hi-c-a-method-to-study-the-three-dimensional-architecture-of-genomes

Hi-C: A Method to Study the Three-dimensional Architecture of Genomes.

The three-dimensional folding of chromosomes compartmentalizes the genome and and can bring distant functional elements, such as promoters and enhancers, ...

Broad Institute of Harvard and Massachusetts Institute of Technology

Massachusetts Institute of Technology

Harvard University 

&#x6211;&#x4EEC;&#x63CF;&#x8FF0; Hi-C&#x3001; &#x8026;&#x5408;&#x4E0E;&#x5E76;&#x884C;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x57FA;&#x4E8E;&#x90BB;&#x8FD1;&#x7684;&#x7ED3;&#x624E;&#x6CD5;&#x63A2;&#x6D4B;&#x6574;&#x4E2A;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x4E09;&#x7EF4;&#x7ED3;&#x6784;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5EFA;&#x9020;&#x7A7A;&#x95F4;&#x63A5;&#x8FD1;&#x5730;&#x56FE;&#xFF0C;&#x5206;&#x8FA8;&#x7387;&#x4E3A; 1 &#x7ECF;&#x8FC7;&#x559C; C &#x4E0E;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x5730;&#x56FE;&#x786E;&#x8BA4;&#x7A7A;&#x95F4;&#x9644;&#x8FD1;&#x7684;&#x5C0F;&#x3001; &#x5BCC;&#x542B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x548C;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x754C;&#x7684;&#x5B58;&#x5728;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x786E;&#x5B9A;&#x4E86;&#x989D;&#x5916;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x7684;&#x7279;&#x70B9;&#x662F;&#x5F00;&#x653E;&#x548C;&#x5C01;&#x95ED;&#x7684;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#xFF0C;&#x5F62;&#x6210;&#x4E24;&#x4E2A;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x8F66;&#x53A2;&#x7A7A;&#x95F4;&#x7684;&#x9694;&#x79BB;&#x7EA7;&#x522B;&#x3002;&#x5728;&#x7ECF;&#x8FC7;&#x89C4;&#x6A21;&#x3001; &#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x6784;&#x8C61;&#x662F;&#x7B26;&#x5408;&#x5206;&#x5F62;&#x7403;&#xFF0C;&#x514D;&#x7ED3;&#xFF0C;&#x4F7F;&#x4FDD;&#x6301;&#x8F7B;&#x677E;&#x6298;&#x53E0;&#x4E0E;&#x5C55;&#x5F00;&#x4EFB;&#x4F55;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x8F68;&#x8FF9;&#x7684;&#x80FD;&#x529B;&#x7684;&#x540C;&#x65F6;&#x6700;&#x5927;&#x9650;&#x5EA6;&#x5730;&#x5BC6;&#x5305;&#x88C5;&#x7684;&#x9AD8;&#x5206;&#x5B50;&#x6784;&#x8C61;&#x3002;&#x5206;&#x5F62;&#x4E91;&#x56E2;&#x6709;&#x522B;&#x4E8E;&#x8F83;&#x4E3A;&#x5E38;&#x7528;&#x7684;&#x7403;&#x5F62;&#x7684;&#x5747;&#x8861;&#x6A21;&#x578B;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E;&#x559C; C &#x6620;&#x5C04;&#x52A8;&#x6001;&#x6784;&#x8C61;&#x7684;&#x6574;&#x4E2A;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x6743;&#x529B;&#x3002;

&#x5168;&#x9762;&#x6620;&#x5C04;&#x7684;&#x8FDC;&#x7A0B;&#x4EA4;&#x4E92;&#x663E;&#x793A;&#x6298;&#x53E0;&#x7684;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x539F;&#x5219;&#x3002;

We describe Hi-C, a method that probes the three-dimensional architecture of whole genomes by coupling proximity-based ligation with massively parallel sequencing. We constructed spatial proximity maps of the human genome with Hi-C at a resolution of 1 megabase. These maps confirm the presence of chromosome territories and the spatial proximity of small, gene-rich chromosomes. We identified an additional level of genome organization that is characterized by the spatial segregation of open and closed chromatin to form two genome-wide compartments. At the megabase scale, the chromatin conformation is consistent with a fractal globule, a knot-free, polymer conformation that enables maximally dense packing while preserving the ability to easily fold and unfold any genomic locus. The fractal globule is distinct from the more commonly used globular equilibrium model. Our results demonstrate the power of Hi-C to map the dynamic conformations of whole genomes.

