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Analyzing Gene Expression from Marine Microbial Communities using Environmental Transcriptomics

Analogous to metagenomics, environmental transcriptomics (metatranscriptomics) retrieves and sequences environmental mRNAs from a microbial assemblage ...

University of Georgia (UGA)

&#x52A8;&#x7269;&#x7684;&#x80FD;&#x529B;&#xFF0C;&#x4EE5; bioremediative &#x8EAB;&#x4EFD;&#x884C;&#x4E8B;&#x4E0D;&#x5E7F;&#x4E3A;&#x4EBA;&#x77E5;&#x3002;&#x52A8;&#x7269;&#x5F88;&#x5C11;&#x8003;&#x8651;&#x751F;&#x7269;&#x4FEE;&#x590D;&#x5021;&#x8BAE;&#x7531;&#x4E8E;&#x9053;&#x5FB7;&#x6216;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x5065;&#x5EB7;&#x7684;&#x5173;&#x6CE8;&#x3002;&#x5C3D;&#x7BA1;&#x5982;&#x6B64;&#xFF0C;&#x5728;&#x6587;&#x732E;&#x4E2D;&#x7684;&#x5177;&#x4F53;&#x4F8B;&#x5B50;&#x663E;&#x793A;&#x67D0;&#x4E9B;&#x52A8;&#x7269;&#x7269;&#x79CD;&#x5E76;&#x6709;&#x6548;&#x4FEE;&#x590D;&#x91CD;&#x91D1;&#x5C5E;&#x3001; &#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x6C61;&#x67D3;&#x7269;&#x3001; &#x78B3;&#x6C22;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x3001; &#x517B;&#x5206;&#x548C;&#x6301;&#x4E45;&#x6027;&#x6709;&#x673A;&#x6C61;&#x67D3;&#x7269;&#xFF0C;&#x7279;&#x522B;&#x662F;&#x5728;&#x6C34;&#x751F;&#x73AF;&#x5883;&#x4E2D;&#x3002;&#x6700;&#x8FD1;&#x7684;&#x4F8B;&#x5B50;&#x5305;&#x62EC;&#x90E8;&#x7F72;&#x73CD;&#x73E0;&#x869D;&#x8981;&#x79FB;&#x9664;&#x91D1;&#x5C5E;&#x548C;&#x4ECE;&#x6C34;&#x751F;&#x751F;&#x6001;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x7684;&#x8425;&#x517B;&#x7269;&#x8D28;&#x548C;&#x9C7C;&#x4ECE;&#x6CE2;&#x7F57;&#x7684;&#x6D77;&#x5220;&#x9664;&#x591A;&#x6C2F;&#x8054;&#x82EF; (PCBs) &#x7684;&#x6536;&#x83B7;&#x3002;&#x5F88;&#x53EF;&#x80FD;&#x8BB8;&#x591A;&#x52A8;&#x7269;&#x5206;&#x7C7B;&#x7FA4;&#x5C06;&#x62E5;&#x6709;&#x5C5E;&#x6027;&#x9002;&#x5408;&#x8FDB;&#x884C;&#x4FEE;&#x590D;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x4ECB;&#x7ECD;&#x52A8;&#x7269;&#x5B66;&#x5F53;&#x91CF;&#x7684;&#x690D;&#x7269;&#x4FEE;&#x590D;&#x6587;&#x5B66; (zooextraction&#x3001; zootransformation&#x3001; zoostabilization &#x548C;&#x52A8;&#x7269;&#x8D85;&#x5BCC;&#x96C6;&#xFF09;&#xFF0C;&#x7528;&#x6765;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x6709;&#x76CA;&#x7684;&#x57FA;&#x51C6;&#xFF0C;&#x5728;&#x8BC4;&#x4EF7;&#x5019;&#x9009;&#x4EBA;&#x52A8;&#x7269;&#x7269;&#x79CD; zooremediation &#x5021;&#x8BAE;&#xFF0C;&#x5E76;&#x63D0;&#x51FA;&#x7684; zooremediation &#x6982;&#x5FF5;&#x7684;&#x8BA4;&#x540C;&#x5C06;&#x91C7;&#x53D6;&#x884C;&#x52A8;&#xFF0C;&#x4FC3;&#x8FDB;&#x8BA8;&#x8BBA;&#x548C;&#x4ECA;&#x540E;&#x5728;&#x8FD9;&#x4E00;&#x9886;&#x57DF;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x7684;&#x5B9A;&#x4E49;&#x3002;

&#x6C34;&#x751F; zooremediation&#xFF1A; &#x90E8;&#x7F72;&#x52A8;&#x7269;&#x8865;&#x6551;&#x53D7;&#x6C61;&#x67D3;&#x6C34;&#x73AF;&#x5883;&#x3002;

The ability of animals to act in a bioremediative capacity is not widely known. Animals are rarely considered for bioremediation initiatives owing to ethical or human health concerns. Nonetheless, specific examples in the literature reveal that some animal species are effective remediators of heavy metals, microbial contaminants, hydrocarbons, nutrients and persistent organic pollutants, particularly in an aquatic environment. Recent examples include deploying pearl oysters to remove metals and nutrients from aquatic ecosystems and the harvest of fish to remove polychlorinated biphenyls (PCBs) from the Baltic. It is probable that many animal taxa will possess attributes amenable to bioremediation. We introduce zoological equivalents of the definitions used in phytoremediation literature (zooextraction, zootransformation, zoostabilization and animal hyperaccumulation), to serve as useful benchmarks in the evaluation of candidate animal species for zooremediation initiatives, and propose that recognition of the concept of zooremediation would act to stimulate discussion and future research in this area.

Aquatic zooremediation: deploying animals to remediate contaminated aquatic environments.

La capacit&eacute; des animaux &agrave; agir en qualit&eacute; de bioremediative n&#39;est pas connue. Animaux est rarement consid&eacute;r&eacute;s pour la biorestauration des initiatives en raison des pr&eacute;occupations &eacute;thiques ou la sant&eacute; humaine. N&eacute;anmoins, des exemples pr&eacute;cis dans la litt&eacute;rature montrent que certaines esp&egrave;ces animales sont une d&eacute;pollution efficace des m&eacute;taux lourds, polluants microbiens, hydrocarbures, nutriments et des polluants organiques persistants, en particulier dans un environnement aquatique. Exemples r&eacute;cents incluent le d&eacute;ploiement d&#39;hu&icirc;tres perli&egrave;res pour retirer les m&eacute;taux et les nutriments dans les &eacute;cosyst&egrave;mes aquatiques et la r&eacute;colte des poissons pour retirer les biph&eacute;nyles polychlor&eacute;s (BPC) de la mer Baltique. Il est probable que de nombreux taxons animaux poss&eacute;dera des attributs se pr&ecirc;tent &agrave; la biorestauration. Nous introduisons des &eacute;quivalents zoologiques des d&eacute;finitions utilis&eacute;es dans la litt&eacute;rature de la phytorem&eacute;diation (zooextraction, zootransformation, hyper-accumulation zoostabilization et animales), de servir de points de rep&egrave;re utiles dans l&#39;&eacute;valuation des esp&egrave;ces animales de candidat pour les initiatives de zooremediation et de proposer que la reconnaissance de la notion de zooremediation agirait pour stimuler la discussion et la recherche future dans ce domaine.

Zooremediation aquatique : d&eacute;ploiement des animaux pour assainir contamin&eacute;s par les milieux aquatiques.

Die Handlungsf&auml;higkeit der Tiere in eine Bioremediative-Eigenschaft ist nicht bekannt. Tiere werden nur selten f&uuml;r Bioremediation Initiativen aufgrund der ethischen oder menschliche Gesundheit Sorge betrachtet. Dennoch zeigen konkrete Beispiele in der Literatur, dass einige Tierarten effektive Remediators der Schwermetalle, mikrobielle Kontaminanten, Kohlenwasserstoffe, N&auml;hrstoffe und persistente organische Schadstoffe, insbesondere in ein Gew&auml;sser sind. J&uuml;ngste Beispiele sind die Bereitstellung von Perle Austern zum Entfernen von Metallen und N&auml;hrstoffe von aquatischen &Ouml;kosystemen und die Ernte des Fisches polychlorierte Biphenyle (PCB) von der Ostsee entfernt. Es ist wahrscheinlich, dass viele Tier Taxa Attribute zur Bioremediation Sensationsberichterstattung besitzen werden. Wir f&uuml;hren die Zoologische &auml;quivalente Definitionen verwendet in der Phytoremediation Literatur (Zooextraction, Zootransformation, Zoostabilization und Tier-Hyperaccumulation), dienen als n&uuml;tzliche Ma&szlig;st&auml;be bei der Bewertung der Kandidaten Tierarten Zooremediation Initiativen, und schlage vor, dass die Anerkennung des Konzepts der Zooremediation handeln w&uuml;rde, um Diskussionen und k&uuml;nftige Forschung in diesem Bereich anzuregen.

Aquatische Zooremediation: Bereitstellung von Tieren zur Behebung aquatischen Umwelt kontaminiert.

La capacit&agrave; degli animali di agire in veste di bioremediative non &egrave; noto. Animali sono raramente considerati per biorisanamento iniziative a causa di preoccupazioni per la salute umana o etiche. Tuttavia, specifici esempi nella letteratura rivelano che alcune specie animali sono efficaci remediators di metalli pesanti, contaminanti microbici, idrocarburi, sostanze nutrienti e inquinanti organici persistenti, specialmente in un ambiente acquatico. Esempi recenti includono distribuzione di ostriche perla per rimuovere i metalli e le sostanze nutrienti da ecosistemi acquatici e la raccolta del pesce per rimuovere i bifenili policlorurati (PCB) dal Mar Baltico. &Egrave; probabile che molti taxa animali posseder&agrave; attributi suscettibili di biorisanamento. Introduciamo zoologici equivalenti, le definizioni utilizzate nella letteratura phytoremediation (zooextraction, zootransformation, hyperaccumulation zoostabilization e animale), per servire come utile benchmark nella valutazione delle specie animali candidato per le iniziative di zooremediation e propongono che il riconoscimento del concetto di zooremediation avrebbe agito per stimolare la discussione e la ricerca futura in questo settore.

Zooremediation acquatica: gli animali per correggere la distribuzione contaminati dagli ambienti acquatici.

Bioremediative &#x5BB9;&#x91CF;&#x3067;&#x884C;&#x52D5;&#x3059;&#x308B;&#x52D5;&#x7269;&#x306E;&#x80FD;&#x529B;&#x306F;&#x5E83;&#x304F;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;&#x52D5;&#x7269;&#x306F;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x30EC;&#x30E1;&#x30C7;&#x30A3;&#x30A8;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306E;&#x53D6;&#x308A;&#x7D44;&#x307F;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x502B;&#x7406;&#x3084;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x5065;&#x5EB7;&#x3078;&#x306E;&#x61F8;&#x5FF5;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x3068;&#x898B;&#x306A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305D;&#x308C;&#x306B;&#x3082;&#x304B;&#x304B;&#x308F;&#x3089;&#x305A;&#x3001;&#x6587;&#x5B66;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x5177;&#x4F53;&#x4F8B;&#x306F;&#x3042;&#x308B;&#x7A2E;&#x306E;&#x52D5;&#x7269;&#x306E;&#x91CD;&#x91D1;&#x5C5E;&#x3001;&#x6C5A;&#x67D3;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x3001;&#x70AD;&#x5316;&#x6C34;&#x7D20;&#x3001;&#x6804;&#x990A;&#x7D20;&#x3001;&#x7279;&#x306B;&#x6C34;&#x751F;&#x74B0;&#x5883;&#x3067;&#x6C38;&#x7D9A;&#x7684;&#x306A;&#x6709;&#x6A5F;&#x6C5A;&#x67D3;&#x7269;&#x8CEA;&#x306E;&#x52B9;&#x679C;&#x7684;&#x306A; remediators &#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3002;&#x6700;&#x8FD1;&#x306E;&#x4F8B;&#x306F;&#x771F;&#x73E0;&#x8C9D;&#x91D1;&#x5C5E;&#x3068;&#x6C34;&#x751F;&#x751F;&#x614B;&#x7CFB;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x6804;&#x990A;&#x7D20;&#x3068;&#x30D0;&#x30EB;&#x30C8;&#x8AF8;&#x56FD;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x30DD;&#x30EA;&#x5869;&#x5316;&#x30D3;&#x30D5;&#x30A7;&#x30CB;&#x30EB; (Pcb) &#x3092;&#x524A;&#x9664;&#x3059;&#x308B;&#x306B;&#x306F;&#x9B5A;&#x306E;&#x53CE;&#x7A6B;&#x3092;&#x524A;&#x9664;&#x3059;&#x308B;&#x3092;&#x5C55;&#x958B;&#x3059;&#x308B;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x52D5;&#x7269;&#x306E;&#x5206;&#x985E;&#x5C5E;&#x6027;&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x30EC;&#x30E1;&#x30C7;&#x30A3;&#x30A8;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306B;&#x5F93;&#x9806;&#x3092;&#x7372;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30C8;&#x30EC;&#x30E1;&#x30C7;&#x30A3;&#x30A8;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x6587;&#x5B66; &#xFF08;zooextraction&#x3001;zootransformation&#x3001;zoostabilization &#x3068;&#x52D5;&#x7269; hyperaccumulation&#xFF09; &#x5019;&#x88DC;&#x52D5;&#x7269;&#x7A2E; zooremediation &#x306E;&#x53D6;&#x308A;&#x7D44;&#x307F;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x8A55;&#x4FA1;&#x306B;&#x6709;&#x7528;&#x306A;&#x30D9;&#x30F3;&#x30C1;&#x30DE;&#x30FC;&#x30AF;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3057;&#x3001;&#x8A8D;&#x8B58; zooremediation &#x306E;&#x6982;&#x5FF5;&#x306E;&#x8B70;&#x8AD6;&#x3068;&#x4ECA;&#x5F8C;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x3053;&#x306E;&#x9818;&#x57DF;&#x3092;&#x523A;&#x6FC0;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x884C;&#x52D5;&#x3059;&#x308B;&#x3060;&#x308D;&#x3046;&#x3068;&#x63D0;&#x6848;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x306E;&#x52D5;&#x7269;&#x5712;&#x306E;&#x540C;&#x7B49;&#x7269;&#x3092;&#x3054;&#x7D39;&#x4ECB;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x6C34;&#x751F; zooremediation: &#x6C34;&#x751F;&#x74B0;&#x5883;&#x6C5A;&#x67D3;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x4FEE;&#x5FA9;&#x3059;&#x308B;&#x52D5;&#x7269;&#x3092;&#x5C55;&#x958B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

Bioremediative &#xC6A9;&#xB7C9;&#xC5D0; &#xD589;&#xB3D9; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xBB3C;&#xC758; &#xB2A5;&#xB825; &#xB110;&#xB9AC; &#xC54C;&#xB824;&#xC838; &#xC788;&#xB2E4;. &#xB3D9;&#xBB3C; &#xAC70;&#xC758; bioremediation &#xC0AC;&#xC5C5; &#xB54C;&#xBB38;&#xC5D0; &#xC724;&#xB9AC;&#xC801; &#xB610;&#xB294; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xAC74;&#xAC15; &#xBB38;&#xC81C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAC83;&#xC73C;&#xB85C; &#xAC04;&#xC8FC; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7FC;&#xC5D0;&#xB3C4; &#xBD88;&#xAD6C; &#xD558; &#xACE0;, &#xBB38;&#xD559;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAD6C;&#xCCB4;&#xC801;&#xC778; &#xC0AC;&#xB840; &#xBA87; &#xAC00;&#xC9C0; &#xB3D9;&#xBB3C;&#xC758; &#xC885; &#xC911; &#xAE08;&#xC18D;, &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xC624;&#xC5FC; &#xBB3C;&#xC9C8;, &#xD0C4;&#xD654;&#xC218;&#xC18C;, &#xC601;&#xC591;&#xC18C; &#xBC0F; &#xC218;&#xC0DD; &#xD658;&#xACBD;&#xC5D0; &#xD2B9;&#xD788; &#xC9C0;&#xC18D;&#xC801;&#xC778; &#xC720;&#xAE30; &#xC624;&#xC5FC; &#xBB3C;&#xC9C8;&#xC758; &#xD6A8;&#xACFC;&#xC801;&#xC778; remediators&#xB294; &#xACF5;&#xAC1C;. &#xCD5C;&#xADFC; &#xC608;&#xB85C; &#xC9C4;&#xC8FC; &#xAD74; &#xC81C;&#xAC70; &#xAE08;&#xC18D; &#xBC0F; &#xC218;&#xC0DD; &#xC0DD;&#xD0DC;&#xACC4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC601;&#xC591;&#xBD84;&#xACFC; &#xBC1C;&#xD2B8; &#xD574;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD3F4;&#xB9AC;&#xC5FC;&#xD654; &#xBE44;&#xD398;&#xB2D0; (PCBs)&#xC744; &#xC81C;&#xAC70; &#xD558;&#xB294; &#xBB3C;&#xACE0;&#xAE30;&#xC758; &#xC218;&#xD655;&#xC744; &#xBC30;&#xD3EC; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xAC83;&#xC740; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC774; &#xB9CE;&#xC740; &#xB3D9;&#xBB3C; taxa bioremediation &#xC758;&#xBB34;&#xAC00; &#xD2B9;&#xC131;&#xC744;&#xAC00;&#xC9C0;&#xACE0; &#xAC83;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. Zooremediation &#xC0AC;&#xC5C5;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD6C4;&#xBCF4; &#xB3D9;&#xBB3C; &#xC885;&#xC758; &#xD3C9;&#xAC00;&#xC5D0; &#xC720;&#xC6A9;&#xD55C; &#xBCA4;&#xCE58; &#xB9C8;&#xD06C; &#xC5ED;&#xD560; &#xBC0F; zooremediation&#xC758; &#xAC1C;&#xB150;&#xC758; &#xC778;&#xC2DD;&#xC744;&#xC774; &#xBD84;&#xC57C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBBF8;&#xB798;&#xC758; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xBC0F; &#xD1A0;&#xB860;&#xC744; &#xC790;&#xADF9; &#xD558; &#xD589;&#xB3D9; &#xD558;&#xB294; &#xAC83;&#xC744; &#xC81C;&#xC548;&#xD560; phytoremediation &#xBB38;&#xD559; (zooextraction, zootransformation, zoostabilization &#xBC0F; &#xB3D9;&#xBB3C; hyperaccumulation)&#xC5D0; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB418;&#xB294; &#xC815;&#xC758;&#xC758; &#xB3D9;&#xBB3C; &#xC0C1;&#xC751; &#xC18C;&#xAC1C; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xC218;&#xC0DD; zooremediation: &#xC218; &#xC911; &#xD658;&#xACBD; &#xC624;&#xC5FC; &#xB41C; &#xB3D9;&#xBB3C; &#xC5C5;&#xB370;&#xC774;&#xD2B8;&#xB97C; &#xBC30;&#xD3EC; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

La capacidad de actuar en una capacidad de bioremediative de animales no es ampliamente conocida. Animales se consideran raramente para iniciativas de biorremediaci&oacute;n debido a la preocupaci&oacute;n de la salud humana o &eacute;ticos. Sin embargo, ejemplos concretos en la literatura revelan que algunas especies animales son eficaces remediators de metales pesados, contaminantes microbianos, hidrocarburos, nutrientes y contaminantes org&aacute;nicos persistentes, particularmente en un medio acu&aacute;tico. Ejemplos recientes incluyen la implementaci&oacute;n de las ostras perleras para eliminar metales y nutrientes de los ecosistemas acu&aacute;ticos y la cosecha de pescado para quitar los bifenilos policlorados (PCB) desde el B&aacute;ltico. Es probable que muchos taxa animales poseer&aacute;n atributos susceptibles de biorremediaci&oacute;n. Introducimos equivalentes zool&oacute;gicas de las definiciones utilizadas en la literatura de fitorremediaci&oacute;n (zooextraction, zootransformation, zoostabilization y animal hiperacumulaci&oacute;n), para servir como puntos de referencia &uacute;tiles en la evaluaci&oacute;n de especies animales para iniciativas de zooremediation y proponer que el reconocimiento del concepto de zooremediation actuar&iacute;a para estimular la discusi&oacute;n y la investigaci&oacute;n futura en esta &aacute;rea.

Zooremediation acu&aacute;tico: implementaci&oacute;n de animales para remediar contaminados ambientes acu&aacute;ticos.

