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Removal of Exogenous Materials from the Outer Portion of Frozen Cores to Investigate the Ancient Biological Communities Harbored Inside

The cryosphere offers access to preserved organisms that persisted under past environmental conditions. In fact, these frozen materials could reflect ...

US Army Engineer Research & Development Center, Hanover, NH

&#x5C0F;&#x9F20;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x662F;&#x4E86;&#x89E3;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x5185;&#x5BB9;&#x7684;&#x5173;&#x952E;&#x4FE1;&#x606F;&#x5DE5;&#x5177;&#x548C;&#x751F;&#x7269;&#x533B;&#x5B66;&#x7814;&#x7A76;&#x7684;&#x91CD;&#x8981;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x5DE5;&#x5177;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x62A5;&#x544A;&#x7684;&#x56FD;&#x9645;&#x5408;&#x4F5C;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x4EA7;&#x751F;&#x9AD8;&#x8D28;&#x91CF;&#x8349;&#x6848;&#x7684;&#x5C0F;&#x9F20;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x7ED3;&#x679C;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8FD8;&#x63D0;&#x51FA;&#x9F20;&#x6807;&#x548C;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x521D;&#x6B65;&#x6BD4;&#x8F83;&#x5206;&#x6790;&#x63CF;&#x8FF0;&#x4E86;&#x4E00;&#x4E9B;&#x53EF;&#x4EE5;&#x4ECE;&#x4E24;&#x4E2A;&#x5E8F;&#x5217;&#x4E2D;&#x6536;&#x96C6;&#x5230;&#x7684;&#x89C1;&#x89E3;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8BA8;&#x8BBA;&#x7684;&#x4E3B;&#x9898;&#x5305;&#x62EC;&#x5BF9;&#x8FDB;&#x5316;&#x7684;&#x529B;&#x91CF;&#x5851;&#x9020;&#x7684;&#x89C4;&#x6A21;&#x3001; &#x7ED3;&#x6784;&#x548C;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4; &#xFF1B; &#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#x4FDD;&#x62A4;&#x7684;&#x6574;&#x4E2A;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4; &#xFF1B; &#x5927;&#x591A;&#x6570;&#x5927;&#x578B;&#x540C;&#x7EBF;&#x6027;&#x5206;&#x6790;&#x5E8F;&#x5217; orthology &#x6DB5;&#x76D6;&#x5C11;&#x4E8E;&#x4E00;&#x534A;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4; &#xFF1B; &#x5F88;&#x591A;&#x8F83;&#x4F4E;&#x7A0B;&#x5EA6;&#x4E0A;&#x6839;&#x636E;&#x9009;&#x62E9; &#xFF1B; &#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x6BD4;&#x4F8B;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7F16;&#x7801;&#x57FA;&#x56E0; &#xFF1B; &#x6570;&#x6269;&#x5927;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x5BB6;&#x65CF;&#x6709;&#x5173;&#x7684;&#x7E41;&#x6B96;&#x548C;&#x514D;&#x75AB; &#xFF1B;&#x6F14;&#x53D8;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28; &#xFF1B;&#x4E0E;&#x83CC;&#x79CD;&#x5185;&#x591A;&#x6001;&#x6027;&#x7684;&#x9274;&#x5B9A;&#x3002;

&#x521D;&#x59CB;&#x5C0F;&#x9F20;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x6D4B;&#x5B9A;&#x4E0E;&#x6BD4;&#x8F83;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#x3002;

The sequence of the mouse genome is a key informational tool for understanding the contents of the human genome and a key experimental tool for biomedical research. Here, we report the results of an international collaboration to produce a high-quality draft sequence of the mouse genome. We also present an initial comparative analysis of the mouse and human genomes, describing some of the insights that can be gleaned from the two sequences. We discuss topics including the analysis of the evolutionary forces shaping the size, structure and sequence of the genomes; the conservation of large-scale synteny across most of the genomes; the much lower extent of sequence orthology covering less than half of the genomes; the proportions of the genomes under selection; the number of protein-coding genes; the expansion of gene families related to reproduction and immunity; the evolution of proteins; and the identification of intraspecies polymorphism.

Initial sequencing and comparative analysis of the mouse genome.

La s&#xE9;quence du g&#xE9;nome de la souris est un outil essentiel d&#x26;#39;information pour comprendre le contenu du g&#xE9;nome humain et un outil cl&#xE9; pour la recherche biom&#xE9;dicale exp&#xE9;rimentale. Ici, nous rapportons les r&#xE9;sultats d&#x26;#39;une collaboration internationale afin de produire un projet de s&#xE9;quence de haute qualit&#xE9; du g&#xE9;nome de la souris. Nous pr&#xE9;sentons &#xE9;galement une premi&#xE8;re analyse comparative des g&#xE9;nomes de la souris et l&#x26;#39;homme, d&#xE9;crivant quelques-unes des id&#xE9;es qui peuvent &#xEA;tre glan&#xE9;es dans les deux s&#xE9;quences. Nous discutons des sujets tels que l&#x26;#39;analyse des forces &#xE9;volutives qui fa&#xE7;onnent la taille, la structure et la s&#xE9;quence des g&#xE9;nomes, la conservation &#xE0; grande &#xE9;chelle dans la plupart synt&#xE9;nie des g&#xE9;nomes; la mesure beaucoup plus faible de orthologie s&#xE9;quence couvrant moins de la moiti&#xE9; des g&#xE9;nomes, la proportions des g&#xE9;nomes soumis &#xE0; la s&#xE9;lection, le nombre de g&#xE8;nes codant des prot&#xE9;ines, l&#x26;#39;expansion des familles de g&#xE8;nes li&#xE9;s &#xE0; la reproduction et l&#x26;#39;immunit&#xE9;, l&#x26;#39;&#xE9;volution des prot&#xE9;ines, et l&#x26;#39;identification du polymorphisme intrasp&#xE9;cifique.

S&#xE9;quen&#xE7;age initial et de l&#x26;#39;analyse comparative de g&#xE9;nome de la souris

Erste Sequenzierung und vergleichende Analyse des Genoms der Maus.

La sequenza del genoma del mouse &egrave; uno strumento informativo fondamentale per la comprensione del contenuto del genoma umano e uno strumento chiave sperimentale per la ricerca biomedica. Riportiamo i risultati di una collaborazione internazionale per produrre una sequenza di alta qualit&agrave; bozza del genoma del topo. Siamo presenti anche un&#39;analisi comparativa iniziale del mouse e genomi umani, descrivendo alcune delle intuizioni che possono essere ricavate da due sequenze. Si discute di argomenti, tra cui l&#39;analisi delle forze evolutive modellare la dimensione, la struttura e la sequenza del genoma; la conservazione di sintenia su larga scala attraverso la maggior parte dei genomi; la misura molto bassa di sequenza orthology che copre meno della met&agrave; del genoma; le proporzioni dei genomi sotto selezione; il numero di geni codificanti proteine; l&#39;espansione delle famiglie gene legati alla riproduzione e l&#39;immunit&agrave;; l&#39;evoluzione delle proteine; e l&#39;identificazione del polimorfismo intraspecie.

Sequenza iniziale e analisi comparativa del genoma del topo.

&#x30DE;&#x30A6;&#x30B9;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x306F;&#x30D2;&#x30C8;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3068;&#x751F;&#x7269;&#x533B;&#x5B66;&#x7814;&#x7A76;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x5B9F;&#x9A13;&#x30C4;&#x30FC;&#x30EB;&#x306E;&#x5185;&#x5BB9;&#x3092;&#x7406;&#x89E3;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x60C5;&#x5831;&#x30C4;&#x30FC;&#x30EB;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x30DE;&#x30A6;&#x30B9;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x9AD8;&#x54C1;&#x8CEA;&#x306E;&#x30C9;&#x30E9;&#x30D5;&#x30C8;&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x751F;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x56FD;&#x969B;&#x5171;&#x540C;&#x7814;&#x7A76;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x3092;&#x5831;&#x544A;&#x3059;&#x308B;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x307E;&#x305F;&#x3001;2&#x3064;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x304B;&#x3089;&#x53CE;&#x96C6;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x529B;&#x306E;&#x4E00;&#x90E8;&#x3092;&#x8A18;&#x8FF0;&#x3057;&#x3001;&#x30DE;&#x30A6;&#x30B9;&#x3068;&#x30D2;&#x30C8;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x6700;&#x521D;&#x306E;&#x6BD4;&#x8F03;&#x5206;&#x6790;&#x3092;&#x63D0;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x306E;&#x9593;&#x3067;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x306A;&#x30B7;&#x30F3;&#x30C6;&#x30CB;&#x30FC;&#x306E;&#x4FDD;&#x5B58;;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x534A;&#x5206;&#x4EE5;&#x4E0B;&#x3092;&#x8986;&#x3046;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;orthology&#x306E;&#x306F;&#x308B;&#x304B;&#x306B;&#x4F4E;&#x3044;&#x7A0B;&#x5EA6;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x5927;&#x304D;&#x3055;&#x3001;&#x69CB;&#x9020;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x5F62;&#x4F5C;&#x308B;&#x9032;&#x5316;&#x306E;&#x529B;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x30C8;&#x30D4;&#x30C3;&#x30AF;&#x3092;&#x8B70;&#x8AD6;&#x3059;&#x308B;&#x9078;&#x629E;&#x4E2D;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x5272;&#x5408;&#x306F;&#x3001;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3092;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3059;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x6570;&#x3001;&#x751F;&#x6B96;&#x3084;&#x514D;&#x75AB;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3057;&#x305F;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30D5;&#x30A1;&#x30DF;&#x30EA;&#x30FC;&#x306E;&#x62E1;&#x5927;&#x3001;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x9032;&#x5316;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x7A2E;&#x5185;&#x306E;&#x591A;&#x578B;&#x306E;&#x540C;&#x5B9A;&#x3002;

