genotypic-inference-hiv-1-tropism-using-population-based-sequencing

Genotypic Inference of HIV-1 Tropism Using Population-based Sequencing of V3

Background: Prior to receiving a drug from CCR5-antagonist class in HIV therapy, a patient must undergo an HIV tropism test to confirm that his or her ...

inferencia-genotipica-de-tropismo-vih-1-usando-secuanciacion-de-v3

Inferencia Genotipica de tropismo VIH-1 usando secuanciacion de V3 basada en poblacion - ADVERTISEMENT

BC Centre for Excellence in HIV/AIDS

The introduction of CCR5 antagonists increases the options available for constructing antiretroviral regimens. However, this option is coupled with the caveat that patients should be tested for HIV coreceptor tropism prior to initiating CCR5 antagonist-based therapy. Failure to screen for CXCR4 usage increases the risk of using an ineffective drug, thus reducing the likelihood of viral suppression and increasing their risk for developing antiretroviral resistance. This review discusses current and future methods of determining HIV tropism, with a focus on their utility in the clinical setting for screening purposes. Some of these methods include recombinant phenotypic tests, such as the Monogram Trofile assay, as well as genotype-based predictors, heteroduplex tracking assays, and flow cytometry based methods. Currently, the best evidence supports the use of phenotypic methods, although other methods of screening for HIV coreceptor usage prior to the administration of CCR5 antagonists may reduce costs and increase turnaround time over phenotypic methods. The presence of low levels of X4 virus is a challenge to all assay methods, resulting in reduced sensitivity in clinical, patient-derived samples when compared to clonally derived samples. Gaining a better understanding of the output of these assays and correlating them with clinical progression and therapy response will provide some indication on how both genotype-based, and phenotypic assays for determining HIV coreceptor usage can be improved. In addition, leveraging new technologies capable of detecting low-level minority species may provide the most significant advances in ensuring that individuals with low levels of dual/mixed tropic virus are not inadvertently prescribed CCR5 antagonists.

HIV coreceptor phenotyping in the clinical setting.

L&#x26;#39;introduction des antagonistes CCR5 augmente les options disponibles pour la construction de sch&#xE9;mas th&#xE9;rapeutiques antir&#xE9;troviraux. Toutefois, cette option est coupl&#xE9; avec la mise en garde que les patients doivent &#xEA;tre test&#xE9;s pour le VIH cor&#xE9;cepteur tropisme CCR5 avant d&#x26;#39;entreprendre une th&#xE9;rapie &#xE0; base antagoniste. Le d&#xE9;faut de l&#x26;#39;&#xE9;cran pour CXCR4 utilisation augmente le risque d&#x26;#39;utiliser un m&#xE9;dicament inefficace, r&#xE9;duisant ainsi la probabilit&#xE9; de la suppression virale et d&#x26;#39;accro&#xEE;tre leur risque de d&#xE9;velopper la r&#xE9;sistance aux antir&#xE9;troviraux. Cette revue discute des m&#xE9;thodes actuelles et futures de la d&#xE9;termination du VIH de tropisme, avec un accent sur leur utilit&#xE9; dans le contexte clinique &#xE0; des fins de d&#xE9;pistage. Certaines de ces m&#xE9;thodes comprennent des tests ph&#xE9;notypiques recombinants, tels que le dosage Trofile de Monogram, ainsi que le g&#xE9;notype &#xE0; base de pr&#xE9;dicteurs, h&#xE9;t&#xE9;roduplex tests de suivi, et les m&#xE9;thodes de cytom&#xE9;trie en flux sur la base. Actuellement, la meilleure preuve appuie l&#x26;#39;utilisation de m&#xE9;thodes ph&#xE9;notypiques, m&#xEA;me si d&#x26;#39;autres m&#xE9;thodes de d&#xE9;pistage du VIH avant l&#x26;#39;utilisation du cor&#xE9;cepteur &#xE0; l&#x26;#39;administration d&#x26;#39;antagonistes du CCR5 peut r&#xE9;duire les co&#xFB;ts et augmenter le temps d&#x26;#39;ex&#xE9;cution par rapport aux m&#xE9;thodes ph&#xE9;notypiques. La pr&#xE9;sence de faibles concentrations de virus X4 est un d&#xE9;fi &#xE0; toutes les m&#xE9;thodes de dosage, ce qui entra&#xEE;ne une sensibilit&#xE9; r&#xE9;duite en recherche clinique et le patient d&#xE9;riv&#xE9;s des &#xE9;chantillons par rapport &#xE0; des &#xE9;chantillons de clonage d&#xE9;riv&#xE9;es. Acqu&#xE9;rir une meilleure compr&#xE9;hension de la sortie de ces tests et en les corr&#xE9;lant avec la progression clinique et la r&#xE9;ponse th&#xE9;rapeutique se donner une certaine indication sur la fa&#xE7;on dont les deux tests bas&#xE9;s sur le g&#xE9;notype-et ph&#xE9;notypique pour d&#xE9;terminer le VIH cor&#xE9;cepteur utilisation peut &#xEA;tre am&#xE9;lior&#xE9;e. En outre, en s&#x26;#39;appuyant sur les nouvelles technologies capables de d&#xE9;tecter des esp&#xE8;ces minoritaires de bas niveau peut fournir les avanc&#xE9;es les plus significatives pour assurer que les personnes avec de faibles niveaux de virus &#xE0; tropisme double / mixte ne sont pas prescrits par inadvertance antagonistes du r&#xE9;cepteur CCR5.

VIH cor&#xE9;cepteur ph&#xE9;notypage dans le milieu clinique

Die Einf&uuml;hrung des CCR5-Antagonisten erh&ouml;ht die M&ouml;glichkeiten f&uuml;r den Bau von antiretroviralen Therapien. Diese Option ist jedoch mit dem Vorbehalt gekoppelt, dass Patienten f&uuml;r HIV Coreceptor Tropismus vor dem Einleiten von CCR5-Antagonist-Therapie getestet werden soll. Fehler beim Bildschirm f&uuml;r CXCR4-Nutzung erh&ouml;ht das Risiko f&uuml;r eine unwirksame Droge verwenden, damit Verringerung der Wahrscheinlichkeit der viralen Unterdr&uuml;ckung und das Risiko f&uuml;r die Entwicklung von antiretroviralen Widerstand erh&ouml;ht. Diesen Bericht werden aktuelle und zuk&uuml;nftige Methoden zur Bestimmung von HIV Tropismus, mit einem Fokus auf ihren Nutzen in der klinischen Einstellung zu screening-Zwecken behandelt. Einige dieser Methoden sind rekombinante ph&auml;notypische Tests, wie z. B. das Monogramm Trofile Assay sowie Genotyp-basierte Pr&auml;diktoren, Heteroduplex tracking Proben, und Durchflusszytometrie-basierte Methoden. Der beste Beweis unterst&uuml;tzt derzeit die Verwendung der ph&auml;notypischen Methoden, obwohl andere Methoden des Screenings f&uuml;r HIV Coreceptor Verwendung vor der Verabreichung von CCR5-Antagonisten senken und Turnaround-Zeit &uuml;ber ph&auml;notypische Methoden erh&ouml;hen k&ouml;nnen. Das Vorhandensein von X 4-Virus eine Herausforderung f&uuml;r alle Testverfahren ist, was zu niedrigen reduziert Empfindlichkeit in klinischen, Patienten abgeleiteten Proben im Vergleich zu klonal abgeleiteten Proben. Gewinnt ein besseres Verst&auml;ndnis der Produktion diese Proben und korrelieren sie mit klinischen Verlauf und Therapie Antwort liefern Anhaltspunkte wie sowohl Genotyp-basierte, und ph&auml;notypische Assays zur Bestimmung von HIV Coreceptor Auslastung verbessert werden k&ouml;nnen. Dar&uuml;ber hinaus kann Aufsp&uuml;ren von Low-Level Minderheit Arten neue Technologien genutzt bieten die bedeutendsten Fortschritte um sicherzustellen, dass Personen mit niedrigem Dual/gemischt tropischen Virus CCR5-Antagonisten nicht versehentlich vorgeschrieben sind.

HIV Coreceptor pathologies in der klinischen Einstellung.

L&#39;introduzione degli antagonisti del CCR5 aumenta le opzioni disponibili per la costruzione di regimi antiretrovirali. Tuttavia, questa opzione &egrave; accoppiata con l&#39;avvertenza che i pazienti devono essere verificati per tropismo coreceptor HIV prima di iniziare la terapia basata sull&#39;antagonista CCR5. Guasto allo schermo per CXCR4 utilizzo aumenta il rischio di usando un farmaco inefficacia, riducendo la probabilit&agrave; di soppressione virale e aumentare il loro rischio di sviluppare resistenza antiretrovirale. Questa recensione discute i metodi attuali e future della determinazione tropismo di HIV, con un focus sulla loro utilit&agrave; in ambito clinico per fini di screening. Alcuni di questi metodi includono ricombinante prove fenotipiche, quali test Trofile Monogram, nonch&eacute; predittori basati sul genotipo, heteroduplex tracking dosaggi, e flusso cytometry basato su metodi. Attualmente, la miglior prova supporta l&#39;utilizzo di metodi fenotipici, sebbene altri metodi di screening per l&#39;utilizzo di coreceptor HIV prima della somministrazione degli antagonisti del CCR5 possono ridurre i costi e aumentare i tempi di consegna sopra metodi fenotipici. La presenza di bassi livelli di 4 X virus &egrave; una sfida a tutti i metodi di analisi, con conseguente ridotta sensibilit&agrave; nei campioni clinici, derivato dal paziente rispetto ai campioni clonandosi derivate. Acquisire una migliore comprensione dell&#39;output di questi dosaggi e loro correlazione con la risposta di progressione e terapia clinica fornir&agrave; qualche indicazione su come sia basata sul genotipo e fenotipiche saggi per determinare l&#39;utilizzo di coreceptor HIV possono essere migliorati. Inoltre, sfruttando le nuove tecnologie in grado di rilevare le specie a basso livello di minoranza pu&ograve; fornire i progressi pi&ugrave; significativi nel garantire che gli individui con bassi livelli di virus tropicale dual/misto non sono prescritti inavvertitamente antagonisti del CCR5.

Fenotipi di coreceptor HIV in ambito clinico.

CCR5&#x62EE;&#x6297;&#x85AC;&#x306E;&#x5C0E;&#x5165;&#x306F;&#x3001;&#x6297;&#x30EC;&#x30C8;&#x30ED;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x7642;&#x6CD5;&#x3092;&#x69CB;&#x7BC9;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x30AA;&#x30D7;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3092;&#x5897;&#x3084;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305F;&#x3060;&#x3057;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x30AA;&#x30D7;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306F;&#x3001;&#x60A3;&#x8005;&#x304C;CCR5&#x62EE;&#x6297;&#x85AC;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x6CBB;&#x7642;&#x3092;&#x958B;&#x59CB;&#x3059;&#x308B;&#x524D;&#x306B;HIV&#x30B3;&#x30EC;&#x30BB;&#x30D7;&#x30BF;&#x30FC;&#x89AA;&#x548C;&#x6027;&#x3092;&#x30C6;&#x30B9;&#x30C8;&#x3059;&#x308B;&#x5FC5;&#x8981;&#x304C;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x8B66;&#x544A;&#x3057;&#x3066;&#x7D50;&#x5408;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002; CXCR4&#x4F7F;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x753B;&#x9762;&#x306B;&#x969C;&#x5BB3;&#x304C;&#x767A;&#x751F;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x3001;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x6291;&#x5236;&#x306E;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x3092;&#x8EFD;&#x6E1B;&#x3057;&#x3001;&#x6297;&#x30EC;&#x30C8;&#x30ED;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x85AC;&#x8010;&#x6027;&#x3092;&#x958B;&#x767A;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30EA;&#x30B9;&#x30AF;&#x3092;&#x5897;&#x52A0;&#x3055;&#x305B;&#x308B;&#x52B9;&#x679C;&#x304C;&#x85AC;&#x5264;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x306E;&#x30EA;&#x30B9;&#x30AF;&#x3092;&#x5897;&#x5927;&#x3055;&#x305B;&#x308B;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30EC;&#x30D3;&#x30E5;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30FC;&#x30CB;&#x30F3;&#x30B0;&#x76EE;&#x7684;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x81E8;&#x5E8A;&#x306E;&#x73FE;&#x5834;&#x3067;&#x305D;&#x306E;&#x6709;&#x7528;&#x6027;&#x306B;&#x7126;&#x70B9;&#x3092;&#x5F53;&#x3066;&#x3066;&#x3001;HIV&#x89AA;&#x548C;&#x6027;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x73FE;&#x5728;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x5C06;&#x6765;&#x306E;&#x65B9;&#x6CD5;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x8AAC;&#x660E;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x306E;&#x4E00;&#x90E8;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x30E2;&#x30CE;&#x30B0;&#x30E9;&#x30E0;Trofile&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x7D44;&#x63DB;&#x3048;&#x8868;&#x73FE;&#x578B;&#x691C;&#x67FB;&#x3001;&#x4E26;&#x3073;&#x306B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3001;&#x30D8;&#x30C6;&#x30ED;&#x8FFD;&#x8DE1;&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x3001;&#x30D5;&#x30ED;&#x30FC;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x30E1;&#x30C8;&#x30EA;&#x30FC;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x30E1;&#x200B;&#x200B;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x304C;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002; CCR5&#x62EE;&#x6297;&#x85AC;&#x306E;&#x6295;&#x4E0E;&#x524D;HIV&#x30B3;&#x30EC;&#x30BB;&#x30D7;&#x30BF;&#x30FC;&#x4F7F;&#x7528;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30FC;&#x30CB;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x65B9;&#x6CD5;&#x306F;&#x4ED6;&#x306B;&#x30B3;&#x30B9;&#x30C8;&#x3092;&#x524A;&#x6E1B;&#x3057;&#x3001;&#x8868;&#x73FE;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x6240;&#x8981;&#x6642;&#x9593;&#x3092;&#x5897;&#x52A0;&#x3055;&#x305B;&#x308B;&#x304B;&#x3082;&#x3057;&#x308C;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x304C;&#x3001;&#x73FE;&#x5728;&#x3001;&#x6700;&#x9AD8;&#x306E;&#x8A3C;&#x62E0;&#x306F;&#x3001;&#x8868;&#x73FE;&#x578B;&#x306E;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x306E;&#x4F7F;&#x7528;&#x3092;&#x30B5;&#x30DD;&#x30FC;&#x30C8;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002; X4&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x4F4E;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x306F;&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3;&#x7531;&#x6765;&#x306E;&#x8A66;&#x6599;&#x306B;&#x6BD4;&#x3079;&#x3001;&#x81E8;&#x5E8A;&#x3001;&#x60A3;&#x8005;&#x7531;&#x6765;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x4E2D;&#x306E;&#x611F;&#x5EA6;&#x4F4E;&#x4E0B;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x3001;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x6CD5;&#x3078;&#x306E;&#x6311;&#x6226;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x306E;&#x51FA;&#x529B;&#x306E;&#x3088;&#x308A;&#x826F;&#x3044;&#x7406;&#x89E3;&#x3092;&#x7372;&#x5F97;&#x3057;&#x3001;&#x81E8;&#x5E8A;&#x7684;&#x9032;&#x884C;&#x3068;&#x6CBB;&#x7642;&#x5FDC;&#x7B54;&#x3068;&#x305D;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x76F8;&#x95A2;&#x95A2;&#x4FC2;&#x3092;&#x628A;&#x63E1;&#x3059;&#x308B;HIV&#x30B3;&#x30EC;&#x30BB;&#x30D7;&#x30BF;&#x30FC;&#x4F7F;&#x7528;&#x91CF;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x578B;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x8868;&#x73FE;&#x578B;&#x306E;&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x3092;&#x5411;&#x4E0A;&#x3055;&#x305B;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x65B9;&#x6CD5;&#x306B;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x6307;&#x6A19;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3001;&#x4F4E;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306E;&#x5C11;&#x6570;&#x7A2E;&#x3092;&#x691C;&#x51FA;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x65B0;&#x6280;&#x8853;&#x3092;&#x6D3B;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x30C7;&#x30E5;&#x30A2;&#x30EB;/&#x30DF;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x71B1;&#x5E2F;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x4F4E;&#x6C34;&#x6E96;&#x3068;&#x500B;&#x4EBA;&#x304C;&#x4E0D;&#x7528;&#x610F;&#x306B;CCR5&#x62EE;&#x6297;&#x85AC;&#x3092;&#x51E6;&#x65B9;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x306A;&#x3044;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x78BA;&#x4FDD;&#x3059;&#x308B;&#x4E0A;&#x3067;&#x6700;&#x3082;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x9032;&#x6B69;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x81E8;&#x5E8A;&#x73FE;&#x5834;&#x3067;&#x306E;HIV&#x30B3;&#x30EC;&#x30BB;&#x30D7;&#x30BF;&#x30FC;&#x8868;&#x73FE;&#x578B;

