Name: the visual colorimetric detection of multi-nucleotide polymorphisms on a pneumatic droplet manipulation platform
Uploaded: 2016-09-27T14:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 1 s
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Ministry of Science and Technology of Taiwan provided financial support of this research under contracts MOST-103-2221-E-002 -097 -MY3.

MNPを検出するために、1の方法注：このセクションでは、金ナノ粒子のハイブリダイゼーション媒介成長に基づいて、MNPを検出するための手順を説明します。 <ol><li>プローブDNA濃度100μMで（5&#39;-チオールGAGCTGGTGGCGTAGGCAAG-3 &#39;）溶液を調製します。 </li><li>プローブDNA修飾されたAuNP（AuNPプローブ）粒子を準備します。21 注：ここで使用されるボリュームは、プローブDNA修飾されたAuNP（AuNPプローブ）粒子の要件に依存します。多数の実験を実施する上で、したがって依存しています。私たちは通常、スペアとして過剰AuNPプローブ粒子を準備します。このような工程で使用されるボリュームは調整可能で柔軟性のあります。 <ol><li>濃度1 OD / mlの金ナノ粒子の溶液にプローブDNA（ステップ1.1で調製した100μMの、）（13ナノメートル、17 nM）を追加します。 </li><li>ドデシル硫酸ナトリウムの最終濃度をもたらす（NAC 12 H 25 SO 4、SDS）、およびリン酸緩衝液（PBS）、0.01％および0.01 M、respectivelY。 </li><li> SDSを維持しながら、20分後、0.01％の塩化ナトリウム（2 M）及びPBS（0.01 M）の溶液を0.05 Mに塩化ナトリウム（NaCl）の濃度をもたらし、20分間インキュベートします。 </li><li> 1 M 20を超える分間隔の最終濃度になるように0.1 Mの単位でNaCl濃度を増加させます。 </li><li> 23℃でボルテックスミキサーで振とうしながら一晩インキュベートします。揺れの速度であればDNAサンプルとAuNPプローブは、ハイブリダイズになるような実験には影響を与えません。 </li><li> 30秒間7000×gで金ナノ粒子を遠心分離し、上清を除去します。 </li></ol></li><li> 25 nMの（AuNPプローブ溶液）の濃度で脱イオン水（DI水）にAuNPプローブ粒子を加えます。 </li><li>ターゲットDNA試料の準備（： &#39;; 3塩基対ミスマッチ：5&#39;-CTTGCCTAC TTT ACCAGCTC-3&#39;; 5&#39;-CTTGCCTACGCCACCAGCTC-3完全に相補的な6塩基対ミスマッチを：5&#39;-CTTGCCT TTTTTT CCAGCTC-3 &#39;）の濃度でそれぞれ0.06、0.11、0.17、0.20、0.30、0.50μM、の。 </li><li> NaClでDNAサンプル（350μL）（14μM）にAuNPプローブ溶液（6μlを、25 nM）を追加します。 </li><li> DNAハイブリダイゼーションのために5分間23℃でボルテックスミキサーを用いてDNA試料およびAuNPプローブの混合物を振ります。 </li><li> AuNPの成長のために、溶液（DNAサンプルとAuNPプローブの混合物）にNH 2 OH（6μlを、400 mM）のとのHAuCl 4（6μL、25.4ミリモル）を追加します。 AuNPの成長が完了するのに約30秒かかります。着色の着実な変化が1時間以上を維持しています。 注意：のHAuCl 4との皮膚接触は深刻な毒性作用が生じる可能性があります。使用前に製品安全データシート（MSDS）を参照してください。手袋を着用し、のHAuCl 4を使用する場合にドラフトチャンバーを使用してください。 </li></ol>空気圧液滴操作プラットフォームの2製作注：P：PDMSベースの液滴操作プラットフォームは、二つの成分を含み、超疎水性表面と空気チャネル層（5 mm）の有するDMS膜（100ミクロン）。 