&#x6D77;&#x6D0B; Roseobacter &#x6CBF;&#x88AD;&#x7684;&#x6210;&#x5458;&#x88AB;&#x5B9A;&#x6027;&#x4E3A;&#x751F;&#x6001;&#x901A;&#x624D;&#xFF0C;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x5728;&#x5C06;&#x660E;&#x786E;&#x7684;&#x751F;&#x6001;&#x4F5C;&#x7528;&#x548C;&#x751F;&#x7269;&#x5730;&#x7403;&#x5316;&#x5B66;&#x7684;&#x804C;&#x80FD;&#x5206;&#x914D;&#x7ED9;&#x5206;&#x7C7B;&#x5C06;&#x6311;&#x6218;&#x3002;&#x4E3A;&#x4E86;&#x89E3;&#x51B3;&#x8FD9;&#x4E00;&#x95EE;&#x9898;&#xFF0C;32 Roseobacter &#x83CC;&#x682A;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x5206;&#x6790;&#x4E2D;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7279;&#x5F81;&#x3001; &#x57FA;&#x56E0;&#x5E93;&#x5B58;&#x548C;&#x4F7F;&#x7528;&#x4E09;&#x4E2A;&#x9884;&#x6D4B;&#x6846;&#x67B6;&#x7684;&#x4E2A;&#x522B;&#x57FA;&#x56E0;/&#x901A;&#x8DEF;&#x914D;&#x9001;&#x7684;&#x6A21;&#x5F0F;&#xFF1A; &#x4EB2;&#x7F18;&#x5173;&#x8054;&#x5EA6;&#x3001; &#x751F;&#x6D3B;&#x65B9;&#x5F0F;&#x6218;&#x7565;&#x548C;&#x73AF;&#x5883;&#x9694;&#x79BB;&#x7684;&#x8D77;&#x6E90;&#x3002;&#x7B2C;&#x4E00;&#x4E2A;&#x6846;&#x67B6;&#xFF0C;&#x5305;&#x542B;&#x4E94;&#x4E2A;&#x6DF1;&#x5206;&#x652F; clades &#x7CFB;&#x7EDF;&#x53D1;&#x80B2;&#x88AB;&#x7D22;&#x53D6;&#x7684;&#x4E32;&#x8054;&#x7684; 70 &#x4FDD;&#x5B88;&#x7684;&#x5355;&#x62F7;&#x8D1D;&#x57FA;&#x56E0;&#x3002;&#x6709;&#x70B9;&#x4EE4;&#x4EBA;&#x60CA;&#x8BB6;&#x7684;&#x662F;&#xFF0C;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x53D1;&#x80B2;&#x6811;&#x62D3;&#x6251;&#x5E76;&#x4E0D;&#x7528;&#x4E8E;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7279;&#x5F81;&#x6216;&#x4E2A;&#x522B;&#x57FA;&#x56E0;/&#x901A;&#x8DEF;&#xFF0C;&#x5206;&#x5E03;&#x683C;&#x5C40;&#x7684;&#x6700;&#x4F73;&#x6A21;&#x578B;&#x867D;&#x7136;&#x5B83;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E86;&#x4E00;&#x4E9B;&#x9884;&#x6D4B;&#x7684;&#x80FD;&#x529B;&#x3002;&#x751F;&#x6D3B;&#x65B9;&#x5F0F;&#x6846;&#x67B6;&#x4E0B;&#xFF0C;&#x5EFA;&#x7ACB;&#x5206;&#x7EC4;&#x5206;&#x79BB;&#x6839;&#x636E;&#x5F02;&#x3001; photoheterotrophy &#x6216; autotrophy&#xFF0C;&#x8BC1;&#x636E;&#x7684;&#x89E3;&#x91CA;&#x66F4;&#x591A;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x5728;&#x6B64;&#x6CBF;&#x88AD;&#x7684;&#x6C47;&#x8F91; &#x300B;&#x3002;&#x73AF;&#x5883;&#x6846;&#x67B6;&#x8584;&#x5F31;&#x7684;&#x9884;&#x6D4B;&#x80FD;&#x529B;&#xFF0C;&#x6574;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5185;&#x5BB9;&#x7684;&#x6BCF;&#x4E00;&#x682A;&#xFF0C;&#x4F46;&#x89E3;&#x91CA;&#x51E0;&#x4E2A;&#x4E2A;&#x522B;&#x57FA;&#x56E0;/&#x901A;&#x8DEF;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x90A3;&#x4E9B;&#x4E0E;&#x78F7;&#x91C7;&#x96C6;&#x3001; &#x8D8B;&#x5316;&#x6027;&#x548C;&#x82B3;&#x9999;&#x65CF;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x964D;&#x89E3;&#x6709;&#x5173;&#x7684;&#x5206;&#x5E03;&#x3002;&#x5168;&#x7403;&#x6D77;&#x6D0B;&#x53D6;&#x6837;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6570;&#x636E;&#x4E2D;&#x7684;&#x88C5;&#x5378;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x72EC;&#x7ACB;&#x6838;&#x5B9E;&#x4E00;&#x4E9B; Roseobacter &#x57FA;&#x56E0;&#x5728;&#x8FD9;&#x4E2A;&#x5168;&#x7403;&#x89C4;&#x6A21;&#x5730;&#x57DF;&#x4FE1;&#x53F7;&#x3002;&#x6446;&#x8131;&#x8FD9;&#x79CD;&#x6BD4;&#x8F83;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5206;&#x6790;&#x7684;&#x4E3B;&#x8981;&#x7ED3;&#x8BBA;&#x662F;&#x5B97;&#x65CF;&#x7684;&#x6210;&#x5458;&#x4E0D;&#x80FD;&#x8FDB;&#x51E0;&#x4E2A;&#x751F;&#x6001;&#x5206;&#x5316;&#x7C07;&#x8F7B;&#x677E;&#x6298;&#x53E0; &#xFF08;&#x5373;&#x6709;&#x51E0;&#x4E4E;&#x540C;&#x6837;&#x591A;&#x7684;&#x96C6;&#x7FA4;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x5206;&#x79BB;&#xFF09; &#xFF1B;&#x9884;&#x6D4B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5185;&#x5BB9;&#x7684;&#x6700;&#x5F3A;&#x6846;&#x67B6;&#x662F;&#x5BCC;&#x8425;&#x517B;&#x5316;&#x7684;&#x6218;&#x7565;&#xFF0C;&#x4F46;&#x6CA1;&#x6709;&#x5355;&#x4E00;&#x7684;&#x6846;&#x67B6;&#x7ED9;&#x9C81;&#x68D2;&#x9884;&#x6D4B; &#xFF1B;&#x548C;&#x4EE5;&#x524D;&#x672A;&#x77E5;&#x7684;&#x540C;&#x6E90;&#x57FA;&#x56E0; H(2) &#x6C27;&#x5316;&#xFF0C;&#x57FA;&#x4E8E; proteorhodopsin &#x7684; phototrophy&#x3001; &#x57FA;&#x4E8E; xanthorhodpsin &#x7684; phototrophy&#xFF0C;&#x548C; CO(2) &#x56FA;&#x5B9A;&#x7684;&#x6838;&#x916E;&#x7CD6;&#x5355;-1.5-&#x4E8C;&#x78F7;&#x9178;&#x7FA7;&#x5316;&#x9176;/&#x52A0;&#x6C27;&#x9176;&#x5F62;&#x5F0F; IC (&#x5149;&#x5408;&#x4F5C;&#x7528;) &#x6269;&#x5927;&#x80FD;&#x6E90;&#x548C;&#x78B3;&#x91C7;&#x96C6;&#x5728;&#x6B64;&#x975E;&#x5E38;&#x591A;&#x624D;&#x591A;&#x827A;&#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x6CBF;&#x88AD;&#x7684;&#x53EF;&#x80FD;&#x673A;&#x5236;&#x3002;

&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7279;&#x6027;&#x7684;&#x901A;&#x624D;&#x6D77;&#x6D0B;&#x7EC6;&#x83CC;&#x6CBF;&#x88AD;&#x3002;

Members of the marine Roseobacter lineage have been characterized as ecological generalists, suggesting that there will be challenges in assigning well-delineated ecological roles and biogeochemical functions to the taxon. To address this issue, genome sequences of 32 Roseobacter isolates were analyzed for patterns in genome characteristics, gene inventory, and individual gene/pathway distribution using three predictive frameworks: phylogenetic relatedness, lifestyle strategy and environmental origin of the isolate. For the first framework, a phylogeny containing five deeply branching clades was obtained from a concatenation of 70 conserved single-copy genes. Somewhat surprisingly, phylogenetic tree topology was not the best model for organizing genome characteristics or distribution patterns of individual genes/pathways, although it provided some predictive power. The lifestyle framework, established by grouping isolates according to evidence for heterotrophy, photoheterotrophy or autotrophy, explained more of the gene repertoire in this lineage. The environment framework had a weak predictive power for the overall genome content of each strain, but explained the distribution of several individual genes/pathways, including those related to phosphorus acquisition, chemotaxis and aromatic compound degradation. Unassembled sequences in the Global Ocean Sampling metagenomic data independently verified this global-scale geographical signal in some Roseobacter genes. The primary findings emerging from this comparative genome analysis are that members of the lineage cannot be easily collapsed into just a few ecologically differentiated clusters (that is, there are almost as many clusters as isolates); the strongest framework for predicting genome content is trophic strategy, but no single framework gives robust predictions; and previously unknown homologs to genes for H(2) oxidation, proteorhodopsin-based phototrophy, xanthorhodpsin-based phototrophy, and CO(2) fixation by Form IC ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (RuBisCO) expand the possible mechanisms for energy and carbon acquisition in this remarkably versatile bacterial lineage.

Genome characteristics of a generalist marine bacterial lineage.

Les membres de la lign&#xE9;e marine Roseobacter ont &#xE9;t&#xE9; caract&#xE9;ris&#xE9;s comme des g&#xE9;n&#xE9;ralistes &#xE9;cologiques, ce qui sugg&#xE8;re qu&#x26;#39;il y aura des d&#xE9;fis dans l&#x26;#39;attribution des r&#xF4;les bien d&#xE9;limit&#xE9;s et fonctions &#xE9;cologiques biog&#xE9;ochimiques au taxon. Pour r&#xE9;soudre ce probl&#xE8;me, des s&#xE9;quences g&#xE9;nomiques des isolats Roseobacter 32 ont &#xE9;t&#xE9; analys&#xE9;s pour les mod&#xE8;les dans les caract&#xE9;ristiques du g&#xE9;nome, l&#x26;#39;inventaire des g&#xE8;nes, et personne g&#xE8;ne / voie de distribution en utilisant trois cadres pr&#xE9;dictifs: origine parent&#xE9; phylog&#xE9;n&#xE9;tique, la strat&#xE9;gie de mode de vie et l&#x26;#39;environnement de l&#x26;#39;isolat. Pour le premier cadre, une phylog&#xE9;nie contenant cinq clades profond&#xE9;ment branchement a &#xE9;t&#xE9; obtenue &#xE0; partir d&#x26;#39;une concat&#xE9;nation de 70 conserv&#xE9;es &#xE0; copie unique des g&#xE8;nes. Assez &#xE9;tonnamment, arbre phylog&#xE9;n&#xE9;tique topologie n&#x26;#39;&#xE9;tait pas le meilleur mod&#xE8;le pour les caract&#xE9;ristiques du g&#xE9;nome d&#x26;#39;organisation ou modes de distribution des g&#xE8;nes individuels et voies d&#x26;#39;acc&#xE8;s, m&#xEA;me si elle a fourni un certain pouvoir pr&#xE9;dictif. Le cadre de vie, cr&#xE9;&#xE9; par le regroupement des isolats selon de preuve pour h&#xE9;t&#xE9;rotrophie, photoh&#xE9;t&#xE9;rotrophie ou autotrophie, a expliqu&#xE9; plus du r&#xE9;pertoire de g&#xE8;nes dans cette lign&#xE9;e. Le cadre de l&#x26;#39;environnement a eu un faible pouvoir pr&#xE9;dictif de la teneur globale du g&#xE9;nome de chaque souche, mais il a expliqu&#xE9; la distribution de plusieurs g&#xE8;nes individuels et voies d&#x26;#39;acc&#xE8;s, y compris celles li&#xE9;es &#xE0; l&#x26;#39;acquisition de phosphore, la chimiotaxie et la d&#xE9;gradation des compos&#xE9;s aromatiques. S&#xE9;quences non mont&#xE9;s dans les donn&#xE9;es de l&#x26;#39;oc&#xE9;an mondial m&#xE9;tag&#xE9;nomiques d&#x26;#39;&#xE9;chantillonnage v&#xE9;rifi&#xE9;es de fa&#xE7;on ind&#xE9;pendante ce signal &#xE0; l&#x26;#39;&#xE9;chelle plan&#xE9;taire g&#xE9;ographique dans certains g&#xE8;nes Roseobacter. Les principales constatations qui ressortent de cette analyse comparative du g&#xE9;nome sont que les membres de la lign&#xE9;e ne peut pas &#xEA;tre facilement regroup&#xE9;es en seulement quelques grappes &#xE9;cologiquement diff&#xE9;renci&#xE9;es (c&#x26;#39;est &#xE0; dire qu&#x26;#39;il ya des grappes presque aussi nombreux que les isolats); la plus forte du cadre de pr&#xE9;vision contenu g&#xE9;nome est la strat&#xE9;gie trophique , mais pas de cadre unique donne des pr&#xE9;dictions robustes, et des homologues jusque-l&#xE0; inconnues &#xE0; des g&#xE8;nes de H (2) l&#x26;#39;oxydation, &#xE0; base de prot&#xE9;orhodopsine Phototrophie, xanthorhodpsin bas&#xE9;e sur Phototrophie, et de CO (2) la fixation par le formulaire IC ribulose-1 ,5-bisphosphate carboxylase / oxyg&#xE9;nase (Rubisco) de d&#xE9;velopper les m&#xE9;canismes possibles pour l&#x26;#39;&#xE9;nergie et l&#x26;#39;acquisition de carbone dans cette lign&#xE9;e remarquablement polyvalent bact&#xE9;rienne.

Caract&#xE9;ristiques du g&#xE9;nome d&#x26;#39;une lign&#xE9;e Marine g&#xE9;n&#xE9;raliste bact&#xE9;rienne

Mitglieder der marine Roseobacter-Linie waren gepr&auml;gt, als &ouml;kologische Generalisten, die darauf hindeutet, dass es Herausforderungen werden in einem Taxon gut &ouml;kologische Rollen und biogeochemische Funktionen zuweisen. Um dieses Problem zu beheben, wurden die Genomsequenzen von 32 Roseobacter-Isolaten nach Mustern im Genom Merkmale, Gen bestand und einzelne gen/Weg-Distribution mit drei vorausschauende Rahmenbedingungen analysiert: phylogenetische Verwandtschaft, Lebensstil-Strategie und umweltbedingte von Isolat. F&uuml;r den ersten Rahmen war eine Phylogenie, enth&auml;lt f&uuml;nf tief verzweigte Kladen aus einer Verkettung von 70 konservierten Single Copy-Genen bezogen. Etwas &uuml;berraschend, war phylogenetischen Baum-Topologie nicht das beste Modell f&uuml;r die Organisation von Genom Merkmale oder Verteilungsmuster der einzelnen Gene/Wege, obwohl es einige Vorhersagekraft bereitgestellt. Lebensstil Rahmen, Gruppierung Isolate nach Beweise f&uuml;r Heterotrophy, Photoheterotrophy oder Autotrophy, erkl&auml;rte mehr zum gen-Repertoire in dieser Linie. Umwelt Rahmen hatte eine schwache Vorhersagekraft f&uuml;r die Genom-Gesamtinhalt von jeder Sorte, aber erkl&auml;rt die Verteilung der mehrere einzelne Gene/Wege, einschlie&szlig;lich Phosphor-Akquisition, Chemotaxis und aromatische zusammengesetzte Verschlechterung. Unmontierter Sequenzen im globalen Ozean durchgef&uuml;hrte metagenomische Samplingdaten &uuml;berpr&uuml;ft unabh&auml;ngig dieses globalen Ma&szlig;stab geographische Signal in einigen Roseobacter-Genen. Die prim&auml;re Erkenntnisse aus diesem vergleichende Genomanalyse werden, dass Mitglieder der Linie k&ouml;nnen nicht leicht in wenigen &ouml;kologisch differenzierte Cluster reduziert werden (das hei&szlig;t, es gibt fast so viele Cluster als Isolate); st&auml;rksten Rahmen f&uuml;r die Vorhersage von Genom Inhalt trophische Strategie, aber keinen einziger Rahmen gibt zuverl&auml;ssige Vorhersagen; und bisher unbekannte UCP1 Genen H(2) Oxidation, Proteorhodopsin-basierte phototrophy, Xanthorhodpsin-basierte phototrophy und CO(2)-Fixierung durch Form IC Ribulose-1, 5-bisphosphat-Carboxylase/Oxygenase (RuBisCO) erweitern die m&ouml;glichen Mechanismen f&uuml;r die Energie- und CO2-Akquisition in dieser bemerkenswert vielseitige bakterieller Herkunft.

Genom-Merkmale einer Generalist marine bakterielle Linie.

Membri del lignaggio Roseobacter marino sono stati caratterizzati come ecologici generalisti, suggerendo che ci saranno sfide nell&#39;assegnare ruoli ecologici piccole e funzioni biogeochimiche del taxon. Per risolvere questo problema, sequenze di genoma di 32 Roseobacter isolati sono stati analizzati per i modelli in caratteristiche del genoma, gene inventario e distribuzione del gene/percorso individuale utilizzando tre quadri predittivi: parentela filogenetica, strategia di stile di vita e origine ambientale dell&#39;isolato. Per il primo quadro, un phylogeny contenente cinque cladi profondamente ramificazione &egrave; stato ottenuto da una concatenazione di 70 geni singola copia conservate. Abbastanza sorprendentemente, topologia albero filogenetico non era il modello migliore per organizzare le caratteristiche del genoma o modelli di distribuzione di singoli geni/percorsi, anche se ha fornito qualche potere predittivo. Il quadro di lifestyle, istituito dal raggruppamento degli isolati secondo prove per heterotrophy, photoheterotrophy o autotrofia, spiegato pi&ugrave; del repertorio gene in questo lignaggio. Il quadro di ambiente aveva un debole potere predittivo per il contenuto complessivo del genoma di ogni ceppo, ma la distribuzione di diversi singoli geni/percorsi, compresi quelli relativi all&#39;acquisizione di fosforo, chemiotassi e degradazione di composti aromatici, ha spiegato. Sequenze smontati nei dati di campionamento oceano globale metagenomica indipendentemente verificato questo segnale geografico su scala globale in alcuni geni Roseobacter. Primari risultati emergono da questa analisi comparativa del genoma sono che membri del lignaggio non possono essere facilmente compresso in pochi grappoli ecologicamente differenziate (che &egrave;, ci sono quasi come molti ammassi come isolati); il quadro pi&ugrave; forte per predire il contenuto del genoma &egrave; strategia trofica, ma nessun singolo quadro d&agrave; le previsioni affidabili; e in precedenza sconosciuti omologhi ai geni per l&#39;ossidazione del H(2), proteorhodopsin-based phototrophy, xanthorhodpsin-based phototrophy e mentre una fissazione di forma IC 1,5-Ribulosio-bisfosfato carbossilasi/ossigenasi (RuBisCO) espandere i possibili meccanismi per l&#39;acquisizione di energia e di carbonio in questo lignaggio batterico straordinariamente versatile.

Caratteristiche del genoma di un lignaggio batteriche marine generalista.

&#x6D77;&#x6D0B;Roseobacter&#x7CFB;&#x7D71;&#x306E;&#x30E1;&#x30F3;&#x30D0;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;&#x5206;&#x985E;&#x7FA4;&#x306B;&#x3088;&#x304F;&#x7DDA;&#x5F15;&#x304D;&#x751F;&#x614B;&#x7CFB;&#x306E;&#x5F79;&#x5272;&#x3068;&#x751F;&#x7269;&#x5730;&#x7403;&#x5316;&#x5B66;&#x7684;&#x306A;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3092;&#x5272;&#x308A;&#x5F53;&#x3066;&#x308B;&#x969B;&#x306B;&#x8AB2;&#x984C;&#x304C;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3001;&#x751F;&#x614B;&#x5B66;&#x7684;&#x306A;&#x30B8;&#x30A7;&#x30CD;&#x30E9;&#x30EA;&#x30B9;&#x30C8;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x7279;&#x5FB4;&#x3065;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x554F;&#x984C;&#x3092;&#x89E3;&#x6C7A;&#x3059;&#x308B;&#x306B;&#x306F;&#x3001;32 Roseobacter&#x5206;&#x96E2;&#x682A;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x306F;&#x3001;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x7279;&#x5FB4;&#x3001;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x30A4;&#x30F3;&#x30D9;&#x30F3;&#x30C8;&#x30EA;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;3&#x306E;&#x4E88;&#x6E2C;&#x30D5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30E0;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x500B;&#x3005;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;/&#x7D4C;&#x8DEF;&#x5206;&#x5E03;&#x306E;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x3092;&#x5206;&#x6790;&#x3057;&#x305F;&#x5206;&#x96E2;&#x682A;&#x306E;&#x7CFB;&#x7D71;&#x767A;&#x751F;&#x7684;&#x95A2;&#x4FC2;&#x3001;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D5;&#x30B9;&#x30BF;&#x30A4;&#x30EB;&#x6226;&#x7565;&#x3068;&#x74B0;&#x5883;&#x7531;&#x6765;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6700;&#x521D;&#x306E;&#x30D5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30E0;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x306F;&#x3001;5&#x6DF1;&#x304F;&#x5206;&#x5C90;&#x30AF;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C9;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x7CFB;&#x7D71;&#x306F;70&#x306B;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x30EB;&#x30B3;&#x30D4;&#x30FC;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x9023;&#x7D50;&#x304B;&#x3089;&#x5F97;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x305D;&#x308C;&#x306F;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x4E88;&#x6E2C;&#x529B;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3059;&#x308B;&#x3082;&#x306E;&#x306E;&#x3001;&#x3084;&#x3084;&#x9A5A;&#x304F;&#x3079;&#x304D;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3001;&#x7CFB;&#x7D71;&#x6A39;&#x306E;&#x30C8;&#x30DD;&#x30ED;&#x30B8;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;&#x500B;&#x3005;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;/&#x7D4C;&#x8DEF;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x7279;&#x6027;&#x3084;&#x5206;&#x5E03;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x3092;&#x6574;&#x7406;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x6700;&#x826F;&#x306E;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3067;&#x306F;&#x306A;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x5F93;&#x5C5E;&#x6804;&#x990A;&#x3001;photoheterotrophy&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x72EC;&#x7ACB;&#x6804;&#x990A;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x8A3C;&#x62E0;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x5316;&#x5206;&#x96E2;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x78BA;&#x7ACB;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D5;&#x30B9;&#x30BF;&#x30A4;&#x30EB;&#x306E;&#x30D5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30E0;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x7CFB;&#x7D71;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30EC;&#x30D1;&#x30FC;&#x30C8;&#x30EA;&#x30FC;&#x306E;&#x591A;&#x304F;&#x3092;&#x8AAC;&#x660E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x74B0;&#x5883;&#x30D5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30E0;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x306F;&#x3001;&#x5404;&#x83CC;&#x682A;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x5168;&#x4F53;&#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C6;&#x30F3;&#x30C4;&#x306E;&#x5F31;&#x3044;&#x4E88;&#x6E2C;&#x529B;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3001;&#x30EA;&#x30F3;&#x306E;&#x53D6;&#x5F97;&#x3001;&#x8D70;&#x5316;&#x6027;&#x3068;&#x82B3;&#x9999;&#x65CF;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x306E;&#x5206;&#x89E3;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3059;&#x308B;&#x3082;&#x306E;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x500B;&#x3005;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;/&#x7D4C;&#x8DEF;&#x306E;&#x5206;&#x5E03;&#x3092;&#x8AAC;&#x660E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30B0;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D0;&#x30EB;&#xB7;&#x30AA;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E3;&#x30F3;&#xB7;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x7D44;&#x7ACB;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306F;&#x72EC;&#x7ACB;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;Roseobacter&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3067;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x5730;&#x7403;&#x898F;&#x6A21;&#x306E;&#x5730;&#x7406;&#x7684;&#x306A;&#x4FE1;&#x53F7;&#x3092;&#x78BA;&#x8A8D;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x6BD4;&#x8F03;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x89E3;&#x6790;&#x304B;&#x3089;&#x51FA;&#x3066;&#x304F;&#x308B;&#x4E3B;&#x306A;&#x6240;&#x898B;&#x306F;&#x3001;&#xFF08;&#x5206;&#x96E2;&#x682A;&#x3068;&#x307B;&#x307C;&#x540C;&#x3058;&#x304F;&#x3089;&#x3044;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x304C;&#x5B58;&#x5728;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#xFF09;&#x7CFB;&#x7D71;&#x306E;&#x30E1;&#x30F3;&#x30D0;&#x30FC;&#x304C;&#x7C21;&#x5358;&#x306B;&#x308F;&#x305A;&#x304B;&#x306A;&#x751F;&#x614B;&#x5B66;&#x7684;&#x306B;&#x5206;&#x5316;&#x3057;&#x305F;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x306B;&#x307E;&#x3068;&#x3081;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x306A;&#x3044;&#x3053;&#x3068;&#x3067;&#x3042;&#x308A;&#x3001;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x5185;&#x5BB9;&#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x5F37;&#x529B;&#x306A;&#x30D5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30E0;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x6804;&#x990A;&#x6226;&#x7565;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x5358;&#x4E00;&#x306E;&#x30D5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30E0;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x306F;&#x5805;&#x7262;&#x306A;&#x4E88;&#x6E2C;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;H&#xFF08;2&#xFF09;&#x9178;&#x5316;&#x3001;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30AA;&#x30ED;&#x30C9;&#x30D7;&#x30B7;&#x30F3;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;phototrophy&#x3001;xanthorhodpsin&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;phototrophy&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0;&#x306B;&#x3088;&#x308B;CO&#xFF08;2&#xFF09;&#x56FA;&#x5B9A;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x672A;&#x77E5;&#x306E;&#x76F8;&#x540C;&#x4F53;&#x3092;IC&#x30EA;&#x30D6;&#x30ED;&#x30FC;&#x30B9;-1,5  - &#x30D3;&#x30B9;&#x30EA;&#x30F3;&#x9178;&#x30AB;&#x30EB;&#x30DC;&#x30AD;&#x30B7;&#x30E9;&#x30FC;&#x30BC;/&#x30AA;&#x30AD;&#x30B7;&#x30B2;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC;&#xFF08;&#x30EB;&#x30D3;&#x30B9;&#x30B3;&#xFF09;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x6C4E;&#x7528;&#x6027;&#x306E;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x7CFB;&#x7D71;&#x306B;&#x30A8;&#x30CD;&#x30EB;&#x30AE;&#x30FC;&#x3068;&#x70AD;&#x7D20;&#x53D6;&#x5F97;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x3092;&#x5C55;&#x958B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30B8;&#x30A7;&#x30CD;&#x30E9;&#x30EA;&#x30B9;&#x30C8;&#x6D77;&#x6D0B;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x7CFB;&#x7D71;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x7279;&#x5FB4;

