The ITS2 Database

The internal transcribed spacer 2 (ITS2) has been used as a phylogenetic marker for more than two decades.  As ITS2 research mainly focused on the very ...

University of Würzburg

Hypnales &#x5360; 50%&#x7684;&#x6240;&#x6709;&#x4FA7;&#x84B4;&#x85D3;&#x85D3;&#x7C7B;&#x690D;&#x7269;&#x3002;&#x5B83;&#x4EEC;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E86;&#x4E00;&#x79CD;&#x5E74;&#x8F7B;&#x7684;&#x8F90;&#x5C04;&#x5E76;&#x53D1;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x53D1;&#x80B2;&#x5206;&#x6790;&#x3002;&#x82E5;&#x8981;&#x89E3;&#x51B3; hypnalean &#x53D1;&#x5C55;&#x53F2;&#x4E0A;&#xFF0C;&#x5B83;&#x662F;&#x9700;&#x8981;&#x4F7F;&#x7528;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x53D1;&#x80B2;&#x7684;&#x6807;&#x8BB0;&#x63D0;&#x4F9B;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x53EF;&#x53D8;&#x7684;&#x7279;&#x70B9;&#xFF0C;&#x4E00;&#x65B9;&#x9762;&#x89E3;&#x51B3;&#x7269;&#x79CD;&#x548C;&#x4FDD;&#x80B2;&#x529F;&#x80FD;&#x542F;&#x7528;&#x53E6;&#x4E00;&#x9AA8;&#x5E72;&#x5206;&#x6790;&#x3002;&#x56E0;&#x6B64;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x4F7F;&#x7528;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x53EF;&#x53D8;&#x5185;&#x90E8;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7684;&#x95F4;&#x9694; 2 &#x5E8F;&#x5217;&#x548C;&#x4FDD;&#x80B2;&#x4E8C;&#x7EA7;&#x7ED3;&#x6784;&#xFF0C;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x6C89;&#x79EF;&#x4E0E; ITS2 &#x6570;&#x636E;&#x5E93;&#xFF0C;&#x540C;&#x65F6;&#xFF0C;&#xFF08;ITS2&#xFF09;&#x3002;

Hypnales (&#x82D4;&#x85D3;) &#x4ECE; ITS2 &#x5E8F;&#x5217;&#x7ED3;&#x6784;&#x6570;&#x636E;&#x63A8;&#x65AD;&#x5206;&#x5B50;&#x53D1;&#x5C55;&#x53F2;&#x3002;

Hypnales comprise over 50% of all pleurocarpous mosses. They provide a young radiation complicating phylogenetic analyses. To resolve the hypnalean phylogeny, it is necessary to use a phylogenetic marker providing highly variable features to resolve species on the one hand and conserved features enabling a backbone analysis on the other. Therefore we used highly variable internal transcribed spacer 2 (ITS2) sequences and conserved secondary structures, as deposited with the ITS2 Database, simultaneously.

A molecular phylogeny of Hypnales (Bryophyta) inferred from ITS2 sequence-structure data.

Hypnales repr&#xE9;sentent plus de 50% de toutes les mousses pleurocarpes. Ils fournissent un rayonnement jeune complique les analyses phylog&#xE9;n&#xE9;tiques. Pour r&#xE9;soudre la phylog&#xE9;nie hypnalean, il est n&#xE9;cessaire d&#x26;#39;utiliser un marqueur phylog&#xE9;n&#xE9;tique offrant des fonctionnalit&#xE9;s tr&#xE8;s variables pour r&#xE9;soudre les esp&#xE8;ces d&#x26;#39;une part et les caract&#xE9;ristiques conserv&#xE9;es permettant une analyse &#xE9;pine dorsale de l&#x26;#39;autre. Par cons&#xE9;quent, nous avons utilis&#xE9; tr&#xE8;s variables internes transcrits s&#xE9;quences intercalaires 2 (ITS2) et conserv&#xE9;es les structures secondaires, tel que d&#xE9;pos&#xE9; aupr&#xE8;s de la base de donn&#xE9;es ITS2, simultan&#xE9;ment.

Une phylog&#xE9;nie mol&#xE9;culaire de Hypnales (Bryophytes) inf&#xE9;r&#xE9;e &#xE0; partir ITS2 s&#xE9;quence-structure de donn&#xE9;es

Die Hypnales umfassen mehr als 50 % aller Pleurocarpous Moose. Sie bieten eine junge Strahlung Komplikationen der Phylogenetische Analysen. Sie l&ouml;sen die Phylogenie der Hypnalean, es ist notwendig, einen phylogenetischen Marker sehr Variable Funktionen verwenden, um einerseits Arten l&ouml;sen und konserviert Funktionen erm&ouml;glichen eine R&uuml;ckgrat-Analyse auf der anderen. Daher verwendet wir sehr Variable interne transkribierte Abstandhalter 2 (ITS2) Sequenzen und Sekund&auml;rstrukturen, als mit der ITS2-Datenbank hinterlegten gleichzeitig konserviert.

Eine molekulare Phylogenie der Hypnales (Bryophyta) von ITS2 Sequenz-Struktur Daten abgeleitet.

Hypnales comprendono oltre il 50% di tutti i muschi pleurocarpous. Essi forniscono una radiazione giovane complicando analisi filogenetiche. Per risolvere la filogenesi hypnalean, esso &egrave; necessario utilizzare un marker filogenetico offrendo funzionalit&agrave; altamente variabile per risolvere specie su una mano e conservato caratteristiche consentendo un&#39;analisi di spina dorsale da altro. Quindi abbiamo usato altamente variabile interna trascritto distanziale 2 (ITS2) sequenze e conservato strutture secondarie, come depositato con il Database ITS2, simultaneamente.

A molecular phylogeny of Hypnales (Bryophyta) dedotto da ITS2 sequenza-struttura dati.

Hypnales&#x306F;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x5074;&#x679C;&#x306E;&#x861A;&#x985E;&#x306E;50&#xFF05;&#x4EE5;&#x4E0A;&#x3092;&#x69CB;&#x6210;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5F7C;&#x3089;&#x306F;&#x3001;&#x7CFB;&#x7D71;&#x89E3;&#x6790;&#x3092;&#x8907;&#x96D1;&#x306B;&#x3057;&#x3066;&#x82E5;&#x3044;&#x653E;&#x5C04;&#x7DDA;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002; hypnalean&#x7CFB;&#x7D71;&#x3092;&#x89E3;&#x6C7A;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x306F;1&#x3064;&#x306E;&#x624B;&#x3068;&#x3001;&#x4ED6;&#x306B;&#x30D0;&#x30C3;&#x30AF;&#x30DC;&#x30FC;&#x30F3;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x3092;&#x53EF;&#x80FD;&#x306B;&#x3059;&#x308B;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306B;&#x7A2E;&#x3092;&#x89E3;&#x6C7A;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x591A;&#x69D8;&#x306A;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3059;&#x308B;&#x7CFB;&#x7D71;&#x30DE;&#x30FC;&#x30AB;&#x30FC;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x5FC5;&#x8981;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x540C;&#x6642;&#x306B;&#x3001;ITS2&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306B;&#x5BC4;&#x8A17;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x53EF;&#x5909;&#x5185;&#x90E8;&#x8EE2;&#x5199;&#x30B9;&#x30DA;&#x30FC;&#x30B5;&#x30FC;2&#xFF08;ITS2&#xFF09;&#x914D;&#x5217;&#x3068;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x4E8C;&#x6B21;&#x69CB;&#x9020;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