MEMSプロセスなしに、一般的な機械加工プロセスは、製造のために、この微小流体コンポーネントの迅速なプロトタイピングのための金型、PDMS鋳造および複製を行うためのコンピュータ数値制御（CNC）マイクロマシニングを含むデバイス、およびレーザマイクロマシニングを作製するために利用されました超疎水性表面（ 図3参照）。 <ol><li>微細構造を有する（ 図3参照）、PMMAベースのマスター金型を製造するためにドリルビット（0.5ミリメートル）を装備したCNC工作機械を使用してください。ドリルビット7ミリメートル/秒の送り速度と回転26000回転の速度を使用してください。 PMMAのスクラップを削除するには、マスター金型の表面をきれいにするために送風機およびDI水を使用してください。 </li><li>比10にPDMSベースの混合物と硬化剤を準備する：1。 30分間、デシケータ内部、または全ての気泡が除去されるまで、混合物を脱気。 </li><li>目にPDMSを注ぎますEマスターモールドと空気室（PDMS膜）の逆ミクロ構造及び空気チャネル（PDMS層）を得たオーブン中で60℃で3時間、PDMSを焼きます。 </li><li> （手で）マスターモールドからPDMS層を取り外します。空気吸引インレット用のPDMS層の穴をパンチ。 </li><li>酸素 - プラズマ処理装置のチャンバー内にPDMS膜、PDMS層とガラス基板を置きます。酸素プラズマ処理した後、10分間ホットプレート（90℃）で一緒にPDMS膜、PDMS層とガラス基板を貼り。 </li><li>レーザー切断機（PDMS膜側を上）に、複合チップを入れてください。超疎水性領域（15ミリメートル×12ミリメートル）を定義するための.dwgファイルをインポートします。 図3を参照してください。直接PDMS膜（電力12 W、走査速度106.68ミリメートル/秒）の超疎水性の領域を作成するために、CO 2レーザマシンとPDMS膜を刻みます。 </li><li>洗浄するためにDI水で超疎水性表面を清掃してください表面上の離れた炭化残基。 </li><li>電磁弁を介して空気吸入口と真空ポンプを接続する（ 図4参照）。デジタルI / O USBモジュールとコンピュータと制御に電磁弁を接続します。 </li></ol>空気圧プラットフォーム上のMNPの検出のための3.操作注：このセクションでは、空気圧、液滴操作プラットフォーム上で比色し、急速にMNPを識別するための動作を説明する（ 図5を参照）。すべてのステップは、23℃（周囲温度）、相対湿度85％で起こります。 <ol><li>空気圧液滴操作プラットフォームの超疎水性領域にターゲットDNA試料液滴（10μL、0.5μM）を配置します。 </li><li>空気圧液滴操作プラットフォームの超疎水性領域にAuNPプローブ滴（10μL、25 nM）を配置します。 </li><li>電磁弁とSiとPDMS膜のたわみを生じさせる空気吸引を制御しますmpleプログラム（ 例えば、LabVIEWを）。液滴同士が衝突して合体するように、PDMS膜上（それぞれ標的DNAとAuNPプローブを含む）液滴の移動経路に沿って各空気室の空気の吸引を提供します。 -80キロパスカル（ゲージ圧）の真空ポンプの作動圧力を使用してください。 <ol><li>代わりに、手動限り、液滴が完全に混合されるように、エア吸引を制御します。手で、テストの初期段階で管を空気室の真空ポンプと入口を接続したり切断します。 </li></ol></li><li>電磁弁の制御システムを使用して、3分間混合効率を向上させるために前後合体小滴をロール空気吸引を制御します。標的DNAとAuNPプローブを十分に混合し、3分以内にハイブリダイズなります。それぞれ、駆動周波数と5 Hzから-80キロパスカル（ゲージ圧）の作動圧力を使用します。 </li><li> NH 2 OH（2μlを、400 mM）のとのHAuClを含む液滴を配置します空気圧液滴操作プラットフォームの超疎水性領域に4（2μL、25.4ミリモル）。 </li><li>液滴が互いに衝突し、合体させるために、エア吸引（-80キロパスカルゲージ圧）を制御します。順方向および逆方向合体小滴ロールを1分間混合効率を高めるためにできるように、空気吸引（5ヘルツと-80キロパスカルゲージ圧）を制御します。 </li><li>肉眼で合体した液滴の色を測定し、記録します。 </li></ol>

