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iCLIP - Transcriptome-wide Mapping of Protein-RNA Interactions with Individual Nucleotide Resolution

The unique composition and spatial arrangement of RNA-binding proteins (RBPs) on a transcript guide the diverse aspects of post-transcriptional ...

Medical Research Council - MRC

Formation de culture polaire hyphes est essentiel pour l&#39;infection par le phytopathog&egrave;ne Ustilago maydis. Ici, nous observons que la perte de prot&eacute;ine RNA-reconnaissance de motif Rrm4 entra&icirc;ne la formation d&#39;hyphes anormales. L&#39;insertion des cloisons au p&ocirc;le distal fut abolie, et un nombre significativement accru d&#39;hyphes a grandi bipolarly. UV-r&eacute;ticulation exp&eacute;riences ont r&eacute;v&eacute;l&eacute; que les Rrm4 li&eacute; RNA via sa forme N-terminale et que son activit&eacute; de liaison &agrave; l&#39;ARN a &eacute;t&eacute; consid&eacute;rablement augment&eacute;e au cours de la formation de filaments. Rrm4 assembl&eacute;s en particules qui fait la navette dans les deux sens le long des microtubules vers les deux p&ocirc;les. Recrutement de Rrm4 en particules ont augment&eacute; au cours de la filamentation et mutations dans la poche de liaison peptidique de son domaine APCB caus&eacute; la formation de particules anormales ainsi que tout d&eacute;faut de polarit&eacute;. La navette a &eacute;t&eacute; v&eacute;hicul&eacute;e par transport actif parce que provoquent des pertes de kin&eacute;sine conventionnelle, qui perturbe l&#39;&eacute;quilibre des moteurs de microtubule-d&eacute;pendante, l&#39;accumulation de particules aux p&ocirc;les r&eacute;sultant en polarit&eacute; perturb&eacute;e. Ainsi, transport constant de la prot&eacute;ine de liaison &agrave; l&#39;ARN vers les p&ocirc;les est n&eacute;cessaires pour orchestrer la croissance des hyphes. Puisque le MRR N-terminale qui m&egrave;ne &agrave; une mutation r&eacute;duit polarit&eacute; ARN contraignantes in vivo &eacute;galement touch&eacute;s, Rrm4 pourrait contr&ocirc;ler la polarit&eacute; des hyphes infectieuses RNA en transportant du noyau vers les p&ocirc;les cellulaires.

La prot&eacute;ine de liaison &agrave; l&#39;ARN Rrm4 est essentiel pour la polarit&eacute; en Ustilago maydis et navettes le long des microtubules.

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RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D; Rrm4 &#x662F;&#x6781;&#x6027;&#x9ED1;&#x7C89;&#x75C5;&#x548C;&#x822A;&#x5929;&#x98DE;&#x673A;&#x6CBF;&#x5FAE;&#x7BA1;&#x7684;&#x5FC5;&#x8981;&#x6761;&#x4EF6;&#x3002;

Formation of polar-growing hyphae is essential for infection by the plant pathogen Ustilago maydis. Here we observe that loss of RNA-recognition motif protein Rrm4 caused formation of abnormal hyphae. The insertion of septa at the distal pole was abolished and a significantly increased number of hyphae grew bipolarly. UV-crosslinking experiments revealed that Rrm4 bound RNA via its N-terminal RRMs and that its RNA-binding activity was substantially increased during filamentation. Rrm4 assembled into particles that shuttled bidirectionally along microtubules to both poles. Recruitment of Rrm4 into particles increased during filamentation, and mutations in the peptide-binding pocket of its PABC domain caused abnormal particle formation as well as polarity defects. Shuttling was mediated by active transport because loss of conventional kinesin, which interferes with the balance of microtubule-dependent motors, caused accumulation of particles at the poles resulting in disturbed polarity. Thus, constant transport of the RNA-binding protein towards the poles is needed to orchestrate hyphal growth. Since a mutation of the N-terminal RRM that leads to reduced RNA binding in vivo also affected polarity, Rrm4 might regulate polarity of the infectious hyphae by transporting RNA from the nucleus to cell poles.

The RNA-binding protein Rrm4 is essential for polarity in Ustilago maydis and shuttles along microtubules.

Bildung von polar wachsenden Hyphen ist unerl&auml;sslich f&uuml;r eine Infektion durch Erreger der Pflanze Ustilago Maydis. Hier beobachten wir diesen Verlust von RNA-Anerkennung Motiv Protein Rrm4, die Bildung der abnormen Hyphen verursacht. Das Einf&uuml;gen von Septen am distalen Pol wurde abgeschafft und eine deutlich erh&ouml;hte Anzahl von Hyphen wuchsen bipolarly. UV-vernetzender Experimente gezeigt, dass Rrm4 &uuml;ber seine RRMs N-terminalen RNA gebunden und seine RNS-bindene Aktivit&auml;t w&auml;hrend Filamentation deutlich erh&ouml;ht wurde. Rrm4 montiert in Teilchen, die bidirektional entlang der Mikrotubuli zu beiden Polen pendelte. Rekrutierung von Rrm4 in Teilchen w&auml;hrend Filamentation erh&ouml;ht, und Mutationen in der Peptid-Bindung-Tasche von seiner PABC-Dom&auml;ne verursacht abnormale Partikelbildung sowie Polarit&auml;t M&auml;ngel. Pendelt wurde durch aktiven Transport vermittelt, weil konventionelle Muskelkontraktion, die das Gleichgewicht des Microtubule-abh&auml;ngige Motoren behindert, Ansammlung von Teilchen an den Polen, was zu gest&ouml;rten Polarit&auml;t verursacht. Daher ist st&auml;ndige Transport der RNS-bindene Proteine zu den Polen erforderlich, geflochtenen Wachstum zu orchestrieren. Da eine Mutation von der N-terminalen RRM, das f&uuml;hrt zu RNA-Bindung in-vivo auch betroffen Polarit&auml;t reduziert, k&ouml;nnte Rrm4 Polarit&auml;t der den infekti&ouml;sen Hyphen durch den RNA Transport vom Kern zu Polen der Zelle regulieren.

Das RNS-bindene Protein unbedingt Rrm4 Polarit&auml;t in Ustilago Maydis und Shuttles entlang der Mikrotubuli.

Formazione di polar crescente IFE &egrave; essenziale per l&#39;infezione dall&#39;agente patogeno della pianta Ustilago maydis. Qui osserviamo che la perdita della proteina di RNA-riconoscimento motivo Rrm4 ha causato la formazione di ife anormale. L&#39;inserimento di setti al polo distale &egrave; stata abolita e un numero significativamente maggiore di ife &egrave; cresciuto bipolarly. Reticolazione UV esperimenti hanno rivelato che Rrm4 associato RNA tramite sua RRMs N-terminale e che l&#39;attivit&agrave; RNA-binding &egrave; stato aumentato sostanzialmente durante filamentation. Rrm4 assemblati in particelle che in entrambe le direzioni lungo microtubuli la spola per entrambi i poli. Assunzione di Rrm4 in particelle aumentata durante filamentation e mutazioni nella tasca del peptide-associazione del suo dominio PABC causato formazione anomala delle particelle cos&igrave; come difetti di polarit&agrave;. La spola &egrave; stata mediata da trasporto attivo perch&eacute; perdita di chinesina convenzionale, che interferisce con l&#39;equilibrio dei motori microtubulo-dipendenti, ha causato accumulo di particelle presso i poli con conseguente disturbato polarit&agrave;. Cos&igrave;, trasporto costante di RNA-binding protein verso i poli &egrave; necessario per orchestrare la crescita ifale. Poich&eacute; una mutazione del RRM N-terminale che conduce al ridotto polarit&agrave; RNA binding in vivo anche colpiti, Rrm4 possa regolare la polarit&agrave; delle ife infettive trasportando RNA dal nucleo ai poli della cellula.

RNA-binding protein Rrm4 &egrave; essenziale per la polarit&agrave; in Ustilago maydis e navette lungo microtubuli.

&#x6975;&#x5730;&#x6210;&#x9577;&#x306E;&#x5F62;&#x6210;&#x83CC;&#x7CF8;&#x304C;&#x690D;&#x7269;&#x75C5;&#x539F;&#x83CC;&#x30C8;&#x30A6;&#x30E2;&#x30ED;&#x30B3;&#x30B7;&#x9ED2;&#x7A42;&#x75C5;&#x83CC;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x611F;&#x67D3;&#x75C7;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x4E0D;&#x53EF;&#x6B20;&#x3067;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x305D;&#x306E; RNA &#x8A8D;&#x8B58;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x7570;&#x5E38;&#x306A;&#x83CC;&#x7CF8;&#x5F62;&#x6210;&#x306B;&#x3088;&#x308B; Rrm4 &#x306E;&#x640D;&#x5931;&#x3092;&#x89B3;&#x5BDF;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x9060;&#x4F4D;&#x306E;&#x6975;&#x30BB;&#x30D7;&#x30BF;&#x306E;&#x633F;&#x5165;&#x304C;&#x5EC3;&#x6B62;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x5927;&#x5E45;&#x306B;&#x5897;&#x3048;&#x305F;&#x83CC;&#x7CF8;&#x306E;&#x5358;&#x6975;&#x80B2;&#x3063;&#x305F;&#x3002;UV &#x67B6;&#x6A4B;&#x5B9F;&#x9A13;&#x3067;&#x306F;&#x3001;Rrm4 &#x304C;&#x305D;&#x306E; N &#x672B;&#x7AEF;&#x30B9;&#x30DA;&#x30FC;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x7D4C;&#x7531; RNA &#x3092;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C9;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x305D;&#x306E; RNA &#x7D50;&#x5408;&#x6D3B;&#x6027;&#x7D30;&#x7DDA;&#x4E2D;&#x306B;&#x5927;&#x5E45;&#x306B;&#x5897;&#x52A0;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;Rrm4 &#x306F;&#x53CC;&#x65B9;&#x5411;&#x3067;&#x306E;&#x5FAE;&#x5C0F;&#x7BA1;&#x306B;&#x6CBF;&#x3063;&#x3066;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E;&#x68D2;&#x306B;&#x5F80;&#x5FA9;&#x7C92;&#x5B50;&#x306B;&#x7D44;&#x307F;&#x7ACB;&#x3066;&#x3002;Rrm4 &#x306E;&#x52DF;&#x96C6;&#x7C92;&#x5B50;&#x306B;&#x7D30;&#x7DDA;&#x4E2D;&#x306B;&#x5897;&#x52A0;&#x3057;&#x3001;&#x6975;&#x6027;&#x306E;&#x6B20;&#x9665;&#x3068;&#x540C;&#x69D8;&#x306B;&#x7570;&#x5E38;&#x306A;&#x7C92;&#x5B50;&#x5F62;&#x6210;&#x305D;&#x306E; PABC &#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x306E;&#x30DA;&#x30D7;&#x30C1;&#x30C9;&#x7D50;&#x5408;&#x30DD;&#x30B1;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x5909;&#x7570;&#x3092;&#x5F15;&#x304D;&#x8D77;&#x3053;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x90AA;&#x9B54;&#x6975;&#x6027;&#x3067;&#x751F;&#x3058;&#x308B;&#x6975;&#x3067;&#x306E;&#x7C92;&#x5B50;&#x306E;&#x84C4;&#x7A4D;&#x306E;&#x5FAE;&#x5C0F;&#x7BA1;&#x30E2;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x306E;&#x30D0;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x3068;&#x5E72;&#x6E09;&#x3059;&#x308B;&#x3001;&#x5F93;&#x6765;&#x306E;&#x30AD;&#x30CD;&#x30B7;&#x30F3;&#x306E;&#x640D;&#x5931;&#x3092;&#x5F15;&#x304D;&#x8D77;&#x3053;&#x3057;&#x305F;&#x306E;&#x3067;&#x5F80;&#x5FA9;&#x80FD;&#x52D5;&#x8F38;&#x9001;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x4EF2;&#x4ECB;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x4E00;&#x5B9A;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30FC;&#x30C8;&#x6975;&#x306B;&#x5411;&#x304B;&#x3063;&#x3066; RNA &#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x83CC;&#x7CF8;&#x306E;&#x4F38;&#x9577;&#x3092;&#x8ABF;&#x6574;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x5FC5;&#x8981;&#x3067;&#x3059;&#x3002;RNA &#x7D50;&#x5408; in vivo &#x3082;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x53D7;&#x3051;&#x308B;&#x6975;&#x6027;&#x306B;&#x3064;&#x306A;&#x304C;&#x308B; N &#x672B;&#x7AEF; RRM &#x306E;&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x3092;&#x6E1B;&#x5C11;&#x3059;&#x308B;&#x306E;&#x3067;&#x3001;Rrm4 &#x306F;&#x6838;&#x304B;&#x3089;&#x7D30;&#x80DE;&#x6975;&#x306B; RNA &#x3092;&#x8EE2;&#x9001;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3067;&#x611F;&#x67D3;&#x83CC;&#x7CF8;&#x306E;&#x6975;&#x6027;&#x3092;&#x898F;&#x5236;&#x3059;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

RNA &#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA; Rrm4 &#x6975;&#x6027;&#x30C8;&#x30A6;&#x30E2;&#x30ED;&#x30B3;&#x30B7;&#x9ED2;&#x7A42;&#x75C5;&#x83CC;&#x3068;&#x5FAE;&#x5C0F;&#x7BA1;&#x306B;&#x6CBF;&#x3063;&#x3066;&#x306E;&#x30B7;&#x30E3;&#x30C8;&#x30EB;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4E0D;&#x53EF;&#x6B20;&#x3067;&#x3059;&#x3002;

&#xC131;&#xC7A5; &#xD558; &#xACE0; &#xADF9;&#xC758; &#xD615;&#xC131; &#xADE0; Ustilago maydis &#xC2DD;&#xBB3C; &#xBCD1;&#xC6D0; &#xCCB4;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xAC10;&#xC5FC;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD544;&#xC218;&#xC801;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xAD00;&#xCC30; RNA &#xC778;&#xC2DD; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC778; &#xD55C; &#xBE44;&#xC815;&#xC0C1;&#xC801;&#xC778; &#xADE0;&#xC758; &#xD615;&#xC131; rrm4&#xC758; &#xC190;&#xC2E4;. Septa &#xB9D0; &#xCD08; &#xADF9;&#xC5D0;&#xC758; &#xC0BD;&#xC785; &#xD3D0;&#xC9C0; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4; &#xACE0; &#xADE0; &#xC218;&#xAC00; &#xD06C;&#xAC8C; &#xC99D;&#xAC00; bipolarly &#xC131;&#xC7A5; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC790;&#xC678;&#xC120; &#xAC00;&#xAD50; &#xC2E4;&#xD5D8; rrm4&#xC758; N &#xB2E8;&#xC790; RRMs &#xD1B5;&#xD574; RNA&#xB97C; &#xBC14;&#xC6B4;&#xB4DC; &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; RNA &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xD65C;&#xB3D9; filamentation &#xB3D9;&#xC548; &#xC2E4;&#xC9C8;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC99D;&#xAC00; &#xD588;&#xB2E4;. Rrm4 microtubules &#xB530;&#xB77C; &#xC591;&#xBC29;&#xD5A5;&#xC73C;&#xB85C; &#xB450; &#xAE30;&#xB465;&#xC744; shuttled &#xC785;&#xC790;&#xB85C; &#xC870;&#xB9BD;. Filamentation, &#xB3D9;&#xC548; &#xC785;&#xC790;&#xC5D0; rrm4&#xC758; &#xCC44;&#xC6A9; &#xC99D;&#xAC00; &#xBC0F; PABC &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778;&#xC758; &#xD3A9; &#xD2F0; &#xB4DC; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC8FC;&#xBA38;&#xB2C8;&#xC5D0; &#xBCC0;&#xC774; &#xBC1C;&#xC0DD; &#xADF9;&#xC131; &#xACB0;&#xD568;&#xC73C;&#xB85C; &#xBE44;&#xC815;&#xC0C1;&#xC801;&#xC778; &#xC785;&#xC790; &#xD615;&#xC131;. &#xC561;&#xD2F0;&#xBE0C; &#xAD50;&#xD1B5; microtubule &#xC885;&#xC18D; &#xBAA8;&#xD130;&#xC758; &#xADE0;&#xD615;&#xC744; &#xBC29;&#xD574;, &#xAE30;&#xC874;&#xC758; kinesin &#xC190;&#xC2E4; &#xBC1C;&#xC0DD; &#xBC29;&#xD574; &#xADF9;&#xC131;&#xC5D0; &#xB530;&#xB978; &#xADF9;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC785;&#xC790;&#xC758; &#xCD95;&#xC801; &#xB54C;&#xBB38;&#xC5D0; &#xC911;&#xC7AC;&#xB294; &#xC600;&#xC8E0;. &#xB530;&#xB77C;&#xC11C;, &#xD3F4;&#xB780;&#xB4DC; &#xCABD;&#xC73C;&#xB85C; RNA &#xC758;&#xBB34;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xC77C;&#xC815; &#xC804;&#xC1A1; hyphal &#xC131;&#xC7A5; &#xC870;&#xC815; &#xD544;&#xC694; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB9AC;&#xB4DC; N &#xD130;&#xBBF8;&#xB110; RRM&#xC758; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; RNA &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0DD;&#xCCB4; &#xC870;&#xAC74; &#xB610;&#xD55C; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xADF9;&#xC131;&#xAE4C;&#xC9C0; &#xAC10;&#xC18C;, &#xB54C;&#xBB38;&#xC5D0; Rrm4 &#xC140; &#xAE30;&#xB465;&#xC5D0; &#xD575;&#xC5D0;&#xC11C; RNA&#xB97C; &#xC6B4;&#xBC18; &#xD558; &#xC5EC; &#xC804;&#xC5FC; &#xC131; &#xADE0;&#xC758; &#xADF9;&#xC131;&#xC744; &#xC870;&#xC808; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

RNA &#xC758;&#xBB34;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; Rrm4 Ustilago maydis microtubules &#xB530;&#xB77C; &#xC154;&#xD2C0;&#xC5D0; &#xADF9;&#xC131;&#xC744; &#xC704;&#xD574; &#xD544;&#xC218;&#xC801; &#xC774;&#xB2E4;.

Formaci&oacute;n de crecimiento polar hifas es esencial para la infecci&oacute;n por el pat&oacute;geno de la planta Ustilago maydis. Aqu&iacute; observamos que la p&eacute;rdida de prote&iacute;na de adorno de RNA-reconocimiento Rrm4 causada la formaci&oacute;n de hifas anormales. La inserci&oacute;n de tabiques en el polo distal fue suprimida y un n&uacute;mero significativamente mayor de hifas creci&oacute; bipolarly. UV-reticulaci&oacute;n experimentos revelaron que Rrm4 enlazan RNA mediante su EMRR N-terminal y que su actividad de uni&oacute;n de ARN fue aumentado substancialmente durante filamentaci&oacute;n. Rrm4 montado en part&iacute;culas que enviados de forma bidireccional a lo largo de los microt&uacute;bulos a ambos polos. Reclutamiento de Rrm4 en part&iacute;culas aument&oacute; durante filamentaci&oacute;n, y mutaciones en el bolsillo de uni&oacute;n pept&iacute;dica su dominio PABC causaron la formaci&oacute;n anormal de la part&iacute;cula as&iacute; como defectos de polaridad. Realizar la transici&oacute;n fue mediada por transporte activo debido a p&eacute;rdida de kinesin convencional, que interfiere con el balance de motores dependiente de microt&uacute;bulos, acumulaci&oacute;n de part&iacute;culas en los polos, dando por resultado la polaridad perturbada. Por lo tanto, se necesita transporte constante de la prote&iacute;na de uni&oacute;n de ARN hacia los polos orquestar crecimiento hifal. Puesto que una mutaci&oacute;n de la MRA N-terminal que conduce a reduce la polaridad del enlace de RNA in vivo tambi&eacute;n afectado, Rrm4 podr&iacute;a regular la polaridad de las hifas infecciosas transportando RNA del n&uacute;cleo a los polos celulares.

La prote&iacute;na de uni&oacute;n de ARN Rrm4 es esencial para la polaridad en Ustilago maydis y traslados a lo largo de los microt&uacute;bulos.

Aptameri sono acido nucleico piccoli ligandi che si legano ai loro bersagli con specificit&agrave; e ad alta affinit&agrave;. Sono generati da una tecnologia combinatoria, nota come SELEX. Questo approccio in vitro utilizza cicli iterativi di arricchimento e di amplificazione per selezionare leganti dalle biblioteche dell&#39;acido nucleico di elevata complessit&agrave;. Qui combiniamo SELEX con il sistema di tre-ibrido del lievito per poter selezionare per aptameri RNA con attivit&agrave; di associazione in vivo. Come una molecola bersaglio, abbiamo scelto il RNA riconoscimento motivo contenente RNA-binding protein Rrm4 dal patogeno granoturco Ustilago maydis. Rrm4 &egrave; una proteina di ELAV-like contenente tre motivi di riconoscimento di RNA N-terminale (RRMs). &Egrave; stato implicato nel trasporto di microtubule-dependent RNA durante lo sviluppo di patogeno. Dopo 11 cicli di SELEX, aptamer quattro classi sono state identificate. Queste sequenze sono state ulteriormente proiettate per la loro attivit&agrave; in vivo associazione applicando il sistema di tre-ibrido del lievito. Le classi iniziali aptamer solo i membri delle due classi sono stati in grado di legarsi in vivo. Prova i rappresentanti di entrambe le classi contro varianti Rrm4 mutati in uno dei tre domini RRM ha rivelato che questi aptameri hanno interagito con il terzo RRM. Cos&igrave;, il sistema di tre-ibrido del lievito &egrave; un utile estensione del protocollo SELEX per l&#39;identificazione e la caratterizzazione di aptameri con attivit&agrave; di associazione in vivo.

Combinando SELEX e il sistema di tre-ibrido del lievito per selezione in vivo e la classificazione di aptameri di RNA.

&#x9002;&#x914D;&#x5B50;&#x90FD;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x5230;&#x5176;&#x76EE;&#x6807;&#x5177;&#x6709;&#x7279;&#x5F02;&#x6027;&#x548C;&#x9AD8;&#x4EB2;&#x548C;&#x529B;&#x7684;&#x5C0F;&#x6838;&#x9178;&#x914D;&#x4F53;&#x3002;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x7531;&#x7EC4;&#x5408;&#x6280;&#x672F;&#xFF0C;&#x79F0;&#x4E3A;&#x6280;&#x672F;&#x751F;&#x6210;&#x3002;&#x6B64;&#x4F53;&#x5916;&#x65B9;&#x6CD5;&#x4F7F;&#x7528;&#x6D53;&#x7F29;&#x548C;&#x653E;&#x5927;&#x7684;&#x8FED;&#x4EE3;&#x5468;&#x671F;&#x6765;&#x9AD8;&#x590D;&#x6742;&#x6027;&#x7684;&#x6838;&#x9178;&#x5E93;&#x4E2D;&#x9009;&#x62E9;&#x7C98;&#x5408;&#x5242;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x7ED3;&#x5408;&#x6280;&#x672F;&#x9175;&#x6BCD;&#x4E09;&#x6742;&#x4EA4;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x8981;&#x4E0E;&#x4F53;&#x5185;&#x7ED3;&#x5408;&#x6D3B;&#x6027;&#x7684; RNA &#x9002;&#x914D;&#x5B50;&#x9009;&#x62E9;&#x3002;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x4E00;&#x4E2A;&#x76EE;&#x6807;&#x5206;&#x5B50;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x9009;&#x62E9;&#x7684; RNA &#x8BC6;&#x522B;&#x6BCD;&#x9898;&#x542B; RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D; Rrm4 &#x4ECE;&#x7389;&#x7C73;&#x75C5;&#x539F;&#x9ED1;&#x7C89;&#x75C5;&#x3002;Rrm4 &#x662F;&#x5305;&#x542B;&#x4E09;&#x4E2A; N &#x7EC8;&#x7AEF; RNA &#x8BC6;&#x522B;&#x56FE;&#x6848; (RRMs) ELAV &#x6837;&#x86CB;&#x767D;&#x3002;&#x5B83;&#x4E00;&#x76F4;&#x5728;&#x53C2;&#x4E0E;&#x5FAE;&#x7BA1;&#x4F9D;&#x8D56; RNA &#x8FD0;&#x8F93;&#x671F;&#x95F4;&#x81F4;&#x75C5;&#x6027;&#x53D1;&#x5C55;&#x3002;11 &#x6280;&#x672F;&#x5468;&#x671F;&#xFF0C;&#x786E;&#x5B9A;&#x4E86;&#x7C7B;&#x7684;&#x56DB;&#x4E2A;&#x9644;&#x7740;&#x540E;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x5E8F;&#x5217;&#x8FDB;&#x884C;&#x4E86;&#x8FDB;&#x4E00;&#x6B65;&#x7B5B;&#x9009;&#x9175;&#x6BCD;&#x4E09;&#x6742;&#x4EA4;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x7684;&#x5E94;&#x7528;&#x5176;&#x4F53;&#x5185;&#x7ED3;&#x5408;&#x6D3B;&#x6027;&#x3002;&#x521D;&#x59CB;&#x9002;&#x914D;&#x7C7B;&#x7684;&#x53EA;&#x6709;&#x8FD9;&#x4E24;&#x4E2A;&#x7C7B;&#x7684;&#x6210;&#x5458;&#x662F;&#x80FD;&#x591F;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x5728;&#x4F53;&#x5185;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E24;&#x4E2A;&#x7C7B;&#x6D88;&#x9664;&#x7A81;&#x53D8;&#x4E2D;&#x7684;&#x4E09;&#x4E2A; RRM &#x57DF;&#x4E4B;&#x4E00;&#x7684; Rrm4 &#x53D8;&#x79CD;&#x7684;&#x6D4B;&#x8BD5;&#x4EE3;&#x8868;&#x900F;&#x9732;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x9002;&#x914D;&#x5B50;&#x4EA4;&#x4E92;&#x4E09; RRM&#x3002;&#x56E0;&#x6B64;&#xFF0C;&#x9175;&#x6BCD;&#x4E09;&#x6742;&#x4EA4;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x662F;&#x6709;&#x7528;&#x6269;&#x5C55;&#x6280;&#x672F;&#x9002;&#x914D;&#x5B50;&#x4E0E;&#x4F53;&#x5185;&#x7ED3;&#x5408;&#x6D3B;&#x6027;&#x7684;&#x9274;&#x5B9A;&#x53CA;&#x5176;&#x8BAE;&#x5B9A;&#x4E66; &#x300B;&#x3002;

&#x7ED3;&#x5408;&#x6280;&#x672F;&#x548C;&#x9175;&#x6BCD;&#x4E09;&#x6742;&#x4EA4;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x7684;&#x4F53;&#x5185;&#x7B5B;&#x9009;&#x548C; RNA &#x9002;&#x914D;&#x5B50;&#x5206;&#x7C7B;&#x3002;

Aptamers are small nucleic acid ligands that bind to their targets with specificity and high affinity. They are generated by a combinatorial technology, known as SELEX. This in vitro approach uses iterative cycles of enrichment and amplification to select binders from nucleic acid libraries of high complexity. Here we combine SELEX with the yeast three-hybrid system in order to select for RNA aptamers with in vivo binding activity. As a target molecule, we chose the RNA recognition motif-containing RNA-binding protein Rrm4 from the corn pathogen Ustilago maydis. Rrm4 is an ELAV-like protein containing three N-terminal RNA recognition motifs (RRMs). It has been implicated in microtubule-dependent RNA transport during pathogenic development. After 11 SELEX cycles, four aptamer classes were identified. These sequences were further screened for their in vivo binding activity applying the yeast three-hybrid system. Of the initial aptamer classes only members of two classes were capable of binding in vivo. Testing representatives of both classes against Rrm4 variants mutated in one of the three RRM domains revealed that these aptamers interacted with the third RRM. Thus, the yeast three-hybrid system is a useful extension to the SELEX protocol for the identification and characterization of aptamers with in vivo binding activity.