&#x521D;&#x671F;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3068;&#x30DE;&#x30A6;&#x30B9;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x6BD4;&#x8F03;&#x89E3;&#x6790;

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La secuencia del genoma del rat&#xF3;n es una herramienta fundamental de informaci&#xF3;n para comprender el contenido del genoma humano y una herramienta clave experimental para la investigaci&#xF3;n biom&#xE9;dica. En este caso, se reportan los resultados de una colaboraci&#xF3;n internacional para producir una secuencia de proyecto de alta calidad del genoma del rat&#xF3;n. Tambi&#xE9;n se presenta un primer an&#xE1;lisis comparativo de los genomas del rat&#xF3;n y humanos, describiendo algunas de las ideas que pueden extraerse de las dos secuencias. Se discuten temas como el an&#xE1;lisis de las fuerzas evolutivas que determinan el tama&#xF1;o, la estructura y la secuencia de los genomas, la conservaci&#xF3;n de gran escala synteny en la mayor&#xED;a de los genomas, el grado mucho menor de orthology secuencia que cubre menos de la mitad de los genomas, el proporciones de los genomas en la selecci&#xF3;n, el n&#xFA;mero de genes codificadores de prote&#xED;nas, la expansi&#xF3;n de las familias de genes relacionados con la reproducci&#xF3;n y la inmunidad, la evoluci&#xF3;n de las prote&#xED;nas y la identificaci&#xF3;n de polimorfismo dentro de una especie.

Secuencia inicial y an&#xE1;lisis comparativo del genoma del rat&#xF3;n

Nonmyeloablative allogeneic transplantation is an emerging therapy for hematologic and solid malignancies and potentially offers patients reduced transplant-related toxicity. Data regarding infectious complications of these protocols are limited, but early studies have demonstrated little infectious morbidity, particularly low rates of invasive fungal infections (IFIs). In the present study, 31 consecutive cases of nonmyeloablative transplantation were reviewed over a 2.5-year period, with a specific focus on infectious complications. Twenty-six patients (84%) had at least 1 significant infection during the year after transplantation, and infection-related mortality was 37%. Cytomegalovirus end-organ disease was diagnosed in 3 patients (10%). Ten patients (32%) were given the diagnosis of IFI; 7 (23%) met criteria for proven IFI. Fungal-related mortality was 80% within the group of patients with IFI and accounted for a significant portion of the overall mortality in the study. Severe graft-versus-host disease, high-dose corticosteroid use, recurrent neutropenia, and relapsed or refractory disease were factors associated with development of IFI.

High rate of invasive fungal infections following nonmyeloablative allogeneic transplantation.

&#x6211;&#x4EEC;&#x6700;&#x8FD1;&#x6709;&#x62A5;&#x9053;&#x65B0;&#x75C5;&#x539F;&#x53D1;&#x73B0;&#x6CD5;&#x3001;&quot;&#x8BA1;&#x7B97;&#x51CF;&#x6CD5;&quot;&#x3002;&#x4F7F;&#x7528;&#x6B64;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x975E;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x8A8A;&#x672C;&#x662F;&#x68C0;&#x6D4B;&#x5230;&#x5E8F;&#x5217; cDNA &#x5E93;&#x4ECE;&#x53D7;&#x611F;&#x67D3;&#x7684;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x548C;&#x6D88;&#x9664;&#x90A3;&#x4E9B;&#x4E0E;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x76F8;&#x5339;&#x914D;&#x7684;&#x6210;&#x7EE9;&#x5355;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5C55;&#x793A;&#x73B0;&#x5728;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x79CD;&#x65B9;&#x6CD5;&#x662F;&#x53EF;&#x884C;&#x7684;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x4ECE;&#x79FB;&#x690D;&#x540E;&#x6DCB;&#x5DF4;&#x589E;&#x751F;&#x6027;&#x75BE;&#x75C5; &#xFF08;PTLD&#xFF09; &#x7EC4;&#x7EC7;&#x6837;&#x54C1;&#x751F;&#x6210;&#x7684; cDNA &#x6587;&#x5E93;&#x3002;27,840 &#x72EC;&#x7ACB;&#x7684; cDNA &#x5E8F;&#x5217;&#x88AB;&#x8BA1;&#x7B97;&#x51CF;&#x6CD5;&#x5BF9;&#x5DF2;&#x77E5;&#x7684;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x5E8F;&#x5217;&#x786E;&#x5B9A; 32 &#x4E0D;&#x5339;&#x914D;&#x8BB0;&#x5F55;&#x7684;&#x7B5B;&#x9009;&#x3002;&#x5176;&#x4E2D;&#xFF0C;22 (0.1%) &#x88AB;&#x8BA4;&#x4E3A;&#x662F; amplifiable &#x4ECE;&#x53D7;&#x611F;&#x67D3;&#x548C; noninfected &#x7684;&#x6837;&#x54C1;&#xFF0C;&#x88AB;&#x63A8;&#x65AD;&#x4E3A;&#x5C1A;&#x672A;&#x53EF;&#x7528;&#x7684;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x4E2D;&#x6240;&#x8F7D;&#x7684;&#x4EBA;&#x7C7B; DNA&#x3002;&#x5176;&#x4F59; 10 &#x5E8F;&#x5217;&#x53EF;&#x4EE5;&#x653E;&#x5927;&#x53EA;&#x80FD;&#x4ECE;&#x7231;&#x6CFC;&#x65AF;&#x5766;-&#x5DF4;&#x5C14;&#x75C5;&#x6BD2; (EBV)-&#x611F;&#x67D3;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x3002;&#x6240;&#x6709; 10 &#x90FD;&#x7B49;&#x4E8E;&#x5DF2;&#x77E5; EBV &#x5E8F;&#x5217;&#x3002;&#x8FD9;&#x8BC1;&#x660E;&#x7684;&#x539F;&#x5219;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x6F14;&#x793A;&#x8BA1;&#x7B97;&#x51CF;&#x6CD5;&#x53EF;&#x4EE5;&#x68C0;&#x6D4B;&#x4E2D;&#x4E3B;&#x4EBA;&#x4F53;&#x75C5;&#x53D8;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x7684;&#x81F4;&#x75C5;&#x6027;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x3002;

&#x4ECE;&#x4EBA;&#x4F53;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x7531;&#x57FA;&#x4E8E;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x8BA1;&#x7B97;&#x51CF;&#x6CD5;&#x7684;&#x75C5;&#x539F;&#x53D1;&#x73B0;&#x3002;

We have recently reported a new pathogen discovery approach, "computational subtraction". With this approach, non-human transcripts are detected by sequencing cDNA libraries from infected tissue and eliminating those transcripts that match the human genome. We show now that this method is experimentally feasible. We generated a cDNA library from a tissue sample of post-transplant lymphoproliferative disorder (PTLD). 27,840 independent cDNA sequences were filtered by computational subtraction against the known human sequence to identify 32 nonmatching transcripts. Of these, 22 (0.1%) were found to be amplifiable from both infected and noninfected samples and were inferred to be human DNA not yet contained in the available human genome sequence. The remaining 10 sequences could be amplified only from Epstein-Barr virus (EBV)-infected tissues. All 10 corresponded to the known EBV sequence. This proof-of-principle experiment demonstrates that computational subtraction can detect pathogenic microbes in primary human-diseased tissue.

Pathogen discovery from human tissue by sequence-based computational subtraction.

