Method Article
Large-scale 2D electron microscopy (EM), or nanotomy, is the tissue-wide application of nanoscale resolution EM. Here we describe a universal method for nanotomy applied to investigate the zebrafish larval brain in health and upon non-invasive brain injury.
大規模な二次元電子顕微鏡(EM)、又はnanotomy、ナノスケールの分解能電子顕微鏡の組織全体のアプリケーションです。その他、我々は以前にヒトの皮膚膵島、組織培養および全ゼブラフィッシュ幼生1-7に、大規模なEMを適用します。ここでは、サブ細胞および分子機能の公正な検出のための組織規模スキャンEMのための普遍的に適用する方法について説明します。 Nanotomyは健康および神経変性ゼブラフィッシュ脳を調査するために適用されました。我々の方法は、標準化されたEM試料調製プロトコルに基づいています:固定グルタルアルデヒドとオスミウムと、エポキシ樹脂の埋め込みに続いて切片とウラニルとリード付きポスト染色に続いて1ホールのグリッド上の超薄切片、の実装極薄。大規模な2D EMモザイク画像は、走査透過EM(STEM)を用いて、外部の大面積スキャン発生器に接続された走査EMを使用して取得されます。 50 G画素I - 大規模EM画像は、典型的には〜5ですn個のサイズ、最高のオンライン地理的なHTMLマップに似た任意のWebブラウザで開くことができるズーム可能なHTMLファイルを、使用して表示。この方法は、(ヒト)の組織、動物全体の断面、ならびに組織培養1-5に適用することができます。ここでは、ゼブラフィッシュ脳を非侵襲的神経切除モデルで分析しました。私たちは、1つのデータセットの組織、ニューロンおよびミクログリアを含む種々の細胞型に定量することができる細胞および細胞内の変化、脳のマクロファージ内で可視化します。大きな表面積は、以前に蛍光顕微鏡を用いて画像化されるように加えて、nanotomyは同じ組織で8(クレム)光学顕微鏡を用いてEMの相関関係を容易に、その後ナノ解剖(nanotomy)、その結果、大面積EMに供することができるの組織。すべてでは、nanotomyは、組織全体の定量化可能な方法でのEMレベルでの機能の公正な検出を可能にします。
最近の技術開発は、超微細構造解析の復活につながる、EMの汎用性、適用性および定量的性質を改善しています。進歩はEMレベル8-10に直接顕微鏡分析の他のモードを比較するために3D EM、大規模な2D EMと相関光学顕微鏡および電子顕微鏡のための改良された方法および試薬(CLEM)が挙げられます。大規模な2D EMは、定量化またはヒト病理のための(新規の)疾患の特徴を識別し、疾患および組織培養モデルの動物モデルを研究するために特に適しています。ビューの一般的に小さなフィールドには、組織全体の規模に高倍率での変化を相関させるだけでなく、unbiasedlyかつ定量的超微細構造の特徴を解析することは困難です。
ヒト組織または動物モデルにおいて病状の評価、ヘマトキシリンおよびエオシン(H&E)着色包埋ホルマリン固定パラフィン切片(FFPE)TISの病理学的分析のためにスーは標準です。単純なH&E染色の免疫標識の他にも、病的異常を識別するために行われます。このような組織は、EMレベルで特定の細胞型を分析することができ、細胞内変化を同定することができる。場合大規模EMの公平な性質は、病気の予期しないと新規な特徴を見つけることができます。大規模EMによって平方ミリメートルまでの領域を可視化することができます。我々と他の人は、以前膵島4、細胞培養2、ラット脳3、皮膚や粘膜7と全体ゼブラフィッシュ幼生1,5(www.nanotomy.org)をラットにするnanotomyを適用しました。ゼブラフィッシュ特に脳免疫細胞11を含めた哺乳動物の組織中のアクセスが困難な細胞タイプを可視化するために、 インビボイメージングのために非常に適しています。ここでnanotomy手順は、ニューロンによってメトロニダゾールの変換によって条件神経切除を受けているゼブラフィッシュヘッドの冠状切片に適用され、詳細に記載されていますニトロレダクターゼ(www.nanotomy.org)5,12-14を表明しました 。すべての生データは、組織規模の変化の分子可視化、ズーム可能なHTMLファイルとして表示されます。生データの提示は、世界中の専門家による他の角度からのデータセットの公平な分析を可能にします。