Combining SELEX and the yeast three-hybrid system for in vivo selection and classification of RNA aptamers.

Aptam&egrave;res sont des ligands de petits acides nucl&eacute;iques qui se lient &agrave; leurs cibles avec la sp&eacute;cificit&eacute; et l&#39;affinit&eacute; &eacute;lev&eacute;e. Ils sont g&eacute;n&eacute;r&eacute;s par une technologie combinatoire, appel&eacute;e SELEX. Cette approche in vitro utilise les cycles it&eacute;ratifs d&#39;enrichissement et d&#39;amplification pour s&eacute;lectionner les liants des biblioth&egrave;ques d&#39;acides nucl&eacute;iques de grande complexit&eacute;. Ici, nous combinons SELEX avec le syst&egrave;me de trois-hybride de levure afin de s&eacute;lectionner pour RNA aptam&egrave;res avec activit&eacute; de liaison in vivo. Comme une mol&eacute;cule cible, nous avons choisi la RNA reconnaissance motif liant l&#39;ARN prot&eacute;ine contenant Rrm4 de l&#39;agent pathog&egrave;ne du ma&iuml;s Ustilago maydis. Rrm4 est une prot&eacute;ine ELAV contenant trois motifs de reconnaissance du RNA N-terminal (SPC). Il a &eacute;t&eacute; impliqu&eacute; dans le transport de RNA d&eacute;pendant du microtubule pendant le d&eacute;veloppement de pathog&egrave;ne. Apr&egrave;s 11 cycles de SELEX, aptam&egrave;re quatre classes ont &eacute;t&eacute; identifi&eacute;s. Plus loin, ces s&eacute;quences ont &eacute;t&eacute; cribl&eacute;s pour leur activit&eacute; de liaison in vivo, appliquant le syst&egrave;me de trois-hybride de levure. Des classes aptam&egrave;re initial, seuls les membres des deux classes ont &eacute;t&eacute; capables de se lier in vivo. Tests des repr&eacute;sentants des deux classes Rrm4 variants mut&eacute;s dans l&#39;un des trois domaines RRM a r&eacute;v&eacute;l&eacute; que ces aptam&egrave;res interagissent avec le troisi&egrave;me MRR. Ainsi, le syst&egrave;me de trois-hybride de levure est une extension utile au protocole SELEX pour l&#39;identification et la caract&eacute;risation des aptam&egrave;res avec activit&eacute; de liaison in vivo.

Combinant SELEX et le syst&egrave;me de trois-hybride de levure pour la s&eacute;lection in vivo et classification des aptam&egrave;res RNA.

Aptamere sind kleine Nukleins&auml;ure-Liganden, die ihre Ziele mit Spezifit&auml;t und hohe Affinit&auml;t zu binden. Sie werden durch eine kombinatorische Technik, bekannt als SELEX generiert. Dieser in-vitro-Ansatz verwendet iterative Zyklen Anreicherungs-und Verst&auml;rkung zur Bindemittel aus Nukleins&auml;ure-Bibliotheken von hoher Komplexit&auml;t. Hier verbinden wir SELEX mit der Hefe-drei-Hybrid-System, um f&uuml;r RNA Aptamere mit in-vivo Bindung Aktivit&auml;t auszuw&auml;hlen. Als ein Zielmolek&uuml;l w&auml;hlten wir das Anerkennung Motiv-haltigen RNS-bindene Protein RNS Rrm4 aus Mais Erregers Ustilago Maydis. Rrm4 ist ein ELAV-wie Protein, enth&auml;lt drei N-terminalen RNA Anerkennung Motive (RRMs). Es hat in Microtubule-abh&auml;ngigen RNA-Transport w&auml;hrend der pathogenen Entwicklung verwickelt. Nach 11 SELEX Zyklen, vier Aptamer Klassen wurden identifiziert. Diese Sequenzen wurden weiter f&uuml;r ihre Anwendung die Hefe-drei-Hybrid-System in-vivo-Bindung-Aktivit&auml;t gezeigt. Der anf&auml;ngliche Aptamer Klassen konnten nur Mitglieder der beiden Klassen Bindung in-vivo. Testen Vertreter beider Klassen gegen Rrm4 Varianten mutiert in eine der drei Dom&auml;nen RRM ergab, dass diese Aptamere mit der dritten RRM interagiert. So ist die Hefe-drei-Hybrid-System eine sinnvolle Erweiterung des SELEX-Protokolls f&uuml;r die Identifizierung und Charakterisierung von Aptamere mit Bindung in-vivo-Aktivit&auml;t.

Kombination von SELEX und die Hefe-drei-Hybrid-System f&uuml;r in-vivo-Auswahl und Zuordnung der RNA Aptamere.

&#x30A2;&#x30D7;&#x30BF;&#x30DE;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x7279;&#x7570;&#x6027;&#x3068;&#x89AA;&#x548C;&#x6027;&#x306E;&#x9AD8;&#x3055;&#x3068;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C9;&#x5C0F;&#x3055;&#x306A;&#x6838;&#x9178;&#x914D;&#x4F4D;&#x5B50;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x5F7C;&#x3089;&#x306F; SELEX &#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3001;&#x30B3;&#x30F3;&#x30D3;&#x30CA;&#x30C8;&#x30EA;&#x30A2;&#x30EB;&#x6280;&#x8853;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x751F;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E; in vitro &#x3067;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x306F;&#x3001;&#x53CD;&#x5FA9;&#x7684;&#x306A;&#x30B5;&#x30A4;&#x30AF;&#x30EB;&#x306E;&#x6FC3;&#x7E2E;&#x3068;&#x5897;&#x5E45;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C0;&#x30FC;&#x9AD8;&#x3044;&#x8907;&#x96D1;&#x3055;&#x306E;&#x6838;&#x9178;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x304B;&#x3089;&#x3092;&#x9078;&#x629E;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x6211;&#x3005; SELEX &#x9175;&#x6BCD; 3 &#x30CF;&#x30A4;&#x30D6;&#x30EA;&#x30C3;&#x30C9; &#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x3068; RNA &#x30A2;&#x30D7;&#x30BF;&#x30DE;&#x30FC;&#x306E; in vivo &#x7D50;&#x5408;&#x6D3B;&#x6027;&#x3092;&#x9078;&#x629E;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6A19;&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x306F;&#x3001;&#x30C8;&#x30A6;&#x30E2;&#x30ED;&#x30B3;&#x30B7;&#x306E;&#x75C5;&#x539F;&#x83CC;&#x304B;&#x3089;&#x30C8;&#x30A6;&#x30E2;&#x30ED;&#x30B3;&#x30B7;&#x9ED2;&#x7A42;&#x75C5;&#x83CC;&#x3001;RNA &#x306E;&#x8A8D;&#x8B58;&#x3092;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x3092;&#x542B;&#x3080; RNA &#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA; Rrm4 &#x3092;&#x9078;&#x3093;&#x3060;&#x3002;Rrm4 &#x306F;&#x3001;3 &#x3064;&#x306E; N &#x672B;&#x7AEF; RNA &#x8A8D;&#x8B58;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5; (&#x30B9;&#x30DA;&#x30FC;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;) &#x3092;&#x542B;&#x3080; ELAV &#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x305D;&#x308C;&#x306F;&#x75C5;&#x539F;&#x6027;&#x306E;&#x958B;&#x767A;&#x4E2D;&#x306B;&#x5FAE;&#x5C0F;&#x7BA1;&#x4F9D;&#x5B58; RNA &#x8F38;&#x9001;&#x306B;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;.11 SELEX &#x30B5;&#x30A4;&#x30AF;&#x30EB;&#x3001;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x8B58;&#x5225;&#x3055;&#x308C;&#x305F; 4 &#x3064;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30BF;&#x30DE;&#x30FC;&#x306E;&#x5F8C;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306F;&#x3001;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x9175;&#x6BCD; 3 &#x30CF;&#x30A4;&#x30D6;&#x30EA;&#x30C3;&#x30C9; &#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x9069;&#x7528;&#x306E; in vivo &#x7D50;&#x5408;&#x6D3B;&#x6027;&#x3092;&#x4E0A;&#x6620;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x521D;&#x671F;&#x30A2;&#x30D7;&#x30BF;&#x30DE;&#x30FC; &#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x306E; 2 &#x3064;&#x306E;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x306E;&#x30E1;&#x30F3;&#x30D0;&#x30FC;&#x3060;&#x3051;&#x306F; in vivo &#x3067;&#x306E;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;&#x304C;&#x53EF;&#x80FD;&#x3060;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x30C6;&#x30B9;&#x30C8;&#x62C5;&#x5F53;&#x8005;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x306E; 3 &#x3064;&#x306E; RRM &#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x306E; 1 &#x3064;&#x304C;&#x5909;&#x7570; Rrm4 &#x306E;&#x4E9C;&#x7A2E;&#x306B;&#x5BFE;&#x3057;&#x3066;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30BF;&#x30DE;&#x30FC;&#x3068; 3 &#x756A;&#x76EE;&#x306E; RRM &#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x9175;&#x6BCD; 3 &#x30CF;&#x30A4;&#x30D6;&#x30EA;&#x30C3;&#x30C9; &#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x540C;&#x5B9A;&#x3068; in vivo &#x7D50;&#x5408;&#x6D3B;&#x6027;&#x3068;&#x30A2;&#x30D7;&#x30BF;&#x30DE;&#x30FC;&#x306E;&#x89E3;&#x6790;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E; SELEX &#x30D7;&#x30ED;&#x30C8;&#x30B3;&#x30EB;&#x3078;&#x306E;&#x5F79;&#x306B;&#x7ACB;&#x3064;&#x62E1;&#x5F35;&#x3067;&#x3059;&#x3002;

SELEX &#x3068;&#x9175;&#x6BCD; 3 &#x30CF;&#x30A4;&#x30D6;&#x30EA;&#x30C3;&#x30C9; &#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x306E; in vivo &#x3067;&#x306E;&#x9078;&#x629E;&#x3068; RNA &#x30A2;&#x30D7;&#x30BF;&#x30DE;&#x30FC;&#x306E;&#x5206;&#x985E;&#x3092;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x305F;&#x3002;

Aptamers&#xB294; &#xC791;&#xC740; &#xD575; &#xC0B0; ligands &#xD2B9;&#xC774;&#xC131; &#xBC0F; &#xB192;&#xC740; &#xC120;&#xD638;&#xB3C4;&#xC640; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xBAA9;&#xD45C;&#xB97C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xD558;&#xB294; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. SELEX&#xB85C; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4; &#xC870;&#xD569; &#xAE30;&#xC220;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC0DD;&#xC131; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xCCB4; &#xC678; &#xC774;&#xB807;&#xAC8C; &#xB18D;&#xCD95; &#xBC0F; &#xC99D;&#xD3ED;&#xC758; &#xBC18;&#xBCF5; &#xB418;&#xB294; &#xC8FC;&#xAE30;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xB192;&#xC740; &#xBCF5;&#xC7A1;&#xC131;&#xC758; &#xD575; &#xC0B0; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC14;&#xC778;&#xB354;&#xB97C; &#xC120;&#xD0DD;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; RNA aptamers&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; vivo&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC791;&#xC5C5;&#xC744; &#xC120;&#xD0DD; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xD6A8; &#xBAA8; 3 &#xD558;&#xC774;&#xBE0C;&#xB9AC;&#xB4DC; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C;&#xACFC; SELEX &#xACB0;&#xD569;. &#xB300;&#xC0C1; &#xBD84;&#xC790;&#xB3C4; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC625;&#xC218;&#xC218; &#xBCD1;&#xC6D0; &#xCCB4; Ustilago maydis&#xC5D0;&#xC11C;&#xC5D0;&#xC11C; RNA &#xC778;&#xC2DD; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C; &#xD3EC;&#xD568; &#xB41C; RNA &#xC758;&#xBB34;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC744; rrm4&#xC744; &#xC120;&#xD0DD; &#xD588;&#xB2E4;. Rrm4 3 N &#xD130;&#xBBF8;&#xB110; RNA &#xC778;&#xC2DD; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C; (RRMs)&#xC774; &#xD3EC;&#xD568; &#xB41C; ELAV &#xAC19;&#xC740; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC774;&#xB2E4;. &#xBCD1;&#xC6D0; &#xC131; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; microtubule &#xC885;&#xC18D; RNA &#xC804;&#xC1A1;&#xC5D0; &#xC5F0;&#xB8E8; &#xB418;&#xC5B4;&#xC788;&#xB2E4;. 11 SELEX &#xC0AC;&#xC774;&#xD074;, 4 &#xAC1C;&#xC758; aptamer &#xD074;&#xB798;&#xC2A4; &#xD655;&#xC778; &#xD6C4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xCD94;&#xAC00; &#xD6A8; &#xBAA8; 3 &#xD558;&#xC774;&#xBE0C;&#xB9AC;&#xB4DC; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C;&#xC744; &#xC801;&#xC6A9; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xC0DD;&#xCCB4; &#xC870;&#xAC74; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xD65C;&#xB3D9;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC0C1;&#xC601; &#xD588;&#xB2E4;. &#xCD08;&#xAE30; aptamer &#xD074;&#xB798;&#xC2A4;&#xC758; &#xB450; &#xD074;&#xB798;&#xC2A4;&#xC758; &#xBA64;&#xBC84;&#xB9CC; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; vivo&#xC5D0;&#xC11C; &#xAC00;&#xB2A5; &#xD588;&#xB2E4;. &#xB450; &#xD074;&#xB798;&#xC2A4; &#xBAA8;&#xB450; Rrm4 &#xBCC0;&#xC885; 3 RRM &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; &#xC911; &#xD558;&#xB098;&#xC5D0; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xB300; &#xD55C; &#xD14C;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xB300;&#xD45C; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; aptamers &#xC138; &#xBC88;&#xC9F8; RRM &#xC791;&#xC6A9;&#xD560; &#xBC1D;&#xD614;&#xB2E4;. &#xB530;&#xB77C;&#xC11C;, &#xB204; &#xB8E9; 3 &#xD558;&#xC774;&#xBE0C;&#xB9AC;&#xB4DC; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C; SELEX &#xD504;&#xB85C;&#xD1A0;&#xCF5C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xBC0F; aptamers vivo&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC791;&#xC5C5;&#xC758; &#xD2B9;&#xC131;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC720;&#xC6A9;&#xD55C; &#xD655;&#xC7A5; &#xC774;&#xB2E4;.

SELEX &#xC0DD;&#xCCB4; &#xC870;&#xAC74; &#xC120;&#xD0DD;&#xACFC; RNA aptamers&#xC758; &#xBD84;&#xB958;&#xB97C; &#xC704;&#xD55C; &#xD6A8; &#xBAA8; 3 &#xD558;&#xC774;&#xBE0C;&#xB9AC;&#xB4DC; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C;&#xC744; &#xACB0;&#xD569;.

Apt&aacute;meros son ligandos peque&ntilde;os de &aacute;cidos nucleicos que se unen a sus objetivos con especificidad y alta afinidad. Que son generados por una tecnolog&iacute;a combinatoria, conocida como SELEX. Este enfoque in vitro utiliza ciclos iterativos de enriquecimiento y amplificaci&oacute;n para seleccionar carpetas de bibliotecas de &aacute;cidos nucleicos de alta complejidad. Aqu&iacute; se combina SELEX con el sistema de tres-h&iacute;brido de levadura para seleccionar para RNA apt&aacute;meros con actividad in vivo. Como una mol&eacute;cula de destino, elegimos el RNA reconocimiento motivo que contienen RNA-prote&iacute;na de Uni&oacute;n Rrm4 de pat&oacute;geno ma&iacute;z Ustilago maydis. Rrm4 es una prote&iacute;na ELAV que contiene tres motivos de reconocimiento de RNA N-terminal (EMRR). Se ha implicado en el transporte de RNA dependiente microt&uacute;bulos durante el desarrollo pat&oacute;geno. Despu&eacute;s de 11 ciclos SELEX, apt&aacute;meros cuatro clases fueron identificadas. Estas secuencias fueron defendidas m&aacute;s para su actividad in vivo aplicando el sistema de tres h&iacute;bridos de levadura. De las clases de apt&aacute;meros inicial s&oacute;lo los miembros de las dos clases fueron capaces de unirse en vivo. Pruebas representantes de ambas clases contra variantes Rrm4 transformadas en uno de los tres dominios RRM revelaron que estos apt&aacute;meros interactuaban con la tercera RRM. As&iacute;, el sistema de tres-h&iacute;brido de la levadura es una &uacute;til extensi&oacute;n del protocolo SELEX para la identificaci&oacute;n y caracterizaci&oacute;n de apt&aacute;meros con actividad in vivo.

La combinaci&oacute;n de SELEX y el sistema de tres-h&iacute;brido de levadura para selecci&oacute;n in vivo y clasificaci&oacute;n de RNA apt&aacute;meros.

&#x771F;&#x6838;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x8F6C;&#x5F55;&#x4E0E;&#x6210;&#x719F;&#x7684;&#x6838;&#x5206;&#x6CCC;&#x5F00;&#x59CB;&#x5E76;&#x7ED3;&#x675F;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x7684;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x548C;&#x7EC6;&#x80DE;&#x8D28;&#x4E2D;&#x7684;&#x9000;&#x5316;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x76EE;&#x524D;&#x8F6C;&#x5F55;&#x540E;&#x6C34;&#x5E73;&#x673A;&#x5236;&#x57FA;&#x4E8E;&#x6700;&#x8FD1;&#x5DF2;&#x7F16;&#x5E8F;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x548C;&#x5176;&#x5168;&#x9762;&#x7684;&#x624B;&#x52A8;&#x6279;&#x6CE8;&#x7684;&#x9ED1;&#x7C89;&#x75C5;&#x7684;&#x5E93;&#x5B58;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7528;&#x53EF;&#x7528;&#x4E8E;&#x917F;&#x9152;&#x9175;&#x6BCD;&#x548C;&#x9AD8;&#x7B49;&#x771F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x7684;&#x8BE6;&#x7EC6;&#x7684;&#x77E5;&#x8BC6;&#x6765;&#x9884;&#x6D4B;&#x8FD9;&#x79CD;&#x690D;&#x7269;&#x75C5;&#x83CC;&#x5728;&#x8F6C;&#x5F55;&#x540E;&#x6C34;&#x5E73;&#x7EC4;&#x4EF6;&#x3002;&#x917F;&#x9152;&#x9175;&#x6BCD;&#x7684;&#x6BD4;&#x8F83;&#x8868;&#x660E;&#x5927;&#x591A;&#x6570;&#x6838;&#x5FC3;&#x7EC4;&#x4EF6;&#x5171;&#x4EAB;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E24;&#x79CD;&#x771F;&#x83CC;&#x5C5E;&#x4E8E;&#x5C0F;&#x96C6;&#x56E2;&#x7F3A;&#x4E4F; RNAi &#x673A;&#x68B0;&#x7EC4;&#x4EF6;&#x7684;&#x6709;&#x673A;&#x4F53;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x6709;&#x7740;&#x663E;&#x8457;&#x7684;&#x533A;&#x522B;&#x5B58;&#x5728;&#x7EA7;&#x522B;&#x7684;&#x62FC;&#x63A5;&#x3002;&#x7F8E;&#x56FD;&#x7389;&#x7C73;&#x6E2F;&#x53E3;&#x66F4;&#x591A;&#x542B;&#x6709;&#x5185;&#x542B;&#x5B50;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x548C;&#x8FD9;&#x4E0E;&#x5B58;&#x5728;&#x65E0;&#x6570;&#x63A5;&#x5934;&#x7EC4;&#x4EF6;&#x4E0E;&#x7F3A;&#x5E2D;&#x7684;&#x4EBA;&#x7C7B; orthologues &#x5173;&#x8054;&#x6216;&#x5C11;&#x5B88;&#x6052;&#x5728;&#x917F;&#x9152;&#x9175;&#x6BCD;&#x4E2D;&#x3002;&#x5C24;&#x5176;&#x662F;&#xFF0C;&#x7F8E;&#x56FD;&#x7389;&#x7C73;&#x987B;&#x5305;&#x542B;&#x4E09;&#x51FA;&#x7684;&#x56DB;&#x4E2A;&#x6838;&#x5FC3;&#x86CB;&#x767D;&#x7684;&#x5916;&#x663E;&#x5B50;&#x4EA4;&#x754C;&#x590D;&#x6742;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x6807;&#x5FD7;&#x7740;&#x62FC;&#x63A5;&#x7684;&#x7528;&#x548C;&#x6240;&#x6D89;&#x53CA;&#x7684;&#x7EC6;&#x80DE;&#x8D28; mRNA &#x8FD0;&#x8F93;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x79CD;&#x60C5;&#x51B5;&#x4E0B;&#xFF0C;&#x4E5F;&#x662F;&#x51FA;&#x8272;&#x7684;&#x7F8E;&#x56FD;&#x7389;&#x7C73;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5FAE;&#x7BA1;&#x7684;&#x800C;&#x975E;&#x4F9D;&#x8D56;&#x4E8E;&#x808C;&#x52A8;&#x86CB;&#x767D;&#x7684; mRNA &#x8FD0;&#x8F93;&#x4E2D;&#x663E;&#x793A;&#x6D89;&#x53CA;&#x7684;&#x7EC4;&#x4EF6;&#x3002;&#x56E0;&#x6B64;&#xFF0C;&#x7F8E;&#x56FD;&#x7389;&#x7C73;&#x53EF;&#x80FD;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x6709;&#x5438;&#x5F15;&#x529B;&#x7684;&#x6A21;&#x578B;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x65B0;&#x578B;&#x6DF1;&#x5165;&#x8F6C;&#x5F55;&#x540E;&#x6C34;&#x5E73;&#x7684;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x3002;

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Eukaryotic gene expression begins with transcription and maturation of mRNAs in the nucleus and ends with their translation and degradation in the cytoplasm. Here, we present an inventory of the posttranscriptional machinery of Ustilago maydis that is based on the recently sequenced genome and its comprehensive manual annotation. We used the detailed knowledge available for Saccharomyces cerevisiae and higher eukaryotes to predict posttranscriptional components in this plant pathogen. The comparison to S. cerevisiae revealed that most core components are shared. Both fungi belong to the small group of organisms lacking components of the RNAi machinery. However, a striking difference exists at the level of splicing. U. maydis harbors substantially more intron-containing genes and this correlates with the presence of numerous splice components with human orthologues that are absent or less conserved in S. cerevisiae. In particular, U. maydis contains three out of four core proteins of the exon junction complex, which marks spliced exons and is involved in cytoplasmic mRNA transport. In this context, it is also remarkable that the U. maydis genome displays components involved in microtubule- rather than actin-dependent mRNA transport. Thus, U. maydis might serve as an attractive model system to gain novel insights into posttranscriptional processes.

The posttranscriptional machinery of Ustilago maydis.