Nous avons r&#xE9;cemment rapport&#xE9; une approche nouvelle d&#xE9;couverte pathog&#xE8;ne, &#x26;quot;calcul soustraction&#x26;quot;. Avec cette approche, non-humains transcriptions sont d&#xE9;tect&#xE9;es par s&#xE9;quen&#xE7;age de banques d&#x26;#39;ADNc &#xE0; partir des tissus infect&#xE9;s et l&#x26;#39;&#xE9;limination de ces transcriptions qui correspondent le g&#xE9;nome humain. Nous montrons maintenant que cette m&#xE9;thode est exp&#xE9;rimentalement r&#xE9;alisable. On g&#xE9;n&#xE9;r&#xE9; une banque d&#x26;#39;ADNc &#xE0; partir d&#x26;#39;un &#xE9;chantillon de tissu post-transplantation trouble lymphoprolif&#xE9;ratif (SLP). 27,840 ind&#xE9;pendants s&#xE9;quences d&#x26;#39;ADNc ont &#xE9;t&#xE9; filtr&#xE9;s par la soustraction de calcul contre la s&#xE9;quence connue de l&#x26;#39;homme pour identifier les 32 transcriptions non correspondantes. Parmi eux, 22 (0,1%) ont &#xE9;t&#xE9; jug&#xE9;s amplifiable des deux &#xE9;chantillons infect&#xE9;s et non infect&#xE9;s et ont &#xE9;t&#xE9; d&#xE9;duites &#xE0; l&#x26;#39;ADN humain n&#x26;#39;est pas encore contenue dans la s&#xE9;quence du g&#xE9;nome humain disponible. Les 10 autres s&#xE9;quences pourraient &#xEA;tre amplifi&#xE9; qu&#x26;#39;&#xE0; partir de virus Epstein-Barr (EBV) Les tissus infect&#xE9;s. Tous les 10 correspond &#xE0; la s&#xE9;quence EBV connue. Cette exp&#xE9;rience la preuve de principe d&#xE9;montre que la soustraction de calcul permet de d&#xE9;tecter des microbes pathog&#xE8;nes dans l&#x26;#39;enseignement primaire de l&#x26;#39;homme-malade tissus.

D&#xE9;couverte des agents pathog&#xE8;nes &#xE0; partir de tissus humains par la s&#xE9;quence de calcul bas&#xE9;e sur la soustraction

Entdeckung von Krankheitserregern aus menschlichem Gewebe durch Sequenz-basierte Rechenleistung Subtraktion.

Recentemente abbiamo segnalato un nuovo approccio di individuazione di agenti patogeni, &quot;sottrazione computazionale&quot;. Con questo approccio, le trascrizioni non umani vengono rilevate dal sequenziamento di librerie di cDNA da tessuto infetto ed eliminando quelle trascrizioni che corrispondono il genoma umano. Mostriamo ora che questo metodo &egrave; fattibile sperimentalmente. Abbiamo generato una libreria di cDNA da un campione di tessuto della malattia linfoproliferativa post-trapianto (precipuo). 27.840 sequenze del cDNA indipendenti sono stati filtrati mediante sottrazione computazionale contro la sequenza umana nota per identificare 32 trascrizioni non corrispondenti. Di questi, 22 (0,1%) sono stati trovati per essere amplifiable da campioni infetti e noninfected e sono state dedotte da DNA umano non ancora contenuta nella sequenza del genoma umano disponibile. Le restanti 10 sequenze potrebbero essere amplificate solo dal virus di Epstein - Barr (EBV)-infezione dei tessuti. Tutti i 10 corrispondeva alla nota sequenza di EBV. Questo esperimento prova di principio dimostra che sottrazione computazionale &egrave; in grado di rilevare i microbi patogeni nei tessuti umani malati primario.

Scoperta di patogeno da tessuti umani mediante sottrazione computazionale basato su sequenze.

&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x6700;&#x8FD1;&#x3001;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x75C5;&#x539F;&#x4F53;&#x767A;&#x898B;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x306F;&#x3001; &#x26;quot;&#x8A08;&#x7B97;&#x306E;&#x6E1B;&#x7B97;&#x26;quot;&#x3092;&#x5831;&#x544A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x975E;&#x30D2;&#x30C8;&#x8EE2;&#x5199;&#x7523;&#x7269;&#x306F;&#x3001;&#x611F;&#x67D3;&#x7D44;&#x7E54;&#x304B;&#x3089;cDNA&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x30FC;&#x3092;&#x30B7;&#x30FC;&#x30AF;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3068;&#x30D2;&#x30C8;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306B;&#x4E00;&#x81F4;&#x3059;&#x308B;&#x8EE2;&#x5199;&#x7523;&#x7269;&#x3092;&#x6392;&#x9664;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x691C;&#x51FA;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x306F;&#x5B9F;&#x9A13;&#x7684;&#x306B;&#x53EF;&#x80FD;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x4ECA;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x79FB;&#x690D;&#x5F8C;&#x30EA;&#x30F3;&#x30D1;&#x5897;&#x6B96;&#x6027;&#x75BE;&#x60A3;&#xFF08;PTLD&#xFF09;&#x306E;&#x7D44;&#x7E54;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x304B;&#x3089;&#x306E;cDNA&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x30FC;&#x3092;&#x751F;&#x6210;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002; 27840&#x72EC;&#x7ACB;&#x3057;&#x305F;cDNA&#x914D;&#x5217;&#x306F;&#x3001;32&#x306E;&#x4E00;&#x81F4;&#x3057;&#x306A;&#x3044;&#x8EE2;&#x5199;&#x7523;&#x7269;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x65E2;&#x77E5;&#x306E;&#x30D2;&#x30C8;&#x914D;&#x5217;&#x306B;&#x5BFE;&#x3057;&#x3066;&#x8A08;&#x7B97;&#x6E1B;&#x7B97;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x308D;&#x904E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x3046;&#x3061;&#x3001;22&#xFF08;0.1&#xFF05;&#xFF09;&#x304C;&#x611F;&#x67D3;&#x3057;&#x305F;&#x3068;&#x975E;&#x611F;&#x67D3;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x304B;&#x3089;&#x5897;&#x5E45;&#x53EF;&#x80FD;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x5224;&#x660E;&#x3057;&#x305F;&#x3068;&#x306F;&#x307E;&#x3060;&#x5229;&#x7528;&#x3067;&#x304D;&#x30D2;&#x30C8;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x306B;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x306A;&#x3044;&#x30D2;&#x30C8;&#x306E;DNA&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x63A8;&#x6E2C;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6B8B;&#x308A;&#x306E;10&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x306F;&#x3001;Ep&#x200B;&#x200B;stein-Barr&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#xFF08;EBV&#xFF09;&#x306B;&#x611F;&#x67D3;&#x3057;&#x305F;&#x7D44;&#x7E54;&#x304B;&#x3089;&#x5897;&#x5E45;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5168;10&#x306F;&#x3001;&#x65E2;&#x77E5;&#x306E;EBV&#x914D;&#x5217;&#x306B;&#x5BFE;&#x5FDC;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x8A3C;&#x660E;&#x306E;&#x539F;&#x7406;&#x5B9F;&#x9A13;&#x306F;&#x8A08;&#x7B97;&#x306E;&#x6E1B;&#x7B97;&#x306F;&#x3001;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30DE;&#x30EA;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x75C5;&#x6C17;&#x306E;&#x7D44;&#x7E54;&#x306B;&#x75C5;&#x539F;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x3092;&#x691C;&#x51FA;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x8A08;&#x7B97;&#x30B5;&#x30D6;&#x30C8;&#x30E9;&#x30AF;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x30D2;&#x30C8;&#x7D44;&#x7E54;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x75C5;&#x539F;&#x4F53;&#x306E;&#x691C;&#x51FA;