&#xD574;&#xC591; Roseobacter &#xD608;&#xD1B5;&#xC758; &#xAD6C;&#xC131;&#xC6D0; &#xC0DD;&#xD0DC; &#xC804;&#xBB38;&#xAC00;&#xAC00; &#xC81C;&#xC548; &#xD558;&#xB294; taxon well-delineated &#xC0DD;&#xD0DC; &#xC5ED;&#xD560; &#xBC0F; &#xD654;&#xD559;&#xC801; &#xAE30;&#xB2A5; &#xD560;&#xB2F9;&#xC5D0; &#xB3C4;&#xC804; &#xAC83;&#xC73C;&#xB85C; &#xD2B9;&#xC9D5; &#xB418;&#xC5B4; &#xC788;&#xB2E4;. &#xC774; &#xBB38;&#xC81C;&#xB97C; &#xD574;&#xACB0; &#xD558;&#xB824;&#xBA74; 32 Roseobacter &#xACA9;&#xB9AC;&#xC758; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xAC8C;&#xB188; &#xD2B9;&#xC131;, &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC7AC;&#xACE0; &#xBC0F; &#xC138; &#xC608;&#xCE21; &#xD504;&#xB808;&#xC784; &#xC6CC;&#xD06C;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xC720;&#xC804;&#xC790;/&#xD1B5;&#xB85C; &#xBD84;&#xD3EC; &#xD328;&#xD134; &#xBD84;&#xC11D;: phylogenetic relatedness, &#xB77C;&#xC774;&#xD504; &#xC2A4;&#xD0C0;&#xC77C; &#xC804;&#xB7B5; &#xBC0F; &#xD658;&#xACBD; &#xCD9C;&#xCC98;&#xB97C; &#xBD84;&#xB9AC; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xCCAB; &#xBC88;&#xC9F8; &#xD504;&#xB808;&#xC784; &#xC6CC;&#xD06C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; 5 &#xAE4A;&#xC774; &#xBD84;&#xAE30; clades&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; 70 &#xBCF4;&#xC874;&#xB41C; &#xB2E8;&#xC77C; &#xBCF5;&#xC0AC; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC5F0;&#xACB0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC5BB;&#xC740; &#xD588;&#xB2E4;. &#xBE44;&#xB85D; &#xADF8;&#xAC83;&#xC740; &#xC57D;&#xAC04;&#xC758; &#xC608;&#xCE21; &#xB2A5;&#xB825;&#xC774; &#xC81C;&#xACF5; &#xB2E4;&#xC18C; &#xC758;&#xC678;&#xB85C;, phylogenetic &#xD2B8;&#xB9AC; &#xD1A0;&#xD3F4;&#xB85C;&#xC9C0; &#xAC8C;&#xB188; &#xD2B9;&#xC131; &#xB610;&#xB294; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xC720;&#xC804;&#xC790;/&#xD1B5;&#xB85C;&#xC758; &#xBD84;&#xD3EC; &#xD328;&#xD134;&#xC744; &#xC815;&#xB9AC; &#xD558;&#xB294; &#xCD5C;&#xACE0;&#xC758; &#xBAA8;&#xB378; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC558;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. Heterotrophy, photoheterotrophy &#xB610;&#xB294; autotrophy, &#xC99D;&#xAC70;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xACA9;&#xB9AC; &#xADF8;&#xB8F9;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC124;&#xB9BD; &#xB41C; &#xB77C;&#xC774;&#xD504; &#xC2A4;&#xD0C0;&#xC77C; &#xD504;&#xB808;&#xC784; &#xC6CC;&#xD06C;&#xB294;&#xC774; &#xD608;&#xD1B5;&#xC5D0; &#xC9C4; &#xB808; &#xD37C; &#xD1A0;&#xB9AC;&#xC758; &#xB354; &#xB9CE;&#xC740; &#xC124;&#xBA85; &#xD588;&#xB2E4;. &#xD658;&#xACBD; &#xD504;&#xB808;&#xC784; &#xC6CC;&#xD06C; &#xAC01; &#xC2A4;&#xD2B8;&#xB808;&#xC778;&#xC758; &#xC804;&#xCCB4; &#xAC8C;&#xB188; &#xCF58;&#xD150;&#xCE20;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC57D;&#xD55C; &#xC608;&#xCE21; &#xB2A5;&#xB825;&#xC774; &#xC788;&#xC5C8;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xC720;&#xC804;&#xC790;/&#xD1B5;&#xB85C; &#xC778; &#xC218;&#xC9D1;&#xACFC; chemotaxis &#xBC29;&#xD5A5;&#xC871; &#xD654;&#xD569;&#xBB3C; &#xC800;&#xD558;&#xC640; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD55C; &#xBD84;&#xD3EC;&#xB97C; &#xC124;&#xBA85; &#xD588;&#xB2E4;. &#xAE00;&#xB85C;&#xBC8C; &#xD574;&#xC591; &#xC0D8;&#xD50C;&#xB9C1; metagenomic &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC0DD;&#xC0B0;&#xC5C5;&#xCCB4; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC77C;&#xBD80; Roseobacter &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0; &#xC138;&#xACC4;&#xC801;&#xC778; &#xADDC;&#xBAA8; &#xC9C0;&#xB9AC;&#xC801; &#xC2E0;&#xD638;&#xAC00; &#xAC1C;&#xBCC4;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xD655;&#xC778; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xBE44;&#xAD50; &#xAC8C;&#xB188; &#xBD84;&#xC11D;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC2E0;&#xD765; &#xC8FC;&#xC694; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xACB0;&#xACFC; &#xD608;&#xD1B5;&#xC758; &#xD68C;&#xC6D0; &#xBA87; &#xC0DD;&#xD0DC;&#xD559;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xCC28;&#xBCC4;&#xD654; &#xB41C; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130;&#xB85C; &#xC27D;&#xAC8C; &#xCD95;&#xC18C; &#xB420; &#xC218; &#xC5C6;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; (&#xC989;, &#xAC70;&#xAE30; &#xB9CE;&#xC740; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130; &#xACA9;&#xB9AC;&#xB85C;); &#xAC8C;&#xB188; &#xCF58;&#xD150;&#xCE20; &#xC608;&#xCE21;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xAC15;&#xB825;&#xD55C; &#xD504;&#xB808;&#xC784; &#xC6CC;&#xD06C;&#xB294; trophic &#xC804;&#xB7B5;, &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xC544;&#xBB34; &#xB2E8;&#xC77C; &#xD504;&#xB808;&#xC784; &#xC6CC;&#xD06C; &#xC81C;&#xACF5; &#xAC15;&#xB825;&#xD55C; &#xC608;&#xCE21;; &#xBC0F; proteorhodopsin &#xAE30;&#xBC18;&#xC758; H(2) &#xC0B0;&#xD654;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C0;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC740; homologs phototrophy, xanthorhodpsin phototrophy, &#xBC0F; CO(2) &#xACE0;&#xC815; &#xD3FC; IC ribulose-1, 5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (RuBisCO)&#xC5D0; &#xC758;&#xD574;&#xC774; &#xD604;&#xC800; &#xD558; &#xAC8C; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xC138;&#xADE0;&#xC131; &#xD608;&#xD1B5;&#xC5D0; &#xC5D0;&#xB108;&#xC9C0;&#xC640; &#xD0C4;&#xC18C; &#xC218;&#xC9D1;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xAC00;&#xB2A5;&#xD55C; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xC744; &#xD655;&#xC7A5;.

&#xC77C;&#xBC18; &#xD574;&#xC591; &#xC138;&#xADE0; &#xD608;&#xD1B5;&#xC758; &#xAC8C;&#xB188; &#xD2B9;&#xC131;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Los miembros de la ascendencia marina Roseobacter se han caracterizado como generalistas ecol&#xF3;gicos, lo que sugiere que no habr&#xE1; problemas en la asignaci&#xF3;n de funciones bien delimitadas y funciones ecol&#xF3;gicas biogeoqu&#xED;micos para el tax&#xF3;n. Para solucionar este problema, las secuencias del genoma de 32 cepas Roseobacter se analizaron los patrones en las caracter&#xED;sticas del genoma, el inventario de genes y genes individuales / v&#xED;a de distribuci&#xF3;n con tres marcos de predicci&#xF3;n: el origen de las relaciones filogen&#xE9;ticas, la estrategia de estilo de vida y del medio ambiente de la cepa. Para el primer marco, una filogenia contiene cinco clados profundamente ramificaci&#xF3;n se obtuvo de una concatenaci&#xF3;n de 70 conservadas genes de copia &#xFA;nica. Sorprendentemente, el &#xE1;rbol filogen&#xE9;tico de topolog&#xED;a no era el mejor modelo para las caracter&#xED;sticas del genoma de la organizaci&#xF3;n o los patrones de distribuci&#xF3;n de genes individuales y v&#xED;as, a pesar de que proporcionan un poder de predicci&#xF3;n. El marco de vida, establecida mediante la agrupaci&#xF3;n de aislamientos de acuerdo con la evidencia de heterotrof&#xED;a, photoheterotrophy o autotrofia, explica m&#xE1;s del repertorio de genes en este linaje. El marco de medio ambiente tuvo un d&#xE9;bil poder de predicci&#xF3;n del contenido global del genoma de cada cepa, pero se explica la distribuci&#xF3;n de varios genes y v&#xED;as, incluidas las relacionadas con la adquisici&#xF3;n de f&#xF3;sforo, la quimiotaxis y la degradaci&#xF3;n del compuesto arom&#xE1;tico. Secuencias sin montar en los datos globales del oc&#xE9;ano metagen&#xF3;mica de muestreo verificada de manera independiente esta se&#xF1;al geogr&#xE1;fica a escala mundial en algunos genes Roseobacter. Las principales conclusiones que surgen de este an&#xE1;lisis comparativo del genoma es que los miembros del linaje no puede ser f&#xE1;cilmente se derrumb&#xF3; en tan s&#xF3;lo unos pocos grupos ecol&#xF3;gicos diferenciados (es decir, hay grupos casi tantos como los aislamientos), el mayor marco para predecir el contenido del genoma es la estrategia tr&#xF3;fica , pero no solo marco ofrece predicciones s&#xF3;lidas, y hom&#xF3;logos a los genes hasta ahora desconocidas para H (2) la oxidaci&#xF3;n, fototrof&#xED;a proteorodopsina basado en fototrof&#xED;a xanthorhodpsin basado, y el CO (2) la fijaci&#xF3;n por el formulario de CI ribulosa-1 ,5-bisfosfato carboxilasa / oxigenasa (Rubisco) ampliar los mecanismos posibles para la energ&#xED;a y la adquisici&#xF3;n de carbono en este linaje de bacterias muy vers&#xE1;til.

Caracter&#xED;sticas del genoma de un linaje Marina Generalista bacteriana

Metatranscriptomic &#x6D4B;&#x5E8F;&#x63D0;&#x4F9B;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x7684;&#x89C4;&#x7BA1;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x6D3B;&#x52A8;&#x7684;&#x73AF;&#x5883;&#x56E0;&#x7D20;&#x53D6;&#x51B3;&#x4E8E;&#x5982;&#x4F55;&#x5B8C;&#x5168;&#x5E8F;&#x5217;&#x5E93;&#x6355;&#x83B7;&#x793E;&#x4F1A;&#x8868;&#x8FBE; &#xFF08;&#x5373;&#x6837;&#x672C;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6DF1;&#x5EA6;&#x548C;&#x8986;&#x76D6;&#x6DF1;&#x5EA6;&#xFF09; &#x53CA;&#x54EA;&#x4E9B;&#x8868;&#x8FBE;&#x5F0F;&#x4E0E;&#x793E;&#x533A;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x5DEE;&#x5F02;&#x53EF;&#x4EE5;&#x68C0;&#x6D4B;&#x5230;&#x7684;&#x7075;&#x654F;&#x5EA6; &#xFF08;&#x5373;&#x4E3A;&#x5047;&#x8BBE;&#x68C0;&#x9A8C;&#x7684;&#x7EDF;&#x8BA1;&#x7535;&#x6E90;&#xFF09; &#x7684;&#x6F5C;&#x529B;&#x3002;&#x5728;&#x6B64;&#x7814;&#x7A76;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x4F7F;&#x7528;&#x5185;&#x90E8;&#x7684;&#x6807;&#x51C6;&#x65B9;&#x6CD5;&#x8FDB;&#x884C;&#x7EDD;&#x5BF9; (&#x6BCF;&#x5347;) &#x4F30;&#x8BA1;&#x7684;&#x6210;&#x7EE9;&#x5355;&#x7F16;&#x53F7;&#xFF0C;&#x53EF;&#x4EE5;&#x7531;&#x4E0D;&#x76F8;&#x5173;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x53D8;&#x5316;&#x6709;&#x504F;&#x89C1;&#x7684;&#x6BD4;&#x4F8B;&#x4F30;&#x8BA1;&#x6709;&#x663E;&#x8457;&#x4F18;&#x52BF;&#x3002;&#x7F8E;&#x56FD;&#x4E1C;&#x5357;&#x90E8;&#x6CBF;&#x6D77;&#x6C34;&#x57DF;&#x5305;&#x542B; 1 &times; 10(12) &#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC; mRNA &#x5206;&#x5B50;&#x6BCF;&#x5347;&#x6D77;&#x6C34; (~ 200 &#x6BCF;&#x4E2A;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684; mRNA &#x5206;&#x5B50;)&#x3002;&#x5373;&#x4F7F;&#x5BF9;&#x4E8E;&#x5728;&#x8FD9;&#x9879;&#x7814;&#x7A76;&#x4E2D;&#x83B7;&#x5F97;&#x7684;&#x5927;&#x578B;&#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC;&#x5E93; (~ 500,000 &#x53EF;&#x80FD;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7F16;&#x7801;&#x5E8F;&#x5217;&#xFF0C;&#x6BCF;&#x5E74;&#x7684;&#x8FD9;&#x4E24;&#x4E2A;&#x5E93;&#x540E;&#x4E22;&#x5F03; rRNAs &#x548C;&#x5C0F; RNAs &#x4ECE; &gt; 100 &#x4E07; 454 FLX &#x7126;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x8BFB;&#x53D6;&#xFF09;&#xFF0C;&#x6837;&#x54C1;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6DF1;&#x5EA6;&#x53EA;&#x662F;&#x4E3A; 0.00001%&#x3002;82 &#x57FA;&#x56E0;&#x8BCA;&#x65AD;&#x4E3A;&#x6D77;&#x6D0B;&#x7684;&#x6C2E;&#x3001; &#x78F7;&#x3001; &#x786B;&#x5FAA;&#x73AF;&#x4E2D;&#x7684;&#x53D8;&#x6362;&#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x6C34;&#x5E73;&#x4E0D;&#x7B49;&#x4ECE;&#x68C0;&#x6D4B; &#xFF08;&lt; &#x6BCF;&#x5347; 1 &times; 10(6) &#x6210;&#x7EE9;&#x5355;) &#x4E3A; 36 &#x57FA;&#x56E0; (&#x4F8B;&#x5982;&#x81A6;&#x9178;&#x4EE3;&#x8C22;&#x57FA;&#x56E0; phnH&#x3001; &#x5F02;&#x5316;&#x7684;&#x785D;&#x9178;&#x8FD8;&#x539F;&#x9176;&#x4E9A;&#x5355;&#x4F4D;&#x56FD;&#x5BB6;&#x9002;&#x5E94;&#x884C;&#x52A8;&#x65B9;&#x6848;&#xFF09; &#x5230; &gt; 2.7 &times; 10(9) &#x6210;&#x7EE9;&#x5355;&#x6BCF;&#x5347; (&#x6C28;&#x8F6C;&#x8FD0; amt &#x548C;&#x6C28;&#x5355;&#x52A0;&#x6C27;&#x9176;&#x4E9A;&#x5355;&#x4F4D; amoC)&#x3002;&#x4E00;&#x534A;&#x7684;&#x7C7B;&#x522B;&#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x5F0F;&#x88AB;&#x68C0;&#x6D4B;&#x51FA;&#x6765;&#xFF0C;&#x4F46;&#x662F;&#xFF0C;&#x90A3;&#x6837;&#x592A;&#x5C11;&#x590D;&#x5236;&#x6570;&#x76EE;&#x4E3A;&#x9C81;&#x68D2;&#x7EDF;&#x8BA1;&#x7684;&#x51B3;&#x8BAE;&#xFF0C;&#x5C06;&#x9700;&#x8981;&#x8FDB;&#x884C;&#x6BD4;&#x8F83; &#xFF08;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x6216;&#x65F6;&#x95F4;&#x5E8F;&#x5217;&#xFF09; &#x8868;&#x8FBE;&#x7814;&#x7A76;&#x3002;&#x7531;&#x4EE3;&#x8868;&#x6574;&#x4E2A;&#x793E;&#x4F1A;&#x57FA;&#x56E0;&#x4E30;&#x5EA6;&#x548C;&#x7EDD;&#x5BF9;&#x5355;&#x4F4D; &#xFF08;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x4F53;&#x79EF;&#x6216;&#x91CD;&#x91CF;&#x7684;&#x73AF;&#x5883;&#xFF09; &#x4E2D;&#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x5F0F;&#xFF0C;&#x53EF;&#x4EE5;&#x66F4;&#x597D;&#x5730;&#x5229;&#x7528; &#39;&#x5B66;&#39; &#x6570;&#x636E;&#xFF0C;&#x6765;&#x63D0;&#x9AD8;&#x5BF9;&#x6D77;&#x6D0B;&#x4E2D;&#x7684;&#x9655;&#x5357;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x7684;&#x4E86;&#x89E3;&#x3002;

&#x6DF1;&#x611F;&#x6709;&#x5148;&#x540E;&#x987A;&#x5E8F;&#x7684;&#x6D77;&#x6D0B;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269; metatranscriptome &#x7684;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5206;&#x6790;&#x3002;

The potential of metatranscriptomic sequencing to provide insights into the environmental factors that regulate microbial activities depends on how fully the sequence libraries capture community expression (that is, sample-sequencing depth and coverage depth), and the sensitivity with which expression differences between communities can be detected (that is, statistical power for hypothesis testing). In this study, we use an internal standard approach to make absolute (per liter) estimates of transcript numbers, a significant advantage over proportional estimates that can be biased by expression changes in unrelated genes. Coastal waters of the southeastern United States contain 1 Ã— 10(12) bacterioplankton mRNA molecules per liter of seawater (~200 mRNA molecules per bacterial cell). Even for the large bacterioplankton libraries obtained in this study (~500,000 possible protein-encoding sequences in each of two libraries after discarding rRNAs and small RNAs from >1 million 454 FLX pyrosequencing reads), sample-sequencing depth was only 0.00001%. Expression levels of 82 genes diagnostic for transformations in the marine nitrogen, phosphorus and sulfur cycles ranged from below detection (<1 Ã— 10(6) transcripts per liter) for 36 genes (for example, phosphonate metabolism gene phnH, dissimilatory nitrate reductase subunit napA) to >2.7 Ã— 10(9) transcripts per liter (ammonia transporter amt and ammonia monooxygenase subunit amoC). Half of the categories for which expression was detected, however, had too few copy numbers for robust statistical resolution, as would be required for comparative (experimental or time-series) expression studies. By representing whole community gene abundance and expression in absolute units (per volume or mass of environment), 'omics' data can be better leveraged to improve understanding of microbially mediated processes in the ocean.

Quantitative analysis of a deeply sequenced marine microbial metatranscriptome.