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The authors declare that they have no competing financial interests.

このプロトコルでは、MNPを検出するための単純な比色法は、マイクロ遠心管中で0.11から0.50μMの範囲の濃度で実施することができます。さらに、提案されたMNPの検出方法は、DNAのスクリーニングおよび他の生物医学的用途のための高い可能性を有する空気圧液滴操作プラットフォーム上で実施されます。実際には、サンプルのDNA濃度を検出可能な範囲は、オペレーティングプラットフォーム?...

DNA配列中の単一塩基対の差である一塩基多型（SNP）は、最も一般的な遺伝子変異の一つです。現在の研究では、SNPは、疾患のリスク、薬効及び遺伝子機能に影響を与えることにより、個人の副作用と関連していることを報告する。1,2最近の研究はまた、二または多点変異（多塩基多型）は、特定の疾患と個体を引き起こすことを明らかにしました病気の影響の違い。3,4塩基多型の検出は、疾患をプレスクリーニングで、したがって不可欠です。配列特異的オリゴヌクレオチドの迅速な検出のための簡単で効率的な方法が非常に過去20年間に開発された。DNAの突然変異を同定するために1,5の現在のアプローチは、典型的には6,7、 などのプローブ固定化、蛍光標識、ゲル電気泳動などの手順を含みますしかし、これらの方法は、一般的に長い分析プロセス、expenを必要としますSIVE機器、よく訓練された技術者、およびサンプルおよび試薬の大幅な消費。 体積に対する表面積の比率が大きいとユニークな物理化学的特性を持つナノ粒子は、特定のバイオマーカーのための高感度かつ安価な検出プラットフォームとして理想的な材料です。金ナノ粒子（AuNP）が広くオリゴヌクレオチドプローブを用いて変更されるので、それらの優れた能力のDNA検出のために使用される。8-10 SNP検出技法もAuNPを用いて開発された。11-13本研究において、我々は、検出するための新規な比色分析的アプローチを採用しましたAuNPプローブのDNAハイブリダイゼーションにより媒介される成長により多塩基多型（MNP）。14この単純かつ迅速なプロービング方法は、一本鎖DNA（ssDNA）または二本鎖DNA（dsDNA）の多様な長さとコンジュゲートという理論に基づいていますAuNP（ 図1参照 ）AuNPの成長の大きさと形状に影響を与える。15 DNAの検出のこの方法試薬の小さな消費、小さなアッセイ時間（数分）、および臨床診断と国内医療スクリーニングのための将来に向かって適用される熱制御することなく、簡単な手順を提供しています。 感度を向上させるために、DNAの検出限界および特異性を、それらのマイクロ流体システムは、16伝統的な実験プロトコルから進化した、大規模な設備の少ない部品を必要とし、実験プロトコルを単純化し、DNA配列を検出するためのいくつかのマイクロ流体システムが開発されていますバイオセンサー。マイクロ流体システム中のDNAの検出方法は、まだ異種のSNPを同定するための単一の読み出しのために、しかし、信号増幅及び蛍光リーダーのためのそのようなPCR（ポリメラーゼ連鎖反応）のようなその後の処理の機器機械を必要とする。17,18を単純な開発します直接多塩基多型の結果を読み出すために、後続の処理を行わずプラットフォーム非常に望ましいです。よく使用される、従来、マイクロ流体システムを閉じに比べ、オープン表面マイクロ流体デバイスは有望でサンプル、直接的な環境アクセシビリティと全く容易に形成されていないキャビテーションまたは界面障害物に簡単にアクセスすることができ、このような明確な光路などのいくつかの利点を提供しますチャンネル。19私たちの前の仕事は持っている、このプラットフォーム、液滴が同時に運ばれ、吸引力を用いた駆動エネルギーから干渉されることなく操作することができる上に、オープン表面の液滴操作（ 図2参照）。20のための簡単な空気圧のプラットフォームを導入しました生物学的および化学的用途で大きな可能性。この空気圧プラットフォームは、このようAuNPプローブのDNAハイブリダイゼーションにより媒介される増殖の概念を用いて比色分析的アプローチと組み合わせてMNP検出用DNA試料の操作を実行するために利用されました。 本論文でプロトコルが説明します開放表面上の空気圧液滴操作プラットフォーム上でのマルチ塩基多型の単純な視覚的検出。この作品は、多塩基多型は、肉眼で検出可能であることを確認します。提案された空気圧式プラットフォームは、生物学的および化学的用途に適しています。

