R01HL106790、R01HL106790-S1、R01HL106786、R01AI089323、R21AI091457、R21RR026006、P20RR020159、C06RR017563、8T32OD011124-08、およびP51OD011104：著者らは、この研究のサポートについては、次のNIH賞/ subawardsを承認したいと思います。

2IDイメージングソフトウェアを使用した1。校正Mesodissectionインストゥルメント 2IDイメージングソフトウェアは、この記事の残りの部分のためのソフトウェアまたはプログラムのどちらかと呼ぶことにする。このステップは、画像を正しく追跡するだけでなく、複数のスライドフレームを整列するために必要とされる。 <ol><li>測定器とコンピュータの電源を入れます。 </li><li>オープンなソフトウェアと「校正器」を選択します。 </li><li>ジョイスティックを使用して、ステージの移動を校正します。左上の位置にステージを移動します。プログラムのステップ1の下を押して「S​​ET」。 </li><li>右の位置を下げるために、ステージを移動します。プログラムのステップ2の下を押して「S​​ET」。 </li><li>第1ヘッドアセンブリを上げるために「Zボタン」を押すことにより吸引を校正します。ジョイスティックを押して「吸引パルス」ボタンと「解剖」ボタンを押すと、プランジャー、制御棒までトップの位置に到達する。プログラムのステップ3の下を押して「S​​ET」。 </li><li>を押して「吸引リセット＆＃8221;ボタンを押します。プランジ​​ャーは、ステップ4の一番下の位置を押して「S​​ET」で停止したら。 </li><li> 「スケールタブ」をクリックします。 </li><li>空白の側でキャリブレーション定規を置きます。 </li><li>必要に応じて、顕微鏡の焦点を合わせる。 </li><li>マウスを使用して2のスケールバーの間に線を描画します。 </li><li>ステップ2。を押して「計算」ボタンラベルのボックスに距離を入力します。 </li><li> 「十字線」タブをクリックします。 1にモータ速度をオンにします。 </li><li>ヘッドアセンブリにxScisorを挿入します。 「z軸」ボタンを押すことにより、z軸準備位置に下部ヘッドアセンブリ。注：ヘッドアセンブリは、トップ解剖機器に大きな構造体である。 xScisorは、この記事の残りの部分のための消耗品旋削ビットと呼ぶことにする。 </li><li>ジョイスティックのボタンを「解剖がかみ合う」をクリックしてください。注：このボタンは、ジョイスティックの上に位置しています。 </li><li>視覚的に回転の中心を定義します。これを行うには、定義を用いて、回転の中心に十字の中心を移動するプログラムのステップ1においてdパラメータ。十字線を整列させるためにピクセルを調整するために、「X」と「Y軸」のバーで上下の矢印を使用してください。 「完了」タブをクリックします。 </li><li> 「ホーム」アイコンをクリックしてください。注：これは、右上隅に位置して家の画像で表されます。 </li></ol> 2。参照イメージを作成<ol><li>ステージ上でのH＆Eスライドを置きます。スライドの上に不透明のカバーを置きます。 H＆Eスライドの所望の領域にジョイスティックを移動することで、機器を駆動します。生成された画像を保存します。注：「捕獲リファレンス」タブまたは「解剖」タブのいずれかが、この手順を完了するために使用することができます。 </li></ol> 3。解剖のための組織の位置を合わせます<ol><li>ホーム画面の「組織を切開」オプションをクリックします。 </li><li> 「演算子」「解剖受託番号」「参照アクセッション番号」「xScisorのバーコード番号、「＆＃必要事項を記入8220;解剖流体ロット番号」「xScisorサイズ」と「設定」タブ内の「説明」。 </li><li> 「組織の検索」タブをクリックします。 </li><li>インポートは、以前に参照画像を保存した。 </li><li>ステージ上で5ミクロンの厚さの無染色のFFPEスライドを置きます。基準画像に描かれたものと同じエリアにステージを移動します。 「イメージの挿入」タブをクリックします。 </li><li> 「ALIGN」タブをクリックします。染色されていない画像を参照画像を位置合わせするために、マウスと関連する矢印を使用してください。 </li></ol> 4スライドに注釈を付ける<ol><li> 「注釈」タブをクリックします。 </li><li>顕微解剖され、スライドの所望の領域の周りに円を描くようにマウスを使用しています。 </li></ol> 5。消耗旋削ビットのロード<ol><li>流体の動きで上下に数回、プランジャーを引いて、ここでは必要なバッファー、PKDバッファーで消耗旋削ビットを埋める。空気を除外するようにしてください泡。 </li><li> 「Z軸ボタン」を押すことにより、Z軸を上げます。 </li><li>マシンに消耗旋削ビットをロードします。機械の上部に消耗旋削ビットをスライドさせて、これを行うことにより、消耗品の旋削ビット上の黒線で最大の機器のラインに白いライン。プランジ​​ャが正しい位置に下げることができるように押して、「吸引リセット」ボタンを押します。注：消耗旋削ビットをスライドさせて簡単にする必要があります。そうでない場合は、ノッチが正しく整列していることを確認してください。 </li><li>再度「Z軸」ボタンを押すことによりZ軸低級。 </li></ol> 6。組織を切開します（ 図4） <ol><li> 「解剖」タブを開きます。 </li><li> 1モータ及び吸引速度をオンにします。 </li><li> 「ショーの追跡」チェックボックスをオンにします。注：これは、ユーザが切開プロセス中に解剖領域を可視化することを可能にする。 </li><li>解剖する準備ができたら、ボタンを「従事」だけでなく、「吸引＆＃保持し続け8221;ボタン組織を切開するために反時計方向にジョイスティックを移動しながら。 </li><li>吸引は、「フル」タブが赤くなるまで反時計方向に解剖し続ける。 </li></ol> 7。消耗旋削ビットを空にして削除<ol><li>消耗旋削ビットの先端の下に0.5μlのマイクロチューブを配置します。 </li><li>を押して「吸引」制御棒はすぐにマイクロチューブにサンプルを取り出します。 </li><li>使用済み消耗品の旋削ビットを排出するために増加の力で押します。 </li><li>バックプランジャーを引いて組織片を洗浄します。消耗ミルビットに残りのサンプルを表現するために前方にプランジャーを押してください。組織片は現在、マイクロチューブの中に含まれます。 </li></ol> 8。プロテイナーゼK消化を溶解サンプルは、熱処理が続く<ol><li>組織サンプルを回復するためにプロテイナーゼK5μgのを含む70μlのTE pHが8.5を追加します。 </li><li>プログラム可能なヒーター·シェーカーにサンプルを置き、。 </li><li>以下の設定でプログラム可能なヒーター、振とう機を用いて完全消化：1,500 rpmで30分間60˚C; 1,500 rpmで15分間、82˚C; 450 rpmで1分間25˚C。サンプルは現在、ダウンストリームアプリケーションのための準備ができています。 </li></ol>