ITS2&#x914D;&#x5217;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x304B;&#x3089;&#x63A8;&#x5B9A;Hypnales&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x7CFB;&#x7D71;&#xFF08;&#x30B3;&#x30B1;&#x690D;&#x7269;&#x9580;&#xFF09;

Hypnales &#xC774;&#xC0C1;&#xC758; &#xBAA8;&#xB4E0; pleurocarpous &#xBAA8;&#xC138;&#xC758; 50%&#xC5D0; &#xC774;&#xB978;&#xB2E4;. &#xC80A;&#xC740; &#xBC29;&#xC0AC;&#xC120; phylogenetic &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD558; &#xAC8C; &#xC81C;&#xACF5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. Hypnalean &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xD574;&#xACB0; &#xD558;&#xB824;&#xBA74; &#xADF8;&#xAC83;&#xC740; &#xC885; &#xD55C; &#xC190;&#xC73C;&#xB85C; &#xD574;&#xACB0; &#xD558;&#xB824;&#xBA74; phylogenetic &#xB9C8;&#xCEE4; &#xB192;&#xC740; &#xBCC0;&#xC218; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558; &#xACE0; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD574;&#xC57C; &#xD558;&#xB294; &#xBC0F; &#xB2E4;&#xB978; &#xBC31;&#xBCF8; &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xAC00;&#xB2A5; &#xD558; &#xAC8C; &#xD558;&#xB294; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xBCF4;&#xC874;. &#xB530;&#xB77C;&#xC11C; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558;&#xB294; &#xB192;&#xC740; &#xBCC0;&#xC218; &#xB0B4;&#xBD80; &#xBCA0;&#xB080;&#xB41C; &#xC2A4;&#xD398;&#xC774;&#xC11C; 2 (ITS2) &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC640; &#xB3D9;&#xC2DC;&#xC5D0; &#xC608;&#xAE08;&#xB41C; ITS2 &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xBCA0;&#xC774;&#xC2A4;&#xC640; 2 &#xCC28; &#xAD6C;&#xC870;&#xB97C; &#xBCF4;&#xC874;.

Hypnales (Bryophyta) ITS2 &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xAD6C;&#xC870; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC720;&#xCD94;&#xC758; &#xBD84;&#xC790; &#xACC4;&#xD1B5;.

Hypnales representan m&#xE1;s del 50% de todos los musgos pleurocarpous. Ellos proporcionan una radiaci&#xF3;n joven que complica los an&#xE1;lisis filogen&#xE9;ticos. Para resolver la filogenia hypnalean, es necesario utilizar un marcador filogen&#xE9;tico proporcionando caracter&#xED;sticas muy variables para resolver las especies, por un lado y caracter&#xED;sticas conservadas que permiten un an&#xE1;lisis espina dorsal en el otro. Por lo tanto hemos utilizado muy variables secuencias internas transcritas de separaci&#xF3;n de 2 (ITS2) y conservadas estructuras secundarias, como depositado en la base de datos ITS2, al mismo tiempo.

Una filogenia molecular de Hypnales (Bryophyta) Deducida de ITS2 estructura de la secuencia de datos-

&#x7CFB;&#x7EDF;&#x53D1;&#x80B2;&#x6811;&#x91CD;&#x5EFA;&#x4F20;&#x7EDF;&#x4E0A;&#x57FA;&#x4E8E;&#x591A;&#x4E2A;&#x5E8F;&#x5217;&#x6BD4; (&#x7BA1;&#x7406;&#x4E8B;&#x52A1;&#x534F;&#x8BAE;&#xFF09; &#x548C;&#x5F88;&#x5927;&#x7A0B;&#x5EA6;&#x53D6;&#x51B3;&#x4E8E;&#x8FD9;&#x4E00;&#x4FE1;&#x606F;&#x74F6;&#x9888;&#x7684;&#x6709;&#x6548;&#x6027;&#x3002;&#x4E0E;&#x65E5;&#x76CA;&#x589E;&#x52A0;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x53D1;&#x6563;&#xFF0C;&#x8D28;&#x91CF;&#x7684;&#x7BA1;&#x7406;&#x4E8B;&#x52A1;&#x534F;&#x8BAE;&#x5FEB;&#x901F;&#x8870;&#x51CF;&#x3002;&#x65E0;&#x5BF9;&#x9F50;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x53E6;&#x4E00;&#x65B9;&#x9762;&#xFF0C;&#x57FA;&#x4E8E;&#x62BD;&#x8C61;&#x7684;&#x5B57;&#x7B26;&#x4E32;&#x6BD4;&#x8F83;&#xFF0C;&#x548C;&#x907F;&#x514D;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x5BF9;&#x9F50;&#x95EE;&#x9898;&#x3002;&#x4F46;&#x662F;&#xFF0C;&#x4E00;&#x822C;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x751F;&#x7406;&#x4E0A;&#x7684;&#x52A8;&#x673A;&#x5E76;&#x4E0D;&#x5FFD;&#x7565;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x6F14;&#x8FDB;&#x7684;&#x77E5;&#x8BC6;&#x3002;&#x6240;&#x4EE5;&#xFF0C;&#x5B83;&#x4ECD;&#x7136;&#x662F;&#x4E00;&#x4E2A;&#x4E3B;&#x8981;&#x7684;&#x5F00;&#x653E;&#x95EE;&#x9898;&#x5982;&#x4F55;&#x5B9A;&#x4E49;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#xFF0C;&#x4F7F;&#x5F97;&#x4F7F;&#x7528; indel &#x4FE1;&#x606F;&#x548C;&#x5DF2;&#x77E5;&#x7684;&#x66FF;&#x4EE3;&#x673A;&#x578B;&#x65E0;&#x9700;&#x591A;&#x4E2A;&#x5BF9;&#x9F50;&#x65B9;&#x5F0F;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x8FDB;&#x5316;&#x8DDD;&#x79BB;&#x5EA6;&#x91CF;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x4E00;&#x4E2A;&#x65B0;&#x7684;&#x8FDB;&#x5316;&#x8DDD;&#x79BB;&#x5EA6;&#x91CF;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x5F25;&#x8865;&#x8FD9;&#x4E00;&#x5DEE;&#x8DDD;&#x3002;&#x5B83;&#x4F7F;&#x7528;&#x6709;&#x9650;&#x72B6;&#x6001;&#x6362;&#x80FD;&#x5668;&#x7684;&#x6A21;&#x578B;&#x66FF;&#x6362;&#x548C; indels&#xFF0C;&#x521B;&#x5EFA;&#x4E00;&#x4E2A;&#x751F;&#x7269;&#x52A8;&#x673A;&#x7684;&#x76F8;&#x4F3C;&#x6027;&#x5F97;&#x5206;&#x5E76;&#x4E0D;&#x4F9D;&#x8D56;&#x4E8E;&#x591A;&#x5E8F;&#x5217;&#x6BD4;&#x5BF9;&#x3002;&#x5E8F;&#x5217;&#x76F8;&#x4F3C;&#x6027;&#x5F97;&#x5206;&#x7C7B;&#x6BD4;&#x7684;&#x65B9;&#x5F0F;&#x5BF9;&#x6210;&#x5BF9;&#x8DEF;&#x7EBF;&#x4E2D;&#x5B9A;&#x4E49;&#xFF0C;&#x5E76;&#x53E6;&#x5916;&#x5177;&#x6709;&#x6B63;&#x5B9A;&#x6027;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x63CF;&#x8FF0;&#x53CA;&#x5176;&#x884D;&#x751F;&#x7269;&#x548C;&#x663E;&#x793A;&#x4E2D;&#x7684;&#x6A21;&#x62DF;&#x7814;&#x7A76;&#x4EE5;&#x53CA;&#x771F;&#x5B9E;&#x7684;&#x4F8B;&#x5B50;&#x5B83;&#x662F;&#x66F4;&#x51C6;&#x786E;&#x5730;&#x91CD;&#x5EFA; phylogenies &#x6BD4;&#x7ADE;&#x4E89;&#x5BF9;&#x624B;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;&#x7ED3;&#x679C;&#x662F;&#x4E00;&#x79CD;&#x786E;&#x5B9A;&#x9002;&#x5408;&#x5927;&#x578B;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x6BD4;&#x66AE;&#x5149;&#x4E4B;&#x57CE;&#x533A;&#x5185;&#x5916;&#x7684;&#x8FDB;&#x5316;&#x8DDD;&#x79BB;&#x7684;&#x65B0;&#x7684;&#x548C;&#x51C6;&#x786E;&#x7684;&#x65B9;&#x5F0F;&#x3002;