<table><tbody><tr><td>PDMS</td><td>Dow Corning</td><td>SYLGARD 184</td><td></td></tr><tr><td>benchtop engravers</td><td>Roland DG</td><td>EGX-400</td><td></td></tr><tr><td>laser cutting machine</td><td>Universal Laser Systems, Inc.</td><td>VLS 3.50</td><td></td></tr><tr><td>Oxygen plasma treatment system</td><td>Femto Science Inc. Korea</td><td>CUTE-MPR</td><td></td></tr><tr><td>solenoid valve</td><td></td><td></td><td>home built</td></tr><tr><td>vacuum pump</td><td>ULVAC KIKO, Inc.</td><td>DA-30D</td><td></td></tr><tr><td>13-nm AuNP solution</td><td>TAN Bead Inc., Taiwan</td><td>NG-13</td><td></td></tr><tr><td>DNA (with 5&#039;-end labeled thiol)</td><td>MDBio, Inc., Taiwan</td><td></td><td></td></tr><tr><td>phosphate buffered saline (PBS)</td><td>UniRegion&amp;nbsp;Bio-Tech,. Taiwan</td><td>PBS001-1L</td><td></td></tr><tr><td>sodium dodecyl sulfate (SDS)</td><td>J. T. baker</td><td>4095-04</td><td></td></tr><tr><td>Hydroxylamine solution (NH&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;OH)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>467804</td><td></td></tr><tr><td>Chloroauric acid (HAuCl&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt;)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>G4022</td><td></td></tr><tr><td>sodium chloride (NaCl)</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>vortex mixer</td><td>Digisystem Laboratory Instruments Inc.</td><td>VM-2000</td><td></td></tr><tr><td>centrifuge</td><td>Hermle Labortechnik GmbH.</td><td>Z 216 MK</td><td></td></tr></tbody></table>

the visual colorimetric detection of multi-nucleotide polymorphisms on a pneumatic droplet manipulation platform

多塩基多型（MNP）を検出するための簡単かつ視覚的方法は、開放面に空気圧液滴操作プラットフォーム上で行いました。比色DNA検出へのこのアプローチは、金ナノ粒子プローブ（AuNPプローブ）のハイブリダイゼーションを媒介成長に基づいていました。 AuNPの成長の大きさおよび構成は、プローブとハイブリダイズしたDNAサンプルの数によって支配されます。ナノ粒子の特定のサイズ - 及び形状に依存する光学特性に基づいて、プローブへの試料DNA断片におけるミスマッチの数を判別することが可能です。試験は、それぞれの試薬およびDNAサンプルを含む液滴を介して行われ、柔軟なPDMSベースの超疎水性膜の制御された空気圧式吸引搬送空気圧プラットフォーム上で混合しました。液滴が無い側effを持つ生体適合性の高い提案されている空気圧プラットフォーム上でオープン表面上で同時にかつ正確に配信することができます液滴内部のDNAサンプルの電気ショック療法。 2つの推奨方法を組み合わせ、多塩基多型は、空気圧、液滴操作プラットフォーム上で視覚で検出することができます。追加の機器が必要とされません。最終的な結果にプラットフォーム上での液滴をインストールからの手順は、既存の方法よりもはるかに少ない、5分未満を取ります。また、この複合MNP検出アプローチは、マクロシステムのものよりも著しく小さい各操作にのみ10μlのサンプル容量を必要とします。

この研究では、3つのDNAサンプルは、AuNPプローブのDNAハイブリダイゼーションにより媒介される増殖を介して、検出の簡単かつ新規な方法を用いて試験しました。プローブDNAと3種類のDNAサンプルの配列は、具体的には、cDNAは議定書のステップ1に記載されている、TMDNA（3塩基対ミスマッチDNA）、およびSixMDNA（6塩基対ミスマッチDNA）を（完全に相補的DNAをプローブしま...

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The Visual Colorimetric Detection of Multi-nucleotide Polymorphisms on a Pneumatic Droplet Manipulation Platform

この作品は、空気圧、液滴操作プラットフォーム上で多塩基多型を検出するためのシンプルで視覚的な方法を提示します。提案手法では、多塩基多型の液滴操作および検出を含む全体の実験は、高度な機器の助けを借りずに、23℃付近で行うことができます。

空気圧液滴操作プラットフォームのマルチ塩基多型の視覚比色検出

A simple and visual method to detect multi-nucleotide polymorphism (MNP) was performed on a pneumatic droplet manipulation platform on an open surface. ...

