multiple scales: initial results identified features such as chromosome territories, segregation of open and closed chromatin, and chromatin structure at the megabase scale.

Hi-C: שיטה לחקר ארכיטקטורה תלת ממדי של הגנום.

The three-dimensional folding of chromosomes compartmentalizes the genome and and can bring distant functional elements, such as promoters and enhancers, ...

Using an Automated Cell Counter to Simplify Gene Expression Studies: siRNA Knockdown of IL-4 Dependent Gene Expression in Namalwa Cells

The use of siRNA mediated gene knockdown is continuing to be an important tool in studies of gene expression.  siRNA studies are being conducted not only to study the effects of downregulating single genes, but also to interrogate signaling pathways and other complex interaction networks.  These pathway analyses require both the use of relevant cellular models and methods that cause less perturbation to the cellular physiology.  Electroporation is increasingly being used as an effective way to introduce siRNA and other nucleic acids into difficult to transfect cell lines and primary cells without altering the signaling pathway under investigation. There are multiple critical steps to a successful siRNA experiment, and there are ways to simplify the work while improving the data quality at several experimental stages.  To help you get started with your siRNA mediated gene knockdown project, we will demonstrate how to perform a pathway study complete from collecting and counting the cells prior to electroporation through post transfection real-time PCR gene expression analysis.  The following study investigates the role of the transcriptional activator STAT6 in IL-4 dependent gene expression of CCL17 in a Burkitt lymphoma cell line (Namalwa).  The techniques demonstrated are useful for a wide range of siRNA-based experiments on both adherent and suspension cells.  We will also show how to streamline cell counting with the TC10 automated cell counter, how to electroporate multiple samples simultaneously using the MXcell electroporation system, and how to simultaneously assess RNA quality and quantity with the Experion automated electrophoresis system.

This procedure describes a quick and easy workflow to introduce siRNA into difficult to transfect cell lines and follow gene expression by real-time PCR. Use of an automated cell counter, multi-well electroporation plate, and automated electrophoresis station provide quick and reliable results without the need for expensive robotic handling.

שימוש מונה תא אוטומטי כדי לפשט את הביטוי מחקרים ג&#39;ין: siRNA מציאה הביטוי IL 4-Gene תלויים תאים Namalwa

The use of siRNA mediated gene knockdown is continuing to be an important tool in studies of gene expression.  siRNA studies are being conducted not only ...

Paraffin-Embedded and Frozen Sections of Drosophila Adult Muscles

The molecular characterization of muscular dystrophies and myopathies in humans has revealed the complexity of muscle disease and genetic analysis of muscle specification, formation and function in model systems has provided valuable insight into muscle physiology. Therefore, identifying and characterizing molecular mechanisms that underlie muscle damage is critical. The structure of adult Drosophila multi-fiber muscles resemble vertebrate striated muscles 1 and the genetic tractability of Drosophila has made it a great system to analyze dystrophic muscle morphology and characterize the processes affecting muscular function in ageing adult flies 2. Here we present the histological technique for preparing paraffin-embedded and frozen sections of Drosophila thoracic muscles. These preparations allow for the tissue to be stained with classical histological stains and labeled with protein detecting dyes, and specifically cryosections are ideal for immunohistochemical detection of proteins in intact muscles. This allows for analysis of muscle tissue structure, identification of morphological defects, and detection of the expression pattern for muscle/neuron-specific proteins in Drosophila adult muscles. These techniques can also be slightly modified for sectioning of other body parts.

Paraffin-Embedded and Frozen Sections of Drosophila Adult Muscles

Identification of mechanisms underlying muscle damage is crucial. Here we present the histological technique for preparing paraffin-embedded and frozen sections of Drosophila thoracic muscles. This allows analysis of muscle morphology and localization of protein and other muscle cell components.

מדורים פרפין-Embedded קפואים של תסיסנית סקס שרירים

The molecular characterization of muscular dystrophies and myopathies in humans has revealed the complexity of muscle disease and genetic analysis of ...

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

Efforts to isolate the catalytic subunit of telomerase, TERT, in sufficient quantities for structural studies, have been met with limited success for more than a decade. Here, we present methods for the isolation of the recombinant Tribolium castaneum TERT (TcTERT) and the reconstitution of the active T. castaneum telomerase ribonucleoprotein (RNP) complex in vitro.
Telomerase is a specialized reverse transcriptase1 that adds short DNA repeats, called telomeres, to the 3' end of linear chromosomes2 that serve to protect them from end-to-end fusion and degradation. Following DNA replication, a short segment is lost at the end of the chromosome3 and without telomerase, cells continue dividing until eventually reaching their Hayflick Limit4. Additionally, telomerase is dormant in most somatic cells5 in adults, but is active in cancer cells6 where it promotes cell immortality7.
The minimal telomerase enzyme consists of two core components: the protein subunit (TERT), which comprises the catalytic subunit of the enzyme and an integral RNA component (TER), which contains the template TERT uses to synthesize telomeres8,9. Prior to 2008, only structures for individual telomerase domains had been solved10,11. A major breakthrough in this field came from the determination of the crystal structure of the active12, catalytic subunit of T. castaneum telomerase, TcTERT1.
Here, we present methods for producing large quantities of the active, soluble TcTERT for structural and biochemical studies, and the reconstitution of the telomerase RNP complex in vitro for telomerase activity assays. An overview of the experimental methods used is shown in Figure 1.