Comprehensive mapping of long-range interactions reveals folding principles of the human genome.

Nous d&#xE9;crivons Salut-C, une m&#xE9;thode que les sondes de l&#x26;#39;architecture en trois dimensions des g&#xE9;nomes entiers en couplant proximit&#xE9; bas&#xE9;e sur la ligature avec le s&#xE9;quen&#xE7;age massivement parall&#xE8;le. Nous avons construit des cartes de proximit&#xE9; spatiale du g&#xE9;nome humain avec Salut-C &#xE0; une r&#xE9;solution de 1 m&#xE9;gabase. Ces cartes confirment la pr&#xE9;sence de territoires chromosomiques et de la proximit&#xE9; spatiale des petits riches en g&#xE8;nes des chromosomes. Nous avons identifi&#xE9; un niveau suppl&#xE9;mentaire de l&#x26;#39;organisation du g&#xE9;nome qui est caract&#xE9;ris&#xE9; par la s&#xE9;gr&#xE9;gation spatiale de la chromatine ouverte et ferm&#xE9;e pour former deux compartiments du g&#xE9;nome entier. &#xC0; l&#x26;#39;&#xE9;chelle m&#xE9;gabase, la conformation de la chromatine est compatible avec un globule fractale, un noeud-libre, la conformation des polym&#xE8;res qui permet d&#x26;#39;emballage maximalement dense tout en pr&#xE9;servant la capacit&#xE9; de facilement plier et d&#xE9;plier tout locus g&#xE9;nomique. Le globule fractale est distinct du mod&#xE8;le d&#x26;#39;&#xE9;quilibre globulaire plus couramment utilis&#xE9;. Nos r&#xE9;sultats d&#xE9;montrent la puissance de Salut-C pour cartographier les conformations dynamiques de g&#xE9;nomes entiers.

Une cartographie d&#xE9;taill&#xE9;e des interactions &#xE0; longue port&#xE9;e r&#xE9;v&#xE8;le Principes pliants de la Human Genome

Wir beschreiben Hi-C, eine Methode, die die dreidimensionale Architektur der ganzer Genome durch Kopplung von N&auml;he-basierte Verbindung mit massiv parallelen Sequenzierung Sonden. Konstruierten wir r&auml;umliche N&auml;he Karten des menschlichen Genoms mit Hi-C mit einer Aufl&ouml;sung von 1 Megabyte. Diese Karten best&auml;tigen das Vorhandensein von Chromosom Gebiete und die r&auml;umliche N&auml;he der kleinen, Gen-reiche Chromosomen. Wir identifiziert ein zus&auml;tzliches Ma&szlig; an Genom-Organisation, die durch die r&auml;umliche Trennung von offenen und geschlossenen Chromatin genomweiten zweigeteiltem bilden auszeichnet. An der Skala Megabase entspricht der Chromatin-Konformation ein Fraktal kugelbl&uuml;te, ein Knoten-frei, Polymer-Konformation, die es maximal dichten Verpackung erm&ouml;glicht und gleichzeitig die F&auml;higkeit, leicht Falten und entfalten alle genomischen Locus. Die Fraktale kugelbl&uuml;te unterscheidet sich von den h&auml;ufiger verwendeten kugelige Gleichgewichtsmodell. Unsere Ergebnisse zeigen die Macht der Hi-C ordnen Sie die dynamischen Konformationen von ganzer Genome.

Umfassende Zuordnung von Langstrecken-Interaktionen zeigt Falten Grunds&auml;tze des menschlichen Genoms.