L&#39;expression des g&egrave;nes eucaryotes commence avec la transcription et maturation des ARNm dans le noyau et se termine avec leur traduction et de la d&eacute;gradation dans le cytoplasme. Nous pr&eacute;sentons ici un inventaire du m&eacute;canisme post-transcriptionnel de Ustilago maydis qui est bas&eacute;e sur le g&eacute;nome s&eacute;quenc&eacute; r&eacute;cemment et son annotation manuelle compl&egrave;te. Nous avons utilis&eacute; la connaissance d&eacute;taill&eacute;e disponible par Saccharomyces cerevisiae et eucaryotes sup&eacute;rieurs pour pr&eacute;dire les composants post-transcriptionnel dans ce phytopathog&egrave;ne. Comparaison de S. cerevisiae ont r&eacute;v&eacute;l&eacute; que la plupart des composants de base sont partag&eacute;es. Les deux champignons appartiennent au petit groupe des organismes d&eacute;pourvus de composants de la machinerie de l&#39;ARNi. Cependant, il existe une diff&eacute;rence frappante au niveau de l&#39;&eacute;pissage. U. maydis rec&egrave;le beaucoup plus de g&egrave;nes contenant de l&#39;intron et c&#39;est en corr&eacute;lation avec la pr&eacute;sence de nombreux composants de la jonction avec les orthologues humains qui sont absents ou moins conserv&eacute; chez S. cerevisiae. En particulier, U. maydis contient des prot&eacute;ines de base de trois des quatre de la jonction exon complexe, qui marque des exons &eacute;piss&eacute;s et est impliqu&eacute; dans le transport d&#39;ARNm cytoplasmiques. Dans ce contexte, il est aussi remarquable que le g&eacute;nome de maydis U. affiche les composants impliqu&eacute;s dans microtubule - plut&ocirc;t que le transport de mRNA actine-d&eacute;pendant. Ainsi, U. maydis pourrait servir de syst&egrave;me mod&egrave;le attrayant pour nous &eacute;clairer le roman dans les processus post-transcriptionnelle.

La machinerie post-transcriptionnelle d&#39;Ustilago maydis.

Eukaryotischen Genexpression mit Transkription und Reifung von mRNAs im Zellkern beginnt und endet mit ihrer &Uuml;bersetzung und Abbau im Zytoplasma. Hier pr&auml;sentieren wir eine Bestandsaufnahme der Posttranscriptionale Maschine von Ustilago Maydis, die auf das k&uuml;rzlich sequenzierte Genom und seine umfassende manuelle Annotation basiert. Wir sagten das Detailwissen f&uuml;r Saccharomyces Cerevisiae und h&ouml;heren Eukaryotes Posttranscriptionale Komponenten in dieser Pflanze-Pathogen voraus. Der Vergleich gegen S. Cerevisiae ergab, dass die meisten Kernkomponenten geteilt werden. Beide Pilze geh&ouml;ren zu der kleinen Gruppe von Organismen, die Komponenten der RNAi-Maschine fehlt. Ein auffallender Unterschied besteht jedoch auf der Ebene der Splei&szlig;en. U. Maydis birgt wesentlich mehr Intron-haltigen Gene und dies korreliert mit der Anwesenheit von zahlreichen Splei&szlig;-Komponenten mit menschlichen Orthologues, die nicht vorhanden sind oder weniger konserviert in S. Cerevisiae. Insbesondere enth&auml;lt U. Maydis drei von vier-Kern-Proteine der Exon-Kreuzung Komplex, das kennzeichnet gesplei&szlig;ten Exons und cytoplasmatische mRNA-Transport beteiligt ist. In diesem Zusammenhang ist es auch bemerkenswert, dass U. Maydis Genom in Microtubule - anstatt Aktin-abh&auml;ngige mRNA-Transport beteiligten Komponenten angezeigt. Somit k&ouml;nnte U. Maydis als attraktives Modellsystem neuartige Einblicke in Posttranscriptionale Prozessen dienen.

Die Posttranscriptionale Maschinerie des Ustilago Maydis.

Espressione genica eucarioti inizia con la trascrizione e la maturazione del mRNA nel nucleo e si conclude con la loro traduzione e degradazione nel citoplasma. Qui di seguito, presentiamo un inventario dei macchinari posttranscriptional di Ustilago maydis basato sul genoma recentemente sequenziato e relativa annotazione manuale completo. Abbiamo usato la conoscenza dettagliata disponibile per Saccharomyces cerevisiae ed eucarioti superiori prevedere componenti posttranscriptional in questo patogeno della pianta. Il confronto a S. cerevisiae ha rivelato che la maggior parte dei componenti di base sono condivisi. Entrambi funghi appartengono al piccolo gruppo di organismi privi di componenti del macchinario RNAi. Tuttavia, una notevole differenza esiste a livello della giunzione. U. maydis porti sostanzialmente pi&ugrave; geni contenenti introne e ci&ograve; correla con la presenza di numerosi componenti di giunzione con orthologues umano che sono assenti o meno conservate in S. cerevisiae. In particolare, U. maydis contiene tre dei quattro core proteine della giunzione esone complessa, che &egrave; coinvolto nel trasporto di mRNA citoplasmatici e segna impiombati esoni. In questo contesto, &egrave; anche notevole che il genoma di U. maydis Visualizza componenti coinvolti nel microtubule - piuttosto che trasporto mRNA actina-dipendente. Cos&igrave;, U. maydis potrebbe servire come sistema di modello attraente per acquisire conoscenze romanzo in processi di posttranscriptional.

Le macchine posttranscriptional di Ustilago maydis.

&#x771F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x306F;&#x8EE2;&#x5199;&#x3068; Mrna &#x306E;&#x6838;&#x306E;&#x6210;&#x719F;&#x3092;&#x958B;&#x59CB;&#x3057;&#x3001;&#x7D30;&#x80DE;&#x8CEA;&#x52A3;&#x5316;&#x3068;&#x305D;&#x306E;&#x7FFB;&#x8A33;&#x304C;&#x7D42;&#x4E86;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x6700;&#x8FD1;&#x914D;&#x5217;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3068;&#x305D;&#x306E;&#x5305;&#x62EC;&#x7684;&#x306A;&#x30DE;&#x30CB;&#x30E5;&#x30A2;&#x30EB;&#x306E;&#x30A2;&#x30CE;&#x30C6;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x304F; Ustilago &#x30A2;&#x30EB;&#x30C6;&#x30EA;&#x30B7;&#x30B8;&#x30F3;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x5F8C;&#x306E;&#x6A5F;&#x68B0;&#x985E;&#x306E;&#x5728;&#x5EAB;&#x3092;&#x63D0;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x51FA;&#x82BD;&#x9175;&#x6BCD;&#x3068;&#x9AD8;&#x7B49;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x5229;&#x7528;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x8A73;&#x7D30;&#x306A;&#x77E5;&#x8B58;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3053;&#x306E;&#x690D;&#x7269;&#x75C5;&#x539F;&#x4F53;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x5F8C;&#x30B3;&#x30F3;&#x30DD;&#x30FC;&#x30CD;&#x30F3;&#x30C8;&#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x51FA;&#x82BD;&#x9175;&#x6BCD;&#x306B;&#x6BD4;&#x8F03;&#x306F;&#x3001;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x306E;&#x30B3;&#x30A2; &#x30B3;&#x30F3;&#x30DD;&#x30FC;&#x30CD;&#x30F3;&#x30C8;&#x304C;&#x5171;&#x6709;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3002;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E;&#x83CC;&#x985E; RNAi &#x6A5F;&#x68B0;&#x306E;&#x6210;&#x5206;&#x3092;&#x6B20;&#x304F;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x5C0F;&#x3055;&#x306A;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x306B;&#x5C5E;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x9855;&#x8457;&#x306A;&#x9055;&#x3044;&#x306F;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3067;&#x5B58;&#x5728;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;U. &#x30A2;&#x30EB;&#x30C6;&#x30EA;&#x30B7;&#x30B8;&#x30F3;&#x5B9F;&#x8CEA;&#x7684;&#x306B;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C8;&#x30ED;&#x30F3;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x6E2F;&#x6E7E;&#x3057;&#x3053;&#x308C;&#x591A;&#x6570;&#x306E;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B9; &#x30B3;&#x30F3;&#x30DD;&#x30FC;&#x30CD;&#x30F3;&#x30C8;&#x304C;&#x6B20;&#x5E2D;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x7B2C;&#x30AA;&#x30FC;&#x30BD;&#x30ED;&#x30AC;&#x30B9;&#x3068;&#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x3068;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x3066;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x5C11;&#x306A;&#x3044;&#x51FA;&#x82BD;&#x9175;&#x6BCD;&#x3067;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x7279;&#x306B;&#x3001;&#x7C73;&#x56FD;&#x30A2;&#x30EB;&#x30C6;&#x30EA;&#x30B7;&#x30B8;&#x30F3;&#x306B;&#x306F; 3 &#x3046;&#x3061; 4 &#x30B3;&#x30A2;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;&#x3092;&#x30DE;&#x30FC;&#x30AF;&#x3057;&#x3001;&#x7D30;&#x80DE;&#x5185;&#x306E; mRNA &#x306E;&#x8F38;&#x9001;&#x306B;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x30A8;&#x30AD;&#x30BD;&#x30F3;&#x63A5;&#x5408;&#x8907;&#x96D1;&#x306A;&#x304C;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C6;&#x30AD;&#x30B9;&#x30C8;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x307E;&#x305F;&#x5FAE;&#x5C0F;&#x7BA1; - &#x3067;&#x306F;&#x306A;&#x304F;&#x30A2;&#x30AF;&#x30C1;&#x30F3;&#x306B;&#x4F9D;&#x5B58; mRNA &#x306E;&#x8F38;&#x9001;&#x3001;&#x7C73;&#x56FD;&#x30A2;&#x30EB;&#x30C6;&#x30EA;&#x30B7;&#x30B8;&#x30F3; &#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x95A2;&#x9023;&#x3059;&#x308B;&#x30B3;&#x30F3;&#x30DD;&#x30FC;&#x30CD;&#x30F3;&#x30C8;&#x304C;&#x8868;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x9855;&#x8457;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x7C73;&#x56FD;&#x30A2;&#x30EB;&#x30C6;&#x30EA;&#x30B7;&#x30B8;&#x30F3;&#x8EE2;&#x5199;&#x5F8C;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B9;&#x306B;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x529B;&#x3092;&#x5F97;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x9B45;&#x529B;&#x7684;&#x306A;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB; &#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x5F79;&#x7ACB;&#x3064;&#x304B;&#x3082;&#x3057;&#x308C;&#x306A;&#x3044;&#x3002;

&#x30C8;&#x30A6;&#x30E2;&#x30ED;&#x30B3;&#x30B7;&#x9ED2;&#x7A42;&#x75C5;&#x83CC;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x5F8C;&#x6A5F;&#x68B0;&#x3002;

&#xC9C4; &#xD575; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604; &#xC804;&#xC0AC;&#xC640; &#xD575;&#xC5D0; Mrnas&#xC758; &#xC131;&#xC219; &#xC2DC;&#xC791; &#xD558; &#xACE0; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xBC88;&#xC5ED; &#xBC0F; &#xC138;&#xD3EC;&#xC9C8;&#xC758; &#xC800;&#xD558;&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xB05D;&#xB0A9;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30;, &#xC120;&#xBB3C;&#xC774; &#xCD5C;&#xADFC;&#xC5D0; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB41C; &#xAC8C;&#xB188; &#xBC0F; &#xD3EC;&#xAD04;&#xC801;&#xC778; &#xC124;&#xBA85;&#xC11C; &#xC8FC;&#xC11D;&#xC744; &#xADF8;&#xC5D0; &#xAE30;&#xCD08;&#xD55C; Ustilago maydis&#xC758; posttranscriptional &#xAE30;&#xACC4;&#xC758; &#xC778;&#xBCA4;&#xD1A0;&#xB9AC;. &#xC774; &#xC2DD;&#xBB3C; &#xBCD1;&#xC6D0; &#xCCB4;&#xC758; posttranscriptional &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C;&#xB97C; &#xC608;&#xCE21; &#xD558;&#xAE30; Saccharomyces cerevisiae&#xC640; &#xB192;&#xC740; &#xC9C4;&#xD575;&#xC0DD;&#xBB3C;&#xC5D0; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xC0C1;&#xC138;&#xD55C; &#xC9C0;&#xC2DD;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. S. cerevisiae&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84;&#xC758; &#xD575;&#xC2EC; &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C;&#xB294; &#xACF5;&#xC720; &#xACF5;&#xAC1C; &#xD588;&#xB2E4;. &#xB450; &#xADE0; RNAi &#xAE30;&#xACC4;&#xC758; &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C; &#xBD80;&#xC871; &#xD55C; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xC758; &#xC791;&#xC740; &#xADF8;&#xB8F9;&#xC5D0; &#xC18D;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xB208;&#xC5D0; &#xB744;&#xB294; &#xCC28;&#xC774; &#xC811;&#xD569;&#xC758; &#xC218;&#xC900;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC874;&#xC7AC;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC2E4;&#xC9C8;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xB354; &#xB9CE;&#xC740; intron &#xD3EC;&#xD568; &#xB41C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xBE44;&#xD638; &#xD558;&#xB294; &#xBBF8;&#xAD6D; maydis&#xC774; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; orthologues &#xACB0; &#xC11D;&#xC73C;&#xB85C; &#xB2E4; &#xBD99;&#xC5EC; &#xC11C; &#xBD80;&#xD488;&#xC758; &#xC874;&#xC7AC;&#xC640; &#xC5F0;&#xAD00; &#xB610;&#xB294; &#xB35C; S. cerevisiae&#xC5D0; &#xBCF4;&#xC874;. &#xD2B9;&#xD788;, &#xBBF8;&#xAD6D; maydis 3 4 &#xCF54;&#xC5B4; exon &#xC811;&#xD569; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD558; &#xACE0;, &#xC811;&#xD569;&#xB41C; exons &#xD45C;&#xC2DC; &#xD558; &#xACE0; &#xC138;&#xD3EC;&#xC9C8; mRNA &#xC804;&#xC1A1;&#xC5D0; &#xAD00;&#xC5EC; &#xD558;&#xB294; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC744; &#xD3EC;&#xD568; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB9E5;&#xB77D;&#xC5D0;&#xC11C; &#xADF8;&#xAC83;&#xB3C4; &#xB180;&#xB77C;&#xC6B4; &#xBBF8; maydis &#xAC8C;&#xB188; microtubule-&#xBCF4;&#xB2E4;&#xB294; &#xC624;&#xD788;&#xB824; &#xB9D0;&#xB77C; &#xC885;&#xC18D; mRNA &#xC804;&#xC1A1;&#xC5D0; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C;&#xB97C; &#xD45C;&#xC2DC; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB530;&#xB77C;&#xC11C;, &#xBBF8;&#xAD6D; maydis posttranscriptional &#xD504;&#xB85C;&#xC138;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xD1B5;&#xCC30;&#xB825;&#xC744; &#xC5BB;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xB9E4;&#xB825;&#xC801;&#xC778; &#xBAA8;&#xB378; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Ustilago maydis&#xC758; posttranscriptional &#xAE30;&#xACC4;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Expresi&oacute;n de genes eucariotas comienza con la transcripci&oacute;n y maduraci&oacute;n de mRNAs en el n&uacute;cleo y termina con su traducci&oacute;n y degradaci&oacute;n en el citoplasma. Aqu&iacute;, presentamos un inventario de la maquinaria postranscripcional de Ustilago maydis basada en el genoma secuenciado recientemente y su anotaci&oacute;n manual integral. Utilizamos el conocimiento detallado de Saccharomyces cerevisiae y eucariotas superiores para predecir postranscripcional componentes en este pat&oacute;geno de la planta. La comparaci&oacute;n a S. cerevisiae revel&oacute; que la mayor&iacute;a de componentes b&aacute;sicos son compartidos. Ambos hongos pertenecen al reducido grupo de organismos que carecen de componentes de la maquinaria de RNAi. Sin embargo, una notable diferencia existe a nivel de empalme. U. maydis alberga substancialmente m&aacute;s genes que contienen intr&oacute;n y esto se correlaciona con la presencia de numerosos componentes de empalme con orthologues humano que est&aacute;n ausentes o menos conservadas en S. cerevisiae. En particular, U. maydis contiene prote&iacute;nas de base tres de las cuatro de la ensambladura del ex&oacute;n compleja, que marca los exones empalmados y participa en el transporte de mRNA citopl&aacute;smico. En este contexto, tambi&eacute;n es notable que el genoma de U. maydis muestra los componentes implicados en microt&uacute;bulos - en lugar de transporte del mRNA de actina dependiente. Por lo tanto, U. maydis podr&iacute;a servir como un sistema modelo atractivo para obtener nuevos conocimientos en procesos postranscripcional.

La maquinaria postranscripcional de Ustilago maydis.

&#x9AA8;&#x67B6;&#x8FD0;&#x8F93;&#x4FC3;&#x8FDB;&#x6781;&#x5730;&#x7684;&#x4E1D;&#x72B6;&#x771F;&#x83CC;&#x7684;&#x751F;&#x957F;&#x3002;&#x5728;&#x9ED1;&#x7C89;&#x75C5;&#xFF0C;RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D; Rrm4 &#x5F80;&#x8FD4;&#x6CBF;&#x5FAE;&#x7BA1;&#x548C;&#x4F20;&#x67D3;&#x6027;&#x957F;&#x4E1D;&#x7684;&#x6781;&#x6027;&#x81F3;&#x5173;&#x91CD;&#x8981;&#x3002;RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x57DF;&#x7684;&#x7A81;&#x53D8;&#x5BFC;&#x81F4;&#x4E27;&#x5931;&#x529F;&#x80FD;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x5C1A;&#x4E0D;&#x6E05;&#x695A;&#x54EA;&#x4E9B; RNAs &#x88AB;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x5E76;&#x4F20;&#x8F93;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5E94;&#x7528;&#x4F53;&#x5185; RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x7814;&#x7A76;&#x548C;&#x5B9E;&#x65F6;&#x6210;&#x50CF;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x786E;&#x5B9A;&#x5206;&#x5B50;&#x7684; Rrm4 &#x51FD;&#x6570;&#x3002;&#x8FD9;&#x79CD;&#x65B0;&#x7EC4;&#x5408;&#x663E;&#x793A; Rrm4 &#x4ECB;&#x5BFC;&#x7684;&#x7F16;&#x7801;&#xFF0C;&#x4F8B;&#x5982;&#xFF0C;&#x6CDB;&#x7D20;&#x878D;&#x5408;&#x86CB;&#x767D; Ubi1 &#x548C; Rho3 &#x7684;&#x5C0F; G &#x86CB;&#x767D;&#x7684;&#x72EC;&#x7279; mRNAs &#x4F9D;&#x8D56;&#x5FAE;&#x7BA1;&#x7684;&#x8FD0;&#x8F93;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x6210;&#x7EE9;&#x5355;&#x7D2F;&#x79EF;&#x6838;&#x7CD6;&#x6838;&#x86CB;&#x767D;&#x9897;&#x7C92; &#xFF08;mRNPs&#xFF09;&#xFF0C;&#x79FB;&#x52A8;&#x53CC;&#x5411;&#x6CBF;&#x5FAE;&#x7BA1;&#x548C; co-localise &#x4E0E;&#x91CD;&#x8981;&#x7684;&#x662F;&#xFF0C;&#x5728; 3&#39; &#x975E;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x7684;&#x533A;&#x7684; ubi1 &#x5185;&#x542B;&#x4E30;&#x5BCC;&#x7684; CA mRNA &#x8FD0;&#x8F93;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x4F5C;&#x4E3A; zipcode &#x7ED1;&#x5B9A;&#x7AD9;&#x70B9;&#x529F;&#x80FD;&#x3002; Rrm4&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x80FD;&#x52A8;&#x6027; mRNPs &#x4E0D;&#x5F62;&#x6210; Rrm4 &#x7684; RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x57DF;&#x5220;&#x9664;&#x65F6;&#xFF0C;&#x867D;&#x7136;&#x4ECD;&#x7136;&#x7A7F;&#x68AD;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x3002;&#x56E0;&#x6B64;&#xFF0C;Rrm4 &#x6784;&#x6210;&#x8FD0;&#x8F93;&#x673A;&#x68B0;&#x7684;&#x4E00;&#x4E2A;&#x7EC4;&#x6210;&#x90E8;&#x5206;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x5FAE;&#x7BA1;&#x4F9D;&#x8D56; mRNP &#x8D29;&#x8FD0;&#x662F;&#x5F15;&#x8FDB;&#x7F8E;&#x56FD;&#x7389;&#x7C73;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x5438;&#x5F15;&#x4EBA;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x5728;&#x9AD8;&#x7B49;&#x771F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x7684; mRNA &#x8FD0;&#x8F93;&#x6A21;&#x5F0F;&#x7684;&#x83CC;&#x4E1D;&#x751F;&#x957F;&#x7684;&#x5173;&#x952E;&#x3002;

&#x771F;&#x83CC;&#x7684; RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D; Rrm4 &#x4ECB;&#x5BFC; ubi1 &#x548C; rho3 mRNAs &#x7684;&#x957F;&#x9014;&#x7684;&#x8FD0;&#x8F93;&#x3002;

Cytoskeletal transport promotes polar growth in filamentous fungi. In Ustilago maydis, the RNA-binding protein Rrm4 shuttles along microtubules and is crucial for polarity in infectious filaments. Mutations in the RNA-binding domain cause loss of function. However, it was unclear which RNAs are bound and transported. Here, we applied in vivo RNA binding studies and live imaging to determine the molecular function of Rrm4. This new combination revealed that Rrm4 mediates microtubule-dependent transport of distinct mRNAs encoding, for example, the ubiquitin fusion protein Ubi1 and the small G protein Rho3. These transcripts accumulate in ribonucleoprotein particles (mRNPs) that move bidirectionally along microtubules and co-localise with Rrm4. Importantly, the 3' untranslated region of ubi1 containing a CA-rich binding site functions as zipcode during mRNA transport. Furthermore, motile mRNPs are not formed when the RNA-binding domain of Rrm4 is deleted, although the protein is still shuttling. Thus, Rrm4 constitutes an integral component of the transport machinery. We propose that microtubule-dependent mRNP trafficking is crucial for hyphal growth introducing U. maydis as attractive model for studying mRNA transport in higher eukaryotes.

The fungal RNA-binding protein Rrm4 mediates long-distance transport of ubi1 and rho3 mRNAs.

Transport du cytosquelette favorise la croissance de polaire chez les champignons filamenteuses. En Ustilago maydis, la prot&eacute;ine de liaison &agrave; l&#39;ARN Rrm4 navettes le long des microtubules et est cruciale pour la polarit&eacute; dans les filaments infectieuses. Mutations dans le domaine de liaison &agrave; l&#39;ARN entra&icirc;ner une perte de fonction. Cependant, on voit mal quels RNAs sont li&eacute;s et transport&eacute;s. Ici, nous avons appliqu&eacute; des &eacute;tudes in vivo de liaison RNA et imagerie direct pour d&eacute;terminer la fonction mol&eacute;culaire de Rrm4. Cette nouvelle combinaison a r&eacute;v&eacute;l&eacute; que Rrm4 intervient dans le transport d&eacute;pendant du microtubule distinctes ARNm codant, par exemple, la prot&eacute;ine de fusion de l&#39;ubiquitine Ubi1 et la petite prot&eacute;ine G Rho3. Ces transcriptions s&#39;accumulent dans des particules ribonucl&eacute;oprot&eacute;iques (RNPm) qui se d&eacute;placent dans les deux sens le long des microtubules et co-localise avec Rrm4., ce qui est important, la r&eacute;gion 3&#39; non traduite d&#39;ubi1 contenant un riche CA contraignant les fonctions du site comme code postal pendant le transport de l&#39;ARNm. En outre, motile RNPm pas se forment lorsque le domaine de liaison &agrave; l&#39;ARN de Rrm4 est supprim&eacute;, m&ecirc;me si la prot&eacute;ine est toujours la navette. Ainsi, le Rrm4 constitue une partie int&eacute;grante de la machinerie de transport. Nous proposons que le trafic de microtubule-d&eacute;pendante mRNP est crucial pour la croissance des hyphes instaurant une U. maydis mod&egrave;le attrayant pour l&#39;&eacute;tude des transports d&#39;ARNm chez les eucaryotes sup&eacute;rieurs.

La prot&eacute;ine de liaison &agrave; l&#39;ARN fongique Rrm4 intervient dans le transport &agrave; longue distance des ARNm ubi1 et rho3.

Zytoskelett Transport f&ouml;rdert polare Wachstum in filament&ouml;sen Pilzen. Ustilago Maydis das RNS-bindene Protein Rrm4 Shuttle entlang der Mikrotubuli und ist entscheidend f&uuml;r die Polarit&auml;t in infekti&ouml;sen Filamenten. Mutationen in der RNA-bindende Dom&auml;ne f&uuml;hren Verlust der Funktion. Jedoch war es unklar, welche RNAs gebunden und transportiert werden. Hier wir angewendet, in-vivo RNA-Bindungsstudien und live Imaging die molekulare Funktion des Rrm4 zu bestimmen. Diese neue Kombination ergab, dass Rrm4 Microtubule-abh&auml;ngige Transport unterschiedliche mRNAs Codierung, z. B. der Ubiquitin-Fusionsprotein Ubi1 und die kleinen G-Protein-Rho3 vermittelt. Diese Abschriften sammeln sich in Ribonucleoprotein Partikel (mRNPs), die bewegen bidirektional entlang der Mikrotubuli und co-localise mit Rrm4. wichtiger ist, den 3&#39; Untranslatierter Bereich des ubi1 mit einem CA-reiche Standortfunktionen als Zipcode beim Transport von mRNA binden. Dar&uuml;ber hinaus sind st&auml;bchenf&ouml;rmiges mRNPs nicht gebildet, wenn die RNS-bindene Dom&auml;ne der Rrm4 gel&ouml;scht wird, obwohl das Protein noch pendelt ist. Rrm4 stellt damit, die integralen Bestandteil der Transportmaschinen. Wir schlagen Microtubule-abh&auml;ngige mRNP Handel f&uuml;r geflochtenen Wachstum Einf&uuml;hrung U. Maydis als attraktives Modell f&uuml;r die Untersuchung von mRNA-Transport in den h&ouml;heren Eukaryotes unverzichtbar ist.

