この原稿の作成は、コロラド大学デンバー大学（JMRE）からのスタートアップファンドによってサポートされました。 AFはResearch and Creative Activities賞（RaCAS、CU Denver）の支援を受けたいと考えています。コロラド大学デンバー校の研究サービスオフィスからの報奨金は、出版費用をカバーすると認められています。私たちはビデオ部分での貢献について、Cassandra HerbertさんとYannick K. Dzowoさんに感謝したいと思います。

RNAオリゴヌクレオチドの固相合成<ol><li> 各ホスホラミダイトを含有する溶液の調製（表1）。 <ol><li>ヌクレオチドの数を数え、各塩基に対応するn + 1式（n =ヌクレオチドの数）に適合させ、欠損値を表に記入する。容積= 0.1Mの濃度でヌクレオチド当たり0.15mL、無水アセトニトリルに溶解した。 </li><li>各ホスホラミダイトをオーブン乾燥した10mLのアンバーボトル（Septum Top Amber 394 Amidite 13mm ID x 20mm OD Top）に入れ、直ちに乾燥剤を含むデシケーターを用いて真空下に置く。 </li><li>乾燥アルゴンでデシケータを満たし、ボトルを取り出し、対応する量のアセトニトリル（無水）で直ちに希釈してから、機器に固定します。 注記：気密シリンジを使用し、常に無水の雰囲気を保つようにしてください。 </li><li>ボトルからセプタムを取り出し、machine、ボトル変更機能を介して。 注：このプロセスでは、合成前にラインをプライミングするために、各溶液の追加0.15 mL（したがって、上記のn + 1式の余分な容量）が必要です。 </li></ol></li><li> ソフトウェアを用いたシーケンスおよび固相合成のセットアップ（ 図3 ）。 <ol><li>ソフトウェアアイコン（ 例： OligoNet 1.0.1）をクリックし、 機器名&gt; OKを選択します。 ファイル&gt;新規合成&gt;順序で新しい合成を作成します。 </li><li>記入：日付; RunID;楽器を選択する。シーケンス名。配列（5 &#39;から3&#39;末端）。 |サイクルの下で、前に作成したメソッドを割り当てます （ 図3 ）。エンド手順（ CPG樹脂に結合したオリゴヌクレオチドを残す）&gt;マニュアルを選択します。 </li><li> DMT Off&gt;を選択してください（合成の終わりに5&#39;-OH基を得る最後のステップでTCA処理） 。 ファイルを保存&gt;名前を付けて保存実験の名前を指定します。 </li><li>ファイルを送信して合成を開始するOrder&gt;シンセサイザに順序を送信して列を選択する 1-4 。シンセサイザーウィンドウを開き、 トリチルモニター|機能|トリティ|各ステップを選択を選択します 。 </li><li>一度に合成されるオリゴヌクレオチドの数に応じて必要に応じてステップを繰り返します（すべてのオーダーは同じ方法、 すなわち同じカップリング時間と一連の事象を有しなければならないことに注意してください）。 </li><li> シンセサイザを開始する準備を開始します。機器に表示されている位置に希望の3 &#39;端のカラムを置きます。計測器で、[ スタート]&gt; [いいえ ]（ABI準備用）をクリックします。 </li><li>合成が完了したら、カラムを機器から取り出し、丸底フラスコに入れ、減圧下で約0.5時間乾燥させる。 注記：深いオレンジ色がランドで観察されることを確認することをお勧めしますトリチルモニター機能からの潜在的なエラーを避けるために、カップリング（ステップ1.2.4~1.2.7）が必要である。 </li></ol></li><li> RNAオリゴヌクレオチドの脱保護および精製。 <ol><li>黒色のキャップをねじってカラムを開き、白色樹脂のすべて（または必要性または目的に応じて半分）を1.6 mL遠心チューブに移します。メチルアミン（水中40％）/アンモニア（水中40％）0.5mLを1：1で加える。 </li><li>パラフィルムで遠心チューブキャップを固定し、ヒートブロックを使用して60℃で1.5時間加熱します。 