Descriviamo Hi-C, un metodo che analizza l&#39;architettura tridimensionale dell&#39;intero genoma di accoppiamento basati sulla vicinanza legatura con sequenziamento massivamente parallelismo. Abbiamo costruito carte di prossimit&agrave; spaziale del genoma umano con Hi-C con una risoluzione di 1 megabase. Queste mappe confermano la presenza di territori del cromosoma e la prossimit&agrave; spaziale dei cromosomi piccoli, ricchi di gene. Abbiamo identificato un ulteriore livello di organizzazione del genoma che si caratterizza per la segregazione spaziale della cromatina aperta e chiusa a formare due compartimenti genome-wide. Alla scala megabase, la conformazione della cromatina &egrave; coerenza con un globulo frattale, un nodo-libero, conformazione del polimero che permette al massimo denso imballaggio pur conservando la capacit&agrave; di piegare e spiegare qualsiasi locus genomico facilmente. Il globulo frattale &egrave; distinto dal modello di equilibrio globulare pi&ugrave; comunemente utilizzati. I nostri risultati dimostrano la potenza di Hi-C per mappare le conformazioni dinamiche di interi genomi.

Mappatura completa delle interazioni a lungo raggio rivela pieghevoli principi del genoma umano.

&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x8D85;&#x4E26;&#x5217;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306B;&#x8FD1;&#x63A5;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B2;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3092;&#x7D50;&#x5408;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x3001;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D6;&#x306E;&#x5168;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x4E09;&#x6B21;&#x5143;&#x69CB;&#x9020;&#x3092;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x306F;&#x3001;Hi-C&#x3092;&#x8A18;&#x8FF0;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;1&#x30E1;&#x30AC;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x89E3;&#x50CF;&#x5EA6;&#x3067;&#x306F;Hi-C&#x3068;&#x30D2;&#x30C8;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x7A7A;&#x9593;&#x7684;&#x306A;&#x8FD1;&#x63A5;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D7;&#x3092;&#x69CB;&#x7BC9;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D7;&#x306F;&#x3001;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x9818;&#x57DF;&#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x3068;&#x3001;&#x5C0F;&#x3055;&#x306A;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x306E;&#x7A7A;&#x9593;&#x7684;&#x306A;&#x8FD1;&#x63A5;&#x6027;&#x3092;&#x78BA;&#x8A8D;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;2&#x3064;&#x200B;&#x200B;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30EF;&#x30A4;&#x30C9;&#x306A;&#x533A;&#x753B;&#x3092;&#x5F62;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x958B;&#x3044;&#x305F;&#x3001;&#x9589;&#x9396;&#x3057;&#x305F;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x7A7A;&#x9593;&#x7684;&#x306A;&#x5206;&#x96E2;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x7279;&#x5FB4;&#x3065;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x308B;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x7D44;&#x7E54;&#x306E;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3092;&#x540C;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30E1;&#x30AC;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x30B9;&#x30B1;&#x30FC;&#x30EB;&#x3067;&#x3001;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x30B3;&#x30F3;&#x30D5;&#x30A9;&#x30E1;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306F;&#x3001;&#x30D5;&#x30E9;&#x30AF;&#x30BF;&#x30EB;&#x7403;&#x3001;&#x7C21;&#x5358;&#x306B;&#x6298;&#x308A;&#x3001;&#x4EFB;&#x610F;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x5EA7;&#x3092;&#x5C55;&#x958B;&#x3059;&#x308B;&#x80FD;&#x529B;&#x3092;&#x7DAD;&#x6301;&#x3057;&#x306A;&#x304C;&#x3089;&#x6700;&#x5927;&#x9650;&#x306B;&#x5BC6;&#x30D1;&#x30C3;&#x30AD;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x53EF;&#x80FD;&#x306B;&#x3059;&#x308B;&#x7D50;&#x3073;&#x76EE;&#x30D5;&#x30EA;&#x30FC;&#x3001;&#x30DD;&#x30EA;&#x30DE;&#x30FC;&#x306E;&#x7ACB;&#x4F53;&#x69CB;&#x9020;&#x3068;&#x4E00;&#x8CAB;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30D5;&#x30E9;&#x30AF;&#x30BF;&#x30EB;&#x7403;&#x306F;&#x3088;&#x308A;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x7403;&#x72B6;&#x5747;&#x8861;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3068;&#x306F;&#x7570;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x3001;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x5168;&#x4F53;&#x306E;&#x52D5;&#x7684;&#x306A;&#x7ACB;&#x4F53;&#x69CB;&#x9020;&#x3092;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;Hi-C&#x306E;&#x30D1;&#x30EF;&#x30FC;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x9577;&#x8DDD;&#x96E2;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306E;&#x5305;&#x62EC;&#x7684;&#x306A;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0;&#x306F;&#x3001;&#x30D2;&#x30C8;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x6298;&#x308A;&#x305F;&#x305F;&#x307F;&#x306E;&#x539F;&#x7406;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;

