Sequencing Analysis of Non-Squamous Non-Small Cell Lung Cancer Using Integrated Genomic Viewer Software

Please note that all translations are AI generated. Click here for the English version.

73 Views

•

02:11 min

•

September 8th, 2023

DOI :

10.3791/200726-v

September 8th, 2023

•

Christophe Bontoux¹^,²^,³^,⁴^,⁵, Virginie Lespinet-Fabre¹^,²^,³^,⁴, Olivier Bordone¹^,²^,³^,⁴, Virginie Tanga¹^,²^,³^,⁴, Maryline Allegra¹^,²^,³^,⁴, Myriam Salah¹^,²^,³^,⁴, Salomé Lalvée¹^,²^,³^,⁴, Samantha Goffinet¹^,²^,³^,⁴, Jonathan Benzaquen³^,⁴^,⁵^,⁶, Charles-Hugo Marquette³^,⁴^,⁵^,⁶, Marius Ilié¹^,²^,³^,⁴^,⁵, Véronique Hofman¹^,²^,³^,⁴^,⁵, Paul Hofman¹^,²^,³^,⁴^,⁵

¹Laboratory of Clinical and Experimental Pathology, Centre Hospitalier Universitaire de Nice, Université Côte d’Azur, CHU de Nice, ²Hospital-Integrated Biobank (BB-0033-00025), Université Côte d'Azur, Hôpital Pasteur, CHU de Nice, ³Institut Hospitalo-Universitaire (IHU), RespirERA, Université Côte d'Azur, Hôpital Pasteur, CHU de Nice, ⁴FHU OncoAge, Université Côte d'Azur, ⁵Team 4, Institute of Research on Cancer and Aging (IRCAN), CNRS INSERM, Centre Antoine-Lacassagne, Université Côte d'Azur, ⁶Department of Pulmonary Medicine and Thoracic Oncology, Centre Hospitalier Universitaire de Nice, Université Côte d'Azur

Transcript

כדי להתחיל, פתח את תוכנת המציג הגנומי המשולב. בתפריט תוצאות, לחץ על תוצאות לדוגמה. לאחר מכן לחץ על שם המדגם של עניין מעמודת שם המדגם כדי להציג תוצאות רצף.

כדי לסקור את תוצאות תוסף ניתוח הכיסוי המולקולרי, בפינה השמאלית העליונה, לחץ על הורד קבצים. לאחר מכן, בסיכום ההפעלה, לחץ על הכרטיסיה הפעל דוח כדי להציג מדדי בדיקה והפעל דוח. כדי להציג את התוצאה SNV ו- INDEL, לחץ על הכרטיסיה שונות ולאחר מכן לחץ על SNV ו- INDELs.

לחץ על ערוך מסננים ובחר ללא מסנן. לאחר מכן, לחץ על הכרטיסייה שונות ולאחר מכן על היתוך כדי להציג תוצאות היתוך בגרסאות אקסון RNA. בפינה השמאלית העליונה, לחץ על תצוגה חזותית ו- RNA exon variant.

לאחר מכן סקור את תרשים השונות אקסון RNA. לחץ/י על הכרטיסיה ״שונות״ ולאחר מכן בחר/י ״פיוזים״ כדי להציג את חוסר האיזון של איחוי אריח האילון של RNA. בפינה השמאלית העליונה, לחץ על תצוגה חזותית ולאחר מכן על RNA Exon Tile Fusion Imbalance וסקור את התרשימים RNA Exon Tile Fusion Imbalance.

בכרטיסייה שונות, לחץ על CNV כדי להציג תוצאות CNV. לבסוף, צור דוח וריאנט על ידי לחיצה על הקישור להורדת ה- PDF. מחקר זה מייצג את הניתוח המולקולרי שבוצע ב -259 חולים עם NS-NSCLC כולל סוגי ביופסיה שונים ודגימות כירורגיות.

הגנים המוטנטיים המניעים ואיחוי הגנים נצפו גם בניתוח DNA-RNA. רגישות השיטה לאיתור החדרות ומחיקות של שונות נוקלאוטידים בודדים, שונות מספרי העתקה ואיחוי הייתה גבוהה ונעה בין 91.67% ל-100%

Explore More Videos

Sequencing Analysis

Non squamous Non small Cell Lung Cancer

Integrated Genomic Viewer Software

Molecular Coverage Analysis