CCR5 &#xAE38; &#xD56D; &#xC81C; &#xB3C4;&#xC785; &#xD56D; &#xB808;&#xD2B8;&#xB85C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC694;&#xBC95;&#xC744; &#xC0DD;&#xC131; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xC635;&#xC158;&#xC744; &#xC99D;&#xAC00; &#xC2DC;&#xD0B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;,&#xC774; &#xC635;&#xC158;&#xC740; &#xD658;&#xC790; &#xC5D0;&#xC774;&#xC988; coreceptor tropism CCR5 &#xAE38; &#xD56D; &#xC81C;&#xC5D0; &#xAE30;&#xCD08;&#xB97C; &#xB454; &#xCE58;&#xB8CC;&#xB97C; &#xC2DC;&#xC791; &#xD558;&#xAE30; &#xC804;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD14C;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xD574;&#xC57C; &#xD558;&#xB294; &#xACBD;&#xACE0;&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xACB0;&#xD569; &#xD558; &#xC5EC;. CXCR4 &#xC0AC;&#xC6A9;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD654;&#xBA74;&#xC5D0; &#xC2E4;&#xD328; &#xBE44; &#xD6A8;&#xACFC; &#xC57D;&#xBB3C;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC5B5;&#xC81C;&#xC758; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC744; &#xC904;&#xC774;&#xB294; &#xB530;&#xB77C;&#xC11C; &#xACE0; &#xB808;&#xD2B8; &#xC800;&#xD56D;&#xC744; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD55C; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xC704;&#xD5D8;&#xC744; &#xC99D;&#xAC00;&#xC758; &#xC704;&#xD5D8;&#xC744; &#xC99D;&#xAC00; &#xC2DC;&#xD0B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xAC80;&#xD1A0; &#xACB0;&#xC815; &#xBAA9;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC0C1;&#xC601; &#xD558;&#xB294; &#xC784;&#xC0C1; &#xC124;&#xC815;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC790;&#xC2E0;&#xC758; &#xC720;&#xD2F8;&#xB9AC;&#xD2F0;&#xC5D0; &#xCD08;&#xC810;&#xC744; &#xB9DE;&#xCD98; HIV tropism&#xC758; &#xD604;&#xC7AC;&#xC640; &#xBBF8;&#xB798;&#xC758; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xC124;&#xBA85; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xBC29;&#xBC95; &#xC911; &#xC77C;&#xBD80;&#xB294; &#xBAA8;&#xB178; &#xADF8;&#xB7A8; Trofile &#xBD84;&#xC11D; &#xACB0;&#xACFC; &#xBFD0;&#xB9CC; &#xC544;&#xB2C8;&#xB77C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD615; &#xAE30;&#xBC18; &#xC608;&#xCE21;&#xC790;, &#xCD94;&#xC801; &#xBD84;&#xC11D; &#xC2E4;&#xD5D8;, heteroduplex &#xB4F1;&#xC758; &#xC7AC;&#xC870;&#xD569; phenotypic &#xD14C;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xB4F1; cytometry &#xAE30;&#xBC18; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744;. &#xD604;&#xC7AC;, &#xAC00;&#xC7A5; &#xC88B;&#xC740; &#xC99D;&#xAC70;&#xB294; CCR5 &#xAE38; &#xD56D; &#xADFC;&#xC758; &#xAD00;&#xB9AC; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xC5D0;&#xC774;&#xC988; coreceptor &#xC0AC;&#xC6A9;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC2EC;&#xC0AC;&#xC758; &#xB2E4;&#xB978; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xBE44;&#xC6A9;&#xC744; &#xC904;&#xC77C; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xC788;&#xC9C0;&#xB9CC; phenotypic &#xBC29;&#xC2DD;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; &#xCC98;&#xB9AC; &#xC2DC;&#xAC04;&#xC744; &#xC99D;&#xAC00; phenotypic &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC;&#xC758; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xC744; &#xC9C0;&#xC6D0; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xB294; &#xACB0;&#xACFC; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xC2DC;&#xD5D8; &#xBC29;&#xBC95; &#xB3C4;&#xC804; X 4&#xC758; &#xC800;&#xAE09;&#xC758; &#xC874;&#xC7AC; &#xAC10;&#xB3C4; &#xC784;&#xC0C1;, &#xD658;&#xC790; &#xD30C;&#xC0DD; &#xB41C; &#xC0D8;&#xD50C; clonally &#xD30C;&#xC0DD;&#xB41C; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; &#xAC10;&#xC18C;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xBD84;&#xC11D; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC758; &#xCD9C;&#xB825;&#xC758; &#xB354; &#xB098;&#xC740; &#xC774;&#xD574; &#xBC0F; &#xC784;&#xC0C1; &#xC9C4;&#xD589; &#xBC0F; &#xCE58;&#xB8CC; &#xC751;&#xB2F5;&#xACFC; &#xC5F0;&#xAD00; &#xC5BB;&#xACE0; HIV coreceptor &#xC0AC;&#xC6A9;&#xC744; &#xACB0;&#xC815; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD615; &#xAE30;&#xBC18;&#xC640; phenotypic &#xBD84;&#xC11D; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC758; &#xAC1C;&#xC120; &#xBC29;&#xBC95;&#xC5D0; &#xC5B4;&#xB5A4; &#xD45C;&#xC2DC;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5;&#xD560; &#xAC83;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB610;&#xD55C;, &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xAE30;&#xC220;&#xACFC; &#xB0AE;&#xC740; &#xC218;&#xC900;&#xC758; &#xC18C;&#xC218; &#xC885;&#xC871;&#xC744; &#xAC10;&#xC9C0; &#xB2A5;&#xB825;&#xC744; &#xD65C;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xB4C0;&#xC5BC;/&#xD63C;&#xD569; &#xD2B8;&#xB85C;&#xD53D; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xC758; &#xB0AE;&#xC740; &#xB808;&#xBCA8; &#xAC1C;&#xC778; &#xC2E4;&#xC218;&#xB85C; CCR5 &#xAE38; &#xD56D; &#xC81C;&#xB97C; &#xCC98;&#xBC29; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xD655;&#xBCF4;&#xC5D0; &#xAC00;&#xC7A5; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC9C4;&#xBCF4;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

HIV &#xC784;&#xC0C1; &#xC124;&#xC815;&#xC5D0;&#xC11C; coreceptor &#xD615;&#xC9C8;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

La introducci&#xF3;n de los antagonistas del CCR5 aumenta las opciones disponibles para la construcci&#xF3;n de los tratamientos antirretrovirales. Sin embargo, esta opci&#xF3;n se combina con la salvedad de que los pacientes deben ser la prueba del VIH tropismo del correceptor CCR5 antes de iniciar la terapia basada en antagonistas. El incumplimiento de la pantalla para CXCR4 uso aumenta el riesgo de usar un medicamento no eficaz, reduciendo as&#xED; la probabilidad de supresi&#xF3;n viral y aumentar su riesgo de desarrollar resistencias a los antirretrovirales. Esta revisi&#xF3;n describe los m&#xE9;todos actuales y futuras de la determinaci&#xF3;n de tropismo del VIH, con especial atenci&#xF3;n a su utilidad en la pr&#xE1;ctica cl&#xED;nica con fines de detecci&#xF3;n. Algunos de estos m&#xE9;todos incluyen recombinantes pruebas fenot&#xED;picas, tales como el ensayo Trofile monograma, as&#xED; como predictores basados &#x200B;&#x200B;en el genotipo, heterod&#xFA;plex ensayos de rastreo, y m&#xE9;todos de citometr&#xED;a de flujo base. En la actualidad, la mejor evidencia apoya el uso de m&#xE9;todos fenot&#xED;picos, aunque otros m&#xE9;todos de detecci&#xF3;n del VIH de uso co-receptor antes de la administraci&#xF3;n de antagonistas de CCR5 puede reducir costos y aumentar el tiempo de respuesta frente a los m&#xE9;todos fenot&#xED;picos. La presencia de niveles bajos de virus X4 es un desaf&#xED;o a todos los m&#xE9;todos de ensayo, resultando en una menor sensibilidad en los cl&#xED;nicos, los pacientes derivados de las muestras en comparaci&#xF3;n con las muestras derivadas por clonaci&#xF3;n. Obtener una mejor comprensi&#xF3;n de la salida de estos ensayos y su correlaci&#xF3;n con la progresi&#xF3;n cl&#xED;nica y la respuesta al tratamiento proporcionar&#xE1; alguna indicaci&#xF3;n de c&#xF3;mo ambos ensayos basados &#x200B;&#x200B;en el genotipo, y fenot&#xED;pica para determinar el VIH uso correceptor puede ser mejorado. Adem&#xE1;s, aprovechando las nuevas tecnolog&#xED;as capaces de detectar bajos niveles de especies minoritarias pueden ofrecer los avances m&#xE1;s significativos en asegurar que las personas con bajos niveles de virus con tropismo dual / mixto no se inadvertidamente prescrito antagonistas del CCR5.

Correceptor del VIH fenotipificaci&#xF3;n en la pr&#xE1;ctica cl&#xED;nica

CCR5 &#x62EE;&#x6297;&#x5242;&#x7684;&#x5F15;&#x5165;&#x589E;&#x52A0;&#x4E86;&#x53EF;&#x7528;&#x4E8E;&#x6784;&#x5EFA;&#x6297;&#x9006;&#x8F6C;&#x5F55;&#x75C5;&#x6BD2;&#x7597;&#x6CD5;&#x7684;&#x9009;&#x9879;&#x3002;&#x4F46;&#x662F;&#xFF0C;&#x6B64;&#x9009;&#x9879;&#x88AB;&#x52A0;&#x4E0A;&#x7136;&#x540E;&#x624D;&#x542F;&#x52A8; CCR5 &#x62EE;&#x6297;&#x5242;&#x6CBB;&#x7597;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2; hiv &#x611F;&#x67D3;&#x6291;&#x5236;&#x53D6;&#x5411;&#x5E94;&#x8BE5;&#x6D4B;&#x8BD5;&#x60A3;&#x8005;&#x7684;&#x77E5;&#x4F1A;&#x5907;&#x5FD8;&#x3002;CXCR4 &#x4F7F;&#x7528;&#x5C4F;&#x5E55;&#x6545;&#x969C;&#x589E;&#x52A0;&#x4F7F;&#x7528;&#x65E0;&#x6548;&#x7684;&#x836F;&#x7269;&#x3001; &#x4ECE;&#x800C;&#x51CF;&#x5C11;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6291;&#x5236;&#x7684;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x548C;&#x63D0;&#x9AD8;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x7684;&#x6297;&#x9006;&#x8F6C;&#x5F55;&#x9176;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6297;&#x836F;&#x6027;&#x7684;&#x98CE;&#x9669;&#x7684;&#x98CE;&#x9669;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E00;&#x5BA1;&#x67E5;&#x8BA8;&#x8BBA;&#x5F53;&#x524D;&#x548C;&#x672A;&#x6765;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x786E;&#x5B9A;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2;&#x53D6;&#x5411;&#xFF0C;&#x91CD;&#x70B9;&#x653E;&#x5728;&#x5176;&#x6548;&#x7528;&#x5728;&#x4E34;&#x5E8A;&#x7B5B;&#x67E5;&#x7684;&#x76EE;&#x7684;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x65B9;&#x6CD5;&#x7684;&#x4E00;&#x4E9B;&#x5305;&#x62EC;&#x91CD;&#x7EC4;&#x8868;&#x578B;&#x6D4B;&#x8BD5;&#xFF0C;&#x4F8B;&#x5982;&#xFF0C;&#x4F1A;&#x6807; Trofile &#x6D4B;&#x5B9A;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x53CA;&#x57FA;&#x4E8E;&#x57FA;&#x56E0;&#x578B;&#x7684;&#x9884;&#x6D4B;&#x6307;&#x6807;&#xFF0C;&#x8DDF;&#x8E2A;&#x68C0;&#x6D4B;&#xFF0C;&#x5F02;&#x548C;&#x6D41;&#x5F0F;&#x7EC6;&#x80DE;&#x672F;&#x7684;&#x57FA;&#x7840;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;&#x76EE;&#x524D;&#xFF0C;&#x6700;&#x597D;&#x7684;&#x8BC1;&#x636E;&#x652F;&#x6301;&#x4F7F;&#x7528;&#x8868;&#x578B;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x867D;&#x7136;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2; hiv &#x611F;&#x67D3;&#x6291;&#x5236;&#x7528;&#x6CD5; CCR5 &#x62EE;&#x6297;&#x5242;&#x7684;&#x653F;&#x5148;&#x7B5B;&#x67E5;&#x7684;&#x5176;&#x4ED6;&#x65B9;&#x6CD5;&#x53EF;&#x4EE5;&#x964D;&#x4F4E;&#x6210;&#x672C;&#x548C;&#x589E;&#x52A0;&#x5468;&#x8F6C;&#x65F6;&#x95F4;&#xFF0C;&#x800C;&#x4E0D;&#x662F;&#x8868;&#x578B;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;&#x4F4E;&#x6C34;&#x5E73;&#x7684;&#x75C5;&#x6BD2;&#x662F;&#x5BF9;&#x6240;&#x6709;&#x7684;&#x68C0;&#x6D4B;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x800C;&#x5BFC;&#x81F4;&#x6311;&#x6218; X 4 &#x7684;&#x5B58;&#x5728;&#x4E34;&#x5E8A;&#x3001; &#x75C5;&#x4EBA;&#x6D3E;&#x751F;&#x6837;&#x54C1;&#x65F6;&#x76F8;&#x6BD4;&#xFF0C;&#x65E0;&#x6027;&#x7E41;&#x6B96;&#x6D3E;&#x751F;&#x6837;&#x54C1;&#x4E2D;&#x7684;&#x654F;&#x611F;&#x6027;&#x964D;&#x4F4E;&#x3002;&#x83B7;&#x5F97;&#x66F4;&#x597D;&#x5730;&#x4E86;&#x89E3;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x68C0;&#x6D4B;&#x65B9;&#x6CD5;&#x7684;&#x8F93;&#x51FA;&#x548C;&#x5B83;&#x4EEC;&#x5173;&#x8054;&#x4E34;&#x5E8A;&#x8FDB;&#x5C55;&#x53CA;&#x6CBB;&#x7597;&#x53CD;&#x5E94;&#x5C06;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E00;&#x4E9B;&#x6307;&#x793A;&#x5982;&#x4F55;&#x53EF;&#x4EE5;&#x6539;&#x5584;&#x57FA;&#x4E8E;&#x57FA;&#x56E0;&#x578B;&#x548C;&#x8868;&#x73B0;&#x578B;&#x68C0;&#x6D4B;&#x65B9;&#x6CD5;&#x786E;&#x5B9A;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2; hiv &#x611F;&#x67D3;&#x6291;&#x5236;&#x7528;&#x6CD5;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x5229;&#x7528;&#x65B0;&#x6280;&#x672F;&#x80FD;&#x591F;&#x68C0;&#x6D4B;&#x51FA;&#x4F4E;&#x7EA7;&#x5C11;&#x6570;&#x7269;&#x79CD;&#x53EF;&#x80FD;&#x63D0;&#x4F9B;&#x786E;&#x4FDD;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x6C34;&#x5E73;&#x4F4E;&#x7684;&#x53CC;/&#x6DF7;&#x5408;&#x70ED;&#x5E26;&#x75C5;&#x6BD2;&#x672A;&#x6709;&#x65E0;&#x610F;&#x4E2D;&#x8BA2;&#x660E; CCR5 &#x62EE;&#x6297;&#x5242;&#x4E2D;&#x6700;&#x91CD;&#x8981;&#x7684;&#x8FDB;&#x5C55;&#x3002;

&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2; hiv &#x611F;&#x67D3;&#x6291;&#x5236;&#x5728;&#x4E34;&#x5E8A;&#x7684;&#x9707;&#x64BC;&#x3002;

&#x5C3D;&#x7BA1;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2;-1 &#x7684;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#xFF0C;&#x56DE;&#x5E94;&#x514D;&#x75AB;&#x9009;&#x62E9;&#x6027;&#x538B;&#x529B;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6027;&#x6F14;&#x53D8;&#x9075;&#x5FAA;&#x5927;&#x81F4;&#x4E0A;&#x53EF;&#x4EE5;&#x9884;&#x6D4B;&#x7684;&#x7A81;&#x53D8;&#x6A21;&#x5F0F;&#x3002;&#x901A;&#x8FC7;&#x5206;&#x6790;&#x4EBA;&#x53E3;&#x7EA7;&#x522B;&#x7684;&#x6570;&#x636E;&#xFF0C;&#x786E;&#x5B9A;&#x4E86;&#x7F51;&#x7AD9;&#x548C;&#x8DEF;&#x5F84;&#x7684;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x767D;&#x7EC6;&#x80DE;&#x6297;&#x539F; HLA &#x76F8;&#x5173;&#x57FA;&#x56E0;&#x591A;&#x6001;&#x6027;&#x5728;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2; 1 &#x4F46;&#x5145;&#x5206;&#x7A0B;&#x5EA6;&#x7684;&#x514D;&#x75AB;&#x9003;&#x9038;&#x9014;&#x5F84;&#x4ECD;&#x7136;&#x662F;&#x4E0D;&#x5B8C;&#x5168;&#x7684;&#x7279;&#x70B9;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x5230;&#x76EE;&#x524D;&#x4E3A;&#x6B62;&#x5F00;&#x5C55;&#x7684;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2; 1 &#x5B50;&#x7C7B;&#x578B; B &#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x6700;&#x5927;&#x5206;&#x6790;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x786E;&#x5B9A; HLA &#x5173;&#x8054;&#x6700;&#x5E38;&#x7528;&#x5728;&#x57FA;&#x4E8E;&#x8702;&#x7A9D;&#x7684;&#x75AB;&#x82D7;&#x6218;&#x7565;&#x8003;&#x8651;&#x7684;&#x4E09;&#x4E2A;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2; 1 &#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x591A;&#x6001;&#x6027;&#x3002;&#x7ED3;&#x679C;&#x88AB;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x6210;&#x86CB;&#x767D;&#x5168;&#x9003;&#x751F;&#x5730;&#x56FE;&#xFF0C;&#x663E;&#x793A;&#x7AD9;&#x70B9;&#x548C; HLA &#x9A71;&#x52A8;&#x75C5;&#x6BD2;&#x8FDB;&#x5316;&#x7684;&#x9014;&#x5F84;&#x3002;

HLA &#x76F8;&#x5173;&#x514D;&#x75AB;&#x9003;&#x9038;&#x4E2D;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2; 1 &#x5B50;&#x7C7B;&#x578B; B Gag&#x3001; Pol &#x548C; Nef &#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7684;&#x9014;&#x5F84;&#x3002;

Despite the extensive genetic diversity of HIV-1, viral evolution in response to immune selective pressures follows broadly predictable mutational patterns. Sites and pathways of Human Leukocyte-Antigen (HLA)-associated polymorphisms in HIV-1 have been identified through the analysis of population-level data, but the full extent of immune escape pathways remains incompletely characterized. Here, in the largest analysis of HIV-1 subtype B sequences undertaken to date, we identify HLA-associated polymorphisms in the three HIV-1 proteins most commonly considered in cellular-based vaccine strategies. Results are organized into protein-wide escape maps illustrating the sites and pathways of HLA-driven viral evolution.

HLA-associated immune escape pathways in HIV-1 subtype B Gag, Pol and Nef proteins.

Malgr&#xE9; la grande diversit&#xE9; g&#xE9;n&#xE9;tique du VIH-1, l&#x26;#39;&#xE9;volution virale en r&#xE9;ponse &#xE0; des pressions s&#xE9;lectives immunitaires suit largement pr&#xE9;visibles mod&#xE8;les mutationnels. Sites et les voies de l&#x26;#39;homme leucocytes antig&#xE8;nes (HLA) polymorphismes associ&#xE9;s-en mati&#xE8;re de VIH-1 ont &#xE9;t&#xE9; identifi&#xE9;s par l&#x26;#39;analyse de la population au niveau des donn&#xE9;es, mais dans toute la mesure des voies d&#x26;#39;&#xE9;chappement immunitaire reste incompl&#xE8;tement caract&#xE9;ris&#xE9;. Ici, dans la plus grande analyse des s&#xE9;quences du VIH-1 sous-type B men&#xE9;es &#xE0; ce jour, nous identifions HLA-associ&#xE9;s polymorphismes dans les trois prot&#xE9;ines du VIH-1 le plus souvent pris en compte dans les strat&#xE9;gies de vaccination cellulaire &#xE0; base de. Les r&#xE9;sultats sont organis&#xE9;s en cartes d&#x26;#39;&#xE9;vacuation des prot&#xE9;ines &#xE0; l&#x26;#39;&#xE9;chelle illustrant les sites et les voies de HLA-entra&#xEE;n&#xE9;e &#xE9;volution virale.

HLA-associ&#xE9;s Pathways &#xE9;chappement immunitaire du VIH-1 Gag sous-type B, Pol et Nef prot&#xE9;ines

Trotz der umfangreichen genetischen Vielfalt von HIV-1 folgt der viralen Entwicklung auf immun selektiven Druck weitgehend vorhersehbar teilhabende Muster. Standorte und Wege von Human Leukocyte Antigen HLA-assoziierte Polymorphismen in HIV-1 wurde durch die Analyse der Bev&ouml;lkerung aus den Daten ermittelt, sondern das volle Ausma&szlig; der immun Escape Wege bleibt unvollst&auml;ndig gepr&auml;gt. Hier, in der gr&ouml;&szlig;ten Analyse von HIV-1 Subtyp B Sequenzen verpflichtet, Datum, identifizieren wir HLA-assoziierte Polymorphismen in den drei HIV-1-Proteine, die am h&auml;ufigsten in zellul&auml;rer Basis Impfstoff Strategien betrachtet. Ergebnisse werden in Protein-weite Flucht Karten illustrieren die Standorte und Wege der HLA-gesteuerte virale Evolution organisiert.