the-visual-colorimetric-detection-multi-nucleotide-polymorphisms-on

Research

JoVE Journal

Genetics

7.6K ビュー.  National Taiwan University. この作品は、空気圧、液滴操作プラットフォーム上で多塩基多型を検出するためのシンプルで視覚的な方法を提示します。提案手法では、多塩基多型の液滴操作および検出を含む全体の実験は、高度な機器の助けを借りずに、23℃付近で行うことができます。 

ビデオ: The Visual Colorimetric Detection of Multi-nucleotide Polymorphisms on a Pneumatic Droplet Manipulation Platform

Fluorescence detection methods for microfluidic droplet platforms

The development of microfluidic platforms for performing chemistry and biology has in large part been driven by a range of potential benefits that accompany system miniaturisation. Advantages include the ability to efficiently process nano- to femoto- liter volumes of sample, facile integration of functional components, an intrinsic predisposition towards large-scale multiplexing, enhanced analytical throughput, improved control and reduced instrumental footprints.1
In recent years much interest has focussed on the development of droplet-based (or segmented flow) microfluidic systems and their potential as platforms in high-throughput experimentation.2-4 Here water-in-oil emulsions are made to spontaneously form in microfluidic channels as a result of capillary instabilities between the two immiscible phases. Importantly, microdroplets of precisely defined volumes and compositions can be generated at frequencies of several kHz. Furthermore, by encapsulating reagents of interest within isolated compartments separated by a continuous immiscible phase, both sample cross-talk and dispersion (diffusion- and Taylor-based) can be eliminated, which leads to minimal cross-contamination and the ability to time analytical processes with great accuracy. Additionally, since there is no contact between the contents of the droplets and the channel walls (which are wetted by the continuous phase) absorption and loss of reagents on the channel walls is prevented.
Once droplets of this kind have been generated and processed, it is necessary to extract the required analytical information. In this respect the detection method of choice should be rapid, provide high-sensitivity and low limits of detection, be applicable to a range of molecular species, be non-destructive and be able to be integrated with microfluidic devices in a facile manner. To address this need we have developed a suite of experimental tools and protocols that enable the extraction of large amounts of photophysical information from small-volume environments, and are applicable to the analysis of a wide range of physical, chemical and biological parameters. Herein two examples of these methods are presented and applied to the detection of single cells and the mapping of mixing processes inside picoliter-volume droplets. We report the entire experimental process including microfluidic chip fabrication, the optical setup and the process of droplet generation and detection.

Droplet-based microfluidic platforms are promising candidates for high throughput experimentation since they are able to generate picoliter, self-compartmentalized vessels inexpensively at kHz rates. Through integration with fast, sensitive and high resolution fluorescence spectroscopic methods, the large amounts of information generated within these systems can be efficiently extracted, harnessed and utilized.

マイクロ流体液滴のプラットフォームのための蛍光検出法

The development of microfluidic platforms for performing chemistry and biology has in large part been driven by a range of potential benefits that ...

生物工学

Single Droplet Digital Polymerase Chain Reaction for Comprehensive and Simultaneous Detection of Mutations in Hotspot Regions

Droplet digital polymerase chain reaction (ddPCR) is a highly sensitive quantitative polymerase chain reaction (PCR) method based on sample fractionation into thousands of nano-sized water-in-oil individual reactions. Recently, ddPCR has become one of the most accurate and sensitive tools for circulating tumor DNA (ctDNA) detection. One of the major limitations of the standard ddPCR technique is the restricted number of mutations that can be screened per reaction, as specific hydrolysis probes recognizing each possible allelic version are required. An alternative methodology, the drop-off ddPCR, increases throughput, since it requires only a single pair of probes to detect and quantify potentially all genetic alterations in the targeted region. Drop-off ddPCR displays comparable sensitivity to conventional ddPCR assays with the advantage of detecting a greater number of mutations in a single reaction. It is cost-effective, conserves precious sample material, and can also be used as a discovery tool when mutations are not known a priori.

Here, we present a protocol to accurately quantify multiple genetic alterations of a target region in a single reaction using drop-off ddPCR and a unique pair of hydrolysis probes.

ホット スポット領域の変異の包括的かつ同時検出のための単一液滴デジタル ポリメラーゼの連鎖反応

Droplet digital polymerase chain reaction (ddPCR) is a highly sensitive quantitative polymerase chain reaction (PCR) method based on sample fractionation ...

