3Dスフェロイドモデルにおける時間分解蛍光イメージングとがん細胞浸潤解析

要約

ここで提示される、スフェロイドイメージング装置の製造のためのプロトコルである。この装置は癌細胞スフェロイドの動的または縦方向の蛍光のイメージ投射を可能にする。プロトコルはまた癌細胞の浸潤の分析のための簡単な画像処理手順を提供する。

要約

原発性腫瘍から隣接する健康組織への癌細胞の侵入は、転移の初期段階である。浸潤性癌細胞は、播種が進行すると排除するための効率的な方法が存在しないため、大きな臨床的課題を提起する。がん細胞の浸潤を調節するメカニズムをよりよく理解することは、新しい強力な治療法の開発につながる可能性があります。その生理学的に腫瘍に類似しているため、コラーゲンIに埋め込まれたスフェロイドは、細胞外マトリックス(ECM)への癌細胞浸潤を支配するメカニズムを研究するために研究者によって広く利用されてきた。しかし、このアッセイは(1)ECMへのスフェロイドの埋め込みに対する制御の欠如によって制限される。(2)コラーゲンIおよびガラス底皿の高コスト、(3)信頼性の低い免疫蛍光標識、抗体および蛍光色素の非効率的な浸透及び(4)時間のかかる画像処理及びデータの定量。これらの課題に対処するために、3次元(3D)スフェロイドプロトコルを最適化し、コラーゲンIに埋め込まれた蛍光標識癌細胞を、タイムラプスビデオまたは縦断イメージングを使用して画像化し、癌細胞の浸潤を分析しました。まず、スフェロイドを確実に、かつ最小限のコラーゲンI体積に埋め込むスフェロイドイメージング装置(SID)の製造を説明し、アッセイコストを低減する。次に、生および固定スフェロイドのロバスト蛍光標識のステップを説明します。最後に、画像処理とデータ定量のための使いやすいフィジーマクロを提供します。全体として、この単純な方法論は、コラーゲンIの癌細胞浸潤を監視するための信頼性の高い、手頃な価格のプラットフォームを提供します。さらに、このプロトコルはユーザーのニーズに合わせて簡単に変更できます。

概要

癌進行の間に、癌細胞は、運動性および侵襲的表現型を獲得することができ、腫瘍塊を逃れ、周囲の組織¹に侵入することを可能にする。最終的には、これらの浸潤性癌細胞は、二次器官内に到達して増殖し、癌転移¹と呼ばれるプロセスである。転移は癌関連死の90%以上を引き起こす².その理由の1つは、局所的な腫瘍は臨床的に管理可能であるが、転移性広がりに一度起こった後に浸潤癌細胞を排除するための効率的な方法が存在しないことです。したがって、浸潤性癌細胞の出現と、局在性から侵襲的な疾患への移行は、大きな臨床的課題を提起している。がん細胞が侵襲的な行動をどのように開始し、維持するかを決定することは、新しい強力な治療法の開発につながる可能性があります。

3Dスフェロイドモデルは、制御下にある癌細胞の運動性挙動を調査するのに理想的なプラットフォームであり、しかも生理学的に関連する条件^3.実際、このアッセイでは、癌細胞のスフェロイドが細胞外マトリックス(ECM)の内部に埋め込まれている、例えばコラーゲンIは、単純化された腫瘍を模倣する。次いで、イメージングを使用して、スフェロイドからコラーゲンマトリックスへの癌細胞の浸潤を可視化する。ただし、複数の課題によってこの手順が制限されます。

最初の課題は、液体コラーゲンマトリックスが皿表面全体に広がり、回転楕円体が皿の底に触れる埋め込みステップで起こります。その結果、回転楕円体の細胞が2次元(2D)表面に広がり、3次元(3D)回転楕円体形態を破る。コラーゲンの量を増やすことは効率的ですが、コストのかかるソリューションです。細胞が2D表面に広がるのを防ぐために、コラーゲンの最小量を維持しながら、ガラス底皿に1mmの厚さ、3穴のポリジメチルシロキサン(PDMS)インサートを囲むスフェロイドイメージング装置(SID)を開発しました。