Le potentiel de s&#xE9;quen&#xE7;age m&#xE9;tatranscriptomiques &#xE0; fournir un aper&#xE7;u des facteurs environnementaux qui contr&#xF4;lent les activit&#xE9;s microbiennes d&#xE9;pend de la fa&#xE7;on pleinement les biblioth&#xE8;ques s&#xE9;quence de capture expression de la communaut&#xE9; (c&#x26;#39;est-&#xE0;-&#xE9;chantillon-s&#xE9;quen&#xE7;age de profondeur et la profondeur de couverture), et la sensibilit&#xE9; avec laquelle les diff&#xE9;rences d&#x26;#39;expression entre les communaut&#xE9;s peuvent &#xEA;tre d&#xE9;tect&#xE9; (c&#x26;#39;est-&#xE0;-puissance statistique pour le test d&#x26;#39;hypoth&#xE8;se). Dans cette &#xE9;tude, nous utilisons une approche de l&#x26;#39;&#xE9;talon interne pour faire absolue (par litre) les estimations d&#x26;#39;effectifs de transcription, un avantage significatif par rapport aux estimations proportionnelles qui peuvent &#xEA;tre biais&#xE9;es par des changements d&#x26;#39;expression des g&#xE8;nes ind&#xE9;pendants. Les eaux c&#xF4;ti&#xE8;res des &#xC9;tats-Unis du sud-contiennent 1 &#xD7; 10 (12) des mol&#xE9;cules d&#x26;#39;ARNm bact&#xE9;rioplancton par litre d&#x26;#39;eau de mer (~ 200 mol&#xE9;cules d&#x26;#39;ARNm par cellule bact&#xE9;rienne). M&#xEA;me pour les biblioth&#xE8;ques bact&#xE9;rioplancton grandes obtenus dans cette &#xE9;tude (environ 500.000 possibles codant une prot&#xE9;ine s&#xE9;quences dans chacune des deux biblioth&#xE8;ques apr&#xE8;s le rejet ARNr et les petits ARN &#xE0; partir de&#x26;gt; 1 million de pyros&#xE9;quen&#xE7;age 454 FLX lit), l&#x26;#39;&#xE9;chantillon de s&#xE9;quen&#xE7;age de profondeur n&#x26;#39;est que de 0,00001%. Les niveaux d&#x26;#39;expression de g&#xE8;nes 82 diagnostic pour des transformations dans l&#x26;#39;azote marin, le phosphore et les cycles de soufre varie de dessous de la d&#xE9;tection (&#x26;lt;1 x 10 (6) transcriptions par litre) pendant 36 g&#xE8;nes (par exemple, un phosphonate m&#xE9;tabolisme g&#xE8;ne phnH, dissimilatoire nitrate r&#xE9;ductase sous-unit&#xE9; napA ) &#xE0;&#x26;gt; 2,7 &#xD7; 10 (9) les transcriptions par litre (transporteur d&#x26;#39;ammoniac amt et AMOC sous-unit&#xE9; d&#x26;#39;ammoniac monooxyg&#xE9;nase). La moiti&#xE9; des cat&#xE9;gories pour lesquelles l&#x26;#39;expression a &#xE9;t&#xE9; d&#xE9;tect&#xE9;, cependant, le nombre de copies a eu aussi peu de statistiques pour la r&#xE9;solution robuste, celui qui serait requis pour les &#xE9;tudes d&#x26;#39;expression comparative (exp&#xE9;rimentales ou de s&#xE9;ries chronologiques). En repr&#xE9;sentant ensemble abondance g&#xE8;ne communaut&#xE9; et d&#x26;#39;expression en unit&#xE9;s absolues (par volume ou la masse de l&#x26;#39;environnement), les donn&#xE9;es en &#xAB;-omique&#xBB; peut &#xEA;tre mieux mis &#xE0; profit pour am&#xE9;liorer la compr&#xE9;hension des processus microbiens dans l&#x26;#39;oc&#xE9;an.

Analyse quantitative d&#x26;#39;un Metatranscriptome microbienne marine Profond&#xE9;ment s&#xE9;quenc&#xE9;e

Das Potential der Metatranscriptomic Sequenzierung bieten Einblicke in die Umweltfaktoren, die mikrobielle Aktivit&auml;ten Regeln h&auml;ngt davon ab, wie vollst&auml;ndig die Sequenz-Bibliotheken zu erfassen, Gemeinschaft Ausdruck (das hei&szlig;t, Beispiel-Sequenzierung Tiefe und Abdeckung Tiefe) und die Empfindlichkeit, mit welchem Ausdruck Unterschiede zwischen Gemeinschaften erkannt werden k&ouml;nnen (d. h. statistische Power f&uuml;r Hypothesentests). In dieser Studie verwenden wir eine interne Standardansatz zu absolute (pro Liter) Sch&auml;tzungen der Abschrift Zahlen, einen erheblichen Vorteil gegen&uuml;ber proportional Sch&auml;tzungen, die durch Ausdruck Ver&auml;nderungen in nicht verwandten Genen beeinflusst werden k&ouml;nnen. K&uuml;stengew&auml;sser der s&uuml;d&ouml;stlichen Vereinigten Staaten enthalten 1 &times; 10 Bacterioplankton mRNA-Molek&uuml;le pro Liter Meerwasser (~ 200-mRNA-Molek&uuml;le pro Bakterienzelle). Auch f&uuml;r die gro&szlig;en Bacterioplankton-Bibliotheken, die in dieser Studie erzielten (~ 500.000 m&ouml;glichen Protein-Codierung Sequenzen in jedem der beiden Bibliotheken nach verwerfen rRNAs und kleine RNAs von &gt; 1 Million 454 FLX Pyrosequencing liest), Probe-Sequenzierung Tiefe war nur 0,00001 %. Stufen 82 Gene diagnostische f&uuml;r Transformationen in der marinen Stickstoff, Phosphor und Schwefel-Zyklen reichten von unten Erkennung (&lt; 1 &times; 10 6 abschriften pro Liter) f&uuml;r 36 gene (z. B. Phosphonate stoffwechsel-gen PhnH, dissimilatorische nitrat-reduktase untereinheit NapA) auf &gt; 2,7 &times; Neubewerber Abschriften pro Liter (Ammoniak-Transporter-Amt und Ammoniak Monooxygenase Untereinheit AmoC). H&auml;lfte der Kategorien, die f&uuml;r die Ausdruck erkannt wurde, hatte jedoch zu wenig Kopie Zahlen f&uuml;r robuste statistische Aufl&ouml;sung, wie f&uuml;r vergleichende (experimentelle oder Zeitreihen) Ausdruck Studien erforderlich w&auml;re. Durch, die ganze Gemeinde gen F&uuml;lle und Ausdruck in absoluten Einheiten (pro Volumen oder Masse der Umgebung) darstellt, k&ouml;nnen &#39;Omics&#39; Daten besser genutzt werden, um besseres Verst&auml;ndnis der Mikrobakteriell vermittelten Prozessen im Ozean.

Quantitative Analyse von einer tief sequenzierte marine mikrobielle Metatranscriptome.

Il potenziale di metatranscriptomic sequenziamento per fornire intuizioni, i fattori ambientali che regolano le attivit&agrave; microbiche dipende le librerie sequenza cogliere pienamente come espressione della Comunit&agrave; (cio&egrave;, campione-sequenziamento profondit&agrave; e profondit&agrave; di copertura) e la sensibilit&agrave; con cui espressione possono essere rilevate differenze tra comunit&agrave; (cio&egrave; potenza statistica per test di ipotesi). In questo studio, usiamo un approccio standard interno per fare una stima assoluta (per litro) di numeri di trascrizione, un vantaggio significativo rispetto proporzionale stime che possono essere falsate da cambiamenti di espressione di geni estranei. Acque costiere degli Stati Uniti sud-orientale contengono 1 &times; 10(12) bacterioplankton molecole di mRNA per litro di acqua di mare (~ 200 molecole di mRNA per la cellula batterica). Anche per le librerie di grandi dimensioni bacterioplankton ottenute in questo studio (~ 500.000 possibili sequenze della proteina codifica in ciascuna delle due biblioteche dopo scartando i rRNAs e piccolo RNAs da &amp;gt; 1 milione 454 FLX pyrosequencing legge), campione-sequenziamento profondit&agrave; era solo 0.00001%. Livelli di espressione di 82 geni diagnostiche per le trasformazioni nei cicli di azoto, fosforo e zolfo marini variavano dal basso di rilevazione (&lt; 1 &times; 10 trascrizioni per litro) per 36 geni (ad esempio, fosfonato metabolismo gene phnH, Vivarese nitrato reduttasi subunit&agrave; napA) a &amp;gt; 2,7 &times; arrecavano trascrizioni per litro (ammoniaca transporter amt e ammoniaca monoossigenasi subunit&agrave; amoC). Met&agrave; delle categorie per le quali &egrave; stato rilevato espressione, tuttavia, aveva troppo pochi numeri di copia per risoluzione statistica robusta, come sarebbe richiesto per studi di espressione comparativa (sperimentale o time-series). Rappresentando l&#39;intera comunit&agrave; gene abbondanza ed espressione in unit&agrave; assolute (per volume o massa di ambiente), &#39;omics&#39; dati possono essere meglio sfruttati per migliorare la comprensione dei processi microbica mediati nell&#39;oceano.

Analisi quantitativa di un metatranscriptome microbiche marine profondamente sequenziata.

&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x6D3B;&#x52D5;&#x3092;&#x898F;&#x5236;&#x3059;&#x308B;&#x74B0;&#x5883;&#x8981;&#x56E0;&#x3078;&#x306E;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3059;&#x308B;metatranscriptomic&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x306F;&#x3001;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x306F;&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x306E;&#x5F0F;&#xFF08;&#x3064;&#x307E;&#x308A;&#x3001;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x6DF1;&#x3055;&#x3068;&#x7BC4;&#x56F2;&#x306E;&#x6DF1;&#x3055;&#xFF09;&#x3092;&#x30AD;&#x30E3;&#x30D7;&#x30C1;&#x30E3;&#x3057;&#x3001;&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x9593;&#x306E;&#x8868;&#x73FE;&#x306E;&#x9055;&#x3044;&#x304C;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3068;&#x611F;&#x5EA6;&#x3069;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x5B8C;&#x5168;&#x306B;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3057;&#x3066;&#xFF08;&#x4EEE;&#x8AAC;&#x691C;&#x5B9A;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x7D71;&#x8A08;&#x7684;&#x691C;&#x51FA;&#x529B;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#xFF09;&#x304C;&#x691C;&#x51FA;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x672C;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x8EE2;&#x5199;&#x7523;&#x7269;&#x306E;&#x6570;&#x306E;&#x7D76;&#x5BFE;&#x5024;&#xFF08;&#x30EA;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EB;&#xFF09;&#x306E;&#x63A8;&#x5B9A;&#x5024;&#x3001;&#x7121;&#x95A2;&#x4FC2;&#x306A;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x306E;&#x5909;&#x5316;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x30D0;&#x30A4;&#x30A2;&#x30B9;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x6BD4;&#x4F8B;&#x3059;&#x308B;&#x63A8;&#x5B9A;&#x4E0A;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x5229;&#x70B9;&#x3092;&#x4F5C;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x5185;&#x90E8;&#x6A19;&#x6E96;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x7C73;&#x56FD;&#x5357;&#x6771;&#x90E8;&#x306E;&#x6CBF;&#x5CB8;&#x6D77;&#x57DF;&#x3067;&#x306F;&#x6D77;&#x6C34;&#x306E;&#x30EA;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EB;&#x5F53;&#x305F;&#x308A;1&#xD7;10&#xFF08;12&#xFF09;bacterioplankton mRNA&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#xFF08;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x3042;&#x305F;&#x308A;200&#x301C;mRNA&#x5206;&#x5B50;&#xFF09;&#x304C;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x672C;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x5F97;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x5927;bacterioplankton&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#xFF08;&#x26;gt; 100&#x4E07;454 FLX&#x30D1;&#x30A4;&#x30ED;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x304B;&#x3089;&#x5EC3;&#x68C4;rRNAs&#x3068;&#x5C0F;&#x5206;&#x5B50;RNA&#x306E;&#x5F8C;&#x306B;2&#x3064;&#x306E;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x306E;&#x5404;&#x301C;50&#x4E07;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3092;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3059;&#x308B;&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x8AAD;&#x307F;&#x53D6;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#xFF09;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#xB7;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x6DF1;&#x3055;&#x306F;&#x3001;0.00001&#x30D1;&#x30FC;&#x30BB;&#x30F3;&#x30C8;&#x3067;&#x3042;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x6D77;&#x6D0B;&#x306E;&#x7A92;&#x7D20;&#x3001;&#x30EA;&#x30F3;&#x3001;&#x786B;&#x9EC4;&#x30B5;&#x30A4;&#x30AF;&#x30EB;&#x306E;&#x5909;&#x63DB;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x8A3A;&#x65AD;82&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306F;36&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#xFF08;&#x4F8B;&#x3048;&#x3070;&#x3001;&#x30DB;&#x30B9;&#x30DB;&#x30F3;&#x9178;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;phnH&#x3001;&#x7570;&#x5316;&#x785D;&#x9178;&#x9084;&#x5143;&#x9175;&#x7D20;&#x30B5;&#x30D6;&#x30E6;&#x30CB;&#x30C3;&#x30C8;&#x30CA;&#x30D1;&#x306E;&#x691C;&#x51FA;&#xFF08;&#x26;lt;1&#xD7;10&#xFF08;6&#xFF09;&#x30EA;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EB;&#x3042;&#x305F;&#x308A;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#xFF09;&#x4EE5;&#x4E0B;&#x3067;&#x3042;&#x3063;&#x305F;&#xFF09;&#x30EA;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EB;&#x26;gt; 2.7&#xD7;10&#xFF08;9&#xFF09;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x7523;&#x7269;&#xFF08;&#x30A2;&#x30F3;&#x30E2;&#x30CB;&#x30A2;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;AMT&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30A2;&#x30F3;&#x30E2;&#x30CB;&#x30A2;&#x30E2;&#x30CE;&#x30AA;&#x30AD;&#x30B7;&#x30B2;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC;&#x30B5;&#x30D6;&#x30E6;&#x30CB;&#x30C3;&#x30C8;AMOC&#xFF09;&#x3078;&#x3002;&#x6BD4;&#x8F03;&#xFF08;&#x5B9F;&#x9A13;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x6642;&#x7CFB;&#x5217;&#xFF09;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x7814;&#x7A76;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x5FC5;&#x8981;&#x3068;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x5F0F;&#x304C;&#x691C;&#x51FA;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30AB;&#x30C6;&#x30B4;&#x30EA;&#x306E;&#x534A;&#x5206;&#x306F;&#x3001;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x5F37;&#x529B;&#x306A;&#x7D71;&#x8A08;&#x7684;&#x89E3;&#x6C7A;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3082;&#x3001;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x30B3;&#x30D4;&#x30FC;&#x6570;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3002;&#x7D76;&#x5BFE;&#x7684;&#x306A;&#x5358;&#x4F4D;&#x3067;&#x3001;&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x5168;&#x4F53;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x91CF;&#x3068;&#x767A;&#x73FE;&#xFF08;&#x74B0;&#x5883;&#x306E;&#x4F53;&#x7A4D;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x8CEA;&#x91CF;&#x5F53;&#x305F;&#x308A;&#x306E;&#xFF09;&#x3092;&#x8868;&#x3059;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x3001; &#x26;quot;&#x30AA;&#x30DF;&#x30AF;&#x30B9;&#x26;quot;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306F;&#x3001;&#x6D77;&#x6D0B;&#x306E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x305F;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B9;&#x306E;&#x7406;&#x89E3;&#x3092;&#x5411;&#x4E0A;&#x3055;&#x305B;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x826F;&#x3044;&#x6D3B;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x6DF1;&#x304F;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x6D77;&#x6D0B;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;Metatranscriptome&#x306E;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5206;&#x6790;

Metatranscriptomic &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC;&#xC758; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0; &#xC2DD; (&#xC989;, &#xC0D8;&#xD50C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xAE4A;&#xC774; &#xBC94;&#xC704; &#xAE4A;&#xC774;) &#xCEA1;&#xCCD0; &#xC5B4;&#xB5BB;&#xAC8C; &#xC644;&#xBCBD; &#xD558; &#xAC8C; &#xC5B4;&#xB5A4; &#xC2DD;&#xC73C;&#xB85C; &#xC0AC;&#xD68C; &#xAC04;&#xC758; &#xCC28;&#xC774; &#xAC10;&#xC9C0;&#xD560; &#xC218; &#xAC10;&#xB3C4;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xD65C;&#xB3D9;&#xC744; &#xADDC;&#xC81C; &#xD558;&#xB294; &#xD658;&#xACBD; &#xC694;&#xC778;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD1B5;&#xCC30;&#xB825;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5;&#xC744; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; (&#xC989;, &#xAC00;&#xC124;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD1B5;&#xACC4; &#xC804;&#xC6D0;)&#xC758; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC774; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0;&#xC11C;&#xB294; &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC2DD; &#xBCC0;&#xD654; &#xC5C6;&#xB294; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC88C;&#xC6B0; &#xC218; &#xBE44;&#xB840; &#xACAC;&#xC801;&#xC5D0; &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD55C; &#xC774;&#xC810; &#xC0AC;&#xBCF8; &#xC22B;&#xC790;&#xC758; (&#xB9AC;&#xD130;) &#xB2F9; &#xC808;&#xB300; &#xACAC;&#xC801; &#xD655;&#xC778; &#xB0B4;&#xBD80; &#xD45C;&#xC900; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBBF8;&#xAD6D; &#xB0A8;&#xB3D9;&#xBD80;&#xC758; &#xC5F0;&#xC548; &#xD574; &#xC5ED; &#xBC14;&#xB2F7;&#xBB3C; (&#xC138;&#xADE0;&#xC131; &#xC138;&#xD3EC; &#xB2F9; ~ 200 mRNA &#xBD84;&#xC790;)&#xC758; &#xB9AC;&#xD130; &#xB2F9; 1 &times; 10(12) bacterioplankton mRNA &#xBD84;&#xC790;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568;. &#xC774; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC5BB;&#xC740; &#xD070; bacterioplankton &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC;&#xC5D0;&#xB3C4; (rRNAs &#xBC0F;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC791;&#xC740; RNAs &#xC0AD;&#xC81C; &#xD6C4; &#xB450; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC;&#xC758; &#xAC01; &#xAC00;&#xB2A5;&#xD55C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC778;&#xCF54;&#xB529; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; ~ 500000 &amp;gt; 1&#xB9CC; 454 FLX pyrosequencing &#xC77D;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;), &#xC0D8;&#xD50C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xAE4A;&#xC774; 0.00001%&#xB9CC;. &#xC2DD; &#xC218;&#xC900;&#xC758; 82 &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC9C4;&#xB2E8; &#xD574;&#xC591; &#xC9C8;&#xC18C;, &#xC778; &#xBC0F; &#xC720;&#xD669; &#xC0AC;&#xC774;&#xD074;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC758; &#xBCC0;&#xD658;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAC80;&#xC0C9;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC6D0;&#xAC70;&#xB9AC; (&lt; &#xB9AC;&#xD130; &#xB2F9; 1 &times; &#xC2DC;&#xBBFC;&#xAD8C;&#xC774; &#xC131;&#xC801;&#xD45C;)&#xB97C; 36 &#xC720;&#xC804;&#xC790; (&#xC608;&#xB97C; &#xB4E4;&#xC5B4;, phosphonate &#xC2E0;&#xC9C4; &#xB300;&#xC0AC; &#xC720;&#xC804;&#xC790; phnH, dissimilatory &#xC9C8; &#xC0B0; &#xD658; &#xC6D0; &#xD6A8;&#xC18C; &#xC18C; &#xB2E8;&#xC704; &#xB098;&#xD30C;)&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &amp;gt; &#xB9AC;&#xD130; (&#xC554;&#xBAA8;&#xB2C8;&#xC544; &#xC804;&#xC1A1; amt&#xC640; &#xC554;&#xBAA8;&#xB2C8;&#xC544; monooxygenase &#xC18C; &#xB2E8;&#xC704; amoC) &#xB2F9; 2.7 &times; 10(9) &#xC131;&#xC801;&#xD45C;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098; &#xC2DD; &#xAC10;&#xC9C0; &#xB41C; &#xCE74;&#xD14C;&#xACE0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC808;&#xBC18; &#xBE44;&#xAD50; (&#xC2E4;&#xD5D8; &#xB610;&#xB294; &#xC2DC;&#xACC4;&#xC5F4;) &#xC2DD; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0; &#xD544;&#xC694;&#xD55C; &#xAC83;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;, &#xAC15;&#xB825;&#xD55C; &#xD1B5;&#xACC4; &#xD655;&#xC778; &#xBD80;&#xC871; &#xBCF5;&#xC0AC;&#xBCF8; &#xC22B;&#xC790;&#xB97C; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC804;&#xCCB4; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD48D;&#xC694;&#xB85C; &#xC6C0;&#xACFC; &#xC2DD; (&#xB2F9; &#xBCFC;&#xB968; &#xB610;&#xB294; &#xD658;&#xACBD; &#xC9C8;&#xB7C9;) &#xC808;&#xB300; &#xB2E8;&#xC704;&#xC5D0;&#xC11C;&#xB97C; &#xB300;&#xD45C; &#xD558; &#xC5EC; &#39;omics&#39; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xBC14;&#xB2E4; microbially &#xC911;&#xC7AC; &#xD504;&#xB85C;&#xC138;&#xC2A4;&#xC758; &#xC774;&#xD574;&#xB97C; &#xAC1C;&#xC120; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xB354; &#xD65C;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xAE4A;&#xC774; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB41C; &#xD574;&#xC591; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; metatranscriptome&#xC758; &#xC815;&#xB7C9; &#xBD84;&#xC11D;.

El potencial de la secuenciaci&#xF3;n metatranscriptomic para proporcionar informaci&#xF3;n sobre los factores ambientales que regulan la actividad de los microorganismos depende de cu&#xE1;n plenamente las bibliotecas de la secuencia de captura de la expresi&#xF3;n de la comunidad (es decir, muestra la secuenciaci&#xF3;n de profundidad y la profundidad de la cobertura), y la sensibilidad con la que las diferencias de expresi&#xF3;n entre las comunidades puede ser detectado (es decir, el poder estad&#xED;stico para la prueba de hip&#xF3;tesis). En este estudio, utilizamos un m&#xE9;todo est&#xE1;ndar interno para hacer absoluta (por litro) estima que de los n&#xFA;meros de la transcripci&#xF3;n, una ventaja significativa sobre las estimaciones proporcionales que pueden estar sesgadas por cambios en la expresi&#xF3;n de genes no relacionados. Las aguas costeras del sudeste de los Estados Unidos contienen 1 &#xD7; 10 (12) las mol&#xE9;culas de ARNm bacterioplancton por litro de agua de mar (~ 200 mol&#xE9;culas de ARNm por la c&#xE9;lula bacteriana). Incluso en el caso de las bibliotecas grandes bacterioplancton obtenidos en este estudio (aproximadamente 500.000 posibles secuencias que codifican prote&#xED;nas en cada una de las dos bibliotecas despu&#xE9;s de descartar rRNAs y ARN peque&#xF1;os de&#x26;gt; 1 mill&#xF3;n 454 pirosecuenciaci&#xF3;n FLX lee), muestra la secuenciaci&#xF3;n de profundidad era s&#xF3;lo el 0,00001%. Los niveles de expresi&#xF3;n de 82 genes de diagn&#xF3;stico para las transformaciones en el nitr&#xF3;geno marina, f&#xF3;sforo y azufre ciclos vari&#xF3; desde abajo de detecci&#xF3;n (&#x26;lt;1 x 10 (6) transcripciones por litro) durante 36 genes (por ejemplo, fosfonato metabolismo gen phnH, dissimilatory nitrato reductasa subunidad napa ) de&#x26;gt; 2,7 x 10 (9) transcripciones por litro de amon&#xED;aco (transportador de la AMT y la AMOC amoniaco monooxigenasa subunidad). La mitad de las categor&#xED;as para las que se detect&#xF3; expresi&#xF3;n, sin embargo, ten&#xED;an el n&#xFA;mero de copias muy pocos para la resoluci&#xF3;n estad&#xED;stico robusto, como ser&#xED;a necesario para estudios de expresi&#xF3;n comparativa (experimentales o series de tiempo-). Al representar la abundancia de toda la comunidad y la expresi&#xF3;n de genes en unidades absolutas (por volumen o masa de medio ambiente), los datos de las &#xF3;micas pueden ser mejor aprovechadas para mejorar la comprensi&#xF3;n de los procesos mediados por microbios en el oc&#xE9;ano.

