עבודה זו נתמכה על ידי Fonds היגיינה של הרפואי של אוניברסיטת גראץ. כל הנבדקים נתנו את הסכמתם המיודעת. לאישור מוסדי של פרוטוקול המחקר שהתקבלו לרפואה של אוניברסיטת גראץ.

1. הדגימה אוסף <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הסר קבוע palatal expanders לאחר 4 חודשי עבודות שירות intraoral. השתמש המערכת נולה שדה יבש לבודד את המכשירים לפני הסרתם (איורים 1 ו -2). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> השתמש צבת מעוקרים, כפפות מגשי להסיר expanders מבלי להוסיף זיהום (איורים 3 ו -4). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> חנות חפצים Sarstedt 120 מ&quot;ל בקבוקונים ב -20 ° C. קח למעבדה על הקרח תהליך בתוך 24 שעות. </li></ol> 2. Biofilm קיבעון <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לגרד biofilm פתיתים עם אזמל סטרילי, או לאסוף חתיכות עם מלקחיים סטרילית. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הוסף קר כקרח 4% פתרון PFA עד המדגם הוא מכוסה היטב. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> דגירה את התערובת על 4 ° C (לא להקפיא) למשך 3 עד 12 שעות. פעמים קיבעון ארוכים או קיבעון בטמפרטורות גבוהות עלול להפוך את מעטפות תא של גרם שליליים תאים חדירים פחות בדיקות oligonucleotide. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הסר פתרון PFA ולשטוף עם קרים כקרח 1X PBS. חזור על פעולה זו 2-3 פעמים rסר PFA שיורית. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Resuspend המדגם כרך 1. קר כקרח 1X PBS ולהוסיף 1 כרך. קר כקרח 96% (v / v) אתנול. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אחסן את המדגם ב -20 ° C. דוגמאות קבוע על פי פרוטוקול זה יכול להיות מאוחסן במשך מספר חודשים עד שנים. </li></ol> 3. התייבשות של דוגמאות קבוע <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> החל μl 5-30 של החומר-PFA קבוע מדגם המיקרוסקופ שקופית. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> יבש ב 46 מעלות צלזיוס כ 15 דקות או בטמפרטורת החדר למשך זמן ארוך יותר. ההפשרה ליזוזים ואת לפוראמיד. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הוסף 250 μl של ליזוזים (1mg/ml) בטמפרטורת החדר למשך 10 דקות, ובכך להקל על חדירה של בדיקות לתוך התאים על ידי נטרולם של קירות התא. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> טובלים להחליק לתוך 50%, 80% ו 96% (v / v) אתנול עבור 3 דקות כל אחד. ההשפעה dehydrating של הסדרה ריכוז האתנול יהיה לפורר את קרום התא. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> יבש את השקופיות על 46 מעלות צלזיוס למשך 10 דקות. </li></ol> 4. In-situ הכלאה <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכן 1 מ&quot;ל שלהכלאה חיץ טרי (ראה לוח 1 עבור ריכוזים). ריכוזים לפוראמיד השתמשו במחקר זה: 10% (EUBmix), 20% (Bac303, POGI, MUT590) או 45% (LGCmix). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ההפשרה פתרונות בדיקה oligonucleotide. בדיקות מופשר יש לשמור על הקרח ומוגן מפני אור. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הוסף 2 μl של בדיקה לכל 200 μl של חיץ הכלאה, ומערבבים היטב וליישם את התערובת המדגם מיובש על שקופיות מיקרוסקופ. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מניחים פיסת נייר לתוך צלחת פטרי רבוע ויוצקים את החיץ הכלאה שנותרו על הנייר את הרקמה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מיד למקום את השקופית אופקית לתוך התבשיל ולסגור את המנה. דגירה בתנור על 46 מעלות צלזיוס במשך 1-5 שעות (90 דקות יספיקו ברוב המקרים). הפונקציות צלחת כמו חדר לחות ומניעת אידוי של פתרון הכלאה של השקופית. בפרט, אידוי לפוראמיד יכול לגרום הלא ספציפית מחייב בדיקה ליעד הלא תאים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכן 50 מ&quot;ל של חיץ כביסה (ראו טבלה 2 עבור concentrations). הכן את החיץ כביסה בתוך שפופרת 50 מ&quot;ל ו - מחממים עד 48 מעלות צלזיוס באמבט מים. צעד כביסה מבוצעת 48 ° C. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הסר את צלחת עם שקופית מהתנור הכלאה. מיד לשטוף את המאגר הכלאה עם נפח קטן של חיץ מראש חימם כביסה, ולהעביר את השקופית לתוך המאגר כביסה הנותרים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מניחים את הצינור המכיל את מאגר כביסה השקופית בחזרה לאמבטיה מים לדגור על 48 מעלות צלזיוס במשך 10-15 דקות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הסר שקופיות הצינור לטבול לתוך קר כקרח DDH 2 O ל 2-3 שניות כדי לחסל חיץ כביסה שיורית. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אוויר יבש השקופיות מהר ככל האפשר (את השימוש של אוויר דחוס מומלץ). ייבוש מהיר תפחית בדיקה דיסוציאציה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מגלשות יבשים ניתן לאחסן בחושך ב -20 מעלות צלזיוס במשך כמה שבועות ללא איבוד משמעותי של אות בדיקה שמעניקה פלואורסצנטי. </li></ol> 5. מיקרוסקופיה <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אחרי הדגים כביסה, Apply שתי טיפות antifadent לסגור את הקצוות השמאליים והימניים של שקופית (פרוסות קפוא יש לחמם לטמפרטורת החדר לפני שלב זה). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מקום כיסוי מיקרוסקופ להחליק על גבי ולהמתין עד antifadent התפשט על פני השקופית כולה. שים לב כי כמות מוגזמת של antifadent יכול לטשטש את תמונת מיקרוסקופ. