Esperimenti di rilassamento NMR ¹⁵N per lo studio della dinamica strutturale delle proteine da picosecondi a nanosecondi

Studiamo la dinamica strutturale delle proteine mediante spettroscopia NMR per comprendere meglio la funzione molecolare. NMR è l'acronimo di Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy. Riduce l'effetto che gli spin nucleari degli atomi di idrogeno possono passare tra due stati energeticamente diversi e un campo magnetico automatico.

Possiamo utilizzare la spettroscopia NMR per studiare la dinamica strutturale di proteine intrinsecamente disordinate. Queste proteine sono altamente flessibili, cambiano costantemente forma e spesso si ripiegano in una struttura stabile solo quando interagiscono con altre molecole. Utilizziamo esperimenti di rilassamento NMR per studiare come la spina dorsale proteica si muove su scale temporali molto brevi, che vanno dai picosecondi ai nanosecondi, concentrandoci su ogni residuo specifico lungo la catena proteica.

Questo protocollo vi guiderà passo dopo passo attraverso l'impostazione di esperimenti di rilassamento NMR su uno spettrometro NMR rivolto a scienziati con conoscenze NMR di base, garantisce una configurazione rapida e accurata e introduce concetti chiave nella dinamica della spina dorsale proteica in modo accessibile. Questo protocollo rende le sequenze di impulsi di rilassamento NMR facilmente accessibili agli scienziati che studiano la dinamica delle proteine. Gli esperimenti di rilassamento NMR forniscono intuizioni dinamiche specifiche per i residui.

Utilizzando questo approccio sperimentale, è possibile comprendere meglio le dinamiche della spina dorsale nelle proteine, l'impatto dell'interazione proteina-proteina sulle dinamiche strutturate e i cambiamenti strutturali nella risposta ai cambiamenti ambientali.