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

Efforts to isolate the catalytic subunit of telomerase, TERT, in sufficient quantities for structural studies, have been met with limited success for more than a decade. Here, we present methods for the isolation of the recombinant Tribolium castaneum TERT (TcTERT) and the reconstitution of the active T. castaneum telomerase ribonucleoprotein (RNP) complex in vitro.

ב הכינון במבחנה של ט פעילים castaneum שהטלומרז

Efforts to isolate the catalytic subunit of telomerase, TERT, in sufficient quantities for structural studies, have been met with limited success for more ...

Affinity-based Isolation of Tagged Nuclei from Drosophila Tissues for Gene Expression Analysis

Drosophila melanogaster embryonic and larval tissues often contain a highly heterogeneous mixture of cell types, which can complicate the analysis of gene expression in these tissues. Thus, to analyze cell-specific gene expression profiles from Drosophila tissues, it may be necessary to isolate specific cell types with high purity and at sufficient yields for downstream applications such as transcriptional profiling and chromatin immunoprecipitation. However, the irregular cellular morphology in tissues such as the central nervous system, coupled with the rare population of specific cell types in these tissues, can pose challenges for traditional methods of cell isolation such as laser microdissection and fluorescence-activated cell sorting (FACS). Here, an alternative approach to characterizing cell-specific gene expression profiles using affinity-based isolation of tagged nuclei, rather than whole cells, is described. Nuclei in the specific cell type of interest are genetically labeled with a nuclear envelope-localized EGFP tag using the Gal4/UAS binary expression system. These EGFP-tagged nuclei can be isolated using antibodies against GFP that are coupled to magnetic beads. The approach described in this protocol enables consistent isolation of nuclei from specific cell types in the Drosophila larval central nervous system at high purity and at sufficient levels for expression analysis, even when these cell types comprise less than 2% of the total cell population in the tissue. This approach can be used to isolate nuclei from a wide variety of Drosophila embryonic and larval cell types using specific Gal4 drivers, and may be useful for isolating nuclei from cell types that are not suitable for FACS or laser microdissection.

Affinity-based Isolation of Tagged Nuclei from Drosophila Tissues for Gene Expression Analysis

Drosophila tissues often contain a heterogeneous mixture of cell types.&#160;To examine gene expression in specific cell types from a particular tissue, nuclei can be genetically tagged and subsequently isolated using an affinity-based approach. Isolated nuclei can be used for downstream applications such as gene expression analysis and chromatin immunoprecipitation.

בידוד מבוסס זיקה של תייג גרעינים מ<em&gt; דרוזופילה</em&gt; רקמות לניתוח ביטוי גנים

Drosophila melanogaster embryonic and larval tissues often contain a highly heterogeneous mixture of cell types, which can complicate the analysis of gene ...

Analysis of Global RNA Synthesis at the Single Cell Level following Hypoxia

Hypoxia or lowering of the oxygen availability is involved in many physiological and pathological processes. At the molecular level, cells initiate a particular transcriptional program in order to mount an appropriate and coordinated cellular response. The cell possesses several oxygen sensor enzymes that require molecular oxygen as cofactor for their activity. These range from prolyl-hydroxylases to histone demethylases. The majority of studies analyzing cellular responses to hypoxia are based on cellular populations and average studies, and as such single cell analysis of hypoxic cells are seldom performed. Here we describe a method of analysis of global RNA synthesis at the single cell level in hypoxia by using Click-iT RNA imaging kits in an oxygen controlled workstation, followed by microscopy analysis and quantification.&nbsp; Using cancer cells exposed to hypoxia for different lengths of time, RNA is labeled and measured in each cell. This analysis allows the visualization of temporal and cell-to-cell changes in global RNA synthesis following hypoxic stress.

We describe a technique for analysis of global RNA synthesis in hypoxia using imaging. Click-chemistry labeling of RNA has not previously been performed under hypoxia and allows visualization of global RNA changes at the single cell level. This approach complements the existing averaged RNA techniques, allowing direct visualization of cell-to-cell changes in global RNA synthesis.

ניתוח של גלובל RNA סינתזה ברמת התא בודד הבאות היפוקסיה

Hypoxia or lowering of the oxygen availability is involved in many physiological and pathological processes. At the molecular level, cells initiate a ...

Measurement of Metabolic Rate in Drosophila using Respirometry

Metabolic disorders are a frequent problem affecting human health. Therefore, understanding the mechanisms that regulate metabolism is a crucial scientific task. Many disease causing genes in humans have a fly homologue, making Drosophila a good model to study signaling pathways involved in the development of different disorders. Additionally, the tractability of Drosophila simplifies genetic screens to aid in identifying novel therapeutic targets that may regulate metabolism. In order to perform such a screen a simple and fast method to identify changes in the metabolic state of flies is necessary. In general, carbon dioxide production is a good indicator of substrate oxidation and energy expenditure providing information about metabolic state. In this protocol we introduce a simple method to measure CO2 output from flies. This technique can potentially aid in the identification of genetic perturbations affecting metabolic rate.

Measurement of Metabolic Rate in Drosophila using Respirometry

Metabolic disorders are among one of the most common diseases in humans. The genetically tractable model organism D. melanogaster can be used to identify novel genes that regulate metabolism. This paper describes a relatively simple method which allows studying the metabolic rate in flies by measuring their CO2 production.