הדמיה של אורגנואידים שמקורם בסרטן המעי הגס בהידרוג'ל פפטידי להערכת ההשפעות של פפטידים בהרכבה עצמית על הידבקות תאים

כדי להתחיל, צלם את דגימות האורגנואידים המוכתמות מ- SW1222 במיקרוסקופ אפיפלואורסצנטי במהירות של 10x. השתמש רק בערוצי Rhod ו- DAPI. הפעל את תוכנת ImageJ ולחץ על תוסף, ואחריו פקודות מאקרו.

לאחר מכן הפעל כדי להפעיל את ממיר החזר ההשקעה של ImageJ. קובץ py מאתר GitHub של Cell Pose . כאשר מופיע חלון, בחר את הקובץ הראשון מתיקיית האורגנואיד של המעי הגס ולחץ על פתח.

לאחר מכן בחר את הסג. קובץ NPY המתאים לקובץ הראשון ולחץ על פתח. לאחר מכן, לחץ על בחר הכל בחלון מנהל החזר ההשקעה ולחץ על מדידה.

כעת, לחץ על קובץ, ואחריו שמור בשם בחלון התוצאות כדי לשמור את התוצאות. חזור על המרת תמונה עבור אותה תמונה בתיקייה עבור לומן אורגנואיד המעי הגס. לאחר מכן, טען את תוכנת Origin Pro, לחץ על נתונים, ואחריו קובץ ייבוא כדי לאתר את אשף הייבוא.

בחרו שני קובצי CSV המתאימים למאפיינים האורגנואידים ולמאפיינים בצורת לומן לאותה תמונה. העתק את התכונות בצורת לומן לעמודת תוצאות המושבה כדי להתאים כל מדידת לומן למושבה המתאימה לה. בטור חדש, מחלקים את שטחי הלומן והמושבה כדי להניב את שטח הלומן היחסי של המושבה המקבילה.

בחר את העמודה המתאימה למעגליות של כל מושבה ואזור לומן. לאחר מכן, לחץ ברצף על העלילה, 2D בסיסי, ופיזור. לחץ לחיצה ימנית על חלון העלילה ובחר פרטי העלילה.

לחץ על הכרטיסייה centroid pro ובחר את האפשרויות לקרוא להציג נקודת centroid עבור subset, להתחבר לנקודות נתונים, ולהציג אליפסה. התאים שגודלו בתרבית דו-ממדית היו בעלי שונות גבוהה מאוד במעגליות המושבה. התאים שגודלו בתרבית במטריג'ל היו בעלי תפוצה נרחבת יותר ביחס לגודלו היחסי של הלומן.