遺伝学

Digital-Droplet PCR to Detect Indels Mutations in Genetically Modified Anopheline Mosquito Populations

Recent advances in mosquito genomics and genetic engineering technologies have fostered a need for quick and efficient methods for detecting targeted DNA sequence variation on a large scale. Specifically, detecting insertions and deletions (indels) at gene-edited sites generated by CRISPR guide RNA (gRNA)/Cas9-mediated non-homologous end-joining (NHEJ) is important for assessing the fidelity of the mutagenesis and the frequency of unintended changes. We describe here a protocol for digital-droplet PCR (ddPCR) that is well-suited for high-throughput NHEJ analysis. While this method does not produce data that identifies individual sequence variation, it provides a quantitative estimate of the sequence variation within a population. Additionally, with appropriate resources, this protocol can be implemented in a field-site laboratory setting more easily than next-generation or Sanger sequencing. ddPCR also has a faster turn-around time for results than either of those methods, which allows a more quick and complete analysis of genetic variation in wild populations during field trials of genetically-engineered organisms.

This protocol provides the steps from DNA extraction to experimental set-up for digital droplet PCR (ddPCR), including analysis for the identification and quantification of non-homologous end-joining (NHEJ) events at target sites following gRNA-induced Cas9 cleavage and DNA repair. Other uses of this method include applications such as polymorphism detection and gene-editing variant verification.

遺伝子組み換えアノフェリン蚊集団におけるインデル変異を検出するデジタル液滴PCR

Recent advances in mosquito genomics and genetic engineering technologies have fostered a need for quick and efficient methods for detecting targeted DNA ...

Multicolor Fluorescence Detection for Droplet Microfluidics Using Optical Fibers

Fluorescence assays are the most common readouts used in droplet microfluidics due to their bright signals and fast time response. Applications such as multiplex assays, enzyme evolution, and molecular biology enhanced cell sorting require the detection of two or more colors of fluorescence. Standard multicolor detection systems that couple free space lasers to epifluorescence microscopes are bulky, expensive, and difficult to maintain. In this paper, we describe a scheme to perform multicolor detection by exciting discrete regions of a microfluidic channel with lasers coupled to optical fibers. Emitted light is collected by an optical fiber coupled to a single photodetector. Because the excitation occurs at different spatial locations, the identity of emitted light can be encoded as a temporal shift, eliminating the need for more complicated light filtering schemes. The system has been used to detect droplet populations containing four unique combinations of dyes and to detect sub-nanomolar concentrations of fluorescein.

Multicolor fluorescence detection in droplet microfluidics typically involves bulky and complex epifluorescence microscope-based detection systems. Here we describe a compact and modular multicolor detection scheme that utilizes an array of optical fibers to temporally encode multicolor data collected by a single photodetector.

光ファイバを用いて、液滴マイクロフルイディクスのための多色蛍光検出

Fluorescence assays are the most common readouts used in droplet microfluidics due to their bright signals and fast time response. Applications such as ...

Visual Detection of Multiple Nucleic Acids in a Capillary Array

Multi-target, short time, and resource-affordable methodologies for the detection of multiple nucleic acids in a single, easy to operate test are urgently needed in disease diagnosis, microbial monitoring, genetically modified organism (GMO) detection, and forensic analysis. We have previously described the platform called CALM (Capillary Array-based Loop-mediated isothermal amplification for Multiplex visual detection of nucleic acids). Herein, we describe improved fabrication and performance processes for this platform. Here, we apply a small, ready-to-use cassette assembled by capillary array for multiplex visual detection of nucleic acids. The capillary array is pre-treated into a hydrophobic and hydrophilic pattern before fixing loop-mediated isothermal amplification (LAMP) primer sets in capillaries. After assembly of the loading adaptor, LAMP reaction mixture is loaded and isolated into each capillary, due to capillary force by a single pipetting step. The LAMP reactions are performed in parallel in the capillaries. The results are visually read out by illumination with a hand-held UV flashlight. Using this platform, we demonstrate monitoring of 8 frequently appearing elements and genes in GMO samples with high specificity and sensitivity. In summary, the platform described herein is intended to facilitate the detection of multiple nucleic acids. We believe it will be widely applicable in fields where high-throughput nucleic acid analysis is required.