Das pilzartige RNS-bindene Protein Rrm4 vermittelt Ferntransport von ubi1 und rho3 mRNAs.

Trasporto del citoscheletro promuove la crescita polare in funghi filamentosi. In Ustilago maydis, il RNA-binding protein Rrm4 la spola lungo i microtubuli ed &egrave; cruciale per la polarit&agrave; in filamenti infettive. Mutazioni nel dominio di RNA-binding causano la perdita di funzione. Tuttavia, non era chiaro quale RNAs sono legati e trasportati. Qui, abbiamo applicato dal vivo imaging per determinare la funzione molecolare di Rrm4 e studi di binding RNA in vivo. Questa nuova combinazione ha rivelato che Rrm4 da intermediario trasporto microtubule-dipendente dei mRNAs distinta codifica, ad esempio, la proteina di fusione di ubiquitin Ubi1 e la piccola proteina G Rho3. Queste trascrizioni si accumulano in particelle di ribonucleoproteina (mRNPs) che si muovono in entrambe le direzioni lungo microtubuli e co-localise con Rrm4. importante, 3&#39; non tradotte regione di ubi1 contenente un ricco CA associazione funzioni del sito come zipcode durante il trasporto di mRNA. Inoltre, mRNPs motili non formano quando viene eliminato il dominio RNA-binding di Rrm4, anche se la proteina &egrave; ancora la spola. Cos&igrave;, Rrm4 costituisce un componente integrale del trasporto macchinari. Proponiamo che il microtubulo-dipendenti mRNP traffico &egrave; cruciale per la crescita ifale introducendo U. maydis come attraente modello per studiare il trasporto di mRNA negli eucarioti superiori.

Il fungine RNA-binding protein Rrm4 media trasporto interurbano dei mRNAs ubi1 e rho3.

&#x7D30;&#x80DE;&#x9AA8;&#x683C;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30FC;&#x30C8;&#x7CF8;&#x72B6;&#x83CC;&#x306E;&#x6975;&#x5730;&#x306E;&#x6210;&#x9577;&#x3092;&#x4FC3;&#x9032;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;Ustilago &#x30A2;&#x30EB;&#x30C6;&#x30EA;&#x30B7;&#x30B8;&#x30F3; RNA &#x7D50;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA; Rrm4 &#x306F;&#x5FAE;&#x5C0F;&#x7BA1;&#x306B;&#x6CBF;&#x3063;&#x3066;&#x5F80;&#x5FA9;&#x3057;&#x3001;&#x6975;&#x6027;&#x4F1D;&#x67D3;&#x6027;&#x30D5;&#x30A3;&#x30E9;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x3067;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x91CD;&#x8981;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570; RNA &#x7D50;&#x5408;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306E;&#x640D;&#x5931;&#x3092;&#x5F15;&#x304D;&#x8D77;&#x3053;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x3069;&#x3061;&#x3089; Rna &#x304C;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C9;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x8F38;&#x9001;&#x660E;&#x78BA;&#x3067;&#x306F;&#x306A;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;in vivo RNA &#x7D50;&#x5408;&#x8A66;&#x9A13;&#x3068; Rrm4 &#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6; &#x30A4;&#x30E1;&#x30FC;&#x30B8;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x9069;&#x7528;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B; Rrm4 &#x7570;&#x306A;&#x308B; Mrna &#x306E;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3001;&#x305F;&#x3068;&#x3048;&#x3070;&#x3001;&#x30E6;&#x30D3;&#x30AD;&#x30C1;&#x30F3;&#x878D;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA; Ubi1 &#x3068; G &#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA; Rho3 &#x306E;&#x5FAE;&#x5C0F;&#x7BA1;&#x4F9D;&#x5B58;&#x8F38;&#x9001;&#x3092;&#x4EF2;&#x4ECB;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x6210;&#x7E3E;&#x306F;&#x53CC;&#x65B9;&#x5411;&#x3067;&#x306E;&#x5FAE;&#x5C0F;&#x7BA1;&#x306B;&#x6CBF;&#x3063;&#x3066;&#x79FB;&#x52D5;&#x3057;&#x3001;Rrm4&#x3002; &#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x306E;&#x306F;&#x3001;co-localise &#x30EA;&#x30DC;&#x6838;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x7C92;&#x5B50; (mRNPs) CA &#x30EA;&#x30C3;&#x30C1;&#x542B;&#x3080; 3&#39; &#x975E;&#x7FFB;&#x8A33;&#x9818;&#x57DF; ubi1 &#x306E;&#x84C4;&#x7A4D;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x95A2;&#x6570;&#x3068;&#x3057;&#x3066; zipcode mRNA &#x306E;&#x8F38;&#x9001;&#x4E2D;&#x306B;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C9;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;Rrm4 &#x306E; RNA &#x7D50;&#x5408;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x3092;&#x524A;&#x9664;&#x3059;&#x308B;&#x3068;&#x3001;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3092;&#x5F80;&#x5FA9;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x304C;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3001;&#x904B;&#x52D5; mRNPs &#x5F62;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066;&#x3001;Rrm4 &#x306F;&#x8F38;&#x9001;&#x6A5F;&#x68B0;&#x306E;&#x4E0D;&#x53EF;&#x6B20;&#x306A;&#x30B3;&#x30F3;&#x30DD;&#x30FC;&#x30CD;&#x30F3;&#x30C8;&#x3092;&#x69CB;&#x6210;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5FAE;&#x5C0F;&#x7BA1;&#x4F9D;&#x5B58; mRNP &#x4EBA;&#x8EAB;&#x58F2;&#x8CB7;&#x304C; U. &#x30A2;&#x30EB;&#x30C6;&#x30EA;&#x30B7;&#x30B8;&#x30F3;&#x306E;&#x9AD8;&#x3044;&#x771F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x306E; mRNA &#x306E;&#x8F38;&#x9001;&#x3092;&#x52C9;&#x5F37;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x9B45;&#x529B;&#x7684;&#x306A;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x5C0E;&#x5165;&#x3059;&#x308B;&#x83CC;&#x7CF8;&#x306E;&#x6210;&#x9577;&#x306B;&#x3068;&#x3063;&#x3066;&#x91CD;&#x8981;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x63D0;&#x6848;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x771F;&#x83CC;&#x306E; RNA &#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA; Rrm4 ubi1 &#x3068; rho3 &#x306E; mRNAs &#x306E;&#x9577;&#x8DDD;&#x96E2;&#x8F38;&#x9001;&#x3092;&#x4EF2;&#x4ECB;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

Cytoskeletal &#xC804;&#xC1A1; filamentous &#xACF0; &#xD321;&#xC774;&#xC5D0;&#xC11C; &#xADF9; &#xC9C0; &#xC131;&#xC7A5;&#xC744; &#xCD09;&#xC9C4;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. Ustilago maydis RNA &#xC758;&#xBB34;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; Rrm4 microtubules &#xB530;&#xB77C; &#xC154;&#xD2C0; &#xACE0; &#xC804;&#xC5FC; &#xC131; &#xD544; &#xB77C; &#xBA58; &#xD2B8;&#xC5D0; &#xADF9;&#xC131;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xC911;&#xC694; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. RNA &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBCC0;&#xC774; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC758; &#xC190;&#xC2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xADF8;&#xAC83;&#xC740; &#xBD88;&#xBD84;&#xBA85; &#xD588;&#xB2E4; &#xC5B4;&#xB5A4; RNAs &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xB41C; &#xBC0F; &#xC774;&#xC1A1;. &#xC5EC;&#xAE30;, &#xC6B0;&#xB9AC; rrm4&#xC758; &#xBD84;&#xC790; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xD655;&#xC778; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C; &#xC774;&#xBBF8;&#xC9D5; vivo&#xC5D0;&#xC11C; RNA &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xB97C; &#xC801;&#xC6A9;. &#xC774; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xC870;&#xD569;&#xC744; Rrm4 &#xC720;&#xBE44;&#xD034;&#xD2F4; &#xD4E8;&#xC804; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; Ubi1 &#xBC0F; &#xC791;&#xC740; G &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; Rho3 &#xC608;&#xB97C; &#xB4E4;&#xC5B4;, &#xC778;&#xCF54;&#xB529;&#xC744; &#xBCC4;&#xAC1C; Mrnas&#xC758; microtubule &#xC885;&#xC18D; &#xC804;&#xC1A1; &#xC911;&#xC7AC; &#xBC1D;&#xD614;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC131;&#xC801;&#xD45C; microtubules &#xB530;&#xB77C; &#xC591;&#xBC29;&#xD5A5;&#xC73C;&#xB85C; &#xC774;&#xB3D9; &#xD558; &#xACE0; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xAC83;&#xC740;, Rrm4. co-localise ribonucleoprotein &#xC785;&#xC790; (mRNPs)&#xC5D0; 3&#39; &#xB9DE;&#xC774; &#xC9C0;&#xC5ED; ubi1&#xC758; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; CA&#xC774; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xCD95;&#xC801; mRNA &#xC804;&#xC1A1; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; &#xC6B0;&#xD3B8;&#xC73C;&#xB85C; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;. &#xB610;&#xD55C;, &#xBA54;&#xAD6C;&#xBBF8; Mrnps&#xB294; &#xD615;&#xC131; &#xB418;&#xC9C0; Rrm4 RNA &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778;&#xC744; &#xC0AD;&#xC81C; &#xD558;&#xBA74; &#xBE44;&#xB85D; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC5EC;&#xC804;&#xD788; &#xC600;&#xC8E0;. &#xB530;&#xB77C;&#xC11C;, Rrm4 &#xC804;&#xC1A1; &#xAE30;&#xACC4;&#xC758; &#xD575;&#xC2EC; &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C;&#xB97C; &#xAD6C;&#xC131;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; microtubule &#xC885;&#xC18D; mRNP &#xC778;&#xC2E0; &#xB9E4;&#xB9E4;&#xB294; &#xB192;&#xC740; &#xC9C4;&#xD575;&#xC0DD;&#xBB3C;&#xC758; mRNA &#xAD50;&#xD1B5; &#xACF5;&#xBD80;&#xB97C; &#xC704;&#xD55C; &#xB9E4;&#xB825;&#xC801;&#xC778; &#xBAA8;&#xB378;&#xB85C; &#xBBF8;&#xAD6D; maydis &#xC18C;&#xAC1C; hyphal &#xC131;&#xC7A5;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC81C;&#xC548; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xACF0; &#xD321;&#xC774; RNA &#xC758;&#xBB34;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; Rrm4 ubi1 &#xBC0F; rho3 Mrnas&#xC758; &#xC7A5;&#xAC70;&#xB9AC; &#xC218;&#xC1A1;&#xC744; &#xC911;&#xC7AC;.

Citoesqueleto transporte promueve crecimiento polar en hongos filamentosos. Ustilago maydis, la prote&iacute;na de uni&oacute;n de ARN Rrm4 traslados a lo largo de los microt&uacute;bulos y es crucial para la polaridad en filamentos infecciosas. Las mutaciones en el dominio de uni&oacute;n de ARN causan p&eacute;rdida de la funci&oacute;n. Sin embargo, no estaba claro qu&eacute; RNAs son limitados y transportados. Aqu&iacute;, se aplicaron estudios in vivo de enlace de RNA y en proyecci&oacute;n de imagen para determinar la funci&oacute;n molecular de Rrm4. Esta nueva combinaci&oacute;n revel&oacute; que Rrm4 media transporte dependiente de microt&uacute;bulos de distintos mRNAs que codifican, por ejemplo, la prote&iacute;na de fusi&oacute;n de ubiquitina Ubi1 y la peque&ntilde;a prote&iacute;na G Rho3. Estas transcripciones acumulan part&iacute;culas Ribonucleoprote&iacute;na (mRNPs) que se mueven de forma bidireccional a lo largo de los microt&uacute;bulos y co-localise con Rrm4., la regi&oacute;n 3&#39; no traducida de ubi1 que contiene un CA-rico vinculantes las funciones del sitio como c&oacute;digo postal durante el transporte del mRNA. Adem&aacute;s, mRNPs m&oacute;viles no se forman cuando se elimina el dominio de uni&oacute;n de ARN de Rrm4, aunque todav&iacute;a es trasladar la prote&iacute;na. As&iacute;, Rrm4 constituye un componente integral de la maquinaria de transporte. Proponemos que el tr&aacute;fico de mRNP dependiente de microt&uacute;bulos es crucial para el crecimiento hifal introducci&oacute;n U. maydis como buen modelo para estudiar el transporte de mRNA en eucariotas superiores.

La prote&iacute;na de uni&oacute;n a RNA hongo Rrm4 media de transporte interurbano de ubi1 y rho3.

RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x6784;&#x6210;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x673A;&#x5236;&#x7684;&#x5173;&#x952E;&#x56E0;&#x7D20;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x8C03;&#x8282;&#x86CB;&#x767D;&#x8BC6;&#x522B;&#x76EE;&#x6807;&#x8A8A;&#x672C;&#xFF0C;&#x4F8B;&#x5982;&#x4FC3;&#x8FDB;&#x3001; &#x6210;&#x719F;&#x3001; &#x7FFB;&#x8BD1;&#x6216;&#x7A33;&#x5B9A;&#x7684;&#x5206;&#x6CCC;&#x4E2D;&#x7684;&#x7279;&#x5B9A;&#x5143;&#x7D20;&#x3002;&#x5728;&#x9ED1;&#x7C89;&#x75C5;&#xFF0C;&#x8BC1;&#x636E;&#x79EF;&#x7D2F;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x91CD;&#x8981;&#x7684;&#x662F;&#x786E;&#x5B9A;&#x81F4;&#x75C5;&#x6027;&#x3002;&#x5220;&#x9664; khd4&#xFF0C;&#x7F16;&#x7801;&#x9884;&#x6D4B;&#x7684; RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x4E0E;&#x4E94; K &#x540C;&#x6E90; (KH) &#x57DF;&#xFF0C;&#x5BFC;&#x81F4;&#x5F02;&#x5E38;&#x7684;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5F62;&#x6001;&#x548C;&#x51CF;&#x5C11;&#x6BD2;&#x529B;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x53EF;&#x4EE5;&#x5C55;&#x793A; Khd4 &#x786E;&#x8BA4;&#x5E8F;&#x5217; AUACCC &#x4F53;&#x5185;&#x901A;&#x8FC7;&#x5176;&#x4E32;&#x8054; KH &#x57DF; 3 &#x548C; 4&#x3002;&#x6B64;&#x5E8F;&#x5217;&#x6700;&#x6709;&#x53EF;&#x80FD;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x76D1;&#x7BA1; RNA &#x5143;&#x7D20;&#x5728;&#x7F8E;&#x56FD;&#x7389;&#x7C73;&#xFF0C;&#x56E0;&#x4E3A;&#x5B83;&#x5728; 3&#39; &#x975E;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x533A;&#x57DF;&#x79EF;&#x7D2F;&#x3002;&#x59CB;&#x7EC8;&#x5982;&#x4E00;&#xFF0C;&#x72EC;&#x7ACB;&#x7684; mRNA &#x8868;&#x8FBE;&#x8C31;&#x65B9;&#x6CD5;&#x663E;&#x793A;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x6BCD;&#x9898;&#x5927;&#x5927;&#x7684;&#x5145;&#x5B9E;&#xFF0C;&#x5728;&#x6210;&#x7EE9;&#x5355;&#x663E;&#x793A;&#x6539;&#x53D8; khd4Delta &#x682A;&#x4E2D;&#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x6C34;&#x5E73;&#x3002;&#x7531;&#x4E8E;&#x7EDD;&#x5927;&#x591A;&#x6570;&#x7684;&#x6F5C;&#x5728; Khd4 &#x76EE;&#x6807; mRNAs &#x5C55;&#x793A;&#x4E2D;&#x7A81;&#x53D8;&#x7684;&#x589E;&#x52A0;&#x7684;&#x91D1;&#x989D;&#xFF0C;Khd4 &#x53EF;&#x80FD;&#x4F1A;&#x4FC3;&#x8FDB; mRNA &#x4E0D;&#x7A33;&#x5B9A;&#x3002;&#x4E0D;&#x80FD;&#x7ED1;&#x5B9A; AUACCC &#x7684;&#x7A81;&#x53D8;&#x4F53;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x4E8E;&#x7684;&#x7A81;&#x53D8;&#xFF0C;&#x54EA;&#x4E9B;&#x5C55;&#x54C1;&#x6539;&#x53D8;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5F62;&#x6001;&#xFF0C;&#x4E0D;&#x5B89;&#x4E1D;&#x72B6;&#x83CC;&#x7684;&#x751F;&#x957F;&#xFF0C;&#x548C;&#x4E25;&#x91CD;&#x51CF;&#x5C11;&#x6BD2;&#x529B;&#x3002;&#x56E0;&#x6B64;&#xFF0C;RNA &#x7ED1;&#x5B9A;&#x662F;&#x57FA;&#x672C;&#x51FD;&#x6570;&#x7684; Khd4&#xFF0C;&#x5F3A;&#x8C03;&#x5F62;&#x6001;&#x53CA;&#x81F4;&#x75C5;&#x6027;&#x7684;&#x8C03;&#x8282;&#x8F6C;&#x5F55;&#x63A7;&#x5236;&#x7684;&#x91CD;&#x8981;&#x6027;&#x3002;

&#x4E32;&#x8054; KH &#x57DF; Khd4 &#x7684;&#x627F;&#x8BA4; AUACCC &#x548C;&#x81F3;&#x5173;&#x91CD;&#x8981;&#x7684;&#x5F62;&#x6001;&#x4EE5;&#x53CA;&#x81F4;&#x75C5;&#x9ED1;&#x7C89;&#x75C5;&#x7684;&#x89C4;&#x7BA1;&#x3002;

RNA-binding proteins constitute key factors of the post-transcriptional machinery. These regulatory proteins recognize specific elements within target transcripts to promote, for example, maturation, translation, or stability of mRNAs. In Ustilago maydis, evidence is accumulating that post-transcriptional processes are important to determine pathogenicity. Deletion of khd4, encoding a predicted RNA-binding protein with five K homology (KH) domains, causes aberrant cell morphology and reduced virulence. Here, we demonstrate that Khd4 recognizes the sequence AUACCC in vivo via its tandem KH domains 3 and 4. This sequence most likely functions as a regulatory RNA element in U. maydis, since it accumulates in 3' untranslated regions. Consistently, an independent mRNA expression profiling approach revealed that the binding motif is significantly enriched in transcripts showing altered expression levels in khd4Delta strains. Since the vast majority of potential Khd4 target mRNAs exhibit increased amounts in deletion mutants, Khd4 might promote mRNA instability. Mutants that fail to bind AUACCC resemble deletion mutants, which exhibit altered cell morphology, disturbed filamentous growth, and severely reduced virulence. Hence, RNA binding is essential for function of Khd4, stressing the importance of post-transcriptional control in regulating morphology and pathogenicity.

Tandem KH domains of Khd4 recognize AUACCC and are essential for regulation of morphology as well as pathogenicity in Ustilago maydis.

Prot&eacute;ines de liaison &agrave; l&#39;ARN constituent des facteurs cl&eacute;s de la machinerie post-transcriptionnelle. Ces prot&eacute;ines r&eacute;gulatrices reconnaissent des &eacute;l&eacute;ments sp&eacute;cifiques au sein des transcriptions de la cible &agrave; promouvoir, par exemple, la maturation, la traduction ou stabilit&eacute; des ARNm. En Ustilago maydis, preuves s&#39;accumulent que processus post-transcriptionnelle sont importants d&eacute;terminer la pathog&eacute;nicit&eacute;. Suppression de khd4, codant pour une prot&eacute;ine de liaison &agrave; l&#39;ARN pr&eacute;dite avec K cinq domaines d&#39;homologie (KH), provoque la morphologie des cellules anormales et r&eacute;duit la virulence. Ici, nous d&eacute;montrons que Khd4 reconna&icirc;t la s&eacute;quence AUACCC in vivo par l&#39;interm&eacute;diaire de ses domaines KH tandem 3 et 4. Cette s&eacute;quence a tr&egrave;s probablement fonctionne comme un &eacute;l&eacute;ment r&eacute;gulateur du RNA dans U. maydis, car il s&#39;accumule dans les r&eacute;gions 3&#39; non traduite. R&eacute;guli&egrave;rement, un ARNm ind&eacute;pendant approche de profilage de l&#39;expression a r&eacute;v&eacute;l&eacute; que le motif de liaison est consid&eacute;rablement enrichi dans les transcriptions montrant modification des niveaux d&#39;expression chez les souches khd4Delta. &Eacute;tant donn&eacute; que la grande majorit&eacute; des ARNm de cible potentielle Khd4 pi&egrave;ce quantit&eacute;s accrues chez les mutants de d&eacute;l&eacute;tion, Khd4 pourraient favoriser l&#39;instabilit&eacute; ARNm. Mutants qui ne parviennent pas &agrave; lier les AUACCC ressemblent aux mutants de d&eacute;l&eacute;tion, quelle pi&egrave;ce alt&eacute;r&eacute; la morphologie cellulaire, perturb&eacute; la croissance filamenteuse et r&eacute;duit consid&eacute;rablement la virulence. ARN contraignantes est donc essentielle pour la fonction de Khd4, soulignant l&#39;importance du contr&ocirc;le post-transcriptionnels dans la r&eacute;gulation de la morphologie et la pathog&eacute;nicit&eacute;.

Domaines KH en tandem de Khd4 reconnaissent AUACCC et sont essentiels &agrave; la r&eacute;gulation de la morphologie mais aussi de pathog&eacute;n&eacute;cit&eacute; chez Ustilago maydis.

RNA-bindende Proteine bilden die Schl&uuml;sselfaktoren der Posttranskriptionale Maschine. Diese regulatorischen Proteine erkennen bestimmte Elemente innerhalb deiner Abschriften zu f&ouml;rdern, zum Beispiel, Reifung, &Uuml;bersetzung oder Stabilit&auml;t mRNAs. In Ustilago Maydis ist Beweise gesammelt, dass Posttranskriptionale Prozesse wichtig festzustellen, Pathogenit&auml;t sind. L&ouml;schen von khd4, f&uuml;r eine vorhergesagte RNS-bindene Protein mit f&uuml;nf K Homologie (KH) Dom&auml;nen, bewirkt, dass aberrante Zellmorphologie und Virulenz reduziert. Hier zeigen wir, dass Khd4 die Sequenz AUACCC in-vivo &uuml;ber deren Tandem-KH-Dom&auml;nen, 3 und 4 erkennt. Diese Sequenz funktioniert h&ouml;chstwahrscheinlich als regulatorische RNA Element U. Maydis, da es in 3&#39; nicht &uuml;bersetzte Regionen ansammelt. Konsequent, ver&auml;ndert eine unabh&auml;ngige mRNA Ausdruck Profilerstellung Ansatz ergeben, dass das Bindung-Motiv in &quot;Protokolle&quot; zeigen erheblich bereichert wird Ausdruck Niveaus bei den khd4Delta St&auml;mmen. Da die &uuml;berwiegende Mehrheit der potenziellen Khd4 Ziel mRNAs h&ouml;here Betr&auml;ge in L&ouml;schung durch Mutation entstehende Variationen aufweisen, k&ouml;nnte Khd4 mRNA Instabilit&auml;t f&uuml;hren. Mutanten, die nicht AUACCC binden &auml;hneln L&ouml;schung Mutanten, welche Ausstellung ver&auml;ndert Zellmorphologie filament&ouml;sen Wachstum gest&ouml;rt und stark reduziert Virulenz. Daher ist RNA Bindung notwendig f&uuml;r die Funktion des Khd4, betont die Bedeutung der Posttranskriptionale Kontrolle bei der Regulierung von Morphologie und Pathogenit&auml;t.

Tandem-KH-Dom&auml;nen der Khd4 AUACCC zu erkennen und sind unerl&auml;sslich f&uuml;r die Regulierung der Morphologie als auch die Pathogenit&auml;t in Ustilago Maydis.

RNA-binding proteins costituiscono fattori chiave della macchina espresione. Queste proteine regolatorie riconoscono elementi specifici all&#39;interno di trascrizioni di destinazione per promuovere, ad esempio, maturazione, traduzione o stabilit&agrave; dei mRNAs. In Ustilago maydis, sta accumulando prove che i processi di espresione sono importanti per determinare patogenicit&agrave;. Eliminazione di khd4, che codifica per una proteina di RNA-binding prevista con K cinque dominii di omologia (KH), causa la morfologia cellulare aberrante e ridotto virulenza. Qui, noi dimostrare che Khd4 riconosce la sequenza AUACCC in vivo attraverso i suoi domini KH tandem 3 e 4. Questa sequenza probabilmente funziona come un elemento normativo di RNA in U. maydis, dato che si accumula nelle regioni non tradotta 3&#39;. Coerentemente, un indipendente mRNA expression profiling approccio ha rivelato che il motivo di associazione &egrave; notevolmente arricchito in trascrizioni mostrando alterati livelli di espressione nei ceppi di khd4Delta. Dal momento che la stragrande maggioranza dei potenziali Khd4 destinazione mRNAs Mostra maggiore quantit&agrave; di mutanti di delezione, Khd4 potrebbe promuovere instabilit&agrave; di mRNA. Mutanti che non riescono a legare AUACCC assomigliano a mutanti di delezione, quale morfologia cellulare Mostra alterato, disturbato filamentosa crescita e severamente ridotto virulenza. Quindi, RNA binding &egrave; essenziale per la funzione di Khd4, sottolineando l&#39;importanza del controllo posttrascrizionale nel regolare la morfologia e la patogenicit&agrave;.