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שים את דגימות תחת מיקרוסקופ סורק לייזר confocal מצויד מסננים או לייזרים מתאים. השתמשנו TCS לייקה יחידה (HCX PL APO/63x: NA 1.2). הנתונים ניתן לנתח עם תוכנות כגון IMARIS או עמירה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שקופיות מוטבעים antifadent ניתן לאחסן 4 ° C (לא להקפיא) עד 7 ימים לפני בדיקה, שמעניקה הקרינה מתחילה לרדת. לחלופין, antifadent ניתן להסיר עם DDH 2 O, ואת השקופיות יבשים ניתן לאחסן -20 ° C במשך תקופה ארוכה של זמן. </li></ol> 6. נציג תוצאות: אוספות את biofilm מכשירים אורתודונטים קבועים (איור 5) תשואות פתיתים מתאים (איור 6) כי יכול להיות הכלאה ישירות על שקופיות הזכוכית מצופה עבור במיקרוסקופ. בדרך זו, קבוצות שונות של חיידקים orobiome ניתן לזהות את הסביבה הטבעית תלת ממדי על ידי rRNA תיוג חיידקי עם בדיקות ספציפיות שכותרתו שונה (איורים 7 ו -8). באיור 7, biofilm היה מוכתם EUBmix (ירוק, כל החיידקים) ו LGCmix (צהוב, Firmicutes). Firmicutes מופיעים ירוק, כפי שהם היו מוכתמות צהוב וכחול. באיור 8, biofilm היה מוכתם EUBmix (אדום, כל החיידקים), Bac303 (כחול, Bacteroidetes) ו POGI (צהוב, gingivalis Porphyromonas). Gingivalis Porphyromonas מוצג לבן צהבהב, כמו בכל שלוש בדיקות להיקשר ל-DNA שלו, את החפיפה תוצאות הצבעים אות לבנה. הבדלים מורפולוגיים בין קבוצות של חיידקים יכולים גם להיות מזוהה (איורים 9 ו -10). אשכולות גדולים של חיידקים coccoid מוצגים באיור 9, שם מכתים בוצע EUBmix (ירוק, כל תואר ראשוןcteria). צורות שונות של חיידקים דרך הפה היו דמיינו איור 10, שבו חיידקים coccoid ו פילמנטיות ניתן להבחין על ידי צביעה עם EUBmix (אדום). כמו כן, מבנה אופייני דמוי הפטרייה של biofilm יכול להיות מעובד באמצעות מודלים 3D של הנתונים CLSM (איורים 11 ו -12) <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/2967/Film1 Klug Santigli 01_2_JES_Web.mov">לחץ כאן כדי לצפות בסרט של מודלים 3D.</a> <img alt="איור 1" src="/files/ftp_upload/2967/2967fig1.jpg" /> באיור 1. קבוע palatal expander באתרם. <img alt="איור 2" src="/files/ftp_upload/2967/2967fig2.jpg" /> איור 2. מערכת נולה שדה יבש. <img alt="איור 3" src="/files/ftp_upload/2967/2967fig3.jpg" /> באיור 3. צבת הוא עיקר, כפפות מגש. <img alt="איור 4" src="/files/ftp_upload/2967/2967fig4.jpg" /> איור 4. הוסר ההרחבה. <img alt="איור 5" src="/files/ftp_upload/2967/2967fig5.jpg" /> איור 5. אוספות את biofilm עם אזמל סטרילי. <img alt="איור 6" src="/files/ftp_upload/2967/2967fig6.jpg" /> איור 6. פתיתים שרף הכלאה ישירות על שקופיות הזכוכית מצופה. <img alt="איור 7" src="/files/ftp_upload/2967/2967fig7.jpg" /> איור 7 תמונה CLSM:. בידול של קבוצת חיידקים ספציפיים. כיסוי 2D ערימת נתונים 3D CLSM. Biofilm מוכתם EUBmix (ירוק, כל החיידקים) ו LGCmix (צהוב, Firmicutes). <img alt="איור 8" src="/files/ftp_upload/2967/2967fig8.jpg" /> איור 8 תמונה CLSM:. בידול של קבוצת חיידקים ספציפיים. כיסוי 2D ערימת נתונים 3D CLSM. Biofilm מוכתם EUBmix (אדום, כל החיידקים), Bac303 (כחול, Bacteroidetes) ו POGI (צהוב, gingivalis Porphyromonas). <img alt="איור 9" src="/files/ftp_upload/2967/2967fig9.jpg" /> איור 9 תמונה CLSM:. בידול של מורפולוגיות ספציפיים. כיסוי 2D ערימת נתונים 3D CLSM. Biofilm מוכתם EUBmix (ירוק, כל החיידקים). אשכולות גדולים של חיידקים coccoid (חיצים). <img alt="איור 10" src="/files/ftp_upload/2967/2967fig10.jpg" /> . איור 10 CLSM תמונות: בידול של מורפולוגיות ספציפיים. כיסוי 2D ערימת נתונים 3D CLSM. Biofilm מוכתם EUBmix (אדום, כל החיידקים). Coccoid (חץ למטה) וחיידקים פילמנטיות (חץ למעלה) ניתן להבחין. <img alt="איור 11" src="/files/ftp_upload/2967/2967fig11.jpg" /> איור 11. מבנה פטריות, תצוגות 3D מלמטה. ערימות של biofilm פתיתים (לגרד פני השטח של מכשיר אורתודונטי), מוכתם EUBmix ו processed עם IMARIS (תמונה CLSM). <img alt="איור 11" src="/files/ftp_upload/2967/2967fig11.jpg" /> איור 12. מבנה פטריות, להציג צד 3D. ערימות של biofilm פתיתים (לגרד פני השטח של מכשיר אורתודונטי) מעובד עם IMARIS (תמונה CLSM). <table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td colspan="4"> הכלאה חיץ (200 μl) </td></tr><tr><td> לפוראמיד ריכוז </td><td> 10% </td><td> 20% </td><td> 45% </td></tr><tr><td> 5 M NaCl </td><td> 36 </td><td> 36 </td><td> 36 </td></tr><tr><td> 1 M טריס-HCl </td><td> 4 </td><td> 4 </td><td> 4 </td></tr><tr><td> 2% SDS </td><td> 1 </td><td> 1 </td><td> 1 </td></tr><tr><td> FA </td><td> 20 </td><td> 40 </td><td> 90 </td></tr><tr><td><strong&gt; DDH 2 O </td><td> 138 </td><td> 118 </td><td> 68 </td></tr><tr><td> כל בדיקה FISH </td><td> 2 </td><td> 2 </td><td> 2 </td></tr></tbody></table> טבלה 1. מרכיבי חיץ הכלאה (ריכוזים ב μl). <table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td colspan="4"> חיץ כביסה (50 מ&quot;ל) </td></tr><tr><td> לפוראמיד ריכוז </td><td> 10% </td><td> 20% </td><td> 45% </td></tr><tr><td> 5 M NaCl </td><td> 4500 </td><td> 2150 </td><td> 300 </td></tr><tr><td> 1 M טריס-HCl </td><td> 1000 </td><td> 1000 </td><td> 1000 </td></tr><tr><td> 0.5 M EDTA </td><td> 0 </td><td> 500 </td><td> 500 </td></tr><tr><td> DDH 2 O </td><td> 44 500 </td><td> 46 350 </td&gt; <td> 48 200 </td></tr></tbody></table> טבלה 2. מרכיבי חיץ כביסה (ריכוזים ב μl). סרט 1. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/2967/Film1 Klug Santigli 01_2_JES_Web.mov">לחץ כאן כדי לראות את הסרט.</a>