&#x66AE;&#x5149;&#x4E4B;&#x57CE;&#x533A;--&#x4E00;&#x79CD;&#x5408;&#x7406;&#x7684;&#x6838;&#x5FC3;&#x65B9;&#x6CD5;&#x7684;&#x8FDB;&#x5316;&#x8DDD;&#x79BB;&#x3002;

Phylogenetic tree reconstruction is traditionally based on multiple sequence alignments (MSAs) and heavily depends on the validity of this information bottleneck. With increasing sequence divergence, the quality of MSAs decays quickly. Alignment-free methods, on the other hand, are based on abstract string comparisons and avoid potential alignment problems. However, in general they are not biologically motivated and ignore our knowledge about the evolution of sequences. Thus, it is still a major open question how to define an evolutionary distance metric between divergent sequences that makes use of indel information and known substitution models without the need for a multiple alignment. Here we propose a new evolutionary distance metric to close this gap. It uses finite-state transducers to create a biologically motivated similarity score which models substitutions and indels, and does not depend on a multiple sequence alignment. The sequence similarity score is defined in analogy to pairwise alignments and additionally has the positive semi-definite property. We describe its derivation and show in simulation studies and real-world examples that it is more accurate in reconstructing phylogenies than competing methods. The result is a new and accurate way of determining evolutionary distances in and beyond the twilight zone of sequence alignments that is suitable for large datasets.

Evolutionary distances in the twilight zone--a rational kernel approach.

Arbre phylog&#xE9;n&#xE9;tique de reconstruction est traditionnellement bas&#xE9;e sur des alignements de s&#xE9;quences multiples (MSAS) et d&#xE9;pend fortement de la validit&#xE9; de ce goulot d&#x26;#39;&#xE9;tranglement de l&#x26;#39;information. Avec une divergence de s&#xE9;quence croissante, la qualit&#xE9; de d&#xE9;sint&#xE9;grations MSA rapidement. Alignement sans m&#xE9;thodes, d&#x26;#39;autre part, sont fond&#xE9;es sur les comparaisons de cha&#xEE;nes abstraites et d&#x26;#39;&#xE9;viter les probl&#xE8;mes potentiels d&#x26;#39;alignement. Cependant, en g&#xE9;n&#xE9;ral, ils ne sont pas biologiquement motiv&#xE9; et ne pas tenir compte de nos connaissances sur l&#x26;#39;&#xE9;volution des s&#xE9;quences. Ainsi, il est toujours une question majeure ouverte comment d&#xE9;finir une distance &#xE9;volutive entre les s&#xE9;quences divergentes m&#xE9;trique qui rend l&#x26;#39;utilisation des informations et indel mod&#xE8;les de substitution connus sans la n&#xE9;cessit&#xE9; d&#x26;#39;un alignement multiple. Nous proposons ici une nouvelle distance &#xE9;volutive m&#xE9;trique pour combler cet &#xE9;cart. Il utilise des transducteurs &#xE0; &#xE9;tats finis pour cr&#xE9;er un score de similarit&#xE9; biologiquement motiv&#xE9;s qui mod&#xE9;lise substitutions et les indels, et ne d&#xE9;pend pas d&#x26;#39;un alignement multiple de s&#xE9;quences. Le score de similarit&#xE9; de s&#xE9;quence est d&#xE9;finie par analogie avec alignements et pr&#xE9;sente en outre l&#x26;#39;semi-d&#xE9;finie positive propri&#xE9;t&#xE9;. Nous d&#xE9;crivons sa d&#xE9;rivation et de montrer dans les &#xE9;tudes de simulation et des exemples r&#xE9;els qu&#x26;#39;il est plus pr&#xE9;cis dans la reconstruction de phylog&#xE9;nies que les m&#xE9;thodes concurrentes. Le r&#xE9;sultat est une fa&#xE7;on nouvelle et pr&#xE9;cise de d&#xE9;termination des distances &#xE9;volutives dans et au-del&#xE0; de la zone cr&#xE9;pusculaire d&#x26;#39;alignements de s&#xE9;quences qui est appropri&#xE9; pour grands ensembles de donn&#xE9;es.

Distances &#xE9;volutives dans la Twilight Zone - une approche noyau rationnel

Phylogenetischer Baum Rekonstruktion basiert traditionell auf multiplen Sequenzalignments (MSAs) und stark h&auml;ngt die G&uuml;ltigkeit dieser Informationen-Engpass. Mit zunehmenden Sequenz Divergenz zerf&auml;llt die Qualit&auml;t der MSAs schnell. Ausrichtung-freie Methoden, auf der anderen Seite basieren auf abstrakte Zeichenfolgenvergleiche und m&ouml;gliche Ausrichtungsprobleme vermeiden. Jedoch im Allgemeinen sie sind nicht biologisch motivierte und unser Wissen &uuml;ber die Evolution von Sequenzen zu ignorieren. So ist es immer noch eine wichtige offene Frage eine Metrik evolution&auml;re Distanz zwischen unterschiedlichen Sequenzen definieren von Indel Informationen und bekannte Ersetzung Modelle ohne die Notwendigkeit f&uuml;r ein Alignment verwendet. Hier schlagen wir eine neue evolution&auml;re Distanz-Metrik, um diese L&uuml;cke zu schlie&szlig;en. Es wird mit endlicher Schallk&ouml;pfe eine biologisch motivierte &Auml;hnlichkeitsergebnis welche Modelle Substitutionen und Indels erstellt und h&auml;ngt kein Multiples Sequenzalignment. Das Sequenz-&Auml;hnlichkeitsergebnis wird in Analogie zum paarweisen Alignments definiert und zus&auml;tzlich hat die positive Eigenschaft, definit. Wir beschreiben Ableitung und zeigen in Simulationsstudien und realen Beispielen, dass es genauer rekonstruieren am&ouml;benartigen als konkurrierende Methoden ist. Das Ergebnis ist eine neue und genaue Methode zur Bestimmung der evolution&auml;re Entfernungen und dar&uuml;ber hinaus die Grauzone der Sequenzalignments, die f&uuml;r gro&szlig;e Datenmengen geeignet ist.