&#xC6B0;&#xB9AC; &#xD558;&#xC774;-C, &#xB300;&#xADDC;&#xBAA8; &#xBCD1;&#xB82C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xACFC; &#xADFC;&#xC811;&#xC5D0; &#xAE30;&#xCD08;&#xB97C; &#xB454; &#xACB0; &#xCC30; &#xCEE4;&#xD50C;&#xB9C1; &#xD558; &#xC5EC; &#xC804;&#xCCB4; &#xAC8C;&#xB188;&#xC758; 3 &#xCC28;&#xC6D0; &#xAD6C;&#xC870;&#xB97C; &#xC870;&#xC0AC; &#xD558;&#xB294; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xC124;&#xBA85; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xAC74;&#xC124; 1 megabase &#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD558;&#xC774;-C&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xC778;&#xAC04; &#xAC8C;&#xB188;&#xC758; &#xC9C0;&#xB3C4; &#xACF5;&#xAC04; &#xADFC;&#xC811;. &#xC774; &#xC9C0;&#xB3C4; &#xD655;&#xC778; &#xC5FC;&#xC0C9;&#xCCB4; &#xC601;&#xD1A0;&#xC758; &#xC874;&#xC7AC;&#xC640; &#xC791;&#xC740;, &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC5FC;&#xC0C9;&#xCCB4;&#xC758; &#xACF5;&#xAC04; &#xADFC;&#xC811;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xAC8C;&#xB188; &#xC870;&#xC9C1;&#xC5D0; &#xB450; &#xAC1C;&#xC758; &#xAC8C;&#xB188; &#xB113;&#xC740; &#xAD6C;&#xD68D;&#xC744; &#xD615;&#xC131; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xAC1C;&#xBC29;&#xC801;&#xC774; &#xACE0; &#xD3D0;&#xC1C4; chromatin&#xC758; &#xACF5;&#xAC04;&#xC801; &#xBD84;&#xB9AC;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xD2B9;&#xC9D5;&#xC758; &#xCD94;&#xAC00; &#xC218;&#xC900;&#xC744; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. Megabase &#xADDC;&#xBAA8; chromatin &#xAD6C;&#xC870;&#xB97C; &#xD504;&#xB799;&#xD0C8; globule, &#xB9E4;&#xB4ED; &#xD504;&#xB9AC; &#xD3F4;&#xB9AC;&#xBA38; &#xB098; &#xB780; &#xC27D;&#xAC8C; &#xC811;&#xC744; &#xD558; &#xACE0; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xAC8C;&#xB188; &#xB85C;&#xCEE4; &#xC2A4;&#xB97C; &#xC804;&#xAC1C; &#xD558;&#xB294; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xC720;&#xC9C0; &#xD558;&#xBA74;&#xC11C; &#xCD5C;&#xB300;&#xD55C; &#xC870;&#xBC00;&#xD55C; &#xD3EC;&#xC7A5; &#xC218; &#xC788;&#xB3C4;&#xB85D; &#xC77C;&#xCE58;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xD504;&#xB799;&#xD0C8; globule &#xB354; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB418;&#xB294; &#xAD6C;&#xD615; &#xD3C9;&#xD615; &#xBAA8;&#xB378;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBCC4;&#xAC1C;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xACB0;&#xACFC; &#xC804;&#xCCB4; &#xAC8C;&#xB188;&#xC758; &#xB3D9;&#xC801; conformations &#xB9E4;&#xD551;&#xD560; &#xD558;&#xC774; C&#xC758; &#xD30C;&#xC6CC; &#xC785;&#xC99D;.