<ol>
	<li>Sunde, P. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluorescence+in+situ+hybridization+(FISH)+for+direct+visualization+of+bacteria+in+periapical+lesions+of+asymptomatic+root-filled+teeth.">Fluorescence in situ hybridization (FISH) for direct visualization of bacteria in periapical lesions of asymptomatic root-filled teeth.</a> Microbiology. 149, 1095-1102 (2003).</li><li>Sussman, M., Loya, Y., Fine, M., Rosenberg, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+marine+fireworm+Hermodice+carunculata+is+a+winter+reservoir+and+spring-summer+vector+for+the+coral-bleaching+pathogen+Vibrio+shiloi.">The marine fireworm Hermodice carunculata is a winter reservoir and spring-summer vector for the coral-bleaching pathogen Vibrio shiloi.</a> Environ. Microbiol. 5, 250-255 (2003).</li><li>Kolenbrander, P. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Communication+among+oral+bacteria.">Communication among oral bacteria.</a> Microbiol. Mol. Biol. Rev. 66, 486-505 (2002).</li><li>Zijnge, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Oral+biofilm+architecture+on+natural+teeth.">Oral biofilm architecture on natural teeth.</a> PLoS One. 5, e9321-e9321 (2010).</li><li>Thurnheer, T., Gmur, R., Giertsen, E., Guggenheim, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Automated+fluorescent+in+situ+hybridization+for+the+specific+detection+and+quantification+of+oral+streptococci+in+dental+plaque.">Automated fluorescent in situ hybridization for the specific detection and quantification of oral streptococci in dental plaque.</a> J. Microbiol. Methods. 44, 39-47 (2001).</li><li>Hojo, K., Nagaoka, S., Ohshima, T., Maeda, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+interactions+in+dental+biofilm+development.">Bacterial interactions in dental biofilm development.</a> J. Dent. Res. 88, 982-990 (2009).</li><li>Jung, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Visualization+of+initial+bacterial+colonization+on+dentine+and+enamel+in+situ.">Visualization of initial bacterial colonization on dentine and enamel in situ.</a> J. Microbiol. Methods. 81, 166-174 (2010).</li><li>Al-Ahmad, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+colonization+of+enamel+in+situ+investigated+using+fluorescence+in+situ+hybridization.">Bacterial colonization of enamel in situ investigated using fluorescence in situ hybridization.</a> J. Med. Microbiol. 58, 1359-1366 (2009).</li><li>Bryers, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Medical+biofilms.">Medical biofilms.</a> Biotechnol. Bioeng. 100, 1-18 (2008).</li><li>Cardinale, M., Vieira de Castro, J., Muller, H., Berg, G., Grube, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+situ+analysis+of+the+bacterial+community+associated+with+the+reindeer+lichen+Cladonia+arbuscula+reveals+predominance+of+Alphaproteobacteria.">In situ analysis of the bacterial community associated with the reindeer lichen Cladonia arbuscula reveals predominance of Alphaproteobacteria.</a> FEMS Microbiol. Ecol. 66, 63-71 (2008).</li><li>Aas, J. A., Paster, B. J., Stokes, L. N., Olsen, I., Dewhirst, F. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Defining+the+normal+bacterial+flora+of+the+oral+cavity.">Defining the normal bacterial flora of the oral cavity.</a> J. Clin. Microbiol. 43, 5721-5732 (2005).</li><li>Chin, M. Y., Busscher, H. J., Evans, R., Noar, J., Pratten, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Early+biofilm+formation+and+the+effects+of+antimicrobial+agents+on+orthodontic+bonding+materials+in+a+parallel+plate+flow+chamber.">Early biofilm formation and the effects of antimicrobial agents on orthodontic bonding materials in a parallel plate flow chamber.</a> Eur. J. Orthod. 28, 1-7 (2006).</li><li>Loy, A., Maixner, F., Wagner, M., Horn, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=probeBase--an+online+resource+for+rRNA-targeted+oligonucleotide+probes:+new+features+2007.">probeBase--an online resource for rRNA-targeted oligonucleotide probes: new features 2007.</a> Nucleic. Acids. Res. 35, (2007).</li><li>Diaz, P. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+characterization+of+subject-specific+oral+microflora+during+initial+colonization+of+enamel.">Molecular characterization of subject-specific oral microflora during initial colonization of enamel.</a> Appl. Environ. Microbiol. 72, 2837-2848 (2006).</li><li>Dige, I., Nilsson, H., Kilian, M., Nyvad, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+situ+identification+of+streptococci+and+other+bacteria+in+initial+dental+biofilm+by+confocal+laser+scanning+microscopy+and+fluorescence+in+situ+hybridization.">In situ identification of streptococci and other bacteria in initial dental biofilm by confocal laser scanning microscopy and fluorescence in situ hybridization.</a> Eur. J. Oral Sci. 115, 459-467 (2007).</li><li>Kolenbrander, P. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+interactions+and+successions+during+plaque+development.">Bacterial interactions and successions during plaque development.</a> Periodontology. 42, 47-79 (2000).</li><li>Kolenbrander, P. E., Palmer, R. J., Periasamy, S., Jakubovics, N. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Oral+multispecies+biofilm+development+and+the+key+role+of+cell-cell+distance.">Oral multispecies biofilm development and the key role of cell-cell distance.</a> Nat. Rev. Microbiol. 8, 471-480 (2010).</li><li>Chalmers, N. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+quantum+dot+luminescent+probes+to+achieve+single-cell+resolution+of+human+oral+bacteria+in+biofilms.">Use of quantum dot luminescent probes to achieve single-cell resolution of human oral bacteria in biofilms.</a> Appl. Environ. Microbiol. 73, 630-636 (2007).</li><li>Wecke, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+technique+for+monitoring+the+development+of+bacterial+biofilms+in+human+periodontal+pockets.">A novel technique for monitoring the development of bacterial biofilms in human periodontal pockets.</a> FEMS Microbiol. Lett. 191, 95-101 (2000).</li><li>Moter, A., Gobel, U. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluorescence+in+situ+hybridization+(FISH)+for+direct+visualization+of+microorganisms.">Fluorescence in situ hybridization (FISH) for direct visualization of microorganisms.</a> J. Microbiol. Methods. 41, 85-112 (2000).</li></ol>