HLA-assoziierte Immunsystem Escape Pathways in HIV-1 Subtyp B Gag, Pol und Nef Proteine.

Nonostante la vasta diversit&agrave; genetica di HIV-1, evoluzione virale in risposta alle pressioni selettive immune segue largamente prevedibile pattern mutazionale. Siti e percorsi dei polimorfismi HLA antigene leucocitario umano-associata all&#39;HIV-1 sono state identificate attraverso l&#39;analisi dei dati a livello di popolazione, ma la piena portata della fuga immune percorsi rimane caratterizzata in modo incompleto. Qui, l&#39;analisi pi&ugrave; grande di HIV-1 sottotipo B sequenze intraprese fino ad oggi, ci identifichiamo polimorfismi HLA associati delle tre proteine di HIV-1 pi&ugrave; comunemente considerato nelle strategie di vaccino basato su cellulare. Risultati sono organizzati in fuga proteina-wide mappe che illustrano i siti e i percorsi di evoluzione virale HLA-driven.

Vie di fuga immunitario HLA-associati in HIV-1 sottotipo B Gag, Pol e Nef proteine.

HIV-1&#x306E;&#x5E83;&#x7BC4;&#x306A;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x306B;&#x3082;&#x304B;&#x304B;&#x308F;&#x3089;&#x305A;&#x3001;&#x514D;&#x75AB;&#x9078;&#x629E;&#x5727;&#x306B;&#x5FDC;&#x7B54;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x9032;&#x5316;&#x306F;&#x3001;&#x5927;&#x307E;&#x304B;&#x306B;&#x4E88;&#x6E2C;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x5909;&#x7570;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x306B;&#x5F93;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x3068;HIV-1&#x306E;&#x30D2;&#x30C8;&#x767D;&#x8840;&#x7403;&#x6297;&#x539F;&#xFF08;HLA&#xFF09;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3059;&#x308B;&#x591A;&#x578B;&#x306E;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x306F;&#x3001;&#x4EBA;&#x53E3;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3067;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x3092;&#x901A;&#x3058;&#x3066;&#x8B58;&#x5225;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x306B;&#x3082;&#x304B;&#x304B;&#x308F;&#x3089;&#x305A;&#x3001;&#x514D;&#x75AB;&#x56DE;&#x907F;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x306E;&#x5B8C;&#x5168;&#x306A;&#x7BC4;&#x56F2;&#x304C;&#x4E0D;&#x5B8C;&#x5168;&#x306B;&#x7279;&#x5FB4;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x308B;&#x307E;&#x307E;&#x306B;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x307E;&#x3067;&#x306B;&#x884C;&#x308F;&#x308C;&#x3001;HIV-1&#x30B5;&#x30D6;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7;B&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x6700;&#x5927;&#x306E;&#x89E3;&#x6790;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x6700;&#x3082;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306A;&#x643A;&#x5E2F;&#x96FB;&#x8A71;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x30EF;&#x30AF;&#x30C1;&#x30F3;&#x6226;&#x7565;&#x3067;&#x691C;&#x8A0E;3 HIV-1&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;HLA&#x95A2;&#x9023;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x591A;&#x578B;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x3001;HLA-&#x30C9;&#x30EA;&#x30D6;&#x30F3;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x9032;&#x5316;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x3084;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x5168;&#x4F53;&#x306E;&#x30A8;&#x30B9;&#x30B1;&#x30FC;&#x30D7;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D7;&#x306B;&#x7DE8;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

HIV-1&#x30B5;&#x30D6;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7;B&#x306E;&#x30AE;&#x30E3;&#x30B0;&#x3001;&#x30DD;&#x30EB;&#x304A;&#x3088;&#x3073;Nef&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;HLA&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3057;&#x305F;&#x514D;&#x75AB;&#x56DE;&#x907F;&#x7D4C;&#x8DEF;

&#xC5D0;&#xC774;&#xC988;-1&#xC758; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC801; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131;&#xC5D0;&#xB3C4; &#xBD88;&#xAD6C; &#xD558; &#xACE0; &#xBA74;&#xC5ED; &#xC120;&#xD0DD;&#xC801; &#xC555;&#xB825;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC751;&#xB2F5;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC9C4;&#xD654; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD558; &#xAC8C; &#xC608;&#xCE21; &#xAC00;&#xB2A5;&#xD55C; mutational &#xD328;&#xD134;&#xC744; &#xB530;&#xB985;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC640; &#xC5D0;&#xC774;&#xC988;-1&#xC758; polymorphisms &#xC778;&#xAC04; &#xBC31;&#xD608;&#xAD6C; &#xD56D; &#xC6D0; HLA &#xAD00;&#xB828; &#xACBD;&#xB85C; &#xC778;&#xAD6C; &#xC218;&#xC900;&#xC758; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC758; &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xBC1C;&#xACAC; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xBA74;&#xC5ED; &#xD0C8;&#xCD9C; &#xACBD;&#xB85C; &#xB0A8;&#xC544;&#xC758; &#xC804;&#xCCB4; &#xBC94;&#xC704;&#xB97C; &#xBD88;&#xC644;&#xC804; &#xD558; &#xAC8C; &#xD2B9;&#xC9D5;. &#xC5EC;&#xAE30;, &#xC5D0;&#xC774;&#xC988;-1 subtype B &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB0A0;&#xC9DC;&#xB97C; &#xAC00;&#xC7A5; &#xD070; &#xBD84;&#xC11D; &#xC6B0;&#xB9AC; HLA &#xAD00;&#xB828; polymorphisms &#xC140;&#xB8F0;&#xB7EC; &#xAE30;&#xBC18; &#xBC31;&#xC2E0; &#xC804;&#xB7B5;&#xC5D0; &#xAC00;&#xC7A5; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xAC04;&#xC8FC; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4; 3 HIV-1 &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC744; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xACB0;&#xACFC; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC804;&#xCCB4; &#xD0C8;&#xCD9C; &#xC9C0;&#xB3C4; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC640; HLA &#xAE30;&#xBC18; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC9C4;&#xD654;&#xC758; &#xACBD;&#xB85C; &#xC124;&#xBA85;&#xC73C;&#xB85C; &#xAD6C;&#xC131; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xC5D0;&#xC774;&#xC988;-1 subtype B &#xAC1C; &#xADF8;, Pol, Nef &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC5D0; HLA &#xAD00;&#xB828; &#xBA74;&#xC5ED; &#xD0C8;&#xCD9C; &#xACBD;&#xB85C;.

A pesar de la amplia diversidad gen&#xE9;tica del VIH-1, la evoluci&#xF3;n viral en respuesta a presiones selectivas inmunes sigue patrones mutacionales ampliamente predecibles. Los sitios y las v&#xED;as de ant&#xED;geno leucocitario humano (HLA)-polimorfismos asociados en el VIH-1 han sido identificados a trav&#xE9;s del an&#xE1;lisis de los datos a nivel de poblaci&#xF3;n, pero el alcance de las v&#xED;as de escape inmune sigue siendo incompleta caracteriza. Aqu&#xED;, en el mayor an&#xE1;lisis de secuencias del VIH-1 subtipo B realizadas hasta la fecha, se identifican HLA asociados a polimorfismos en los tres prote&#xED;nas del VIH-1 m&#xE1;s com&#xFA;nmente considerados en las estrategias de vacuna celular a base de. Los resultados se organizan en los mapas de evacuaci&#xF3;n de ancho de prote&#xED;nas que ilustran los sitios y las v&#xED;as de HLA-impulsada por la evoluci&#xF3;n viral.

HLA asociados a v&#xED;as de escape inmune en el VIH-1 subtipo B Gag, Pol y prote&#xED;nas Nef

&#x65E5;&#x65B0;&#x6708;&#x5F02;&#x7684;&#x75C5;&#x6BD2;&#xFF0C;&#x5982;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2; 1 &#x663E;&#x793A;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x53D8;&#x5F02;&#x5728;&#x54CD;&#x5E94;&#x7279;&#x5B9A;&#x4E8E;&#x4E3B;&#x673A;&#x7684;&#x9009;&#x62E9;&#xFF0C;&#x800C;&#x540C;&#x65F6;&#x4FDD;&#x6301;&#x5BF9;&#x590D;&#x5236;&#x548C;&#x4F20;&#x67D3;&#x6027;&#x81F3;&#x5173;&#x91CD;&#x8981;&#x7684;&#x804C;&#x80FD;&#x3002;&#x4E30;&#x5BCC;&#x7684;&#x8FDE;&#x9501;&#x53EF;&#x89E3;&#x51B3;&#x6B64;&#x591A;&#x6837;&#x5316;&#x548C;&#x51C0;&#x5316;&#x9009;&#x62E9;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x660E;&#x663E;&#x51B2;&#x7A81;&#x8FD9;&#x6837;&#x7684;&#x76F8;&#x540C;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x8981;&#x6C42;&#xFF0C;&#x53EF;&#x7531;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x901A;&#x8FC7;&#x8FDB;&#x884C;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2; 1 nef &#x7F16;&#x7801;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x6709;&#x4E00;&#x79CD;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x53EF;&#x53D8;&#x7684;&#x591A;&#x529F;&#x80FD;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x5E8F;&#x5217;&#x53D8;&#x5F02;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x8868;&#x5F81;&#x8C03;&#x67E5;&#x8FD9;&#x4E00;&#x5047;&#x8BBE;&#x3002;&#x57FA;&#x4E8E;&#x4EBA;&#x53E3;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x88AB;&#x4ECE; 686 &#x540D;&#x75C5;&#x4EBA;&#x53C2;&#x52A0;&#x8377;&#x9A6C;&#x961F;&#x5217;&#x5728;&#x4E0D;&#x5217;&#x98A0;&#x54E5;&#x4F26;&#x6BD4;&#x4E9A;&#x7701;&#xFF0C;&#x52A0;&#x62FF;&#x5927;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x4E2D;&#x7A81;&#x53D8;&#x66FF;&#x6362;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x53D1;&#x80B2;&#x4E2D;&#x7684;&#x5206;&#x5E03;&#x91CD;&#x5EFA;&#x7684;&#x6700;&#x5927;&#x4F3C;&#x7136;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7528;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x6570;&#x636E;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x53D1;&#x80B2;&#x7684;&#x6BD4;&#x8F83;&#x65B9;&#x6CD5;&#x6765;&#x6807;&#x8BC6;&#x6B8B;&#x7559;&#x7684;&#x5047;&#x5B9A;&#x4E0A;&#x4F4D;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;&#x9009;&#x62E9;&#x4E24;&#x4E2A;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528; &#xFF08;Y120/Q125 &#x548C; N157/S169&#xFF09; &#x7684;&#x8FDB;&#x4E00;&#x6B65;&#x8C03;&#x67E5;&#x4F7F;&#x7528;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2; 1 RNA &#x63D0;&#x53D6;&#x7269;&#x4ECE;&#x516B;&#x540D;&#x75C5;&#x4EBA;&#x7684;&#x8840;&#x6D46;&#x6837;&#x54C1;&#x7684;&#x4E3B;&#x673A;&#x5185;&#x6F14;&#x53D8;&#x3002;&#x514B;&#x9686;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x8BC1;&#x5B9E;&#x57FA;&#x56E0;&#x591A;&#x6001;&#x6027;&#x5728;&#x6BCF;&#x79CD;&#x60C5;&#x51B5;&#x4E0B;&#x5728;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x5730;&#x70B9;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x5BC6;&#x5207;&#x8054;&#x7CFB;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7528;&#x4E8E;&#x5927;&#x89C4;&#x6A21;&#x5E76;&#x884C;&#x7126;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F; (MPP) &#x91CD;&#x5EFA;&#x5728;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x60A3;&#x8005;&#x4E2D;&#x7684;&#x4E3B;&#x673A;&#x5185;&#x6F14;&#x53D8;&#x3002;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x8BEF;&#x5DEE;&#x4E0E; MPP &#x5173;&#x8054;&#x662F;&#x901A;&#x8FC7;&#x6267;&#x884C;&#x590D;&#x5236;&#x4E24;&#x4E2A;&#x4E0D;&#x540C;&#x9636;&#x6BB5;&#x7684;&#x8BAE;&#x5B9A;&#x4E66; &#x300B; &#x4E4B;&#x524D;&#x5206;&#x6790;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x51CF;&#x5C11;&#x8FD9;&#x79CD;&#x53D8;&#x5F02;&#x7684;&#x6765;&#x6E90;&#x6C47;&#x96C6;&#x4E86;&#x91CF;&#x5316;&#x7684;&#x3002;&#x4ECE;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x6570;&#x636E;&#x7684;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x53D1;&#x80B2;&#x91CD;&#x5EFA;&#x63ED;&#x793A;&#x5728; Y120/Q125 &#x76F8;&#x5173;&#x7684;&#x66FF;&#x6362;&#x6216;&#x8DE8;&#x591A;&#x4E2A;&#x5B97;&#x65CF;&#x4E2D;&#x6307;&#x793A;&#x7531;&#x4E0A;&#x4F4D;&#x7684;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x5F62;&#x6210;&#x7684;&#x6536;&#x655B;&#x5185;&#x4E3B;&#x673A;&#x6F14;&#x5316;&#x7684;&#x6BCF;&#x53F0;&#x4E3B;&#x673A;&#x91CD;&#x590D; N157/S169&#x3002;

&#x57FA;&#x4E8E;&#x4EBA;&#x53E3;&#x548C;&#x6DF1;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6570;&#x636E;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x786E;&#x5B9A;&#x5728; nef &#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2; 1 coevolving &#x7F51;&#x7AD9;&#x7684;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x53D1;&#x80B2;&#x5206;&#x6790;&#x3002;

Rapidly evolving viruses such as HIV-1 display extensive sequence variation in response to host-specific selection, while simultaneously maintaining functions that are critical to replication and infectivity. This apparent conflict between diversifying and purifying selection may be resolved by an abundance of epistatic interactions such that the same functional requirements can be met by highly divergent sequences. We investigate this hypothesis by conducting an extensive characterization of sequence variation in the HIV-1 nef gene that encodes a highly variable multifunctional protein. Population-based sequences were obtained from 686 patients enrolled in the HOMER cohort in British Columbia, Canada, from which the distribution of nonsynonymous substitutions in the phylogeny was reconstructed by maximum likelihood. We used a phylogenetic comparative method on these data to identify putative epistatic interactions between residues. Two interactions (Y120/Q125 and N157/S169) were chosen to further investigate within-host evolution using HIV-1 RNA extractions from plasma samples from eight patients. Clonal sequencing confirmed strong linkage between polymorphisms at these sites in every case. We used massively parallel pyrosequencing (MPP) to reconstruct within-host evolution in these patients. Experimental error associated with MPP was quantified by performing replicates at two different stages of the protocol, which were pooled prior to analysis to reduce this source of variation. Phylogenetic reconstruction from these data revealed correlated substitutions at Y120/Q125 or N157/S169 repeated across multiple lineages in every host, indicating convergent within-host evolution shaped by epistatic interactions.

Phylogenetic analysis of population-based and deep sequencing data to identify coevolving sites in the nef gene of HIV-1.

L&#x26;#39;&#xE9;volution rapide des virus comme le VIH-1 variation de la s&#xE9;quence d&#x26;#39;affichage &#xE9;tendue en r&#xE9;ponse &#xE0; la s&#xE9;lection sp&#xE9;cifique de l&#x26;#39;h&#xF4;te, tout en maintenant simultan&#xE9;ment les fonctions qui sont essentielles &#xE0; la r&#xE9;plication et l&#x26;#39;infectiosit&#xE9;. Ce conflit apparent entre la diversification et la purification de s&#xE9;lection peut &#xEA;tre r&#xE9;solu par une abondance de ces interactions &#xE9;pistatiques que les m&#xEA;mes exigences fonctionnelles peuvent &#xEA;tre satisfaites par des s&#xE9;quences tr&#xE8;s divergentes. Nous &#xE9;tudions cette hypoth&#xE8;se en proc&#xE9;dant &#xE0; une caract&#xE9;risation d&#xE9;taill&#xE9;e de la variation de la s&#xE9;quence dans le g&#xE8;ne nef du VIH-1 qui code pour une prot&#xE9;ine multifonctionnelle tr&#xE8;s variable. S&#xE9;quences bas&#xE9;es sur la population ont &#xE9;t&#xE9; obtenues &#xE0; partir de 686 patients inscrits dans la cohorte HOMER en Colombie-Britannique, au Canada, &#xE0; partir de laquelle la distribution des substitutions non synonymes dans la phylog&#xE9;nie a &#xE9;t&#xE9; reconstruite par maximum de vraisemblance. Nous avons utilis&#xE9; une m&#xE9;thode comparative phylog&#xE9;n&#xE9;tique sur ces donn&#xE9;es pour identifier les pr&#xE9;sum&#xE9;s interactions &#xE9;pistatiques entre les r&#xE9;sidus. Deux interactions (Y120/Q125 et N157/S169) ont &#xE9;t&#xE9; choisis pour &#xE9;tudier plus avant l&#x26;#39;&#xE9;volution intra-h&#xF4;te &#xE0; l&#x26;#39;aide du VIH-1 extractions d&#x26;#39;ARN &#xE0; partir d&#x26;#39;&#xE9;chantillons plasmatiques de huit patients. S&#xE9;quen&#xE7;age de clones a confirm&#xE9; des liens solides entre les polymorphismes de ces sites dans tous les cas. Nous avons utilis&#xE9; massivement parall&#xE8;le pyros&#xE9;quen&#xE7;age (MPP) de reconstruire l&#x26;#39;&#xE9;volution intra-h&#xF4;te chez ces patients. Erreur exp&#xE9;rimentale associ&#xE9;e avec le d&#xE9;put&#xE9; provincial a &#xE9;t&#xE9; quantifi&#xE9;e en effectuant r&#xE9;plique &#xE0; deux stades diff&#xE9;rents du protocole, qui ont &#xE9;t&#xE9; regroup&#xE9;es avant l&#x26;#39;analyse afin de r&#xE9;duire cette source de variation. Reconstruction phylog&#xE9;n&#xE9;tique &#xE0; partir de ces donn&#xE9;es a r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; des substitutions corr&#xE9;l&#xE9;s &#xE0; Y120/Q125 ou N157/S169 r&#xE9;p&#xE9;t&#xE9;es &#xE0; travers de multiples lign&#xE9;es de chaque h&#xF4;te, indiquant convergente au sein de l&#x26;#39;h&#xF4;te l&#x26;#39;&#xE9;volution fa&#xE7;onn&#xE9;e par les interactions &#xE9;pistatiques.