This protocol describes the fabrication of a small, ready-to-use cassette that can be applied for visual detection of multiple nucleic acids in a single, test that is easy to operate. In this approach, a capillary array was used for multiplex and highly efficient detection of GMO targets.

キャピラリー配列で複数の核酸の視覚的検出

Multi-target, short time, and resource-affordable methodologies for the detection of multiple nucleic acids in a single, easy to operate test are urgently ...

Methylation Specific Multiplex Droplet PCR using Polymer Droplet Generator Device for Hematological Diagnostics

A multiplexed droplet PCR (mdPCR) workflow and detailed protocol for determining epigenetic-based white blood cell (WBC) differential count is described, along with a thermoplastic elastomer (TPE) microfluidic droplet generation device. Epigenetic markers are used for WBC&#160;subtyping which is of important prognostic value in different diseases. This is achieved through the quantification of DNA methylation patterns of specific CG-rich regions in the genome (CpG loci). In this paper, bisulfite-treated DNA from peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) is encapsulated in droplets with mdPCR reagents including primers and hydrolysis fluorescent probes specific for CpG loci that correlate with WBC sub-populations. The multiplex approach allows for the interrogation of many CpG loci without the need for separate mdPCR reactions, enabling more accurate parametric determination of WBC sub-populations using epigenetic analysis of methylation sites. This precise quantification can be extended to different applications and highlights the benefits for clinical diagnosis and subsequent prognosis.

Epigenetic markers are used for white blood cell (WBC) subtyping through the quantification of DNA methylation patterns. This protocol presents a multiplex droplet polymerase chain reaction (mdPCR) method using a thermoplastic elastomer (TPE)-based microfluidic device for droplet generation allowing for precise and multiplex methylation-specific target quantification of WBC differential counts.

ポリマードロップレット生成装置によるメチル化特異的多重ドロップレットPCR

A multiplexed droplet PCR (mdPCR) workflow and detailed protocol for determining epigenetic-based white blood cell (WBC) differential count is described, ...

Simple Bulk Readout of Digital Nucleic Acid Quantification Assays

Digital assays are powerful methods that enable detection of rare cells and counting of individual nucleic acid molecules. However, digital assays are still not routinely applied, due to the cost and specific equipment associated with commercially available methods. Here we present a simplified method for readout of digital droplet assays using a conventional real-time PCR instrument to measure bulk fluorescence of droplet-based digital assays.
We characterize the performance of the bulk readout assay using synthetic droplet mixtures and a droplet digital multiple displacement amplification (MDA) assay. Quantitative MDA particularly benefits from a digital reaction format, but our new method&#160;applies to any digital assay. For established digital assay protocols such as digital PCR, this method serves to speed up and simplify assay readout.
Our bulk readout methodology brings the advantages of partitioned assays without the need for specialized readout instrumentation. The principal limitations of the bulk readout methodology are reduced dynamic range compared with droplet-counting platforms and the need for a standard sample, although the requirements for this standard are less demanding than for a conventional real-time experiment. Quantitative whole genome amplification (WGA) is used to test for contaminants in WGA reactions and is the most sensitive way to detect the presence of DNA fragments with unknown sequences, giving the method great promise in diverse application areas including pharmaceutical quality control and astrobiology.

We describe an endpoint digital assay for quantifying nucleic acids with a simplified (analog) readout. We measure bulk fluorescence of droplet-based digital assays using a standard qPCR machine rather than specialized instrumentation and confirm our results by microscopy.

デジタル核酸定量アッセイの簡単な一括読み出し

Digital assays are powerful methods that enable detection of rare cells and counting of individual nucleic acid molecules. However, digital assays are ...

生物学

Digital Droplet Polymerase Chain Reaction for Indel Mutation Detection in Target Genes

Source: Carballar-Lejaraz&#250;, R., et al. <a href="https://app.jove.com/v/62607">Digital-Droplet PCR to Detect Indels Mutations in Genetically Modified Anopheline Mosquito Populations.</a> J. Vis. Exp. (2021).
This video demonstrates the role of digital droplet polymerase chain reaction in identifying indel mutation in a DNA sample. The high precision and sensitivity of ddPCR enable accurate and consistent detection of rare mutations present in a sample, even at low levels. It can identify and quantify indel mutations in different regions of the genome, providing valuable insights into the mechanisms of mutation and the functional consequences of these mutations.&#160;

標的遺伝子のインデル変異検出のためのデジタル液滴ポリメラーゼ連鎖反応

Source: Carballar-Lejaraz&#250;, R., et al. Digital-Droplet PCR to Detect Indels Mutations in Genetically Modified Anopheline Mosquito Populations. J. ...