Evolution&auml;re Abst&auml;nde in der Twilight Zone--eine rationale Kernel-Ansatz.

Ricostruzione albero filogenetico &egrave; tradizionalmente basata su allineamenti multipli di sequenza (MSAs) e dipende fortemente la validit&agrave; di questo collo di bottiglia di informazioni. Con crescente divergenza di sequenza, la qualit&agrave; di MSAs decade rapidamente. Metodi di allineamento-liberi, d&#39;altra parte, sono basati su confronti tra stringhe astratta ed evitare potenziali problemi di allineamento. Tuttavia, in generale non sono biologicamente motivate e ignorare la nostra conoscenza circa l&#39;evoluzione delle sequenze. Cos&igrave;, &egrave; ancora una questione aperta principale come definire una metrica di distanza evolutiva tra sequenze divergenti che fa uso di indel informazioni e modelli noti sostituzione senza la necessit&agrave; di un allineamento pi&ugrave;. Qui vi proponiamo una nuova metrica di distanza evolutiva per colmare questa lacuna. Esso utilizza trasduttori automa a stati finiti per creare un punteggio di similarit&agrave; biologicamente motivata che modelli sostituzioni e indels e non dipende da un allineamento di sequenze multiple. Il punteggio di similarit&agrave; di sequenza &egrave; definito in analogia al pairwise allineamenti e inoltre ha la propriet&agrave; semidefinita positiva. Ci descrivono la sua derivazione e mostrare in studi di simulazione ed esempi reali che &egrave; pi&ugrave; preciso nel ricostruire filogenesi rispetto ai metodi concorrenti. Il risultato &egrave; un modo nuovo e accurato della determinazione delle distanze evolutive e oltre la zona crepuscolare di allineamenti di sequenza che &egrave; adatta per grandi set di dati.

Distanze evolutive nella zona di twilight - un approccio razionale del kernel.

&#x7CFB;&#x7D71;&#x6A39;&#x306E;&#x518D;&#x69CB;&#x7BC9;&#x306F;&#x4F1D;&#x7D71;&#x7684;&#x306B;&#x591A;&#x91CD;&#x914D;&#x5217;&#x30A2;&#x30E9;&#x30A4;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#xFF08;MSAS&#xFF09;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066;&#x304A;&#x308A;&#x3001;&#x983B;&#x7E41;&#x306B;&#x3053;&#x306E;&#x60C5;&#x5831;&#x306E;&#x30DC;&#x30C8;&#x30EB;&#x30CD;&#x30C3;&#x30AF;&#x306E;&#x59A5;&#x5F53;&#x6027;&#x306B;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5897;&#x52A0;&#x3059;&#x308B;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x767A;&#x6563;&#x3001;&#x8FC5;&#x901F;MSA&#x306F;&#x5D29;&#x58CA;&#x306E;&#x54C1;&#x8CEA;&#x3002;&#x30A2;&#x30E9;&#x30A4;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x30D5;&#x30EA;&#x30FC;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x306F;&#x3001;&#x4ED6;&#x306E;&#x4E00;&#x65B9;&#x3067;&#x3001;&#x62BD;&#x8C61;&#x7684;&#x306A;&#x6587;&#x5B57;&#x5217;&#x306E;&#x6BD4;&#x8F03;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066;&#x304A;&#x308A;&#x3001;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x306A;&#x30A2;&#x30E9;&#x30A4;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x554F;&#x984C;&#x3092;&#x56DE;&#x907F;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306B;&#x305D;&#x308C;&#x3089;&#x306F;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x7684;&#x306B;&#x52D5;&#x6A5F;&#x3065;&#x3051;&#x3068;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x9032;&#x5316;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x306E;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x77E5;&#x8B58;&#x3092;&#x7121;&#x8996;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x306F;&#x307E;&#x3060;&#x3069;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x30DE;&#x30EB;&#x30C1;&#x30D7;&#x30EB;&#x30A2;&#x30E9;&#x30A4;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x3092;&#x5FC5;&#x8981;&#x3068;&#x305B;&#x305A;INDEL&#x60C5;&#x5831;&#x3068;&#x65E2;&#x77E5;&#x306E;&#x4EE3;&#x66FF;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3092;&#x5229;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x767A;&#x6563;&#x914D;&#x5217;&#x9593;&#x306E;&#x30E1;&#x30C8;&#x30EA;&#x30C3;&#x30AF;&#x306E;&#x9032;&#x5316;&#x8DDD;&#x96E2;&#x3092;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3059;&#x308B;&#x4E3B;&#x8981;&#x306A;&#x30AA;&#x30FC;&#x30D7;&#x30F3;&#x8CEA;&#x554F;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x30AE;&#x30E3;&#x30C3;&#x30D7;&#x3092;&#x57CB;&#x3081;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x306F;&#x30E1;&#x30FC;&#x30C8;&#x30EB;&#x6CD5;&#x306E;&#x65B0;&#x305F;&#x306A;&#x9032;&#x5316;&#x8DDD;&#x96E2;&#x3092;&#x63D0;&#x6848;&#x3059;&#x308B;&#x3002;&#x305D;&#x308C;&#x306F;&#x3069;&#x306E;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x306E;&#x7F6E;&#x63DB;&#x3068;indels&#x306E;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x7684;&#x306B;&#x3084;&#x308B;&#x6C17;&#x306E;&#x985E;&#x4F3C;&#x5EA6;&#x30B9;&#x30B3;&#x30A2;&#x3092;&#x4F5C;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x6709;&#x9650;&#x72B6;&#x614B;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30C7;&#x30E5;&#x30FC;&#x30B5;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3001;&#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x30A2;&#x30E9;&#x30A4;&#x30F3;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x306B;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3057;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;&#x914D;&#x5217;&#x985E;&#x4F3C;&#x6027;&#x30B9;&#x30B3;&#x30A2;&#x306F;&#x3001;&#x30DA;&#x30A2;&#x30EF;&#x30A4;&#x30BA;&#x30A2;&#x30E9;&#x30A4;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x3068;&#x540C;&#x69D8;&#x306B;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x304A;&#x308A;&#x3001;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x534A;&#x6B63;&#x5B9A;&#x5024;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D1;&#x30C6;&#x30A3;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x305D;&#x308C;&#x304C;&#x7AF6;&#x5408;&#x3059;&#x308B;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x7CFB;&#x7D71;&#x767A;&#x751F;&#x3092;&#x518D;&#x69CB;&#x7BC9;&#x3057;&#x3001;&#x3088;&#x308A;&#x6B63;&#x78BA;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x30B7;&#x30DF;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x7814;&#x7A76;&#x3068;&#x73FE;&#x5B9F;&#x4E16;&#x754C;&#x306E;&#x4F8B;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x5C0E;&#x51FA;&#x3068;&#x30B7;&#x30E7;&#x30FC;&#x3092;&#x8A18;&#x8FF0;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305D;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x3001;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x306A;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306B;&#x9069;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x914D;&#x5217;&#x30A2;&#x30E9;&#x30A4;&#x30F3;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x30C8;&#x30EF;&#x30A4;&#x30E9;&#x30A4;&#x30C8;&#x30BE;&#x30FC;&#x30F3;&#x3067;&#x4EE5;&#x964D;&#x306E;&#x9032;&#x5316;&#x8DDD;&#x96E2;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x6B63;&#x78BA;&#x306A;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3067;&#x3059;&#x3002;