Tandem KH domini di Khd4 AUACCC di riconoscere e sono essenziali per la regolazione della morfologia, come pure la patogenicit&agrave; in Ustilago maydis.

RNA &#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x8EE2;&#x5199;&#x5F8C;&#x306E;&#x6A5F;&#x68B0;&#x306E;&#x4E3B;&#x8981;&#x306A;&#x8981;&#x56E0;&#x3092;&#x69CB;&#x6210;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x898F;&#x5236;&#x306E;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x3001;&#x305F;&#x3068;&#x3048;&#x3070;&#x3092;&#x4FC3;&#x9032;&#x3059;&#x308B;&#x6210;&#x7E3E;&#x8A3C;&#x660E;&#x66F8;&#x3001;&#x6210;&#x719F;&#x3001;&#x7FFB;&#x8A33;&#x3001;&#x307E;&#x305F;&#x306F; Mrna &#x306E;&#x5B89;&#x5B9A;&#x6027;&#x5185;&#x306E;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x8981;&#x7D20;&#x3092;&#x8A8D;&#x8B58;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;Ustilago &#x30A2;&#x30EB;&#x30C6;&#x30EA;&#x30B7;&#x30B8;&#x30F3;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x5F8C;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B9;&#x304C;&#x75C5;&#x539F;&#x6027;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x91CD;&#x8981;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x8A3C;&#x62E0;&#x3092;&#x84C4;&#x7A4D;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x4E88;&#x6E2C;&#x306E; RNA &#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA; 5 K &#x30DB;&#x30E2;&#x30ED;&#x30B8;&#x30FC; (KH) &#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x3068;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3001;khd4 &#x306E;&#x524A;&#x9664;&#x306F;&#x7570;&#x5E38;&#x306A;&#x7D30;&#x80DE;&#x5F62;&#x614B;&#x306E;&#x539F;&#x56E0;&#x3057;&#x3001;&#x75C5;&#x539F;&#x6027;&#x3092;&#x524A;&#x6E1B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x79C1;&#x305F;&#x3061; Khd4 AUACCC &#x305D;&#x306E;&#x30BF;&#x30F3;&#x30C7;&#x30E0; KH &#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3; 3 &#x3068; 4 &#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066; in vivo &#x3067;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3092;&#x8A8D;&#x8B58;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;3&#39; &#x975E;&#x7FFB;&#x8A33;&#x9818;&#x57DF;&#x306B;&#x84C4;&#x7A4D;&#x3059;&#x308B;&#x306E;&#x3067;&#x3053;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306F;&#x3001;&#x6700;&#x3082;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x306E;&#x9AD8;&#x3044;&#x7C73;&#x56FD;&#x30A2;&#x30EB;&#x30C6;&#x30EA;&#x30B7;&#x30B8;&#x30F3;&#x306E;&#x898F;&#x5236; RNA &#x8981;&#x7D20;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x4E00;&#x8CAB;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x7D50;&#x5408;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x306F;&#x3001;&#x6210;&#x7E3E;&#x8A3C;&#x660E;&#x66F8;&#x306E;&#x8868;&#x793A;&#x4E2D;&#x306B;&#x5927;&#x5E45;&#x306B;&#x5BCC;&#x3080;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x5F0F;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x72EC;&#x7ACB;&#x306E; mRNA &#x767A;&#x73FE;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB; khd4Delta &#x7CFB;&#x7D71;&#x306E;&#x5909;&#x66F4;&#x3002;&#x6B20;&#x5931;&#x5909;&#x7570;&#x682A;&#x306E;&#x5897;&#x52A0;&#x91CF;&#x306E;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x306A; Khd4 &#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8; Mrna &#x306E;&#x5927;&#x534A;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x304C;&#x3001;Khd4 mRNA &#x4E0D;&#x5B89;&#x5B9A;&#x6027;&#x3092;&#x4FC3;&#x9032;&#x3059;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;AUACCC &#x306E;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C9;&#x306B;&#x5931;&#x6557;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x3069;&#x306E;&#x5909;&#x66F4;&#x5C55;&#x793A;&#x7D30;&#x80DE;&#x5F62;&#x614B;&#x7CF8;&#x72B6;&#x306E;&#x6210;&#x9577;&#x3092;&#x90AA;&#x9B54;&#x3057;&#x3001;&#x53B3;&#x3057;&#x304F;&#x6E1B;&#x5C11;&#x75C5;&#x539F;&#x6027;&#x6B20;&#x5931;&#x5909;&#x7570;&#x3001;&#x4F3C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305D;&#x308C;&#x6545;&#x306B;&#x3001;RNA &#x7D50;&#x5408;&#x5F62;&#x614B;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x75C5;&#x539F;&#x6027;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x8EE2;&#x5199;&#x5F8C;&#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C8;&#x30ED;&#x30FC;&#x30EB;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x6027;&#x3092;&#x5F37;&#x8ABF;&#x3059;&#x308B;&#x306F;&#x3001;&#x6A5F;&#x80FD; Khd4 &#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4E0D;&#x53EF;&#x6B20;&#x3067;&#x3059;&#x3002;

&#x30BF;&#x30F3;&#x30C7;&#x30E0; KH &#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3; Khd4 &#x306E; AUACCC &#x8A8D;&#x8B58;&#x3057;&#x3001;&#x5F62;&#x614B;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x30C8;&#x30A6;&#x30E2;&#x30ED;&#x30B3;&#x30B7;&#x9ED2;&#x7A42;&#x75C5;&#x83CC;&#x306E;&#x75C5;&#x539F;&#x6027;&#x306E;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4E0D;&#x53EF;&#x6B20;&#x3067;&#x3059;&#x3002;

Post-transcriptional &#xAE30;&#xACC4;&#xC758; &#xD575;&#xC2EC; &#xC694;&#xC18C;&#xB97C; &#xAD6C;&#xC131; &#xD558;&#xB294; RNA &#xC758;&#xBB34;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xADDC;&#xC81C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xD64D;&#xBCF4;, &#xC608;&#xB97C; &#xB4E4;&#xC5B4; &#xB300;&#xC0C1; &#xC99D;&#xBA85;&#xC11C;, &#xC131;&#xC219;, &#xBC88;&#xC5ED;, &#xB610;&#xB294; Mrnas&#xC758; &#xC548;&#xC815;&#xC131; &#xB0B4;&#xC758; &#xD2B9;&#xC815; &#xC694;&#xC18C;&#xB97C; &#xC778;&#xC2DD;. Ustilago maydis&#xC5D0; &#xC99D;&#xAC70; post-transcriptional &#xD504;&#xB85C;&#xC138;&#xC2A4;&#xB294; pathogenicity &#xACB0;&#xC815; &#xCD95;&#xC801; &#xC774;&#xB2E4;. Khd4, 5 K homology (&#xC0AC;&#xC758; KH) &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778;, &#xC608;&#xCE21; &#xB41C; RNA &#xC758;&#xBB34;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC778;&#xCF54;&#xB529; &#xC0AD;&#xC81C; &#xD0C8; &#xC120; &#xC138;&#xD3EC; &#xD615;&#xD0DC;&#xD559; &#xC6D0;&#xC778;&#xACFC; &#xB3C5;&#xC131; &#xAC10;&#xC18C;. &#xC5EC;&#xAE30;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; Khd4 &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; AUACCC &#xC5F0;&#xB3D9; KH &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; 3 &#xBC0F; 4&#xB97C; &#xD1B5;&#xD574; &#xC0DD;&#xCCB4; &#xC778;&#xC2DD; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC; &#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC774;&#xD6C4; 3&#39; untranslated &#xC601;&#xC5ED;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCD95;&#xC801; &#xBBF8; maydis&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xADDC;&#xC81C; RNA &#xC694;&#xC18C; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84; &#xC791;&#xB3D9; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC77C;&#xAD00; &#xB418; &#xAC8C;, &#xD504;&#xB85C; &#xD30C;&#xC77C;&#xB9C1; &#xC811;&#xADFC; &#xC2DD; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC8FC;&#xB294; &#xC131;&#xC801;&#xD45C;&#xC5D0; &#xB18D;&#xCD95; &#xD06C;&#xAC8C; &#xBC1D;&#xD600; &#xB3C5;&#xB9BD;&#xC801;&#xC778; mRNA khd4Delta &#xBCC0;&#xC885; &#xC2DD; &#xC218;&#xC900; &#xBCC0;&#xACBD;. &#xC7A0;&#xC7AC;&#xC801;&#xC778; Khd4 &#xB300;&#xC0C1; Mrnas&#xC758; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84; &#xC0AD;&#xC81C; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xC788;&#xB294; &#xC99D;&#xAC00; &#xAE08;&#xC561; &#xC804;&#xC2DC;, &#xC774;&#xD6C4; Khd4 mRNA &#xBD88;&#xC548;&#xC815;&#xC744; &#xC62C;&#xB9AC;&#xAE30;&#xB3C4; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. AUACCC &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xD560; &#xC2E4;&#xD328; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xB2EE;&#xC740; &#xC0AD;&#xC81C; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774;, &#xC804;&#xC2DC; &#xBCC0;&#xACBD; &#xC140; &#xD615;&#xD0DC;&#xB294; filamentous &#xC131;&#xC7A5;&#xC744; &#xBC29;&#xD574; &#xD558; &#xACE0; &#xC2EC;&#xAC01; &#xD558; &#xAC8C; &#xB3C5;&#xC131;&#xC744; &#xAC10;&#xC18C;. &#xB530;&#xB77C;&#xC11C; RNA &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xD615;&#xD0DC;&#xD559; &#xBC0F; pathogenicity &#xC870;&#xC808;&#xC5D0; post-transcriptional &#xCEE8;&#xD2B8;&#xB864;&#xC758; &#xC911;&#xC694;&#xC131;&#xC744; &#xAC15;&#xC870; &#xD558;&#xBA70; Khd4&#xC758; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD544;&#xC218;&#xC801;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Khd4&#xC758; &#xD611;&#xB3D9; KH &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; AUACCC &#xC778;&#xC2DD; &#xD558; &#xACE0; &#xD615;&#xD0DC;&#xD559; Ustilago maydis&#xC5D0; pathogenicity&#xC758; &#xADDC;&#xC81C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD544;&#xC218;&#xC801;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Prote&iacute;nas de uni&oacute;n de ARN constituyen factores clave de la maquinaria postranscripcional. Estas prote&iacute;nas reguladoras reconocen elementos espec&iacute;ficos dentro de transcripciones de objetivo promover, por ejemplo, maduraci&oacute;n, traducci&oacute;n o la estabilidad de los mRNAs. En Ustilago maydis, est&aacute; acumulando pruebas que postranscripcional procesos son importantes para determinar la patogenicidad. Eliminaci&oacute;n de khd4, codificando una prote&iacute;na de uni&oacute;n de ARN predijo con K cinco dominios de homolog&iacute;a (KH), provoca la morfolog&iacute;a celular aberrante y reduce la virulencia. Aqu&iacute;, demostramos que Khd4 reconoce la secuencia AUACCC en vivo a trav&eacute;s de sus dominios de t&aacute;ndem KH 3 y 4. Esta secuencia probablemente funciona como un elemento regulador del RNA en U. maydis, puesto que se acumula en las regiones no traducidas 3&#39;. Constantemente, un mRNA independiente expresi&oacute;n perfiles enfoque revel&oacute; que el motivo de Uni&oacute;n se enriquece significativamente en transcripciones mostrando alterado los niveles de expresi&oacute;n en cepas de khd4Delta. Puesto que la mayor&iacute;a de los potenciales Khd4 destino mRNAs exhibe mayores cantidades en mutantes de deleci&oacute;n, Khd4 podr&iacute;a promover la inestabilidad del mRNA. Mutantes que no enlazar AUACCC se asemejan a mutantes de deleci&oacute;n, que morfolog&iacute;a celular alterada de la exposici&oacute;n, disturba crecimiento filamentoso y reducido severamente la virulencia. Por lo tanto, enlace de RNA es esencial para la funci&oacute;n de Khd4, destacando la importancia del control post-transcripcional en la regulaci&oacute;n de la morfolog&iacute;a y patogenicidad.

T&aacute;ndem KH dominios de Khd4 reconocen AUACCC y son esenciales para la regulaci&oacute;n de la morfolog&iacute;a como patogenicidad en Ustilago maydis.

&#x5728;&#x771F;&#x6838;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x7EC6;&#x80DE;&#x6838;&#xFF0C;&#x65B0;&#x751F;&#x7684;&#x6210;&#x7EE9;&#x5355;&#x90FD;&#x7531; hnRNP C.&#x5FAE;&#x6676;&#x7684;&#x5F02;&#x6784;&#x6838;&#x6838;&#x7CD6;&#x6838;&#x86CB;&#x767D; (hnRNP) &#x7C92;&#x5B50;&#x4E0E;&#x5173;&#x8054;&#x5C3D;&#x7BA1;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x7684;&#x4E30;&#x5EA6;&#xFF0C;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x5B83;&#x4ECD;&#x4E0D;&#x6E05;&#x695A;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7C92;&#x5B50;&#x662F;&#x5426;&#x63A7;&#x5236;&#x9884; mRNA &#x52A0;&#x5DE5;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5236;&#x5B9A;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x51B3;&#x8BAE;&#x7D2B;&#x5916;&#x5149;&#x4EA4;&#x8054;&#x548C;&#x6C89;&#x6DC0; (iCLIP) &#x7814;&#x7A76; hnRNP C &#x62FC;&#x63A5;&#x8C03;&#x63A7;&#x4E2D;&#x7684;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;iCLIP &#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x663E;&#x793A;&#xFF0C;hnRNP C &#x786E;&#x8BA4;&#x5C3F;&#x82F7;&#x5927;&#x7247;&#x7684;&#x5DF2;&#x5B9A;&#x4E49;&#x7684;&#x8FDC;&#x7A0B;&#x95F4;&#x8DDD;&#x7B26;&#x5408; hnRNP &#x7C92;&#x5B50;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x3002;hnRNP &#x7C92;&#x5B50;&#x88C5;&#x914D;&#x4E24;&#x4E2A;&#x5185;&#x542B;&#x5B50;&#x548C;&#x4ECE;&#x63A5;&#x5934;&#x5730;&#x70B9;&#x7528;&#x4F46;&#x4ECD;&#x666E;&#x904D;&#x88AB;&#x6392;&#x9664;&#x5728;&#x5916;&#x3002;&#x96C6;&#x6210;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x5168; iCLIP &#x6570;&#x636E;&#x548C;&#x526A;&#x63A5;&#x914D;&#x7F6E;&#x6587;&#x4EF6;&#x8FDB; &#39;RNA &#x5730;&#x56FE;&#39; &#x6307;&#x793A;&#x5982;&#x4F55;&#x5B9A;&#x4F4D; hnRNP &#x7C92;&#x5B50;&#x786E;&#x5B9A;&#x5B83;&#x4EEC;&#x5BF9;&#x5217;&#x5165;&#x66FF;&#x4EE3;&#x7528;&#x7684;&#x5F71;&#x54CD;&#x3002;&#x9AD8;&#x5206;&#x8FA8;&#x7387; iCLIP &#x6570;&#x636E;&#x80FD;&#x591F;&#x6DF1;&#x5165;&#x4E86;&#x89E3;&#x6B64;&#x8C03;&#x63A7;&#x673A;&#x5236;&#x7814;&#x7A76;&#x5176;&#x4ED6;&#x9AD8;&#x9636;&#x6838;&#x7CD6;&#x6838;&#x86CB;&#x767D;&#x590D;&#x5408;&#x7269;&#x7684;&#x6709;&#x524D;&#x9014;&#x3002;

iCLIP &#x63ED;&#x793A;&#x4E86; hnRNP &#x4E2D;&#x7684;&#x7C92;&#x5B50;&#x5728;&#x5355;&#x4E2A;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x5206;&#x8FA8;&#x7387;&#x62FC;&#x63A5;&#x529F;&#x80FD;&#x3002;

In the nucleus of eukaryotic cells, nascent transcripts are associated with heterogeneous nuclear ribonucleoprotein (hnRNP) particles that are nucleated by hnRNP C. Despite their abundance, however, it remained unclear whether these particles control pre-mRNA processing. Here, we developed individual-nucleotide resolution UV cross-linking and immunoprecipitation (iCLIP) to study the role of hnRNP C in splicing regulation. iCLIP data show that hnRNP C recognizes uridine tracts with a defined long-range spacing consistent with hnRNP particle organization. hnRNP particles assemble on both introns and exons but remain generally excluded from splice sites. Integration of transcriptome-wide iCLIP data and alternative splicing profiles into an 'RNA map' indicates how the positioning of hnRNP particles determines their effect on the inclusion of alternative exons. The ability of high-resolution iCLIP data to provide insights into the mechanism of this regulation holds promise for studies of other higher-order ribonucleoprotein complexes.

iCLIP reveals the function of hnRNP particles in splicing at individual nucleotide resolution.

Dans le noyau des cellules eucaryotes, les transcriptions naissantes sont associ&#xE9;es &#xE0; ribonucl&#xE9;oprot&#xE9;ine nucl&#xE9;aire h&#xE9;t&#xE9;rog&#xE8;ne (hnRNP) des particules qui sont nucl&#xE9;&#xE9;es par hnRNP C. En d&#xE9;pit de leur abondance, cependant, il n&#x26;#39;&#xE9;tait pas &#xE9;vident de savoir si ces particules contr&#xF4;ler pr&#xE9;-ARNm de traitement. Ici, nous avons d&#xE9;velopp&#xE9; UV r&#xE9;solution individuelle-nucl&#xE9;otide r&#xE9;ticulation et immunopr&#xE9;cipitation (iClip) pour &#xE9;tudier le r&#xF4;le de hnRNP C dans la r&#xE9;gulation de l&#x26;#39;&#xE9;pissage. les donn&#xE9;es montrent que iClip hnRNP C reconna&#xEE;t tracts uridine avec une d&#xE9;finition &#xE0; long terme compatible avec l&#x26;#39;espacement organisation de particules hnRNP. particules hnRNP monter sur les deux introns et des exons, mais restent g&#xE9;n&#xE9;ralement exclus des sites d&#x26;#39;&#xE9;pissage. L&#x26;#39;int&#xE9;gration des donn&#xE9;es du transcriptome &#xE0; l&#x26;#39;&#xE9;chelle iClip et les profils d&#x26;#39;&#xE9;pissage alternatif dans un &#xAB;ARN carte&#xBB; indique la fa&#xE7;on dont le positionnement des particules hnRNP d&#xE9;termine leur effet sur l&#x26;#39;inclusion des exons alternatifs. La capacit&#xE9; de donn&#xE9;es iClip haute r&#xE9;solution pour fournir des indications sur le m&#xE9;canisme de cette r&#xE9;gulation est tr&#xE8;s prometteuse pour les &#xE9;tudes d&#x26;#39;autres complexes ribonucl&#xE9;oprot&#xE9;iques d&#x26;#39;ordre sup&#xE9;rieur.

IClip R&#xE9;v&#xE8;le la fonction des particules hnRNP dans l&#x26;#39;&#xE9;pissage &#xE0; la r&#xE9;solution de nucl&#xE9;otides individuels

Im Zellkern des eukaryotischen Zellen sind entstehende Transkripte heterogene nuclear Ribonucleoprotein (HnRNP) Teilchen, die durch HnRNP C. kernhaltigen sind zugeordnet Trotz ihrer F&uuml;lle blieb jedoch unklar, ob diese Partikel Pre-mRNA-Verarbeitung zu steuern. Hier entwickelten wir individuell-Nukleotid-Aufl&ouml;sung UV Vernetzung und Immunopr&auml;zipitation (iCLIP), die Rolle der HnRNP C Splei&szlig;en Verordnung zu studieren. iCLIP Daten zeigen, dass diese HnRNP C Uridin Landstriche mit einer definierten Langstrecken Abstand mit HnRNP Partikel Organisation erkennt. HnRNP Teilchen montieren auf beiden Introns und Exons bleiben aber generell ausgeschlossen von Splice-Sites. Integration von Transkriptom-weite iCLIP Daten und Alternative Splei&szlig;en Profile in eine &#39;RNA-Zuordnung&#39; gibt an, wie die Positionierung der HnRNP Teilchen ihre Wirkung auf die Einbeziehung des alternativer Exons bestimmt. Die F&auml;higkeit des hochaufl&ouml;senden iCLIP Daten, Einblicke in den Mechanismus dieser Verordnung vielversprechend f&uuml;r Studien der anderen h&ouml;herer Ordnung-Gebiets-komplexe.

iCLIP zeigt die Funktion HnRNP Teilchen in Splei&szlig;en bei einzelnen Nukleotid-Aufl&ouml;sung.

Nel nucleo delle cellule eucariotiche, nascente trascrizioni sono associate con particelle eterogenee ribonucleoproteina nucleare (hnRNP) che sono nucleate dal hnRNP C. Nonostante la loro abbondanza, tuttavia, &egrave; rimasto poco chiaro se queste particelle controllano l&#39;elaborazione pre-mRNA. Qui, abbiamo sviluppato la risoluzione del singolo-nucleotide UV cross-linking e immunoprecipitazione (iCLIP) per studiare il ruolo di hnRNP C regolamento splicing. iCLIP dati mostrano che hnRNP C riconosce tratti uridina con una spaziatura a lungo raggio definito coerenza con l&#39;organizzazione delle particelle hnRNP. hnRNP particelle montare su entrambi gli introni e gli esoni ma rimangono generalmente esclusi dai siti di splicing. Integrazione di dati di livello transcriptome iCLIP e alternative splicing profili in una mappa di&#39; RNA&#39; indica come il posizionamento delle particelle hnRNP determina il loro effetto sull&#39;inclusione degli esoni alternativi. La capacit&agrave; di dati ad alta risoluzione iCLIP per fornire intuizioni, il meccanismo di questo regolamento mantiene la promessa per gli studi di altri complessi di ordine superiore ribonucleoproteina.

iCLIP rivela la funzione di particelle hnRNP nello splicing alla risoluzione di singoli nucleotidi.