&#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xCD5C;&#xADFC;&#xC5D0; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xBCD1;&#xC6D0; &#xCCB4; &#xBC1C;&#xACAC; &#xC811;&#xADFC;, &quot;&#xC804;&#xC0B0; &#xBE7C;&#xAE30;&quot;&#xB97C; &#xBCF4;&#xACE0;. &#xC774; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC73C;&#xB85C; &#xBE44; &#xC778;&#xAC04; &#xC131;&#xC801; &#xAC10;&#xC5FC; &#xB41C; &#xC870;&#xC9C1;&#xC5D0;&#xC11C; cDNA &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xD558; &#xACE0; &#xC778;&#xAC04; &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0; &#xB9DE;&#xB294; &#xADF8; &#xB179;&#xCDE8; &#xB85D;&#xC744; &#xC81C;&#xAC70; &#xD558; &#xC5EC; &#xAC80;&#xC0C9; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC774;&#xC81C;&#xC774; &#xBC29;&#xBC95;&#xC740; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC2E4;&#xD604; &#xAC00;&#xB2A5;&#xD55C; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. Post-transplant lymphoproliferative &#xC7A5;&#xC560; (PTLD)&#xC758; &#xC870;&#xC9C1; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC5D0;&#xC11C; cDNA &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC;&#xB97C; &#xC0DD;&#xC131; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. 27,840 &#xB3C5;&#xB9BD; cDNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4;&#xB41C; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC2DD;&#xBCC4; 32 &#xC77C;&#xCE58; &#xD558;&#xC9C0; &#xC54A;&#xB294; &#xC131;&#xC801; &#xC99D;&#xBA85;&#xC11C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC804;&#xC0B0; &#xBE7C;&#xAE30;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xD544;&#xD130;&#xB9C1; &#xB41C;. &#xC774;&#xB4E4; &#xC911;, 22 (0.1%) amplifiable &#xAC10;&#xC5FC; &#xBC0F; noninfected &#xC0D8;&#xD50C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC1C;&#xACAC; &#xB41C;&#xC640; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; DNA&#xB97C; &#xC544;&#xC9C1; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xC778;&#xAC04; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xD3EC;&#xD568; &#xB41C; &#xAC83;&#xC73C;&#xB85C; &#xC720;&#xCD94; &#xD588;&#xB2E4;. &#xB098;&#xBA38;&#xC9C0; 10 &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC5E1; &#xC2A4;&#xD0C0;&#xC778;-&#xBC14; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; (EBV) &#xC5D0;&#xC11C;&#xB9CC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC99D;&#xD3ED; &#xB420; &#xC218;-&#xAC10;&#xC5FC; &#xC870;&#xC9C1;. 10 &#xBAA8;&#xB4E0; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4;&#xB41C; EBV &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xB300;&#xC751;. &#xC774; &#xC6D0;&#xB9AC; &#xC99D;&#xBA85; &#xC2E4;&#xD5D8; &#xACC4;&#xC0B0; &#xBE7C;&#xAE30; &#xAE30;&#xBCF8; &#xC778;&#xAC04; &#xC9C8;&#xBCD1; &#xC870;&#xC9C1;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBCD1;&#xC6D0; &#xC131; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C;&#xC744; &#xAC80;&#xC0C9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xD558;&#xB294; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC; &#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xC804;&#xC0B0; &#xBE7C;&#xAE30; &#xC21C;&#xC11C;&#xB97C; &#xAE30;&#xBC18;&#xC73C;&#xB85C; &#xC778;&#xCCB4; &#xC870;&#xC9C1;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBCD1;&#xC6D0; &#xCCB4; &#xBC1C;&#xACAC;.

Recientemente hemos informado de un nuevo enfoque de descubrimiento de pat&#xF3;genos, &#x26;quot;computacional sustracci&#xF3;n&#x26;quot;. Con este enfoque, no humanos transcripciones son detectadas por secuenciaci&#xF3;n bibliotecas de cDNA procedente de tejido infectado y eliminar esas transcripciones que coincidan con el genoma humano. Se demuestra ahora que este m&#xE9;todo es experimentalmente posible. Hemos generado una biblioteca de cDNA a partir de una muestra de tejido de la post-trasplante trastorno linfoproliferativo (PTLD). 27.840 secuencias de cDNA independientes se filtraron por sustracci&#xF3;n computacional contra la secuencia humana conocida para identificar 32 transcripciones no coincidentes. De &#xE9;stos, 22 (0,1%) se encontr&#xF3; que amplificable de ambas muestras infectadas y no infectadas y se infiere que el ADN humano a&#xFA;n no contenida en la secuencia del genoma humano disponible. Los restantes 10 secuencias podr&#xED;an ser amplificadas s&#xF3;lo a partir de virus Epstein-Barr (VEB)-tejidos infectados. Todos los 10 correspond&#xED;a a la secuencia conocida VEB. Este experimento de prueba de principio, demuestra que la sustracci&#xF3;n de c&#xE1;lculo puede detectar microbios pat&#xF3;genos en la ense&#xF1;anza primaria humanos enfermos tejido.

Descubrimiento pat&#xF3;geno del tejido humano por la secuencia basada en Computacional resta

Die Genomsequenz des filament&#xF6;sen Pilzes Neurospora crassa.

&#x5B62;&#x662F;&#x4E00;&#x4E2A;&#x4E2D;&#x592E;&#x7684;&#x6709;&#x673A;&#x4F53;&#xFF0C;&#x5728;&#x4E8C;&#x5341;&#x4E16;&#x7EAA;&#x9057;&#x4F20;&#x5B66;&#x3001; &#x751F;&#x7269;&#x5316;&#x5B66;&#x548C;&#x5206;&#x5B50;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x7684;&#x5386;&#x53F2;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x62A5;&#x544A;&#x8349;&#x7A3F;&#x9AD8;&#x8D28;&#x91CF;&#x7684; N.&#x9709;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x3002;&#x5927;&#x7EA6; 40 &#x7ECF;&#x8FC7;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7F16;&#x7801;&#x7EA6; 10,000 &#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7F16;&#x7801;&#x57FA;&#x56E0; &mdash; &mdash; &#x4E24;&#x6B21;&#x4EE5;&#x4E0A;&#x591A;&#x8FBE;&#x5728;&#x88C2;&#x53D8;&#x7C9F;&#x9152;&#x9175;&#x6BCD;&#x548C;&#x5C11;&#x4E8E;&#x5728;&#x9ED1;&#x8179;&#x679C;&#x8747;&#x4E2D;&#x53EA;&#x6709;&#x7EA6; 25%&#x3002;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5206;&#x6790;&#x6536;&#x76CA;&#x7387;&#x610F;&#x5916;&#x7684;&#x8109;&#x5B62;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x5305;&#x62EC;&#x6F5C;&#x5728;&#x5173;&#x8054;&#x7EA2;&#x706F;&#x5149;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#xFF0C;&#x5377;&#x5165;&#x6B21;&#x751F;&#x4EE3;&#x8C22;&#x548C;&#x91CD;&#x8981;&#x5DEE;&#x5F02; Ca2 + &#x4FE1;&#x53F7;&#x4E0E;&#x690D;&#x7269;&#x548C;&#x52A8;&#x7269;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x9274;&#x5B9A;&#x65B9;&#x9762;&#x7684;&#x89C1;&#x89E3;&#x3002;&#x8109;&#x5B62;&#x62E5;&#x6709;&#x6700;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x9632;&#x5FA1;&#x673A;&#x5236;&#x8457;&#x79F0;&#xFF0C;&#x4EFB;&#x4F55;&#x771F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x4E00;&#x4E2A;&#x72EC;&#x6709;&#x7684;&#x771F;&#x83CC;&#x79F0;&#x4E3A;&#x91CD;&#x590D;&#x8BF1;&#x5BFC;&#x57FA;&#x56E0;&#x70B9;&#x7A81;&#x53D8; (RIP) &#x7684;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x3002;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5206;&#x6790;&#x8868;&#x660E; RIP &#x4EA7;&#x751F;&#x6DF1;&#x523B;&#x7684;&#x5F71;&#x54CD;&#x5BF9;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x8FDB;&#x5316;&#xFF0C;&#x5927;&#x5927;&#x653E;&#x7F13;&#x521B;&#x9020;&#x65B0;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#xFF0C;&#x901A;&#x8FC7;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x91CD;&#x53E0;&#xFF0C;&#x5BFC;&#x81F4;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5BC6;&#x5207;&#x76F8;&#x5173;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x5F02;&#x5E38;&#x7684;&#x4F4E;&#x6BD4;&#x4F8B;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x3002;

&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x4E1D;&#x72B6;&#x83CC;&#x5B62;&#x3002;

Neurospora crassa is a central organism in the history of twentieth-century genetics, biochemistry and molecular biology. Here, we report a high-quality draft sequence of the N. crassa genome. The approximately 40-megabase genome encodes about 10,000 protein-coding genes--more than twice as many as in the fission yeast Schizosaccharomyces pombe and only about 25% fewer than in the fruitfly Drosophila melanogaster. Analysis of the gene set yields insights into unexpected aspects of Neurospora biology including the identification of genes potentially associated with red light photobiology, genes implicated in secondary metabolism, and important differences in Ca2+ signalling as compared with plants and animals. Neurospora possesses the widest array of genome defence mechanisms known for any eukaryotic organism, including a process unique to fungi called repeat-induced point mutation (RIP). Genome analysis suggests that RIP has had a profound impact on genome evolution, greatly slowing the creation of new genes through genomic duplication and resulting in a genome with an unusually low proportion of closely related genes.

The genome sequence of the filamentous fungus Neurospora crassa.

Neurospora crassa est un organisme central dans l&#x26;#39;histoire du XXe si&#xE8;cle la g&#xE9;n&#xE9;tique, la biochimie et la biologie mol&#xE9;culaire. Nous rapportons ici un projet de s&#xE9;quence de haute qualit&#xE9; du g&#xE9;nome N. crassa. Le g&#xE9;nome d&#x26;#39;environ 40 m&#xE9;gabase code environ 10.000 g&#xE8;nes codant des prot&#xE9;ines - plus de deux fois plus que dans la levure Schizosaccharomyces pombe et seulement environ 25% de moins que dans le melanogaster mouche drosophile. L&#x26;#39;analyse des perspectives des rendements ensemble des g&#xE8;nes dans des aspects inattendus de la biologie, y compris Neurospora l&#x26;#39;identification de g&#xE8;nes potentiellement associ&#xE9;s &#xE0; la photobiologie lumi&#xE8;re rouge, les g&#xE8;nes impliqu&#xE9;s dans le m&#xE9;tabolisme secondaire, et des diff&#xE9;rences importantes dans Ca2 + de signalisation par rapport &#xE0; des plantes et des animaux. Neurospora poss&#xE8;de le plus large &#xE9;ventail de m&#xE9;canismes de d&#xE9;fense g&#xE9;nomiques connues pour tout organisme eucaryote, y compris un processus unique &#xE0; des champignons appel&#xE9;s mutation ponctuelle induite par r&#xE9;p&#xE9;tition (RIP). L&#x26;#39;analyse du g&#xE9;nome sugg&#xE8;re que RIP a eu un impact profond sur l&#x26;#39;&#xE9;volution du g&#xE9;nome, grandement ralentir la cr&#xE9;ation de nouveaux g&#xE8;nes par duplication g&#xE9;nomique et r&#xE9;sultant dans un g&#xE9;nome avec une proportion anormalement faible de g&#xE8;nes &#xE9;troitement li&#xE9;s.