An&#xE1;lisis cuantitativo de un Metatranscriptome microbiana profundamente Secuenciado Marina

&#x6D77;&#x6D0B;&#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7531;&#x8F6C;&#x6362;&#x6210; (DMS) &#x6C14;&#x5019;&#x6D3B;&#x6027;&#x6C14;&#x4F53;&#x4E8C;&#x7532;&#x57FA;&#x786B;&#x6EB6;&#x89E3;&#x4E8C;&#x7532;&#x57FA;&#x786B;&#x4E19;&#x9178; (DMSPd) &#x7684;&#x5206;&#x6570;&#x5DEE;&#x522B;&#x6D77;&#x6D0B;&#x91CC;&#xFF0C;&#x786E;&#x5B9A;&#x6B64;&#x503C;&#x4ECD;&#x5F88;&#x5927;&#x7A0B;&#x5EA6;&#x4E0A;&#x672A;&#x77E5;&#x7684;&#x56E0;&#x7D20;&#x3002;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5F53;&#x524D;&#x5047;&#x8BBE;&#x662F; DMS &#x5F62;&#x6210;&#x7684;&#x6BD4;&#x7387;&#xFF1A; DMSP &#x7532;&#x57FA;&#x7531; DMSP &#x7684;&#x53EF;&#x7528;&#x6027;&#xFF0C;&#x53EF;&#x7528;&#x6027;&#x5728;&#x8FD9;&#x4E24;&#x4E2A;&#x7EDD;&#x5BF9;&#x610F;&#x4E49;&#x4E0A; &#xFF08;&#x5373;&#x5728;&#x6D77;&#x6C34;&#x4E2D;&#x7684;&#x6D53;&#x5EA6;&#xFF09; &#x5728;&#x76F8;&#x5BF9;&#x7684;&#x610F;&#x4E49;&#x4E0A; &#xFF08;&#x5373;&#x6309;&#x6BD4;&#x4F8B;&#x5411;&#x5176;&#x5B83;&#x4E0D;&#x8010;&#x70ED;&#x7684;&#x6709;&#x673A; S &#x5316;&#x5408;&#x7269;&#xFF09; &#x63D0;&#x8BAE;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x5173;&#x952E;&#x7684;&#x56E0;&#x7D20;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5728;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x8BF1;&#x5BFC;&#x6D6E;&#x6E38;&#x690D;&#x7269;&#x5F00;&#x82B1;&#xFF0C;&#x4F7F;&#x7528;&#x9488;&#x5BF9; DMSP &#x76F8;&#x5173;&#x57FA;&#x56E0;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7684; Roseobacter &#x8FDB;&#x5316;&#xFF0C;&#x5047;&#x8BBE;&#x5728;&#x53D1;&#x6325;&#x91CD;&#x8981;&#x4F5C;&#x7528;&#x7684;&#x8868;&#x9762;&#x6D77;&#x6D0B;&#x7EC4;&#x6210;&#x5458;&#x4E2D;&#x7684;&#x7279;&#x5B9A;&#x5206;&#x7C7B;&#x7684;&#x82AF;&#x7247;&#x786B;&#x5FAA;&#x73AF;&#x548C;&#x597D;&#x7531;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x671F;&#x95F4;&#x8C03;&#x67E5;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x6A21;&#x578B;&#x3002;&#x8BE5;&#x6570;&#x7EC4;&#x5305;&#x62EC; 1578&#x5E74; 431 &#x57FA;&#x56E0;&#x63A2;&#x9488;&#x548C;&#x65E8;&#x5728;&#x901A;&#x8FC7;&#x4F7F;&#x7528;&#x57FA;&#x4E8E; 13 &#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x5206;&#x5C42;&#x63A2;&#x9488;&#x8BBE;&#x8BA1;&#x76EE;&#x6807;&#x5728;&#x5929;&#x7136;&#x6D77;&#x6C34;&#x4E2D;&#x7684;&#x591A;&#x6837; Roseobacter &#x793E;&#x533A;&#x3002;Roseobacter &#x57FA;&#x56E0;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7684;&#x666E;&#x904D;&#x6A21;&#x5F0F;&#x663E;&#x793A;&#x76F8;&#x5BF9;&#x8017;&#x7AED; DMSP &#x76F8;&#x5173;&#x7B14;&#x5F55;&#x7684;&#x7EFD;&#x653E;&#xFF0C;&#x5C3D;&#x7BA1;&#x589E;&#x52A0;&#x7EDD;&#x5BF9;&#x6D53;&#x5EA6;&#x548C;&#x901A;&#x91CF;&#x7684; DMSP &#x6709;&#x5173;&#x7684;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x7684;&#x9AD8;&#x5CF0;&#x671F;&#x3002;DMSPd &#x56E0;&#x6B64;&#x4F3C;&#x4E4E;&#x88AB;&#x5438;&#x6536; Roseobacter &#x4EBA;&#x53E3;&#x6BD4;&#x4F8B;&#x7684;&#x6709;&#x673A;&#x8D28;&#x6C60; (&#39;&#x76F8;&#x5BF9;&#x610F;&#x4E49;&#x4E0A;&#x5047;&#x8BF4;&#xFF09;&#xFF0C;&#x5176;&#x76F8;&#x5BF9;&#x4E30;&#x5EA6;&#x800C;&#x4E0D;&#x88AB;&#x540C;&#x5316;&#xFF0C;&#x800C;&#x4E0D;&#x662F;&#x4EA7;&#x751F;&#x5728;&#x5F00;&#x82B1;&#x5176;&#x4ED6;&#x4E0D;&#x8010;&#x70ED;&#x6709;&#x673A;&#x786B;&#x6216;&#x78B3;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x3002;Roseobacter &#x793E;&#x4F1A;&#x4E2D;&#x53BB;&#x7532;&#x57FA;&#x786B;&#x4EE3;&#x751C;&#x83DC;&#x78B1;&#x7684;&#x76F8;&#x5BF9;&#x6295;&#x8D44;&#x4E0D;&#x662F;&#x53EF;&#x7528;&#x4E8E;&#x9884;&#x6D4B;&#x7684; DMS &#x6697;&#x793A;&#x53EF;&#x80FD;&#x6D89;&#x53CA;&#x591A;&#x4E2A;&#x5206;&#x7C7B;&#x7FA4;&#x548C; DMSPd &#x7684;&#x66FF;&#x4EE3;&#x547D;&#x8FD0;&#x7684;&#x590D;&#x6742;&#x7BA1;&#x7406;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x5F62;&#x6210;&#x7684;&#x3002;

&#x901A;&#x8FC7;&#x4F7F;&#x7528;&#x7279;&#x5B9A;&#x5206;&#x7C7B;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x57FA;&#x56E0;&#x82AF;&#x7247;&#x7684; Roseobacter &#x793E;&#x533A;&#x786B;&#x76F8;&#x5173;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#x3002;

The fraction of dissolved dimethylsulfoniopropionate (DMSPd) converted by marine bacterioplankton into the climate-active gas dimethylsulfide (DMS) varies widely in the ocean, with the factors that determine this value still largely unknown. One current hypothesis is that the ratio of DMS formation: DMSP demethylation is determined by DMSP availability, with 'availability' in both an absolute sense (i.e. concentration in seawater) and in a relative sense (i.e. proportionally to other labile organic S compounds) proposed as the critical factor. We investigated these models during an experimentally induced phytoplankton bloom using a taxon-specific microarray targeting DMSP-related gene transcription in members of the Roseobacter clade, a group hypothesized to play an important role in the surface ocean sulfur cycle and well represented by genome sequences. The array consisted of 1578 probes to 431 genes and was designed to target diverse Roseobacter communities in natural seawater by using hierarchical probe design based on 13 genome sequences. The prevailing pattern of Roseobacter gene transcription showed relative depletion of DMSP-related transcripts during the peak of the bloom, despite increasing absolute concentrations and flux of DMSP-related compounds. DMSPd thus appeared to be assimilated by Roseobacter populations in proportion to its relative abundance in the organic matter pool (the 'relative sense' hypothesis), rather than assimilated in preference to other labile organic sulfur or carbon compounds produced during the bloom. The relative investment of the Roseobacter community in DMSP demethylation was not useful for predicting the formation of DMS, however, suggesting a complex regulatory process that may involve multiple taxa and alternative fates of DMSPd.

Analysis of sulfur-related transcription by Roseobacter communities using a taxon-specific functional gene microarray.

La fraction du dim&#xE9;thylsulfoniopropionate dissous (DMSPd) converti par bact&#xE9;rioplancton marin dans le sulfure de dim&#xE9;thyle climatique li&#xE9; aux gaz actif (DMS) varie consid&#xE9;rablement dans l&#x26;#39;oc&#xE9;an, avec les facteurs qui d&#xE9;terminent cette valeur encore largement inconnu. Une hypoth&#xE8;se actuelle est que le ratio de la formation DMS: d&#xE9;m&#xE9;thylation DMSP est d&#xE9;termin&#xE9; par la disponibilit&#xE9; DMSP, avec &#xAB;disponibilit&#xE9;&#xBB; &#xE0; la fois dans un sens absolu (c.-&#xE0;-concentration dans l&#x26;#39;eau de mer) et dans un sens relatif (c.-&#xE0;-proportionnellement &#xE0; d&#x26;#39;autres compos&#xE9;s organiques labiles S) propos&#xE9; que le facteur critique. Nous avons &#xE9;tudi&#xE9; ces mod&#xE8;les au cours d&#x26;#39;une prolif&#xE9;ration du phytoplancton induite exp&#xE9;rimentalement &#xE0; l&#x26;#39;aide d&#x26;#39;un micror&#xE9;seau taxon ciblage sp&#xE9;cifique la transcription des g&#xE8;nes DMSP li&#xE9;e &#xE0; des membres de la clade Roseobacter, un groupe suppos&#xE9; jouer un r&#xF4;le important dans le cycle du soufre surface de l&#x26;#39;oc&#xE9;an et bien repr&#xE9;sent&#xE9;s par des s&#xE9;quences du g&#xE9;nome. Le tableau se composait de 1578 sondes &#xE0; 431 g&#xE8;nes et a &#xE9;t&#xE9; con&#xE7;u pour cibler diverses communaut&#xE9;s Roseobacter dans l&#x26;#39;eau de mer naturelle en utilisant conception de la sonde hi&#xE9;rarchique bas&#xE9; sur 13 s&#xE9;quences g&#xE9;nomiques. Le mod&#xE8;le dominant de la transcription du g&#xE8;ne a montr&#xE9; Roseobacter appauvrissement relatif du DMSP li&#xE9;es transcriptions pendant le pic de la floraison, en d&#xE9;pit de l&#x26;#39;augmentation des concentrations absolues et des flux de DMSP compos&#xE9;s apparent&#xE9;s. DMSPd semble donc &#xEA;tre assimil&#xE9;e par les populations Roseobacter en proportion de sa relative abondance dans le pool de mati&#xE8;re organique (hypoth&#xE8;se du &#xAB;sens relatif&#xBB;), plut&#xF4;t que dans assimil&#xE9; pr&#xE9;f&#xE9;rence &#xE0; d&#x26;#39;autres le soufre organique labile ou de carbone des compos&#xE9;s produits au cours de la floraison. L&#x26;#39;investissement relatif de la communaut&#xE9; Roseobacter la d&#xE9;m&#xE9;thylation de DMSP n&#x26;#39;&#xE9;tait pas utile pour pr&#xE9;dire la formation de DMS, toutefois, sugg&#xE9;rant un processus r&#xE9;glementaire complexe qui peut impliquer taxons multiples et destins alternatifs de DMSPd.

Analyse de soufre li&#xE9;s &#xE0; la transcription par les collectivit&#xE9;s Roseobacter l&#x26;#39;aide d&#x26;#39;un micror&#xE9;seau taxon g&#xE8;ne fonctionnel

Der Anteil der gel&ouml;sten Dimethylsulfoniumpropionats (DMSPd) in der Klima-aktiv-Gas-Dimethylsulfide (DMS) von marine Bacterioplankton umgewandelt unterschiedlich im Ozean, mit den Faktoren, die bestimmen, dieser Wert noch weitgehend unbekannt. Eine aktuelle Hypothese ist, dass das Verh&auml;ltnis der DMS-Formation: DMSP Demethylierung wird bestimmt durch DMSP-Verf&uuml;gbarkeit, mit &quot;Verf&uuml;gbarkeit&quot; beide absolut gesehen (d. h. Konzentration im Meerwasser) und im relativen Sinne (d.h. proportional Verbindungen zu anderen zersetzliche Bio S) als der entscheidende Faktor vorgeschlagen. Wir untersuchten diese Modelle w&auml;hrend einer experimentell induzierten Phytoplankton Bl&uuml;te mit ein Taxon-spezifische Microarray Zielgruppenadressierung DMSP-bezogene gen-Transkription in Mitgliedern der Roseobacter-Klade, eine Gruppe, die Hypothese um zu spielen eine wichtige Rolle in der Oberfl&auml;che Ozean Schwefel Zyklus und von Genomsequenzen gut vertreten. Das Array bestand aus 1578 Sonden auf 431 Gene und wurde entwickelt, um die verschiedene Roseobacter-Gemeinschaften im nat&uuml;rlichen Meerwasser Ziel mithilfe von hierarchischen Sonde Design basierend auf 13 Genomsequenzen. Das vorherrschende Muster der Roseobacter-gen-Transkription zeigte relative Verarmung der DMSP-bezogene Mitschriften w&auml;hrend der Spitze der Bl&uuml;te, trotz steigender absolute Konzentration und Flussmittel DMSP-bezogene Verbindungen. DMSPd also schien von Roseobacter-Populationen im Verh&auml;ltnis zu ihre relative H&auml;ufigkeit im Pool organischer Substanz (die &quot;relative Sense&quot; Hypothese) gleichgestellt werden, eher als Vorzug vor anderen zersetzliche organischen Schwefel oder Kohlenstoff-Verbindungen, produziert w&auml;hrend der Bl&uuml;te assimiliert. Die relative Investition der Roseobacter-Gemeinschaft in DMSP Demethylierung war nicht n&uuml;tzlich f&uuml;r die Vorhersage der Bildung von DMS, jedoch schl&auml;gt einen komplexen regulatorischen Prozess, der mehrere Taxa und alternative Schicksale der DMSPd hindeuten k&ouml;nnten.

Schwefel-bezogene Transkription von Roseobacter-Gemeinschaften, die mit einem Taxon-spezifische funktionelle gen Microarray Analyse.

La frazione di disciolto dimethylsulfoniopropionate (DMSPd) trasformata da Marino bacterioplankton il clima-active gas dimethylsulfide (DMS) varia ampiamente nell&#39;oceano, con i fattori che determinano questo valore ancora in gran parte sconosciuto. Una delle ipotesi corrente &egrave; che il rapporto di formazione DMS: demetilazione DMSP &egrave; determinata dalla disponibilit&agrave; DMSP, con &#39;disponibilit&agrave;&#39; in entrambi un senso assoluto (cio&egrave; la concentrazione nell&#39;acqua di mare) e in un certo senso relativo (cio&egrave; proporzionalmente per altri labile S organici composti) proposto come il fattore critico. Abbiamo studiato questi modelli durante una fioritura fitoplancton indotta sperimentalmente usando un microarray specifico del taxon targeting DMSP-related gene transcription in membri del clade Roseobacter, un gruppo che ipotizzato un ruolo importante nell&#39;oceano superficie ciclo di zolfo e ben rappresentati da sequenze di genoma. La matrice ha consistito del 1578 sonde a 431 geni ed &egrave; stata progettata per diverse comunit&agrave; Roseobacter in acqua di mare naturale di destinazione utilizzando Progettazione sonda gerarchica basata su sequenze di genoma 13. Il modello prevalente della trascrizione del gene Roseobacter ha mostrato relativo impoverimento del DMSP-relative trascrizioni durante il picco della fioritura, nonostante la crescente concentrazione assolute e flusso di composti correlati DMSP. DMSPd cos&igrave; sembrava essere assimilato dalle popolazioni Roseobacter in proporzione alla sua abbondanza relativa del pool di materia organica (l&#39;ipotesi &#39;relativo senso&#39;), piuttosto che assimilato preferenza ad altri labile zolfo o carbonio organici prodotte durante la fioritura. Il relativo investimento della Comunit&agrave; Roseobacter nella demetilazione DMSP non era utile per prevedere la formazione di DMS, tuttavia, suggerendo un processo normativo complesso che pu&ograve; coinvolgere pi&ugrave; taxa e destini alternativi di DMSPd.

Analisi della trascrizione correlati a zolfo dalle comunit&agrave; Roseobacter usando un microarray gene funzionale specifico del taxon.

&#x6C17;&#x5019;&#x6D3B;&#x6027;&#x30AC;&#x30B9;&#x306E;&#x786B;&#x5316;&#x30B8;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#xFF08;DMS&#xFF09;&#x306B;&#x6D77;&#x6D0B;bacterioplankton&#x5909;&#x63DB;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x6EB6;&#x89E3;&#x30B8;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x30B9;&#x30EB;&#x30DB;&#x30CB;&#x30AA;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D4;&#x30AA;&#x30F3;&#x9178;&#xFF08;DMSPd&#xFF09;&#x306E;&#x5272;&#x5408;&#x306F;&#x3001;&#x307E;&#x3060;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x672A;&#x77E5;&#x306E;&#x3053;&#x306E;&#x5024;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x8981;&#x56E0;&#x3067;&#x3001;&#x6D77;&#x3067;&#x5927;&#x304D;&#x304F;&#x7570;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002; One&#x73FE;&#x5728;&#x306E;&#x4EEE;&#x8AAC;&#x306F;&#x3001;DMS&#x5F62;&#x6210;&#x306E;&#x305D;&#x306E;&#x6BD4;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;DMSP&#x8131;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x306F;&#x7D76;&#x5BFE;&#x7684;&#x306A;&#x610F;&#x5473;&#xFF08;&#x6D77;&#x6C34;&#x3059;&#x306A;&#x308F;&#x3061;&#x6FC3;&#x5EA6;&#xFF09;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x3067;&#x3001;&#x76F8;&#x5BFE;&#x7684;&#x306A;&#x610F;&#x5473;&#x3067; 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DMSP&#x8131;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x3067;Roseobacter&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x306E;&#x76F8;&#x5BFE;&#x7684;&#x306A;&#x6295;&#x8CC7;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x5206;&#x985E;&#x7FA4;&#x3068;DMSPd&#x306E;&#x4EE3;&#x66FF;&#x904B;&#x547D;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x8907;&#x96D1;&#x306A;&#x898F;&#x5236;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B9;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3001;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;DMS&#x306E;&#x5F62;&#x6210;&#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x6709;&#x7528;&#x3067;&#x306F;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3067;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

&#x5206;&#x985E;&#x7FA4;&#x306B;&#x56FA;&#x6709;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x3092;&#x7528;&#x3044;Roseobacter&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x786B;&#x9EC4;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3059;&#x308B;&#x8EE2;&#x5199;&#x306E;&#x89E3;&#x6790;

&#xAE30;&#xD6C4; &#xD65C;&#xC131; &#xAC00;&#xC2A4; dimethylsulfide (&#xB514; &#xC5E0;&#xC5D0; &#xC2A4;)&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xD574;&#xC591; bacterioplankton &#xBCC0;&#xD658; &#xB179;&#xC544; dimethylsulfoniopropionate (DMSPd)&#xC758; &#xBD84;&#xC218; &#xC5EC;&#xC804;&#xD788; &#xD06C;&#xAC8C; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C0;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC740;&#xC774; &#xAC12;&#xC744; &#xACB0;&#xC815; &#xD558;&#xB294; &#xC694;&#xC18C;&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xBC14;&#xB2E4;&#xC5D0; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD558; &#xAC8C; &#xB2E4;&#xB985;&#xB2C8;&#xB2E4;. 1 &#xD604;&#xC7AC; &#xAC00;&#xC124;&#xC740; DMS &#xD615;&#xC131;&#xC758; &#xBE44;&#xC728;: DMSP demethylation &#xB450; &#xC808;&#xB300; &#xC758;&#xBBF8; (&#xC989;, &#xD574; &#xC218;&#xC758; &#xB18D;&#xB3C4;)&#xC5D0;&#xC11C; &#39;&#xAC00;&#xC6A9;&#xC131;&#39; DMSP &#xAC00;&#xC6A9;&#xC131;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xACB0;&#xC815; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xBC0F; &#xC0C1;&#xB300;&#xC801; &#xC758;&#xBBF8;&#xC5D0;&#xC11C; (&#xC989;, &#xBE44;&#xB840;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC815;&#xD55C; &#xC720;&#xAE30; S &#xB2E4;&#xB978; &#xD654;&#xD569;&#xBB3C;) &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC694;&#xC778;&#xC73C;&#xB85C; &#xC81C;&#xC548;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC720;&#xB3C4; &#xB41C; &#xC2DD;&#xBB3C;&#xC131; &#xD50C;&#xB791;&#xD06C;&#xD1A4; &#xAF43; taxon &#xD2B9;&#xC815; microarray DMSP &#xAD00;&#xB828; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC804;&#xC0AC; Roseobacter clade hypothesized &#xD45C;&#xBA74; &#xBC14;&#xB2E4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xD558;&#xB294; &#xADF8;&#xB8F9;&#xC758; &#xD68C;&#xC6D0;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC744; &#xB300;&#xC0C1;&#xC73C;&#xB85C; &#xC720;&#xD669; &#xC8FC;&#xAE30; &#xBC0F; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC798; &#xD45C;&#xD604; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xBAA8;&#xB378;&#xC744; &#xC870;&#xC0AC; &#xD588;&#xB2E4;. &#xBC30;&#xC5F4;&#xACFC; 431 &#xC720;&#xC804;&#xC790; 1578 &#xD504;&#xB85C;&#xBE0C; &#xAD6C;&#xC131; &#xB418;&#xC5B4; 13 &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xAE30;&#xBC18; &#xACC4;&#xCE35;&#xC801; &#xD504;&#xB85C;&#xBE0C; &#xB514;&#xC790;&#xC778;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC790;&#xC5F0; &#xD574; &#xC218;&#xC5D0; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; Roseobacter &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xB97C; &#xB300;&#xC0C1;&#xC73C;&#xB85C; &#xC124;&#xACC4; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;. Roseobacter &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC804;&#xC0AC;&#xC758; &#xC9C0;&#xBC30;&#xC801; &#xD328;&#xD134; &#xC808;&#xB300; &#xB18D;&#xB3C4; &#xBC0F; DMSP &#xAD00;&#xB828; &#xD654;&#xD569;&#xBB3C;&#xC758; &#xC720;&#xB7C9; &#xC99D;&#xAC00;&#xB3C4; &#xBD88;&#xAD6C; &#xD558; &#xACE0; &#xAF43;&#xC758; &#xC808;&#xC815; &#xB3D9;&#xC548; DMSP &#xAD00;&#xB828; &#xB179;&#xCDE8; &#xB85D;&#xC758; &#xC0C1;&#xB300; &#xACE0;&#xAC08;&#xC744; &#xBCF4;&#xC600;&#xB2E4;. DMSPd &#xB530;&#xB77C;&#xC11C; &#xC720;&#xAE30; &#xBB3C; &#xD480; (&#39;&#xC0C1;&#xB300;&#xC801;&#xC778; &#xC758;&#xBBF8;&#39; &#xAC00;&#xC124;)&#xC758; &#xC0C1;&#xB300;&#xC801; &#xD48D;&#xC694;&#xC5D0; &#xBE44;&#xB840;&#xD558;&#xC5EC; Roseobacter &#xC778;&#xAD6C;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xB3D9;&#xD654; &#xB420; &#xAC83;&#xC73C;&#xB85C; &#xBCF4;&#xC778;&#xB2E4; &#xBCF4;&#xB2E4;&#xB294; &#xB2E4;&#xB978; &#xC815;&#xD55C; &#xC720;&#xAE30; &#xD669; &#xB610;&#xB294; &#xD0C4;&#xC18C; &#xD654;&#xD569;&#xBB3C; &#xD53C; &#xB3D9;&#xC548; &#xC0DD;&#xC0B0; &#xB418;&#xB294; &#xB300;&#xC2E0; &#xB3D9;&#xD654;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098; DMSP demethylation&#xC758; Roseobacter &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xC758; &#xC0C1;&#xB300;&#xC801; &#xD22C;&#xC790;&#xB294; DMS, &#xC81C;&#xC548; &#xD558;&#xB294; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xAC1C;&#xC758; taxa &#xBC0F; Dmspd&#xC758; &#xB300;&#xCCB4; &#xC6B4;&#xBA85;&#xC744; &#xD3EC;&#xD568;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xADDC;&#xC81C; &#xD504;&#xB85C;&#xC138;&#xC2A4;&#xC758; &#xD615;&#xC131;&#xC744; &#xC608;&#xCE21; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xC720;&#xC6A9; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Taxon &#xAD00;&#xB828; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC131; &#xC720;&#xC804;&#xC790; microarray&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; Roseobacter &#xC9C0;&#xC5ED; &#xC0AC;&#xD68C;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xD544; &#xC0AC; &#xD669; &#xAD00;&#xB828; &#xBD84;&#xC11D;.