L&#x26;#39;analyse phylog&#xE9;n&#xE9;tique de la population de base de donn&#xE9;es de s&#xE9;quen&#xE7;age et Deep pour identifier les sites Coevolving dans le g&#xE8;ne nef du VIH-1

Sich rasch entwickelnde Viren wie HIV-1 zeigen umfangreiche Sequenz Variation in Reaktion auf Host-spezifische Auswahl, wobei gleichzeitig Funktionen, die f&uuml;r die Replikation und Infektiosit&auml;t entscheidend sind. Diese offensichtliche Konflikt zwischen Diversifizierung und reinigende Auswahl kann durch eine F&uuml;lle von epistatic Interaktionen gel&ouml;st, so dass die gleichen funktionalen Anforderungen von sehr unterschiedlichen Sequenzen erf&uuml;llt werden k&ouml;nnen. Wir untersuchen diese Hypothese durch die Durchf&uuml;hrung einer umfassenden Charakterisierung Sequenz Variation des HIV-1-Nef-Gens, das eine sehr Variable multifunktionale Protein codiert. Bev&ouml;lkerungsbezogene Sequenzen wurden von 686 Patienten in der HOMER-Kohorte in British Columbia, Kanada, aus denen wurde die Verteilung der nonsynonymous Substitutionen in die Phylogenie von maximum-Likelihood umgebaut erhalten. Wir haben eine phylogenetische vergleichende Methode auf diese Daten um mutma&szlig;liche epistatic Interaktionen zwischen R&uuml;ckst&auml;nde zu identifizieren. Zwei Interaktionen (Y120/Q125 und N157/S169) wurden ausgew&auml;hlt, um innerhalb der Host-Entwicklung unter Verwendung von HIV-1 RNA Extraktionen aus Blutplasma-Proben von acht Patienten weiter zu untersuchen. Klonale Sequenzierung best&auml;tigt starke Kopplung zwischen Polymorphismen an diesen Standorten in jedem Fall. Wir zum massiv parallelen Pyrosequencing (MPP) um innerhalb des Host-Entwicklung bei diesen Patienten zu rekonstruieren. Experimentelle Fehler zugeordnet MPP wurde quantifiziert durch Ausf&uuml;hren einer Wiederholungen auf zwei verschiedenen Stufen des Protokolls, die vor der Analyse dieser Quelle Variation reduzieren zusammengelegt wurden. Phylogenetische Rekonstruktion aus diesen Daten offenbart korrelierte Substitutionen an Y120/Q125 oder N157/S169 wiederholen sich im gesamten mehrere &Uuml;bertragungslinien in jedem Host angibt, innerhalb der Host konvergente Entwicklung gepr&auml;gt von epistatic Interaktionen.

Phylogenetische Analysen der bev&ouml;lkerungsbezogenen und tief Datensequenzierung coevolving Websites im HIV-1 Nef-gen zu identifizieren.

Virus in rapida evoluzione come l&#39;HIV-1 visualizzazione variazione ampia sequenza in risposta alla selezione host specifici, mantenendo contemporaneamente le funzioni che sono fondamentali per la replica e l&#39;infettivit&agrave;. Questo apparente conflitto tra diversificazione e purificando la selezione possa essere risolte da un&#39;abbondanza di interazioni epistatici tale che gli stessi requisiti funzionali possono essere soddisfatte da sequenze altamente divergenti. Indaghiamo questa ipotesi effettuando un&#39;ampia caratterizzazione di variazione di sequenza del HIV-1 nef gene che codifica per una proteina multifunzionale altamente variabile. Sequenze basati sulla popolazione sono stati ottenuti da 686 pazienti arruolati nella coorte HOMER in British Columbia, Canada, da cui &egrave; stata ricostruita la distribuzione delle sostituzioni nonsynonymous in the phylogeny di massima verosimiglianza. Abbiamo usato un metodo comparativo filogenetico su questi dati per identificare le interazioni epistatici putative tra residui. Per indagare ulteriormente evoluzione all&#39;interno di host utilizzando estrazioni di HIV-1 RNA da campioni di plasma da otto pazienti sono stati scelti due interazioni (Y120/Q125 e N157/S169). Sequenziamento clonale ha confermato il forte collegamento tra polimorfismi in questi siti in ogni caso. Abbiamo utilizzato massicciamente parallelo pyrosequencing (MPP) per ricostruire l&#39;evoluzione all&#39;interno di host in questi pazienti. Errore sperimentale associato MPP era quantificato mediante l&#39;esecuzione di repliche in due diverse fasi del protocollo, che sono state messe in comune, prima dell&#39;analisi per ridurre questa fonte di variazione. Ricostruzione filogenetica da questi dati hanno rivelato le sostituzioni correlate a Y120/Q125 o N157/S169 ripetuta attraverso lignaggi multipli in ogni host, indicando l&#39;evoluzione convergente all&#39;interno di host a forma di interazioni epistatici.

Analisi filogenetica dei dati basati sulla popolazione e deep sequencing per identificare i siti coevolving del gene nef di HIV-1.

&#x540C;&#x6642;&#x306B;&#x8907;&#x88FD;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x611F;&#x67D3;&#x306B;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3092;&#x7DAD;&#x6301;&#x3057;&#x306A;&#x304C;&#x3089;&#x3001;&#x6025;&#x901F;&#x306B;&#x3001;&#x30DB;&#x30B9;&#x30C8;&#x56FA;&#x6709;&#x306E;&#x9078;&#x629E;&#x306B;&#x5FDC;&#x7B54;&#x3057;&#x3066;&#x3053;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;HIV-1&#x306E;&#x30C7;&#x30A3;&#x30B9;&#x30D7;&#x30EC;&#x30A4;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;&#x914D;&#x5217;&#x5909;&#x7570;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x304C;&#x9032;&#x5316;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x9078;&#x629E;&#x3092;&#x591A;&#x69D8;&#x5316;&#x3057;&#x3001;&#x6D44;&#x5316;&#x306E;&#x9593;&#x306E;&#x3053;&#x306E;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306A;&#x77DB;&#x76FE;&#x306F;&#x3001;&#x540C;&#x4E00;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x8981;&#x4EF6;&#x304C;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x306B;&#x5206;&#x5C90;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x6E80;&#x305F;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x30A8;&#x30D4;&#x30B9;&#x30BF;&#x30B7;&#x30B9;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306E;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x89E3;&#x6C7A;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x53EF;&#x5909;&#x591A;&#x6A5F;&#x80FD;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3092;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;HIV-1 nef&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x5909;&#x7570;&#x306E;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x306A;&#x7279;&#x6027;&#x8A55;&#x4FA1;&#x3092;&#x884C;&#x3046;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x4EEE;&#x8AAC;&#x3092;&#x8ABF;&#x67FB;&#x3059;&#x308B;&#x3002;&#x4EBA;&#x53E3;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x306F;&#x7CFB;&#x7D71;&#x767A;&#x751F;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x975E;&#x540C;&#x7FA9;&#x7F6E;&#x63DB;&#x306E;&#x5206;&#x5E03;&#x306F;&#x3001;&#x6700;&#x5C24;&#x6CD5;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x518D;&#x5EFA;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30D6;&#x30EA;&#x30C6;&#x30A3;&#x30C3;&#x30B7;&#x30E5;&#xB7;&#x30B3;&#x30ED;&#x30F3;&#x30D3;&#x30A2;&#x5DDE;&#x3001;&#x30AB;&#x30CA;&#x30C0;&#x306E;HOMER&#x30B3;&#x30DB;&#x30FC;&#x30C8;&#x306B;&#x5728;&#x7C4D;686&#x4EBA;&#x306E;&#x60A3;&#x8005;&#x304B;&#x3089;&#x5F97;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x6B8B;&#x57FA;&#x9593;&#x306E;&#x63A8;&#x5B9A;&#x30A8;&#x30D4;&#x30B9;&#x30BF;&#x30B7;&#x30B9;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3092;&#x7CFB;&#x7D71;&#x6BD4;&#x8F03;&#x6CD5;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x305F;&#x3002; 2&#x3064;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#xFF08;Y120/Q125&#x3068;N157/S169&#xFF09;&#x306F;&#x3055;&#x3089;&#x306B;8&#x4EBA;&#x306E;&#x60A3;&#x8005;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x8840;&#x6F3F;&#x8A66;&#x6599;&#x304B;&#x3089;HIV-1 RNA&#x62BD;&#x51FA;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x305F;&#x5185;&#x306E;&#x30DB;&#x30B9;&#x30C8;&#x306E;&#x9032;&#x5316;&#x3092;&#x8ABF;&#x67FB;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x9078;&#x3070;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x306F;&#x3001;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x30B1;&#x30FC;&#x30B9;&#x3067;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x90E8;&#x4F4D;&#x3067;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x591A;&#x578B;&#x3068;&#x306E;&#x9593;&#x306E;&#x5F37;&#x3044;&#x9023;&#x643A;&#x3092;&#x78BA;&#x8A8D;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x60A3;&#x8005;&#x3067;&#x306F;&#x5185;&#x30DB;&#x30B9;&#x30C8;&#x306E;&#x9032;&#x5316;&#x3092;&#x518D;&#x69CB;&#x7BC9;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x8D85;&#x4E26;&#x5217;&#x30D1;&#x30A4;&#x30ED;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#xFF08;MPP&#xFF09;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002; MPP&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x5B9F;&#x9A13;&#x7684;&#x306A;&#x30A8;&#x30E9;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x30BD;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x30D0;&#x30EA;&#x30A8;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3092;&#x6E1B;&#x3089;&#x3059;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x5206;&#x6790;&#x524D;&#x306B;&#x30D7;&#x30FC;&#x30EB;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C8;&#x30B3;&#x30EB;&#x306E;2&#x3064;&#x306E;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x6BB5;&#x968E;&#x3067;&#x8907;&#x88FD;&#x3057;&#x3092;&#x884C;&#x3046;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5B9A;&#x91CF;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x304B;&#x3089;&#x7CFB;&#x7D71;&#x6A39;&#x518D;&#x5EFA;&#x306F;&#x30A8;&#x30D4;&#x30B9;&#x30BF;&#x30B7;&#x30B9;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5F62;&#x4F5C;&#x3089;&#x53CE;&#x675F;&#x5185;&#x306E;&#x30DB;&#x30B9;&#x30C8;&#x306E;&#x9032;&#x5316;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x3001;Y120/Q125&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x30DB;&#x30B9;&#x30C8;&#x306B;&#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x7CFB;&#x5217;&#x3092;&#x8D8A;&#x3048;&#x3066;&#x7E70;&#x308A;&#x8FD4;&#x3055;&#x308C;&#x308B;N157/S169&#x3067;&#x76F8;&#x95A2;&#x7F6E;&#x63DB;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

HIV-1&#x306E;nef&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;Coevolving&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4EBA;&#x53E3;&#x3092;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x3068;&#x30C7;&#x30A3;&#x30FC;&#x30D7;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x7CFB;&#x7D71;&#x89E3;&#x6790;

&#xC5D0;&#xC774;&#xC988;-1 &#xAC19;&#xC740; &#xAE09;&#xC18D; &#xD558; &#xAC8C; &#xC9C4;&#xD654; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xB3D9;&#xC2DC;&#xC5D0; &#xBCF5;&#xC81C; &#xD558; &#xC5EC; infectivity &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xC720;&#xC9C0; &#xD558;&#xBA74;&#xC11C; &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xD2B9;&#xC815; &#xC120;&#xD0DD; &#xC601;&#xC5ED;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC751;&#xB2F5;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xD3B8;&#xCC28;&#xB97C; &#xD45C;&#xC2DC; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB192;&#xC740; &#xBD84;&#xAE30; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB85C; &#xB3D9;&#xC77C;&#xD55C; &#xAE30;&#xB2A5; &#xC694;&#xAD6C;&#xB97C; &#xCDA9;&#xC871; &#xC218; &#xC788;&#xB3C4;&#xB85D; epistatic &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC758; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xB2E4;&#xBCC0;&#xD654; &#xBC0F; &#xC815;&#xD654; &#xC120;&#xD0DD; &#xC0AC;&#xC774; &#xBA85;&#xBC31;&#xD55C; &#xCDA9;&#xB3CC;&#xC774;&#xB97C; &#xD574;&#xACB0;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xBCC0;&#xC218; &#xB2E4;&#xAE30;&#xB2A5; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC744; &#xC778;&#xCF54;&#xB529;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4; hiv-1 nef &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBCC0;&#xD654;&#xC758; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; &#xD2B9;&#xC131; &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xC2E4;&#xC2DC; &#xD558; &#xC5EC;&#xC774; &#xAC00;&#xC124;&#xC744; &#xC870;&#xC0AC; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC778;&#xAD6C; &#xAE30;&#xBC18; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB294; &#xBE0C;&#xB9AC;&#xD2F0;&#xC2DC; &#xCEEC;&#xB7FC;&#xBE44;&#xC544;, &#xCE90;&#xB098;&#xB2E4;, &#xD638;&#xBA38; &#xCF54; &#xD638;&#xD2B8;&#xC5D0; &#xC788;&#xB294; nonsynonymous &#xB300;&#xCCB4;&#xB294; &#xACC4;&#xD1B5;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC758; &#xBD84;&#xD3EC;&#xB294; &#xCD5C;&#xB300; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC7AC;&#xAC74; &#xB41C; &#xB4F1;&#xB85D; 686 &#xD658;&#xC790;&#xC5D0; &#xAC8C; &#xC11C; &#xC5BB;&#xC740; &#xD588;&#xB2E4;. Phylogenetic &#xBE44;&#xAD50; &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC;&#xB97C; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC5D0; &#xC794;&#xB958;&#xBB3C; &#xAC04;&#xC758; &#xC0C1; epistatic &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB450; &#xAC1C;&#xC758; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; (Y120/Q125 &#xBC0F; N157/S169) &#xCD94;&#xAC00; 8 &#xD658;&#xC790;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD50C;&#xB77C;&#xC988;&#xB9C8; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCD94;&#xCD9C; hiv-1 RNA&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC9C4;&#xD654;&#xB97C; &#xC870;&#xC0AC; &#xC120;&#xC815; &#xB410;&#xB2E4;. &#xD074;&#xB860; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xACBD;&#xC6B0;&#xC5D0;&#xC774; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0;&#xC11C; polymorphisms &#xC0AC;&#xC774; &#xAC15;&#xD55C; &#xC5F0;&#xACB0;&#xC744; &#xD655;&#xC778; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xD658;&#xC790;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC9C4;&#xD654;&#xB97C; &#xC7AC;&#xAD6C;&#xC131; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xB300;&#xADDC;&#xBAA8; &#xBCD1;&#xB82C; pyrosequencing (MPP)&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. MPP&#xC640; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xC2E4;&#xD5D8; &#xC624;&#xB958; &#xBCC0;&#xD654;&#xC758;&#xC774; &#xC18C;&#xC2A4;&#xB97C; &#xC904;&#xC774;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xBD84;&#xC11D; &#xC804;&#xC5D0; &#xD480;&#xB9C1;&#xB41C; &#xD588;&#xB2E4; &#xD504;&#xB85C;&#xD1A0;&#xCF5C;&#xC758; &#xB450; &#xAC1C;&#xC758; &#xB2E4;&#xB978; &#xB2E8;&#xACC4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBCF5;&#xC81C;&#xB97C; &#xC218;&#xD589; &#xD558; &#xC5EC; &#xACC4;&#xB7C9; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC5D0;&#xC11C; phylogenetic &#xC7AC;&#xAC74; &#xBC1D;&#xD600; Y120/q125&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0C1;&#xD638; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xB300;&#xCCB4; &#xB610;&#xB294; N157/S169 epistatic &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xD615;&#xC131; &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC218;&#xB834; &#xC9C4;&#xD654;&#xB97C; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0B4;&#xB294; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xACC4;&#xBCF4;&#xC5D0; &#xAC78;&#xCCD0; &#xBC18;&#xBCF5; &#xD588;&#xB2E4;.

Hiv-1 nef &#xC720;&#xC804;&#xC790; coevolving &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xC778;&#xAD6C; &#xAE30;&#xBC18; &#xBC0F; &#xAE4A;&#xC740; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xB370;&#xC774;&#xD130; phylogenetic &#xBD84;&#xC11D;.

La r&#xE1;pida evoluci&#xF3;n de los virus como el VIH-1 variaci&#xF3;n de visualizaci&#xF3;n de la secuencia extensa en respuesta a un hu&#xE9;sped espec&#xED;fico de selecci&#xF3;n, al mismo tiempo mantener las funciones que son esenciales para la replicaci&#xF3;n y la infectividad. Este aparente conflicto entre la diversificaci&#xF3;n y la depuraci&#xF3;n de selecci&#xF3;n puede ser resuelto por una gran cantidad de interacciones epist&#xE1;ticas de tal manera que los requisitos funcionales mismas pueden ser satisfechas por secuencias muy divergentes. Nos investigar esta hip&#xF3;tesis mediante la realizaci&#xF3;n de una amplia caracterizaci&#xF3;n de la secuencia de variaci&#xF3;n en el gen del VIH-1 nef que codifica una prote&#xED;na multifuncional muy variable. Secuencias basadas en la poblaci&#xF3;n se obtuvieron de 686 pacientes inscritos en la cohorte HOMER en la Columbia Brit&#xE1;nica, Canad&#xE1;, desde que se reconstruy&#xF3; la distribuci&#xF3;n de las sustituciones no sin&#xF3;nimas en la filogenia de m&#xE1;xima verosimilitud. Se utiliz&#xF3; un m&#xE9;todo filogen&#xE9;tico comparativo de estos datos para identificar putativo interacciones epist&#xE1;ticas entre los residuos. Dos interacciones (Y120/Q125 y N157/S169) fueron elegidos para investigar m&#xE1;s a fondo dentro de la evoluci&#xF3;n de acogida con el VIH-1 ARN extracciones de muestras de plasma de ocho pacientes. La secuenciaci&#xF3;n de clones confirm&#xF3; fuerte v&#xED;nculo entre los polimorfismos en estos sitios en todos los casos. Se utiliz&#xF3; masivamente paralelo pirosecuenciaci&#xF3;n (MPP) para reconstruir la evoluci&#xF3;n dentro de la serie en estos pacientes. El error experimental asociado con MPP se cuantific&#xF3; mediante la realizaci&#xF3;n de repeticiones en dos etapas diferentes del protocolo, que fueron agrupados antes del an&#xE1;lisis para reducir esta fuente de variaci&#xF3;n. La reconstrucci&#xF3;n filogen&#xE9;tica a partir de estos datos revelaron una correlaci&#xF3;n de sustituciones o Y120/Q125 N157/S169 repite a trav&#xE9;s de m&#xFA;ltiples linajes en cada host, lo que indica convergentes dentro de la evoluci&#xF3;n de acogida determinada por las interacciones epist&#xE1;ticos.

El an&#xE1;lisis filogen&#xE9;tico de la secuencia de datos basados &#x200B;&#x200B;en la poblaci&#xF3;n y profundo para hacer evolucionar la identificaci&#xF3;n de sitios en el gen Nef del VIH-1

Test di tropismo dovrebbe escludere HIV usando CXCR4 prima del trattamento con antagonisti del CCR5. Attualmente, il test Trofile fenotipico ricombinante (Monogram) &egrave; pi&ugrave; ampiamente utilizzato; Tuttavia, test genotipico pu&ograve; rappresentare metodi alternativi.

Migliorato rilevamento dell&#39;HIV usando CXCR4 di genotipizzazione V3: applicazione di sequenziamento population-based e &quot;profondo&quot; di plasma RNA e DNA proviral.