אין ניגודי אינטרסים הכריז.

להלן פרוטוקול המתואר היא גישה מעשית מאוד biofilms מכתים שנאספו חומרים קשים. דגימה הכלאה השלבים הקריטיים ביותר. במהלך הדגימה, יש להקפיד כי פרוסות בעובי הולם נאספים כדי להבטיח את מבנה biofilm נשאר שלם. במהלך ההכלאה, זה חיוני כדי למנוע תנודות מוגזמות בטמפרטורה, ובכך נמנע הלא ספציפית מחייב, או אובדן של הכריכה, של בדיקות שכותרתו fluorescently. זה פרוטוקול FISH היא שיטה אלגנטית להכתים biofilm הטרוגנית רגילה ישירות על שקופיות זכוכית מבלי לשבש את הרכבו. השקופיות יכול מיד לשמש מיקרוסקופיה ללא צורך להזיז את המדגם שוב. בדרך זו, שיפור פני מכתים בתוך צינורות מושגת על ידי כוח גזירה פחות מוחל על biofilm. Slices&gt; 50 מיקרומטר עבה יכול להיות מוכן לחקור באופן זה.

<table border="1">
	<tbody>
		<tr>
			<th>Oligonucleotides</th>
			<th>Target organism</th>
			<th>Fluorochrome</th>
		</tr>
		<tr>
			<td>EUB338 - 338III</td>
			<td>Eubacteria</td>
			<td>Cy3</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LGC354 A-C</td>
			<td>Firmicutes</td>
			<td>FITC</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bac303</td>
			<td>Bacteroidetes</td>
			<td>Cy5</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mut590</td>
			<td>Streptococcus mutans</td>
			<td>FITC</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>POGI</td>
			<td>Porphyromonas gingivalis</td>
			<td>FITC</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
Table 3. Oligonucleotides (refer to probeBase13 for details).
<table border="1">
	<tbody>
		<tr>
			<th>Component</th>
			<th>Company</th>
			<th>Comments</th>
		</tr>
		<tr>
			<td>4% paraformaldehyde</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>4% solution in PBS</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1 x PBS</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>3 x solution prepared</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ddH2O</td>
			<td>Millipore</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethanol (100%)</td>
			<td>Merck</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lysozyme</td>
			<td>Roth</td>
			<td>100 mg/ml stock solution</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formamide</td>
			<td>Roth</td>
			<td>99.5% solution</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5 M NaCl</td>
			<td>Roth</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1 M Tris-HCl</td>
			<td>Roth</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2% SDS</td>
			<td>Roth</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FISH probes (oligonucleotides)</td>
			<td>Invitrogen, Sigma</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ProLong Gold antifadent</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nail polish</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<th>Equipment</th>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Incubator</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water bath</td>
			<td>IKA Tez</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50 ml tubes</td>
			<td>Sarstedt</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polysine-coated slides</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
Table 4. Materials and equipment.

oral biofilm analysis of palatal expanders by fluorescence in-situ hybridization and confocal laser scanning microscopy