<ol>
	<li>Fend, F., Raffeld, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser+capture+microdissection+in+pathology.">Laser capture microdissection in pathology.</a> J Clin Pathol. 53 (9), 666-672 (2000).</li><li>Esposito, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Complementary+techniques:+laser+capture+microdissection--increasing+specificity+of+gene+expression+profiling+of+cancer+specimens.">Complementary techniques: laser capture microdissection--increasing specificity of gene expression profiling of cancer specimens.</a> Adv Exp Med Biol. 593, 54-65 (2007).</li><li>Adey, N., Bosh, D., Emery, D., Birch, L., Parry, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mesodissection+of+Paraffin+Embedded+Slide+Mounted+Tissue+Sections.">Mesodissection of Paraffin Embedded Slide Mounted Tissue Sections.</a> Journal of Molecular Diagnostics. 14 (6), (2012).</li><li>Fleischmann, R. 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J., Doyle, L. A., Blanchard, J. L., Lackner, A. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Granuloma+correlates+of+protection+against+tuberculosis+and+mechanisms+of+immune+modulation+by+Mycobacterium+tuberculosis.">Granuloma correlates of protection against tuberculosis and mechanisms of immune modulation by Mycobacterium tuberculosis.</a> J Infect Dis. 207 (7), 1115-1127 (2013).</li><li>Kaushal, D., Schroeder, B. G., Tyagi, S., Yoshimatsu, T., Scott, C., Ko, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reduced+immunopathology+and+mortality+despite+tissue+persistence+in+a+Mycobacterium+tuberculosis+mutant+lacking+alternative+sigma+factor,+SigH.">Reduced immunopathology and mortality despite tissue persistence in a Mycobacterium tuberculosis mutant lacking alternative sigma factor, SigH.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. (12), 8330-8335 (2002).</li><li>Mehra, S., Kaushal, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+genomics+reveals+extended+roles+of+the+Mycobacterium+tuberculosis+stress+response+factor+sigmaH.">Functional genomics reveals extended roles of the Mycobacterium tuberculosis stress response factor sigmaH.</a> J Bacteriol. 191 (12), 3965-3980 (2009).</li><li>Rohde, K. H., Veiga, D. F., Caldwell, S., Balazsi, G., Russell, D. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Linking+the+transcriptional+profiles+and+the+physiological+states+of+Mycobacterium+tuberculosis+during+an+extended+intracellular+infection.">Linking the transcriptional profiles and the physiological states of Mycobacterium tuberculosis during an extended intracellular infection.</a> PLoS Pathog. 8 (6), (2012).</li><li>Fontan, P. A., Voskuil, M. I., Gomez, M., Tan, D., Pardini, M., Manganelli, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Mycobacterium+tuberculosis+sigma+factor+sigmaB+is+required+for+full+response+to+cell+envelope+stress+and+hypoxia+in+vitro,+but+it+is+dispensable+for+in+vivo+growth.">The Mycobacterium tuberculosis sigma factor sigmaB is required for full response to cell envelope stress and hypoxia in vitro, but it is dispensable for in vivo growth.</a> J Bacteriol. 191 (18), 5628-5633 (2009).</li><li>Rustad, T. R., Harrell, M. I., Liao, R., Sherman, D. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+enduring+hypoxic+response+of+Mycobacterium+tuberculosis.">The enduring hypoxic response of Mycobacterium tuberculosis.</a> PLoS One. 3 (1), (2008).</li></ol>