&#x89AA;&#x548C;&#x6027;&#x306E;&#x30C6;&#x30B9;&#x30C8;&#x3067;&#x306F;CCR5&#x62EE;&#x6297;&#x85AC;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x6CBB;&#x7642;&#x306E;&#x524D;&#x306B;CXCR4-&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;HIV&#x3092;&#x6392;&#x9664;&#x3059;&#x308B;&#x5FC5;&#x8981;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x73FE;&#x5728;&#x3001;&#x7D44;&#x63DB;&#x3048;&#x8868;&#x73FE;Trofile&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#xFF08;&#x30E2;&#x30CE;&#x30B0;&#x30E9;&#x30E0;&#xFF09;&#x306F;&#x6700;&#x3082;&#x5E83;&#x304F;&#x5229;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x304C;&#x3001;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x578B;&#x306E;&#x30C6;&#x30B9;&#x30C8;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x4EE3;&#x66FF;&#x306E;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x3092;&#x8868;&#x3059;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3002;

V3&#x306E;&#x30B8;&#x30A7;&#x30CE;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0;&#x306B;&#x3088;&#x308B;CXCR4-&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;HIV&#x306E;&#x691C;&#x51FA;&#x306E;&#x6539;&#x5584;&#xFF1A;&#x30D7;&#x30E9;&#x30BA;&#x30DE;RNA&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30D7;&#x30ED;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;DNA&#x3092;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x4EBA;&#x53E3;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x3068; &#x26;quot;&#x6DF1;&#x3044;&#x26;quot;&#x306E;&#x5FDC;&#x7528;

Tropism &#xD14C;&#xC2A4;&#xD2B8; CCR5 &#xAE38; &#xD56D; &#xC81C; &#xCE58;&#xB8CC; &#xC804;&#xC5D0; &#xC5D0;&#xC774;&#xC988; CXCR4 &#xC0AC;&#xC6A9;&#xC744; &#xBC30;&#xC81C; &#xD574;&#xC57C; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xD604;&#xC7AC;, &#xC7AC;&#xC870;&#xD569; phenotypic Trofile &#xBD84;&#xC11D; &#xACB0;&#xACFC; (&#xBAA8;&#xB178; &#xADF8;&#xB7A8;)&#xB294; &#xAC00;&#xC7A5; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD558; &#xAC8C; &#xD65C;&#xC6A9; &#xD558; &#xACE0;; &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, genotypic &#xD14C;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xB294; &#xB300;&#xCCB4; &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC;&#xB97C; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0BC; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

V3 &#xC720;&#xC804;&#xD615; cxcr4&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; HIV&#xC758; &#xAC80;&#xCD9C; &#xAC1C;&#xC120;: &#xC778;&#xAD6C;-&#xAE30;&#xBC18; &#xBC0F; &quot;&#xAE4A;&#xC740;&quot; &#xD50C;&#xB77C;&#xC988;&#xB9C8; RNA&#xC640; proviral DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC758; &#xC751;&#xC6A9; &#xD504;&#xB85C;&#xADF8;&#xB7A8;.

Pruebas de tropismo debe descartar CXCR4 del VIH antes del tratamiento con antagonistas del CCR5. En la actualidad, el ensayo recombinante Trofile fenot&#xED;pica (monograma) es el m&#xE1;s ampliamente utilizado, sin embargo, las pruebas genot&#xED;picas pueden representar m&#xE9;todos alternativos.

Mejorada la detecci&#xF3;n de CXCR4 del VIH por genotipificaci&#xF3;n V3: Aplicaci&#xF3;n de base poblacional y &#x26;quot;profunda&#x26;quot; de secuenciaci&#xF3;n de plasma de ARN y ADN proviral

&#x53D6;&#x5411;&#x6D4B;&#x8BD5;&#x5E94;&#x6392;&#x9664; CXCR4 &#x4F7F;&#x7528;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2;&#x4E0E; CCR5 &#x62EE;&#x6297;&#x5242;&#x6CBB;&#x7597;&#x524D;&#x3002;&#x76EE;&#x524D;&#xFF0C;&#x91CD;&#x7EC4;&#x7684;&#x8868;&#x578B; Trofile &#x6D4B;&#x5B9A; (&#x4F1A;&#x6807;&#xFF09; &#x662F;&#x6700;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x4F7F;&#x7528; &#xFF1B;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x57FA;&#x56E0;&#x578B;&#x6D4B;&#x8BD5;&#x53EF;&#x80FD;&#x4EE3;&#x8868;&#x4E86;&#x66FF;&#x4EE3;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;

V3 &#x57FA;&#x56E0;&#x5206;&#x578B;&#x7684;&#x6539;&#x8FDB;&#x7684; CXCR4 &#x4F7F;&#x7528;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2;&#x68C0;&#x6D4B;&#xFF1A; &#x5E94;&#x7528;&#x7A0B;&#x5E8F;&#x7684;&#x57FA;&#x4E8E;&#x4EBA;&#x53E3;&#x548C;&quot;&#x6DF1;&quot;&#x8840;&#x6D46; RNA &#x548C;&#x7EC4;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x7684; DNA &#x7684;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x3002;

Tropism testing should rule out CXCR4-using HIV before treatment with CCR5 antagonists. Currently, the recombinant phenotypic Trofile assay (Monogram) is most widely utilized; however, genotypic tests may represent alternative methods.

Improved detection of CXCR4-using HIV by V3 genotyping: application of population-based and "deep" sequencing to plasma RNA and proviral DNA.

Test de tropisme devrait exclure utilisant le CXCR4 du VIH avant le traitement par antagonistes du r&#xE9;cepteur CCR5. Actuellement, le test Trofile recombinant ph&#xE9;notypique (monogramme) est la plus largement utilis&#xE9;e, mais, tests g&#xE9;notypiques peuvent repr&#xE9;senter des m&#xE9;thodes alternatives.

Am&#xE9;lioration de la d&#xE9;tection utilisant le CXCR4 du VIH par g&#xE9;notypage V3: Application de la population et des &#xAB;profonde&#xBB; de s&#xE9;quen&#xE7;age de l&#x26;#39;ARN plasmatique et de l&#x26;#39;ADN proviral

Tropismus Tests sollten mithilfe von CXCR4 HIV vor Behandlung mit CCR5-Antagonisten ausschlie&szlig;en. Derzeit ist der rekombinante ph&auml;notypische Trofile Assay (Monogramm) am h&auml;ufigsten genutzt. GENOTYPISCHE Pr&uuml;fungen k&ouml;nnen, alternative Methoden stehen.

Verbesserte Erkennung von CXCR4-mit dem HIV durch V3-Genotypisierung: Anwendung der bev&ouml;lkerungsbezogenen und &quot;tief&quot; Sequenzierung zu Plasma-RNA und proviral DNA.

&#x4E0E; Viremic Antiretroviral Treatment-Experienced &#x75C5;&#x4EBA; (&#x6FC0;&#x52B1;) &#x7814;&#x7A76;&#x4F18;&#x5316;&#x7597;&#x6CD5; Maraviroc &#x76F8;&#x6BD4; maraviroc &#x4E0E;&#x5B89;&#x6170;&#x5242;&#x60A3;&#x8005;&#x6CBB;&#x7597;&#x7ECF;&#x5386; CCR5 &#x4F7F;&#x7528; (R5) &#x4EBA;&#x7C7B;&#x514D;&#x75AB;&#x7F3A;&#x9677;&#x75C5;&#x6BD2;&#x7C7B;&#x578B; 1 &#xFF08;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2;-1&#xFF09;&#xFF0C;&#x6BD4;&#x8F83;&#x7504;&#x522B;&#x4F7F;&#x7528;&#x539F;&#x59CB;&#x7684; Trofile &#x6D4B;&#x5B9A;&#x3002;&#x975E; R5 &#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2;&#x611F;&#x67D3;&#x7684;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5B50;&#x96C6;&#x8F93;&#x5165; A4001029 &#x5BA1;&#x5224;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8FFD;&#x6EAF;&#x7814;&#x7A76;&#x57FA;&#x4E8E;&#x6DF1;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x5728;&#x9884;&#x6D4B;&#x4E2D;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x5BA1;&#x5224; maraviroc &#x75C5;&#x6BD2;&#x5B66;&#x56DE;&#x5E94;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2; env V3 &#x73AF;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x578B;&#x53D6;&#x5411;&#x6D4B;&#x5B9A;&#x7684;&#x6027;&#x80FD;&#x3002;

&#x6DF1;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6765;&#x63A8;&#x65AD;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2; 1 co-receptor &#x7528;&#x6CD5;&#xFF1A; &#x4E09; maraviroc &#x6CBB;&#x7597;&#x7ECF;&#x5386;&#x7684;&#x60A3;&#x8005;&#x5728;&#x4E34;&#x5E8A;&#x8BD5;&#x9A8C;&#x4E2D;&#x7684;&#x5E94;&#x7528;&#x3002;

The Maraviroc versus Optimized Therapy in Viremic Antiretroviral Treatment-Experienced Patients (MOTIVATE) studies compared maraviroc versus placebo in treatment-experienced patients with CCR5-using (R5) human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1), screened using the original Trofile assay. A subset with non-R5 HIV infection entered the A4001029 trial. We retrospectively examined the performance of a genotypic tropism assay based on deep sequencing of the HIV env V3 loop in predicting virologic response to maraviroc in these trials.

Deep sequencing to infer HIV-1 co-receptor usage: application to three clinical trials of maraviroc in treatment-experienced patients.

La th&#xE9;rapie maraviroc contre optimis&#xE9;e dans vir&#xE9;miques re&#xE7;u un traitement antir&#xE9;troviral des patients (MOTIVATE) &#xE9;tudes ont compar&#xE9; le maraviroc par rapport au placebo dans le traitement de patients ayant d&#xE9;j&#xE0; re&#xE7;u avec CCR5-utilisation (R5) de type virus de l&#x26;#39;immunod&#xE9;ficience humaine 1 (VIH-1), projet&#xE9; en utilisant le test Trofile originale. Un sous-ensemble avec les organisations non-R5 infection par le VIH est entr&#xE9; le proc&#xE8;s A4001029. Nous avons r&#xE9;trospectivement &#xE9;tudi&#xE9; les performances d&#x26;#39;un test de tropisme g&#xE9;notypique bas&#xE9; sur le s&#xE9;quen&#xE7;age en profondeur de la boucle V3 du VIH env pour pr&#xE9;dire la r&#xE9;ponse virologique au maraviroc dans ces essais.

Profonde de s&#xE9;quen&#xE7;age de d&#xE9;duire le VIH-1 co-r&#xE9;cepteur d&#x26;#39;utilisation: Application &#xE0; trois essais cliniques de maraviroc dans le traitement des patients exp&#xE9;riment&#xE9;s

Maraviroc gegen&uuml;ber optimiert-Therapie bei Viremic Antiretroviral Treatment-Experienced Patienten (RISIKOERW&Auml;GUNGEN) Studien verglichen Maraviroc im Vergleich zu Placebo bei vorbehandelten Patienten mit CCR5-verwenden (R5) humanen Immundefizienz-Virustyp 1 (HIV-1), geschirmt, unter Verwendung der urspr&uuml;nglichen Trofile-Probe. Eine Teilmenge mit nicht - R5-HIV-Infektion trat den A4001029-Prozess. Wir untersuchten r&uuml;ckwirkend die Leistung eine genotypische Tropismus-Assay basiert auf Tiefe Sequenzierung der HIV-Env-V3-Schleife in der Vorhersage virologisches Reaktion auf Maraviroc in diesen Studien.

Ultratiefe Sequenzierung HIV-1-Co-receptor-Auslastung ableiten: Anwendung auf drei klinischen Studien mit Maraviroc bei vorbehandelten Patienten.

Il Maraviroc versus terapia ottimizzata in Viremic Antiretroviral Treatment-Experienced pazienti (motivare) studi rispetto maraviroc versus placebo in pazienti con esperienza di trattamento con CCR5-utilizzo (R5) human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1), proiettato utilizzando il test Trofile originale. Un sottoinsieme con infezione da HIV non R5 entrato il trial A4001029. Abbiamo esaminato retrospettivamente le prestazioni di un tropismo genotipica dosaggio basato sul profondo sequenziamento del ciclo HIV env V3 nel predire la risposta virologica sostenuta a maraviroc in questi studi.

Deep sequencing per arguire utilizzo corecettore HIV-1: applicazione di tre studi clinici di maraviroc nei pazienti con esperienza di trattamento.

&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x8840;&#x75C7;&#x306E;&#x6297;&#x30EC;&#x30C8;&#x30ED;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x6CBB;&#x7642;&#x7D4C;&#x9A13;&#x306E;&#x3042;&#x308B;&#x60A3;&#x8005;&#xFF08;&#x3084;&#x308B;&#x6C17;&#xFF09;&#x306F;&#x3001;&#x5143;&#x306E;Trofile&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x3066;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30FC;&#x30CB;&#x30F3;&#x30B0;CCR5-&#x4F7F;&#x7528;&#xFF08;R5&#xFF09;&#x30D2;&#x30C8;&#x514D;&#x75AB;&#x4E0D;&#x5168;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;1&#x578B;&#xFF08;HIV-1&#xFF09;&#x3068;&#x6CBB;&#x7642;&#x7D4C;&#x9A13;&#x306E;&#x3042;&#x308B;&#x60A3;&#x8005;&#x3067;&#x306F;&#x30D7;&#x30E9;&#x30BB;&#x30DC;&#x3068;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3057;&#x30DE;&#x30E9;&#x30D3;&#x30ED;&#x30AF;&#x3068;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3057;&#x3066;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x30DE;&#x30E9;&#x30D3;&#x30ED;&#x30AF;&#x306B;&#x5BFE;&#x3059;&#x308B;&#x6700;&#x9069;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x7642;&#x6CD5;&#x3002;&#x975E;R5 HIV&#x611F;&#x67D3;&#x75C7;&#x306E;&#x30B5;&#x30D6;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306F;&#x3001;A4001029&#x8A66;&#x9A13;&#x306B;&#x767B;&#x9332;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x9061;&#x53CA;&#x7684;&#x306B;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x8A66;&#x9A13;&#x3067;&#x30DE;&#x30E9;&#x30D3;&#x30ED;&#x30AF;&#x306B;&#x5BFE;&#x3059;&#x308B;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x5B66;&#x7684;&#x5FDC;&#x7B54;&#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3059;&#x308B;&#x306E;HIV env&#x3092;V3&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x306E;&#x6DF1;&#x3044;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x578B;&#x306E;&#x89AA;&#x548C;&#x6027;&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x306E;&#x6027;&#x80FD;&#x3092;&#x691C;&#x8A0E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

&#x6DF1;&#x3044;HIV-1&#x30B3;&#x30EC;&#x30BB;&#x30D7;&#x30BF;&#x30FC;&#x4F7F;&#x7528;&#x91CF;&#x3092;&#x63A8;&#x6E2C;&#x3059;&#x308B;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#xFF1A;&#x6CBB;&#x7642;&#x7D4C;&#x9A13;&#x306E;&#x3042;&#x308B;&#x60A3;&#x8005;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x30DE;&#x30E9;&#x30D3;&#x30ED;&#x30AF;&#x306E;3&#x3064;&#x306E;&#x81E8;&#x5E8A;&#x8A66;&#x9A13;&#x3078;&#x306E;&#x5FDC;&#x7528;

Viremic Antiretroviral Treatment-Experienced &#xD658;&#xC790; (MOTIVATE) &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0; &#xCD5C;&#xC801;&#xD654; &#xB41C; &#xCE58;&#xB8CC; &#xB300; Maraviroc maraviroc &#xD615;&#xC2DD;&#xACFC; CCR5-&#xC0AC;&#xC6A9; (R5) &#xC778;&#xAC04; &#xBA74;&#xC5ED; &#xACB0;&#xD54D; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; 1 (hiv-1) &#xD658;&#xC790; &#xCE58;&#xB8CC; &#xACBD;&#xD5D8;&#xC5D0; &#xC704;&#xC57D; &#xB300; &#xC0C1;&#xC601; &#xC6D0;&#xB798; Trofile &#xBD84;&#xC11D; &#xACB0;&#xACFC; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xBE44;&#xAD50;. R5 HIV &#xAC10;&#xC5FC;&#xC744; &#xAC00;&#xC9C4; &#xD558;&#xC704; &#xC9D1;&#xD569; &#xC785;&#xB825; A4001029 &#xC7AC;&#xD310;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC18C;&#xAE09; genotypic tropism &#xBD84;&#xC11D; &#xACB0;&#xACFC; &#xC608;&#xCE21;&#xC774; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC5D0;&#xC11C; maraviroc virologic &#xC751;&#xB2F5; HIV &#xD658;&#xACBD; V3 &#xB8E8;&#xD504;&#xC758; &#xAE4A;&#xC740; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xC131;&#xB2A5; &#xAC80;&#xC0AC;.

&#xC5D0;&#xC774;&#xC988;-1 co-receptor &#xC0AC;&#xC6A9;&#xBC95;&#xC744; &#xC720;&#xCD94; &#xD558; &#xB525; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;: &#xCE58;&#xB8CC; &#xACBD;&#xD5D8; &#xD658;&#xC790;&#xC5D0;&#xC11C; maraviroc&#xC758; 3 &#xAC1C;&#xC758; &#xC784;&#xC0C1; &#xC2DC;&#xD5D8;&#xC744; &#xC751;&#xC6A9; &#xD504;&#xB85C;&#xADF8;&#xB7A8;.

La Terapia de Maraviroc frente optimizado en vir&#xE9;micos antirretrovirales pacientes tratados previamente (motivar) los estudios de comparaci&#xF3;n maraviroc frente a placebo en pacientes tratados previamente con CCR5 utilizando (R5) Tipo de virus de inmunodeficiencia humana 1 (VIH-1), seleccionados mediante el ensayo de Trofile original. Un subconjunto con los no-R5 infecci&#xF3;n por el VIH ingresa al estudio A4001029. Nos examinaron retrospectivamente los resultados de un ensayo de tropismo genot&#xED;pica basado en la secuenciaci&#xF3;n profunda del bucle V3 env del VIH en la predicci&#xF3;n de la respuesta virol&#xF3;gica a maraviroc en estos ensayos.

La secuenciaci&#xF3;n profunda para inferir el VIH-1 co-receptor de Uso: Aplicaci&#xF3;n a los tres ensayos cl&#xED;nicos de maraviroc en pacientes tratados previamente

&#39;&#x865A;&#x62DF;&#39; &#x6216;&#x63A8;&#x65AD;&#x8868;&#x578B; (vPhenotypes) &#x901A;&#x5E38;&#x7528;&#x4E8E;&#x8BC4;&#x4F30;&#x6297;&#x75C5;&#x6297;&#x9006;&#x8F6C;&#x5F55;&#x75C5;&#x6BD2;&#x836F;&#x7269;&#x6CBB;&#x7597;&#x5931;&#x8D25;&#x7684;&#x60A3;&#x8005;&#x3002;&#x5728;&#x6B64;&#x7814;&#x7A76;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E34;&#x5E8A;&#x4E0A;&#x4E0B;&#x6587;&#x7406;&#x89E3; vPhenotype &#x503C;&#x3002;

&quot;&#x52A8;&#x6001;&#x8303;&#x56F4;&quot;&#x7684;&#x63A8;&#x65AD;&#x8868;&#x578B;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2;&#x836F;&#x7269;&#x7535;&#x963B;&#x503C;&#x5728;&#x4E34;&#x5E8A;&#x5B9E;&#x8DF5;&#x4E2D;&#x3002;

'Virtual' or inferred phenotypes (vPhenotypes) are commonly used to assess resistance to antiretroviral agents in patients failing therapy. In this study, we provide a clinical context for understanding vPhenotype values.