La fracci&#xF3;n de dimethylsulfoniopropionate disuelto (DMSPd) convertido por bacterioplancton marino de gas sulfuro de dimetilo en el clima activo (DMS) es muy variable en el oc&#xE9;ano, con los factores que determinan este valor a&#xFA;n no se conocen. Una hip&#xF3;tesis actual es que la relaci&#xF3;n de la formaci&#xF3;n de DMS: desmetilaci&#xF3;n DMSP se determina por la disponibilidad de DMSP, con &#x26;quot;disponibilidad&#x26;quot; tanto en un sentido absoluto (es decir, la concentraci&#xF3;n en agua de mar) y en un sentido relativo (es decir, proporcionalmente a los compuestos org&#xE1;nicos otro l&#xE1;bil S) propuso como el factor cr&#xED;tico. Hemos investigado estos modelos durante un florecimiento de fitoplancton inducida experimentalmente mediante un microarray de cada tax&#xF3;n objetivo DMSP relacionada con la transcripci&#xF3;n de genes en los miembros del clado Roseobacter, un grupo cree que juega un papel importante en el ciclo de la superficie de azufre al mar y muy bien representada por las secuencias del genoma. El arreglo consisti&#xF3; en 1578 a 431 sondas de los genes y fue dise&#xF1;ado para atacar las diversas comunidades Roseobacter en agua de mar natural mediante el uso de dise&#xF1;o de la sonda jer&#xE1;rquico basado en 13 secuencias del genoma. El patr&#xF3;n predominante de la transcripci&#xF3;n de genes Roseobacter mostr&#xF3; el agotamiento relativo de DMSP relacionados con las transcripciones durante el pico de la floraci&#xF3;n, a pesar de aumento de las concentraciones absolutas y de flujo de DMSP compuestos relacionados. DMSPd lo que parec&#xED;a ser asimilados por las poblaciones Roseobacter en proporci&#xF3;n a su abundancia relativa en la piscina de la materia org&#xE1;nica (la hip&#xF3;tesis del &#x26;quot;sentido relativo&#x26;quot;), en lugar de asimilarse con preferencia a otros de azufre l&#xE1;biles org&#xE1;nica o compuestos de carbono producidas durante la floraci&#xF3;n. La inversi&#xF3;n relativa de la comunidad en la desmetilaci&#xF3;n Roseobacter DMSP no era &#xFA;til para predecir la formaci&#xF3;n de DMS, sin embargo, lo que sugiere un proceso complejo normativo que puede implicar taxones m&#xFA;ltiples y destinos alternativos de DMSPd.

El an&#xE1;lisis de azufre relacionadas con la transcripci&#xF3;n por Comunidades Roseobacter mediante un microarray de cada tax&#xF3;n gen funcional

&#x5B9A;&#x91CF; PCR &#xFF08;qPCR&#xFF09; &#x5206;&#x6790;&#x63ED;&#x793A;&#x4E86;&#x6D77;&#x6D0B;&#x7EC4; 1 &#x7684;&#x63D0;&#x5347;&#x76F8;&#x5BF9;&#x4E30;&#x5EA6; (&#x539F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x7684; 1.8%&#xFF09; &#x4E1C;&#x5357;&#x7F8E;&#x56FD;&#x6CBF;&#x6D77;&#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC;&#xFF0C;2008 &#x5E74; 8 &#x6708;&#xFF0C;&#x6536;&#x96C6;&#x5230;&#x7684;&#x4E24;&#x4E2A;&#x793A;&#x4F8B;&#x4E2D;&#x7684; Crenarchaeota (MG1C) &#x76F8;&#x6BD4;&#x5728;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x65F6;&#x95F4; &#xFF08;&#x6307; 0.026%&#xFF09; &#x4ECE;&#x540C;&#x4E00;&#x7AD9;&#x70B9;&#x6536;&#x96C6;&#x7684;&#x6837;&#x672C;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5206;&#x6790;&#x4E86;&#x4ECE;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x6837;&#x54C1;&#x6765;&#x6D1E;&#x5BDF; MG1C &#x4EBA;&#x53E3;&#x65E5;&#x76CA;&#x589E;&#x957F;&#x7684;&#x73AF;&#x5883;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x548C;&#x6BD4;&#x8F83;&#x540C;&#x4E00;&#x6837;&#x54C1;&#x4E2D;&#x6C28;&#x6C27;&#x5316;&#x7EC6;&#x83CC; &#xFF08;&#x7EC6;&#x83CC;&#xFF09; &#x7684;&#x4EE3;&#x8C22; metatranscriptomes &#x4E2D;&#x7684; MG1C &#x5E8F;&#x5217;&#x3002;&#x7A0B;&#x5E8F;&#x96C6;&#x663E;&#x793A;&#x4F4E;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x5185;&#x5206;&#x914D;&#x7ED9;&#x6700;&#x4E2A;&#x522B; MG1C &#x5F00;&#x653E;&#x9605;&#x8BFB;&#x6846;&#x67B6; &#xFF08;ORFs&#xFF09; &#x548C;&#x9AD8;&#x540C;&#x6E90; &#39;&#x79CD;&#x7C7B; Nitrosopumilus &#x5F71;&#x54CD;&#39; &#x5E94;&#x53D8; SCM1 &#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x3002;&#x5206;&#x914D;&#x5230;&#x8BFB;&#x53D6; ORFs &#x6C28;&#x5438;&#x6536;&#x548C;&#x6C27;&#x5316;&#x5360;&#x6240;&#x6709; MG1C &#x6210;&#x7EE9;&#x5355;&#x7684; 37%&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x672A;&#x6062;&#x590D;&#x7684;&#x4EFB;&#x4F55;&#x8BFB;&#x64CD;&#x4F5C;&#x4E3A; Nmar_1354-Nmar_1357&#xFF0C;&#x63D0;&#x8BAE;&#x8FDB;&#x884C;&#x7F16;&#x7801;&#x7EC4;&#x4EF6;&#x7684;&#x66FF;&#x4EE3;&#x6027;&#x3001; &#x57FA;&#x4E8E;&#x591A;&#x7CD6;&#x7C7B;&#x7269;&#x8D28;&#x7684;&#x6C28;&#x6C27;&#x5316;&#x9014;&#x5F84; &#xFF1B;&#x4F46;&#x662F;&#xFF0C;&#x8BFB;&#x53D6; Nmar_1259 &#x548C; Nmar_1667&#xFF0C;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x7F16;&#x7801; multicopper &#x6C27;&#x5316;&#x9176;&#x4E0E;&#x540C;&#x6E90;&#x5230; nirK&#xFF0C;&#x6CE8;&#x660E;&#x662F;&#x4E30;&#x5BCC;&#x7684;&#x3002;&#x8BFB;&#x53D6;&#x5206;&#x914D;&#x5230;&#x4E24;&#x4E2A;&#x540C;&#x6E90; ORFs &#xFF08;Nmar_1201 &#x548C; Nmar_1547&#xFF09;&#xFF0C;&#x6CE8;&#x660E;&#x5047;&#x8BBE;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x4E5F;&#x4E30;&#x5BCC;&#xFF0C;&#x6697;&#x793A;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x672A;&#x77E5;&#x7684;&#x804C;&#x80FD;&#x5BF9; MG1C &#x5F88;&#x91CD;&#x8981;&#x3002;&#x8D85;&#x6C27;&#x5316;&#x7269;&#x6B67;&#x5316;&#x9176;&#x548C;&#x8FC7;&#x6C27;&#x8FD8;&#x86CB;&#x767D;&#x6837;&#x6210;&#x7EE9;&#x5355;&#x5728;&#x6BD4;&#x5B8C;&#x6574;&#x7684; metatranscriptome&#xFF0C;&#x6697;&#x793A;&#x589E;&#x5F3A;&#x7684; MG1C &#x4EBA;&#x53E3;&#x7684;&#x6C27;&#x5316;&#x5E94;&#x6FC0;&#x53CD;&#x5E94;&#x4E2D;&#x7684; MG1C &#x8A8A;&#x672C;&#x6C60;&#x66F4;&#x4E30;&#x5BCC;&#x3002;qPCR &#x8868;&#x793A;&#x4F4E;&#x7EC6;&#x83CC;&#x4E30;&#x5EA6; (0.0010%&#x7684;&#x539F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#xFF09;&#xFF0C;&#x5E76;&#x4E14;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0;&#x6709;&#x5173;&#x6C28;&#x6C27;&#x5316;&#x548C;&#x53EA;&#x6709;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5149;&#x5408;&#x4F5C;&#x7528;&#x8C08;&#x8BDD;&#x4E4B;&#x95F4;&#x5206;&#x914D;&#x7ED9;&#x7EC6;&#x83CC;&#xFF0C;&#x7B14;&#x5F55;&#x6CA1;&#x6709;&#x6210;&#x7EE9;&#x5355;&#x8868;&#x660E;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x4E0D;&#x54CD;&#x5E94; MG1C &#x4EBA;&#x53E3;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x540C;&#x4E00;&#x73AF;&#x5883;&#x7684;&#x4FE1;&#x53F7;&#x3002;

Metatranscriptomic &#x5206;&#x6790;&#x6CB3;&#x53E3;&#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7EC4;&#x5408;&#x6C28;&#x6C27;&#x5316;&#x751F;&#x7269;&#x3002;

Quantitative PCR (qPCR) analysis revealed elevated relative abundance (1.8% of prokaryotes) of marine group 1 Crenarchaeota (MG1C) in two samples of southeastern US coastal bacterioplankton, collected in August 2008, compared with samples collected from the same site at different times (mean 0.026%). We analyzed the MG1C sequences in metatranscriptomes from these samples to gain an insight into the metabolism of MG1C population growing in the environment, and for comparison with ammonia-oxidizing bacteria (AOB) in the same samples. Assemblies revealed low diversity within sequences assigned to most individual MG1C open reading frames (ORFs) and high homology with 'Candidatus Nitrosopumilus maritimus' strain SCM1 genome sequences. Reads assigned to ORFs for ammonia uptake and oxidation accounted for 37% of all MG1C transcripts. We did not recover any reads for Nmar_1354-Nmar_1357, proposed to encode components of an alternative, nitroxyl-based ammonia oxidation pathway; however, reads from Nmar_1259 and Nmar_1667, annotated as encoding a multicopper oxidase with homology to nirK, were abundant. Reads assigned to two homologous ORFs (Nmar_1201 and Nmar_1547), annotated as hypothetical proteins were also abundant, suggesting that their unknown function is important to MG1C. Superoxide dismutase and peroxiredoxin-like transcripts were more abundant in the MG1C transcript pool than in the complete metatranscriptome, suggesting an enhanced response to oxidative stress by the MG1C population. qPCR indicated low AOB abundance (0.0010% of prokaryotes), and we found no transcripts related to ammonia oxidation and only one RuBisCO transcript among the transcripts assigned to AOB, suggesting they were not responding to the same environmental cues as the MG1C population.

Metatranscriptomic analysis of ammonia-oxidizing organisms in an estuarine bacterioplankton assemblage.

La PCR quantitative (qPCR) analyse a r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; l&#x26;#39;abondance relative &#xE9;lev&#xE9;e (1,8% des procaryotes) de la marine du groupe Crenarchaeota 1 (MG1C) dans deux &#xE9;chantillons du sud-est des &#xC9;tats-Unis c&#xF4;ti&#xE8;re bact&#xE9;rioplancton, recueillies en Ao&#xFB;t 2008, comparativement &#xE0; des &#xE9;chantillons pr&#xE9;lev&#xE9;s sur le m&#xEA;me site &#xE0; des moments diff&#xE9;rents ( dire 0,026%). Nous avons analys&#xE9; les s&#xE9;quences MG1C dans metatranscriptomes partir de ces &#xE9;chantillons pour avoir un aper&#xE7;u dans le m&#xE9;tabolisme de la population MG1C croissant pour l&#x26;#39;environnement, et pour la comparaison avec l&#x26;#39;ammoniac bact&#xE9;ries oxydant (AOB) dans les m&#xEA;mes &#xE9;chantillons. Assembl&#xE9;es r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; une faible diversit&#xE9; dans les s&#xE9;quences les plus affect&#xE9;s &#xE0; chaque MG1C cadres de lecture ouverts (ORF) et une forte homologie avec des s&#xE9;quences de contrainte &#x26;#39;Candidatus Nitrosopumilus maritimus &#xBB;du g&#xE9;nome SCM1. Lit attribu&#xE9; &#xE0; ORF pour l&#x26;#39;absorption d&#x26;#39;ammoniaque et de l&#x26;#39;oxydation repr&#xE9;sentaient 37% de tous les transcrits MG1C. Nous n&#x26;#39;avons pas de r&#xE9;cup&#xE9;rer toute lit pour Nmar_1354-Nmar_1357, propos&#xE9; pour coder des composants d&#x26;#39;une alternative, bas&#xE9;e sur nitroxyle voie oxydation de l&#x26;#39;ammoniac, mais lit &#xE0; partir de Nmar_1259 et Nmar_1667, annot&#xE9;s comme codant une oxydase multicopper homologie avec nirK, &#xE9;taient abondants. Lit attribu&#xE9; &#xE0; deux homologues ORF (Nmar_1201 et Nmar_1547), annot&#xE9;es comme prot&#xE9;ines hypoth&#xE9;tiques &#xE9;taient aussi abondantes, ce qui sugg&#xE8;re que leur fonction inconnue est important de MG1C. Superoxydes dismutases transcriptions et peroxiredoxine-like &#xE9;taient plus abondants dans la piscine transcription MG1C que dans le metatranscriptome compl&#xE8;te, ce qui sugg&#xE8;re une r&#xE9;ponse accrue au stress oxydatif par la population MG1C. qPCR indiqu&#xE9; abondance AOB faible (0,0010% des procaryotes), et nous avons trouv&#xE9; aucune transcription li&#xE9;s &#xE0; l&#x26;#39;oxydation d&#x26;#39;ammoniac et une seule transcription RuBisCO parmi les transcriptions affect&#xE9;s &#xE0; AOB, ce qui sugg&#xE8;re qu&#x26;#39;ils ne r&#xE9;pondaient pas aux m&#xEA;mes signaux environnementaux que la population MG1C.

Analyse m&#xE9;tatranscriptomiques des oxydants d&#x26;#39;ammoniac organismes dans un assemblage bact&#xE9;rioplancton estuariens

Quantitative PCR (qPCR) Analyse ergab erh&ouml;hte relative H&auml;ufigkeit (1,8 % der Prokaryoten) marine Gruppe 1 Crenarchaeota (MG1C) in zwei Proben des s&uuml;d&ouml;stlichen US K&uuml;sten-Bacterioplankton, zusammengestellt im August 2008 im Vergleich zu Proben aus dem gleichen Ort zu verschiedenen Zeiten (meine 0,026 %). Wir analysierten die MG1C-Sequenzen in Metatranscriptomes aus diesen Beispielen einen Einblick in den Stoffwechsel der MG1C Bev&ouml;lkerung w&auml;chst in der Umwelt und f&uuml;r den Vergleich mit Ammoniak-oxidierenden Bakterien (AOB) in den gleichen Proben zu gewinnen. Assemblys ergab geringe Vielfalt in Sequenzen, die offene Lesung Frames (ORFs) und hohe Homologie mit &#39;Candidatus Nitrosopumilus Maritimus&#39; DMS SCM1 Genomsequenzen individuellste MG1C zugewiesen. Liest zugewiesenen ORFs f&uuml;r Ammoniak-Aufnahme und Oxidation entfielen 37 % aller MG1C Abschriften. Wir keine Lesevorg&auml;nge f&uuml;r Nmar_1354-Nmar_1357, vorgeschlagen, die Komponenten von einem alternativen, Nitroxyl-basierte Ammoniak-Oxydation-Weg codieren erholen; Allerdings waren liest aus Nmar_1259 und Nmar_1667, als ein multicopper Oxydase mit Homologie zu NirK, Codierung versehen reichlich vorhanden. Liest zugewiesenen zwei homologe ORFs (Nmar_1201 und Nmar_1547), mit Anmerkungen als hypothetische Proteine waren auch reichlich vorhanden, was darauf hindeutet, dass ihre unbekannte Funktion MG1C wichtig ist. Superoxid-Dismutase und Peroxiredoxin-wie Abschriften wurden h&auml;ufiger im MG1C Abschrift Pool als in die komplette Metatranscriptome, was auf eine verbesserte Reaktion auf oxidativen Stress von der MG1C Bev&ouml;lkerung. qPCR angegeben niedrigen AOB F&uuml;lle (0.0010 % der Prokaryoten) und wir fanden keine Abschriften mit Bezug zu Ammoniak-Oxidation und nur eine Abschrift der RuBisCO unter die Transkripte zugewiesen AOB, was darauf hindeutet, dass sie nicht um die gleichen &ouml;kologischen Cues als der MG1C Bev&ouml;lkerung reagiert haben.

Metatranscriptomic Analyse der Ammoniak-oxidierenden Organismen in ein M&uuml;ndungs Bacterioplankton Gef&uuml;ge.

Analisi quantitativa di PCR (qPCR) ha rivelato abbondanza relativa elevata (1,8% dei procarioti) del gruppo marino 1 Crenarchaeota (MG1C) in due campioni di sud-est degli Stati Uniti costiere bacterioplankton, raccolti nell&#39;agosto del 2008, rispetto ai campioni raccolti dal sito stesso in tempi diversi (significa 0.026%). Abbiamo analizzato le sequenze MG1C in metatranscriptomes da questi campioni per ottenere un&#39;analisi approfondita del metabolismo di MG1C popolazione crescente nell&#39;ambiente e per confronto con ammoniaca-ossidanti batteri (AOB) negli stessi campioni. Assemblee rivelarono bassa diversit&agrave; all&#39;interno di sequenze assegnate a pi&ugrave; singoli MG1C aperto lettura cornici (ORFs) ed elevata omologia con &#39;Candidatus Nitrosopumilus maritimus&#39; strain SCM1 sequenze di genoma. Legge assegnato a ORFs per assorbimento di ammoniaca e ossidazione rappresentato il 37% di tutte le trascrizioni di MG1C. Noi non recupera qualsiasi legge per Nmar_1354-Nmar_1357, proposto per la codifica dei componenti di un percorso di alternativa, basata su HNO ammoniaca ossidazione; Tuttavia, letture da Nmar_1259 e Nmar_1667, annotato come codifica una multicopper ossidasi con omologia di nirK, erano abbondanti. Legge assegnato a due omologo ORFs (Nmar_1201 e Nmar_1547), annotato come ipotetiche proteine erano anche abbondanti, suggerendo che la loro funzione sconosciuta &egrave; importante per MG1C. Superossido dismutasi e perossiredossina-come le trascrizioni sono state pi&ugrave; abbondanti in piscina MG1C trascrizione pi&ugrave; nella metatranscriptome completa, suggerendo una migliorata risposta a stress ossidativo da parte della popolazione MG1C. qPCR indicato bassa abbondanza AOB (0.0010% dei procarioti), e abbiamo non trovato trascrizioni correlate all&#39;ossidazione di ammoniaca e solo una trascrizione di RuBisCO fra le trascrizioni assegnate a AOB, suggerendo che essi erano non risponde per gli stessi stimoli ambientali come la popolazione di MG1C.

Metatranscriptomic analisi degli organismi-ossidanti e ammoniaca in un assemblaggio di bacterioplankton estuario.