ゼブラフィッシュの幼虫を持つすべての実験は、国内およびEUのガイドラインに従ってフローニンゲン大学の動物実験委員会によって承認されました。
1.試料の調製
2.画像取得
3.データ解析
1週齢のゼブラフィッシュの幼虫の頭部の冠状断面の大規模EMデータセットは、単一の大規模な画像(www.nanotomy.org)で、多くの組織および細胞の特徴を示しています。
コントロール脳切片のNanotomyは、嗅覚繊維束、ニューロン核とシナプスを含む神経細胞のサブコンパートメント( 図2A、www.nanotomy.org)を含む吻側前脳の神経組織の典型的な超微細構造の特徴を明らかにする。区別することができる頭の中で細胞型は下顎の大きな液胞、嗅神経細胞のオスミウム親和性のミエリン、小血管の内皮細胞と軟骨細胞を含む、構造体は髄膜(髄膜のゼブラフィッシュの対応、膜状層の収容を含みます哺乳類の脳)。細胞内構造は、異なるセルにおける表皮の糖衣、異なる核形態および病巣を含みますゴルジ体、小胞体(ER)、ミトコンドリアおよびシナプス小胞とシナプス後密度を含むリットルタイプと細胞小器官。
予想外に心室の内側を覆う細胞の核は、脳内のより横方向に分散させ、他の細胞と比較して非常に高電子密度です。さらに、これらの心室の核は、脳内の他の細胞に存在しない暗い病巣を示し、貪食ミクログリアの核で発見されたヘテロクロマチン、( 図2)から大きさや構造に異なる表示されます。ゼブラフィッシュの開発に心室の内側を覆う細胞は、より分化した細胞よりも変化したクロマチンの状態を反映している可能性がある、主に放射状グリア細胞や神経前駆細胞が含まれます。組織中の幹細胞は、一般的に非常に稀であるので、組織スケールEMで幹細胞マーカーのための組織の標識を相関させるnanotomyしたがって、幹細胞の超微細構造の特徴を識別するために使用することができます。
ve_content:神経切除を受けたゼブラフィッシュ幼生における冠状断面の「FOキープtogether.withinページ= "1">大規模EMは(www.nanotomy.org)見られない多くの特定の組織、および細胞および分子の特徴を明らかに対照動物に。携帯電話の機能が貪食ミクログリアを含み、おそらく死細胞( 図2B、www.nanotomy.org)を表す、細胞の大きさを液胞。以前EM研究は、脊椎動物18,19にミクログリアを同定した。ミクログリアの特徴は、細長い核を含みます、核膜の隣に斑状のクロマチン塊、著名なゴルジ装置、無料のポリリボソーム、粒状の小胞体(ER)細長い嚢、比較的暗い/高密度の細胞質、及びそのような食細胞、脂肪滴およびリソソームなどの多数の介在物、と。これらのすべての哺乳動物組織におけるミクログリアに起因する顕著な特徴は、また、ゼブラフィッシュ脳( 図2B、www.nanotomy.org)にこれらの細胞で発見されました。 <キープtogether.withinページ= "1">:FO Pクラス= "jove_content"
。 図2:Nanotomy 結果:高分子由来の組織に処理された7日後の受精制御および(B)の脳の(A)Nanotomy(神経アブレーション; 図1)、神経細胞に特有の特徴を示すが、脳変性をアブレーション(B)これらの細胞死および神経組織((A)及び(B))のスポンジ状の外観を受ける食ミクログリア、暗い細胞が含まれます。 (5から適応)アッパーパネル:中央のパネルに示された領域の10X拡大図。中央のパネル:下のパネルに示された領域の10X拡大図。 (A、下パネル)、シナプス小胞(SVの)にシナプスを示す神経網の(A、中央のパネル)高倍率ビューとシナプス後密度(PD)。 (B、中央のパネル)高倍率アメーバミクログリアのビューまたはおそらく著名なゴルジ装置(G)、リソソーム液胞(L)を含む介在物を含む典型的なアメーバミクログリアの機能(下のパネル)を示すマクロファージ(中央のパネル、M)。スケールバー:50μmの(上)、5ミクロン(中央)と0.5ミクロン(下)。この図は、5から変更されている。 この図の拡大版を表示するには、こちらをクリックしてください 、または完全なデータをオンライン(nanotomy.org)をご覧ください。