&#xC7A5;&#xAC70;&#xB9AC; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC758; &#xD3EC;&#xAD04;&#xC801;&#xC778; &#xB9E4;&#xD551; &#xC778;&#xAC04; &#xAC8C;&#xB188;&#xC758; &#xC811;&#xB294; &#xC6D0;&#xB9AC;&#xB97C; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC900;&#xB2E4;.

Se describe Hi-C, un m&#xE9;todo que las sondas de la arquitectura tridimensional de todo el genoma mediante el acoplamiento basado en la proximidad con la ligadura de secuenciaci&#xF3;n masiva en paralelo. Hemos construido los mapas espaciales de proximidad del genoma humano con Hi-C, a una resoluci&#xF3;n de 1 megabase. Estos mapas confirmar la presencia de los territorios cromos&#xF3;micos y la proximidad espacial de peque&#xF1;as gen ricos en cromosomas. Se identificaron un nivel adicional de organizaci&#xF3;n del genoma que se caracteriza por la segregaci&#xF3;n espacial de la cromatina abierta y cerrada para formar dos compartimentos en todo el genoma. En la escala megabase, la conformaci&#xF3;n de la cromatina es consistente con un gl&#xF3;bulo fractal, un nudo-libre, conformaci&#xF3;n pol&#xED;mero que permite el envasado m&#xE1;ximamente densa preservando al mismo tiempo la capacidad de plegar y desplegar f&#xE1;cilmente cualquier locus gen&#xF3;mico. El gl&#xF3;bulo fractal es distinto del modelo de equilibrio m&#xE1;s com&#xFA;nmente utilizado globular. Nuestros resultados demuestran el poder de Hi-C para mapear las conformaciones din&#xE1;micas de genomas completos.

Elaboraci&#xF3;n de mapas detallados de las interacciones de largo alcance revela principios de plegado del Genoma Humano

&#x6211;&#x4EEC;&#x5EFA;&#x9020;&#x8BED;&#x6599;&#x5E93;&#x7684;&#x6570;&#x5B57;&#x5316;&#x6587;&#x672C;&#x5305;&#x542B;&#x4EE5;&#x5F80;&#x4EFB;&#x4F55;&#x65F6;&#x5019;&#x90FD;&#x6253;&#x5370;&#x7684;&#x6240;&#x6709;&#x4E66;&#x7684; 4%&#x5DE6;&#x53F3;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E2A;&#x8BED;&#x6599;&#x5E93;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#x4F7F;&#x6211;&#x4EEC;&#x80FD;&#x591F;&#x5B9A;&#x91CF;&#x8C03;&#x67E5;&#x6587;&#x5316;&#x7684;&#x8D8B;&#x52BF;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8C03;&#x67E5;&#x7684;&#x5E7F;&#x9614;&#x5730;&#x5F62;&#x7684; &#39;culturomics&#39; &#x96C6;&#x4E2D;&#x53CD;&#x6620;&#x5728; 1800&#x5E74;&#x81F3; 2000 &#x5E74;&#x671F;&#x95F4;&#x7684;&#x82F1;&#x8BED;&#x8BED;&#x8A00;&#x4E2D;&#x7684;&#x8BED;&#x8A00;&#x548C;&#x6587;&#x5316;&#x73B0;&#x8C61;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8868;&#x73B0;&#x51FA;&#x8FD9;&#x79CD;&#x529E;&#x6CD5;&#x53EF;&#x4EE5;&#x5982;&#x4F55;&#x63D0;&#x4F9B;&#x6709;&#x5173;&#x8BCD;&#x5178;&#x3001; &#x8BED;&#x6CD5;&#x3001; &#x96C6;&#x4F53;&#x8BB0;&#x5FC6;&#x6280;&#x672F;&#x7684;&#x91C7;&#x7528;&#xFF0C;&#x8FFD;&#x6C42;&#x540D;&#x5229;&#x3001; &#x5BA1;&#x67E5;&#x5236;&#x5EA6;&#x548C;&#x5386;&#x53F2;&#x7684;&#x6D41;&#x884C;&#x75C5;&#x5B66;&#x7684;&#x6CBF;&#x9769;&#x7B49;&#x591A;&#x4E2A;&#x9886;&#x57DF;&#x7684;&#x89C1;&#x89E3;&#x3002;Culturomics &#x6269;&#x5C55;&#x4E25;&#x683C;&#x5B9A;&#x91CF;&#x8C03;&#x67E5;&#x8DE8;&#x8D8A;&#x793E;&#x4F1A;&#x79D1;&#x5B66;&#x548C;&#x4EBA;&#x6587;&#x5B66;&#x79D1;&#x7684;&#x65B0;&#x73B0;&#x8C61;&#x7684;&#x8303;&#x56F4;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x7684;&#x8FB9;&#x754C;&#x3002;