スフェロイドアッセイの第2の課題は、抗体および蛍光色素の浸透不良によって制限されるスフェロイドにおける癌細胞の標識であり、スフェロイドサイズに伴って増大する効果である。細胞の標識に理想的なソリューションは、安定して蛍光タンパク質を発現する細胞株の確立であるが、このオプションは、ほとんどが不死化細胞株に限定され、蛍光タンパク質キメラの入手可能性によって制限される。ここでは、固定スフェロイドの免疫蛍光染色に最適化されたプロトコルと、球状体を埋め込む直前に細胞にラベルを付ける細胞質色素の効率的な使用について述べています。

スフェロイドアッセイの3番目の課題は、時間の経過に関する細胞浸潤の半自動化定量化のための単純なフィジーマクロの欠如です。この課題に対処するために、時間の経過に合ったスフェロイド領域を分析する簡単な方法論を説明します。例として4T1および67NRセルラインを用いて、このプロトコルの利点を説明する。

プロトコル

1. スフェロイド埋め込みを最適化するためのスフェロイドイメージングデバイス(SID)の製作(所要時間1日)

1. 3D プリンタを使用してスペーサーを作成します (図 1A、B、補助ファイル 1)。
2. プラスチックカップ中のベースポリマー:架橋剤の比を10:1(wt/wt)に計量する[例えば、エチルベンゼンベースポリマー20g、シリコーン樹脂架橋器2gをポリジメチルシロキサン(PDMS)]を作成する。
3. 使い捨てピペットを使用して、プラスチックカップにPDMS溶液を十分に混ぜます。
4. プラスチックカップを真空チャンバーに入れ、気泡を混合液から取り除きます。真空圧を素早く放出し、混合物の表面に閉じ込められた少量の空気を除去し、残りの気泡を放散します。
5. 3Dプリントスペーサーを100°Cで5分間インキュベートし、柔軟性を高めます。
6. PDMSモールドを100%イソプロパノールで拭いて徹底的に構築するために使用される2つのガラスプレートをきれいにしてください。ガラス板をPDMSのキャストに使用していた場合は、ガラス板をカミソリの刃でそっと削り取り、100%イソプロパノールで拭いて、残りの古いPDMSを取り除いてください。
7. 3D プリントされたスペーサーを 2 つのクリーンなガラスプレートの間に入れることで、金型を構築します。
8. ガラス板の外側の端に大きなバインダークリップを使用して、金型をシールします。下端に 2 つのバインダー クリップを配置し、上端に 1 つを配置します。
9. モールドの上部を調べて、スペーサーがガラスプレートと一緒にフラッシュされていることを確認します。これにより、変形が存在しない、および PDMS の偶数シートが作成されることを保証します。
   注: 作成されるシートの厚さが均一でない場合は、クリップを少し調整する必要があります。
10. 使い捨てのピペットの先端(先端から2cm)を切り、PDMS混合物を金型の左上隅にゆっくりと一定の速度で加えます。大きなエアポケットの作成を防ぐためにゆっくりと混合物を注ぎます。
11. 鋳型を真空チャンバーに入れ、注ぎ口の間に形成された気泡を取り除きます。
12. 100°Cで1時間インキュベートしてPDMSを硬化させる。
13. インキュベーターから金型を取り出し、冷却して触れるようにします。
14. 硬化したPDMSを含むスペーサーからバインダークリップとガラスプレートを取り外します。
15. カミソリの刃を使用して、スペーサーとガラス板の間の金型の4つの側面すべてに作成されたシールを切断します。4つの側面をすべて切り取り、モールドを引き離してスペーサーのPDMSシートを明らかにします。
16. ピンセットを使用して、スペーサーの新しいPDMSシートを慎重に剥がします。