&#x5B9A;&#x91CF;PCR&#xFF08;qPCR&#xFF09;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x6642;&#x9593;&#x306B;&#x540C;&#x3058;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x304B;&#x3089;&#x63A1;&#x53D6;&#x3057;&#x305F;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x3068;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3057;&#x3066;&#x3001;2008&#x5E74;8&#x6708;&#x306B;&#x63A1;&#x53D6;&#x3057;&#x3001;&#x7C73;&#x56FD;&#x5357;&#x6771;&#x90E8;&#x6CBF;&#x5CB8;&#x306E;bacterioplankton&#x306E;2&#x3064;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x306E;&#x6D77;&#x6D0B;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;1 Crenarchaeota&#xFF08;MG1C&#xFF09;&#x306E;&#x4E0A;&#x6607;&#x76F8;&#x5BFE;&#x91CF;&#xFF08;&#x539F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x306E;1.8&#xFF05;&#xFF09;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#xFF08; &#xFF09;0.026&#xFF05;&#x3092;&#x610F;&#x5473;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x306F;&#x3001;&#x74B0;&#x5883;&#x3067;&#x6210;&#x9577;MG1C&#x4EBA;&#x53E3;&#x306E;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x3078;&#x306E;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x3092;&#x5F97;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x304B;&#x3089;metatranscriptomes&#x3067;MG1C&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x89E3;&#x6790;&#x3057;&#x3001;&#x540C;&#x3058;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x4E2D;&#x306E;&#x30A2;&#x30F3;&#x30E2;&#x30CB;&#x30A2;&#x9178;&#x5316;&#x7D30;&#x83CC;&#xFF08;AOB&#xFF09;&#x3068;&#x306E;&#x6BD4;&#x8F03;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3002;&#x30A2;&#x30BB;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EA;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x306E;&#x500B;&#x3005;&#x306E;MG1C&#x30AA;&#x30FC;&#x30D7;&#x30F3;&#x30EA;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;&#x30D5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30E0;&#xFF08;ORF&#xFF09;&#x3068; &#x26;#39;Candidatus Nitrosopumilus maritimus &#x26;quot;&#x3072;&#x305A;&#x307F;SCM1&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x3068;&#x9AD8;&#x3044;&#x76F8;&#x540C;&#x6027;&#x306B;&#x5272;&#x308A;&#x5F53;&#x3066;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x914D;&#x5217;&#x5185;&#x306E;&#x4F4E;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;MG1C&#x8EE2;&#x5199;&#x7523;&#x7269;&#x306E;37&#xFF05;&#x3092;&#x5360;&#x3081;&#x30A2;&#x30F3;&#x30E2;&#x30CB;&#x30A2;&#x306E;&#x53D6;&#x308A;&#x8FBC;&#x307F;&#x3068;&#x9178;&#x5316;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;ORF&#x306B;&#x5272;&#x308A;&#x5F53;&#x3066;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x8AAD;&#x307F;&#x8FBC;&#x307F;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x3044;&#x305A;&#x308C;&#x304B;&#x306E;&#x4EE3;&#x66FF;&#x624B;&#x6BB5;&#x3001;&#x30CB;&#x30C8;&#x30ED;&#x30AD;&#x30B7;&#x30EB;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x200B;&#x200B;&#x30A2;&#x30F3;&#x30E2;&#x30CB;&#x30A2;&#x9178;&#x5316;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30DD;&#x30FC;&#x30CD;&#x30F3;&#x30C8;&#x3092;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x63D0;&#x6848;&#x3057;&#x3001;Nmar_1354-Nmar_1357&#x306E;&#x8AAD;&#x307F;&#x53D6;&#x308A;&#x56DE;&#x5FA9;&#x3057;&#x306A;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x304C;&#x3001;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x3067;&#x3042;&#x3063;&#x305F;&#x3001;nirK&#x306B;&#x76F8;&#x540C;&#x6027;&#x3092;&#x6301;&#x3064;&#x30DE;&#x30EB;&#x30C1;&#x9285;&#x30AA;&#x30AD;&#x30B7;&#x30C0;&#x30FC;&#x30BC;&#x3092;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x5316;&#x3059;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x6CE8;&#x91C8;&#x3092;&#x4ED8;&#x3051;&#x3001;Nmar_1259&#x3068;Nmar_1667&#x304B;&#x3089;&#x8AAD;&#x307F;&#x8FBC;&#x307F;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x67B6;&#x7A7A;&#x306E;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x672A;&#x77E5;&#x306E;&#x95A2;&#x6570;&#x304C;MG1C&#x306B;&#x3068;&#x3063;&#x3066;&#x91CD;&#x8981;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3001;&#x307E;&#x305F;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x3067;&#x3042;&#x3063;&#x305F;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x6CE8;&#x91C8;&#x4ED8;&#x304D;&#x306E;2&#x3064;&#x306E;&#x76F8;&#x540C;&#x306E;ORF&#xFF08;Nmar_1201&#x3068;Nmar_1547&#xFF09;&#x306B;&#x5272;&#x308A;&#x5F53;&#x3066;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x8AAD;&#x307F;&#x8FBC;&#x307F;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30B9;&#x30FC;&#x30D1;&#x30FC;&#x30AA;&#x30AD;&#x30B7;&#x30C9;&#x30B8;&#x30B9;&#x30E0;&#x30BF;&#x30FC;&#x30BC;&#x3068;&#x30DA;&#x30EB;&#x30AA;&#x30AD;&#x30B7;&#x30EC;&#x30C9;&#x30AD;&#x30B7;&#x30F3;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x8EE2;&#x5199;&#x7269;&#x306F;MG1C&#x4EBA;&#x53E3;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x9178;&#x5316;&#x30B9;&#x30C8;&#x30EC;&#x30B9;&#x306B;&#x5BFE;&#x3059;&#x308B;&#x5F37;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x5FDC;&#x7B54;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3001;&#x5B8C;&#x5168;&#x306A;metatranscriptome&#x3088;&#x308A;MG1C&#x8EE2;&#x5199;&#x30D7;&#x30FC;&#x30EB;&#x3067;&#x3088;&#x308A;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x3060;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x5B9A;&#x91CF;PCR&#x306F;&#x3001;&#x4F4E;AOB&#x306E;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x3055;&#xFF08;&#x539F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x306E;0.0010&#x30D1;&#x30FC;&#x30BB;&#x30F3;&#x30C8;&#xFF09;&#x304C;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x5F7C;&#x3089;&#x304C;MG1C&#x4EBA;&#x53E3;&#x3068;&#x540C;&#x3058;&#x74B0;&#x5883;&#x306E;&#x5408;&#x56F3;&#x306B;&#x5FDC;&#x7B54;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3067;&#x3057;&#x305F;&#x793A;&#x5506;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x30A2;&#x30F3;&#x30E2;&#x30CB;&#x30A2;&#x9178;&#x5316;&#x3068;AOB&#x306B;&#x5272;&#x308A;&#x5F53;&#x3066;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x8EE2;&#x5199;&#x7523;&#x7269;&#x306E;&#x4E2D;&#x3067;&#x552F;&#x4E00;&#x306E;Rubisco&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3059;&#x308B;&#x4E00;&#x5207;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x7523;&#x7269;&#x3092;&#x691C;&#x51FA;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3067;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

&#x6CB3;&#x53E3;Bacterioplankton&#x7FA4;&#x96C6;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x30A2;&#x30F3;&#x30E2;&#x30CB;&#x30A2;&#x9178;&#x5316;&#x83CC;&#x306E;Metatranscriptomic&#x5206;&#x6790;

&#xC815;&#xB7C9;&#xC801; PCR (qPCR) &#xBD84;&#xC11D; &#xACF5;&#xAC1C; &#xD574;&#xC591; &#xADF8;&#xB8F9; 1&#xC758; &#xC0C1;&#xC2B9; &#xB41C; &#xC0C1;&#xB300;&#xC801; &#xD48D;&#xC694; (prokaryotes&#xC758; 1.8%) (MG1C) 2008 &#xB144; 8 &#xC6D4;&#xC5D0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC218;&#xC9D1; &#xB0A8;&#xB3D9;&#xBD80; &#xBBF8;&#xAD6D; &#xD574;&#xC548; bacterioplankton&#xC758; &#xB450; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC5D0;&#xC11C; Crenarchaeota&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; (0.026% &#xC758;&#xBBF8;) &#xC11C;&#xB85C; &#xB2E4;&#xB978; &#xC2DC;&#xAC04;&#xC5D0; &#xAC19;&#xC740; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC218;&#xC9D1; &#xB41C; &#xC0D8;&#xD50C;. &#xC6B0;&#xB9AC; MG1C &#xC778;&#xAD6C; &#xC131;&#xC7A5; &#xD658;&#xACBD;, &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xB3D9;&#xC77C;&#xD55C; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC554;&#xBAA8;&#xB2C8;&#xC544; &#xC0B0;&#xD654; &#xC138;&#xADE0; (AOB)&#xC640; &#xBE44;&#xAD50;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xB300;&#xC0AC;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD1B5;&#xCC30;&#xB825;&#xC744; &#xC5BB;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC5D0;&#xC11C; metatranscriptomes MG1C &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; &#xBD84;&#xC11D; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC5B4;&#xC148;&#xBE14;&#xB9AC;&#xC758; &#xAC00;&#xC7A5; &#xAC1C;&#xBCC4; MG1C &#xC5F4;&#xB824;&#xC788;&#xB294; &#xB3C5;&#xC11C; &#xD504;&#xB808;&#xC784; (ORFs)&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#39;Candidatus Nitrosopumilus maritimus&#39; &#xC2A4;&#xD2B8;&#xB808;&#xC778; &#xB192;&#xC740; homology SCM1 &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xD560;&#xB2F9; &#xB41C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB0AE;&#xC740; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131;&#xC744; &#xACF5;&#xAC1C; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC554;&#xBAA8;&#xB2C8;&#xC544; &#xD1B5;&#xD48D; &#xAD00; &#xBC0F; &#xBAA8;&#xB4E0; MG1C &#xC131;&#xC801;&#xD45C;&#xC758; 37%&#xB97C; &#xCC28;&#xC9C0; &#xD558; &#xACE0; &#xC0B0;&#xD654; Orfs&#xC5D0; &#xD560;&#xB2F9;&#xC744; &#xC77D;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; Nmar_1354-Nmar_1357, &#xB300;&#xCCB4;, nitroxyl &#xAE30;&#xBC18; &#xC554;&#xBAA8;&#xB2C8;&#xC544; &#xC0B0;&#xD654; &#xD1B5;&#xB85C;;&#xC758; &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C;&#xB97C; &#xC778;&#xCF54;&#xB529;&#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xC81C;&#xC548;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xC77D;&#xAE30;&#xB97C; &#xD68C;&#xC218; &#xD558;&#xC9C0; &#xBABB;&#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, Nmar_1259 &#xBC0F; Nmar_1667, nirK, &#xC0C1; &#xB3D9;&#xC73C;&#xB85C; multicopper &#xC0B0;&#xD654; &#xD6A8;&#xC18C; &#xC778;&#xCF54;&#xB529; &#xC8FC;&#xC11D;&#xC774; &#xB2EC;&#xB9B0; &#xC77D;&#xAE30; &#xD48D;&#xBD80; &#xD588;&#xB2E4;. 2 &#xAC1C;&#xC758; &#xB3D9;&#xC885; ORFs (Nmar_1201 &#xBC0F; Nmar_1547) &#xAC00;&#xC0C1; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC740; &#xD48D;&#xBD80; &#xD558; &#xACE0;, &#xB610;&#xD55C;&#xC73C;&#xB85C; &#xC8FC;&#xC11D;&#xC774; &#xC9C0;&#xC815; &#xB41C; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xC54C; &#xC218; &#xC5C6;&#xB294; &#xD568;&#xC218;&#xB294; MG1C &#xD558;&#xB294; &#xAC83;&#xC774; &#xC911;&#xC694; &#xC81C;&#xC548;&#xC5D0; &#xD560;&#xB2F9;&#xC744; &#xC77D;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. Superoxide dismutase&#xACFC; peroxiredoxin &#xAC19;&#xC740; &#xB179;&#xCDE8; &#xB85D; MG1C &#xC778;&#xAD6C;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC0B0;&#xD654; &#xC2A4;&#xD2B8;&#xB808;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD5A5;&#xC0C1; &#xB41C; &#xC751;&#xB2F5;&#xC744; &#xC81C;&#xC548; &#xD558;&#xB294; &#xC644;&#xC804; &#xD55C; metatranscriptome&#xC5D0; MG1C &#xC0AC;&#xBCF8; &#xD480; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xB354; &#xD48D;&#xBD80; &#xD588;&#xB2E4;. qPCR &#xD45C;&#xC2DC; &#xB0AE;&#xC740; AOB &#xD48D;&#xBD80; (prokaryotes&#xC758; 0.0010%), &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; MG1C &#xC778;&#xAD6C;&#xB85C; &#xB3D9;&#xC77C;&#xD55C; &#xD658;&#xACBD; &#xC2E0;&#xD638;&#xC5D0; &#xC751;&#xB2F5; &#xD558;&#xC9C0; &#xD588;&#xB2E4; &#xC81C;&#xC548; AOB, &#xD560;&#xB2F9; &#xB41C; &#xB179;&#xCDE8; &#xB85D; &#xAC00;&#xC6B4;&#xB370; &#xC554;&#xBAA8;&#xB2C8;&#xC544; &#xC0B0;&#xD654; &#xBC0F; &#xD558;&#xB098;&#xC758; Rubisco&#xC640; &#xAD00;&#xB828;&#xC774; &#xC5C6;&#xB294; &#xC131;&#xC801;&#xD45C; &#xBC1C;&#xACAC;.

Metatranscriptomic&#xACFC; bacterioplankton &#xC870;&#xB9BD;&#xC5D0; &#xC554;&#xBAA8;&#xB2C8;&#xC544; &#xC0B0;&#xD654; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C;&#xC758; &#xBD84;&#xC11D;.

PCR cuantitativa (qPCR) an&#xE1;lisis revel&#xF3; la abundancia relativa elevada (1,8% de los procariotas) de los recursos marinos del grupo 1 Crenarchaeota (MG1C) en dos muestras de bacterioplancton costa sudeste de EE.UU., recogidos en agosto de 2008, en comparaci&#xF3;n con las muestras recogidas desde el mismo lugar en diferentes momentos ( significa 0,026%). Se analizaron las secuencias de MG1C en metatranscriptomes de estas muestras para obtener una penetraci&#xF3;n en el metabolismo de la poblaci&#xF3;n MG1C cada vez mayor en el medio ambiente y para la comparaci&#xF3;n con bacterias oxidantes de amon&#xED;aco (AOB) en las mismas muestras. Asambleas revel&#xF3; una baja diversidad dentro de las secuencias asignadas a la mayor&#xED;a de los marcos individuales MG1C de lectura abierta (ORF) y una alta homolog&#xED;a con las secuencias de &#x26;#39;Candidatus Nitrosopumilus maritimus&#x26;#39; deformaci&#xF3;n del genoma SCM1. Lee asignado a ORF de la absorci&#xF3;n de amoniaco y oxidaci&#xF3;n representaron el 37% de todas las transcripciones MG1C. No se recuper&#xF3; ning&#xFA;n lee por Nmar_1354-Nmar_1357, propuso que se codifican los componentes de una alternativa, basada en nitroxilo v&#xED;a de la oxidaci&#xF3;n del amon&#xED;aco, sin embargo, se lee de Nmar_1259 y Nmar_1667, anotado como que codifica para una oxidasa multicobre con homolog&#xED;a a Nirk, fueron abundantes. Lee asign&#xF3; a dos hom&#xF3;loga ORFs (Nmar_1201 y Nmar_1547), anotado como hipot&#xE9;tico prote&#xED;nas tambi&#xE9;n fueron abundantes, lo que sugiere que su funci&#xF3;n desconocida es importante MG1C. Super&#xF3;xido dismutasa y transcripciones peroxirredoxina-al igual que fueron m&#xE1;s abundantes en la piscina de la transcripci&#xF3;n MG1C que en el metatranscriptome completa, lo que sugiere una mayor respuesta al estr&#xE9;s oxidativo por la poblaci&#xF3;n MG1C. qPCR se indica la abundancia AOB baja (0.0010% de los procariotas), y no se encontraron las transcripciones relacionadas con la oxidaci&#xF3;n del amon&#xED;aco, y s&#xF3;lo una transcripci&#xF3;n de la RuBisCO entre las transcripciones asignadas a AOB, lo que sugiere que no estaban respondiendo a los mismos est&#xED;mulos ambientales como la poblaci&#xF3;n MG1C.

An&#xE1;lisis Metatranscriptomic de organismos oxidantes del amon&#xED;aco en un conjunto de bacterioplancton del Estuario

&#x4E8C;&#x7532;&#x57FA;&#x786B;&#x4E19;&#x9178; &#xFF08;DMSP&#xFF09; &#x662F;&#x6709;&#x673A;&#x786B;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#xFF0C;&#x7531;&#x6D77;&#x6D0B;&#x7EC6;&#x83CC;&#x4F1A;&#x8FC5;&#x901F;&#x4EE3;&#x8C22;&#xFF0C;&#x901A;&#x8FC7;&#x5BF9;&#x4E8C;&#x7532;&#x57FA;&#x786B; (DMS) &#x5288;&#x88C2;&#x6216;&#x5230; 3 methiolpropionate &#x7532;&#x57FA;&#x3002;&#x5728;&#x5317;&#x592A;&#x5E73;&#x6D0B;&#x4E9A;&#x70ED;&#x5E26;&#x73AF;&#x6D41; (NPSG) 2008 &#x5E74; 5 &#x6708;&#x81F3; 2009 &#x5E74; 2 &#x6708;&#x5728;&#x8F66;&#x7AD9; ALOHA (22 &deg; 45 &prime; N&#xFF0C;158 &deg; 00&#39; W) &#x5728;&#x4E24;&#x79CD;&#x6DF1;&#x5EA6;&#x6D4B;&#x91CF;&#x4E86;&#x4E30;&#x5EA6;&#x548C;&#x7EC6;&#x83CC; DMS &#x751F;&#x4EA7; (dddP) &#x548C;&#x7532;&#x57FA; &#xFF08;dmdA&#xFF09; &#x7F16;&#x7801;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#xFF1A; 25 &#x7C73;&#x3001; &#x6700;&#x6DF1;&#x53F6;&#x7EFF;&#x7D20;&#x5927; (DCM &#xFF1B; &sim;100 m)&#x3002;DmdA &#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x4E30;&#x5EA6;&#x6700;&#x9AD8; 2008 &#x5E74; 5 &#x6708;&#x5F53;&#x65F6;&#x7684;&#x6CA6;&#x9677;&#x4E8E;&#x4E00;&#x4F53;&#x7684;&#x8C03;&#x67E5;&#xFF0C;&#x867D;&#x7136; 25 m &sim;2%&#x7684;&#x7A9D;&#x85CF;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5728; 2008 &#x5E74; 7 &#x6708;&#x5F53;&#x65F6;&#x7684; dddP &#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x4E30;&#x5EA6;&#x6700;&#x9AD8;&#x7684;&#x516B;&#x4E2A; subclades &#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x7EC6;&#x80DE;&#x4E0E; &sim;16.5 %25 &#x7C73;&#x3002;DmdA &#x57FA;&#x56E0;&#x6C60;&#x59CB;&#x7EC8;&#x5982;&#x4E00;&#x5730;&#x4E3B;&#x8981;&#x662F;&#x4ECE; SAR11 subclades &#x540C;&#x6E90;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#x4ECE;&#x7AD9; ALOHA &#x6D3E;&#x751F;&#x7684;&#x8C03;&#x67E5;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x793A;&#x652F;&#x6301;&#x3002;SAR11 dmdA &#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x5F88;&#x4F4E;&#xFF0C;&#x4E0E;&#x5178;&#x578B;&#x7684;&#x8C08;&#x8BDD;&#x5168;&#x6587;&#xFF1A; &#x57FA;&#x56E0;&#x6BD4;&#x7387; 1: 350 &#x548C; 1&#xFF1A; 1&#xFF0C;400 &#x4E4B;&#x95F4;&#x3002;DMSP &#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x4E30;&#x5EA6;&#x662F;&#x7EDF;&#x8BA1;&#x4E0A;&#x4E0D;&#x540C; 25 &#x7C73;&#x548C; DCM &#x4E4B;&#x95F4;&#x548C;&#x76F8;&#x5173;&#x7684;&#x73AF;&#x5883;&#x53D8;&#x91CF;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x521D;&#x7EA7;&#x751F;&#x4EA7;&#x3001; &#x5149;&#x5408;&#x6709;&#x6548;&#x8F90;&#x5C04;&#x3001; &#x5FAE;&#x7C92; DMSP &#x548C; DMS &#x82E5;&#x5E72;&#x6D53;&#x5EA6;&#x3002;25 &#x7C73;&#xFF0C;dddP &#x4E30;&#x5EA6;&#x5448;&#x663E;&#x8457;&#x6B63;&#x76F8;&#x5173;&#x4E0E;&#x989C;&#x6599;&#x662F;&#x8BCA;&#x65AD;&#x7684;&#x7845;&#x85FB; &#xFF1B;&#x5728; DCM&#xFF0C;dmdA &#x4E30;&#x5EA6;&#x4E0E;&#x6E29;&#x5EA6;&#x662F;&#x6B63;&#x76F8;&#x5173;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x57FA;&#x4E8E;&#x57FA;&#x56E0;&#x4E30;&#x5EA6;&#xFF0C;&#x63A8;&#x6D4B;&#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC;&#x4E3B;&#x5BB0; DMSP &#x5FAA;&#x73AF;&#x7684;&#x8D2B;&#x8425;&#x517B; NPSG&#xFF0C;&#x8F83;&#x5C11;&#x4F46;&#x4E00;&#x81F4;&#x53C2;&#x4E0E;&#x7684;&#x5176;&#x4ED6;&#x793E;&#x4F1A;&#x6210;&#x5458;&#x7684;&#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC;&#xFF0C;SAR11&#x3002;

&#x7EC6;&#x83CC;&#x4E8C;&#x7532;&#x57FA;&#x786B;&#x4E19;&#x9178;&#x964D;&#x89E3;&#x57FA;&#x56E0;&#x5728; Oligotropic &#x5317;&#x592A;&#x5E73;&#x6D0B;&#x526F;&#x70ED;&#x5E26;&#x73AF;&#x6D41;&#x3002;

Dimethylsulfoniopropionate (DMSP) is an organic sulfur compound that is rapidly metabolized by marine bacteria either by cleavage to dimethylsulfide (DMS) or demethylation to 3-methiolpropionate. The abundance and diversity of genes encoding bacterial DMS production (dddP) and demethylation (dmdA) were measured in the North Pacific Subtropical Gyre (NPSG) between May 2008 and February 2009 at Station ALOHA (22Â° 45' N, 158Â° 00' W) at two depths: 25 m and the Deep Chlorophyll Maximum (DCM; âˆ¼100 m). The highest abundance of dmdA genes was in May 2008 at 25 m with âˆ¼16.5% of cells harboring a gene in one of the eight subclades surveyed, while the highest abundance of dddP genes was in July 2008 at 25 m with âˆ¼2% of cells harboring a gene. The dmdA gene pool was consistently dominated by homologs from SAR11 subclades, which was supported by findings in metagenomic datasets derived from Station ALOHA. Expression of the SAR11 dmdA genes was low, with typical transcript:gene ratios between 1:350 and 1:1,400. Abundance of DMSP genes was statistically different between 25 m and the DCM and correlated with a number of environmental variables including primary production, photosynthetically active radiation, particulate DMSP, and DMS concentrations. At 25 m, dddP abundance was positively correlated with pigments that are diagnostic of diatoms; at the DCM, dmdA abundance was positively correlated with temperature. Based on gene abundance, we hypothesize that SAR11 bacterioplankton dominate DMSP cycling in the oligotrophic NPSG, with lesser but consistent involvement of other members of the bacterioplankton community.