&#x4F7F;&#x7528;&#x6570;&#x4EE5;&#x767E;&#x4E07;&#x8BA1;&#x7684;&#x6570;&#x5B57;&#x5316;&#x56FE;&#x4E66;&#x6587;&#x5316;&#x7684;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5206;&#x6790;&#x3002;

We constructed a corpus of digitized texts containing about 4% of all books ever printed. Analysis of this corpus enables us to investigate cultural trends quantitatively. We survey the vast terrain of 'culturomics,' focusing on linguistic and cultural phenomena that were reflected in the English language between 1800 and 2000. We show how this approach can provide insights about fields as diverse as lexicography, the evolution of grammar, collective memory, the adoption of technology, the pursuit of fame, censorship, and historical epidemiology. Culturomics extends the boundaries of rigorous quantitative inquiry to a wide array of new phenomena spanning the social sciences and the humanities.

Quantitative analysis of culture using millions of digitized books.

Nous avons construit un corpus de textes num&eacute;ris&eacute;s, contenant environ 4 % de tous les livres jamais imprim&eacute;s. L&#39;analyse de ce corpus nous permet d&#39;&eacute;tudier les tendances culturelles quantitativement. Nous sondons le vaste terrain de &laquo; culturomics, &raquo; en se concentrant sur des ph&eacute;nom&egrave;nes linguistiques et culturels qui ont &eacute;t&eacute; refl&eacute;t&eacute;es dans la langue anglaise entre 1800 et 2000. Nous montrons comment cette approche peut &eacute;clairer sur des domaines aussi vari&eacute;s que la lexicographie, l&#39;&eacute;volution de la grammaire, la m&eacute;moire collective, l&#39;adoption de la technologie, la poursuite de la c&eacute;l&eacute;brit&eacute;, censure et &eacute;pid&eacute;miologie historique. Culturomics &eacute;tend les fronti&egrave;res de l&#39;enqu&ecirc;te quantitative rigoureuse &agrave; un large &eacute;ventail de nouveaux ph&eacute;nom&egrave;nes s&#39;&eacute;tendant sur les sciences sociales et humaines.

Analyse quantitative de la culture &agrave; l&#39;aide des millions de livres num&eacute;ris&eacute;s.

Wir konstruiert einen Korpus der digitalisierte Texte, die mit etwa 4 % aller B&uuml;cher, die jemals gedruckt. Analysen dieser Corpus k&ouml;nnen wir kulturelle Trends quantitativ zu untersuchen. Wir inspizieren das riesige Gel&auml;nde der &#39;Culturomics&#39;, Konzentration auf sprachliche und kulturelle Ph&auml;nomene, die in der englischen Sprache zwischen 1800 und 2000 reflektiert wurden. Wir zeigen, wie dieser Ansatz Einblick in so unterschiedlichen Bereichen wie Lexikographie, die Entwicklung der Grammatik, kollektives Ged&auml;chtnis, die Annahme der Technologie, das Streben nach Ruhm, Zensur und historischer Epidemiologie bereitstellen kann. Culturomics erweitert die Grenzen der strengen quantitative Untersuchung an eine Vielzahl neuer Ph&auml;nomene, die aus den Geistes- und Sozialwissenschaften.