17. 切断マット上で、シートから直径17.5mmのPDMSディスクをパンチアウトし、異なるサイズの生検パンチを使用して、直径5.5mmの穴を均等に分配した3つの穴をパンチします。ここでは、これらの3ホールPDMSディスクを「挿入」と呼びます(図1C)。
    注意:PDMSに行われた不均一な切断、またはプラズマ処理による結合不良は、将来の漏れをもたらす可能性があります。
18. テープを使用してほこりを取り除くことで、各インサートを洗浄します。
19. 挿入物を両面テープに貼り付け、10cmのペトリ皿の蓋にテープを巻きます。
20. プラズママシンにペトリ皿の蓋を、開いた35mmガラス底皿と一緒に置きます。
21. 300 mTorrで1分間プラズマ処理を行い、挿入物とガラスの表面を活性化します。ハンドヘルドプラズマ杖を使用できます。
22. ピンセットを使用して、ガラス底皿のガラス部分に1つのインサート(図1D)の逆さま、すなわち処理された側面(図1D)を素早く取り付ける(図1E)。すべての料理に対して繰り返します。
23. ポインタの指と親指を使用して、ガラス底皿を回転させながら均一な圧力を加えます。これにより、ガラス底皿への挿入物の安定した固定を保証します。
24. 60°Cで60°Cで20分間培養し、ガラスとPDMSの密着性を強化します。
25. ステップ 1.21 またはハンドヘルド杖と同じ設定を使用して、SID 上で 2 回目のプラズマ処理を行います。これにより、コーティング溶液中のポリL-リジンに対するフリーPDMS表面の接着が行われます(1.26参照)。
26. 次のソリューションを新たに準備します。
    1. コーティング溶液:0.01%(vol/vol)ポリL-リジンを含む1x PBS[例えば、0.1%(vol/vol)ポリL-リジンの10 μLを1x PBSの90 μLに加える]。
    2. 架橋溶液:1x(vol/vol)グルタルアルデヒドを含む蒸留水[例えば、10xグルタルアルデヒド10μLを90μLの蒸留水に加える]。
    3. 貯蔵溶液:10x(vol/vol)ペニシリンストレプトマイシンを含有する1x PBS[例えば、100xペニシリンストレプトマイシンの1mLを1x PBSの9 mLに加える]。
27. 各穴ごとに35 μLのコーティング溶液を加え、室温で1時間インキュベートします。
28. ポリL-リジンを吸引し、蒸留水でSID全体を3回リンスします。
29. 各穴ごとに35 μLの架橋溶液を加えて、室温で30分間インキュベートします。
30. 架橋液を吸引し、蒸留水でSID全体を3回リンスします。
31. 各SIDに70%エタノールを加え、紫外線(UV)光の下で30分間置きます。
32. ボンネットの下で、エタノールを吸引し、蒸留水でSIDを3回リンスします。
33. 各 SID ごとに 2.5 mL のストレージ ソリューションを追加します。
    注:この段階では、SIDは1週間4°Cで保存することができます。PDMSとガラス間の結合強度は経時減少することが観察された。1 週間を超えて、ユーザーは使用前に潜在的な漏出の可能性がある SID をテストすることをお勧めします。これを行うには、ストレージ溶液を吸引し、各穴に35 μLの1x PBSを加えます。使用後、PDMSインサートはガラス底皿を剥がすことができます。ガラス底皿の最適な洗浄を達成するために、イソプロパノールと塩酸を用いた洗浄液を使用してPDMS残基を除去する必要があります。

2. スフェロイド形成とコラーゲンへの埋め込み(所要時間4日間)

注:縦方向またはタイムラプスビデオで、スフェロイドのライブイメージングには、細胞質および/または核蛍光タンパク質を発現する細胞株を使用してください。このようなセルラインが使用可能な場合は、このセクションで説明する手順に従います。あるいは、セクション3では、細胞質染料を用いてスフェロイド中の癌細胞に標識するプロトコルが提案されている。