לייזר Confocal מיקרוסקופיית (CLSM) של biofilm הטרוגנית טבעית היום בהנחייתם של מגוון רחב של טכניקות צביעה, אחד מהם הוא הקרינה הכלאה באתרו (FISH). 1,2 ביצענו מחקר פיילוט שבו דגימות biofilm אוראלי שנאספו קבוע מכשירי אורתודונטי (palatal expanders) הוכתמו על ידי דגים, המטרה להיות כדי להעריך את הארגון התלת מימדי של biofilm טבעי הצטברות פלאק. 3,4 דגים יוצר הזדמנות להכתים תאים בסביבה biofilm האם שלהם על ידי שימוש 16S שכותרתו fluorescently rRNA במיקוד בדיקות. 4-7,19 לעומת טכניקות חלופיות כמו תיוג immunofluorescent, זוהי טכניקה זולה, וסימון מדויק וישיר לחקור קבוצות חיידקים שונים קונסורציומים biofilm מעורבת. 18,20 בדיקות כלליות שימשו אשר נקלטות על ידי Eubacteria ( EUB338 + + EUB338II EUB338III; להלן EUBmix), 8-10 Firmicutes (LGC354 AC;. LGCmix להלן), 9,10 ו Bacteroidetes (Bac303) 11 בנוסף, בדיקות ספציפיות מחייב mutans סטרפטוקוקוס (MUT590) 12,13 ו gingivalis Porphyromonas (POGI) 13,14 שימשו . הקשיות קיצונית של החומרים משטח מעורב (נירוסטה שרף אקרילי) אילצה אותנו למצוא דרכים חדשות להכנת biofilm. כאשר חומרים אלה משטח לא ניתן לחתוך בקלות עם cryotome, שיטות דגימה שונים נחקרו להשיג biofilm אוראלי ללא פגע. עביד ביותר של גישות אלה מוצגת בתקשורת זו. פתיתים קטנים של שרף biofilm נושאי אקריליק היו לגרד עם אזמל סטרילי, נזהרת שלא לפגוע במבנה biofilm. מלקחיים ששימשו לאיסוף biofilm מן משטחי פלדה. לאחר שנאספו, מהדגימות היו קבועים ממוקם ישירות על polysine שקופיות זכוכית מצופה. FISH בוצעה ישירות עם מ &#39;בדיקות בשקופיות אלהentioned לעיל. פרוטוקולים דגים שונים היו משולבים שונה כדי ליצור פרוטוקול חדש זה היה קל להתמודד. 5,10,14,15 לאחר מכן הדגימות נותחו על ידי מיקרוסקופ לייזר confocal סריקה. ידוע תצורות 3,4,16,17 יכול להיות דמיינו, כולל פטריות בסגנון תצורות ואשכולות של חיידקים coccoid הספוגה ערוצים. בנוסף, הרכב חיידקי של מבנים אלה biofilm טיפוסי נותחו ותמונות 2D and 3D נוצר.

Watch this Scientific Journal Video about Oral Biofilm Analysis of Palatal Expanders by Fluorescence In-Situ Hybridization and Confocal Laser Scanning Microscopy at JoVE.com

Oral Biofilm Analysis of Palatal Expanders by Fluorescence In-Situ Hybridization and Confocal Laser Scanning Microscopy

אנו מציגים פרוטוקול לניתוח מבניים ההלחנה של biofilm אוראלי טבעי עם מכשירים אורתודונטים<em&gt; באתרו</emהכלאה&gt; (FISH) ו מיקרוסקופיה confocal סריקת לייזר (CLSM). דגימות biofilm אוראלי נאספו palatal expanders, גירוד, שרף אקרילי פתיתי את פני השטח שלהם ומתייחסים אליהם לעיבוד מולקולרית.

Biofilm ניתוח שבעל פה של Palatal expanders על ידי הכלאה ב-situ פלואורסצנטי מיקרוסקופיה Confocal סריקת לייזר

Confocal laser scanning microscopy (CLSM) of natural heterogeneous biofilm is today facilitated by a comprehensive range of staining techniques, one of ...

oral-biofilm-analysis-palatal-expanders-fluorescence-situ

Research

JoVE Journal

Medicine

15.9K Views.  Medical University of Graz. אנו מציגים פרוטוקול לניתוח מבניים ההלחנה של biofilm אוראלי טבעי עם מכשירים אורתודונטים באתרו (FISH) ו מיקרוסקופיה confocal סריקת לייזר (CLSM). דגימות biofilm אוראלי נאספו palatal expanders, גירוד, שרף אקרילי פתיתי את פני השטח שלהם ומתייחסים אליהם לעיבוד מולקולרית.

Video: Oral Biofilm Analysis of Palatal Expanders by Fluorescence In-Situ Hybridization and Confocal Laser Scanning Microscopy

Probe-based Confocal Laser Endomicroscopy of the Urinary Tract: The Technique

Probe-based confocal laser endomicroscopy (CLE) is an emerging optical imaging technology that enables real-time in vivo microscopy of mucosal surfaces during standard endoscopy. With applications currently in the respiratory1 and gastrointestinal tracts,2-6 CLE has also been explored in the urinary tract for bladder cancer diagnosis.7-10 Cellular morphology and tissue microarchitecture can be resolved with micron scale resolution in real time, in addition to dynamic imaging of the normal and pathological vasculature.7
The probe-based CLE system (Cellvizio, Mauna Kea Technologies, France) consists of a reusable fiberoptic imaging probe coupled to a 488 nm laser scanning unit. The imaging probe is inserted in the working channels of standard flexible and rigid endoscopes. An endoscope-based CLE system (Optiscan, Australia), in which the confocal endomicroscopy functionality is integrated onto the endoscope, is also used in the gastrointestinal tract. Given the larger scope diameter, however, application in the urinary tract is currently limited to ex vivo use.11 Confocal image acquisition is done through direct contact of the imaging probe with the target tissue and recorded as video sequences. As in the gastrointestinal tract, endomicroscopy of the urinary tract requires an exogenenous contrast agent&mdash;most commonly fluorescein, which can be administered intravenously or intravesically. Intravesical administration is a well-established method to introduce pharmacological agents locally with minimal systemic toxicity that is unique to the urinary tract. Fluorescein rapidly stains the extracellular matrix and has an established safety profile.12 Imaging probes of various diameters enable compatibility with different caliber endoscopes. To date, 1.4 and 2.6 mm probes have been evaluated with flexible and rigid cystoscopy.10 Recent availability of a &lt; 1 mm imaging probe13 opens up the possibility of CLE in the upper urinary tract during ureteroscopy. Fluorescence cystoscopy (i.e. photodynamic diagnosis) and narrow band imaging are additional endoscope-based optical imaging modalities14 that can be combined with CLE to achieve multimodal imaging of the urinary tract. In the future, CLE may be coupled with molecular contrast agents such as fluorescently labeled peptides15 and antibodies for endoscopic imaging of disease processes with molecular specificity.