&#x30C8;&#x30EF;&#x30A4;&#x30E9;&#x30A4;&#x30C8;&#xB7;&#x30BE;&#x30FC;&#x30F3;&#x306E;&#x9032;&#x5316;&#x8DDD;&#x96E2; - &#x5408;&#x7406;&#x5316;&#x30AB;&#x30FC;&#x30CD;&#x30EB;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;

Phylogenetic &#xD2B8;&#xB9AC; &#xC7AC;&#xAD6C;&#xC131; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC815;&#xB82C; (MSAs)&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xC804;&#xD1B5;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xD558; &#xACE0; &#xBB34; &#xAC81; &#xAC8C;&#xC774; &#xC815;&#xBCF4; &#xBCD1;&#xBAA9;&#xC758; &#xC720;&#xD6A8;&#xC131;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xB2EC;&#xB77C; &#xC9D1;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBC1C;&#xC0B0;, &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC99D;&#xAC00;&#xC640; MSAs &#xD488;&#xC9C8; &#xBE60;&#xB974;&#xAC8C; &#xBD80;&#xD328;. &#xB9DE;&#xCDA4; &#xBB34;&#xB8CC;, &#xB2E4;&#xB978; &#xD55C;&#xD3B8;&#xC73C;&#xB85C;, &#xCD94;&#xC0C1; &#xBB38;&#xC790;&#xC5F4; &#xBE44;&#xAD50;&#xB97C; &#xAE30;&#xBC18;&#xC73C;&#xB85C; &#xD558;&#xB294; &#xBC29;&#xBC95;&#xACFC; &#xC7A0;&#xC7AC;&#xC801; &#xC815;&#xB82C; &#xBB38;&#xC81C;&#xAC00; &#xBC1C;&#xC0DD; &#xD558;&#xC9C0; &#xC54A;&#xB3C4;&#xB85D;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC740; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xB3D9;&#xAE30; &#xD558; &#xACE0; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; &#xC9C4;&#xD654;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC9C0;&#xC2DD;&#xC744; &#xBB34;&#xC2DC;. &#xB530;&#xB77C;&#xC11C;, &#xADF8;&#xAC83;&#xC740; &#xC5EC;&#xC804;&#xD788; &#xC8FC;&#xC694; &#xC624;&#xD508; &#xC9C8;&#xBB38; indel &#xC815;&#xBCF4;&#xC640; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xC815;&#xB82C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD544;&#xC694; &#xC5C6;&#xC774; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4;&#xB41C; &#xB300;&#xCCB4; &#xBAA8;&#xB378;&#xC758; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558;&#xB294; &#xBD84;&#xAE30; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xAC04;&#xC758; &#xC9C4;&#xD654; &#xAC70;&#xB9AC; &#xBA54;&#xD2B8;&#xB9AD;&#xC744; &#xC815;&#xC758; &#xD558;&#xB294; &#xBC29;&#xBC95;. &#xC5EC;&#xAE30;&#xC774; &#xACA9;&#xCC28;&#xB97C; &#xB2EB;&#xACE0; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xC9C4;&#xD654; &#xAC70;&#xB9AC; &#xD1B5;&#xACC4;&#xB97C; &#xC81C;&#xC548; &#xD55C;&#xB2E4;. &#xC720;&#xD55C; &#xC0C1;&#xD0DC; &#xD2B8;&#xB79C;&#xC2A4;&#xB4C0;&#xC11C;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC5B4;&#xB5A4; &#xBAA8;&#xB378; &#xB300;&#xCCB4; &#xBC0F; indels, &#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559;&#xC801; &#xB3D9;&#xAE30; &#xC720;&#xC0AC;&#xC131; &#xC810;&#xC218;&#xB97C; &#xB9CC;&#xB4ED;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xBC0F; &#xB2E4;&#xC911; &#xC5F4; &#xC815;&#xB82C;&#xC5D0; &#xC885;&#xC18D; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC720;&#xC0AC;&#xC131; &#xC810;&#xC218; &#xC778;&#xB371;&#xC2A4;&#xB3C4; &#xC815;&#xB82C;&#xC5D0; &#xBE44;&#xC720;&#xC5D0; &#xC815;&#xC758; &#xB418;&#xC5B4; &#xC788;&#xC73C;&#xBA70; &#xB610;&#xD55C; &#xAE0D;&#xC815;&#xC801;&#xC778; semi-definite &#xC18D;&#xC131;&#xC5D0;&#xB294;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC720;&#xB798;&#xC5D0; &#xC124;&#xBA85; &#xD558; &#xACE0; &#xC2DC;&#xBBAC;&#xB808;&#xC774;&#xC158; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xBC0F; &#xC7AC;&#xAD6C;&#xC131; phylogenies &#xACBD;&#xC7C1; &#xBC29;&#xBC95; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xB354; &#xC815;&#xD655; &#xD558; &#xAC8C;&#xB294; &#xC2E4;&#xC81C; &#xC608;&#xC81C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xACB0;&#xACFC; &#xD070; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC9D1;&#xD569;&#xC5D0; &#xC801;&#xD569; &#xD55C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC815;&#xB82C;&#xC758; &#xD669;&#xD63C; &#xC601;&#xC5ED; &#xB118;&#xC5B4; &#xC9C4;&#xD654; &#xAC70;&#xB9AC; &#xACB0;&#xC815;&#xC758; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xC815;&#xD655;&#xD55C; &#xBC29;&#xBC95;.

&#xD658;&#xC0C1; &#xD2B9;&#xAE09;-&#xD569;&#xB9AC;&#xC801;&#xC778; &#xCEE4;&#xB110; &#xC811;&#xADFC;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC9C4;&#xD654; &#xAC70;&#xB9AC;.

La reconstrucci&#xF3;n de &#xE1;rboles filogen&#xE9;ticos se basa tradicionalmente en las alineaciones de secuencias m&#xFA;ltiples (MSA) y depende en gran medida la validez de este cuello de botella de la informaci&#xF3;n. Con la secuencia de divergencia cada vez mayor, la calidad de los acuerdos de servicios administrativos se desintegra r&#xE1;pidamente. Alineaci&#xF3;n libres de m&#xE9;todos, por otro lado, est&#xE1;n basados &#x200B;&#x200B;en comparaciones de cadenas abstractos y evitar posibles problemas de alineaci&#xF3;n. Sin embargo, en general, no est&#xE1;n biol&#xF3;gicamente motivados e ignorar nuestro conocimiento sobre la evoluci&#xF3;n de las secuencias. As&#xED;, es todav&#xED;a una cuesti&#xF3;n importante abierta c&#xF3;mo definir una distancia evolutiva m&#xE9;trica entre las secuencias divergentes que hace uso de la informaci&#xF3;n indel y modelos conocidos sustituci&#xF3;n sin la necesidad de una alineaci&#xF3;n m&#xFA;ltiple. Aqu&#xED; proponemos una nueva distancia evolutiva m&#xE9;trica para cerrar esta brecha. Se utiliza transductores de estados finitos para crear una puntuaci&#xF3;n de similitud biol&#xF3;gica motivado que modela las sustituciones y indeles, y no depende de una alineaci&#xF3;n de secuencias m&#xFA;ltiples. La puntuaci&#xF3;n de similitud de secuencias se define de forma an&#xE1;loga a las alineaciones por parejas y, adem&#xE1;s, tiene la semidefinida positiva la propiedad. Se describe su derivaci&#xF3;n y espect&#xE1;culo en los estudios de simulaci&#xF3;n y ejemplos del mundo real que es m&#xE1;s exacto en la reconstrucci&#xF3;n de filogenias que los m&#xE9;todos de la competencia. El resultado es una nueva y precisa de la determinaci&#xF3;n de distancias evolutivas dentro y fuera de la zona crepuscular de la secuencia de alineaciones que es adecuado para grandes conjuntos de datos.