1. 4,5,6,7の4,000個の細胞/40 μL液滴および3日間のインキュベーション時間を用いて、4T1および/または67NR細胞のスフェロイドを形成する。牛アテロコラーゲンI溶液を最後に加え、常に氷の上のすべての溶液を維持します。
2. 明視野顕微鏡を用いて正しく形成されたスフェロイドを特定する。
3. 15 mL円錐形チューブに8 mLの温め込み完了培地を充填します。
4. P1000ピペットでスフェロイドを収集し、15 mL円錐管に移します。ピペットチップの内側壁にスフェロイドが付着するのを防ぎ、回転楕円体の損失を制限するために、ピペットチップを完全な媒体の内外にピペットで湿らします。
5. スフェロイドをチューブの底に沈め、慎重に媒体を交換して回転楕円体を洗浄します。2 回繰り返します。
6. メーカーの推奨に従って5 mg/mLコラーゲンI溶液を調製します(代替ゲル化手順、下記の例示的な計算を参照)。蒸留水を完全な媒体に交換します。使用する媒体の体積を計算する際には、スフェロイドが完全な媒体の20 μLで添加されることを考慮に入れる[例えば、 1つのSID、3 x 30 + (3 x 30)x 20%=5mg/mLコラーゲンIの108 μLが必要です(粘性流体を処理する際のピペット損失を考慮して20%余分に準備します);10x PBSの22 μL + 10x PBS 1.2 μL + 1 M NaOH + 54 μL 10 mmg m/mlの10mgの1.2 μL
7. P200ピペットを使用して20μLの培地ですべてのスフェロイドを収集し、ステップ2.6で調製したコラーゲンI溶液に追加します。
8. コラーゲンI濃度の不均一性を避けるために上下にピペットを入れ、気泡形成を制限して溶液をゆっくりと混ぜます。氷の上にソリューションを保ちます。
9. ストレージ溶液をSIDから取り出し、3mLの1x PBSで3回洗います。最後の洗浄後、コラーゲンI溶液を希釈しないように、SID(複数可)を乾燥させておきます。
10. タイマーを開始し、1つのスフェロイドを含むコラーゲンI溶液の30μLをSIDの3つの穴の1つに分配します。視覚的に、単一のスフェロイドが30μLに含まれていることを確認します。
11. ステップ 2.10 をさらに 2 回繰り返して、SID のすべての 3 つの穴を埋めます。
12. PDMS境界の近くに位置する場合は、10 μL のピペットチップを使用して、回転楕円体の中央を再設定します。2つまたは3つのスフェロイドが穴の1つに分配された場合、同じピペットチップを使用して、スフェロイドを互いに分離することができます。タイマーを停止します。
    注:頻繁に逆さまと逆さまにSIDの反転、コラーゲンI重合と凝固の期間を通じて、スフェロイドは、ECM層の垂直中心に配置されていることを保証し、2Dで細胞の侵入を防ぐことができます。反転(反転)の頻度を最大化する必要があります。反転周波数は2.10-2.12で測定されたスフェロイド「分配時間」によって制御されるように、分配時間を最小限に抑える必要があります。私たちの研究室では、塗布時間は平均で2分です。
13. コラーゲン層のスフェロイドを垂直に中央に合うように、SIDを逆さまに反転させ、37°Cでインキュベートして塗布時間を取ります。
14. SIDを上下に反転させ、37°Cでインキュベートして、塗布時間を過ぎます。
    注: 回転楕円体が上下逆方向に費やす時間の長さは、上下逆方向に費やされた時間と等しい必要があります。
15. ステップ2.13と2.14を30分間繰り返し、コラーゲンIが重合するまで繰り返します。
16. 完全な媒体/SIDの2.5 mLを加え、必要に応じて、初期のタイムポイントのための回転楕円体のイメージを取得します。
17. 複数の SID が使用されている場合は、手順 2.10 ~ 2.16 を繰り返します。