EMは、生物学的状況における巨大分子の高分解能イメージングと細胞の状況の分析を可能にします。しかし、これは、典型的には、視野を制限します。大規模3D EMは、複雑なデータ処理10を必要とする 、ナノスケールの分解能を3次元再構成を作成することによって、神経接続をマッピングするのに特に適しています。対照的に、2D大規模EMは、画像データの単一の部分とステッチを必要とし、データの評価は、インターネットブラウザへのアクセスを誰でも可能です。我々と他の人は、以前の組織および動物全体を分析するために大規模なEMを使用します。ほとんどのアプローチとしては、TEMおよびSEMベースのステッチは、独自の利点を持っています。ここで、走査透過EM(STEM)は、高解像度で大きな視野の生成を可能にしました。典型的には、1つのSTEM像は、大規模な金融商品取引法を撮像する際に著しくステッチの量を減少させる、約100 TEM画像の視野に相当します高解像度でのビューのDS。より高い解像度が必要な場合は、TEMは、有利であり得ます。 STEMは、非対照試料は、良好な超コントラスト6を使用することができることを、TEMを上回る利点を有します。
さらに、ここに記載された方法は、単にセクションの後方散乱電子検出器(BSD)で使用するために調整することができる複数の顕微鏡システムに使用を広げ、シリカウェーハ上に取り付けられています。 HTML-ズーム可能な組織EMファイルには、患者のデータを分析するために、科学的研究にLMとEMデータ(CLEM)8、プレゼンテーションの目的を組み合わせ、その完全なコンテンツに分析されていない可能性があり、データを共有し、教育のために、定量化のために非常に有用です。 BSDを使用することができる、より一般的に検出ステムよりも走査型電子顕微鏡で使用可能である。代替的に、SEMの大規模EMではなく、TEMで、シリカウェーハは、2つの主な利点を有し、使用することができます。第二に、大規模なセクション(> 1mmの2分野の取り付け関心は)簡単です。シングルスロットグリッド上にマウントすると、労働集約的で技術的に困難です。 TEM、SEMおよびSTEMの間の詳細な比較は、他の場所で6詳述されています。 BSDイメージングの欠点はSTEMに比べて、画像にノイズが増加している、ということです。これは、部分的にはるかに長い取得時間をもたらす、ピクセル滞留時間を増加させることによって補償することができます。
サンプル調製比較的標準EM処理(固定、包埋および切片)のための5-7を必要とされるが、アーティファクトを完全に欠い大超薄切片をカットすることは技術的に困難です。セクションは、非常に脆弱であり、容易に破損、折ったり、典型的には、データセットごとに複数の時間を要するイメージング、中に破壊されています。しかし、生の公平なデータのオンライン共有のために、それが公表されたデータに、より容易に比較することが可能になるはずであり、コントロールとしてオープンドメインで公開されたデータセットを使用します。現在、ラすることのできる、いくつかのEMデバイスRGE規模解析に使用されている、最もイメージングセンターは共同の努力を歓迎するものの、したがって、この技術へのアクセスは、やや限られています。
大規模なセクションのために組織を適切にサンプル全体に固定されなければなりません。それは高速だが、中程度の固定剤PFAの混合物は遅いが強力な固定液GAとの組み合わせで使用されている理由です。アーティファクトなしで大規模なセクションを切断し、ピックアップすることは困難です。 BSDとの組み合わせでウェハを操作する単一の穴グリッド上のセクションを集めるに比べて容易です。ヘビーメタルポスト染色は、古典的なEMに比べてより重要です。セクション全体が撮像されているので、すべてのアーティファクトが表示されます。 TEMのユーザーは、典型的には、それが困難なため、顕微鏡操作の違いにより、SEMへの切り替えを見つけます。
定量化とデータ共有 -細胞内の機能を定量化は、単一のEM画像では困難です。大規模のでズームイン、ズームアウトする可能性画像は容易に細胞内でナノスケールの測定を続けることができ、目的の細胞の同定を可能にします。これらのデータセットは、特定の細胞型が急速に異なるスケールで検出可能な特徴に基づいて、これらの大規模な組織切片における公平な方法で識別し、定量化することができることを示しています。例えば、ミクログリアは、その形態と密な細胞質に基づいて同定することができます。我々は以前に大規模なEM組織培養セット2内のERの幅のために示したように続いて、個々の細胞上でのズーミングに際して、これらの細胞のナノスケールの細胞内および分子的特徴は、同じデータセット内で測定することができます。 nanotomyのさらなる利点は、オンライン、大規模なデータセットのホスティングをするかもしれない他の機能のために、他の人がデータを検査することを可能にし、新たな仮説に彼らの結論を引き出すことです。
