細胞接着に対する自己組織化ペプチドの影響を評価するためのペプチドハイドロゲル中の免疫染色された結腸直腸癌由来オルガノイドのイメージング

まず、染色したSW1222由来オルガノイドサンプルを落射蛍光顕微鏡で10倍でイメージングします。Rhod チャネルと DAPI チャネルのみを使用します。ImageJソフトウェアを起動し、プラグインをクリックしてからマクロをクリックします。

次に、ImageJ ROI コンバーターを実行するために実行します。py ファイルを Cell Pose GitHub サイトからダウンロードできます。ウィンドウが表示されたら、コロンオルガノイドフォルダから最初のファイルを選択し、[開く]をクリックします。

次に、セグメンテーションを選択します。npy ファイルを開き、[開く] をクリックします。次に、ROIマネージャーウィンドウでselect allを押し、measureを押します。

次に、[ファイル]をクリックし、次に結果ウィンドウで[名前を付けて保存]をクリックして結果を保存します。コロンオルガノイド内腔のフォルダ内の同じ画像に対して画像変換を繰り返します。次に、Origin Proソフトウェアをロードし、データをクリックしてから、ファイルのインポートをクリックしてインポートウィザードを見つけます。

同じ画像のオルガノイドとルーメン形状のプロパティに対応する両方のCSVファイルを選択します。ルーメン形状のプロパティをコロニー結果列にコピーして、各ルーメン測定値を対応するコロニーとペアにします。新しい列で、ルーメンとコロニーの領域を分割して、対応するコロニーの相対的なルーメン領域を求めます。

各コロニーの真円度とルーメン面積に対応するカラムを選択します。次に、プロット、基本 2D、および散布図を順番にクリックします。プロットウィンドウを右クリックし、プロットの詳細を選択します。

centroid proタブをクリックし、サブセットの重心点の表示、データポイントへの接続、および楕円の表示を読み取るオプションを選択します。2Dで培養した細胞は、コロニーの真円度に非常に高いばらつきが見られました。マトリゲルで培養した細胞は、内腔の相対的なサイズに対してより広範な分布を示していました。