まず、ターミナルにコマンドを入力して、CLOCCSアライメントリポジトリをダウンロードします。conda.rec を使用してコンマ環境を作成します。yml ファイルを使用して、CLOCCS アライメントリポジトリが複製されたフォルダー内のターミナルにコマンドを入力します。
cloccs_v2023をダブルクリックします。jar ファイルを CLOCCS 配置リポジトリの CLOCCS フォルダーに配置し、グラフィカル ユーザー インターフェイスが開くのを待ちます。この画面では、CLOCCS実行の入力オプションが表示され、実行されると結果が表示されます。
[温度]というテキストボックスを使用して温度を摂氏で指定して実験条件を入力し、ドロップダウンメニューSynchro.methodを使用して同期方法を指定します。出芽データの設定を入力するには、モデルタイプのドロップダウンメニューから出芽酵母の芽オプションを選択します。[ファイルの選択] ボタンを使用してファイルをアップロードするか、[データのインポート] パネルのテキスト入力ボックスにファイルをアップロードして、データをインポートします。
最初の列は時点を指定し、他の 2 つの列は出芽データを指定します。フローサイトメトリーデータの設定を入力するには、[モデルタイプ]ドロップダウンメニューから[フロー]セクションを選択します。[データのインポート] パネルを使用してデータをインポートし、[ファイルの選択] をクリックします。
次に、フローサイトメトリーCLOCCS適合をプロットする時間ボックス内の時間ポイントを選択します。すべての入力が出芽またはフローサイトメトリー用に選択されたら、適用ボタンをクリックしてから、画面上部のサンプルボタンをクリックします。出芽曲線またはフローサイトメトリープロットを予測適合値タブで表示します。
事後パラメータタブを選択して、フィットからCLOCCSパラメータを取得します。結果のテーブルには、パラメーターで構成される各行があり、最後の行が後方行になります。列は、平均の予測パラメータ、2.5%下側信頼区間、97.5%上側信頼区間、および許容率で構成されます。
CLOCCSの出芽曲線は、対応する適合曲線に小さな95%信頼帯を重ね合わせたデータポイントによって示されるように、適切に適合されました。フローサイトメトリーの細胞周期フェーズデータを使用して、CLOCCSは選択した各時点に適合するCLOCCSを生成します。