CLEMは -定量的なEMを容易にすることに加えて、大規模なEMは、それが簡単に光microscoを相関させることができますEMレベル8にPIC標識。本実施例ではゼブラフィッシュ切除モデルにおける貪食ミクログリアの存在が示されています。神経科学の主要な質問は、個々の機能と貢献は、ミクログリアおよび貪食細胞および免疫細胞の潜在的な他の源であるものです。初期のEM研究は、病気18ミクログリアの特徴的な細胞内の特徴を示しています。残念ながら、それは、遺伝子発現、形態および機能における他の免疫細胞との大きな重なりを示すように、病理学的設定において特にミクログリアを選択的に標識することが困難です。したがって、それは不明であるかどうか、および超微細構造レベルでのミクログリアは、マクロファージ浸潤単球由来を含む他のソースからの免疫細胞と異なるとき。これらの細胞間の超微細構造の違いがあるかどうかを理解することは、機能の違いを分析するための出発点を提供します。選択的遺伝子導入または発現マーカーを組み合わせるとCLEMはDETを許可します特定の集団に対して選択的超微細構造の特徴のection。
診断&プレゼンテーションと教育 - 1つのデータセットEMデータ内にマイクロナノスケールを可視化することで大幅に広い聴衆に促進されます。相関と大規模なEMのための増加の可能性とツールにより、私たちは基本と医学研究におけるEMの復活を期待しています。ここで示される手法は、ゼブラフィッシュ脳損傷モデル5に適用されるが、糖尿病4のための細胞培養2のラットモデルにおいて、ヒト組織7、ラット脳3で使用されており、また、TEMと組み合わせて使用することができますこの方法の汎用性を示すベースのアプローチ1。顕微鏡のオペレータは、もはや高度に選択されていない、ので、バイアスされた画像が、すべての多数の超微細構造の特徴を記録し、世界的な分析のために開いている記録されています。
著者らは、開示することは何もありません。
仕事の大半はNWO 175-010-2009-023とZonMW 91111006が主催してUMCG顕微鏡およびイメージングセンター(UMIC)で実施されています。 BNGGへSTW「顕微鏡バレー12718」。この作品はTJvHにZonMW VENIの助成金、(瀕死ニューロンを保存)マリー・キュリーのキャリアの統合助成金およびアルツハイマーオランダの交わりが主催しました。
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Chemicals | |||
low melting point agarose | VWR | 444152G | |
tricaine | Sigma | E10521 | |
triton-X-100 | Sigma | X100 | |
glutaraldehyde | Polysciences | 1909 | |
sodium cacodylate | Sigma | C0250 | |
osmium tetroxide | Electron Microscopy Sciences | 19114 | |
potassium ferrocyanide (K4[Fe(CN)]6) | Merck | 4984 | |
ethanol | VWR | 20821.365 | |
uranyl acetate | Merck | 8473 | |
sodium tetraborate | Merck | 1063808 | |
toluidene blue | Merck | 1273 | |
basic fuchsin | BDH | 340324 | |
lead citrate | BDH | discontinued | |
EPON | |||
2-dodecenylsuccinicacid anhydride | Serva | 20755 | |
methylnadic anhydride | Serva | 29452 | |
glycid ether 100 | Serva | 21045 | |
DMP-30 | Polysciences | 553 | |
standard flat embedding mold | Electron Microscopy Sciences | 70901 | |
diamond knife | Diatome Inc. | ||
copper grids | Electron Microscopy Sciences | ||
double sided carbon tape | Electron Microscopy Sciences | ||
scanning EM Zeiss Supra55 | Zeiss | ||
ultramicrotome Leica EM UC7 | Leica | ||
atlas external scan generator | Fibics |
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