Quantitative Analyse der Kultur, die mit Millionen digitalisierte B&uuml;cher.

Abbiamo costruito un corpus di testi digitalizzati che contiene circa il 4% di tutti i libri mai stampati. Analisi di questo corpus ci permettono di indagare le tendenze culturali quantitativamente. Noi di indagine il vasto terreno di &#39;culturomics&#39;, concentrandosi sui fenomeni linguistici e culturali che sono stati riflessi nella lingua inglese tra il 1800 e 2000. Vi mostriamo come questo approccio pu&ograve; fornire approfondimenti sui campi diversi come la lessicografia, l&#39;evoluzione della grammatica, memoria collettiva, l&#39;adozione della tecnologia, la ricerca della fama, censura ed epidemiologia storico. Culturomics estende i confini della rigorosa indagine quantitativa di una vasta gamma di nuovi fenomeni che abbracciano le scienze sociali e umanistiche.

Analisi quantitativa della cultura utilizzando i milioni di libri digitalizzati.

&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x3053;&#x308C;&#x307E;&#x3067;&#x5370;&#x5237;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x672C;&#x306E;&#x7D04; 4 &#xFF05; &#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x30C7;&#x30B8;&#x30BF;&#x30EB;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30C6;&#x30AD;&#x30B9;&#x30C8;&#x306E;&#x30B3;&#x30FC;&#x30D1;&#x30B9;&#x3092;&#x69CB;&#x7BC9;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30B3;&#x30FC;&#x30D1;&#x30B9;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x5B9A;&#x91CF;&#x7684;&#x6587;&#x5316;&#x306E;&#x52D5;&#x5411;&#x3092;&#x8ABF;&#x67FB;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#39;Culturomics&#x3001;1800&#x5E74; &#xFF5E; 2000&#x5E74;&#x82F1;&#x8A9E;&#x3067;&#x53CD;&#x6620;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x8A00;&#x8A9E;&#x7684;&#x30FB;&#x6587;&#x5316;&#x7684;&#x73FE;&#x8C61;&#x306B;&#x7126;&#x70B9;&#x3092;&#x5F53;&#x3066;&#x3066;&#39; &#x306E;&#x5E83;&#x5927;&#x306A;&#x571F;&#x5730;&#x3092;&#x8ABF;&#x67FB;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x79C1;&#x9054;&#x306F;&#x3053;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x304C;&#x8F9E;&#x66F8;&#x3001;&#x6587;&#x6CD5;&#x3001;&#x96C6;&#x56E3;&#x7684;&#x8A18;&#x61B6;&#x3001;&#x6280;&#x8853;&#x306E;&#x63A1;&#x7528;&#x3001;&#x540D;&#x58F0;&#x3001;&#x691C;&#x95B2;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x6B74;&#x53F2;&#x7684;&#x306A;&#x75AB;&#x5B66;&#x306E;&#x8FFD;&#x6C42;&#x306E;&#x9032;&#x5316;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x5E45;&#x5E83;&#x3044;&#x5206;&#x91CE;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x306E;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3059;&#x308B;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;Culturomics &#x53B3;&#x683C;&#x306A;&#x5B9A;&#x91CF;&#x7684;&#x554F;&#x3044;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x4EBA;&#x6587;&#x79D1;&#x5B66;&#x3068;&#x793E;&#x4F1A;&#x79D1;&#x5B66;&#x306B;&#x307E;&#x305F;&#x304C;&#x308B;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x73FE;&#x8C61;&#x306E;&#x5E83;&#x3044;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x5883;&#x754C;&#x3092;&#x62E1;&#x5F35;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30C7;&#x30B8;&#x30BF;&#x30EB;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x66F8;&#x7C4D;&#x306E;&#x6570;&#x767E;&#x4E07;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x6587;&#x5316;&#x306E;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5206;&#x6790;&#x3002;