3. スフェロイドの蛍光標識

1. ライブイメージング(期間6-7日)
   注: 細胞質および核蛍光タンパク質を発現する細胞株が利用可能な場合は、セクション 2 に記載されている手順に従ってください。あるいは、細胞質標識に関しては、以下のプロトコルが提案される。
   1. セクション 2 で説明されているプロトコルの手順 2.1 ~ 2.5 に従います。
   2. 細胞質染料を200μLの無血清培地で25μMに希釈します。
      注: 赤い細胞質色素がこの実験で使用されている間、他の利用可能な色は適切である必要があります。がん細胞は、無血清培地200μLで20μMに希釈した核色素を用いてスフェロイド内部に標識した( 材料表を参照)。
   3. 最終洗浄後、細胞質または核色素溶液中のスフェロイドを再懸濁し、光から保護された室温で20分間インキュベートします。
      注: この方法では、回転楕円体の中心にあるセルのラベリングは効率的ではありません。すべての細胞の標識を達成するために、インキュベーションは、ロッカーの上に皿を置くことによって、一晩延長することができる。代替案については、「ディスカッション」で説明します。
   4. スフェロイドを完全培地で3回洗浄します。
   5. セクション 2 で説明されているプロトコルのステップ 2.6-2.17 に進みます。
   6. 24-72時間(図2)の10分毎にタイムラプスイメージングを介した画像スフェロイド(図2)、または縦方向イメージングを介して、毎日、最大7日間(図3)。レーザー走査共焦点顕微鏡、10x空気対物(0.4個の開口および3.1 mm作動距離)、1024 x 1024ピクセル、露出時間8μs/ピクセル、ピンホール90μm、6 x 15 μm zステップおよび3つの視野を使用して、1つの回転楕円体を含む各視野を有する。
      注:タイムラプスイメージングには、最小限のレーザーパワーを使用し、温度、湿度、ガス制御を備えた環境チャンバを顕微鏡に装備してください。埋め込まれたスフェロイドを>8時間またはイメージング前の一晩に37°Cで培養し、顕微鏡上での時間を最小限に抑える。
2. スフェロイドの蛍光染色(所要時間2日間)
   注: ここで説明する手順は、以前に公開されたプロトコル^8,9から調整され^、最適化されています。この方法は、セクション 2 と 3.1 で概説されているプロトコルの後に使用できます。
   1. 次のソリューションを新たに準備します。
      1. 固定溶液:4%PFA(vol/vol)を含有する1x PBS[例えば、16%(vol/vol)PFAの5mLを1x PBSの15mLに加える]。
      2. 固定および透過性溶液:4%PFA(vol/vol)および0.5%トリトンX-100(vol/vol)を含む1x PBS[例えば、トリトンX-100から10mLの固定溶液を50 μL追加]。
      3. ブロッキング溶液:1%FBS(vol/vol)および1%BSA(wt/vol)を含む1x PBS[例えば、10mLの1x PBSに100mgのBSAを溶解し、FBSの100 μLを加える]。
      4. 洗浄液:0.05%Tween 20(vol/vol)を含む1x PBS[例えば、1x PBSの20〜50mLの25 μLを加える]。
   2. 培養液をSIDから取り出し、温かい1倍PBSで1回洗います。
   3. SIDあたり2mLの固定および透過性溶液を加え、室温で5分間インキュベートします。
   4. 固定および透過性溶液を取り除き、1SID当たり2mLの固定溶液を加え、室温で20分間インキュベートします。
   5. 洗浄液で3回洗浄します。
   6. SIDあたり2mLのブロッキング溶液を加え、軽い振盪で4°Cで24時間インキュベートします。
      注:このステップでは、サンプルは週末に4°Cでインキュベートすることができます。ブロッキング時間が長いほど、免疫蛍光標識手順に支障をきたす可能性があることにご注意ください。
   7. ブロッキング溶液中の希薄な一次抗体。
   8. 48ウェルプレートに150μLのブロッキング溶液を一次抗体/ウェルで加えます。
   9. 細かいピンセットを使用して、スフェロイドを含むコラーゲンIのプラグを慎重に取り外し、井戸に移します。複数の回転楕円体にラベルが付いている場合に繰り返します。異なる抗体を使用する場合は、ピンセットに残っている液体を拭き取り、汚染を防ぎます。
   10. 穏やかな揺れで4°Cで一晩インキュベート。
   11. 300 μL の洗浄液を空のウェルとフルウェルに追加します。
   12. スフェロイドを含むコラーゲンIのプラグを「洗浄」によく入れて慎重に移します。
   13. 洗浄液を2時間、室温で、軽い揺れで3回洗浄します。
       注:溶液を吸引する代わりに、スフェロイドを含むコラーゲンIのプラグを移すので、サンプルの損失とサンプルの損傷を減らすのに役立ちます。
   14. 希薄二次抗体、4'、6-ジミジノ-2-フェニリンドール(DAPI)および/またはファロイジンをブロッキング溶液に含む。
   15. 2次抗体、DAPIおよび/またはファロイジンを用いたブロッキング溶液を150 μL加えます。
   16. ピンセットを使用して、慎重にウェルにスフェロイドを含むコラーゲンプラグを転送します。複数の回転楕円体にラベルが付いている場合に繰り返します。
   17. 穏やかな揺れで室温で1時間インキュベートする。
   18. ステップ 3.2.11 および 3.2.12 を繰り返します。
   19. 洗浄液で3回洗浄し、室温で軽い揺れで洗浄します。
   20. カミソリの刃を使用して、3ホールのPDMSインサートを3つの部分に切り、各部品に穴が開きます。
   21. 2枚のPDMSを顕微鏡スライドに置きます。
   22. P200先端を使用して、端部を切り取って、取り付けソリューションを一滴追加します。バブル形成を防ぐ。
   23. 各穴に慎重にコラーゲンIプラグを移します。
       注:スフェロイドがコラーゲンプラグの上部に配置されている場合は、スフェロイドがガラスカバースリップに近づくようにコラーゲンプラグを反転します。
   24. カバースリップを上に置き、テープを使用してシールします。
   25. 試料を室温で10分間乾燥させ、光から保護します。
   26. 光からイメージングまで保護された4°Cでサンプルを保存します。