Bacterial Dimethylsulfoniopropionate-degrading Genes in the Oligotropic North Pacific Subtropical Gyre.

Dim&#xE9;thylsulfoniopropionate (DMSP) est un compos&#xE9; de soufre organique qui est rapidement m&#xE9;tabolis&#xE9; par les bact&#xE9;ries marines, soit par clivage pour le sulfure de dim&#xE9;thyle (DMS) ou la d&#xE9;m&#xE9;thylation de 3-methiolpropionate. L&#x26;#39;abondance et la diversit&#xE9; des g&#xE8;nes codant pour la production bact&#xE9;rienne de DMS (dddP) et la d&#xE9;m&#xE9;thylation (DMDA) ont &#xE9;t&#xE9; mesur&#xE9;es dans le tourbillon de Pacifique Nord subtropicale (NPSG) entre mai 2008 et F&#xE9;vrier 2009 &#xE0; la gare ALOHA (22 &#xB0; 45 &#x26;#39;N, 158 &#xB0; 00&#x26;#39; W ) &#xE0; deux profondeurs: 25 m et le maximum profond de chlorophylle (DCM; ~ 100 m). La plus forte abondance de g&#xE8;nes DMDA &#xE9;tait en mai 2008 au 25 m avec ~ 16,5% des cellules h&#xE9;bergeant un g&#xE8;ne dans un des huit sous-clades &#xE9;tudi&#xE9;s, tandis que la plus forte abondance de g&#xE8;nes dddP &#xE9;tait en Juillet 2008 &#xE0; 25 m avec ~ 2% de cellules h&#xE9;bergeant un g&#xE8;ne. Le pool g&#xE9;n&#xE9;tique DMDA a &#xE9;t&#xE9; constamment domin&#xE9; par les homologues de sous-clades SAR11, qui a &#xE9;t&#xE9; soutenue par les r&#xE9;sultats dans les ensembles de donn&#xE9;es provenant de la station de m&#xE9;tag&#xE9;nomiques ALOHA. Expression des g&#xE8;nes DMDA SAR11 &#xE9;tait faible, avec les notes typiques: les ratios de g&#xE8;nes entre 1:350 et 1:1,400. Abondance de g&#xE8;nes DMSP &#xE9;tait statistiquement diff&#xE9;rente entre 25 m et le DCM et en corr&#xE9;lation avec un certain nombre de variables d&#x26;#39;environnement, y compris la production primaire, le rayonnement photosynth&#xE9;tiquement actif, DMSP particulaire, et les concentrations de DMS. A 25 m, l&#x26;#39;abondance dddP &#xE9;tait positivement corr&#xE9;l&#xE9;e avec des pigments qui sont de diagnostic des diatom&#xE9;es; au DCM, l&#x26;#39;abondance DMDA &#xE9;tait positivement corr&#xE9;l&#xE9;e avec la temp&#xE9;rature. Bas&#xE9; sur l&#x26;#39;abondance du g&#xE8;ne, nous &#xE9;mettons l&#x26;#39;hypoth&#xE8;se que bact&#xE9;rioplancton SAR11 dominer le cyclisme DMSP dans le NPSG oligotrophe, avec la participation moindre mais constant des autres membres de la communaut&#xE9; bact&#xE9;rioplancton.

Bact&#xE9;riennes d&#xE9;gradantes dim&#xE9;thylsulfoniopropionate-g&#xE8;nes dans le Pacifique Nord oligotropique gyre subtropicale

Dimethylsulfoniumpropionats (DMSP) ist ein organischer Schwefel, die rasch von mariner Bakterien metabolisiert wird entweder durch Spaltung zu Dimethylsulfide (DMS) oder Demethylierung zu 3-Methiolpropionate. Die F&uuml;lle und Vielfalt der Gene codieren bakterielle DMS-Produktion (DddP) und Demethylierung (Wrath) wurden in die North Pacific subtropischen Gyre (NPSG) zwischen Mai 2008 und Februar 2009 am Bahnhof ALOHA (22 &deg; 45&#39; N, 158 &deg; 00&#39; W) in zwei tiefen gemessen: 25 m und die Tiefe Chlorophyll Maximum (DCM; &sim;100 m). Die h&ouml;chste F&uuml;lle von Wrath Gene wurde im Mai 2008 auf 25 m mit &sim;16.5 % der Zellen beherbergen ein Gen in einem der acht Subgruppen befragt, w&auml;hrend die h&ouml;chste F&uuml;lle DddP Gene im Juli 2008 auf 25 m mit &sim;2 % der Zellen beherbergen ein Gen. Der Genpool Wrath wurde konsequent dominiert UCP1 aus SAR11 Subgruppen, die Befunde in durchgef&uuml;hrte metagenomische Datasets abgeleitet Station ALOHA unterst&uuml;tzt wurde. Ausdruck der Gene SAR11 Wrath war gering, mit typischen Transkript: Gen-Verh&auml;ltnissen zwischen 1: 350 und 1:1, 400. Gro&szlig;e Anzahl von Genen DMSP war statistisch anders zwischen 25 m und der DCM und korreliert mit einer Reihe von Umgebungsvariablen, die Prim&auml;rproduktion photosynthetically active Radiation, Partikel DMSP und DMS Konzentrationen. Bei 25 m war DddP F&uuml;lle positiv korreliert mit Pigmenten, die Diagnose von Diatomeen sind; bei der DCM wurde Wrath F&uuml;lle positiv korreliert mit Temperatur. Auf der Grundlage gen F&uuml;lle, vermuten wir, dass SAR11 Bacterioplankton dominieren DMSP Veloland oligotrophen NPSG, mit geringerem als konsistent Beteiligung anderer Mitglieder der Gemeinschaft Bacterioplankton.

Bakterielle Dimethylsulfoniumpropionats-erniedrigende Gene in das Oligotropic Nord Pazifik subtropischen Gyre.

Dimethylsulfoniopropionate (DMSP) &egrave; un composto di zolfo organico che viene rapidamente metabolizzato dai batteri marini demetilazione a 3-methiolpropionate o da clivaggio a dimethylsulfide (DMS). L&#39;abbondanza e la variet&agrave; di geni che codificano la produzione batterica di DMS (dddP) e demetilazione (dmdA) sono stati misurati nel Nord Pacifico subtropicale Gyre (NPSG) tra il maggio 2008 e febbraio 2009 presso stazione ALOHA (22 &deg; 45&#39; N, 158 &deg; 00&#39; W) a due profondit&agrave;: 25 m e il profondo clorofilla massimo (DCM; &sim;100 m). il pi&ugrave; alta abbondanza di geni dmdA fu nel maggio del 2008 a 25 m con &sim;16.5% delle cellule harboring un gene in uno il otto subclades intervistati, mentre l&#39;abbondanza di pi&ugrave; alto di geni dddP &egrave; stato nel luglio del 2008 a 25 m con &sim;2% delle cellule harboring un gene. Il pool genico dmdA costantemente &egrave; stato dominato da omologhi da SAR11 subclades, che &egrave; stato sostenuto dai ritrovamenti nei DataSet metagenomica derivata dalla stazione ALOHA. Espressione dei geni dmdA SAR11 era bassa, con rapporti di trascrizione: gene tipico tra 1:350 e 1:1, 400. Abbondanza di geni DMSP era statisticamente differente tra 25 m e il DCM e correlato con un numero di variabili ambientali, compresa la produzione primaria, radiazione fotosinteticamente attiva, particolato DMSP e DMS concentrazioni. A 25 m, abbondanza di dddP &egrave; stata positivamente correlata con pigmenti che sono diagnostiche di diatomee; presso il DCM, dmdA abbondanza &egrave; stata correlata positivamente con la temperatura. Basato sull&#39;abbondanza di gene, ipotizziamo che SAR11 bacterioplankton dominano DMSP ciclismo in NPSG oligotrofe, con minore ma costante coinvolgimento degli altri membri della Comunit&agrave; di bacterioplankton.

Geni batterici degradanti Dimethylsulfoniopropionate nel Oligotropic North Pacific Gyre subtropicale.

&#x30B8;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x30B9;&#x30EB;&#x30DB;&#x30CB;&#x30AA;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D4;&#x30AA;&#x30F3;&#x9178;&#xFF08;DMSP&#xFF09;&#x306F;&#x3001;&#x6025;&#x901F;&#x306B;&#x786B;&#x5316;&#x30B8;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#xFF08;DMS&#xFF09;&#x3001;&#x307E;&#x305F;&#x306F;3 methiolpropionate&#x306B;&#x8131;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x306B;&#x958B;&#x88C2;&#x306E;&#x3044;&#x305A;&#x308C;&#x304B;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x6D77;&#x6D0B;&#x7D30;&#x83CC;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x6709;&#x6A5F;&#x786B;&#x9EC4;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;DMS&#x751F;&#x7523;&#xFF08;dddP&#xFF09;&#x3068;&#x8131;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#xFF08;dmdA&#xFF09;&#x3092;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3059;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x3055;&#x3068;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x306F;&#x3001;&#x99C5;ALOHA&#x3067;2008&#x5E74;5&#x6708;2009&#x5E74;2&#x6708;&#x306E;&#x9593;&#x306B;&#x5317;&#x592A;&#x5E73;&#x6D0B;&#x4E9C;&#x71B1;&#x5E2F;&#x5FAA;&#x74B0;&#xFF08;NPSG&#xFF09;&#xFF08;22&#xB0;45 &#x26;#39;N&#x3001;158&#xB0;00&#x26;#39; W&#x3067;&#x6E2C;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#xFF09;&#x306F;&#x3001;2&#x3064;&#x306E;&#x6DF1;&#x3055;&#xFF1A;25&#x30E1;&#x30FC;&#x30C8;&#x30EB;&#x3068;&#x6DF1;&#x3044;&#x30AF;&#x30ED;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A3;&#x30EB;&#x306E;&#x6700;&#x5927;&#xFF08;DCM;&#x301C;100&#x30E1;&#x30FC;&#x30C8;&#x30EB;&#xFF09;&#x3002; dddP&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x6700;&#x3082;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;&#x30BB;&#x30EB;&#x306E;&#x7D04;2&#xFF05;&#x3067;25&#x30E1;&#x30FC;&#x30C8;&#x30EB;&#x3067;&#x3001;2008&#x5E74;7&#x6708;&#x306B;&#x5165;&#x3063;&#x305F;&#x307E;&#x307E;&#x306E;&#x72B6;&#x614B;&#x3067;dmdA&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x6700;&#x3082;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x3067;&#x3001;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x301C;16.5&#xFF05;&#x304C;&#x8ABF;&#x67FB;&#x3057;&#x305F;8 subclades&#x306E;&#x3044;&#x305A;&#x308C;&#x304B;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x4FDD;&#x6709;&#x3059;&#x308B;&#x3068;25&#x30E1;&#x30FC;&#x30C8;&#x30EB;&#x3067;&#x3001;2008&#x5E74;5&#x6708;&#x306B;&#x3042;&#x3063;&#x305F;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x4FDD;&#x6709;&#x3059;&#x308B;&#x3002; dmdA&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30D7;&#x30FC;&#x30EB;&#x304C;&#x4E00;&#x8CAB;&#x3057;&#x3066;&#x99C5;ALOHA&#x304B;&#x3089;&#x6D3E;&#x751F;&#x3057;&#x305F;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x6240;&#x898B;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x30B5;&#x30DD;&#x30FC;&#x30C8;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3057;&#x305F;SAR11 subclades&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x30DB;&#x30E2;&#x30ED;&#x30B0;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x652F;&#x914D;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002; 1:350&#x3068;1:1,400&#x306E;&#x9593;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x6BD4;&#x7387;&#xFF1A;SAR11 dmdA&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x306F;&#x3001;&#x5178;&#x578B;&#x7684;&#x306A;&#x8EE2;&#x5199;&#x7523;&#x7269;&#x3067;&#x3001;&#x4F4E;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x3002; DMSP&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x91CF;&#x306F;25&#x30E1;&#x30FC;&#x30C8;&#x30EB;&#x3068;DCM&#x306E;&#x9593;&#x306B;&#x7D71;&#x8A08;&#x7684;&#x306B;&#x7570;&#x306A;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3068;&#x4E00;&#x6B21;&#x751F;&#x7523;&#x3001;&#x5149;&#x5408;&#x6210;&#x6709;&#x52B9;&#x653E;&#x200B;&#x200B;&#x5C04;&#x3001;&#x7C92;&#x5B50;&#x72B6;DMSP&#x304A;&#x3088;&#x3073;DMS&#x6FC3;&#x5EA6;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x74B0;&#x5883;&#x5909;&#x6570;&#x306E;&#x6570;&#x3068;&#x76F8;&#x95A2;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3002; 25&#x30E1;&#x30FC;&#x30C8;&#x30EB;&#x3067;&#x3001;dddP&#x306E;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x3055;&#x306F;&#x3001;&#x7A4D;&#x6975;&#x7684;&#x306B;&#x73EA;&#x85FB;&#x306E;&#x8A3A;&#x65AD;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x9854;&#x6599;&#x3068;&#x306E;&#x76F8;&#x95A2;&#x304C;&#x8A8D;&#x3081;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x3002;DCM&#x3067;&#x3001;dmdA&#x306E;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x3055;&#x306F;&#x6B63;&#x306E;&#x6E29;&#x5EA6;&#x3068;&#x306E;&#x76F8;&#x95A2;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x91CF;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;SAR11&#x306E;bacterioplankton&#x304C;bacterioplankton&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x306E;&#x4ED6;&#x306E;&#x30E1;&#x30F3;&#x30D0;&#x30FC;&#x306E;&#x3046;&#x3061;&#x306E;&#x5C0F;&#x3055;&#x3044;&#x65B9;&#x304C;&#x4E00;&#x8CAB;&#x3057;&#x3066;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x8CA7;&#x6804;&#x990A;&#x306E;NPSG&#x306E;DMSP&#x5FAA;&#x74B0;&#x3092;&#x652F;&#x914D;&#x3059;&#x308B;&#x3068;&#x4EEE;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

Oligotropic&#x5317;&#x592A;&#x5E73;&#x6D0B;&#x4E9C;&#x71B1;&#x5E2F;&#x5FAA;&#x74B0;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x30B8;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x30B9;&#x30EB;&#x30DB;&#x30CB;&#x30AA;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D4;&#x30AA;&#x30F3;&#x9178;&#x5206;&#x89E3;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;

Dimethylsulfoniopropionate (DMSP)&#xB294; &#xD574;&#xC591; &#xC138;&#xADE0;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xB300;&#xC0AC; &#xAE09;&#xC18D; &#xD558; &#xAC8C; &#xC720;&#xAE30; &#xC720;&#xD669; &#xD654;&#xD569;&#xBB3C;&#xC744; dimethylsulfide (DMS)&#xB97C; &#xBD84;&#xC5F4; &#xB610;&#xB294; demethylation 3 methiolpropionate &#xD558; &#xC5EC;. &#xD48D;&#xC694;&#xB85C; &#xC6C0;&#xACFC; &#xC778;&#xCF54;&#xB529; &#xC138;&#xADE0; &#xB514; &#xC5E0;&#xC5D0; &#xC2A4; &#xD504;&#xB85C;&#xB355;&#xC158; (dddP) &#xBC0F; demethylation (dmdA) &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131;&#xC5D0;&#xB294; &#xBD81;&#xD55C;&#xC774; &#xD0DC;&#xD3C9;&#xC591; &#xC544;&#xC5F4;&#xB300; &#xC120;&#xC804; (NPSG) 2008 &#xB144; 5 &#xC6D4; &#xB450; &#xAE4A;&#xC774;&#xC5D0; &#xC5ED; &#xC54C;&#xB85C;&#xD558; (22 &deg; 45&#39; N, 158 &deg; 00&#39; W)&#xC5D0;&#xC11C; 2 &#xC6D4; 2009 &#xB144; &#xC0AC;&#xC774; &#xCE21;&#xC815;: 25m&#xC640;&#xB294; &#xAE4A;&#xC740; &#xC5FD;&#xB85D;&#xC18C; &#xCD5C;&#xB300; (DCM, &sim;100 m). DmdA &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xAC00;&#xC7A5; &#xB192;&#xC740; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xC140; &#xC740;&#xB2C9; &#xC870;&#xC0AC;, dddP &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xAC00;&#xC7A5; &#xB192;&#xC740; &#xD48D;&#xBD80; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xC740;&#xB2C9; &#xD558;&#xB294; &#xC140;&#xC758; &sim;2 %25 m 2008 &#xB144; 7 &#xC6D4;&#xC5D0;&#xC5D0;&#xC11C;&#xB294; 8 &#xAC1C;&#xC758; subclades &#xC911; &#xD558;&#xB098;&#xC5D0; &#xC788;&#xB294; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &sim;16.5 %25 m 2008 &#xB144; 5 &#xC6D4;&#xC5D0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD588;&#xB2E4;. DmdA &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD480; &#xC77C;&#xAD00; &#xB418; &#xAC8C; &#xC9C0;&#xBC30; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4; SAR11 subclades&#xC5D0;&#xC11C; homologs&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC5ED; &#xC54C;&#xB85C;&#xD558;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD30C;&#xC0DD; &#xB41C; metagenomic &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC9D1;&#xD569;&#xC758; &#xACB0;&#xACFC; &#xC758;&#xD574; &#xC9C0;&#xC6D0; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;. SAR11 dmdA &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xD45C;&#xD604; 1:350&#xC640; 1:1, 400 &#xC0AC;&#xC774;&#xC758; &#xC804;&#xD615;&#xC801;&#xC778; &#xB300; &#xBCF8;: &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBE44;&#xC728; &#xB0AE;&#xC740; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. DMSP &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; 25 m&#xACFC; DCM &#xC0AC;&#xC774; &#xD1B5;&#xACC4;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xB2E4;&#xB978; &#xB418;&#xC5C8;&#xACE0;, &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xD658;&#xACBD; &#xBCC0;&#xC218; &#xAE30;&#xBCF8; &#xC0DD;&#xC0B0;, photosynthetically &#xD65C;&#xC131; &#xBC29;&#xC0AC;&#xC120;, &#xBBF8; &#xB9BD; &#xC790; DMSP, &#xBC0F; DMS&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568;&#xC640; &#xC0C1;&#xAD00; &#xB18D;&#xB3C4;. 25 M dddP &#xD48D;&#xC694;&#xB294; &#xADDC;&#xC870;&#xB958;;&#xC758; &#xC9C4;&#xB2E8; &#xC548;&#xB8CC;&#xC640; &#xC0C1;&#xAD00; &#xAE0D;&#xC815;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; DCM&#xC5D0; dmdA &#xD48D;&#xC694;&#xB294; &#xC628;&#xB3C4;&#xC640; &#xAE0D;&#xC815;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC0C1;&#xAD00; &#xB41C;&#xB2E4;. &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD48D;&#xC694;&#xB97C; &#xBC14;&#xD0D5;&#xC73C;&#xB85C;, &#xC6B0;&#xB9AC; &#xADF8; SAR11 bacterioplankton &#xC9C0;&#xBC30; DMSP oligotrophic NPSG bacterioplankton &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xC758; &#xB2E4;&#xB978; &#xAD6C;&#xC131;&#xC6D0;&#xC758; &#xC57D;&#xC18C; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xC77C;&#xAD00; &#xB41C; &#xCC38;&#xC5EC;&#xC640; &#xC0AC;&#xC774;&#xD074;&#xB9C1; &#xAC00;&#xC124;.

Oligotropic &#xBD81;&#xD55C;&#xC774; &#xD0DC;&#xD3C9;&#xC591; &#xC544;&#xC5F4;&#xB300; &#xC120;&#xC804;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC138;&#xADE0;&#xC131; Dimethylsulfoniopropionate &#xC800;&#xD558; &#xC720;&#xC804;&#xC790;.

Dimethylsulfoniopropionate (DMSP) es un compuesto org&#xE1;nico de azufre que se metaboliza r&#xE1;pidamente por las bacterias marinas, ya sea por escisi&#xF3;n a sulfuro de dimetilo (DMS) o desmetilaci&#xF3;n a 3-methiolpropionate. La abundancia y diversidad de genes que codifican la producci&#xF3;n de DMS bacteriana (DDDP) y desmetilaci&#xF3;n (DMDA) se midieron en el Pac&#xED;fico Norte giro subtropical (PSG) nocturna entre mayo de 2008 y febrero de 2009 en la Estaci&#xF3;n ALOHA (22 &#xB0; 45 &#x26;#39;N, 158 &#xB0; 00&#x26;#39; W ) a dos profundidades: 25 m, y el m&#xE1;ximo profundo de clorofila (DCM; ~ 100 m). La mayor abundancia de genes DMDA fue en mayo de 2008 a 25 m con 16,5 ~% de c&#xE9;lulas que albergan un gen en una de las ocho subclades investigadas, mientras que la mayor abundancia de genes DDDP fue en julio de 2008 a 25 m con ~ 2% de las c&#xE9;lulas albergar un gen. La reserva gen&#xE9;tica DMDA fue dominado siempre por los hom&#xF3;logos de subclades SAR11, que fue apoyada por los hallazgos en los conjuntos de datos derivados de la metagen&#xF3;mica Estaci&#xF3;n ALOHA. La expresi&#xF3;n de los genes SAR11 DMDA fue baja, con la t&#xED;pica transcripci&#xF3;n: relaciones gen&#xE9;ticas entre 1:350 y 1:1,400. La abundancia de genes DMSP fue estad&#xED;sticamente diferente entre los 25 my la DCM y se correlacion&#xF3; con una serie de variables ambientales, incluyendo la producci&#xF3;n primaria, la radiaci&#xF3;n fotosint&#xE9;tica activa, DMSP de part&#xED;culas, y las concentraciones de DMS. A los 25 m, la abundancia DDDP se correlacion&#xF3; positivamente con pigmentos que son de diagn&#xF3;stico de las diatomeas, en la DCM, la abundancia DMDA se correlacion&#xF3; positivamente con la temperatura. Con base en la abundancia de genes, la hip&#xF3;tesis de que el bacterioplancton SAR11 dominar el ciclismo en la DMSP NPSG oligotr&#xF3;fico, con una participaci&#xF3;n menor pero constante de los dem&#xE1;s miembros de la comunidad de bacterioplancton.

Scott Gifford

Department of Marine Sciences

University of Georgia (UGA)

Analyzing Gene Expression from Marine Microbial Communities using Environmental Transcriptomics

Scott Gifford

.css-o250i3{font-size:18px;font-family:Open Sans,sans-serif;line-height:21.6px;}Department of Marine Sciences

University of Georgia (UGA)

Analyzing Gene Expression from Marine Microbial Communities using Environmental Transcriptomics

Department of Marine Sciences