AQRNA-seq לכימות רנ"א קטן

Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

632 Views

•

05:12 min

•

February 2nd, 2024

DOI :

10.3791/66335-v

February 2nd, 2024

•

Ruixi Chen¹, Daniel Yim², Peter C. Dedon¹^,²

¹Department of Biological Engineering, Massachusetts Institute of Technology, ²Singapore-MIT Alliance for Research and Technology Antimicrobial Resistance Interdisciplinary Research Group

Transcript

ריצוף AQRNA ממפה כמותית רנ"א קטן כגון מיקרו-רנ"א, tRNA ומקטעי tRNA כמעט בכל דגימת תא או רקמה. ניתן להשתמש בו כדי למפות חלק מ-170 השינויים הידועים ב-tRNA, אך ישנן שיטות אחרות שהן ספציפיות יותר למיפוי. אתה יכול להשתמש ב- AQRNA-seq כדי לגלות סמנים ביולוגיים של מחלות ב- RNome ולחקור מנגנוני תרגום חלבונים ברמת המערכות.

רוב שיטות ה-RNA-seq אינן מסוגלות לכמת במדויק את השפע של מולקולות RNA בודדות בדגימה. זה נגרם הן על ידי תכונות מבניות של RNA, כגון מבנים משניים, שינויים לאחר שעתוק, כמו גם ביוכימיה של הכנת הספרייה כגון הטיות קשירה של פי אלף המושרה על ידי נוקלאוטידים מסוף על RNAs. AQRNA-seq פותח כדי להתגבר על מספר אתגרים טכניים וביולוגיים, המגבילים את הכימות המדויק של שפע הרנ"א בדגימה.

בהשוואה לעניינים אחרים, הוא משיג ליניאריות בין ספירות חוזרות ומספרי העתקה של מולקולות RNA, באופן מדויק, הוא מכמת 75% מספריית הייחוס, ודוחס 963 מיקרו-רנ"א בדיוק כפול. AQRNA-seq ייחודי בכך שהוא מספק כימות מוחלט של רנ"א קטן. זה מקשר את ספירת הריצוף ישירות למספר העותקים של מולקולת RNA בדגימה.

רמת דיוק זו חיונית להשוואה בין עשרות למאות tRNA בדגימה, והיא שונה מרנ"א קטן רגיל, המאפשר רק כימות יחסי בין תנאים ודגימות. עיצבנו את AQRNA-seq לצורך שלא נענה בהבנת תרגום חלבונים. מצאנו שתאים תכנתו מחדש עשרות שינויים ב-tRNA במספר העותקים של ה-tRNA שעברו שינוי, כדי לאפשר תרגום סלקטיבי של רנ"א שליח המועשר בקודונים התואמים ל-tRNA הזה.

AQRNA-seq מאפשר לנו לכמת שינויים במאגר ה-tRNA כחלק ממנגנון זה. השתמשנו בו באופן נרחב כדי לאמת את המודל החדש הזה לתרגום חלבונים.

Summary

Explore More Videos

Chapters in this video

0:00

Introduction

2:00

Post‐Transcriptional Methylation Removal in RNAs Using AlkB Demethylase and Subsequent RNA‐cDNA Hybrid Hydrolysis in RNA Sequencing Preparation

Related Videos

article

צינור מלא לבידוד ולרצף של מיקרו-משתמשים וניתוחם באמצעות כלי קוד פתוח

7.2K Views

article

זיהוי של RNAs מעגלית באמצעות רצפי RNA

12.1K Views

article

שיפור רנ א קטן-seq: פחות הטיה וזיהוי טוב יותר של 2 '-O-מתיל RNAs

7.5K Views

article

פרופיל של טרום מיקרו RNAs ו רנ"א באמצעות כמותי בזמן אמת PCR (qPCR) מערכים

17.2K Views

article

קשירת יעילה ביותר של RNA קטן מולקולות לMicroRNA Quantitation על ידי רצף תפוקה גבוהה

11.8K Views

article

זיהוי של גורמי מפתח עם הרגולציה עצמית התחדשות והתמיינות בתאי EML המטופואטיות מבשר על ידי ניתוח RNA-רצף

12.3K Views

article

בזמן אמת המבוסס על הבדיקה PCR גישות למדידת כמותית של מיקרו-רנ"א

33.1K Views

article

בידוד גרעין בעל קלט נמוך וריבוב עם נוגדנים ברקודים של גרעינים סימפתטיים של עכברים לריצוף RNA של גרעין יחיד

4.0K Views

article

3' סיום רצף ספריית הכנה עם א-seq2

10.5K Views

article

RNA-Seq

71.0K Views

Copyright © 2025 MyJoVE Corporation. All rights reserved