Comparing Budding Curves, Flow Cytometry Data, and Experimental Data

新しいセルにコマンドを入力して、Python ユーティリティ関数を使用して整列する前に出芽曲線をプロットします。次に、アライメント後の出芽曲線をプロットします。Python ユーティリティ関数を使用する。

Python ユーティリティ バイアルで提供されているプロット折れ線グラフ比較を使用して、元のデータ フレーム、整列されたデータ フレーム、または整列および補間されたデータ フレームに対して折れ線グラフの比較を実行します。コマンドを新しいセルに入力して、新しいセルのコマンドを使用して、CSVまたはTSV遺伝子リストファイルをノートブックにインポートします。次に、Python ユーティリティ ファイルで提供されている関数プロット ヒート マップ比較を使用して、新しいセルにコマンドを入力して、整列補間および位相整列されたデータ フレームでヒート マップ比較を実行します。

整列したトランスクリプトマティックデータと整列していないトランスクリプトマティックデータを比較すると、整列前のマイクロアレイ実験の最初のピーク発現は、RNA-seq実験の第2のピークと一致しているように見えました。ただし、アラインメント後、各データセットの最初の細胞周期ピークは適切にアラインメントされます。周期の異なる実験間での細胞周期相データの比較は、整列していない出芽曲線に目に見える周期の違いを示した。

時計のアライメントにより、3つの曲線は非常に類似しており、実験データの比較が可能になりましたが、比較可能なライフラインポイントごとの細胞周期フェーズデータは、2つの条件間で同一ではありませんでした。さまざまな期間の実験間でトランスクリプトミクスデータを比較すると、アライメント前のCDC20の転写産物のダイナミクスは重複していないことが示されました。しかし、整列後、ピークは同じ細胞周期期に発生しましたが、曲線の形状は異なっていました。

遺伝子を、非整列および整列の両方について、3つの条件すべてについて同じ順序でヒートマップとしてプロットした。