Probe-based confocal laser endomicroscopy enables real-time microscopy of the human urinary tract during cystoscopy, providing dynamic, intravital imaging of pathological states such as bladder cancer with cellular resolution. Endomicroscopy may augment the diagnostic accuracy of standard white light endoscopy and provide intraoperative image guidance to improve surgical resection.

Endomicroscopy בדיקה מבוסס Confocal ליזר בדרכי השתן: הטכניקה

Probe-based  confocal laser endomicroscopy (CLE) is an emerging optical imaging technology  that enables real-time in vivo microscopy of mucosal surfaces ...

Clinicopathological Analysis of miRNA Expression in Breast Cancer Tissues by Using miRNA In Situ Hybridization

In this article, we describe a detailed protocol for miRNA detection in breast cancer tissue using in situ hybridization with a digoxigenin-labelled LNA (Locked Nucleic Acid) probe. The probe was recognized by anti-DIG alkaline phosphatase antibodies and later developed using alkaline phosphatase substrate producing fluorescence signals. Here we utilized miRNA in situ hybridization (MISH) technique to analyze expression of miR-489 in tissues from breast cancer patients. This technique can detect the localization of miRNA of interest in individual tissue samples. This technique can be used to compare the expression of desired miRNA in tumor tissue with that in adjacent normal tissue and to identify the specific structures responsible for expressing this miRNA. This technique can be very useful in answering certain clinical questions, such as role of specific miRNA in the development of cancer. Our results indicate that mammary epithelial cells express significantly higher levels of miR-489 than adjacent tumor cells.

Clinicopathological Analysis of miRNA Expression in Breast Cancer Tissues by Using miRNA In Situ Hybridization

Here we present a protocol to detect miRNA expression in breast cancer patient samples using miRNA in situ hybridization.

ניתוח Clinicopathological ביטוי מירנה שד רקמות סרטן על ידי שימוש מירנה<em&gt; באתרו</em&gt; כלאה

In this article, we describe a detailed protocol for miRNA detection in breast cancer tissue using in situ hybridization with a digoxigenin-labelled LNA ...

Oral Biofilm Sampling for Microbiome Analysis in Healthy Children

Oral biofilm and its molecular analysis provide a basis for investigating various dental research and clinical questions. Knowledge of biofilm composition leads to a better understanding of cariogenic and periopathogenic mechanisms. Microbial changes taking place in the oral cavity during childhood are of interest for several reasons. The evolution of the child oral microbiota and shifts in its composition need to be analyzed further to understand and possibly prevent the onset of disease. At the same time, advanced knowledge of the natural composition of oral biofilm is needed. Early stages of caries-free permanent dentition with healthy gums provide a widely unaffected subgingival habitat that can serve as an in situ baseline for studying features of oral health and disease. Analysis of children's oral biofilm during different stages in life is thus an important theme in the field. Modern molecular analysis methods can provide comprehensive information about the bacterial diversity of such biofilms. To enable microbiota data comparison, it is important to standardize each step in the procedure for molecular data generation. This procedure spans from clinical sampling, Next Generation Sequencing (NGS), bioinformatic data processing, to taxonomic interpretation. One of the most critical factors here is biofilm sampling. Sampling in children is even more challenging in particular due to limited space in subgingival areas. We thus focus on the use of paper points for subgingival sampling. This article provides a detailed protocol for oral biofilm sampling of the subgingival sulcus, the mucosa, and saliva in children.

Changes in the oral microbiome throughout childhood are of growing interest. Comparison of different microbiome studies reveals a lack of standardized sampling protocols. Limited space makes sampling the sound subgingival sulcus of children challenging. Paper point sampling is presented here in detail as the method of choice for this area.

אוראלי Biofilm דגימה לניתוח Microbiome ב ילדים בריאים

Oral biofilm and its molecular analysis provide a basis for investigating various dental research and clinical questions. Knowledge of biofilm composition ...

Second Harmonic Generation Signals in Rabbit Sclera As a Tool for Evaluation of Therapeutic Tissue Cross-linking (TXL) for Myopia

Methods to strengthen tissue by introducing chemical bonds (non-enzymatic cross-linking) into structural proteins (fibrillar collagens) for therapy include photochemical cross-linking and tissue cross-linking (TXL) methods. Such methods for inducing mechanical tissue property changes are being employed to the cornea in corneal thinning (mechanically weakened) disorders such as keratoconus as well as the sclera in progressive myopia, where thinning and weakening of the posterior sclera occurs and likely contributes to axial elongation. The primary target proteins for such tissue strengthening are fibrillar collagens which constitute the great majority of dry weight proteins in the cornea and sclera. Fortuitously, fibrillar collagens are the main source of second harmonic generation signals in the tissue extracellular space. Therefore, modifications of the collagen proteins, such as those induced through cross-linking therapies, could potentially be detected and quantitated through the use of second harmonic generation microscopy (SHGM). Monitoring SHGM signals through the use of a laser scanning microscopy system coupled with an infrared excitation light source is an exciting modern imaging method that is enjoying widespread usage in the biomedical sciences. Thus, the present study was undertaken in order to evaluate the use of SHGM microscopy as a means to measure induced cross-linking effects in ex vivo rabbit sclera, following an injection of a chemical cross-linking agent into the sub-Tenon&#39;s space (sT), an injection approach that is standard practice for causing ocular anesthesia during ophthalmologic clinical procedures. The chemical cross-linking agent, sodium hydroxymethylglycinate (SMG), is from a class of cosmetic preservatives known as formaldehyde releasing agents (FARs). Scleral changes following reaction with SMG resulted in increases in SHG signals and correlated with shifts in thermal denaturation temperature, a standard method for evaluating induced tissue cross-linking effects.