JoVE Encyclopedia of Experiments

生物学的手法

PCR技術

Chip-in-a-Tube-Based Digital PCR for Quantification of Single Nucleotide Variants

Source: Kahyo, T., et al. <a href="https://app.jove.com/v/58199">Digital Polymerase Chain Reaction Assay for the Genetic Variation in a Sporadic Familial Adenomatous Polyposis Patient Using the Chip-in-a-tube Format.</a> J. Vis. Exp. (2018).
This video demonstrates the utility of digital PCR in a chip-in-a-tube format for the detection of single nucleotide variations in DNA samples. A single PCR reaction is partitioned into chambers that act as independent PCR reactions, and the detection of fluorescence signals from the amplified targets in the chambers is used to compute the frequency of the variant allele in the sample.

Chip-in-a-TubeベースのデジタルPCRによる単一ヌクレオチドバリアントの定量

Source: Kahyo, T., et al. Digital Polymerase Chain Reaction Assay for the Genetic Variation in a Sporadic Familial Adenomatous Polyposis Patient Using the ...

Droplet Digital Polymerase Chain Reaction: A Method to Generate Nanodroplet PCR Reactions for Detecting Rare Tumor Mutations

Source: Bonner, E. R. et al. <a href="https://www.jove.com/video/59721" target="_blank">Detection and Monitoring of Tumor Associated Circulating DNA in Patient Biofluids.</a> J. Vis. Exp. (2019)
In this video, we present a step-by-step procedure to generate emulsified nano-droplets to detect target nucleic acids by digital polymerase chain reaction or dPCR.

Droplet Digital Polymerase Chain Reaction:希少腫瘍変異検出のためのナノDroplet PCR反応作製法

Source: Bonner, E. R. et al. Detection and Monitoring of Tumor Associated Circulating DNA in Patient Biofluids. J. Vis. Exp. (2019)
In this video, we ...

空気圧液滴操作プラットフォームのマルチ塩基多型の視覚比色検出

要約

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マイクロ流体液滴のプラットフォームのための蛍光検出法

ホットスポット領域の変異の包括的かつ同時検出のための単一液滴デジタルポリメラーゼの連鎖反応

遺伝子組み換えアノフェリン蚊集団におけるインデル変異を検出するデジタル液滴PCR

光ファイバを用いて、液滴マイクロフルイディクスのための多色蛍光検出

キャピラリー配列で複数の核酸の視覚的検出

ポリマードロップレット生成装置によるメチル化特異的多重ドロップレットPCR

デジタル核酸定量アッセイの簡単な一括読み出し

標的遺伝子のインデル変異検出のためのデジタル液滴ポリメラーゼ連鎖反応

Chip-in-a-TubeベースのデジタルPCRによる単一ヌクレオチドバリアントの定量

Droplet Digital Polymerase Chain Reaction:希少腫瘍変異検出のためのナノDroplet PCR反応作製法

空気圧液滴操作プラットフォームのマルチ塩基多型の視覚比色検出

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マイクロ流体液滴のプラットフォームのための蛍光検出法

ホット スポット領域の変異の包括的かつ同時検出のための単一液滴デジタル ポリメラーゼの連鎖反応

遺伝子組み換えアノフェリン蚊集団におけるインデル変異を検出するデジタル液滴PCR

光ファイバを用いて、液滴マイクロフルイディクスのための多色蛍光検出

キャピラリー配列で複数の核酸の視覚的検出

ポリマードロップレット生成装置によるメチル化特異的多重ドロップレットPCR

デジタル核酸定量アッセイの簡単な一括読み出し

標的遺伝子のインデル変異検出のためのデジタル液滴ポリメラーゼ連鎖反応

Chip-in-a-TubeベースのデジタルPCRによる単一ヌクレオチドバリアントの定量

Droplet Digital Polymerase Chain Reaction:希少腫瘍変異検出のためのナノDroplet PCR反応作製法

ホットスポット領域の変異の包括的かつ同時検出のための単一液滴デジタルポリメラーゼの連鎖反応