La s&#xE9;quence du g&#xE9;nome du champignon filamenteux Neurospora crassa

Neurospora crassa &egrave; un organismo centrale nella storia del ventesimo secolo genetica, biochimica e biologia molecolare. Riportiamo una sequenza di alta qualit&agrave; bozza del genoma N. crassa. I circa 40-megabase genoma codifica circa 10.000 geni codificanti proteine - pi&ugrave; di due volte altretanto come nella fissione lievito Schizosaccharomyces pombe e solo circa il 25% meno di nella sulla Mosca frutta Drosophila melanogaster. Analisi del gene set rendimenti intuizioni inattesi aspetti della biologia Neurospora, compresa l&#39;identificazione di geni potenzialmente associati a luce rossa fotobiologia, geni implicati nel metabolismo secondario e importanti differenze in Ca2 + segnalazione rispetto alle piante e animali. Neurospora possiede la pi&ugrave; ampia gamma di meccanismi di difesa del genoma noto per qualsiasi organismo eucariote, tra cui un processo unico di funghi chiamati mutazione puntiforme indotta da ripetere (RIP). Analisi del genoma suggeriscono che RIP ha avuto un profondo impatto sull&#39;evoluzione del genoma, notevolmente rallentare la creazione di nuovi geni attraverso duplicazione genomica e risultante in un genoma con un insolitamente bassa percentuale di geni strettamente correlati.

La sequenza del genoma del filamentoso fungo Neurospora crassa.

&#x30A2;&#x30AB;&#x30D1;&#x30F3;&#x30AB;&#x30D3;&#x306F;&#x3001;20&#x4E16;&#x7D00;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B66;&#x3001;&#x751F;&#x5316;&#x5B66;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x5206;&#x5B50;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x306E;&#x6B74;&#x53F2;&#x306E;&#x4E2D;&#x3067;&#x4E2D;&#x5FC3;&#x7684;&#x306A;&#x751F;&#x7269;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x30A2;&#x30AB;&#x30D1;&#x30F3;&#x30AB;&#x30D3;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x9AD8;&#x54C1;&#x8CEA;&#x306A;&#x30C9;&#x30E9;&#x30D5;&#x30C8;&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x5831;&#x544A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x7D04;40&#x30E1;&#x30AC;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306F;&#x7D04;10,000&#x306E;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3092;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3059;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B; - &#x30B7;&#x30E7;&#x30A6;&#x30B8;&#x30E7;&#x30A6;&#x30D0;&#x30A8;&#x30AD;&#x30A4;&#x30ED;&#x30B7;&#x30E7;&#x30A6;&#x30B8;&#x30E7;&#x30A6;&#x30D0;&#x30A8;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x5206;&#x88C2;&#x9175;&#x6BCD;&#x30B7;&#x30BE;&#x30B5;&#x30C3;&#x30AB;&#x30ED;&#x30DF;&#x30BB;&#x30B9;&#xB7;&#x30DD;&#x30F3;&#x30D9;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x591A;&#x304F;&#x306E;2&#x500D;&#x4EE5;&#x4E0A;&#x3068;&#x306E;&#x307F;&#x7D04;25&#xFF05;&#x5C11;&#x306A;&#x304F;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x5229;&#x56DE;&#x308A;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x306B;&#x8D64;&#x8272;&#x5149;&#x5149;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3059;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x540C;&#x5B9A;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x3001;&#x30A2;&#x30AB;&#x30D1;&#x30F3;&#x30AB;&#x30D3;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x306E;&#x4E88;&#x671F;&#x3057;&#x306A;&#x3044;&#x5074;&#x9762;&#x3092;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x3001;&#x4E8C;&#x6B21;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x306B;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3059;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30AB;&#x30EB;&#x30B7;&#x30A6;&#x30E0;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x76F8;&#x9055;&#x70B9;&#x306E;&#x5206;&#x6790;+&#x690D;&#x7269;&#x3084;&#x52D5;&#x7269;&#x3068;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3057;&#x3066;&#x30B7;&#x30B0;&#x30CA;&#x30EB;&#x4F1D;&#x9054;&#x3002;&#x30A2;&#x30AB;&#x30D1;&#x30F3;&#x30AB;&#x30D3;&#x306F;&#x3001;&#x53CD;&#x5FA9;&#x8A98;&#x767A;&#x70B9;&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#xFF08;RIP&#xFF09;&#x3068;&#x547C;&#x3070;&#x308C;&#x308B;&#x83CC;&#x985E;&#x306B;&#x7279;&#x6709;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B9;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x771F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x3067;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x9632;&#x5FA1;&#x6A5F;&#x69CB;&#x306E;&#x5E83;&#x3044;&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x89E3;&#x6790;&#x304C;&#x5927;&#x5E45;&#x306B;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x91CD;&#x8907;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x4F5C;&#x6210;&#x3092;&#x9045;&#x3089;&#x305B;&#x308B;&#x3068;&#x5BC6;&#x63A5;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3059;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x7570;&#x5E38;&#x306B;&#x4F4E;&#x3044;&#x5272;&#x5408;&#x3067;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x4E2D;&#x306B;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x7D50;&#x200B;&#x200B;&#x679C;RIP&#x304C;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x9032;&#x5316;&#x306B;&#x5927;&#x304D;&#x306A;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;

&#x7CF8;&#x72B6;&#x83CC;&#x30A2;&#x30AB;&#x30D1;&#x30F3;&#x30AB;&#x30D3;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;

Neurospora crassa 20 &#xC138;&#xAE30; &#xC720;&#xC804;&#xD559;, &#xC0DD;&#xD654;&#xD559; &#xBC0F; &#xBD84;&#xC790; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559;&#xC758; &#xC5ED;&#xC0AC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC911;&#xC559; &#xC720;&#xAE30; &#xCCB4; &#xC774;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC591;&#xC9C8;&#xC758; &#xCD08;&#xC548; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBA85;. crassa &#xAC8C;&#xB188;&#xC758; &#xBCF4;&#xACE0;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC57D; 40 megabase &#xAC8C;&#xB188; &#xB450; &#xBC30; &#xC774;&#xC0C1;&#xC73C;&#xB85C; &#xBD84;&#xC5F4; &#xD6A8; &#xBAA8; Schizosaccharomyces pombe fruitfly Drosophila melanogaster &#xBBF8;&#xB9CC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC57D; 25%&#xC5D0;&#xC11C; &#xC57D; 10000 &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xCF54;&#xB529; &#xC720;&#xC804;&#xC790;-&#xB97C; &#xC778;&#xCF54;&#xB529;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC138;&#xD2B8;&#xC758; &#xBD84;&#xC11D; &#xC0B0;&#xCD9C; Neurospora &#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559; &#xC7A0;&#xC7AC;&#xC801; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBCF4;&#xC870; &#xBB3C;&#xC9C8; &#xB300;&#xC0AC;, &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xC2DD;&#xBB3C;&#xACFC; &#xB3D9;&#xBB3C;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; &#xC2E0;&#xD638; Ca2 +&#xC758; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xCC28;&#xC774;&#xC810;&#xC5D0; &#xC5F0;&#xB8E8; &#xB808;&#xB4DC; &#xB77C;&#xC774;&#xD2B8; photobiology&#xC640; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xB4F1;&#xC758; &#xC608;&#xAE30;&#xCE58; &#xBABB;&#xD55C; &#xCE21;&#xBA74;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD1B5;&#xCC30;&#xB825;. Neurospora &#xBC18;&#xBCF5; &#xC720;&#xBC1C; &#xC810; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; (RIP) &#xB77C;&#xB294; &#xACF0; &#xD321;&#xC774;&#xC5D0; &#xACE0;&#xC720;&#xD55C; &#xD504;&#xB85C;&#xC138;&#xC2A4;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xC5EC; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xC9C4; &#xD575; &#xC720;&#xAE30; &#xCCB4;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4; &#xAC8C;&#xB188; &#xBC29;&#xC5B4; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xC758; &#xB113;&#xC740; &#xBC30;&#xC5F4;&#xC744; &#xC788;&#xB2E4;. &#xAC8C;&#xB188; &#xBD84;&#xC11D;&#xC740; RIP &#xAE4A;&#xC740; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBBF8;&#xCCE4;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xAC8C;&#xB188; &#xC9C4;&#xD654;&#xC5D0; &#xD06C;&#xAC8C; &#xAC8C;&#xB188; &#xC911;&#xBCF5;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC0DD;&#xC131;&#xC744; &#xB454;&#xD654; &#xD558; &#xACE0; &#xBC00;&#xC811; &#xD558; &#xAC8C; &#xAD00;&#xB828;&#xB41C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xBE44;&#xC815;&#xC0C1;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xB0AE;&#xC740; &#xBE44;&#xC728;&#xC73C;&#xB85C; &#xAC8C;&#xB188;&#xC758; &#xACB0;&#xACFC;&#xB85C; &#xB098;&#xC654;&#xB2E4;.