注：アンモニア濃度が反応チューブ内で一定に保たれるように、重いものをチューブの上に置くことができます。 </li><li>ヒートブロックから取り出し、室温までゆっくりと冷ます。試料を簡単に遠心分離して内容物を遠心分離し、上清を新しい遠心管に移す。 </li><li>チューブを液体窒素（またはドライアイス/エタノールバス）に浸してサンプルを凍結させ、スピンしながら乾固する減圧下で遠心分離する。 </li><li> 0.4mLのトリエチルアミン/ N-メチルピロリジノン/トリエチルアミン - トリヒドロフルオライド（2：2：3の比）溶液に固体を再懸濁する。 60℃で1.5時間加熱した後、室温までゆっくりと冷却する。 </li><li> 0.04mLのNaOAc溶液（3M、pH5.5 - HClで調整）を添加し、続いてピペットチップで穏やかに混合する。エタノール（1mL）を添加し、約1時間冷却する。 -70℃（ドライアイス/エタノール浴）15分間。 </li><li> 15,000 rpmで4℃で10分間遠心分離する。ピペットを使用してアリコートを抽出し、得られたペレットを減圧下で乾燥させる。 </li><li>得られた固体をローディングバッファー（0.2mL、90％水溶液ホルムアミド、1mM EDTA）に再懸濁し、混合物が均質になるまで混合する。 </li><li>予め調製したポリアクリルアミドゲル（20％変性、ウェルの寸法：30cm×1mm）に懸濁液をロードする22 。 </li><li>ブロモフェノールブルーマーカーが1/2〜2/3の間に位置するまでゲルに電流を流すゲルを下ろす（ゲルの寸法：〜21.5cm×30cm）。 </li><li>スタンドからゲルを取り出し、ガラスからプラスチックのラップ（両側を覆う）にゲルの内容物を移し、シリカで覆われた薄層クロマトグラフィー（TLC）プレート（254nmの蛍光色素を含む）上に置き、バンドを可視化するUVランプ（ λmax = 254nm）を用いて測定した。 </li><li>マーカーを使用して、上部バンドの位置を示し、新しいカミソリの刃を使用してカットします。 50mLコニカルチューブにRNAを含むゲル（プラスチックラップなし）を置き、ガラス棒を用いて小片に粉砕する。 </li><li>ゲル残留物をNaCl水溶液に懸濁する。溶液（2mMおよび1mM EDTA）で洗浄し、懸濁液を37℃で12時間振とうする。コニカルチューブを10分間遠心分離する。 </li><li>逆相C18カートリッジを使用して脱塩する。 <ol><li> 10 mL注射器を使用してカートリッジを次のもので洗浄して準備します。 アセトニトリル（10mL） H 2 O（2回、10mL） 5mMのNH4 Cl aq。溶液（3mL） RNAを含む溶液で、ゲル残渣のいずれかを注ぎ込まないように注意してください。 </li><li> H 2 O（3回、10mL）で洗浄する。 </li><li> 60％aq。を用いてカラムから溶出する。メタノール溶液（3mL） </li></ol></li><li>減圧下で濃縮し、RNaseフリー水（0.3mL）に再溶解する。 </li><li>希薄溶液（10μL）を調製し、UV-vis装置（ 例えば Nanodrop）に1μLを掛けてUV-可視スペクトル（200-450nm）を測定する。 </li><li>得られた溶液の濃度を決定するためにBeer Lambertの法則を使用します： <img alt="式1" src="/files/ftp_upload/56189/56189eq1.jpg" /> A =得られた吸光度; ε =計算されたモル吸光係数。 c =濃度、1mmの経路長に対してl = 0.1である。 </li><li>オリゴヌクレオチドのモル吸光係数を計算する。オンライン計算機でここで計算それはDINAMeltソフトウェア（http://unafold.ra.albany.edu/?q=dinamelt）23を使用しています</li></ol></li><li> MALDI-TOFを介した濃度の決定および特性評価。 <ol><li> C18チップを充填したピペットチップを使用してサンプルを脱塩し、各オリゴヌクレオチドをスポットする。 <ol><li>先端を50％アセトニトリル（10μL×2）で洗浄する。チップを0.1％トリフルオロ酢酸（TFA;10μL×2）で平衡化する。チップをチップにロードします（通常100-150 pmol）。 </li><li> 0.1％TFA（10μL×2）で、次いで水（10μL×2）でチップを洗浄する。 </li><li>所望のマトリックスを含む溶液に試料を溶出させる; 10μLの25mM-2,4,6-トリヒドロキシアセトフェノン一水和物（THAP）、10mMクエン酸アンモニウム、および300mMフッ化アンモニウムの50％アセトニトリル溶液を使用した。 </li><li> 0.9μLを析出させ（その後、空気乾燥させる）、そして必要に応じて手順を繰り返すことによって、MALDIプレート上に直接スポットする。 注：すべてのスペクトルは、反射体ポジモードで得られた。 </li></ol></li></ol></li></ol> CD 経由 2. RNAの構造解析<ol><li> CD用溶液の調製。 <ol><li>修飾RNA [3μM]、NaCl [10mM]、リン酸ナトリウム緩衝液[10mM、pH7.2]およびMgCl 2 [5mM]を含む0.25mLを調製する。このサンプルはそのまま、特に単分子トランジションであればそのまま分析の準備ができています。 </li><li>目的が二本鎖構造または二分子転移を分析することである場合は、現時点で補体（該当する場合は1モル当量）を添加するか、または下のステップを続行します。 </li><li> 90°Cに予熱したヒートブロックにサンプルを置き、室温までの低速冷却（通常2〜4時間）を制御するために熱をオフにします。 </li></ol></li><li> スペクトル取得 <ol><li>ブランク溶液（NaCl 10mM、リン酸ナトリウム10mM、pH7.3、MgCl 2 5mM）を調製し、マイクロキュベット（1cmの経路長、250μLの最小容量）を使用し、機器内のサンプルチェンジャーのホルダ位置に置きます。 </li><li> RNAを含むサンプルを別のマイクロキュベットに移し、サンプルチェンジャーにセットします。熱変性の変化を測定する場合は、水層を破壊することなく油の層を注意深く加え、テフロン（登録商標）テープを用いてキュベットのキャップを固定する。 </li><li>窒素タンクを開けて、機器に設置されたエアーフローターをca. 40.クーラーの電源を入れます。 </li><li>機器の電源を入れ、ソフトウェアのSpectra Managerアイコンを開き、取得ウィンドウのSpectra Measurementを開きます。 </li><li>取得する前に、機器を窒素で5分間パージしてください。 </li><li> Measure&gt; Parametersを使用してスペクトルを取得し、次のようにパラメータを調整します。 <ol><li> General（一般）で 、次の項目を選択します。Scan 200-350 nm;チャネルCDとHT：データピッチ0.1nm; 100nm /分における走査速度; 1nmにおけるバンド幅; 5での累積数。 </li><li> セル単位で20℃を選択します。 制御下では、シャッターは自動的に開閉されます。を選択します。 情報の下で、名前、濃度、演算子を選択します。 </li><li> データの下で、目的のフォルダを参照します。 [ OK]をクリックします。 </li></ol></li><li> 測定&gt;サンプル測定を行い 、それに応じてサンプルチェンジャー1-6のキュベットの位置を特定し、 OKをクリックします。 </li></ol></li><li> 熱変性に移行する場合： <ol><li>取得ソフトウェアを終了するファイル&gt;終了し、新しいプログラムを開きます。 可変温度測定&gt;測定&gt;パラメータ 。 </li><li>次のパラメータを適用して、必要に応じて調整可能な熱遷移を記録します。 <ol><li> 温度の下で開始温度を選択してください：4℃;間隔：0.2;タrget：90℃;勾配：1℃/分; 0秒待ちます。 