Second Harmonic Generation Signals in Rabbit Sclera As a Tool for Evaluation of Therapeutic Tissue Cross-linking TXL for Myopia

This protocol describes techniques for evaluating chemical cross-linking of the rabbit sclera using&#160;second harmonic generation imaging and differential scanning calorimetry.

השני דור הרמונית אותות ב הארנב בסקלרה ככלי להערכה של רקמות טיפולית cross-linking של קוצר ראייה (TXL)

Methods to strengthen tissue by introducing chemical bonds (non-enzymatic cross-linking) into structural proteins (fibrillar collagens) for therapy ...

Oral Biofilm Formation on Different Materials for Dental Implants

Dental implants and their prosthetic components are prone to bacterial colonization and biofilm formation. The use of materials that provides low microbial adhesion may reduce the prevalence and progression of peri-implant diseases. In view of the oral environment complexity and oral biofilm heterogeneity, microscopy techniques are needed that can enable a biofilm analysis of the surfaces of teeth and dental materials. This article describes a series of protocols implemented for comparing oral biofilm formation on titanium and ceramic materials for prosthetic abutments, as well as the methods involved in oral biofilms analyses at the morphological and cellular levels. The in situ model to evaluate oral biofilm formation on titanium and zirconia materials for dental prosthesis abutments as described in this study provides a satisfactory preservation of the 48 h biofilm, thereby demonstrating methodological adequacy. Multiphoton microscopy allows the analysis of an area representative of the biofilm formed on the test materials. In addition, the use of fluorophores and the processing of the images using multiphoton microscopy allows the analysis of the bacterial viability in a very heterogeneous population of microorganisms. The preparation of biological specimens for electron microscopy promotes the structural preservation of biofilm, images with good resolution, and no artifacts.

Here, we present a protocol to evaluate oral biofilm formation on titanium and zirconia materials for dental prosthesis abutments, including the analysis of bacterial cells viability and morphological characteristics. An in situ model associated with powerful microscopy techniques is used for the oral biofilm analysis.

ביופילמים אוראלי על חומרים שונים עבור שתלים דנטליים

Dental implants and their prosthetic components are prone to bacterial colonization and biofilm formation. The use of materials that provides low ...

Oral Health Assessment by Lay Personnel for Older Adults

Oral health is an often-undervalued contributor to overall health. The literature, however, underscores the myriad of systemic diseases influenced by oral health, including type II diabetes, heart disease, and atherosclerosis. Thus, assessments of oral health, called oral screenings, have a significant role in assessing risk of disease, managing disease, and even improving disease by oral care. Here we present a method to assess oral health quickly and consistently across time. The protocol is simple enough for non-oral health professionals such as students, family, and caregivers. Useful for any age of patient, the method is particularly key for older individuals who are often at risk of inflammation and chronic disease. Components of the method include existing oral health assessment scales and inventories, which are combined to produce a comprehensive assessment of oral health. Thus, oral characteristics assessed include intraoral and extraoral structures, soft and hard tissues, natural and artificial teeth, plaque, oral functions such as swallowing, and the impact this oral health status has on the patient&#39;s quality of life. Advantages of this method include its inclusion of measures and perceptions of both the observer and patient, and its ability to track changes in oral health over time. Results acquired are quantitative totals of questionnaire and oral screening items, which can be summed for an oral health status score. The scores of successive oral screenings can be used to track the progression of oral health across time and guide recommendations for both oral and overall health care.

The goal of this protocol is to enable non-dental professionals to assess oral health status for research or health-screening purposes. Aspects assessed include lips, tongue, soft and hard tissues, natural and artificial teeth, oral cleanliness, plaque, swallowing, and impact of oral health on quality of life.

בריאות הפה הערכה על ידי לשכב כוח אדם למבוגרים מבוגרים

Oral health is an often-undervalued contributor to overall health. The literature, however, underscores the myriad of systemic diseases influenced by oral ...

Visualizing Membrane Ruffle Formation using Scanning Electron Microscopy

Membrane ruffling is the formation of motile plasma membrane protrusions containing a meshwork of newly polymerized actin filaments. Membrane ruffles may form spontaneously or in response to growth factors, inflammatory cytokines, and phorbol esters. Some of the membrane protrusions may reorganize into circular membrane ruffles that fuse at their distal margins and form cups that close and separate into the cytoplasm as large, heterogeneous vacuoles called macropinosomes. During the process, ruffles trap extracellular fluid and solutes that internalize within macropinosomes. High-resolution scanning electron microscopy (SEM) is a commonly used imaging technique to visualize and quantify membrane ruffle formation, circular protrusions, and closed macropinocytic cups on the cell surface. The following protocol describes the cell culture conditions, stimulation of the membrane ruffle formation in vitro, and how to fix, dehydrate, and prepare cells for imaging using SEM. Quantification of membrane ruffling, data normalization, and stimulators and inhibitors of membrane ruffle formation are also described. This method can help answer key questions about the role of macropinocytosis in physiological and pathological processes, investigate new targets that regulate membrane ruffle formation, and identify yet uncharacterized physiological stimulators as well as novel pharmacological inhibitors of macropinocytosis.