Filamentous &#xADE0; &#xB958; Neurospora crassa &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;.

Neurospora crassa es un organismo central en la historia del siglo XX, la gen&#xE9;tica, la bioqu&#xED;mica y la biolog&#xED;a molecular. Aqu&#xED;, se presenta un borrador de secuencia de alta calidad del genoma de N. crassa. El genoma de aproximadamente 40 megabase codifica alrededor de 10.000 genes que codifican prote&#xED;nas - m&#xE1;s de dos veces m&#xE1;s que en la levadura Schizosaccharomyces pombe y s&#xF3;lo un 25% menos que en la mosca de la fruta Drosophila melanogaster. El an&#xE1;lisis de los genes rendimientos conjunto conocimientos sobre aspectos inesperados de la biolog&#xED;a Neurospora incluyendo la identificaci&#xF3;n de genes potencialmente relacionados con la fotobiolog&#xED;a luz roja, los genes implicados en el metabolismo secundario, y las diferencias importantes en la se&#xF1;alizaci&#xF3;n por Ca2 + en comparaci&#xF3;n con las plantas y los animales. Neurospora posee la gama m&#xE1;s amplia de genoma de los mecanismos de defensa conocidos por cualquier organismo eucariota, incluyendo un proceso &#xFA;nico a un hongo llamado repetici&#xF3;n inducida por mutaci&#xF3;n puntual (RIP). El an&#xE1;lisis del genoma sugiere que RIP ha tenido un profundo impacto en la evoluci&#xF3;n del genoma, en gran medida frenar la creaci&#xF3;n de nuevos genes a trav&#xE9;s de la duplicaci&#xF3;n gen&#xF3;mica y que resulta en un genoma con una proporci&#xF3;n inusualmente bajo de genes estrechamente relacionados.

La secuencia del genoma del hongo filamentoso Neurospora crassa

E7070 (indisulam) is a novel anticancer drug currently undergoing clinical investigation. We present a sensitive and specific method for the quantitative determination of E7070 and its metabolite M1 (1,4-benzenedisulphonamide) in human plasma, urine and faeces. The analytes and their tetra-deuterated analogues, which were used as internal standards, were isolated from the biological matrix by solid-phase extraction with OASIS cartridges (0.5 mL plasma or 1 mL urine) and by liquid-liquid extraction with ethyl acetate at pH 5 (1 mL faecal homogenate). The analytes were separated on a C8 reversed-phase chromatographic column and analyzed using electrospray ionization and tandem mass spectrometric detection in the negative ion mode. The validated concentration ranges in plasma were 0.1-20 microg/mL for E7070 and 0.01-2 microg/mL for M1. In urine and faecal homogenate, a concentration range from 0.05-10 microg/mL or microg/g, respectively, was validated for both analytes. Validation of the plasma assay was performed according to the most recent FDA guidelines. The assay fulfilled all generally accepted requirements for linearity (r > 0.99, residuals between -8 and 10%), accuracy (-13.5 to 1.4%) and precision (all less than 11%) in the tested matrices. We investigated recovery, stability (working solutions at -20 degrees C and at room temperature, biological matrices at -20 degrees C, room temperature and after 3 freeze/thaw cycles; final extracts at room temperature) and robustness. All these parameters were found acceptable. This method is suited for mass balance studies or therapeutic drug monitoring, as demonstrated by a case example showing plasma concentrations and cumulative excretion of E7070 and M1 in urine and faeces. Furthermore, we show the presence of E7070 metabolites in patient urine.

Quantitative determination of the novel anticancer drug E7070 (indisulam) and its metabolite (1,4-benzenedisulphonamide) in human plasma, urine and faeces by high-performance liquid chromatography coupled with electrospray ionization tandem mass spectrometry.

Indisulam is a new anticancer drug with a unique mechanism of action, arresting the cell cycle at the G1/S transition. The major excretory pathway of indisulam is via the urine, accounting for 63% of the radioactive dose ([(14)C]indisulam) administered in a human mass balance study. Radiochromatographic profiling of urine samples resulted in the detection of several radioactive peaks. The purpose of the present investigation was to elucidate the chemical structures of these observed indisulam metabolites. We collected fractions after chromatographic separation of the urine samples. These fractions were analysed using tandem mass spectrometry. We propose the chemical structure of 15 indisulam metabolites in urine. The metabolism of indisulam is very complex, consisting of oxidative dechlorination, hydroxylation, hydrolysis, acetylation, sulphation and glucuronidation. The clinical relevance of the observed indisulam metabolites needs further investigation.

Human metabolism of [(14)C]indisulam following i.v. infusion in cancer patients.

&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x62A5;&#x544A;&#x56FD;&#x5185;&#x72D7; &#xFF08;&#x72AC; familiaris&#xFF09;&#xFF0C;&#x4E0E;&#x5355;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x591A;&#x6001;&#x6027; (SNPs) &#x8DE8;&#x54C1;&#x79CD;&#x5BC6;&#x96C6;&#x5730;&#x56FE;&#x8349;&#x7A3F;&#x9AD8;&#x8D28;&#x91CF;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x3002;&#x72D7;&#x662F;&#x7279;&#x522B;&#x611F;&#x5174;&#x8DA3;&#x7684;&#x56E0;&#x4E3A;&#x5B83;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E86;&#x8FDB;&#x5316;&#x7684;&#x91CD;&#x8981;&#x4FE1;&#x606F;&#xFF0C;&#x56E0;&#x4E3A;&#x73B0;&#x6709;&#x54C1;&#x79CD;&#x663E;&#x793A;&#x5927;&#x8868;&#x578B;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x7684;&#x5F62;&#x6001;&#x3001; &#x751F;&#x7406;&#x548C;&#x884C;&#x4E3A;&#x7279;&#x5F81;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x4F7F;&#x7528;&#x5E8F;&#x5217;&#x6BD4;&#x8F83;&#x4E0E;&#x7075;&#x957F;&#x7C7B;&#x548C;&#x556E;&#x9F7F;&#x52A8;&#x7269;&#x8C31;&#x7CFB;&#x63ED;&#x793A;&#x7684;&#x7ED3;&#x6784;&#x548C;&#x8FDB;&#x5316;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x548C;&#x57FA;&#x56E0;&#x3002;&#x503C;&#x5F97;&#x6CE8;&#x610F;&#x7684;&#x662F;&#xFF0C;&#x5927;&#x591A;&#x6570;&#x54FA;&#x4E73;&#x52A8;&#x7269;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4E2D;&#x7684;&#x6700;&#x9AD8;&#x4FDD;&#x5B88;&#x975E;&#x7F16;&#x7801;&#x5E8F;&#x5217;&#x90FD;&#x805A;&#x96C6;&#x9644;&#x8FD1;&#x4E0E;&#x53D1;&#x5C55;&#x4E2D;&#x7684;&#x91CD;&#x8981;&#x4F5C;&#x7528;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x4E00;&#x5C0F;&#x90E8;&#x5206;&#x3002;&#x5355;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x591A;&#x6001;&#x6027;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#x63ED;&#x793A;&#x4E86;&#x8FDC;&#x8DDD;&#x79BB;&#x7684;&#x5355;&#x500D;&#x578B;&#x8DE8;&#x6574;&#x4E2A;&#x72D7;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#xFF0C;&#x5E76;&#x5B9A;&#x4E49;&#x5185;&#x548C;&#x8DE8;&#x79CD;&#x7FA4;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x7684;&#x6027;&#x8D28;&#x3002;&#x5F53;&#x524D;&#x7684;&#x5355;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x591A;&#x6001;&#x6027;&#x5730;&#x56FE;&#x73B0;&#x5728;&#x4F7F;&#x5F97;&#x5B83;&#x7684;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5173;&#x8054;&#x7814;&#x7A76;&#xFF0C;&#x786E;&#x5B9A;&#x57FA;&#x56E0;&#x75BE;&#x75C5;&#x548C;&#x6027;&#x72B6;&#xFF0C;&#x4E0E;&#x4F34;&#x4FA3;&#x52A8;&#x7269;&#x5065;&#x5EB7;&#x548C;&#x4EBA;&#x6743;&#x91CD;&#x8981;&#x540E;&#x679C;&#x8D1F;&#x8D23;&#x3002;

&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x3001; &#x6BD4;&#x8F83;&#x5206;&#x6790;&#x548C;&#x56FD;&#x5185;&#x72D7;&#x7684;&#x5355;&#x4F53;&#x578B;&#x7ED3;&#x6784;&#x3002;

Here we report a high-quality draft genome sequence of the domestic dog (Canis familiaris), together with a dense map of single nucleotide polymorphisms (SNPs) across breeds. The dog is of particular interest because it provides important evolutionary information and because existing breeds show great phenotypic diversity for morphological, physiological and behavioural traits. We use sequence comparison with the primate and rodent lineages to shed light on the structure and evolution of genomes and genes. Notably, the majority of the most highly conserved non-coding sequences in mammalian genomes are clustered near a small subset of genes with important roles in development. Analysis of SNPs reveals long-range haplotypes across the entire dog genome, and defines the nature of genetic diversity within and across breeds. The current SNP map now makes it possible for genome-wide association studies to identify genes responsible for diseases and traits, with important consequences for human and companion animal health.