&#xC6B0;&#xB9AC; &#xAC74;&#xC124;&#xC758; &#xB514;&#xC9C0;&#xD138;&#xD654; &#xB41C; &#xD14D;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xB97C; &#xC778;&#xC1C4; &#xB41C; &#xBAA8;&#xB4E0;&#xB3C4; &#xC11C;&#xC758; &#xC57D; 4%&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; &#xBAA8;&#xC74C;. &#xC774; &#xCF54; &#xD37C;&#xC2A4; &#xBD84;&#xC11D; &#xBB38;&#xD654; &#xD2B8;&#xB80C;&#xB4DC;&#xB97C; &#xC591;&#xC801; &#xC870;&#xC0AC; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC870;&#xC0AC; &#39;culturomics,&#39; 1800 &#xB144;&#xACFC; 2000 &#xB144; &#xC0AC;&#xC774; &#xC601;&#xC5B4; &#xC5B8;&#xC5B4;&#xC5D0; &#xBC18;&#xC601; &#xB41C; &#xC5B8;&#xC5B4; &#xBC0F; &#xBB38;&#xD654; &#xD604;&#xC0C1;&#xC5D0; &#xCD08;&#xC810;&#xC744; &#xB9DE;&#xCD94;&#xACE0;&#xC758; &#xAD11;&#xB300; &#xD55C; &#xC9C0;&#xD615;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC5B4;&#xB5BB;&#xAC8C;&#xC774; &#xC774;&#xB807;&#xAC8C; &#xC0AC;&#xC804;, &#xBB38;&#xBC95;, &#xC9D1;&#xB2E8;&#xC801; &#xAE30;&#xC5B5;, &#xAE30;&#xC220; &#xB3C4;&#xC785;, &#xAC80;&#xC5F4;, &#xBA85;&#xC131;&#xACFC; &#xC5ED;&#xC0AC;&#xC801; &#xC5ED;&#xD559;&#xC758; &#xCD94;&#xAD6C;&#xC758; &#xC9C4;&#xD654; &#xB4F1; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xBD84;&#xC57C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD1B5;&#xCC30;&#xB825;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. Culturomics&#xB294; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xC0AC;&#xD68C; &#xACFC;&#xD559; &#xBC0F; &#xC778;&#xBB38;&#xD559;&#xC5D0; &#xAC78;&#xCE5C; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xD604;&#xC0C1;&#xC5D0; &#xC5C4;&#xACA9;&#xD55C; &#xC591;&#xC801; &#xC870;&#xC0AC;&#xC758; &#xACBD;&#xACC4;&#xB97C; &#xD655;&#xC7A5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xB514;&#xC9C0;&#xD138;&#xB41C;&#xB3C4; &#xC11C;&#xC758; &#xC218;&#xBC31;&#xB9CC; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xBB38;&#xD654;&#xAD8C;&#xC758; &#xC815;&#xB7C9; &#xBD84;&#xC11D;.

Construimos un corpus de textos digitalizados que contiene un 4% de todos los libros jam&aacute;s impresos. An&aacute;lisis de este corpus permite investigar las tendencias culturales cuantitativamente. Estudio el vasto terreno de &quot;culturomics&quot;, centr&aacute;ndose en los fen&oacute;menos ling&uuml;&iacute;sticos y culturales que se reflejaban en el idioma ingl&eacute;s entre 1800 y 2000. Mostramos c&oacute;mo este enfoque puede proporcionar informaci&oacute;n sobre campos tan diversos como la lexicograf&iacute;a, la evoluci&oacute;n de la gram&aacute;tica, la memoria colectiva, la adopci&oacute;n de la tecnolog&iacute;a, la b&uacute;squeda de la fama, la censura y la epidemiolog&iacute;a hist&oacute;rica. Culturomics se extiende los l&iacute;mites de rigurosa investigaci&oacute;n cuantitativa a una amplia gama de nuevos fen&oacute;menos que abarca las ciencias sociales y Humanidades.

Erez Lieberman-Aiden

Broad Institute of Harvard and Massachusetts Institute of Technology

Hi-C: A Method to Study the Three-dimensional Architecture of Genomes.