4. 時間の経過に関するがんの侵入を分析する画像処理

注: このマクロに必要なフォーマットは、.tiffファイルとして保存された単一チャネルの X、Y、t イメージです。

1. 複数の Z スライス (x、y、z、t イメージ) が取得された場合は、フィジーでイメージを開き、[イメージ | スタック |Zプロジェクト。[最大強度]オプションを使用することをお勧めします。または、1 つの z スライスを使用してマクロを実行することもできます。イメージを.tiffファイルとして保存します。
2. デスクトップに別の「処理中」フォルダを作成します。
3. ファイル|の選択|として保存イメージ シーケンス。TIFF 形式を使用して、フレーム数に応じて数字を更新し、スライス ラベルをファイル名として使用するチェックボックスをオンにして、[OK]を選択します。手順 2 で作成した「処理」フォルダを選択します。
4. 「処理中」フォルダから1つの画像を開きます。これは、単一のタイムポイントに対応する x、y イメージである必要があります。
5. イメージ|の選択|を調整する自動しきい値:ドロップダウンメニューで[すべて試す]メソッドを選択し、黒い背景の白いオブジェクトのチェックボックスをオンにします。
6. 各自動しきい値法の結果を示すモンタージュ画像が表示されます。
7. 最適な自動しきい値方法 (RenyIEntropyなど) を特定します。
8. 自動しきい値の選択を確認するには、「処理」フォルダから他の画像を開き、画像|を使用して選択したしきい値方法をテストします 。|を調整する自動しきい値。
9. すべての画像を閉じます。
10. SpheroidAreaTime マクロ (補足ファイル 2)をダウンロードします。
11. フィジーのマクロをドラッグ アンド ドロップで開きます。
12. 58 行目で、必要に応じて自動しきい値方式を更新します。
13. 62行目で、セルの寸法に従ってサイズ範囲を更新します。
14. [ ファイルを実行 ] を選択します。
15. [処理] フォルダを選択し、[親] フォルダとして [処理] に入力し 、[OK]をクリックします。
16. 実行が終了したら、テーブル「概要」を保存します。最初の列はイメージの名前を示します。3 番目の列は、回転楕円体領域を示します。6 列目、7 列目、8 列目は、回転楕円体に取り付けられた楕円のパラメータを指定します。
17. 「処理中」フォルダには、_SpheroidArea 各時間の処理済みイメージが含まれるようになりました。
    注: 回転楕円体の中心が薄暗い場合は、すべてのタイムポイントの選択ツールを使用して白で塗りつぶし、手順 3 に進みます。同様に、回転楕円体の周りのスペースは、画像を「きれいに」するために黒で塗りつぶすことができます。画像がクリーンな場合は、61行目にコメントを付けて実行速度を上げます。