Genome sequence, comparative analysis and haplotype structure of the domestic dog.

Nous rapportons ici une s&#xE9;quence de haute qualit&#xE9; brouillon du g&#xE9;nome du chien domestique (Canis familiaris), accompagn&#xE9; d&#x26;#39;une carte dense de polymorphismes nucl&#xE9;otidiques simples (SNP) entre races. Le chien est d&#x26;#39;un int&#xE9;r&#xEA;t particulier car elle fournit des informations importantes de l&#x26;#39;&#xE9;volution et parce que les races existantes montrent une grande diversit&#xE9; ph&#xE9;notypique des traits morphologiques, physiologiques et comportementaux. Nous utilisons la comparaison de s&#xE9;quences avec les lign&#xE9;es de primates et de rongeurs de faire la lumi&#xE8;re sur la structure et l&#x26;#39;&#xE9;volution des g&#xE9;nomes et des g&#xE8;nes. Notamment, la majorit&#xE9; des plus hautement conserv&#xE9;es s&#xE9;quences non-codantes dans les g&#xE9;nomes de mammif&#xE8;res sont regroup&#xE9;s pr&#xE8;s d&#x26;#39;un petit sous-ensemble de g&#xE8;nes avec des r&#xF4;les importants dans le d&#xE9;veloppement. L&#x26;#39;analyse des SNPs r&#xE9;v&#xE8;le &#xE0; long terme haplotypes &#xE0; travers le g&#xE9;nome du chien entier, et d&#xE9;finit la nature de la diversit&#xE9; g&#xE9;n&#xE9;tique au sein et entre races. Le courant SNP carte, il est d&#xE9;sormais possible pour l&#x26;#39;ensemble du g&#xE9;nome des &#xE9;tudes d&#x26;#39;association &#xE0; identifier les g&#xE8;nes responsables de maladies et des traits, avec des cons&#xE9;quences importantes pour la sant&#xE9; animale de l&#x26;#39;homme et son compagnon.

Genome Sequence, Analyse comparative et structure haplotype du chien domestique

Hier berichten wir eine qualitativ hochwertige Entwurf-Genom-Sequenz des Haushundes (Canis Familiaris), zusammen mit einer dichten Karte von Einzel-Nukleotid-Polymorphismen (SNPs) &uuml;ber Rassen. Der Hund ist von besonderem Interesse, da es wichtige evolution&auml;re Informationen bereitstellt und vorhandene Rassen gro&szlig;e ph&auml;notypische Vielfalt f&uuml;r Verhaltensst&ouml;rungen, morphologische und physiologische Merkmale zeigen. Wir verwenden Sequenz-Vergleich mit dem Primas und Nagetier-&Uuml;bertragungslinien, um Aufschluss &uuml;ber die Struktur und Entwicklung der Genome und Gene. Insbesondere sind die Mehrheit der meisten stark konservierten nicht-kodierenden Sequenzen in S&auml;ugetier-Genome gruppiert, in der N&auml;he eine kleine Teilmenge der Gene mit wichtigen Rollen in der Entwicklung. Analyse von SNPs Langstrecke Haplotypen &uuml;ber den gesamten Hund-Genoms offenbart, und definiert die Art der genetischen Vielfalt innerhalb und zwischen den Rassen. Die aktuelle SNP-Karte ist es jetzt m&ouml;glich f&uuml;r Genome-Wide Association Studies f&uuml;r Krankheiten und Z&uuml;ge, mit Konsequenzen f&uuml;r Mensch und Begleiter Tiergesundheit verantwortlichen Gene zu identifizieren.

Genom-Sequenz, vergleichende Analyse und Haplotype Struktur des inl&auml;ndischen Hundes.

Qui riportiamo una sequenza del genoma di alta qualit&agrave; bozza del cane domestico (Canis familiaris), insieme a una fitta mappa di polimorfismi a singolo nucleotide (SNPs) attraverso razze. Il cane &egrave; di particolare interesse perch&eacute; fornisce importanti informazioni evolutive e razze esistenti mostrano grande diversit&agrave; fenotipica per tratti morfologici, fisiologici e comportamentali. Usiamo il confronto di sequenza con il primate e lignaggi roditore di gettare luce sulla struttura e sull&#39;evoluzione di geni e genomi. In particolare, la maggior parte delle sequenze non codificanti pi&ugrave; altamente conservate nei genomi dei mammiferi &egrave; raggruppata vicino un piccolo sottoinsieme dei geni con ruoli importanti nello sviluppo. Analisi di SNPs rivela aplotipi a lungo raggio in tutto il genoma del cane intero e definisce la natura della diversit&agrave; genetica all&#39;interno e tra razze. La mappa attuale di SNP rende possibile per gli studi di associazione genome-wide per identificare i geni responsabili di malattie e tratti, con importanti conseguenze per l&#39;uomo e la salute animale compagno.

Sequenza del genoma, analisi comparativa e struttura aplotipo del cane domestico.

&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x4E00;&#x7DD2;&#x306B;&#x54C1;&#x7A2E;&#x9593;&#x306E;&#x4E00;&#x5869;&#x57FA;&#x591A;&#x578B;&#xFF08;SNP&#xFF09;&#x306E;&#x5BC6;&#x306A;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D7;&#x3068;&#x3001;&#x56FD;&#x5185;&#x306E;&#x72AC;&#xFF08;&#x30B1;&#x30A4;&#x30CD;&#x30B9;&#xB7;&#x30D5;&#x30A1;&#x30DF;&#x30EA;&#x30A2;&#x30EA;&#x30B9;&#xFF09;&#x306E;&#x9AD8;&#x54C1;&#x8CEA;&#x306E;&#x30C9;&#x30E9;&#x30D5;&#x30C8;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x5831;&#x544A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x65E2;&#x5B58;&#x306E;&#x54C1;&#x7A2E;&#x306F;&#x3001;&#x5F62;&#x614B;&#x5B66;&#x3001;&#x751F;&#x7406;&#x5B66;&#x7684;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x884C;&#x52D5;&#x7279;&#x6027;&#x306E;&#x5927;&#x304D;&#x306A;&#x8868;&#x73FE;&#x578B;&#x306E;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x306E;&#x3067;&#x3001;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x9032;&#x5316;&#x306E;&#x60C5;&#x5831;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x72AC;&#x304C;&#x7279;&#x306B;&#x91CD;&#x8981;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3068;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x3068;&#x9032;&#x5316;&#x306B;&#x5149;&#x3092;&#x5F53;&#x3066;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x970A;&#x9577;&#x985E;&#x3068;&#x9F67;&#x6B6F;&#x985E;&#x306E;&#x200B;&#x200B;&#x7CFB;&#x7D71;&#x3068;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x7279;&#x306B;&#x3001;&#x54FA;&#x4E73;&#x985E;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x4E2D;&#x3067;&#x6700;&#x3082;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x306B;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x975E;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x5927;&#x534A;&#x306F;&#x3001;&#x767A;&#x5C55;&#x306B;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x6301;&#x3064;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x5C0F;&#x3055;&#x306A;&#x30B5;&#x30D6;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306B;&#x8FD1;&#x3044;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002; SNP&#x306E;&#x89E3;&#x6790;&#x306F;&#x3001;&#x5168;&#x4F53;&#x306E;&#x72AC;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x5168;&#x4F53;&#x306E;&#x9577;&#x671F;&#x7684;&#x306A;&#x30CF;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x3001;&#x54C1;&#x7A2E;&#x5185;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x9593;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x306E;&#x6027;&#x8CEA;&#x3092;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x73FE;&#x5728;&#x306E;SNP&#x30DE;&#x30C3;&#x30D7;&#x306F;&#x73FE;&#x5728;&#x3001;&#x4EBA;&#x9593;&#x3068;&#x30B3;&#x30F3;&#x30D1;&#x30CB;&#x30AA;&#x30F3;&#x30A2;&#x30CB;&#x30DE;&#x30EB;&#x306E;&#x5065;&#x5EB7;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x5F71;&#x97FF;&#x3068;&#x3001;&#x75C5;&#x6C17;&#x3084;&#x5F62;&#x8CEA;&#x306E;&#x8CAC;&#x4EFB;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x540C;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30EF;&#x30A4;&#x30C9;&#x95A2;&#x9023;&#x7814;&#x7A76;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x305D;&#x308C;&#x304C;&#x53EF;&#x80FD;&#x306B;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x3001;&#x6BD4;&#x8F03;&#x89E3;&#x6790;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x56FD;&#x5185;&#x72AC;&#x306E;&#x30CF;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7;&#x69CB;&#x9020;