&#x771F;&#x6838;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x6838;&#x5185;&#x306B;&#x3001;&#x65B0;&#x751F;&#x8EE2;&#x5199;&#x7269;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306B;&#x3082;&#x304B;&#x304B;&#x308F;&#x3089;&#x305A;&#x306E;hnRNP C&#x3067;&#x6838;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x7C92;&#x5B50;&#x304C;&#x3001;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x306F;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x7C92;&#x5B50;&#x306F;pre-mRNA&#x306E;&#x51E6;&#x7406;&#x3092;&#x5236;&#x5FA1;&#x3059;&#x308B;&#x304B;&#x3069;&#x3046;&#x304B;&#x306F;&#x4E0D;&#x660E;&#x306E;&#x307E;&#x307E;&#x7570;&#x7A2E;&#x6838;&#x30EA;&#x30DC;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#xFF08;&#x306E;hnRNP&#xFF09;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x306B;&#x306E;hnRNP C&#x306E;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x7814;&#x7A76;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x500B;&#x3005;&#x306E;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x5206;&#x89E3;&#x80FD;UV&#x67B6;&#x6A4B;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x514D;&#x75AB;&#x6C88;&#x964D;&#xFF08;iCLIP&#xFF09;&#x3092;&#x958B;&#x767A;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002; iCLIP&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306F;&#x3001;&#x306E;hnRNP C&#x306F;&#x306E;hnRNP&#x7C92;&#x5B50;&#x306E;&#x7D44;&#x7E54;&#x3068;&#x306E;&#x4E00;&#x8CAB;&#x6027;&#x306E;&#x3042;&#x308B;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x9577;&#x671F;&#x306E;&#x9593;&#x9694;&#x3067;&#x30A6;&#x30EA;&#x30B8;&#x30F3;&#x7BA1;&#x3092;&#x8A8D;&#x8B58;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x306E;hnRNP&#x7C92;&#x5B50;&#x306F;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C8;&#x30ED;&#x30F3;&#x3068;&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x3067;&#x7D44;&#x307F;&#x7ACB;&#x3066;&#x308B;&#x304C;&#x3001;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306B;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B9;&#x90E8;&#x4F4D;&#x304B;&#x3089;&#x9664;&#x5916;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x307E;&#x307E;&#x306B;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002; &#x26;quot;RNA&#x30DE;&#x30C3;&#x30D7;&#x26;quot;&#x306B;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x5168;&#x4F53;&#x306E;iCLIP&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3068;&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x306E;&#x7D71;&#x5408;&#x306F;&#x306E;hnRNP&#x7C92;&#x5B50;&#x306E;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x304C;&#x5225;&#x306E;&#x30A8;&#x30AD;&#x30BD;&#x30F3;&#x3092;&#x542B;&#x3081;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3067;&#x305D;&#x306E;&#x52B9;&#x679C;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x6A5F;&#x69CB;&#x3078;&#x306E;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x9AD8;&#x89E3;&#x50CF;&#x5EA6;&#x306E;iCLIP&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x80FD;&#x529B;&#x306F;&#x3001;&#x4ED6;&#x306E;&#x9AD8;&#x6B21;&#x306E;&#x30EA;&#x30DC;&#x6838;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x3092;&#x79D8;&#x3081;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

ICLIP&#x306F;&#x3001;&#x500B;&#x3005;&#x306E;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x89E3;&#x50CF;&#x5EA6;&#x3067;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;hnRNP&#x7C92;&#x5B50;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;

&#xC9C4; &#xD575; &#xC138;&#xD3EC;&#xC758; &#xD575;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCD08;&#xAE30; &#xC131;&#xC801; &#xC99D;&#xBA85;&#xC11C; hnRNP c.&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; nucleated &#xC774;&#xC885; &#xD575; ribonucleoprotein (hnRNP) &#xC785;&#xC790;&#xC640; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xD48D;&#xC694;&#xC5D0;&#xB3C4; &#xBD88;&#xAD6C; &#xD558; &#xACE0;, &#xADF8;&#xAC83;&#xC740; &#xB0A8;&#xC544; &#xBD88;&#xBD84;&#xBA85;&#xC774; &#xC785;&#xC790; &#xC911; mRNA &#xCC98;&#xB9AC;&#xB97C; &#xC81C;&#xC5B4; &#xD558;&#xB294; &#xC5EC;&#xBD80;. &#xC5EC;&#xAE30;, &#xC6B0;&#xB9AC; &#xAC1C;&#xC778; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; &#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4; &#xC790;&#xC678;&#xC120; &#xAD50;&#xCC28; &#xBC0F; immunoprecipitation (iCLIP) &#xC811;&#xD569; &#xB808; &#xADE4; &#xB808;&#xC774; &#xC158;&#xC5D0; hnRNP C&#xC758; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xAC1C;&#xBC1C;. iCLIP &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC815;&#xC758; &#xC7A5;&#xAC70;&#xB9AC; &#xAC04;&#xACA9;&#xC774; &#xC77C;&#xCE58; hnRNP &#xC785;&#xC790; &#xC870;&#xC9C1; uridine &#xCC45;&#xC790;&#xB97C; &#xC778;&#xC2DD; &#xD558;&#xB294; &#xADF8; hnRNP C &#xD45C;&#xC2DC; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. hnRNP &#xC785;&#xC790; &#xB450; introns&#xC5D0; &#xBAA8;&#xC774;&#xACE0; exons &#xC2A4;&#xD50C;&#xB77C;&#xC774;&#xC2A4; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC81C;&#xC678; &#xB41C; &#xB0A8;&#xC544; &#xC788;&#xC9C0;&#xB9CC;. Transcriptome &#xC804;&#xCCB4; iCLIP &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC640; &#xD504;&#xB85C;&#xD544; &#39;RNA &#xC9C0;&#xB3C4;&#39;&#xC5D0; &#xC811;&#xD569; &#xD558;&#xB294; &#xB300;&#xC548;&#xC758; &#xD1B5;&#xD569; &#xC5B4;&#xB5BB;&#xAC8C; &#xB300;&#xCCB4; exons&#xC758; &#xD3EC;&#xD568;&#xC5D0; &#xBBF8;&#xCE58;&#xB294; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xACB0;&#xC815; hnRNP &#xC785;&#xC790;&#xC758; &#xC704;&#xCE58;&#xB97C; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0C5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xADDC;&#xC815;&#xC758; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD1B5;&#xCC30;&#xB825;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558;&#xB294; &#xACE0;&#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4; iCLIP &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC758; &#xAE30;&#xB2A5; &#xB2E4;&#xB978; &#xB192;&#xC740; &#xC21C;&#xC11C; ribonucleoprotein &#xB2E8;&#xC9C0;&#xC758; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC57D;&#xC18D;&#xC744; &#xBCF4;&#xC720; &#xD558;&#xACE0;&#xC788;&#xB2E4;.

iCLIP hnRNP &#xC785;&#xC790; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; &#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4; &#xC811;&#xD569; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xBC1D;&#xD799;&#xB2C8;&#xB2E4;.

En el n&#xFA;cleo de las c&#xE9;lulas eucariotas, las transcripciones nacientes est&#xE1;n asociadas con ribonucleoprote&#xED;na nuclear heterog&#xE9;neo (hnRNP) las part&#xED;culas que son nucleados por hnRNP C. A pesar de su abundancia, sin embargo, no qued&#xF3; claro si estas part&#xED;culas controlar pre-mRNA de procesamiento. En este sentido, hemos desarrollado el individuo nucle&#xF3;tidos UV resoluci&#xF3;n de entrecruzamiento e inmunoprecipitaci&#xF3;n (iClip) para estudiar el papel de hnRNP C en la regulaci&#xF3;n de empalme. los datos muestran que iClip hnRNP C reconoce extensiones de uridina con una definida a largo plazo en consonancia con la organizaci&#xF3;n de separaci&#xF3;n de part&#xED;culas hnRNP. part&#xED;culas hnRNP montamos en ambos intrones y exones, pero siguen por lo general excluidos de los sitios de empalme. Integraci&#xF3;n de datos de toda la transcriptoma iClip y perfiles de splicing alternativo en un &#x26;#39;mapa de ARN&#x26;#39; indica la posici&#xF3;n de las part&#xED;culas de hnRNP determina su efecto sobre la inclusi&#xF3;n de los exones alternativos. La capacidad de datos de alta resoluci&#xF3;n iClip para proporcionar informaci&#xF3;n sobre el mecanismo de este reglamento es una promesa para los estudios de otros complejos de ribonucleoprote&#xED;na de orden superior.

IClip revela la funci&#xF3;n de las part&#xED;culas hnRNP en el empalme en la Resoluci&#xF3;n Individual de nucle&#xF3;tidos

TDP-43&#x306F;&#x3001;&#x524D;&#x982D;&#x5074;&#x982D;&#x8449;&#x5909;&#x6027;&#x75C7;&#xFF08;FTLD&#xFF09;&#x3068;&#x7B4B;&#x840E;&#x7E2E;&#x6027;&#x5074;&#x7D22;&#x786C;&#x5316;&#x75C7;&#xFF08;ALS&#xFF09;&#x3067;&#x5C01;&#x5165;&#x4F53;&#x3092;&#x5F62;&#x6210;&#x3057;&#x3001;&#x4E3B;&#x306B;&#x6838;RNA&#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002; mRNA&#x306E;&#x30D2;&#x30C8;&#x8133;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;TDP-43&#x306E;&#x76EE;&#x6A19;&#x3068;RNA&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x305D;&#x306E;&#x5F79;&#x5272;&#x306F;&#x4E0D;&#x660E;&#x306A;&#x70B9;&#x304C;&#x591A;&#x3044;&#x3002;&#x500B;&#x3005;&#x306E;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x5206;&#x89E3;&#x80FD;&#x7D2B;&#x5916;&#x7DDA;&#x67B6;&#x6A4B;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x514D;&#x75AB;&#x6C88;&#x964D;&#xFF08;iCLIP&#xFF09;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;TDP-43&#x304C;&#x512A;&#x5148;&#x7684;&#x306B;in vivo&#x3067;&#x306E;UG-&#x30EA;&#x30C3;&#x30C1;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x9577;&#x3055;&#x306E;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x30FC;&#x3092;&#x7D50;&#x5408;&#x3057;&#x305F;&#x200B;&#x200B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x308F;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x3002; FTLD&#x60A3;&#x8005;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x8133;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;TDP-43&#x306B;&#x3088;&#x308B;RNA&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x306F;&#x3001;&#x7D50;&#x5408;&#x306E;&#x6700;&#x5927;&#x306E;&#x5897;&#x52A0;&#x306F;MALAT1&#x3068;NEAT1&#x30CE;&#x30F3;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;RNA&#x306B;&#x3042;&#x3063;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x307E;&#x305F;&#x3001;&#x30D7;&#x30EC;mRNA&#x306B;TDP-43&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x304C;&#x30CE;&#x30F4;&#x30A1;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306B;&#x985E;&#x4F3C;&#x3057;&#x305F;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x306B;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3057;&#x305F;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3067;&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x308F;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3001;&#x4E0B;&#x6D41;&#x306E;&#x6C88;&#x9ED9;&#x306E;&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C8;&#x30ED;&#x30F3;&#x306E;&#x6DF1;&#x3044;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x306B;TDP-43&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x306E;&#x7570;&#x5E38;&#x306B;&#x9577;&#x3044;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x30FC;&#x3092;&#x540C;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x3002; TDP-43&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x898F;&#x5236;&#x4EE3;&#x66FF;mRNA&#x30A2;&#x30A4;&#x30BD;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0;&#x306E;&#x304B;&#x306A;&#x308A;&#x306E;&#x5272;&#x5408;&#x306F;&#x3001;&#x795E;&#x7D4C;&#x767A;&#x9054;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3092;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3059;&#x308B;&#x304B;&#x3001;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x8133;&#x5185;&#x306E;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;TDP-43&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x6027;&#x3092;&#x5F37;&#x8ABF;&#x3057;&#x3001;&#x795E;&#x7D4C;&#x75BE;&#x60A3;&#x306B;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;

TDP-43&#x306B;&#x3088;&#x308B;RNA&#x306E;&#x76EE;&#x6A19;&#x3068;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x306B;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3059;&#x308B;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x898F;&#x5236;&#x3092;&#x7279;&#x5FB4;&#x4ED8;&#x3051;&#x308B;

TDP-43 frontotemporal lobar &#xBCC0;&#xC131; (FTLD)&#xACFC; &#xB8E8; &#xAC8C; &#xB9AD; &#xBCD1; &#xCE21;&#xBA74; &#xACBD;&#xD654; &#xC99D; (ALS) &#xD3EC;&#xD568; &#xC2DC;&#xCCB4;&#xB97C; &#xD615;&#xC131; &#xD558;&#xB294; &#xC8FC;&#xB85C; &#xD575; RNA &#xC758;&#xBB34;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC774;&#xB2E4;. &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xB450;&#xB1CC;&#xC5D0; TDP-43&#xC640; RNA &#xCC98;&#xB9AC; &#xD558;&#xB294; &#xC5ED;&#xD560;&#xC758; mRNA &#xD45C;&#xC801; &#xC8FC;&#xB85C; &#xC54C;&#xB824;&#xC838; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. TDP 43 &#xC6B0;&#xC120;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; UG &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; vivo&#xC5D0;&#xC11C;&#xC758; &#xAE34; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xB41C; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; &#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4; &#xC790;&#xC678;&#xC120; &#xAD50;&#xCC28; &#xBC0F; immunoprecipitation (iCLIP)&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC;&#xB97C; &#xCC3E;&#xC558;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBD84;&#xC11D; FTLD&#xC640; &#xACFC;&#xBAA9;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB450;&#xB1CC;&#xC5D0; TDP 43 RNA &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xC758; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xC5D0;&#xC11C;&#xB294; &#xAC00;&#xC7A5; &#xD070; &#xC99D;&#xAC00; MALAT1 &#xBC0F; NEAT1 noncoding RNAs &#xD588;&#xB2E4; &#xBC1D;&#xD614;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB610;&#xD55C; &#xC0AC;&#xC804; mRNAs &#xC601;&#xD5A5;&#xC5D0; TDP-43&#xC758; &#xD574;&#xB2F9; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xC744; &#xB178;&#xBC14; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC5D0; &#xBE44;&#xC2B7;&#xD55C; &#xC704;&#xCE58;&#xC5D0; &#xC885;&#xC18D;&#xC801;&#xC778; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC73C;&#xB85C; &#xC811;&#xD569; &#xB300;&#xCCB4; &#xBC1C;&#xACAC;. &#xB610;&#xD55C;, &#xC785; &#xB9C9; &#xC74C;&#xB41C; exons&#xC758; &#xD558;&#xB958; &#xAE4A;&#xC740; intronic &#xC704;&#xCE58;&#xC5D0; TDP 43 &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xC758; &#xBE44;&#xC815;&#xC0C1;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xAE34; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB300;&#xCCB4; mRNA isoforms TDP-43&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xADDC;&#xC81C;&#xC758; &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD55C; &#xBE44;&#xC728; &#xC2E0;&#xACBD; &#xAC1C;&#xBC1C;&#xC744; &#xADDC;&#xC81C; &#xD558;&#xAC70;&#xB098; &#xB1CC;&#xC5D0; &#xC811;&#xD569; &#xD558;&#xB294; &#xADDC;&#xC81C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; TDP-43&#xC758; &#xC911;&#xC694;&#xC131;&#xC744; &#xAC15;&#xC870; &#xD558;&#xB294; &#xC2E0;&#xACBD; &#xC9C8;&#xD658;&#xC5D0; &#xC5F0;&#xB8E8; &#xB418;&#xC5B4; &#xC788;&#xB294; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC744; &#xC778;&#xCF54;&#xB529;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

TDP-43&#xC5D0;&#xC758; &#xD55C; &#xC811;&#xD569; &#xC704;&#xCE58; &#xC885;&#xC18D; &#xADDC;&#xC81C; &#xBC0F; RNA &#xB300;&#xC0C1;&#xC744; &#xD2B9;&#xC131;&#xD654;.

TDP-43 &egrave; un RNA-binding protein prevalentemente nucleare che forma i corpi di inclusione nella degenerazione lobare frontotemporale (FTLD) e sclerosi laterale amiotrofica (SLA). Gli obiettivi di mRNA di TDP-43 nel cervello umano e il suo ruolo nell&#39;elaborazione di RNA sono in gran parte sconosciuti. Utilizzando singoli nucleotidi-risoluzione reticolazione ultravioletta e immunoprecipitazione (iCLIP), abbiamo trovato che TDP-43 associata preferenzialmente lungo cluster di sequenze UG-ricco in vivo. Analisi di RNA binding di TDP-43 nei cervelli da soggetti con FTLD ha rivelato che i pi&ugrave; grandi aumenti in associazione sono stati a MALAT1 e NEAT1 RNA non codificante. Abbiamo anche trovato quell&#39;associazione di TDP-43 al pre-mRNA influenzato alternative splicing in maniera dipendente dalla posizione simile alle proteine Nova. Inoltre, abbiamo identificato insolitamente lunghi grappoli di TDP-43 associazione al profondo intronic posizioni a valle degli esoni silenziati. Una parte sostanziale delle isoforme di mRNA alternativi regolata da TDP-43 codificano proteine che regolano lo sviluppo neuronale o sono state implicate nelle malattie neurologiche, evidenziando l&#39;importanza di TDP-43 per la regolazione di splicing nel cervello.

Che caratterizzano gli obiettivi di RNA e regolamento splicing dipendente dalla posizione di TDP-43.

TDP 43 &#x662F;&#x4E3B;&#x8981;&#x6838; RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#xFF0C;&#x5F62;&#x6210;&#x5305;&#x6DB5;&#x4F53;&#x5728;&#x989D;&#x989E;&#x90E8;&#x5927;&#x53F6;&#x6027;&#x53D8;&#x6027; (FTLD) &#x548C;&#x808C;&#x840E;&#x7F29;&#x4FA7;&#x7D22;&#x786C;&#x5316; (ALS)&#x3002;MRNA &#x6307;&#x6807;&#x7684; TDP 43 &#x4E2D;&#xFF0C;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x7684;&#x5927;&#x8111;&#x548C;&#x5176; RNA &#x52A0;&#x5DE5;&#x4E2D;&#x7684;&#x4F5C;&#x7528;&#x662F;&#x5F88;&#x5927;&#x7A0B;&#x5EA6;&#x4E0A;&#x662F;&#x672A;&#x77E5;&#x7684;&#x3002;&#x4F7F;&#x7528;&#x5355;&#x4E2A;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x51B3;&#x8BAE;&#x7D2B;&#x5916;&#x5149;&#x4EA4;&#x8054;&#x548C;&#x6C89;&#x6DC0; &#xFF08;iCLIP&#xFF09;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0; TDP 43 &#x4F18;&#x5148;&#x7EA6;&#x675F;&#x957F;&#x96C6;&#x7FA4;&#x7684;&#x4F53;&#x5185;&#x5BCC;&#x542B; UG &#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x3002;RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x7684; TDP-43 &#x79D1;&#x76EE;&#x4ECE;&#x5927;&#x8111;&#x4E2D;&#x4E0E; FTLD &#x7684;&#x5206;&#x6790;&#x663E;&#x793A;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x4E2D;&#x7684;&#x589E;&#x52A0;&#x6700;&#x591A;&#x7684; MALAT1 &#x548C; NEAT1 &#x975E;&#x7F16;&#x7801; Rna&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8FD8;&#x53D1;&#x73B0;&#x8BE5;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x7684; TDP 43 &#x5230; pre &#x5206;&#x6CCC;&#x5F71;&#x54CD;&#x66FF;&#x4EE3;&#x62FC;&#x63A5;&#x65B9;&#x5F0F;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x4F9D;&#x8D56;&#x6027; Nova &#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x786E;&#x5B9A;&#x8D85;&#x957F;&#x96C6;&#x7FA4;&#x7684; TDP 43 &#x7ED1;&#x5B9A;&#x5728;&#x4E0B;&#x6E38;&#x7684;&#x6C89;&#x9ED8;&#x7528;&#x6DF1;&#x5185;&#x542B;&#x5B50;&#x7684;&#x7ACB;&#x573A;&#x3002;&#x5927;&#x91CF;&#x66FF;&#x4EE3; mRNA &#x5F02;&#x6784;&#x4F53;&#x8868;&#x8FBE;&#x53D7; TDP 43 &#x7F16;&#x7801;&#x86CB;&#x767D;&#x8C03;&#x8282;&#x795E;&#x7ECF;&#x5143;&#x53D1;&#x5C55;&#x6216;&#x7275;&#x8FDE;&#x5728;&#x5F3A;&#x8C03; TDP 43&#xFF0C;&#x76D1;&#x7BA1;&#x7684;&#x62FC;&#x63A5;&#x5728;&#x5927;&#x8111;&#x4E2D;&#x7684;&#x795E;&#x7ECF;&#x75BE;&#x75C5;&#x3002;

&#x8868;&#x5F81;&#x7684; RNA &#x9776;&#x6807;&#x548C;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x4F9D;&#x8D56;&#x6027; TDP 43 &#x62FC;&#x63A5;&#x89C4;&#x7BA1;&#x3002;

TDP-43 is a predominantly nuclear RNA-binding protein that forms inclusion bodies in frontotemporal lobar degeneration (FTLD) and amyotrophic lateral sclerosis (ALS). The mRNA targets of TDP-43 in the human brain and its role in RNA processing are largely unknown. Using individual nucleotide-resolution ultraviolet cross-linking and immunoprecipitation (iCLIP), we found that TDP-43 preferentially bound long clusters of UG-rich sequences in vivo. Analysis of RNA binding by TDP-43 in brains from subjects with FTLD revealed that the greatest increases in binding were to the MALAT1 and NEAT1 noncoding RNAs. We also found that binding of TDP-43 to pre-mRNAs influenced alternative splicing in a similar position-dependent manner to Nova proteins. In addition, we identified unusually long clusters of TDP-43 binding at deep intronic positions downstream of silenced exons. A substantial proportion of alternative mRNA isoforms regulated by TDP-43 encode proteins that regulate neuronal development or have been implicated in neurological diseases, highlighting the importance of TDP-43 for the regulation of splicing in the brain.

Characterizing the RNA targets and position-dependent splicing regulation by TDP-43.

TDP-43 est un ARN nucl&#xE9;aire principalement la prot&#xE9;ine de liaison qui forme des corps d&#x26;#39;inclusion dans la d&#xE9;g&#xE9;n&#xE9;rescence lobaire fronto-temporale (DLFT) et la scl&#xE9;rose lat&#xE9;rale amyotrophique (SLA). Les cibles d&#x26;#39;ARNm de TDP-43 dans le cerveau humain et son r&#xF4;le dans la maturation des ARN sont largement inconnues. Utilisation individuelle nucl&#xE9;otidique r&#xE9;solution ultraviolet r&#xE9;ticulation et immunopr&#xE9;cipitation (iClip), nous avons constat&#xE9; que TDP-43 pr&#xE9;f&#xE9;rentiellement li&#xE9; longues grappes de UG-s&#xE9;quences riches en in vivo. Analyse de l&#x26;#39;ARN de liaison par TDP-43 dans le cerveau de sujets atteints de DLFT a r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; que les plus fortes augmentations en mati&#xE8;re de liaison &#xE9;taient aux MALAT1 et NEAT1 ARN non codantes. Nous avons &#xE9;galement constat&#xE9; que la liaison de TDP-43 de pr&#xE9;-ARNm influenc&#xE9;e &#xE9;pissage alternatif dans un m&#xEA;me d&#xE9;pendant de la position de mani&#xE8;re &#xE0; prot&#xE9;ines Nova. En outre, nous avons identifi&#xE9; des groupes anormalement longs de TDP-43 de liaison &#xE0; des positions introniques profondes en aval des exons r&#xE9;duits au silence. Une proportion importante des isoformes d&#x26;#39;ARNm alternatifs r&#xE9;gi par TDP-43 codent pour des prot&#xE9;ines qui r&#xE9;gulent le d&#xE9;veloppement neuronal ou ont &#xE9;t&#xE9; impliqu&#xE9;s dans des maladies neurologiques, en soulignant l&#x26;#39;importance de la prot&#xE9;ine TDP-43 pour la r&#xE9;gulation de l&#x26;#39;&#xE9;pissage dans le cerveau.

Caract&#xE9;riser les cibles ARN et asservi &#xE0; la r&#xE9;gulation de l&#x26;#39;&#xE9;pissage par TDP-43

TDP-43 ist ein &uuml;berwiegend nukleare RNA-Bindung-Protein, die Einschlussk&ouml;rperchen in Frontotemporale lobar Degeneration (FTLD) und Amyotrophe Lateralsklerose (ALS) bildet. Die mRNA-Ziele des TDP-43 im menschlichen Gehirn und seine Rolle in der RNA-Verarbeitung sind weitgehend unbekannt. Mit einzelnen Nukleotid-Aufl&ouml;sung UV Vernetzung und Immunopr&auml;zipitation (iCLIP), fanden wir, dass die TDP-43 bevorzugt lange Bl&ouml;cken von UG-reichen Sequenzen in-vivo gebunden. Analyse der RNA-Bindung von TDP-43 in den Gehirnen von Probanden mit FTLD ergab, dass die gr&ouml;&szlig;ten Zuw&auml;chse in Bindung an die MALAT1 und NEAT1 noncoding RNAs waren. Wir fanden auch die Bindung der TDP-43 an Pre-mRNAs beeinflusst alternatives Splei&szlig;en wegabh&auml;ngigen &auml;hnlich Nova Proteine. Dar&uuml;ber hinaus haben wir festgestellt, ungew&ouml;hnlich lange Bl&ouml;cken TDP-43 Bindung an tief verband intronic Positionen stromabw&auml;rts des zum Schweigen gebrachten Exons. Ein erheblicher Teil der alternative mRNA-Isoformen von TDP-43 geregelt kodieren Proteine, die neuronale Entwicklung zu regulieren oder haben bei neurologischen Krankheiten, die Bedeutung des TDP-43 f&uuml;r die Regulierung von Splei&szlig;en im Gehirn verwickelt worden.

Charakterisierung der RNA-Ziele und wegabh&auml;ngigen Splei&szlig;en Regulierung von TDP-43.

TDP-43 es predominantemente nuclear de ARN-prote&#xED;na de uni&#xF3;n que forma cuerpos de inclusi&#xF3;n en la degeneraci&#xF3;n lobar frontotemporal (DLFT) y la esclerosis lateral amiotr&#xF3;fica (ELA). Los objetivos de mRNA de TDP-43 en el cerebro humano y su papel en el procesamiento del ARN son en gran parte desconocido. Usando individuo nucle&#xF3;tidos resoluci&#xF3;n ultravioleta entrecruzamiento e inmunoprecipitaci&#xF3;n (iClip), se encontr&#xF3; que TDP-43 une de forma preferente largos racimos de UG secuencias ricas en vivo. El an&#xE1;lisis de uni&#xF3;n a ARN por TDP-43 en los cerebros de los sujetos con FTLD revel&#xF3; que los mayores incrementos en la uni&#xF3;n fueron los MALAT1 y NEAT1 ARN no codificadores. Tambi&#xE9;n se encontr&#xF3; que la uni&#xF3;n de TDP-43 a pre-ARNm influenciado empalme alternativo en una posici&#xF3;n parecida forma dependiente a las prote&#xED;nas Nova. Adem&#xE1;s, se identificaron grupos inusualmente largos de TDP-43 en uni&#xF3;n profunda posiciones intr&#xF3;nicas aguas abajo de los exones silenciados. Una proporci&#xF3;n sustancial de las isoformas de mRNA alternativo regulado por TDP-43 codifican prote&#xED;nas que regulan el desarrollo neuronal o han sido implicados en enfermedades neurol&#xF3;gicas, destacando la importancia de TDP-43 para la regulaci&#xF3;n de empalme en el cerebro.