"Dynamic range" of inferred phenotypic HIV drug resistance values in clinical practice.

Ph&#xE9;notypes &#xAB;virtuels&#xBB; ou d&#xE9;duit (vPhenotypes) sont couramment utilis&#xE9;s pour &#xE9;valuer la r&#xE9;sistance aux antir&#xE9;troviraux chez des patients non la th&#xE9;rapie. Dans cette &#xE9;tude, nous fournissons un contexte clinique pour comprendre les valeurs vPhenotype.

&#x26;quot;Dynamic Range&#x26;quot; de pr&#xE9;sum&#xE9;es valeurs ph&#xE9;notypiques r&#xE9;sistance aux m&#xE9;dicaments contre le VIH dans la pratique clinique

&#39;Virtuelle&#39; oder hergeleitete Ph&auml;notypen (vPhenotypes) werden h&auml;ufig zur Bewertung der Resistenz gegen antiretrovirale Mittel bei Patienten, die Therapie fehlschl&auml;gt. In dieser Studie bieten wir einen klinischen Kontext f&uuml;r Verst&auml;ndnis vPhenotype Werte.

&quot;Dynamikumfang&quot; hergeleitet ph&auml;notypische Widerstandswerte der HIV-Medikament in der klinischen Praxis.

&#39;Virtuale&#39; o inferiti fenotipi (vPhenotypes) sono comunemente usati per valutare la resistenza agli agenti antiretrovirali in pazienti fallendo la terapia. In questo studio, forniamo un contesto clinico per i valori di vPhenotype di comprensione.

&quot;Dinamica&quot; della dedotta valori di resistenza fenotipici HIV farmaco nella pratica clinica.

&#x26;quot;&#x30D0;&#x30FC;&#x30C1;&#x30E3;&#x30EB;&#x26;quot;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x63A8;&#x8AD6;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x8868;&#x73FE;&#x578B;&#xFF08;vPhenotypes&#xFF09;&#x306F;&#x3001;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306B;&#x6CBB;&#x7642;&#x3092;&#x5931;&#x6557;&#x3057;&#x305F;&#x60A3;&#x8005;&#x306B;&#x6297;&#x30EC;&#x30C8;&#x30ED;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x85AC;&#x3078;&#x306E;&#x8010;&#x6027;&#x3092;&#x8A55;&#x4FA1;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x672C;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x306F;&#x3001;vPhenotype&#x5024;&#x3092;&#x7406;&#x89E3;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x81E8;&#x5E8A;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C6;&#x30AD;&#x30B9;&#x30C8;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x81E8;&#x5E8A;&#x5B9F;&#x7FD2;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x63A8;&#x5B9A;&#x8868;&#x73FE;&#x578B;HIV&#x306E;&#x85AC;&#x5264;&#x8010;&#x6027;&#x5024;&#x306E; &#x26;quot;&#x30C0;&#x30A4;&#x30CA;&#x30DF;&#x30C3;&#x30AF;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B8;&#x26;quot;

&#39;&#xAC00;&#xC0C1;&#39; &#xB610;&#xB294; &#xC720;&#xCD94; &#xB41C; &#xACE0;&#xAE30; (vPhenotypes) &#xCE58;&#xB8CC; &#xC2E4;&#xD328; &#xD658;&#xC790;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD56D; &#xB808;&#xD2B8;&#xB85C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC5D0;&#xC774;&#xC804;&#xD2B8;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC800;&#xD56D;&#xC744; &#xD3C9;&#xAC00; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC774;&#xD574; vPhenotype &#xAC12;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC784;&#xC0C1; &#xCEE8;&#xD14D;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&quot;&#xB3D9;&#xC801; &#xBC94;&#xC704;&quot;&#xC758; &#xC784;&#xC0C1; &#xC5F0;&#xC2B5;&#xC5D0;&#xC11C; phenotypic HIV &#xC57D;&#xBB3C; &#xC800;&#xD56D; &#xAC12;&#xC744; &#xC720;&#xCD94;.

Fenotipos &#x26;#39;virtuales&#x26;#39; o inferidos (vPhenotypes) se utilizan com&#xFA;nmente para evaluar la resistencia a los medicamentos antirretrovirales en pacientes no respond&#xED;an al tratamiento. En este estudio, que proporcionan un contexto cl&#xED;nico para la comprensi&#xF3;n de los valores vPhenotype.

&#x26;quot;Rango din&#xE1;mico&#x26;quot; de los valores inferidos fenot&#xED;picas farmacorresistencia del VIH en la pr&#xE1;ctica cl&#xED;nica

&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2; 1 hiv &#x611F;&#x67D3;&#x6291;&#x5236;&#x4F7F;&#x7528;&#x7684;&#x4E3B;&#x8981;&#x51B3;&#x5B9A;&#x56E0;&#x7D20;&#x4F4D;&#x4E8E; V3 &#x95ED;&#x73AF; gp120&#xFF0C;&#x867D;&#x7136;&#x4E5F;&#x77E5;&#x9053;&#x5728; V2 &#x548C; gp41 &#x7684;&#x7A81;&#x53D8;&#x3002;&#x4F17;&#x6240;&#x5468;&#x77E5;&#xFF0C;V2 &#x7EB3;&#x5165;&#x6539;&#x8FDB;&#x9884;&#x6D4B;&#x7B97;&#x6CD5; &#xFF1B;&#x4F46;&#x662F;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x5DF2;&#x4E0D;&#x786E;&#x8BA4; gp41 &#x7A81;&#x53D8;&#x3002;

Gp41 &#x7684;&#x7A81;&#x53D8;&#x4E0E; hiv &#x611F;&#x67D3;&#x6291;&#x5236;&#x53D6;&#x5411;&#x76F8;&#x4E92;&#x5173;&#x8054;&#xFF0C;&#x4F46;&#x4E0D;&#x662F;&#x663E;&#x8457;&#x6539;&#x5584;&#x9884;&#x6D4B;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;

The main determinants of HIV-1 coreceptor usage are located in the V3-loop of gp120, although mutations in V2 and gp41 are also known. Incorporation of V2 is known to improve prediction algorithms; however, this has not been confirmed for gp41 mutations.

Mutations in gp41 are correlated with coreceptor tropism but do not improve prediction methods substantially.

Les principaux facteurs d&#x26;#39;utilisation des co-r&#xE9;cepteurs du VIH-1 sont situ&#xE9;es dans la boucle V3 de gp120, m&#xEA;me si des mutations dans V2 et gp41 sont &#xE9;galement connu. Incorporation de V2 est connue pour am&#xE9;liorer les algorithmes de pr&#xE9;diction, mais cela n&#x26;#39;a pas &#xE9;t&#xE9; confirm&#xE9;e pour gp41 mutations.

Des mutations dans la gp41 sont corr&#xE9;l&#xE9;es avec tropisme cor&#xE9;cepteur mais n&#x26;#39;am&#xE9;liorent pas la quasi-M&#xE9;thodes de pr&#xE9;vision

Die wichtigsten Determinanten des HIV-1 Coreceptor Verwendung befinden sich in der V3-Schleife von gp120, obwohl Mutationen im V2 und gp41 auch bekannt sind. Einbeziehung der V2 ist bekannt, dass die Vorhersage-Algorithmen zu verbessern; jedoch wurde dies nicht mutations gp41 best&auml;tigt.

Mutationen im gp41 korrelieren mit Coreceptor Tropismus aber Vorhersagemethoden nicht wesentlich verbessern.

I principali determinanti di utilizzo coreceptor HIV-1 si trovano in V3-ciclo di gp120, sebbene mutazioni V2 e gp41 inoltre sono conosciute. Incorporazione di V2 &egrave; noto per migliorare gli algoritmi di previsione; Tuttavia, questo non &egrave; stato confermato per mutazioni gp41.

Mutazioni in gp41 sono correlate con tropismo coreceptor ma non migliorano sostanzialmente metodi di previsione.

V2&#x304A;&#x3088;&#x3073;gp41&#x306E;&#x5909;&#x7570;&#x3082;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x304C;&#x3001;HIV-1&#x30B3;&#x30EC;&#x30BB;&#x30D7;&#x30BF;&#x30FC;&#x4F7F;&#x7528;&#x306E;&#x4E3B;&#x306A;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x8981;&#x56E0;&#x306F;&#x3001;gp120&#x306E;V3&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x306B;&#x914D;&#x7F6E;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002; V2&#x306E;&#x53D6;&#x308A;&#x8FBC;&#x307F;&#x306F;&#x3001;&#x4E88;&#x6E2C;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30EA;&#x30BA;&#x30E0;&#x3092;&#x6539;&#x5584;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x304C;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x306F;gp41&#x306E;&#x5909;&#x7570;&#x3092;&#x78BA;&#x8A8D;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x306A;&#x3044;&#x3002;

gp41&#x306E;&#x3067;&#x5909;&#x7570;&#x304C;&#x30B3;&#x30EC;&#x30BB;&#x30D7;&#x30BF;&#x30FC;&#x6307;&#x5411;&#x6027;&#x3068;&#x76F8;&#x95A2;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x304C;&#x3001;&#x5B9F;&#x8CEA;&#x7684;&#x4E88;&#x6E2C;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3092;&#x6539;&#x5584;&#x3057;&#x306A;&#x3044;

V 2&#xC640; gp41 &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xC54C;&#xB824;&#xC838; &#xC788;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xC5D0;&#xC774;&#xC988;-1 coreceptor &#xC0AC;&#xC6A9;&#xC758; &#xC8FC;&#xC694; &#xACB0;&#xC815; &#xC694;&#xC778; gp120, V3 &#xB8E8;&#xD504;&#xC5D0; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. V 2&#xC758; &#xC608;&#xCE21; &#xC54C;&#xACE0;&#xB9AC;&#xC998;;&#xC744; &#xAC1C;&#xC120; &#xD558;&#xB294; &#xAC83;&#xC73C;&#xB85C; &#xC54C;&#xB824;&#xC838; &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;,&#xC774; gp41 &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xB300; &#xD55C; &#xD655;&#xC778; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC740;.

Gp41&#xC758; &#xBCC0;&#xC774; coreceptor tropism&#xC640; &#xC0C1;&#xAD00; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xC2E4;&#xC9C8;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC608;&#xCE21; &#xBC29;&#xBC95; &#xAC1C;&#xC120; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Los principales determinantes de la utilizaci&#xF3;n del VIH-1 correceptor se encuentran en el V3-bucle de gp120, aunque las mutaciones en V2 y gp41 tambi&#xE9;n son conocidos. Incorporaci&#xF3;n de V2 se sabe para mejorar algoritmos de predicci&#xF3;n, sin embargo, esto no ha sido confirmada por gp41 mutaciones.

Las mutaciones en la gp41 se correlacionan con el tropismo del correceptor pero no mejoran sustancialmente los m&#xE9;todos de predicci&#xF3;n

CXCR4 &#x4F7F;&#x7528;&#x4EBA;&#x4F53;&#x514D;&#x75AB;&#x7F3A;&#x635F;&#x75C5;&#x6BD2;&#x7684;&#x51FA;&#x73B0; 1 (&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2;-1&#xFF09; &#x578B;&#x53D8;&#x79CD;&#x662F;&#x52A0;&#x901F;&#x7684;&#x75BE;&#x75C5;&#x8FDB;&#x5C55;&#x6709;&#x5173;&#x3002;CXCR4 &#x4F7F;&#x7528;&#x53D8;&#x79CD;&#x88AB;&#x8BA4;&#x4E3A;&#x4F7F;&#x7528; CCR5 &#x7684;&#x53D8;&#x79CD;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x6F14;&#x5316;&#x800C;&#x6765;&#xFF0C;&#x4F46;&#x7531;&#x4E8E;&#x6781;&#x4F4E;&#x9891;&#x7684;&#x8FC7;&#x6E21;&#x7684;&#x4E2D;&#x95F4;&#x53D8;&#x91CF;&#x5F80;&#x5F80;&#x90FD;&#x5728;&#x573A;&#xFF0C;&#x52A8;&#x529B;&#x5B66;&#x548C;&#x7A81;&#x53D8;&#x901A;&#x8DEF;&#x53C2;&#x4E0E;&#x8FD9;&#x4E00;&#x8FDB;&#x7A0B;&#x5DF2;&#x96BE;&#x5B66;&#xFF0C;&#x800C;&#x56E0;&#x6B64;&#x4E0D;&#x751A;&#x4E86;&#x89E3;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x7528;&#x4E8E;&#x6DF1;&#x4E95;&#x8D85;&#x6DF1;&#x4E95;&#x6D4B;&#x5E8F; V3 &#x56DE;&#x8DEF;&#x7684;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6027;&#x4FE1;&#x5C01;&#x7ED3;&#x5408;&#x57FA;&#x4E8E; V3 &#x7684; hiv &#x611F;&#x67D3;&#x6291;&#x5236;&#x9884;&#x6D4B;&#x5DE5;&#x5177; PSSM(NSI/SI) &#x548C; geno2pheno([coreceptor]) &#x4ECE; CCR5-&#x5230; CXCR4-&#x4F7F;&#x7528;&#x8FC7;&#x6E21;&#x671F;&#x95F4;&#x68C0;&#x6D4B;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2; 1 &#x53D8;&#x4F53;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5206;&#x6790;&#x4E86; PBMC &#x548C;&#x8840;&#x6E05;&#x83B7;&#x5F97;&#x7684;&#x6837;&#x672C;&#x4ECE;&#x516B;&#x4E2A;&#x611F;&#x67D3;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2;&#x7684; 1 &#x4E2A;&#x4EBA;&#x9694;&#x4E09;&#x4E2A;&#x6708;&#x8D77;&#x5230;&#x524D;&#x5C71; 2 &#x6D4B;&#x5B9A;&#x4E2D; CXCR4 &#x4F7F;&#x7528;&#x53D8;&#x91CF;&#x7684;&#x7B2C;&#x4E00;&#x4E2A;&#x8868;&#x578B;&#x68C0;&#x6D4B;&#x4E00;&#x5E74;&#x3002;3,482 &#x548C; 10,521 &#x5728;&#x8BFB;&#x53D6;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x4E4B;&#x95F4;&#x662F;&#x4ECE;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x6837;&#x672C;&#x751F;&#x6210;&#x3002;&#x5728;&#x6240;&#x6709;&#x4E2A;&#x4EBA;&#xFF0C;V3 &#x5E8F;&#x5217;&#x9884;&#x6D4B; CXCR4 &#x4F7F;&#x7528;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2;-1 &#x68C0;&#x6D4B;&#x5230;&#x81F3;&#x5C11;&#x4E09;&#x4E2A;&#x6708;&#x524D;&#x7684;&#x5C71; 2 &#x6D4B;&#x5B9A;&#x4E2D; CXCR4 &#x4F7F;&#x7528;&#x53D8;&#x4F53;&#x7684;&#x8868;&#x578B;&#x68C0;&#x6D4B;&#x3002;&#x968F;&#x540E;&#x8FD9;&#x4E9B; V3 &#x5E8F;&#x5217;&#xFF0C;&#x4F7F;&#x7528;&#x6700;&#x5C0F;&#x751F;&#x6210;&#x6811;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x5173;&#x7CFB;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#x8868;&#x660E;&#x5728; hiv &#x611F;&#x67D3;&#x6291;&#x5236;&#x4F7F;&#x7528;&#x8FC7;&#x6E21;&#x4E4B;&#x540E;&#x9010;&#x6B65;&#x7684;&#x7A81;&#x53D8;&#x9014;&#x5F84;&#xFF0C;&#x6D89;&#x53CA;&#x5230;&#x987A;&#x5E8F;&#x4E2D;&#x95F4;&#x7684;&#x53D8;&#x79CD;&#xFF0C;&#x4E00;&#x822C;&#x51FA;&#x5E2D;&#x9891;&#x7387;&#x76F8;&#x5BF9;&#x8F83;&#x4F4E;&#x7684;&#x4E3B;&#x8981;&#x9884;&#x6D4B; CCR5 &#x548C; CXCR4-&#x4F7F;&#x7528;&#x7684;&#x53D8;&#x91CF;&#x8FDB;&#x884C;&#x6BD4;&#x8F83;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x6CE8;&#x610F;&#x5230;&#x4EBA;&#x6570;&#x9884;&#x6D4B; CXCR4 &#x4F7F;&#x7528;&#x7684;&#x53D8;&#x4F53;&#xFF0C;&#x4E3B;&#x8981;&#x9884;&#x6D4B;&#x7684; CCR5 &#x4F7F;&#x7528;&#x53D8;&#x79CD;&#x548C;&#x5B58;&#x5728;&#x7684;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x6216;&#x4E2D;&#x95F4;&#x53D8;&#x91CF;&#x4E0E;&#x975E;&#x534F;&#x8C03;&#x6027;&#x8868;&#x578B;&#x9884;&#x6D4B;&#x7F3A;&#x4E4F;&#x4EBA;&#x4E0E;&#x4EBA;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x5DEE;&#x5F02;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7ED3;&#x679C;&#x63D0;&#x4F9B; V3 &#x7A81;&#x53D8;&#x901A;&#x8DEF;&#x4ECE; CCR5-&#x5230; CXCR4-&#x4F7F;&#x7528;&#x5929;&#x7136; hiv-1 &#x611F;&#x67D3;&#x5728;&#x8FC7;&#x6E21;&#x671F;&#x95F4;&#x7684;&#x7B2C;&#x4E00;&#x4E2A;&#x8BE6;&#x7EC6;&#x7684;&#x8BF4;&#x660E;&#x3002;

&#x68C0;&#x6D4B;&#x63A8;&#x65AD; CCR5 &#x548C; CXCR4 &#x4F7F;&#x7528;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2;-1 &#x53D8;&#x5F02;&#x548C;&#x8FDB;&#x5316;&#x4E2D;&#x95F4;&#x4F53;&#x4F7F;&#x7528;&#x8D85;&#x6DF1;&#x7126;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x3002;

The emergence of CXCR4-using human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) variants is associated with accelerated disease progression. CXCR4-using variants are believed to evolve from CCR5-using variants, but due to the extremely low frequency at which transitional intermediate variants are often present, the kinetics and mutational pathways involved in this process have been difficult to study and are therefore poorly understood. Here, we used ultra-deep sequencing of the V3 loop of the viral envelope in combination with the V3-based coreceptor prediction tools PSSM(NSI/SI) and geno2pheno([coreceptor]) to detect HIV-1 variants during the transition from CCR5- to CXCR4-usage. We analyzed PBMC and serum samples obtained from eight HIV-1-infected individuals at three-month intervals up to one year prior to the first phenotypic detection of CXCR4-using variants in the MT-2 assay. Between 3,482 and 10,521 reads were generated from each sample. In all individuals, V3 sequences of predicted CXCR4-using HIV-1 were detected at least three months prior to phenotypic detection of CXCR4-using variants in the MT-2 assay. Subsequent analysis of the genetic relationships of these V3 sequences using minimum spanning trees revealed that the transition in coreceptor usage followed a stepwise mutational pathway involving sequential intermediate variants, which were generally present at relatively low frequencies compared to the major predicted CCR5- and CXCR4-using variants. In addition, we observed differences between individuals with respect to the number of predicted CXCR4-using variants, the diversity among major predicted CCR5-using variants, and the presence or absence of intermediate variants with discordant phenotype predictions. These results provide the first detailed description of the mutational pathways in V3 during the transition from CCR5- to CXCR4-usage in natural HIV-1 infection.