結果

PDMSは生体適合性により、微細パターン化やマイクロ流体デバイスに革命を起こした閉じ込め井戸、スタンプ、金型の微細加工に広く使用されています。ここで説明する方法では、スフェロイド埋め込みおよびイメージング手順を最適化する、カスタマイズ可能なウェルであるSIDを作成するために使用されます。図 1は、SID の製造に使用される主要なコンポーネントを示...

ディスカッション

3Dプリントされたスペーサーは、実験アプリケーションの要求に応じて、PDMSの様々な形状を簡単に作成するために使用できるPDMSの1mm厚いシートを作成するように設計されました。その製作のシンプルさと設計を変更する自由のために、PDMS鋳造のこの方法はSIDの初期設計のために選ばれました。大量のSIDが必要な場合、3つの等間隔の穴を持つPDMSディスクをすでに含む3Dプリント金型を作成し?...

資料

Name	Company	Catalog Number	Comments
1 N NaOH	Honeywell Fluka	60-014-44
10X Dulbecco’s phosphate-buffered saline (PBS)	Gibco	SH30028.LS
16% paraformaldehyde (PFA)	Alfa Aesar	43368-9M
1X Dulbecco’s phosphate-buffered saline (PBS)	Gibco	20012027
4’,6-diamidino-2-phenylindole (DAPI)	Invitrogen	D1306
48-well plate	Falcon	T1048
Alexa Fluor 647 phalloidin	Life Technologies	A20006
Anti cortactin antibody	Abcam	ab33333	1 to 200 dilution
Anti E-cadherin antibody	Invitrogen	13-1900	1 to 100 dilution
Bovine atelocollagen I solution (Nutragen)	Advanced Biomatrix	501050ML
Bovine serum albumin (BSA)	Sigma Aldrich	A4503-50G
CellTracker Red CMTPX Dye	Invitrogen	C34552
Conical tubes	Falcon	352095
Coverslips	FisherBrand	12-548-5E
Disposable container	Staples		Plastic cups
Disposable transfer pipette	Thermo Scientific	202
DMEM	Fisher Scientific	11965118
Double-faced tape	Scotch
Ethanol	Sigma Aldrich	E7023-500ML
Fetal bovine serum (FBS)	Bio-Techne	S11550
Fluoromount-G	eBioscience	00-4958-02
Glutaraldehyde	Sigma Aldrich	G5882-100mL
Hoescht nuclear stain	Thermo Fischer	62249
Isopropanol	Thermo Fischer	S25371A
MatTek dish (glass bottom dish)	MatTek Corporation	P35G-1.5-14-C
Methyl cellulose	Sigma Aldrich	M6385-100G
MilliQ water
Penicilin/streptomycin solution	Thermo Fischer	15140122
Petri dish	Corning	353003
Pipet tips	Fisherbrand	02-707
Pipets	Gilson	F167300
Poly-L-Lysine	Sigma	P8920
Primary antibodies, user specific
Rat Tail Collagen I	Corning	47747-218
Razor Blade	Personna	74-0001
Secondary antibodies, user specific
Slides	Globe Scientific	1354W-72
Sylgard 184 Silicone	Dow Corning	4019862
Tape	Scotch
Triton X100	Sigma Aldrich	10789704001
Tween 20	Sigma Aldrich	655204-100ML