著者らは、競合する経済的利益がないことを開示している。

Mesodissectionは、病原体の広大な配列に起因する病理学的病変スライドからRNA抽出にも適用することができる技術である。これは、ユーザが画像を追跡し、画像を正しく整列させる必要があることである。これを達成するために、測定器はイメージングソフトウェアの指示に従って校正する必要があります。解剖すると解剖されている関心のスライドと面積が整列していない場合、ユーザは、?...

The corresponding author was changed for the article, <a href="http://www.jove.com/video/51693">A Novel Microdissection Approach to Recovering Mycobacterium tuberculosis Specific Transcripts from Formalin Fixed Paraffin Embedded Lung Granulomas</a>. The corresponding author was changed from:
Teresa A. Hudock
to:
Deepak Kaushal

The corresponding author was changed for the article, <a href="http://www.jove.com/video/51693">A Novel Microdissection Approach to Recovering Mycobacterium tuberculosis Specific Transcripts from Formalin Fixed Paraffin Embedded Lung Granulomas</a>.

Erratum: A Novel Microdissection Approach to Recovering Mycobacterium tuberculosis Specific Transcripts from Formalin Fixed Paraffin Embedded Lung Granulomas

サンプルは、伝統的に手動で針とメスを用いて、全組織またはスライドのいずれかから顕微解剖されています。これは、対象の組織切片と周囲の組織切片2との間に明確な分離を必要とする。分子プロファイリング技術の現在の進歩により、細胞レベルで組織を評価する必要性が高まってきた。により手動マイクロダイセクションの制限のため、LCMを含む技術が高いアイソレーションの精度を可能にするために設立された。この技術は、研究者は、そのような遺伝子発現プロファイリングのような下流アッセイのために使用することができる様々な細胞及びスライド型から特定の細胞集団を単離することができる。ダウンストリームアッセイのために非常に効果的ではあるが、LCMには限界がないわけではない。まず、LCMは、高価で時間のかかるプロセスである。さらに、RNA起因の不安定な性質のために、それは多くの場合、LCM試料2から高品質のRNAを得るために挑戦している。ディによるLCMのsadvantagesは、マイクロダイセクション技術の新たな進歩はまだ手頃な価格と時間に敏感な方法で、研究者がより多くのことをよりアクセシブルにするために必要です。 利用できるようになりまし顕微解剖技術の一つは、このような進歩は、mesodissectionとして知られている技術である。この技術では、機械は工場に関心のある注釈付き組織切片を使用し、消耗品の旋削ビット3にそれを吸引する。次に、このサンプルは、収集チューブ内に吸引し、下流の用途に使用することができる。このシステムの利点は、それが大幅に少ない費用と時間が敏感であることである。我々の経験では、システムは10分で肺肉芽腫組織切片の解剖を可能にします。一方、伝統的なLCM可能性が高いプロセスを完了するために時間が必要となる。このシステムは、オペレータが比較だけでなく、注釈のためのツールと​​して使用するために、参照スライドをロードすることができます。さらに報告書はアウトライン番目に生成されます解剖したスライドのEエリア。 mesodissectionするには2つの主な欠点があります。複数のセルを抽出するのに有効であるが、単一細胞を単離するために挑戦している。また、生成された画像の精度は他のイメージング顕微鏡を使用している場合ほど明確ではありません。 結核（TB）は、世界中の人間性とマウンテンバイクでの感染からの結果の主要な感染症キラーです。 マウンテンバイクのエーロゾルに暴露された個人の大半では、感染は潜伏限られている。毎年少なくとも10万人では、活動性結核4になる。潜伏感染時に、 マウンテンバイクは、肉芽腫として知られている病的な肺病変の中に含まれている。そのためには、 マウンテンバイクの感染の結果は肉芽腫5のレベルで決定されていると主張してきた。 ここでは、mesodissectionはマウンテンバイクに起因する肉芽腫を顕微解剖するために使用することができる方法を示します。スライドを使用感染したアカゲザルからのFFPE肺組織からのものである。このデモの目的のために、我々は、その全体が肉芽腫を分析します。我々はまた、RNAを回収した組織から抽出することができることを実証している。この技術は、様々な他の標本から組織サンプルに適用し、次いで、下流の種々のアッセイのために使用することができる。

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="675">
	<tbody>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:260px;">MeSectr</td>
			<td style="width:113px;">AvanSci Bio</td>
			<td style="width:108px;"></td>
			<td style="width:195px;">Mesodissector</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">400 nm xScisors</td>
			<td>AvanSci Bio</td>
			<td></td>
			<td>Other sizes available</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">THOR</td>
			<td>AvanSci Bio</td>
			<td></td>
			<td>Programmable Heater-Shaker</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">NanoDrop2000</td>
			<td>ThermoScientific</td>
			<td>ND-2000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">RNeasy FFPE extraction kit&#160;</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td align="right" style="width:108px;">73504</td>
			<td style="width:195px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Ovation RNA-Seq FFPE System&#160;</td>
			<td>Nugen</td>
			<td align="right">7150</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">QIAquick PCR Purification Kit&#160;</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td align="right" style="width:108px;">28104</td>
			<td style="width:195px;"></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a novel microdissection approach to recovering mycobacterium tuberculosis specific transcripts from formalin fixed paraffin embedded lung granulomas