Detection of inferred CCR5- and CXCR4-using HIV-1 variants and evolutionary intermediates using ultra-deep pyrosequencing.

L&#x26;#39;apparition de CXCR4 humain de type virus de l&#x26;#39;immunod&#xE9;ficience 1 (VIH-1) est associ&#xE9; &#xE0; des variantes progression de la maladie acc&#xE9;l&#xE9;r&#xE9;e. Utilisant le CXCR4 variantes sont soup&#xE7;onn&#xE9;s d&#x26;#39;&#xE9;voluer &#xE0; partir du CCR5-utilisant des variantes, mais en raison de la fr&#xE9;quence extr&#xEA;mement faible au cours de laquelle transitoires variantes interm&#xE9;diaires sont souvent pr&#xE9;sents, la cin&#xE9;tique et les voies de mutations impliqu&#xE9;es dans ce processus ont &#xE9;t&#xE9; difficiles &#xE0; &#xE9;tudier et sont donc mal compris. Ici, on utilise ultra profond s&#xE9;quen&#xE7;age de la boucle V3 de l&#x26;#39;enveloppe virale, en combinaison avec la V3 &#xE0; base de pr&#xE9;diction cor&#xE9;cepteur outils PSSM (INS / SI) et geno2pheno ([cor&#xE9;cepteur]) pour d&#xE9;tecter le VIH-1 variantes lors de la transition de CCR5 - &#xE0; CXCR4-utilisation. Nous avons analys&#xE9; des &#xE9;chantillons de PBMC et le s&#xE9;rum obtenus &#xE0; partir de huit VIH-1-personnes infect&#xE9;es par moins trois mois d&#x26;#39;intervalle jusqu&#x26;#39;&#xE0; un an avant la premi&#xE8;re d&#xE9;tection ph&#xE9;notypique de CXCR4 utilisant des variantes dans le dosage de MT-2. Entre 3482 et 10521 lectures ont &#xE9;t&#xE9; g&#xE9;n&#xE9;r&#xE9;s &#xE0; partir de chaque &#xE9;chantillon. Dans tous les individus, les s&#xE9;quences V3 de pr&#xE9;dire utilisant le CXCR4 du VIH-1 ont &#xE9;t&#xE9; d&#xE9;tect&#xE9;es au moins trois mois avant la d&#xE9;tection ph&#xE9;notypique de CXCR4 utilisant des variantes dans le dosage MT-2. L&#x26;#39;analyse ult&#xE9;rieure des relations g&#xE9;n&#xE9;tiques de ces s&#xE9;quences v3 &#xE0; l&#x26;#39;aide arbres de recouvrement minimaux ont r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; que la transition de l&#x26;#39;utilisation de cor&#xE9;cepteur suivi un parcours par &#xE9;tapes s&#xE9;quentielles impliquant mutationnel variantes interm&#xE9;diaires, qui &#xE9;taient g&#xE9;n&#xE9;ralement pr&#xE9;sents &#xE0; des fr&#xE9;quences relativement faibles par rapport &#xE0; la majeure pr&#xE9;dit CCR5 et CXCR4 variantes. En outre, nous avons observ&#xE9; des diff&#xE9;rences entre les individus en ce qui concerne le nombre de la valeur pr&#xE9;dite utilisant le CXCR4 variantes, la diversit&#xE9; parmi les principaux pr&#xE9;dit CCR5-utilisant des variantes, et la pr&#xE9;sence ou l&#x26;#39;absence de variantes interm&#xE9;diaires avec les pr&#xE9;visions ph&#xE9;notype discordants. Ces r&#xE9;sultats fournissent la premi&#xE8;re description d&#xE9;taill&#xE9;e des voies de mutations dans V3 lors du passage de CCR5 &#xE0; CXCR4-utilisation dans naturel du VIH-1.

D&#xE9;tection de pr&#xE9;sum&#xE9;es CCR5 et CXCR4 variants VIH-1 et des interm&#xE9;diaires &#xE9;volutifs &#xE0; l&#x26;#39;aide ultra-profonde Pyros&#xE9;quen&#xE7;age

Die Entstehung von CXCR4-mit dem humanen Immundefizienz-Virus Typ 1 (HIV-1) Varianten beschleunigter Krankheitsverlauf zugeordnet ist. CXCR4 verwenden Varianten werden geglaubt, um vom Verwenden von CCR5 Varianten entwickeln, aber aufgrund der extrem niedrigen Frequenzen an dem &uuml;bergangsweise fortgeschrittene Varianten h&auml;ufig vorhanden sind, die Kinetik und teilhabende Wege an diesem Prozess beteiligten schwierig gewesen, zu studieren und sind daher oft missverstanden. Hier haben wir Sequenzierung von Zielgenen der V3-Schleife der viralen H&uuml;lle in Kombination mit der V3-basierte Coreceptor Vorhersage-Tools PSSM(NSI/SI) und geno2pheno([coreceptor]) um HIV-1 Varianten w&auml;hrend des &Uuml;bergangs von CCR5 auf CXCR4-Verwendung zu erkennen. Wir analysierten PBMC und Serum-Proben von acht HIV-1-infizierten Personen in dreimonatigen Abst&auml;nden bis zu einem Jahr vor der ersten ph&auml;notypische Erkennung von CXCR4 verwenden Varianten in der MT-2-Assay gewonnen. Zwischen 3.482 und 10.521 Lesevorg&auml;nge wurden aus jeder Probe generiert. Bei allen Personen wurden V3 Sequenzen vorhergesagten CXCR4-mit dem HIV-1 mindestens drei Monate vor der ph&auml;notypischen Erkennung von CXCR4 verwenden Varianten in der MT-2-Assay festgestellt. Nachfolgende Analyse der genetischen Beziehungen dieser V3-Sequenzen mit minimalen spannender B&auml;ume ergab, dass der &Uuml;bergang in Coreceptor Verwendung folgte schrittweisen teilhabende Weg mit sequenzielle fortgeschrittene Varianten, die in der Regel bei relativ niedrigen Frequenzen im Vergleich zu den gro&szlig;en vorhergesagten CCR5 und CXCR4-konsumierenden Varianten vorhanden waren. Zus&auml;tzlich beobachteten wir Unterschiede zwischen Individuen in Bezug auf die Anzahl der vorhergesagten CXCR4 verwenden Varianten, die Vielfalt unter den gro&szlig;en vorhergesagten mithilfe von CCR5 Varianten, und dem Vorhandensein oder Fehlen von fortgeschrittene Varianten mit uneinigen Ph&auml;notyp Vorhersagen. Diese Ergebnisse liefern die erste detaillierte Beschreibung der mutagenen Bahnen in V3 w&auml;hrend des &Uuml;bergangs von CCR5 - zu CXCR4-Verwendung in nat&uuml;rliche HIV-1-Infektion.

Erkennung von abgeleitete CCR5 und CXCR4 verwenden HIV-1 Varianten und evolution&auml;re Zwischenprodukte, die mithilfe von Zielgenen Pyrosequencing.

L&#39;emergere di CXCR4-utilizzando virus dell&#39;immunodeficienza umana di tipo 1 (HIV-1) varianti &egrave; associata con la progressione della malattia accelerata. Varianti utilizzando CXCR4 sono creduti di evolvere da varianti usando CCR5, ma a causa della frequenza estremamente bassa in cui transitori varianti intermedie sono spesso presenti, la cinetica e mutazionale pathways coinvolti in questo processo sono state difficili da studiare e quindi sono scarsamente compresi. Qui, abbiamo usato il sequenziamento ultra profonde del V3 loop della busta virale in combinazione con gli strumenti di previsione basata su V3 coreceptor PSSM(NSI/SI) e geno2pheno([coreceptor]) per individuare varianti HIV-1 durante la transizione da CCR5 - di CXCR4-utilizzo. Abbiamo analizzato campioni di PBMC e siero ottenuti da otto individui HIV-1-infected a intervalli di tre mesi a un anno prima il primo rilevamento fenotipico di CXCR4-utilizzando varianti nel dosaggio MT-2. Tra letture 3.482 e 10.521 sono stati generati da ciascun campione. In tutti gli individui, sequenze V3 di previsto utilizzo di CXCR4 HIV-1 sono stati individuati almeno tre mesi prima della rilevazione fenotipica delle varianti utilizzando CXCR4 nel dosaggio MT-2. Successive analisi delle relazioni genetiche di queste sequenze V3 utilizzando minimo spanning trees ha rivelato che la transizione nell&#39;uso di coreceptor segu&igrave; un percorso graduale mutazionale che comportano varianti intermedie sequenziale, che erano generalmente presenti a relativamente basse frequenze rispetto alle varianti principale predetto CCR5 e CXCR4-utilizzano. Inoltre, abbiamo osservato le differenze tra gli individui per quanto riguarda il numero di varianti di CXCR4-utilizzo previsti, la diversit&agrave; tra le varianti principali CCR5-utilizzo previsti e la presenza o l&#39;assenza di varianti intermedie con le previsioni di fenotipo discordante. Questi risultati forniscono la prima descrizione dettagliata dei percorsi mutazionale in V3 durante la transizione da CCR5 di CXCR4-utilizzo nell&#39;infezione di HIV-1 naturale.

Rilevamento del dedotto varianti HIV-1 CCR5 e CXCR4 utilizzando ed evolutivi intermedi mediante pyrosequencing ultra profonde.

CXCR4-&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x305F;&#x30D2;&#x30C8;&#x514D;&#x75AB;&#x4E0D;&#x5168;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;1&#x578B;&#xFF08;HIV-1&#xFF09;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x306E;&#x51FA;&#x73FE;&#x304C;&#x52A0;&#x901F;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x75BE;&#x60A3;&#x306E;&#x9032;&#x884C;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002; CXCR4-&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x306F;&#x3001;CCR5-&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x304B;&#x3089;&#x9032;&#x5316;&#x3059;&#x308B;&#x3068;&#x8003;&#x3048;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x304C;&#x3001;&#x539F;&#x56E0;&#x3067;&#x904E;&#x6E21;&#x7684;&#x306A;&#x4E2D;&#x9593;&#x306E;&#x4E9C;&#x7A2E;&#x304C;&#x983B;&#x7E41;&#x306B;&#x5B58;&#x5728;&#x3059;&#x308B;&#x6642;&#x306B;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x4F4E;&#x3044;&#x5468;&#x6CE2;&#x6570;&#x307E;&#x3067;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B9;&#x306B;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3059;&#x308B;&#x53CD;&#x5FDC;&#x901F;&#x5EA6;&#x3068;&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x306E;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x306F;&#x3001;&#x52C9;&#x5F37;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x56F0;&#x96E3;&#x3067;&#x3042;&#x3063;&#x305F;&#x305F;&#x3081;&#x3001;&#x3088;&#x304F;&#x7406;&#x89E3;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x306A;&#x3044;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;V3&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x30B3;&#x30EC;&#x30BB;&#x30D7;&#x30BF;&#x30FC;&#x4E88;&#x6E2C;&#x30C4;&#x30FC;&#x30EB;PSSM&#xFF08;NSI / SI&#xFF09;&#x3068;geno2pheno&#x3068;&#x306E;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x3067;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x30A8;&#x30F3;&#x30D9;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D7;&#x306E;V3&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x306E;&#x8D85;&#x30C7;&#x30A3;&#x30FC;&#x30D7;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x305F;&#xFF08;[&#x30EC;&#x30BB;&#x30D7;&#x30BF;&#x30FC;]&#xFF09;CCR5&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x79FB;&#x884C;&#x4E2D;&#x306B;HIV-1&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x3092;&#x691C;&#x51FA;&#x3059;&#x308B; -  CXCR4&#x4F7F;&#x7528;&#x7387;&#x306B;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;CXCR4-&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;MT-2&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x3092;&#x6700;&#x521D;&#x306E;&#x8868;&#x73FE;&#x578B;&#x306E;&#x691C;&#x51FA;&#x306B;&#x5148;&#x7ACB;&#x3063;&#x3066;&#x3001;1&#x5E74;&#x301C;3&#x30AB;&#x6708;&#x9593;&#x9694;&#x3067;8 HIV-1&#x611F;&#x67D3;&#x500B;&#x4F53;&#x304B;&#x3089;&#x5F97;&#x3089;&#x308C;&#x305F;PBMC&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x8840;&#x6E05;&#x8A66;&#x6599;&#x3092;&#x5206;&#x6790;&#x3057;&#x305F;&#x3002; 3482&#x3068;10521&#x306E;&#x8AAD;&#x307F;&#x53D6;&#x308A;&#x306E;&#x9593;&#x306B;&#x3001;&#x5404;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x304B;&#x3089;&#x751F;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x500B;&#x4F53;&#x3067;&#x306F;&#x3001;V3&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x306F;&#x3001;CXCR4&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x4E88;&#x6E2C;HIV-1&#x306F;MT-2&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;CXCR4-&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x306E;&#x8868;&#x73FE;&#x578B;&#x306E;&#x691C;&#x51FA;&#x306B;&#x5148;&#x7ACB;&#x3063;&#x3066;&#x5C11;&#x306A;&#x304F;&#x3068;&#x3082;3&#x30F6;&#x6708;&#x9593;&#x306B;&#x691C;&#x51FA;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x30B3;&#x30EC;&#x30BB;&#x30D7;&#x30BF;&#x30FC;&#x4F7F;&#x7528;&#x7387;&#x306E;&#x9077;&#x79FB;&#x304C;&#x4E3B;&#x8981;&#x306B;&#x6BD4;&#x3079;&#x3066;&#x76F8;&#x5BFE;&#x7684;&#x306B;&#x4F4E;&#x3044;&#x5468;&#x6CE2;&#x6570;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306B;&#x5B58;&#x5728;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30E3;&#x30EB;&#x4E2D;&#x9593;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x6BB5;&#x968E;&#x7684;&#x306A;&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x306B;&#x5F93;&#x3063;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x6700;&#x5C0F;&#x5168;&#x57DF;&#x6728;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;V3&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x95A2;&#x4FC2;&#x306E;&#x305D;&#x306E;&#x5F8C;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x306F;&#x3001;&#x4E88;&#x6E2C;CCR5&#x3068;CXCR4-&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x30D0;&#x30EA;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C8;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x4E88;&#x6E2C;CXCR4-&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x5909;&#x6570;&#x306E;&#x6570;&#x306B;&#x95A2;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x500B;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x9055;&#x3044;&#x3092;&#x89B3;&#x5BDF;&#x3057;&#x3001;&#x4E3B;&#x8981;&#x306A;&#x9593;&#x306E;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x306F;&#x3001;CCR5-&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x30D0;&#x30EA;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C8;&#x3001;&#x8033;&#x969C;&#x308A;&#x306A;&#x8868;&#x73FE;&#x578B;&#x306E;&#x4E88;&#x6E2C;&#x306E;&#x4E2D;&#x9593;&#x4F53;&#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x4E0D;&#x5728;&#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x3001;&#x81EA;&#x7136;&#x306E;HIV-1&#x611F;&#x67D3;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;CXCR4&#x4F7F;&#x7528;&#x7387;CCR5&#x3078;&#x306E;&#x79FB;&#x884C;&#x6642;&#x306B;V3&#x306E;&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x306E;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x306E;&#x6700;&#x521D;&#x306E;&#x8A73;&#x7D30;&#x306A;&#x8AAC;&#x660E;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x63A8;&#x5B9A;&#x306E;&#x691C;&#x51FA;CCR5&#x3068;CXCR4-&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x8D85;&#x30C7;&#x30A3;&#x30FC;&#x30D7;&#x30D1;&#x30A4;&#x30ED;&#x30B7;&#x30FC;&#x30AF;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x305F;HIV-1&#x5909;&#x7570;&#x3068;&#x9032;&#x5316;&#x306E;&#x4E2D;&#x9593;&#x4F53;&#x3092;