Distancias evolutivas en la Twilight Zone, una aproximaci&#xF3;n n&#xFA;cleo racional

&#xC5FD;&#xB85D;&#xCCB4;&#xB85C; &#xC778;&#xCF54;&#xB529;&#xB41C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; (Matk&#xC640; rbcL)&#xC740; &#xC815;&#xC2DD;&#xC73C;&#xB85C; &#xC885;&#xC790;&#xB97C; &#xB300;&#xC0C1;&#xC73C;&#xB85C; &#xD558;&#xB294; DNA &#xBC14;&#xCF54;&#xB4DC; &#xB178;&#xB825;&#xC5D0; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xC81C;&#xC548; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. Chlorophytan &#xB179;&#xC0C9; &#xC870;&#xB958;, &#xBD88;&#xAD6C; &#xD558; &#xACE0;, &#xD504;&#xB85C;&#xD1A0;&#xCF5C;&#xC744; &#xD655;&#xC7A5; &#xD558;&#xB294; &#xAC83;&#xC740; &#xBE44; homology (matK)&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD55C; &#xBB38;&#xC81C;&#xB97C; &#xD568;&#xAED8; &#xACE0;&#xBBFC; &#xD558; &#xACE0; &#xBCF4;&#xD3B8;&#xC801;&#xC778; PCR &#xD234;&#xD0B7; (rbcL)&#xC758; &#xC0DD;&#xC131;&#xC744; &#xBC29;&#xC9C0; &#xD558;&#xB294; &#xC774;&#xC885;. &#xC77C;&#xBD80;&#xC758; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD575; &#xC778;&#xCF54;&#xB529;, &#xB0B4;&#xBD80; &#xBCA0;&#xB080;&#xB41C; &#xC2A4;&#xD398;&#xC774;&#xC11C; 2 (ITS2) &#xC804;&#xD1B5;&#xC801;&#xC778; &#xC5FD;&#xB85D;&#xCCB4; &#xD45C;&#xC2DC; &#xD558;&#xB294; &#xB300;&#xC2E0; &#xC8FC; &#xCC3D; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;,&#xB294; ITS2 &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD558; &#xAC8C; &#xC778;&#xC2DD; &#xD558;&#xC9C0; &#xBCF4;&#xC874; &#xCDA9;&#xBD84;&#xD788; &#xB610;&#xB294; introgression &#xC774;&#xB098; biparental &#xC0C1;&#xC18D; &#xD328;&#xD134;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xD63C;&#xB780; phylogenetic &#xC7AC;&#xAC74; &#xB610;&#xB294; DNA &#xBC14;&#xCF54;&#xB4DC;&#xC758; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xC744; &#xD574;&#xC57C;. &#xC99D;&#xAC70;&#xC758; &#xC131;&#xC7A5; &#xC2DC;&#xCCB4; &#xC774;&#xCC28; &#xAD6C;&#xC870; &#xC815;&#xBCF4;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC;&#xC758; &#xB3D9;&#xC2DC; &#xBD84;&#xC11D; &#xC774;&#xC0C1;&#xC744; &#xADF9;&#xBCF5;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xAC83;&#xC73C;&#xB85C; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0AC;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xC77C;&#xBD80; its2&#xC758; &#xD55C;&#xACC4;. &#xC774; &#xC870;&#xC0AC;&#xC758; &#xBAA9;&#xD45C;&#xB294; &#xBB38; Chlorophyta&#xC758; &#xD070; &#xC0D8;&#xD50C;&#xB9C1;&#xC5D0;&#xC11C; IT2 &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC758; &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xC790;&#xB3D9;&#xD654;, &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xAD6C;&#xC870; &#xC811;&#xADFC;&#xC758; &#xD0C0;&#xB2F9;&#xC131;&#xC744; &#xD3C9;&#xAC00; &#xD588;&#xB2E4;.

&#xB0B4;&#xBD80; &#xACF5;&#xBC31; 2 (&#xB274; ITS2 rRNA) &#xBB38;&#xC790; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xAD6C;&#xC870; &#xACC4;&#xD1B5;&#xD559;: &#xC0DD;&#xBA85;&#xC758; &#xB179;&#xC0C9; &#xC870;&#xB958; &#xB098;&#xBB34;&#xC758; &#xC790;&#xB3D9;&#xB41C; &#xC7AC;&#xAD6C;&#xC131;&#xC744; &#xD5A5;&#xD574;.

Geni codificati in cloroplasti (matK e rbcL) sono state formalmente proposte per l&#39;uso negli sforzi di codici a barre del DNA targeting embryophytes. Estendere tale protocollo di alghe verdi chlorophytan, per&ograve;, &egrave; irta di problemi tra cui non omologia (matK) e di eterogeneit&agrave; che impedisce la creazione di un toolkit PCR universale (rbcL). Alcuni hanno sostenuto l&#39;uso del distanziale trascritto nucleare codificati, interno due (ITS2) come alternativa per i marcatori tradizionali cloroplasto. Tuttavia, il ITS2 &egrave; ampiamente percepito per essere sufficientemente conservato o essere confusi da introgressione o modelli di eredit&agrave; biparental, precludendo il suo ampio uso nella ricostruzione filogenetica o come un codice a barre del DNA. Un crescente corpo di evidenze ha dimostrato che l&#39;analisi simultanea di dati nucleotide con informazioni sulla struttura secondaria possono superare almeno alcune delle limitazioni di ITS2. L&#39;obiettivo di questa indagine &egrave; stato di valutare la fattibilit&agrave; di un approccio di sequenza-struttura automatizzata, per l&#39;analisi dei dati di IT2 da un campionamento grande phylum Chlorophyta.

Interno trascritto distanziale 2 (nu ITS2 rRNA) phylogenetics sequenza-struttura: verso una ricostruzione automatica di alghe verde albero della vita.

