כדי להתחיל, הורד והתקן את התוכנה הנדרשת עבור רפלקס אופטוקיני מבוסס Python, או ניתוח PyOKR. במחשב Windows, הפעל מ- PyOKR ייבוא OKR_win כ- o ולאחר מכן o.run. לאחר פתיחת ממשק המשתמש, לחץ על קובץ ולאחר מכן פתח כדי לפתוח דפדפן לבחירת קובץ הגל הרצוי.
כדי לבחור תיקיית פלט, לחץ על תיקיית ייצוא. תחת קובץ הפלט, הזן את שם קובץ הניתוח הסופי. בחר הגדר נושא תחת קובץ כדי להגדיר את התוכנית עבור חיה בודדת.
כדי להגדיר פרמטרים לגירוי, עבור לבחירת כיוון גירוי והגדר כיווניות בין ארבעת הכיוונים הקרדינליים. תחת בחר סוג גירוי, בחר חד-כיווני, מתנודד או אלכסוני. לאחר מכן, באמצעות פונקציות ראש וזנב, להגדיר את משך הזמן ללא גירוי בהתחלה ובסוף.
הגדר את אורך התקופה, אורך הגירוי שלאחר מכן ומספר התקופות. לגירויים חד-כיווניים ואלכסוניים, הגדר מהירות אופקית ומהירות אנכית במעלות לשנייה וציין את קצב המסגרות של הלכידה. עבור גירויים סינוסואידליים, התאם את התדירות ואת המשרעת.
באמצעות יצירת וקטור גירוי מפרמטרים, צור את המודל המתאים ממידע גירוי הקלט ולחץ על בחר תקופה כדי לסרוק עד לקובץ גל כולל. לחצו על נתונים לא מסוננים או על נתוני סינון לצורך התאמה ראשונית כדי לבחור אוטומטית סקאדות פאזה מהירה בהתבסס על שינויי מהירות מרביים. תחת נתונים לא מסוננים, ודא שהסקאדות נבחרו במדויק באמצעות נקודה כחולה.
שמור את הנקודות באמצעות לחצן העכבר האמצעי וסגור את התרשים. אם יש צורך בסינון אוטומטי, הגדר את סף ניקוד Z של המסנן ולחץ על סנן נתונים כדי לסנן סקאדות באופן אוטומטי. לאחר בחירת סקאדה נכונה, לחצו על 'התאמת נקודה' לבחירת האזור להסרה.
שנה את הנקודות העליונות והתחתונות ושמור באמצעות לחצני העכבר. באמצעות סדר פולינומי קבוע, הגדר את מודל הפולינום המתאים לפאזות איטיות בודדות. בחר ניתוח סופי כדי ליצור את מודלי הפאזה האיטית ולחשב את המרחקים, המהירויות ורווחי המעקב הממוצעים לאורך התקופה.
בחר הצג גרף דו-ממדי או הצג גרף תלת-ממדי כדי להציג את הגרף הדו-ממדי או התלת-ממדי של האזורים שנבחרו. בחר הוסף תקופה לשמירה כדי ליצור ערכים קולקטיביים ובחר הצג את ערכת הנתונים הנוכחית כדי להציג את כל הערכים והממוצעים שנוספו עבור חיה נתונה. לאחר חזרה על התהליך כולו עבור כל הקבצים עבור חיה נתונה, צור ערכת נתונים סופית הכוללת את כל נתוני הגל.
לבסוף, יצא את מערך הנתונים באמצעות נתוני ייצוא והמשך לנתוני בעלי החיים הבאים. ניתוח PyOKR בעכברי נוקאאוט מותנה Tbx5 הצביע על כך שבעלי חיים אלה שומרים על רווחי מעקב אופקיים נורמליים בהשוואה לעכברי בר. עם זאת, עכברים אלה הראו אובדן משמעותי של מעקב אנכי, עם רווחים כמעט אפסיים בתגובה לגירויים כלפי מעלה וכלפי מטה.
בנוסף, ניתוח של תגובות סינוסואידליות אישר כי עכברי נוקאאוט מותנה Tbx5 הציגו רווחי מעקב אופקיים גדולים יותר תוך הראו ירידה משמעותית במעקב אנכי.