Cxcr4&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC778;&#xAC04; &#xBA74;&#xC5ED; &#xACB0;&#xD54D; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xC758; &#xCD9C;&#xD604; &#xC785;&#xB825; 1 (hiv-1) &#xBCC0;&#xC885; &#xAC00;&#xC18D;&#xD654; &#xB41C; &#xC9C8;&#xBCD1;&#xC758; &#xC9C4;&#xD589;&#xACFC; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C;. Cxcr4&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xBCC0;&#xD615; ccr5&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xB2E4;&#xB978; &#xD615;&#xD0DC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC9C4;&#xD654; &#xD558;&#xB294; &#xAC83;&#xC73C;&#xB85C; &#xCD94;&#xC815; &#xB41C;&#xB2E4; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xB54C;&#xBB38;&#xC5D0; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xB0AE;&#xC740; &#xC8FC;&#xD30C;&#xC218;&#xB294; &#xACFC;&#xB3C4; &#xAE30;&#xC801; &#xC911;&#xAC04; &#xC774;&#xCCB4;&#xB294; &#xD604;&#xC7AC; &#xC18D;&#xB3C4; &#xB860; &#xBC0F; mutational &#xD1B5;&#xB85C;&#xC774; &#xD504;&#xB85C;&#xC138;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xACF5;&#xBD80; &#xD558;&#xAE30; &#xD798;&#xB4E4;&#xC5C8;&#xC744; &#xACE0; &#xB530;&#xB77C;&#xC11C; &#xC81C;&#xB300;&#xB85C; &#xC774;&#xD574;. &#xC5EC;&#xAE30;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xC804;&#xD658;&#xC5D0;&#xC11C; CCR5-&#xD558; CXCR4-&#xC0AC;&#xC6A9; &#xC911; hiv-1 &#xBCC0;&#xC885; &#xAC10;&#xC9C0; V3 &#xAE30;&#xBC18; coreceptor &#xC608;&#xCE21; &#xB3C4;&#xAD6C; PSSM(NSI/SI)&#xC640; &#xD568;&#xAED8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; &#xBD09;&#xD22C;&#xC758; v 3 &#xB8E8;&#xD504;&#xC758; ultra-deep &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xBC0F; geno2pheno([coreceptor])&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9;. &#xC6B0;&#xB9AC; MT-2 &#xBD84;&#xC11D; &#xACB0;&#xACFC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBCC0;&#xC885; cxcr4&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xCCAB; &#xBC88;&#xC9F8; phenotypic &#xAC80;&#xCD9C; &#xC804;&#xC5D0; 1 &#xB144;&#xC5D0; &#xCD5C;&#xB300; 3 &#xAC1C;&#xC6D4; &#xAC04;&#xACA9;&#xC73C;&#xB85C; 8 &#xBA85;&#xC758; &#xC5D0;&#xC774;&#xC988;-1 &#xAC10;&#xC5FC; &#xB41C; &#xAC1C;&#xC778;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC5BB;&#xC740; PBMC &#xBC0F; &#xD608; &#xCCAD; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC744; &#xBD84;&#xC11D; &#xD588;&#xB2E4;. 3,482 &#xBC0F; 10,521 &#xC77D;&#xAE30; &#xC0AC;&#xC774; &#xAC01; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0DD;&#xC131; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBAA8;&#xB4E0; &#xAC1C;&#xC778;&#xC5D0; V3 &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC608;&#xCE21;&#xB41C; CXCR4 &#xC0AC;&#xC6A9; &#xC5D0;&#xC774;&#xC988;-1&#xC758; phenotypic MT-2 &#xBD84;&#xC11D; &#xACB0;&#xACFC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBCC0;&#xC885; cxcr4&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xAC80;&#xC0C9; &#xD558;&#xAE30; &#xC804;&#xC5D0; 3 &#xAC1C;&#xC6D4; &#xC774;&#xC0C1; &#xAC80;&#xCD9C; &#xB410;&#xB2E4;. &#xCD5C;&#xC18C; &#xC2A4;&#xD328;&#xB2DD; &#xD2B8;&#xB9AC;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; V3 &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; &#xC720;&#xC804; &#xAD00;&#xACC4;&#xC758; &#xC774;&#xD6C4; &#xBD84;&#xC11D; coreceptor &#xC0AC;&#xC6A9;&#xC5D0; &#xC804;&#xD658; &#xAD00;&#xB828; &#xC8FC;&#xC694; &#xC608;&#xCE21; CCR5-&#xBC0F; CXCR4-&#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xB2E4;&#xB978; &#xD615;&#xD0DC;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; &#xC0C1;&#xB300;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xB0AE;&#xC740; &#xC8FC;&#xD30C;&#xC218;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC788;&#xB358; &#xC21C;&#xCC28;&#xC801; &#xC911;&#xAC04; &#xBCC0;&#xC885; stepwise mutational &#xD1B5;&#xB85C; &#xB530;&#xB77C; &#xACF5;&#xAC1C; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB610;&#xD55C;, &#xC8FC;&#xC694; &#xC608;&#xCE21;&#xB41C; ccr5&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xBCC0;&#xD615; &#xBC0F; &#xC874;&#xC7AC; &#xAC00;&#xC6B4;&#xB370; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131; &#xC608;&#xCE21;&#xB41C; cxcr4&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xBCC0;&#xD615; &#xC218; &#xB610;&#xB294; &#xADC0;&#xC5D0; &#xAC70;&#xC2AC;&#xB9AC;&#xB294; &#xD45C;&#xD604; &#xD615; &#xC608;&#xCE21; &#xC911;&#xAC04; &#xC774;&#xCCB4;&#xC758; &#xBD80;&#xC7AC;&#xB294; &#xAC1C;&#xC778; &#xAC04;&#xC758; &#xCC28;&#xC774; &#xAD00;&#xCC30;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xACB0;&#xACFC;&#xC5D0;&#xC11C; CCR5-&#xD558; CXCR4-&#xC0AC;&#xC6A9; &#xC790;&#xC5F0; &#xC5D0;&#xC774;&#xC988;-1 &#xAC10;&#xC5FC;&#xC5D0; &#xC804;&#xD658; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; v 3&#xC5D0;&#xC11C; mutational &#xD1B5;&#xB85C;&#xC758; &#xCCAB; &#xBC88;&#xC9F8; &#xC790;&#xC138;&#xD55C; &#xC124;&#xBA85;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xAC80;&#xCD9C;&#xC758; CCR5 CXCR4 &#xC0AC;&#xC6A9; &#xC5D0;&#xC774;&#xC988;-1 &#xBCC0;&#xC885;&#xACFC; &#xC9C4;&#xD654; &#xC911;&#xAC04;&#xCCB4; ultra-deep pyrosequencing&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC720;&#xCD94;.

La aparici&#xF3;n de CXCR4 virus de inmunodeficiencia humana tipo 1 (VIH-1) variantes se asocia con la progresi&#xF3;n de la enfermedad acelerada. CXCR4 variantes se cree que evolucionan a partir de CCR5-con variantes, pero debido a la extremadamente baja frecuencia de transici&#xF3;n en el que las variantes intermedias est&#xE1;n a menudo presentes, la cin&#xE9;tica y v&#xED;as mutacionales que participan en este proceso han sido dif&#xED;ciles de estudiar y por lo tanto, es poco conocido. Aqu&#xED;, hemos utilizado secuenciaci&#xF3;n ultra profunda del bucle V3 de la envoltura viral en combinaci&#xF3;n con el V3 basado correceptor predicci&#xF3;n PSSM herramientas (NSI / SI) y geno2pheno ([correceptor]) para detectar el VIH-1 variantes durante la transici&#xF3;n de CCR5 - para el uso de CXCR4. Se analizaron muestras de CMSP y suero obtenidos de ocho por VIH-1 en individuos infectados con intervalos de tres meses hasta un a&#xF1;o antes de la primera detecci&#xF3;n fenot&#xED;pica de CXCR4 variantes en el ensayo de MT-2. Entre 3.482 y 10.521 lecturas fueron generados a partir de cada muestra. En todos los individuos, las secuencias V3 de predecir con tropismo CXCR4 del VIH-1 se detectaron al menos tres meses antes de la detecci&#xF3;n fenot&#xED;pica de CXCR4 variantes en el ensayo de MT-2. Tras el an&#xE1;lisis de las relaciones gen&#xE9;ticas de estas secuencias V3 con &#xE1;rboles de expansi&#xF3;n m&#xED;nimos revel&#xF3; que la transici&#xF3;n en el uso del correceptor seguido un camino gradual de mutaciones secuenciales que implica variantes intermedias, que eran generalmente presentes en frecuencias relativamente bajas en comparaci&#xF3;n con el gran predijo CCR5 y CXCR4 con- variantes. Adem&#xE1;s, se observaron diferencias entre los individuos con respecto al n&#xFA;mero de predecir CXCR4 variantes, la diversidad entre las principales predijo CCR5-con variantes, y la presencia o ausencia de variantes intermedias, con las predicciones de fenotipo discordantes. Estos resultados proporcionan la primera descripci&#xF3;n detallada de las v&#xED;as mutacionales en V3 durante la transici&#xF3;n de CCR5 a CXCR4 natural de uso en la infecci&#xF3;n VIH-1.

La detecci&#xF3;n de inferidos CCR5 y CXCR4 del VIH-1 y variantes intermedias en la evoluci&#xF3;n con la tecnolog&#xED;a m&#xE1;s profunda Pyrosequencing

&#xAE4A;&#xC740; &#xC5F0;&#xC18D; &#xAC10;&#xC9C0; &#xD558; &#xACE0; &#xB4F1;&#xC7A5; &#xD558; &#xACE0; maraviroc &#xD3EC;&#xD568; &#xB41C; &#xC694;&#xBC95;&#xC744; &#xBC1B;&#xB294; &#xD658;&#xC790;&#xC5D0;&#xC11C; virologic &#xC624;&#xB958;&#xAC00; &#xBC1C;&#xC0DD;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xC791;&#xC740; &#xC18C;&#xC218; &#xBBFC;&#xC871;&#xC744; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xC5EC;-r 5 &#xC778;&#xAC04; &#xBA74;&#xC5ED; &#xACB0;&#xD54D; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; (HIV) &#xBCC0;&#xC885;&#xC758; &#xBE44;&#xC728;&#xC744; &#xC815;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xAE30;&#xC220; &#xC774;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC18C;&#xAE09; &#xCE58;&#xB8CC;-&#xC21C; &#xC9C4; &#xD658;&#xC790; (&#xC7A5;&#xC810;) &#xC7AC;&#xD310;&#xC5D0;&#xC11C; Efavirenz &#xB300; Maraviroc&#xC5D0; maraviroc&#xC774; &#xD3EC;&#xD568; &#xB41C; &#xCC98;&#xBC29;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC751;&#xB2F5;&#xC744; &#xC608;&#xCE21; &#xD558;&#xB294; &#xAE4A;&#xC740; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xD14C;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xACB0;&#xACFC; &#xD5A5;&#xC0C1; &#xB41C; &#xAC10;&#xB3C4; Trofile &#xBD84;&#xC11D; &#xACB0;&#xACFC; (ESTA), &#xC784;&#xC0C1; &#xC5F0;&#xC2B5;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB110;&#xB9AC; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB418;&#xB294; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC5BB;&#xC740; &#xADF8;&#xC640; &#xBE44;&#xAD50; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;.

&#xC5D0;&#xC774;&#xC988;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAE4A;&#xC740; V3 &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xCE58;&#xB8CC;-&#xC21C; &#xC9C4; &#xD658;&#xC790;&#xC5D0;&#xC11C; 1 tropism &#xC785;&#xB825;: maraviroc&#xC758; &#xC7A5;&#xC810;&#xC740; &#xC7AC;&#xD310; &#xD574;&#xB3C4;.

Secuenciaci&#xF3;n profunda es una t&#xE9;cnica altamente sensible que puede detectar y cuantificar la proporci&#xF3;n de no-R5 virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) variantes, incluidas las minor&#xED;as peque&#xF1;as, que puedan surgir y provocar una falla virol&#xF3;gica en pacientes que reciben maraviroc reg&#xED;menes que contienen. Retrospectivamente a prueba la capacidad de secuenciaci&#xF3;n profunda para predecir la respuesta a un r&#xE9;gimen que contiene maraviroc en los pacientes Maraviroc versus Efavirenz en el tratamiento previo (MERIT) de prueba. Los resultados se compararon con los obtenidos utilizando el ensayo de sensibilidad Trofile mejorada (ESTA), que es ampliamente utilizado en la pr&#xE1;ctica cl&#xED;nica.

Secuenciaci&#xF3;n V3 fondo para el tipo VIH 1 Tropismo en pacientes sin tratamiento previo: un nuevo an&#xE1;lisis del ensayo MERIT de maraviroc

S&#xE9;quen&#xE7;age profonde est une technique tr&#xE8;s sensible qui peut d&#xE9;tecter et de quantifier la proportion de non-R5 virus de l&#x26;#39;immunod&#xE9;ficience humaine (VIH), y compris les variantes petites minorit&#xE9;s, qui peuvent survenir et provoquer un &#xE9;chec virologique chez les patients qui re&#xE7;oivent le maraviroc r&#xE9;gimes contenant. Nous avons r&#xE9;trospectivement &#xE9;valu&#xE9; la capacit&#xE9; de s&#xE9;quen&#xE7;age en profondeur pour pr&#xE9;dire la r&#xE9;ponse &#xE0; un r&#xE9;gime contenant du maraviroc chez les patients par rapport &#xE0; l&#x26;#39;&#xE9;favirenz au maraviroc et na&#xEF;fs de traitement (MERIT) proc&#xE8;s. Les r&#xE9;sultats ont &#xE9;t&#xE9; compar&#xE9;s avec ceux obtenus en utilisant le test de sensibilit&#xE9; accrue Trofile (ESTA), qui est largement utilis&#xE9; dans la pratique clinique.

S&#xE9;quen&#xE7;age V3 profonde de type VIH-1 tropisme dans le traitement des patients na&#xEF;fs: une nouvelle analyse de l&#x26;#39;essai MERIT de maraviroc

Ultratiefe Sequenzierung ist ein hochsensibles Verfahren, das ermitteln und quantifizieren den Anteil der nicht-R5 Human Immunodeficiency Virus (HIV) Varianten, einschlie&szlig;lich kleine Minderheiten, die entstehen und bei Patienten, die Maraviroc-haltigen Therapien erhalten virologisches Versagen f&uuml;hren kann. Wir testeten r&uuml;ckwirkend die F&auml;higkeit der Ultratiefe Sequenzierung als Reaktion auf eine Maraviroc-haltige Regime in den Maraviroc gegen&uuml;ber Efavirenz in Behandlung-naiven Patienten (MERIT) Studie vorherzusagen. Ergebnisse wurden verglichen mit denjenigen mit der Enhanced Empfindlichkeit Trofile Assay (ESTA), die weit in der klinischen Praxis verwendet wird.

Tiefe V3-Sequenzierung f&uuml;r HIV geben 1 Tropismus in Behandlung-naiven Patienten: eine Reanalyse der MERIT Studie von Maraviroc.

Sequenziamento profondo &egrave; una tecnica altamente sensibile che pu&ograve; rilevare e quantificare la percentuale di varianti di virus dell&#39;immunodeficienza umana (HIV) non-R5, comprese piccole minoranze, che possono emergere e causare il guasto virologica in pazienti che ricevono i regimi contenenti maraviroc. Abbiamo testato a posteriori la capacit&agrave; del deep sequencing per predire la risposta ad un regime contenente maraviroc in Maraviroc versus Efavirenz in trial di trattamento-Naive pazienti (MERIT). Risultati sono stati confrontati con quelli ottenuti con la maggiore sensibilit&agrave; Trofile Assay (ESTA), che &egrave; ampiamente utilizzato nella pratica clinica.

Deep sequencing V3 per HIV tipo 1 trofismo in trattamento-naive patients: a una nuova analisi del processo di merito di maraviroc.

&#x30C7;&#x30A3;&#x30FC;&#x30D7;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306F;&#x30DE;&#x30E9;&#x30D3;&#x30ED;&#x30AF;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x30EC;&#x30B8;&#x30E1;&#x30F3;&#x3092;&#x53D7;&#x3051;&#x308B;&#x60A3;&#x8005;&#x306B;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x5B66;&#x7684;&#x5931;&#x6557;&#x3092;emerge&#x3057;&#x3066;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x5C0F;&#x3055;&#x306A;&#x5C11;&#x6570;&#x6C11;&#x65CF;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x975E;R5&#x30D2;&#x30C8;&#x514D;&#x75AB;&#x4E0D;&#x5168;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#xFF08;HIV&#xFF09;&#x306E;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x306E;&#x5272;&#x5408;&#x3092;&#x691C;&#x51FA;&#x3057;&#x3001;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5316;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x9AD8;&#x611F;&#x5EA6;&#x306A;&#x624B;&#x6CD5;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x9061;&#x53CA;&#x7684;&#x306B;&#x6CBB;&#x7642;&#x6B74;&#x306E;&#x306A;&#x3044;&#x60A3;&#x8005;&#xFF08;MERIT&#xFF09;&#x306E;&#x8A66;&#x9A13;&#x3067;&#x30DE;&#x30E9;&#x30D3;&#x30ED;&#x30AF;&#x306B;&#x5BFE;&#x3059;&#x308B;&#x30A8;&#x30D5;&#x30A1;&#x30D3;&#x30EC;&#x30F3;&#x30C4;&#x306E;&#x30DE;&#x30E9;&#x30D3;&#x30ED;&#x30AF;&#x542B;&#x6709;&#x30EC;&#x30B8;&#x30E1;&#x30F3;&#x3078;&#x306E;&#x5FDC;&#x7B54;&#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x6DF1;&#x3044;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x80FD;&#x529B;&#x3092;&#x30C6;&#x30B9;&#x30C8;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x3001;&#x5E83;&#x304F;&#x81E8;&#x5E8A;&#x3067;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x5F37;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x611F;&#x5EA6;Trofile&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#xFF08;ESTA&#xFF09;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x5F97;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x3082;&#x306E;&#x3068;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

&#x6CBB;&#x7642;&#x672A;&#x7D4C;&#x9A13;&#x60A3;&#x8005;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;HIV&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7;1&#x6307;&#x5411;&#x6027;&#x306E;&#x6DF1;&#x3044;V3&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#xFF1A;&#x30DE;&#x30E9;&#x30D3;&#x30ED;&#x30AF;&#x306E;&#x30E1;&#x30EA;&#x30C3;&#x30C8;&#x8A66;&#x9A13;&#x306E;&#x518D;&#x89E3;&#x6790;

&#x6DF1;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x662F;&#x4E00;&#x79CD;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x654F;&#x611F;&#x7684;&#x6280;&#x672F;&#xFF0C;&#x53EF;&#x4EE5;&#x68C0;&#x6D4B;&#x548C;&#x91CF;&#x5316;&#x975E; R5 &#x4EBA;&#x4F53;&#x514D;&#x75AB;&#x7F3A;&#x9677;&#x75C5;&#x6BD2; (HIV) &#x7684;&#x53D8;&#x79CD;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x8F83;&#x5C11;&#x7684;&#x5C11;&#x6570;&#x6C11;&#x65CF;&#xFF0C;&#x53EF;&#x80FD;&#x4F1A;&#x51FA;&#x73B0;&#x548C;&#x75C5;&#x6BD2;&#x5B66;&#x6545;&#x969C;&#x5BFC;&#x81F4;&#x63A5;&#x6536; maraviroc &#x542B;&#x7597;&#x6CD5;&#x7684;&#x60A3;&#x8005;&#x6240;&#x5360;&#x7684;&#x6BD4;&#x4F8B;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8FFD;&#x6EAF;&#x6D4B;&#x8BD5;&#x9884;&#x6D4B;&#x517B;&#x751F; maraviroc &#x5305;&#x542B;&#x5728;&#x53EF;&#x4E0E; Maraviroc &#x6CBB;&#x7597;&#x5929;&#x771F;&#x75C5;&#x4EBA; (&#x4F18;&#x79C0;) &#x5BA1;&#x5224;&#x4E2D;&#x54CD;&#x5E94;&#x6DF1;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x80FD;&#x529B;&#x3002;&#x4E0E;&#x90A3;&#x4E9B;&#x4F7F;&#x7528;&#x589E;&#x5F3A;&#x654F;&#x611F;&#x6027; Trofile &#x6D4B;&#x5B9A; (ESTA)&#xFF0C;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x5E94;&#x7528;&#x5728;&#x4E34;&#x5E8A;&#x5B9E;&#x8DF5;&#x4E2D;&#x83B7;&#x5F97;&#x4E86;&#x6BD4;&#x8F83;&#x7ED3;&#x679C;&#x3002;

&#x6DF1; V3 &#x6D4B;&#x5E8F;&#x4E3A;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2;&#x60A3;&#x8005;&#x6CBB;&#x7597;&#x5929;&#x771F;&#x952E;&#x5165; 1 &#x53D6;&#x5411;&#xFF1A; maraviroc &#x4F18;&#x70B9;&#x5BA1;&#x5224;&#x7684;&#x518D;&#x5206;&#x6790;&#x3002;

Deep sequencing is a highly sensitive technique that can detect and quantify the proportion of non-R5 human immunodeficiency virus (HIV) variants, including small minorities, that may emerge and cause virologic failure in patients who receive maraviroc-containing regimens. We retrospectively tested the ability of deep sequencing to predict response to a maraviroc-containing regimen in the Maraviroc versus Efavirenz in Treatment-Naive Patients (MERIT) trial. Results were compared with those obtained using the Enhanced Sensitivity Trofile Assay (ESTA), which is widely used in clinical practice.

Luke C. Swenson

Laboratory Program

BC Centre for Excellence in HIV/AIDS

Genotypic Inference of HIV-1 Tropism Using Population-based Sequencing of V3

Inferencia Genotipica de tropismo VIH-1 usando secuanciacion de V3 basada en poblacion - ADVERTISEMENT

Luke C. Swenson

.css-o250i3{font-size:18px;font-family:Open Sans,sans-serif;line-height:21.6px;}Laboratory Program

BC Centre for Excellence in HIV/AIDS

Genotypic Inference of HIV-1 Tropism Using Population-based Sequencing of V3

Inferencia Genotipica de tropismo VIH-1 usando secuanciacion de V3 basada en poblacion - ADVERTISEMENT

Laboratory Program