Caracterizaci&#xF3;n de los objetivos de ARN, y el Reglamento dependiente de la posici&#xF3;n de empalme por la TDP-43

&#x957F;&#x9014;&#x8FD0;&#x8F93;&#x7684;&#x5206;&#x6CCC;&#x662F;&#x65F6;&#x7A7A;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x8C03;&#x63A7;&#x7684;&#x5173;&#x952E;&#x56E0;&#x7D20;&#x3002;RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D; Rrm4 &#x6784;&#x6210;&#x9ED1;&#x7C89;&#x75C5;&#x4E1D;&#x4E2D;&#x7684;&#x5FAE;&#x7BA1;&#x4F9D;&#x8D56;&#x7684; mRNA &#x4F20;&#x8F93;&#x7684;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5173;&#x952E;&#x7EC4;&#x4EF6;&#x3002;&#x867D;&#x7136;&#x53EF;&#x4EE5;&#x53D1;&#x73B0;&#x4E00;&#x4E9B;&#x6F5C;&#x5728;&#x76EE;&#x6807; mRNAs&#xFF0C;&#x53D6;&#x51B3;&#x4E8E; Rrm4 &#x4ECB;&#x5BFC;&#x7684;&#x8FD0;&#x8F93;&#x7684;&#x7EC6;&#x80DE;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x4ECD;&#x7136;&#x5F88;&#x5927;&#x7A0B;&#x5EA6;&#x4E0A;&#x672A;&#x77E5;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x4F7F;&#x7528;&#x5DEE;&#x5F02;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7EC4;&#x5B66;&#xFF0C;&#x8868;&#x660E;&#x6838;&#x7CD6;&#x4F53;&#x3001; &#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53;&#x3001; &#x548C;&#x7EC6;&#x80DE;&#x58C1;&#x91CD;&#x5851;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7C7B;&#x578B; endochitinase Cts1&#xFF0C;&#x5DEE;&#x5F02;&#x5728; rrm4&Delta; &#x4E1D;&#x53D7;&#x89C4;&#x7BA1;&#x3002;&#x4F53;&#x5185;&#x7684;&#x7D2B;&#x5916;&#x5149;&#x4EA4;&#x8054;&#x548C;&#x6C89;&#x6DC0;&#x548C;&#x8367;&#x5149;&#x539F;&#x4F4D;&#x6742;&#x4EA4;&#x6280;&#x672F;&#x53D1;&#x73B0; cts1 mRNA &#x8868;&#x793A;&#x7684; Rrm4 cts1&Delta; &#x7A81;&#x53D8;&#x4F53;&#x805A;&#x5408;&#x5728;&#x6697;&#x793A;&#x6539;&#x53D8;&#x7684;&#x7EC6;&#x80DE;&#x8868;&#x9762;&#x7684;&#x6DB2;&#x4F53;&#x57F9;&#x517B;&#x4E2D;&#x7684;&#x7EC6;&#x4E1D;&#x7684;&#x76F4;&#x63A5;&#x76EE;&#x6807;&#x3002;&#x5728;&#x91CE;&#x751F;&#x578B;&#x7EC6;&#x80DE; Cts1 &#x672C;&#x5730;&#x5316;&#x4E3B;&#x8981;&#x662F;&#x5728;&#x751F;&#x957F;&#x9525;&#xFF0C;&#x800C;&#x79EF;&#x7D2F;&#x5728;&#x4E24;&#x6781;&#x4E2D; rrm4&Delta; &#x957F;&#x4E1D;&#x3002;Endochitinase &#x5206;&#x6CCC;&#x51FA;&#x6765;&#x7684;&#x5E76;&#x5C06;&#x5173;&#x8054;&#x6700;&#x53EF;&#x80FD;&#x4E0E;&#x7EC6;&#x80DE;&#x58C1;&#x7684;&#x7EC6;&#x4E1D;&#x3002;&#x5206;&#x6CCC;&#x662F;&#x5927;&#x5927;&#x53D7;&#x635F;&#xFF0C;&#x5728;&#x7F3A;&#x4E4F; Rrm4 &#x6216;&#x5E38;&#x89C4;&#x9A71;&#x52A8;&#x86CB;&#x767D; Kin1 &#x4E1D;&#x4EE5;&#x53CA;&#x957F;&#x4E1D;&#x4E0E;&#x4E2D;&#x65AD;&#x5FAE;&#x7BA1;&#x3002;&#x56E0;&#x6B64;&#xFF0C;Rrm4 &#x4ECB;&#x5BFC;&#x7684; mRNA &#x8FD0;&#x8F93;&#x4F3C;&#x4E4E;&#x662F;&#x5FC5;&#x4E0D;&#x53EF;&#x5C11;&#x7684;&#x6D3B;&#x52A8; Cts1&#xFF0C;&#x63ED;&#x9732; mRNA &#x8FD0;&#x8F93;&#x548C;&#x5206;&#x6CCC;&#x7684;&#x673A;&#x5236;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x65B0;&#x578B;&#x5206;&#x5B50;&#x94FE;&#x63A5;&#x6709;&#x6548;&#x7684;&#x51FA;&#x53E3;&#x3002;

RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D; Rrm4 &#x7684;&#x9AD8;&#x6548;&#x5206;&#x6CCC;&#x7684; endochitinase Cts1 &#x81F3;&#x5173;&#x91CD;&#x8981;&#x3002;

Long-distance transport of mRNAs is crucial in determining spatio-temporal gene expression in eukaryotes. The RNA-binding protein Rrm4 constitutes a key component of microtubule-dependent mRNA transport in filaments of Ustilago maydis. Although a number of potential target mRNAs could be identified, cellular processes that depend on Rrm4-mediated transport remain largely unknown. Here, we used differential proteomics to show that ribosomal, mitochondrial, and cell wall-remodeling proteins, including the bacterial-type endochitinase Cts1, are differentially regulated in rrm4Î” filaments. In vivo UV crosslinking and immunoprecipitation and fluorescence in situ hybridization revealed that cts1 mRNA represents a direct target of Rrm4. Filaments of cts1Î” mutants aggregate in liquid culture suggesting an altered cell surface. In wild type cells Cts1 localizes predominantly at the growth cone, whereas it accumulates at both poles in rrm4Î” filaments. The endochitinase is secreted and associates most likely with the cell wall of filaments. Secretion is drastically impaired in filaments lacking Rrm4 or conventional kinesin Kin1 as well as in filaments with disrupted microtubules. Thus, Rrm4-mediated mRNA transport appears to be essential for efficient export of active Cts1, uncovering a novel molecular link between mRNA transport and the mechanism of secretion.

The RNA-binding protein Rrm4 is essential for efficient secretion of endochitinase Cts1.

Transport &#xE0; longue distance des ARNm est crucial dans la d&#xE9;termination de l&#x26;#39;expression des g&#xE8;nes spatio-temporelle chez les eucaryotes. La prot&#xE9;ine de liaison &#xE0; l&#x26;#39;ARN Rrm4 constitue un &#xE9;l&#xE9;ment cl&#xE9; de transport d&#x26;#39;ARNm microtubules d&#xE9;pendante de filaments de maydis Ustilago. Bien qu&#x26;#39;un certain nombre d&#x26;#39;ARNm cibles potentielles ont pu &#xEA;tre identifi&#xE9;s, les processus cellulaires qui d&#xE9;pendent de Rrm4 transport m&#xE9;di&#xE9; restent encore largement inconnus. Ici, nous avons utilis&#xE9; la prot&#xE9;omique diff&#xE9;rentielle pour montrer que les ribosomes, mitochondries, et de la paroi cellulaire de remodelage des prot&#xE9;ines, y compris l&#x26;#39;endochitinase bact&#xE9;rienne de type CTS1, sont r&#xE9;gul&#xE9;s diff&#xE9;remment dans les filaments rrm4&#x394;. En r&#xE9;ticulation UV vivo et immunopr&#xE9;cipitation et hybridation in situ fluorescente a r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; que CTS1 ARNm repr&#xE9;sente une cible directe de Rrm4. Les filaments de mutants cts1&#x394; agr&#xE9;ger dans une culture liquide sugg&#xE9;rant une surface de la cellule alt&#xE9;r&#xE9;e. Dans les cellules de type sauvage CTS1 localise principalement au niveau du c&#xF4;ne de croissance, alors qu&#x26;#39;il accumule sur les deux p&#xF4;les dans les filaments rrm4&#x394;. Le endochitinase est s&#xE9;cr&#xE9;t&#xE9;e et associe le plus probable avec la paroi cellulaire des filaments. S&#xE9;cr&#xE9;tion est consid&#xE9;rablement diminu&#xE9;e en filaments d&#xE9;pourvus Rrm4 ou conventionnel kin&#xE9;sine Kin1 ainsi que dans les filaments avec les microtubules perturb&#xE9;. Ainsi, le transport d&#x26;#39;ARNm Rrm4 m&#xE9;diation semble &#xEA;tre essentielle pour l&#x26;#39;exportation efficace de CTS1 active, d&#xE9;couverte d&#x26;#39;un nouveau lien mol&#xE9;culaire entre le transport des ARNm et le m&#xE9;canisme de s&#xE9;cr&#xE9;tion.

Le Rrm4 prot&#xE9;ines fixation &#xE0; l&#x26;#39;ARN est essentielle pour la s&#xE9;cr&#xE9;tion efficace de endochitinase CTS1

Ferntransport von mRNAs ist f&uuml;r r&auml;umlich-zeitliche Genexpression in Eukaryoten entscheidend. Das RNS-bindene Protein Rrm4 bildet eine Schl&uuml;sselkomponente des Microtubule-abh&auml;ngige mRNA Transport in Filamente mit Ustilago Maydis. Obwohl eine Reihe von potenziellen Ziel mRNAs identifiziert werden konnten, bleiben die zellul&auml;re Prozesse, die auf Rrm4-vermittelten Transport abh&auml;ngig sind weitgehend unbekannt. Hier wir differentielle Proteomik verwendet, um zu zeigen, dass ribosomal, mitochondriale und Zellwand-Umbau Proteine, einschlie&szlig;lich der bakteriell-Typ Endochitinase Cts1, werden in rrm4&Delta; Filamente differentiell reguliert. In-vivo-UV-Vernetzung und Immunopr&auml;zipitation und Fluoreszenz in Situ Hybridisierung ergab, dass cts1-mRNA Rrm4. Filamente cts1&Delta; Mutanten Aggregat in fl&uuml;ssiger Kultur schl&auml;gt eine ver&auml;nderte Zelloberfl&auml;che das unmittelbare Ziel darstellt. Im Wildtyp Zellen lokalisiert Cts1 vorwiegend auf dem Wachstumskegel w&auml;hrend es an beiden Polen in rrm4&Delta; Filamente sammelt. Die Endochitinase ist abgesondert und ordnet die meisten vermutlich mit der Zellwand von Filamenten. Sekretion ist drastisch beeintr&auml;chtigt in Filamenten, die weder Rrm4 noch konventionelle Kinesin Kin1 sowie in Filamenten mit gest&ouml;rte Mikrotubuli. Rrm4-mediated mRNA Transport erscheint daher unabdingbar f&uuml;r effiziente Export von aktiven Cts1, Freilegung eine neuartige molekulare Verbindung zwischen mRNA-Transport und der Mechanismus der Sekretion.

Das RNS-bindene Protein Rrm4 ist entscheidend f&uuml;r effiziente Sekretion von Endochitinase Cts1.

Trasporto interurbano dei mRNAs &egrave; cruciale nel determinare l&#39;espressione di gene spazio-temporale negli eucarioti. RNA-binding protein Rrm4 costituisce un componente chiave del trasporto mRNA microtubule-dipendente in filamenti di Ustilago maydis. Anche se potrebbe essere identificato un certo numero di potenziali target mRNA, i processi cellulari che dipendono dal trasporto mediato Rrm4 rimangono in gran parte sconosciuti. Qui, abbiamo utilizzato la proteomica differenziale per mostrare che ribosomiale, mitocondriale, e rimodellamento parete cellulare proteine, tra cui il tipo di batteri endochitinase Cts1, differenzialmente sono regolate in filamenti rrm4&Delta;. Reticolazione UV in vivo e immunoprecipitazione e l&#39;ibridazione in situ ha rivelato che cts1 mRNA rappresenta un bersaglio diretto di filamenti Rrm4. di cts1&Delta; mutanti aggregati in coltura liquida suggerendo una superficie di cellule alterate. Nelle cellule wild type Cts1 localizza prevalentemente presso il cono di crescita, considerando che si accumula a entrambi i poli in filamenti rrm4&Delta;. Il endochitinase viene secreto e associa la maggior parte probabilmente con la parete delle cellule dei filamenti. Secrezione &egrave; drasticamente ridotta in filamenti privi Rrm4 o convenzionale chinesina Kin1 cos&igrave; come in filamenti con microtubuli perturbati. Cos&igrave;, trasporto Rrm4-mediated mRNA sembra essere essenziale per l&#39;esportazione efficiente di Cts1 attivo, scoprendo un romanzo link molecolare tra trasporto mRNA e il meccanismo di secrezione.

RNA-binding protein Rrm4 &egrave; essenziale per secrezione efficiente di endochitinase Cts1.

mRNA&#x306E;&#x9577;&#x8DDD;&#x96E2;&#x8F38;&#x9001;&#x306F;&#x3001;&#x771F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x6642;&#x7A7A;&#x9593;&#x7684;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x4E0A;&#x3067;&#x91CD;&#x8981;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002; RNA&#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;Rrm4&#x306F;&#x3001;&#x9ED2;&#x7A42;&#x83CC;&#x5C5E;&#x306E;maydis&#x306E;&#x30D5;&#x30A3;&#x30E9;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x3001;&#x5FAE;&#x5C0F;&#x7BA1;&#x4F9D;&#x5B58;&#x6027;&#x306E;mRNA&#x306E;&#x8F38;&#x9001;&#x306E;&#x4E3B;&#x8981;&#x306A;&#x30B3;&#x30F3;&#x30DD;&#x30FC;&#x30CD;&#x30F3;&#x30C8;&#x3092;&#x69CB;&#x6210;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x306A;&#x6A19;&#x7684;mRNA&#x306E;&#x6570;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3001;Rrm4&#x5A92;&#x4ECB;&#x8F38;&#x9001;&#x306B;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3059;&#x308B;&#x7D30;&#x80DE;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B9;&#x306E;&#x5927;&#x90E8;&#x5206;&#x306F;&#x4E0D;&#x660E;&#x306E;&#x307E;&#x307E;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x578B;endochitinase CTS1&#x3001;&#x5DEE;rrm4&#x394;&#x30D5;&#x30A3;&#x30E9;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x3067;&#x898F;&#x5236;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x306A;&#x3069;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x3001;&#x30EA;&#x30DC;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;&#x3001;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2;&#x3001;&#x7D30;&#x80DE;&#x58C1;&#x30EA;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3092;&#x3001;&#x8868;&#x793A;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x5DEE;&#x52D5;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30AA;&#x30DF;&#x30AF;&#x30B9;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002; in situ&#x30CF;&#x30A4;&#x30D6;&#x30EA;&#x30C0;&#x30A4;&#x30BC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306E;in vivo UV&#x67B6;&#x6A4B;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x514D;&#x75AB;&#x6C88;&#x964D;&#x6CD5;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x86CD;&#x5149;&#x3067;CTS1 mRNA&#x304C;Rrm4&#x306E;&#x76F4;&#x63A5;&#x306E;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x8868;&#x3059;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x3002; cts1&#x394;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x306E;&#x30D5;&#x30A3;&#x30E9;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x306F;&#x3001;&#x5909;&#x66F4;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x7D30;&#x80DE;&#x8868;&#x9762;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3066;&#x6DB2;&#x4F53;&#x57F9;&#x990A;&#x3067;&#x96C6;&#x8A08;&#x3002;&#x305D;&#x308C;&#x306F;rrm4&#x394;&#x30D5;&#x30A3;&#x30E9;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E;&#x6975;&#x306B;&#x84C4;&#x7A4D;&#x3059;&#x308B;&#x306E;&#x306B;&#x5BFE;&#x3057;&#x3001;&#x91CE;&#x751F;&#x578B;&#x7D30;&#x80DE;&#x3067;&#x306F;CTS1&#x306F;&#x3001;&#x6210;&#x9577;&#x5186;&#x9310;&#x3067;&#x4E3B;&#x306B;&#x5C40;&#x5728;&#x3059;&#x308B;&#x3002; endochitinase&#x306F;&#x3001;&#x30D5;&#x30A3;&#x30E9;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x58C1;&#x3067;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x5206;&#x6CCC;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5206;&#x6CCC;&#x304C;&#x6025;&#x6FC0;&#x306B;&#x7834;&#x58CA;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x5FAE;&#x5C0F;&#x7BA1;&#x306E;&#x30D5;&#x30A3;&#x30E9;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x306A;&#x3069;Rrm4&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x5F93;&#x6765;&#x30AD;&#x30CD;&#x30B7;&#x30F3;Kin1&#x3092;&#x6B20;&#x3044;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x30D5;&#x30A3;&#x30E9;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x306B;&#x640D;&#x306A;&#x308F;&#x308C;&#x3066;&#x3057;&#x307E;&#x3046;&#x3002;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066;&#x3001;Rrm4&#x5A92;&#x4ECB;mRNA&#x306E;&#x8F38;&#x9001;&#x306F;&#x3001;mRNA&#x306E;&#x8F38;&#x9001;&#x3068;&#x5206;&#x6CCC;&#x306E;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x3068;&#x306E;&#x9593;&#x306E;&#x65B0;&#x898F;&#x5206;&#x5B50;&#x306E;&#x30EA;&#x30F3;&#x30AF;&#x3092;&#x66B4;&#x304F;&#x3001;&#x30A2;&#x30AF;&#x30C6;&#x30A3;&#x30D6;CTS1&#x306E;&#x52B9;&#x7387;&#x7684;&#x306A;&#x8F38;&#x51FA;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4E0D;&#x53EF;&#x6B20;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x8868;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

RNA&#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;Rrm4&#x306F;Endochitinase CTS1&#x306E;&#x52B9;&#x7387;&#x7684;&#x306A;&#x5206;&#x6CCC;&#x306B;&#x5FC5;&#x9808;&#x3067;&#x3042;&#x308B;

Mrnas&#xC758; &#xC7A5;&#xAC70;&#xB9AC; &#xC804;&#xC1A1; spatio &#xC77C;&#xC2DC;&#xC801;&#xC778; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604; &#xC9C4;&#xD575;&#xC0DD;&#xBB3C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xACB0;&#xC815; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xACB0;&#xC815;&#xC801; &#xC774;&#xB2E4;. RNA &#xC758;&#xBB34;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; Rrm4 Ustilago maydis&#xC758; &#xD544; &#xB77C; &#xBA58; &#xD2B8;&#xC758; microtubule &#xC885;&#xC18D; mRNA &#xAD50;&#xD1B5;&#xC758; &#xD575;&#xC2EC; &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C;&#xB97C; &#xAD6C;&#xC131;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC7A0;&#xC7AC;&#xC801;&#xC778; &#xB300;&#xC0C1; mRNAs &#xC218; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xC804;&#xC1A1; Rrm4 &#xC911;&#xC7AC;&#xC5D0; &#xC758;&#xC874; &#xD558;&#xB294; &#xC138;&#xD3EC;&#xC9C8; &#xD504;&#xB85C;&#xC138;&#xC2A4; &#xD06C;&#xAC8C; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C0;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC740; &#xB0A8;&#xC544; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; ribosomal, &#xBBF8;&#xD1A0; &#xCF58; &#xB4DC; &#xB9AC;&#xC544;, &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC8FC;&#xB294; &#xCC28;&#xB3D9; proteomics&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xACE0; &#xAC1C;&#xC7A5; &#xD558;&#xB294; &#xC138;&#xD3EC; &#xBCBD; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;, &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544; &#xD615; endochitinase Cts1&#xC744; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xC5EC; &#xCC28;&#xB3D9; rrm4&Delta; &#xD544; &#xB77C; &#xBA58; &#xD2B8;&#xC5D0; &#xD1B5;&#xC81C; &#xB41C;&#xB2E4;. Vivo&#xC5D0;&#xC11C; &#xC790;&#xC678;&#xC120; &#xAC00;&#xAD50; &#xBC0F; immunoprecipitation&#xC640; &#xD615;&#xAD11; &#xC81C;&#xC790;&#xB9AC; &#xAD50; &#xC7A1;&#xC5D0;&#xC11C; &#xACF5;&#xAC1C; cts1 mRNA Rrm4. cts1&Delta; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xC561;&#xCCB4; &#xBB38;&#xD654; &#xC81C;&#xC548; &#xD558;&#xB294; &#xBCC0;&#xACBD;&#xB41C; &#xC140; &#xD45C;&#xBA74;&#xC5D0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC9D1;&#xACC4;&#xC758; &#xD544; &#xB77C; &#xBA58; &#xD2B8;&#xC758; &#xC9C1;&#xC811; &#xB300;&#xC0C1;&#xC744; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0C5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC640;&#xC77C;&#xB4DC; &#xD615;&#xC2DD; &#xC140;&#xC5D0; Cts1 localizes &#xC8FC;&#xB85C; &#xC131;&#xC7A5; &#xC6D0;&#xBFD4;&#xC5D0;&#xC11C; rrm4&Delta; &#xD544; &#xB77C; &#xBA58; &#xD2B8;&#xC758; &#xB450; &#xAE30;&#xB465;&#xC5D0; &#xCD95;&#xC801; &#xD558;&#xB294; &#xBC18;&#xBA74;. Endochitinase &#xBD84; &#xBE44; &#xB418; &#xACE0; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84; &#xC5F0;&#xACB0; &#xD544; &#xB77C; &#xBA58; &#xD2B8;&#xC758; &#xC138;&#xD3EC; &#xBCBD;&#xC744; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC774; &#xB192;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBD84; &#xBE44; &#xAD50;&#xB780;&#xB41C; microtubules&#xC640; &#xD544; &#xB77C; &#xBA58; &#xD2B8; &#xBFD0;&#xB9CC; &#xC544;&#xB2C8;&#xB77C; &#xD544; &#xB77C; &#xBA58; &#xD2B8; Rrm4 &#xB610;&#xB294; &#xAE30;&#xC874;&#xC758; kinesin Kin1 &#xBD80;&#xC871;&#xC5D0; &#xACFC;&#xAC10; &#xD558; &#xAC8C; &#xC7A5;&#xC560;&#xC778;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB530;&#xB77C;&#xC11C;, Rrm4 &#xC911;&#xC7AC; mRNA &#xC804;&#xC1A1; &#xD65C;&#xC131; Cts1, &#xC7A0;&#xBCF5; &#xADFC;&#xBB34; mRNA &#xC804;&#xC1A1; &#xBC0F; &#xBD84; &#xBE44; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998; &#xAC04;&#xC758; &#xC18C;&#xC124; &#xBD84;&#xC790; &#xB9C1;&#xD06C;&#xC758; &#xD6A8;&#xC728;&#xC801;&#xC778; &#xC218;&#xCD9C;&#xC744; &#xC704;&#xD574; &#xD544;&#xC218;&#xC801;&#xC778; &#xAC83; &#xAC19;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

RNA &#xC758;&#xBB34;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; Rrm4 endochitinase cts1&#xC758; &#xD6A8;&#xC728;&#xC801; &#xBD84; &#xBE44;&#xC5D0; &#xD544;&#xC218;&#xC801;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Transporte a larga distancia de los ARNm es crucial en la determinaci&#xF3;n espacio-temporal la expresi&#xF3;n de genes en eucariotas. La prote&#xED;na de uni&#xF3;n al ARN Rrm4 constituye un componente clave de transporte del mRNA de los microt&#xFA;bulos dependiente de filamentos de Ustilago maydis. Aunque un n&#xFA;mero de mRNAs diana potenciales podr&#xED;an ser identificados, los procesos celulares que dependen de Rrm4 mediada por el transporte siguen siendo en gran parte desconocido. En este caso, hemos utilizado la prote&#xF3;mica diferencial para demostrar que los ribosomas, las mitocondrias, y la remodelaci&#xF3;n de la pared celular, las prote&#xED;nas, incluyendo la endoquitinasa bacteriana de tipo Cts1, est&#xE1;n regulados diferencialmente en los filamentos rrm4&#x394;. En reticulaci&#xF3;n UV vivo e inmunoprecipitaci&#xF3;n y la fluorescencia de hibridaci&#xF3;n in situ revel&#xF3; que cts1 mRNA representa un objetivo directo de Rrm4. Los filamentos de mutantes cts1&#x394; agregan en cultivo l&#xED;quido que sugiere una alteraci&#xF3;n de la superficie celular. En las c&#xE9;lulas de tipo salvaje Cts1 localiza predominantemente en el cono de crecimiento, mientras que se acumula en los dos polos en filamentos rrm4&#x394;. El endoquitinasa es secretada y asociados muy probablemente con la pared celular de los filamentos. La secreci&#xF3;n es dr&#xE1;sticamente afectada en filamentos que carecen Rrm4 o convencional Kin1 quinesina as&#xED; como en filamentos con microt&#xFA;bulos interrumpidas. As&#xED;, Rrm4 mediada por el transporte del mRNA parece ser esencial para la exportaci&#xF3;n eficiente de sesi&#xF3;n Cts1, descubriendo un enlace molecular nuevo entre el transporte de ARNm y el mecanismo de secreci&#xF3;n.