&#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC; &#xD488;&#xC885;&#xC5D0; &#xAC78;&#xCCD0; &#xB2E8;&#xC77C; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; polymorphisms (Snp)&#xC758; &#xBC00;&#xB3C4; &#xC9C0;&#xB3C4; &#xD568;&#xAED8; &#xAD6D;&#xB0B4; &#xAC1C; (Canis familiaris)&#xC758; &#xB192;&#xC740;-&#xD488;&#xC9C8; &#xCD08;&#xC548; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; &#xBCF4;&#xACE0;. &#xAC1C;&#xAC00; &#xC9C4;&#xD654; &#xD55C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC815;&#xBCF4;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558;&#xAE30; &#xB54C;&#xBB38;&#xC5D0; &#xD558; &#xACE0; &#xAE30;&#xC874; &#xD488;&#xC885; &#xD45C;&#xC2DC; &#xD615;&#xD0DC;, &#xC0DD;&#xB9AC; &#xBC0F; &#xD589;&#xB3D9; &#xD2B9;&#xC131;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD6CC;&#xB96D;&#xD55C; phenotypic &#xB2E4;&#xC591;&#xC131; &#xB54C;&#xBB38;&#xC5D0; &#xD2B9;&#xD788; &#xAD00;&#xC2EC;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC640; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC9C4;&#xD654;&#xC640; &#xAD6C;&#xC870;&#xC5D0; &#xBE5B;&#xC744; &#xBC1C;&#xC0B0; &#xD558; &#xAC8C; &#xC601;&#xC7A5;&#xB958; &#xBC0F; &#xC124;&#xCE58;&#xB958; lineages &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBE44;&#xAD50;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xD2B9;&#xD788;, &#xB300;&#xBD80;&#xBD84;&#xC758; &#xD3EC;&#xC720;&#xB958; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xAC00;&#xC7A5; &#xB192;&#xC740; &#xBCF4;&#xC874;&#xB41C; &#xBE44; &#xCF54;&#xB529; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xAC1C;&#xBC1C;&#xC5D0; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xAC00;&#xC9C4; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC791;&#xC740; &#xBD80;&#xBD84; &#xC9D1;&#xD569; &#xADFC;&#xCC98; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130; &#xB41C;. Snp &#xBD84;&#xC11D; &#xC804;&#xCCB4; &#xAC1C; &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0; &#xAC78;&#xCCD0; &#xC7A5;&#xAC70;&#xB9AC; haplotypes &#xACC4;&#xC2DC; &#xACE0; &#xD488;&#xC885;&#xC5D0; &#xAC78;&#xCCD0; &#xC720;&#xC804;&#xC801; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131;&#xC758; &#xD2B9;&#xC131;&#xC744; &#xC815;&#xC758; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xD604;&#xC7AC; SNP &#xC9C0;&#xB3C4; &#xC9C0;&#xAE08; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC9C8;&#xBCD1; &#xBC0F; &#xC778; &#xAC04;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xACB0;&#xACFC;&#xC640; &#xB3D9;&#xBC18;&#xC790; &#xB3D9;&#xBB3C; &#xAC74;&#xAC15; &#xD2B9;&#xC131;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xCC45;&#xC784;&#xC744; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558;&#xB294; &#xAC8C;&#xB188; &#xB113;&#xC740; &#xD611;&#xD68C; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;, &#xBE44;&#xAD50; &#xBD84;&#xC11D; &#xBC0F; &#xAD6D;&#xB0B4; &#xAC1C; haplotype &#xAD6C;&#xC870;.

Aqu&#xED; se presenta un borrador de secuencia de alta calidad del genoma del perro dom&#xE9;stico (Canis familiaris), junto con un mapa denso de polimorfismos de nucle&#xF3;tido &#xFA;nico (SNP) a trav&#xE9;s de las razas. El perro es de particular inter&#xE9;s ya que proporciona informaci&#xF3;n importante y de la evoluci&#xF3;n, porque las razas existentes muestran una gran diversidad fenot&#xED;pica de los rasgos morfol&#xF3;gicos, fisiol&#xF3;gicos y de comportamiento. Nuestro m&#xE9;todo de comparaci&#xF3;n de secuencias con los linajes de primates y roedores para arrojar luz sobre la estructura y evoluci&#xF3;n de los genomas y genes. Cabe destacar que la mayor&#xED;a de los m&#xE1;s altamente conservadas las secuencias no codificantes en genomas de mam&#xED;feros se agrupan cerca de un peque&#xF1;o subconjunto de genes con funciones importantes en el desarrollo. El an&#xE1;lisis de los SNP revela a largo plazo a trav&#xE9;s de haplotipos del genoma del perro, y define la naturaleza de la diversidad gen&#xE9;tica dentro y entre las razas. El actual mapa de SNP, ahora es posible para todo el genoma estudios de asociaci&#xF3;n para identificar los genes responsables de enfermedades y caracter&#xED;sticas, con importantes consecuencias para la salud humano y el animal.

Secuencia del Genoma, el an&#xE1;lisis comparativo y la estructura de haplotipos del perro dom&#xE9;stico

Although a number of bacteria are known to be capable of generating an electrical current, the diversity of electrogenic bacteria in soils and the commonality across soil types is relatively unknown. Simple bioelectrochemical cells were constructed to measure the electrogenic capacity and community composition of bacteria originating on cell anodes from three biogeochemically distinct soil types. All three soils supported electrogenic activity, amounting to a maximum sustained current of 1.5-2.1 mA over 55 days. Analysis of fatty acids identified differences in microbial community composition between anode biofilms and far-field soil materials. Anode communities showed greater percentages of fatty acids indicative of Gram-negative bacteria and Actinomycetes. By analysis of anode biofilm genomic DNA via terminal-restriction fragment-length polymorphisms, commonalities in community composition across the three soil types were identified, specifically, the putative presence of bacterial species belonging to the α- and ß-Proteobacteria and the Firmicutes. Subsequent culture and isolation of bacteria from the anodes confirmed the presence of similar classes of bacteria. Results showed that, under saturated conditions, different soils can support electrogenic activity and that the bacterial communities that develop on the anodes share certain common inherent community traits.

Electrogenic capacity and community composition of anodic biofilms in soil-based bioelectrochemical systems.

The ease of generating high-throughput data has enabled investigations into organismal complexity at the systems level through the inference of networks of interactions among the various cellular components (genes, RNAs, proteins and metabolites). The wider scientific community, however, currently has limited access to tools for network inference, visualization and analysis because these tasks often require advanced computational knowledge and expensive computing resources. We have designed the network portal (http://networks.systemsbiology.net) to serve as a modular database for the integration of user uploaded and public data, with inference algorithms and tools for the storage, visualization and analysis of biological networks. The portal is fully integrated into the Gaggle framework to seamlessly exchange data with desktop and web applications and to allow the user to create, save and modify workspaces, and it includes social networking capabilities for collaborative projects. While the current release of the database contains networks for 13 prokaryotic organisms from diverse phylogenetic clades (4678 co-regulated gene modules, 3466 regulators and 9291 cis-regulatory motifs), it will be rapidly populated with prokaryotic and eukaryotic organisms as relevant data become available in public repositories and through user input. The modular architecture, simple data formats and open API support community development of the portal.

Karen Foley

Biogeochemical Sciences Branch,
Cold Regions Research and Engineering Laboratory,
Biogeochemical Sciences Branch, Cold Regions Research and Engineering Laboratory

US Army Engineer Research & Development Center, Hanover, NH

Removal of Exogenous Materials from the Outer Portion of Frozen Cores to Investigate the Ancient Biological Communities Harbored Inside

Karen Foley

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US Army Engineer Research & Development Center, Hanover, NH

Removal of Exogenous Materials from the Outer Portion of Frozen Cores to Investigate the Ancient Biological Communities Harbored Inside

Biogeochemical Sciences Branch,
Cold Regions Research and Engineering Laboratory,
Biogeochemical Sciences Branch, Cold Regions Research and Engineering Laboratory