顕微解剖は、10年以上にわたってDNA、RNA、およびタンパク質レベルでの組織の検査のために使用されている。レーザーキャプチャー顕微鏡（LCM）は本日、使用される最も一般的なマイクロダイセクション法である。この技術では、レーザーは、局所的に脱水された組織部1の上に重なる熱可塑性膜を溶融するために使用される。組織切片複合体は、その後持ち上げられ、膜から分離される。この技術は、組織検査のために首尾よく使用することができるが、それは時間がかかり、高価である。さらに、この技術を用いる手順が正常に完了し、したがって、その使用を制限する、レーザの使用を必要とする。 mesodissectionと呼ばれる新しい、より手頃な価格で実用的な顕微解剖法は、LCMの落とし穴に可能な解決策である。この技術は、ミルに取り付けられたスライド組織試料から所望の組織をMESO-1/MeSectr方式を採用し、同時に中に所望の組織試料を回収するための流体を分配し、吸引しながら消耗旋削ビット。解剖プロセスが始まる前に、ユーザは（FFPE）ホルマリン固定パラフィン包埋染色、ヘマトキシリン​​およびエオシン（H＆E）参照スライド摺動整列する。その後、オペレータは、所望の解剖領域に注釈し、適切なセグメントを解剖に進む。プログラムは、解剖のアーカイブされた画像を生成する。 mesodissectionの主な利点は、この実験で世代をサンプリングするように設定から10分の平均を取って、スライドを分析するのに必要な短い期間です。さらに、システムを大幅に、より効果的なコストで使いやすいです。わずかな欠点は、レーザーキャプチャー顕微鏡法ほど正確ではないことである。この記事では、mesodissectionは、FFPEからのスライドからRNAを抽出するために使用する方法を示し結核菌（MTB）に起因する肉芽腫。

上記のプロトコルは、FFPE組織スライドからRNAを抽出するために、新しいmesodissection技術を使用する方法を示しています。このプロトコルの有効性は、様々な感染段階でマウンテンバイクに感染NHPからの肺肉芽腫のFFPEスライドを通して示されている。1〜3は 、機器のイメージである図 。 図4は、解剖のプロセスがどのように発生するか示しているし...

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A Novel Microdissection Approach to Recovering Mycobacterium tuberculosis Specific Transcripts from Formalin Fixed Paraffin Embedded Lung Granulomas

顕微解剖は、広範囲の組織内のDNA、RNA、およびタンパク質の試験のために使用されている。レーザーキャプチャー顕微鏡（LCM）は、最も一般的に使用される方法ですが、新しい製粉技術、mesodissectionは、最近になって提供されています。私たちは、 結核菌肉芽腫の組織スライドを組み込みmesodissectedホルマリン固定パラフィンからのRNA抽出を示しています。

回復への新規マイクロダイセクションアプローチ<em&gt;結核菌</em肺肉芽腫、ホルマリン固定パラフィン包埋から&gt;特異的転写

Microdissection has been used for the examination of tissues at DNA, RNA, and protein levels for over a decade. Laser capture microscopy (LCM) is the most ...

a-novel-microdissection-approach-to-recovering-mycobacterium

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

A Novel Microdissection Approach to Recovering Mycobacterium tuberculosis Specific Transcripts from Formalin Fixed Paraffin Embedded Lung Granulomas

7.9K ビュー.  Tulane National Primate Research Center. 顕微解剖は、広範囲の組織内のDNA、RNA、およびタンパク質の試験のために使用されている。レーザーキャプチャー顕微鏡（LCM）は、最も一般的に使用される方法ですが、新しい製粉技術、mesodissectionは、最近になって提供されています。私たちは、 結核菌肉芽腫の組織スライドを組み込みmesodissectedホルマリン固定パラフィンからのRNA抽出を示して?...

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