El Rrm4 prote&#xED;na de uni&#xF3;n al ARN es esencial para la secreci&#xF3;n eficiente de endoquitinasa Cts1

&#x76F8;&#x5173;&#x8054;&#x7684;&#x7624;&#x80BE;&#x75C5; (PVAN) &#x5F71;&#x54CD;&#x80BE;&#x79FB;&#x690D;&#x7684; 10%&#xFF0C;&#x662F;&#x79FB;&#x690D;&#x7269;&#x635F;&#x5931;&#x7684;&#x4E3B;&#x8981;&#x98CE;&#x9669;&#x56E0;&#x7D20;&#x3002;&#x7518;&#x9732;&#x7CD6;&#x7ED3;&#x5408;&#x51DD;&#x96C6;&#x7D20; (MBL) &#x662F;&#x5148;&#x5929;&#x514D;&#x75AB;&#x7CFB;&#x7EDF;&#xFF0C;&#x4E00;&#x4E2A;&#x91CD;&#x8981;&#x7684;&#x8BC6;&#x522B;&#x5206;&#x5B50;&#x548C;&#x4E0D;&#x8DB3;&#x4E4B;&#x5904;&#x5DF2;&#x7ECF;&#x4E0E;&#x5404;&#x7C7B;&#x611F;&#x67D3;&#x6613;&#x611F;&#x6027;&#x76F8;&#x5173;&#x8054;&#x3002;&#x5728;&#x79FB;&#x690D;&#xFF0C;&#x53E6;&#x4E00;&#x65B9;&#x9762;&#xFF0C;&#x9AD8; MBL &#x6C34;&#x5E73;&#x5DF2;&#x4E0E;&#x589E;&#x52A0;&#x7684;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x635F;&#x4F24;&#x7F3A;&#x8840;&#x518D;&#x704C;&#x6CE8;&#x6A21;&#x578B;&#x76F8;&#x5173;&#x8054;&#xFF0C;&#x7A77;&#x79FB;&#x690D;&#x548C;&#x60A3;&#x8005;&#x5B58;&#x6D3B;&#x5728;&#x5B9E;&#x4F53;&#x5668;&#x5B98;&#x79FB;&#x690D;&#x75C5;&#x4EBA;&#x3002;&#x8C03;&#x67E5;&#x7684;&#x5173;&#x7CFB; MBL &#x4E0E;&#x6D45;&#x6EE9;&#x7684;&#x75C5;&#x6BD2;&#x611F;&#x67D3;&#xFF0C;&#x79FB;&#x690D;&#x672F;&#x540E; (post-Tx) MBL &#x961F;&#x5217;&#x7814;&#x7A76;&#x4E0E;&#x6D45;&#x6EE9;&#x75C5;&#x6BD2;&#x8840;&#x75C7; de novo &#x80BE;&#x79FB;&#x690D;&#x60A3;&#x8005;&#x4E2D;&#x786E;&#x5B9A;&#x7EA7;&#x522B;&#x3002;

&#x7518;&#x9732;&#x7CD6;&#x7ED3;&#x5408;&#x51DD;&#x96C6;&#x7D20;&#x865A;&#x4E0D;&#x5173;&#x8054;&#x7624;&#x80BE;&#x75C5;&#x7684;&#x98CE;&#x9669;&#x66F4;&#x5927;&#x3002;

Polyomavirus associated nephropathy (PVAN) affects up to 10% of kidney transplant recipients and is a major risk factor for graft loss. Mannose-binding lectin (MBL) is an important recognition molecule of the innate immune system, and its deficiency has been associated with susceptibility to various infections. In transplantation, on the other hand, high MBL levels have been associated with increased tissue damage in ischemia-reperfusion models and poorer graft and patient survival in solid organ transplant patients. To investigate the relation between MBL and BK virus infection, post-transplant (post-Tx) MBL levels were determined in a cohort of de novo kidney transplant patients with and without BK viremia.

Mannose-binding lectin deficiency is not associated with increased risk for polyomavirus nephropathy.

N&eacute;phropathie polyomavirus associ&eacute;s (PVAN) affecte jusqu&#39;&agrave; 10 % des receveurs de transplantation r&eacute;nale et est un facteur de risque majeur pour la perte du greffon. Lectine liant le mannose (MBL) est une mol&eacute;cule importante reconnaissance du syst&egrave;me immunitaire inn&eacute;, et son d&eacute;ficit a &eacute;t&eacute; associ&eacute;e &agrave; une susceptibilit&eacute; aux infections diverses. Lors de la transplantation, d&#39;autre part, des niveaux &eacute;lev&eacute;s de MBL ont &eacute;t&eacute; associ&eacute;s &agrave; des dommages de tissu accru dans les mod&egrave;les d&#39;isch&eacute;mie-reperfusion et greffe les plus pauvres et la survie des patients dans les organes pleins de patients greff&eacute;s. Afin d&#39;&eacute;tudier la relation entre l&#39;infection par virus MBL et BK, post-transplantation (post-Tx) MBL niveaux ont &eacute;t&eacute; d&eacute;termin&eacute;s dans une cohorte de patients de greffe de rein de novo avec et sans vir&eacute;mie BK.

Carence de lectine liant le mannose n&#39;est pas associ&eacute;e &agrave; un risque accru pour la n&eacute;phropathie polyomavirus.

Polyomaviridae assoziierten Nephropathie (PVAN) wirkt sich auf bis zu 10 % der Niere Transplant Empf&auml;nger und ist ein wichtiger Risikofaktor f&uuml;r Transplantat Verlust. Mannose bindende Lektin (MBL) ist eine wichtige Anerkennung-Molek&uuml;l des angeborenen Immunsystems und seinen Mangel wurde mit Anf&auml;lligkeit f&uuml;r verschiedene Infektionen verkn&uuml;pft. In der Transplantationsmedizin auf der anderen Seite hohe MBL wurden erh&ouml;hte Gewebesch&auml;den bei Isch&auml;mie-Reperfusion Modellen zugeordnet und &auml;rmeren Transplantat und Patienten &Uuml;berleben in solide Organ transplant Patienten. Um zu untersuchen, die Beziehung zwischen MBL und BK-Virus-Infektion, nach der Transplantation (Post-Tx) MBL wurden in einer Kohorte von de-Novo-Niere als Transplantationspatienten mit und ohne BK Vir&auml;mie festgelegt.

Mannose bindende Lektin-Mangel ist nicht verbunden mit einem erh&ouml;hten Risiko f&uuml;r Polyomaviridae Nephropathie.

Nefropatia associata poliomavirus (PVAN) &egrave; un importante fattore di rischio per la perdita dell&#39;innesto e colpisce fino al 10% del trapianto di rene. Mannosio-binding lectin (MBL) &egrave; una molecola importante riconoscimento del sistema immunitario innato, e la sua carenza &egrave; stata associata con suscettibilit&agrave; a infezioni varie. Nel trapianto, d&#39;altra parte, livelli elevati di MBL sono stati associati con danni ai tessuti maggiore in modelli di ischemia-reperfusion e innesto pi&ugrave; povero e la sopravvivenza del paziente in organi solidi transplant pazienti. Per indagare la relazione tra la MBL e BK virus infezione, post-trapianto (post-Tx) MBL livelli sono stati determinati in una coorte di de novo Rene transplant pazienti con e senza viremia BK.

Deficit di lectin mannosio-associazione non &egrave; associato con aumentato rischio di nefropatia da poliomavirus.

&#x30DD;&#x30EA;&#x30AA;&#x30FC;&#x30DE; &#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x95A2;&#x9023;&#x814E;&#x75C7; (PVAN) &#x306F;&#x3001;&#x814E;&#x81D3;&#x79FB;&#x690D;&#x306E; 10 &#xFF05; &#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x308B;&#x3057;&#x3001;&#x79FB;&#x690D;&#x7247;&#x55AA;&#x5931;&#x306E;&#x4E3B;&#x8981;&#x306A;&#x5371;&#x967A;&#x56E0;&#x5B50;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x30DE;&#x30F3;&#x30CE;&#x30FC;&#x30B9;&#x7D50;&#x5408;&#x30EC;&#x30AF;&#x30C1;&#x30F3; (MBL)&#x3001;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x8A8D;&#x8B58;&#x5206;&#x5B50;&#x306E;&#x751F;&#x6765;&#x306E;&#x514D;&#x75AB;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x3068;&#x305D;&#x306E;&#x6B20;&#x4E4F;&#x306F;&#x69D8;&#x3005; &#x306A;&#x611F;&#x67D3;&#x75C7;&#x3078;&#x306E;&#x611F;&#x53D7;&#x6027;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x79FB;&#x690D;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x4E00;&#x65B9;&#x3067;&#x3001;MBL &#x306E;&#x9AD8;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306F;&#x865A;&#x8840;&#x518D;&#x704C;&#x6D41;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3067;&#x306E;&#x5897;&#x52A0;&#x306E;&#x7D44;&#x7E54;&#x306E;&#x640D;&#x50B7;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3057;&#x3001;&#x8CA7;&#x3057;&#x3044;&#x30B0;&#x30E9;&#x30D5;&#x30C8;&#x3068;&#x60A3;&#x8005;&#x306E;&#x751F;&#x5B58;&#x306E;&#x56FA;&#x5F62;&#x81D3;&#x5668;&#x79FB;&#x690D;&#x60A3;&#x8005;&#x3002;(&#x30DD;&#x30B9;&#x30C8;-Tx) MBL MBL &#x3068; BK &#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x611F;&#x67D3;&#x3001;&#x79FB;&#x690D;&#x5F8C;&#x306E;&#x95A2;&#x4FC2;&#x3092;&#x8ABF;&#x67FB;&#x3059;&#x308B;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x30B3;&#x30DB;&#x30FC;&#x30C8;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B; de novo &#x814E;&#x81D3;&#x79FB;&#x690D;&#x60A3;&#x8005;&#x3068; BK &#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x8840;&#x75C7;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x304C;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

&#x30DE;&#x30F3;&#x30CE;&#x30FC;&#x30B9;&#x7D50;&#x5408;&#x30EC;&#x30AF;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x6B20;&#x4E4F;&#x306F;&#x30DD;&#x30EA;&#x30AA;&#x30FC;&#x30DE; &#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x814E;&#x75C7;&#x30EA;&#x30B9;&#x30AF;&#x5897;&#x52A0;&#x3068;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;

&#xC2E0; &#xC7A5;&#xBCD1; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; Polyomavirus (PVAN) &#xCD5C;&#xB300; 10%&#xAE4C;&#xC9C0; &#xC2E0;&#xC7A5;&#xC774; &#xC2DD; &#xBC1B;&#xB294; &#xC0AC;&#xB78C;&#xC5D0; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xD558; &#xACE0; &#xC774;&#xC2DD; &#xC190;&#xC2E4;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC8FC;&#xC694; &#xC704;&#xD5D8; &#xC694;&#xC18C; &#xC774;&#xB2E4;. &#xC2A4; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; lectin (MBL) &#xD0C0;&#xACE0; &#xB09C; &#xBA74;&#xC5ED; &#xCCB4;&#xACC4;&#xC758; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC778;&#xC2DD; &#xBD84;&#xC790; &#xC774;&#xBA70; &#xADF8; &#xACB0;&#xD54D; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xAC10;&#xC5FC;&#xC5D0; &#xC5F0;&#xACB0; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB2E4;&#xB978; &#xD55C;&#xD3B8;&#xC73C;&#xB85C;, &#xC774;&#xC2DD;, MBL &#xC0C1;&#xBD80; &#xC99D;&#xAC00; &#xC870;&#xC9C1;&#xC758; &#xC190;&#xC0C1;&#xACFC; reperfusion &#xD5C8; &#xD608; &#xBAA8;&#xB378;&#xC5D0; &#xC5F0;&#xAD00; &#xB41C; &#xACE0; &#xAC00;&#xB09C;&#xD55C; &#xC774;&#xC2DD; &#xBC0F; &#xB2E8;&#xB2E8;&#xD55C; &#xC7A5;&#xAE30; &#xD658;&#xC790; &#xC0DD;&#xC874; &#xC774;&#xC2DD; &#xD658;&#xC790;. (&#xAC8C;&#xC2DC;&#xBB3C;-Tx) MBL MBL&#xACFC; BK &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xAC10;&#xC5FC;, post-transplant &#xC0AC;&#xC774;&#xC758; &#xAD00;&#xACC4;&#xB97C; &#xC870;&#xC0AC; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xB808;&#xBCA8; &#xB4DC; &#xB178; &#xBCF4; &#xC2E0;&#xC7A5; &#xC774;&#xC2DD; &#xD658;&#xC790;&#xC640; &#xBCF4; &#xB9AC; &#xB2C8; &#xC5C6;&#xC774; &#xC77C;&#xB300;&#xC5D0; &#xACB0;&#xC815; &#xD588;&#xB2E4;.

&#xC2A4; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; lectin &#xACB0;&#xD54D; polyomavirus &#xC2E0; &#xC7A5;&#xBCD1;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC704;&#xD5D8; &#xC99D;&#xAC00;&#xC640; &#xC5F0;&#xACB0; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Nefropat&iacute;a de Polyomavirus asociados (PVAN) afecta hasta un 10% de los receptores de trasplante renal y es un importante factor de riesgo para p&eacute;rdida del injerto. Lectina de uni&oacute;n a manosa (MBL) es una mol&eacute;cula importante reconocimiento del sistema inmune innato, y su deficiencia se ha asociado con la susceptibilidad a las infecciones diversas. En el trasplante, por el contrario, altos niveles MBL se han asociado con da&ntilde;o de tejido mayor en modelos de isquemia-reperfusi&oacute;n y pacientes de trasplante de injerto m&aacute;s pobre y la supervivencia de los pacientes en &oacute;rganos s&oacute;lidos. Para investigar a la relaci&oacute;n entre la infecci&oacute;n del virus de la MBL y BK, postrasplante (post-Tx) MBL se determinaron los niveles en una cohorte de novo pacientes con trasplante renal con y sin viremia BK.

Deficiencia de lectina de uni&oacute;n a manosa no se asocia con mayor riesgo de nefropat&iacute;a de polyomavirus.

RNA-binding proteins sono attori chiave nella regolazione dell&#39;espressione genica. In questo articolo di progressi, si discutono dello stato-of-the-art tecnologie che possono essere utilizzati per lo studio individuale RNA-binding proteins o grandi complessi come il ribosoma. Abbiamo anche descrivere come questi approcci possono essere utilizzati per studiare le interazioni con diversi tipi di RNA, compreso le trascrizioni nascente, mRNA, microRNA e RNA ribosomiale (rRNA), al fine di indagare la trascrizione, elaborazione di RNA e di traduzione. Infine, si evidenziano le attuali sfide nell&#39;analisi dei dati e i futuri passi che sono necessari per ottenere un&#39;immagine ad alta risoluzione e quantitativa delle interazioni della proteina-RNA su una scala genome-wide.

Le interazioni della proteina-RNA: nuove tecnologie genomiche e prospettive.

RNA&#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306F;&#x3001;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x306E;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x306B;&#x304A;&#x3044;&#x3066;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x30D7;&#x30EC;&#x30FC;&#x30E4;&#x30FC;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x9032;&#x884C;&#x4E2D;&#x306E;&#x8A18;&#x4E8B;&#x3067;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3053;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x30EA;&#x30DC;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;&#x306A;&#x3069;&#x306E;&#x500B;&#x3005;&#x306E;RNA&#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x306A;&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#x3092;&#x7814;&#x7A76;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x6700;&#x5148;&#x7AEF;&#x306E;&#x6280;&#x8853;&#x3092;&#x8AAC;&#x660E;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x307E;&#x305F;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x306F;&#x3001;&#x8EE2;&#x5199;&#x3001;RNA&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3001;&#x7FFB;&#x8A33;&#x3092;&#x8ABF;&#x3079;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x65B0;&#x751F;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x3001;mRNA&#x306F;&#x3001;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;RNA&#x3068;&#x30EA;&#x30DC;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;RNA&#x3092;&#x542B;&#x3080;RNA&#x306F;&#x3001;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x7A2E;&#x985E;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x7814;&#x7A76;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x65B9;&#x6CD5;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x8AAC;&#x660E;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6700;&#x5F8C;&#x306B;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x5206;&#x6790;&#x306E;&#x73FE;&#x5728;&#x306E;&#x8AB2;&#x984C;&#x3068;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30EF;&#x30A4;&#x30C9;&#x30B9;&#x30B1;&#x30FC;&#x30EB;&#x3067;&#x306E;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;-RNA&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306E;&#x5B9A;&#x91CF;&#x7684;&#x304B;&#x3064;&#x9AD8;&#x89E3;&#x50CF;&#x5EA6;&#x306E;&#x753B;&#x50CF;&#x3092;&#x53D6;&#x5F97;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x5FC5;&#x8981;&#x306A;&#x4ECA;&#x5F8C;&#x306E;&#x30B9;&#x30C6;&#x30C3;&#x30D7;&#x3092;&#x5F37;&#x8ABF;&#x8868;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;-RNA&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#xFF1A;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x6280;&#x8853;&#x3068;&#x5C55;&#x671B;

RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x8C03;&#x63A7;&#x7684;&#x5173;&#x952E;&#x4EBA;&#x7269;&#x3002;&#x8FDB;&#x5C55;&#x672C;&#x6587;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x8BA8;&#x8BBA;&#x4E86;&#x5148;&#x8FDB;&#x7684;&#x6280;&#x672F;&#xFF0C;&#x53EF;&#x4EE5;&#x7528;&#x6765;&#x7814;&#x7A76;&#x4E2A;&#x522B;&#x7684; RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x6216;&#x5982;&#x6838;&#x7CD6;&#x4F53;&#x5927;&#x914D;&#x5408;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8FD8;&#x63CF;&#x8FF0;&#x5982;&#x4F55;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x65B9;&#x6CD5;&#x53EF;&#x7528;&#x4E8E;&#x7814;&#x7A76;&#x4E0D;&#x540C;&#x7C7B;&#x578B;&#x7684; Rna&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x65B0;&#x751F;&#x8A8A;&#x672C;&#x3001; &#x5206;&#x6CCC;&#x3001; Microrna &#x548C;&#x6838;&#x7CD6;&#x4F53; Rna &#x7684;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#xFF0C;&#x8C03;&#x67E5;&#x7B14;&#x5F55;&#x3001; RNA &#x52A0;&#x5DE5;&#x53CA;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x3002;&#x6700;&#x540E;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5F3A;&#x8C03;&#x5728;&#x6570;&#x636E;&#x5206;&#x6790;&#x4E2D;&#x7684;&#x5F53;&#x524D;&#x6311;&#x6218;&#x548C;&#x4ECA;&#x540E;&#x7684;&#x6B65;&#x9AA4;&#x6240;&#x9700;&#x83B7;&#x5F97;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28; RNA &#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x5BF9;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x89C4;&#x6A21;&#x6570;&#x91CF;&#x548C;&#x9AD8;&#x5206;&#x8FA8;&#x7387;&#x56FE;&#x7247;&#x3002;

&#x86CB;&#x767D;&#x8D28; RNA &#x7684;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#xFF1A; &#x65B0;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6280;&#x672F;&#x548C;&#x89C2;&#x70B9;&#x3002;

RNA-binding proteins are key players in the regulation of gene expression. In this Progress article, we discuss state-of-the-art technologies that can be used to study individual RNA-binding proteins or large complexes such as the ribosome. We also describe how these approaches can be used to study interactions with different types of RNAs, including nascent transcripts, mRNAs, microRNAs and ribosomal RNAs, in order to investigate transcription, RNA processing and translation. Finally, we highlight current challenges in data analysis and the future steps that are needed to obtain a quantitative and high-resolution picture of protein-RNA interactions on a genome-wide scale.

Protein-RNA interactions: new genomic technologies and perspectives.

Prot&#xE9;ines liant l&#x26;#39;ARN sont des acteurs cl&#xE9;s dans la r&#xE9;gulation de l&#x26;#39;expression des g&#xE8;nes. Dans cet article, Progr&#xE8;s, nous discutons de l&#x26;#39;&#xE9;tat de l&#x26;#39;art-technologies qui peuvent &#xEA;tre utilis&#xE9;es pour &#xE9;tudier chaque ARN-prot&#xE9;ines de liaison ou de grands complexes tels que le ribosome. Nous d&#xE9;crivons &#xE9;galement comment ces approches peuvent &#xEA;tre utilis&#xE9;es pour &#xE9;tudier les interactions avec diff&#xE9;rents types d&#x26;#39;ARN, y compris les transcriptions naissantes, des ARNm, les microARN et ARN ribosomal, afin d&#x26;#39;enqu&#xEA;ter sur la transcription, la transformation de l&#x26;#39;ARN et la traduction. Enfin, nous mettons en &#xE9;vidence les d&#xE9;fis actuels en mati&#xE8;re d&#x26;#39;analyse de donn&#xE9;es et les &#xE9;tapes futures qui sont n&#xE9;cessaires pour obtenir une image quantitative et &#xE0; haute r&#xE9;solution de la prot&#xE9;ine-ARN interactions &#xE0; l&#x26;#39;&#xE9;chelle du g&#xE9;nome entier.

Protein-ARN g&#xE9;nomiques Interactions: Technologies nouvelles et perspectives

RNA-bindende Proteine spielen eine Schl&uuml;sselrolle bei der Regulierung der Genexpression. In diesem Artikel Fortschritte diskutieren wir Zustand-of-the-Art Technologien, die verwendet werden k&ouml;nnen, um einzelne RNA-bindende Proteine oder gro&szlig;e komplexe wie das Ribosom zu studieren. Wir beschreiben auch, wie diese Ans&auml;tze verwendet werden k&ouml;nnen Interaktionen mit verschiedenen Arten von RNAs, einschlie&szlig;lich entstehende Abschriften, mRNAs, MicroRNAs und Ribosomale RNA, zu studieren um die Transkription, RNA-Verarbeitung und &Uuml;bersetzung zu untersuchen. Schlie&szlig;lich wir aktuelle Herausforderungen in der Datenanalyse zu markieren und die k&uuml;nftigen Schritte, die erforderlich sind, um erhalten eine quantitative und hochaufl&ouml;sende Bild von Protein-RNA-Interaktionen auf einer genomweiten-Skala.

Protein-RNA-Interaktionen: neuer genomischer Technologien und Perspektiven.

RNA &#xC758;&#xBB34;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604;&#xC758; &#xC870;&#xC808;&#xC5D0; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC120;&#xC218;&#xB294;. &#xC774; &#xC9C4;&#xD589; &#xBB38;&#xC11C; &#xAC1C;&#xBCC4; RNA &#xC758;&#xBB34;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC5D0; &#xB9AC;&#xBCF4;&#xC19C; &#xB4F1; &#xB300;&#xD615; &#xB2E8;&#xC9C0;&#xB97C; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xCD5C;&#xC2E0;&#xC758; &#xAE30;&#xC220;&#xC5D0; &#xC124;&#xBA85;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xB610;&#xD55C; &#xC5B4;&#xB5BB;&#xAC8C; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC744; &#xCD08;&#xAE30; &#xC131;&#xC801;&#xD45C;, mRNAs, microRNAs &#xB9AC;&#xBCF4;&#xC19C; RNAs &#xB4F1; Rnas&#xC758; &#xC885;&#xB958;&#xC640; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; &#xACF5;&#xBD80; &#xD558; &#xC804;&#xC0AC;, RNA &#xCC98;&#xB9AC; &#xBC0F; &#xBC88;&#xC5ED;&#xC744; &#xC870;&#xC0AC; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xC124;&#xBA85; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB9C8;&#xC9C0;&#xB9C9;&#xC73C;&#xB85C;, &#xC6B0;&#xB9AC; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xBD84;&#xC11D; &#xD604;&#xC7AC;&#xC758; &#xACFC;&#xC81C;&#xB97C; &#xAC15;&#xC870; &#xD558; &#xACE0; &#xBBF8;&#xB798;&#xC758; &#xB2E8;&#xACC4;&#xB97C; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xD544;&#xC694;&#xD55C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;-RNA &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xAC8C;&#xB188; &#xB113;&#xC740; &#xADDC;&#xBAA8;&#xC758; &#xC591;&#xC801; &#xBC0F; &#xACE0;&#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4; &#xC0AC;&#xC9C4;&#xC758; &#xC5BB;&#xC744;.

&#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;-RNA &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;: &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xAC8C;&#xB188; &#xAE30;&#xC220;&#xACFC; &#xAD00;&#xC810;.

ARN-prote&#xED;nas de uni&#xF3;n son actores clave en la regulaci&#xF3;n de la expresi&#xF3;n g&#xE9;nica. En este art&#xED;culo el Progreso, se discute el estado de la tecnolog&#xED;as m&#xE1;s avanzadas que se pueden utilizar para estudiar cada ARN-prote&#xED;nas de uni&#xF3;n o grandes complejos, como el ribosoma. Tambi&#xE9;n describe c&#xF3;mo estos enfoques se pueden utilizar para estudiar las interacciones con distintos tipos de ARN, incluyendo las transcripciones nacientes, mRNAs, los microARNs y ARN ribosomal, a fin de investigar la transcripci&#xF3;n, el procesamiento del ARN y la traducci&#xF3;n. Por &#xFA;ltimo, destacamos los desaf&#xED;os actuales en el an&#xE1;lisis de datos y las futuras medidas que se necesitan para obtener una imagen cuantitativa y de alta resoluci&#xF3;n de las interacciones prote&#xED;na-ARN en una escala del genoma.

Julian Konig

Laboratory of Molecular Biology

Medical Research Council - MRC

iCLIP - Transcriptome-wide Mapping of Protein-RNA Interactions with Individual Nucleotide Resolution

Julian Konig

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Medical Research Council - MRC

iCLIP - Transcriptome-wide Mapping of Protein-RNA Interactions with Individual Nucleotide Resolution

Laboratory of Molecular Biology