「 開始/終了」で 、「開始条件と終了条件」を選択します。 </li><li> General（一般）で 、3 Channels、CD / HT / Absを選択します。帯域幅：1nm;波長：270nm（または必要に応じて）。 [ 制御]で[なし]を選択します。 情報の下で、名前、濃度、演算子を選択します。 </li><li> データの下で、目的のフォルダを参照します。 [ OK]をクリックします。 </li></ol></li><li>サンプルを4℃に冷却し、この温度で5分間放置してからスペクトル測定を行います。 </li></ol></li><li> スペクトルのデータ処理。 <ol><li>ソフトウェア上の関数を使用して、ターゲット取得からのブランクスペクトルを減算し、使用中のバッファーシステムから生じるバックグラウンドシグナルを考慮に入れます： Spectra Analysis&gt; File&gt; Open 。 </li><li>空白のファイルとスペク​​トルファイルを開いたら、ビュー1の下のビュー2（画面の左側）をドラッグします。 </li><li> Prをクリックocessing&gt; subtraction&gt; OKまたは交換データ&gt; OKをクリックします。 </li><li>データをASCIIファイルとして抽出します： ファイル&gt;エクスポートを選択し、 ASCIIを選択します。 </li><li>ソフトウェアを使用して、対応するスペクトルをプロットします。信号対雑音比が予想よりも低い場合、データの平滑化はオプションです。この変換は、平滑化データオプションを適用することによって適用できます。 </li></ol></li><li> 熱変性転移のためのデータワークアップ。 <ol><li> ASCIIファイルとしてJASCOファイルからデータを抽出します。 </li><li>楕円率の点を温度の関数としてプロットする。典型的には、検査される波長に応じてデータの平滑化が必要である。ある場合には、210nmでの波長の使用は平滑化を必要とするプロット間のより大きな変動を示した。しかし、試料および濃度に応じて、生データを用いて多数の計算が行われた。 </li><li>サーマルデンを計算するにはaturation遷移（T mの）値は、曲線の一次導関数を得ます。最大値または最小値は、このパラメータの指標であった。前のステップと同様に、最も正確な値を得るためにデータの平滑化が必要な場合もありました。 注：実験は、典型的には三連で実施され、その結果、対応する測定の平均および標準偏差が得られた。 </li></ol></li></ol>

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著者は何も開示することはない。

この原稿の目的は、DNAまたはRNAのオリゴヌクレオチドの合成を首尾よく達成または促進するための、初心者または専門家の分野の研究者へのガイドとして役立つことである。記載された方法論は、標準的なホスホロアミダイト化学を介した自動DNA / RNA合成装置を用いた固相合成の使用に焦点を当てている。この報告書は、RNAドデカマーの合成、精製、および特徴付けの段階的描写について記?...

DNA / RNAのオリゴヌクレオチドを得るために、固相合成は、ホスホルアミダイトビルディングブロック4を使用して、1970年代1は、様々な分野でいくつかのアプリケーションを配信している強力なツールである2,3。その広範な影響の例としては、その6をプローブ構造（クリック化学反応を介して ）標識の衝撃5、、およびアンチセンス技術7、ならびに遺伝物質10のような生物学的機構8、9、ソースのその解明、および研究を我々はここで使用する多くothers.The修飾のうち種々の天然および/または化学修飾11、12、含有RNAオリゴヌクレオチドを得るための努力の最初のステップを表しますこの重要な生体高分子の構造および機能の時間的制御を可能にする光活性プローブ。 5 &#39; - [CUA CG G A AU CAU] -3&#39; / 5 &#39; - [AUG AUU CCG UAG] -3&#39;（下線部はC2&#39;- O-チオフェニルメチル修飾の取り込みを表す）を用いたRNAドデカマーの合成）が本研究の焦点となる。