Macropinocytosis is a highly conserved endocytic process initiated by the formation of F-actin-rich sheet-like membrane projections, also known as membrane ruffles. Increased rate of macropinocytotic solute internalization has been implicated in various pathological conditions. This protocol presents a method to quantify membrane ruffle formation in vitro using scanning electron microscopy.

הדמיה של היווצרות קפלים בממברנה באמצעות מיקרוסקופיית אלקטרונים סורקת

Membrane ruffling is the formation of motile plasma membrane protrusions containing a meshwork of newly polymerized actin filaments. Membrane ruffles may ...

Interphase Fluorescence in situ Hybridization of Bone Marrow Smears of Multiple Myeloma

Fluorescence in situ hybridization (FISH) detection is an indispensable method in genetic risk stratification in multiple myeloma (MM), which is one of the most common hematological malignancies. The identifying characteristic of MM is accumulated malignant plasma cells in bone marrow. FISH reports for MM mainly focus on purified or identified clonal plasma cells, rather than all nucleated cells, by sorting with anti-CD138 magnetic beads or marking with cytoplasmic immunoglobulin light chain &#954; or &#955;. Bone marrow interphase nuclei are usually obtained from fresh bone marrow cells. However, satisfactory enrichment of plasma cell specimens requires large amounts of fresh heparin anti-coagulated bone marrow, which cannot be obtained in the case of difficult bone marrow extraction or a bone marrow dry tap. Herein, we establish a novel method to improve the success of FISH detection on stained or unstained bone marrow smears. Bone marrow smears are easier to obtain than anticoagulated bone marrow specimens.

Interphase Fluorescence in situ Hybridization of Bone Marrow Smears of Multiple Myeloma

Here, we present a protocol for improving the success of interphase fluorescence in situ hybridization detection on bone marrow smears from multiple myeloma patients.

פלואורסצנטיות בין פאתית בהכלאה במקום היברידיות של מריחות מח עצם של מיאלומה נפוצה

Fluorescence in situ hybridization (FISH) detection is an indispensable method in genetic risk stratification in multiple myeloma (MM), which is one of ...

Semi-Automated Planimetric Quantification of Dental Plaque Using an Intraoral Fluorescence Camera

Dental plaque accumulation is quantified using clinical indices or, otherwise, the planimetric plaque index (PPI),&#160;which measures the relative area of a tooth that is covered by plaque deposits. Compared to clinical indices, the PPI has a higher discriminatory power, but traditional planimetry is a time-consuming analysis, as the plaque-covered and clean tooth areas have to be determined manually for each image using image-processing software. Here, we present a method for the semi-automated planimetric quantification of dental plaque, which allows for the rapid processing of up to 1,000 images simultaneously. The method exploits the enhanced contrast between disclosed plaque, sound tooth surfaces, and soft tissues in fluorescence images acquired with an intraoral camera. Careful execution of the clinical procedures and accurate image acquisition are crucial steps for the successful semi-automated identification of the plaque-covered areas. The method is suitable for planimetry on sound facial and oral tooth surfaces, on most composite resin restorations, and on teeth with orthodontic brackets, but not on metallic restorations. Compared to traditional PPI recordings, semi-automated planimetry considerably reduces the amount of time spent on the analysis, as well as the subjective human input, thus increasing the reproducibility of planimetric measurements.

This study presents a semi-automated digital image analysis procedure for the planimetric quantification of disclosed dental plaque based on images acquired with an intraoral fluorescence camera. The method allows for the rapid and reliable quantification of dental plaque in the research environment.

כימות פלנימטרי חצי אוטומטי של פלאק דנטלי באמצעות מצלמת פלואורסצנטיות אינטרה-אוראלית

Dental plaque accumulation is quantified using clinical indices or, otherwise, the planimetric plaque index (PPI),&#160;which measures the relative area ...

לכידת דגימות רקמת פיברוזיס תת-רירית אוראלית לניתוח מרחבי-אומי

Isolation of Cells with Morphological and Spatial Information from Oral Submucous Fibrosis Samples by Laser Capture Microdissection

Oral submucous fibrosis (OSF) is a common type of potentially malignant disorder in the oral cavity. The atrophy of epithelium and fibrosis of the lamina propria and the submucosa are often found on histopathological slides. Epithelial dysplasia, epithelial atrophy, and senescent fibroblasts have been proposed to be associated with the malignant transformation of OSF. However, because of the heterogeneity of potentially malignant oral disorders and oral squamous cell carcinoma, it is difficult to identify the specific molecular mechanisms of malignant transformation in OSF. Here, we present a method to obtain a small number of epithelial or mesenchymal cells carrying morphological data and spatial information by laser capture microdissection on formalin-fixed paraffin-embedded tissue slides. Using a microscope, we can precisely capture microscale (~500 cells) dysplastic or atrophic epithelial tissue and fibrotic subepithelial tissue. The extracted cells can be evaluated by genome or transcriptome sequencing to acquire genomic and transcriptomic data with morphological and spatial information. This approach removes the heterogeneity of bulk OSF tissue sequencing and the interference caused by cells in non-lesioned areas, allowing for precise spatial-omics analysis of OSF tissue.

מחבר זרקור: לפענח את המסתורין של ממאירויות פוטנציאליות דרך הפה 

Laser capture microdissection of oral submucous fibrosis tissues allows for precise extraction of cells from histological regions of interest for the analysis of multi-omics data with morphological and spatial information.

בידוד תאים עם מידע מורפולוגי ומרחבי מדגימות פיברוזיס תת-רירית דרך הפה באמצעות מיקרודיסקציה לכידת לייזר

Oral submucous fibrosis (OSF) is a common type of potentially malignant disorder in the oral cavity. The atrophy of epithelium and fibrosis of the lamina ...