&#x8449;&#x7DD1;&#x4F53;&#x3067;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#xFF08;matK&#x306E;&#x3068;rbcL&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#xFF09;&#x304C;&#x6B63;&#x5F0F;&#x306B;embryophytes&#x3092;&#x6A19;&#x7684;DNA&#x30D0;&#x30FC;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x53D6;&#x308A;&#x7D44;&#x307F;&#x3067;&#x4F7F;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x63D0;&#x6848;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002; chlorophytan&#x7DD1;&#x306E;&#x85FB;&#x306B;&#x305D;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C8;&#x30B3;&#x30EB;&#x3092;&#x62E1;&#x5F35;&#x3057;&#x3001;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x975E;&#x76F8;&#x540C;&#x6027;&#xFF08;matK&#x306E;&#xFF09;&#x3068;&#x30E6;&#x30CB;&#x30D0;&#x30FC;&#x30B5;&#x30EB;PCR&#x30AD;&#x30C3;&#x30C8;&#xFF08;rbcL&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#xFF09;&#x306E;&#x4F5C;&#x6210;&#x3092;&#x9632;&#x6B62;&#x3059;&#x308B;&#x4E0D;&#x5747;&#x4E00;&#x306A;&#x3069;&#x306E;&#x554F;&#x984C;&#x3092;&#x306F;&#x3089;&#x3093;&#x3067;&#x3002;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x4F1D;&#x7D71;&#x7684;&#x306A;&#x8449;&#x7DD1;&#x4F53;&#x30DE;&#x30FC;&#x30AB;&#x30FC;&#x306E;&#x4EE3;&#x66FF;&#x624B;&#x6BB5;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x6838;&#x3067;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x5185;&#x90E8;&#x8EE2;&#x5199;&#x30B9;&#x30DA;&#x30FC;&#x30B5;&#x30FC;2&#xFF08;ITS2&#xFF09;&#x306E;&#x4F7F;&#x7528;&#x3092;&#x63D0;&#x5531;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;ITS2&#x304C;&#x5E83;&#x304F;&#x7CFB;&#x7D71;&#x518D;&#x5EFA;&#x3084;DNA&#x30D0;&#x30FC;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x306E;&#x5E45;&#x5E83;&#x3044;&#x4F7F;&#x7528;&#x3092;&#x6392;&#x9664;&#x3057;&#x3001;&#x5341;&#x5206;&#x306B;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x304B;&#x3001;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x79FB;&#x5165;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x4E8C;&#x89AA;&#x306E;&#x7D99;&#x627F;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x3067;&#x6DF7;&#x4E71;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x8A8D;&#x8B58;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x8A3C;&#x62E0;&#x304C;&#x5897;&#x3048;&#x3066;&#x4F53;&#x304C;&#x4E8C;&#x6B21;&#x69CB;&#x9020;&#x60C5;&#x5831;&#x3092;&#x6301;&#x3064;&#x5869;&#x57FA;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x540C;&#x6642;&#x89E3;&#x6790;&#x304C;ITS2&#x306E;&#x5236;&#x9650;&#x306E;&#x3046;&#x3061;&#x306E;&#x5C11;&#x306A;&#x304F;&#x3068;&#x3082;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x3092;&#x514B;&#x670D;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x8ABF;&#x67FB;&#x306E;&#x76EE;&#x7684;&#x306F;&#x3001;&#x9580;&#x306E;&#x7DD1;&#x85FB;&#x306E;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x306A;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x304B;&#x3089;IT2&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x81EA;&#x52D5;&#x5316;&#x3001;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x69CB;&#x9020;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x306E;&#x5B9F;&#x73FE;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x3092;&#x8A55;&#x4FA1;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3067;&#x3042;&#x3063;&#x305F;&#x3002;

&#x5185;&#x90E8;&#x8EE2;&#x5199;&#x30B9;&#x30DA;&#x30FC;&#x30B5;&#x30FC;2&#xFF08;NU ITS2 rRNA&#xFF09;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x7CFB;&#x7D71;&#x5B66;&#xFF1A;&#x751F;&#x547D;&#x306E;&#x30B0;&#x30EA;&#x30FC;&#x30F3;&#x85FB;&#x985E;&#x30C4;&#x30EA;&#x30FC;&#x306E;&#x81EA;&#x52D5;&#x518D;&#x69CB;&#x7BC9;&#x306B;&#x5411;&#x3051;&#x3066;

&#x53F6;&#x7EFF;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0; (&#x53F6;&#x7EFF;&#x4F53; matk &#x57FA;&#x56E0;&#x548C; rbcL) &#x5DF2;&#x6B63;&#x5F0F;&#x63D0;&#x51FA;&#x4F7F;&#x7528;&#x4E2D;&#x9488;&#x5BF9; embryophytes &#x7684; DNA &#x6761;&#x7801;&#x5DE5;&#x4F5C;&#x3002;&#x6269;&#x5C55;&#x5230; chlorophytan &#x7EFF;&#x8272;&#x7684;&#x6D77;&#x85FB;&#xFF0C;&#x4E0D;&#x8FC7;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x6837;&#x4E00;&#x9879;&#x8BAE;&#x5B9A;&#x4E66;&#x662F;&#x5145;&#x6EE1;&#x95EE;&#x9898;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x975E;&#x540C;&#x6E90;&#x6027; (&#x53F6;&#x7EFF;&#x4F53; matk &#x57FA;&#x56E0;&#xFF09;&#xFF0C;&#x5E76;&#x53EF;&#x9632;&#x6B62;&#x5728;&#x521B;&#x5EFA;&#x4E00;&#x4E2A;&#x901A;&#x7528;&#x7684; PCR &#x5DE5;&#x5177;&#x5305; (rbcL) &#x7684;&#x5F02;&#x8D28;&#x6027;&#x3002;&#x6709;&#x4E9B;&#x4EBA;&#x4E3B;&#x5F20;&#x4F7F;&#x7528;&#x6838;&#x7F16;&#x7801;&#x3001; &#x5185;&#x90E8;&#x8F6C;&#x5F55;&#x95F4;&#x9694;&#x4E24; (ITS2) &#x4F5C;&#x4E3A;&#x4F20;&#x7EDF;&#x53F6;&#x7EFF;&#x4F53;&#x6807;&#x8BB0;&#x7684;&#x66FF;&#x4EE3;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;ITS2 &#x5E7F;&#x6CDB;&#x8BA4;&#x4E3A;&#x662F;&#x4E0D;&#x591F;&#x4FDD;&#x80B2;&#x6216;&#x901A;&#x8FC7;&#x5BFC;&#x5165;&#x6216;&#x7236;&#x6BCD;&#x7EE7;&#x627F;&#x6A21;&#x5F0F;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x662F;&#x6392;&#x9664;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x53D1;&#x80B2;&#x91CD;&#x5EFA;&#x6216; DNA &#x6761;&#x5F62;&#x7801;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x5176;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x4F7F;&#x7528;&#x3002;&#x8D8A;&#x6765;&#x8D8A;&#x591A;&#x7684;&#x8BC1;&#x636E;&#x8868;&#x660E;&#xFF0C;&#x540C;&#x65F6;&#x5206;&#x6790;&#x7684;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x4E8C;&#x7EA7;&#x7ED3;&#x6784;&#x4FE1;&#x606F;&#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x53EF;&#x4EE5;&#x81F3;&#x5C11;&#x514B;&#x670D;&#x4E00;&#x4E9B; ITS2 &#x7684;&#x5C40;&#x9650;&#x6027;&#x3002;&#x8FD9;&#x9879;&#x8C03;&#x67E5;&#x7684;&#x76EE;&#x7684;&#x662F;&#x8BC4;&#x4F30;&#x4ECE;&#x52A8;&#x7269;&#x95E8;&#x7EFF;&#x85FB;&#x95E8;&#x5927;&#x7684;&#x62BD;&#x6837;&#x5206;&#x6790;&#x7684; IT2 &#x6570;&#x636E;&#x81EA;&#x52A8;&#x5316;&#x3001; &#x5E8F;&#x5217;&#x7ED3;&#x6784;&#x65B9;&#x6CD5;&#x7684;&#x53EF;&#x884C;&#x6027;&#x3002;

&#x5185;&#x90E8;&#x8F6C;&#x5F55;&#x95F4;&#x9694; 2 (nu ITS2 rRNA&#xFF09; &#x5E8F;&#x5217;&#x7ED3;&#x6784;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x5B66;&#xFF1A; &#x8D70;&#x5411;&#x7EFF;&#x8272;&#x85FB;&#x7C7B;&#x751F;&#x547D;&#x6811;&#x7684;&#x81EA;&#x52A8;&#x91CD;&#x5EFA;&#x3002;

Chloroplast-encoded genes (matK and rbcL) have been formally proposed for use in DNA barcoding efforts targeting embryophytes. Extending such a protocol to chlorophytan green algae, though, is fraught with problems including non homology (matK) and heterogeneity that prevents the creation of a universal PCR toolkit (rbcL). Some have advocated the use of the nuclear-encoded, internal transcribed spacer two (ITS2) as an alternative to the traditional chloroplast markers. However, the ITS2 is broadly perceived to be insufficiently conserved or to be confounded by introgression or biparental inheritance patterns, precluding its broad use in phylogenetic reconstruction or as a DNA barcode. A growing body of evidence has shown that simultaneous analysis of nucleotide data with secondary structure information can overcome at least some of the limitations of ITS2. The goal of this investigation was to assess the feasibility of an automated, sequence-structure approach for analysis of IT2 data from a large sampling of phylum Chlorophyta.

Internal transcribed spacer 2 (nu ITS2 rRNA) sequence-structure phylogenetics: towards an automated reconstruction of the green algal tree of life.

Chloroplaste-cod&#xE9;es des g&#xE8;nes (matK et rbcL) ont &#xE9;t&#xE9; officiellement propos&#xE9; pour une utilisation dans les efforts de codes-barres ADN ciblant embryophytes. Extension d&#x26;#39;un tel protocole d&#x26;#39;chlorophytan algues vertes, cependant, se heurte &#xE0; des probl&#xE8;mes, y compris une homologie non (matK) et de l&#x26;#39;h&#xE9;t&#xE9;rog&#xE9;n&#xE9;it&#xE9; qui emp&#xEA;che la cr&#xE9;ation d&#x26;#39;une bo&#xEE;te &#xE0; outils universelle PCR (rbcL). Certains ont pr&#xE9;conis&#xE9; l&#x26;#39;utilisation du nucl&#xE9;aire cod&#xE9;e, espaceur interne transcrit deux (ITS2) comme une alternative aux marqueurs chloroplastiques traditionnels. Toutefois, l&#x26;#39;ITS2 est largement per&#xE7;u comme &#xE9;tant insuffisamment conserv&#xE9;e ou &#xEA;tre influenc&#xE9;s par les modes de transmission ou d&#x26;#39;introgression biparentale, ce qui emp&#xEA;che son utilisation g&#xE9;n&#xE9;ralis&#xE9;e dans la reconstruction phylog&#xE9;n&#xE9;tique ou un code-barres d&#x26;#39;ADN. Un nombre croissant de preuves a montr&#xE9; que l&#x26;#39;analyse simultan&#xE9;e des donn&#xE9;es de nucl&#xE9;otides de l&#x26;#39;information de structure secondaire peut surmonter au moins quelques-unes des limites de ITS2. L&#x26;#39;objectif de cette enqu&#xEA;te &#xE9;tait d&#x26;#39;&#xE9;valuer la faisabilit&#xE9; d&#x26;#39;un syst&#xE8;me automatis&#xE9;, s&#xE9;quence-structure approche pour l&#x26;#39;analyse des donn&#xE9;es IT2 &#xE0; partir d&#x26;#39;un &#xE9;chantillonnage important de Chlorophyta phylum.

Interne transcrit Spacer 2 (nu ITS2 ARNr) s&#xE9;quence-structure Phylog&#xE9;n&#xE9;tique: Vers une reconstruction automatique de l&#x26;#39;Arbre vert d&#x26;#39;algues de la vie

Chloroplast-codierte Gene (MatK und RbcL) sind offiziell f&uuml;r den Einsatz in DNA Barcoding Bem&uuml;hungen zielen Embryophytes vorgeschlagen worden. Erweitern solch ein Protokoll zu Chlorophytan gr&uuml;ne Algen, obwohl, ist voller Probleme einschlie&szlig;lich nicht Homologie (MatK) und Heterogenit&auml;t, die die Schaffung eines universellen PCR-Toolkit (RbcL) verhindert. Einige haben die Verwendung von den nuklearen-codierten, interne transkribierte Spacer zwei (ITS2) als Alternative zu den traditionellen Chloroplast-Markern ausgesprochen. Jedoch wird die ITS2 weitgehend unzureichend konserviert werden oder durch Introgression oder biparental Erbschaft-Muster, zuschanden werden wahrgenommen entgegensteht, der breiten Anwendung in phylogenetische Rekonstruktion oder als eine DNA-Barcode. Eine wachsende Zahl von beweisen hat gezeigt, dass simultane Analyse von Nukleotid-Daten mit Sekund&auml;rstruktur Informationen mindestens &uuml;berwinden kann einige der Einschr&auml;nkungen des ITS2. Ziel dieser Untersuchung war es, die eine automatisierte, Sequenz-Struktur-Methode f&uuml;r Analyse von IT2 Daten aus eine gro&szlig;e Auswahl der Stamm Chlorophyta Durchf&uuml;hrbarkeit.

Interne transkribiert Abstandhalter 2 (Nu ITS2 rRNA) Sequenz-Struktur Phylogenetics: eine automatisierte Wiederaufbau des gr&uuml;nen Algen Baum des Lebens.

Codificados en los genes del cloroplasto (matK y rbcL) han sido formalmente propuesto el uso de c&#xF3;digos de barras de ADN en los esfuerzos dirigidos a embryophytes. Ampliaci&#xF3;n de un protocolo para chlorophytan algas verdes, sin embargo, est&#xE1; plagado de problemas, incluyendo la homolog&#xED;a no (MATK) y la heterogeneidad que impide la creaci&#xF3;n de un conjunto de herramientas universal de PCR (rbcL). Algunos han defendido el uso de la codificada en el n&#xFA;cleo, el espaciador interno transcrito dos (ITS2) como una alternativa a los marcadores del cloroplasto tradicionales. Sin embargo, el ITS2 es ampliamente percibido como insuficiente conservar o de ser confundidos por los patrones de herencia biparental introgresi&#xF3;n o, lo que impide su uso amplio en la reconstrucci&#xF3;n filogen&#xE9;tica, o como un c&#xF3;digo de barras del ADN. Un cuerpo creciente de evidencia ha demostrado que el an&#xE1;lisis simult&#xE1;neo de datos de nucle&#xF3;tidos con estructura secundaria de informaci&#xF3;n puede superar por lo menos algunas de las limitaciones de ITS2. El objetivo de esta investigaci&#xF3;n fue evaluar la viabilidad de un sistema automatizado, la secuencia de la estructura de enfoque para el an&#xE1;lisis de los datos de IT2 una muestra grande de phylum Chlorophyta.

Spacer transcrito interno 2 (ITS2 nu rRNA) estructura de la secuencia-Filogenia: Hacia una reconstrucci&#xF3;n autom&#xE1;tica de un &#xE1;rbol verde de las algas de la Vida

Benjamin Merget

Department of Bioinformatics,
Biocenter,
Institute of Pharmacy and Food Chemistry,
Department of Bioinformatics, Biocenter

University of Würzburg

The ITS2 Database

Benjamin Merget

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University of Würzburg

The ITS2 Database

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Biocenter,
Institute of Pharmacy and Food Chemistry,
Department of Bioinformatics, Biocenter