この配列は、RNA鎖の単鎖またはその対応する二本鎖構造（他の二次構造は熱力学的に安定であるとは予測されなかった）として定量化および測定できるように選択した。 CDを使用して、構造パラメーター、 すなわち二本鎖形成および熱変性転移を確立した。 合成 これらのオリゴヌクレオチドを得るための全体的な手順を図1に示し、段階的方法に従う：自動化された固相合成→Depr検出→定量→定量→特徴付け。 図2は、この手順で必要な単量体単位を示す 。それはホスホラミダイト化学（ 図2、左）およびG、A及びC上の求核性環外アミン、 例えばための塩基に不安定な保護基の使用に基づいているという点で、RNAの固相合成は、DNAの場合と同様ですアセチル、ベンゾイル、フェノキシアセチル、 t-ブチルまたはN 、 N-ジメチルホルムアミド（ 図2 、右）。 C2&#39;-OH基（デオキシオリゴヌクレオチドバイオポリマーに欠けている）の存在に起因してRNAにおいて考慮すべきもう一つの側面は、この求核位置の保護および引き続く脱保護のために取り込まなければならない追加の工程である。この点で、ケイ素系保護基は、それらが双直交部分としての可能性のために魅力的な戦略になっている（特定tert-ブチルジメチルシリル（TBDMS）およびトリイソプロピルシリルオキシメチル（TOM）基を一般的な選択肢（ 図2 、左下）として使用して、フッ素の存在下で脱保護する。 この研究では、標準的なホスホルアミダイト化学を用いるDNA / RNA合成装置で自動合成を行った。装置の製造者の設定には、DNA用のホスホラミダイトの市販バージョンを使用する場合の自動希釈ステップ、またはユーザーが設定した容量で希釈するオプションが含まれる。しかし、我々は、RNAホスホラミダイトの重量を量り、手動で希釈することを決めた。すなわち、1）RNAのカノニカルホスホラミダイトの価格がより高い（場合によっては50倍も高価である）。 2）修飾ホスホラミダイトはしばしば少量で得られる。 3）自動化された希釈ステップ（製造業者によって設定）を使用する際の無駄な物質の量が多い。さらに、我々は、1）市販の固体支持体3 &#39;末端として機能するように保護された核酸塩基を含む核酸分子（ 例えば 、CPG） 2）C2&#39;- O-位置でTBDMS基で保護された市販のホスホラミダイト（カノニカル核酸塩基）。合成工程の詳細なリストは、RNA合成のために調整された工程に関するさらなる説明およびコメントとともに、 図3および表1に示されている。さらに、 図4は、各脱トリチル化工程から放出されたトリチルカチオンを定量する「トリチルモニター」オプションを選択した後の各ステップについて観察された段階的収率を示す。 典型的には、我々の経験では、制限因子は所望の修飾を含むホスホラミダイトを得ることであったことは注目に値する。すなわち、選択された部位に修飾の取り込みを可能にする合成方法の開発である。このレポートでは、対応する合成方法論であるC2&#39;- O-チオフェニルメチル基を確立した修飾ヌクレオチドの組み込み。この群は、サイズが小さく、固相合成に何ら影響を与えない。この群のRNAのオリゴヌクレオチドへの取り込みが構造的および熱力学的パラメーター4と共に報告されているので、修飾されたホスホラミダイトをもたらす有機合成の態様は本明細書に記載されない。 脱保護、精製およびキャラクタリゼーション 環外アミンおよびβ-シアノエチル基の脱保護は、CPG樹脂からの切断と同じ工程で起こる。得られた樹脂をAMAの水溶液の存在下で加熱し、フッ化物イオンの存在下でC2&#39;- O-シリル基を開裂させ、次いでゲルを介して精製するという一般的な条件を適用した電気泳動。これらは、多くの場合、標準的な条件、より穏やかな条件13、14、 例えば 、メタノール/炭酸カリウム（メタノール/ K 2 CO 3）、又はブチルアミンを必要とすることが基本条件またはフッ化物イオンに不安定な変更になってきています。したがって、対応するホスホラミダイト上の異なるセットの保護基が必要である。さらに、本発明者らは、この方法の以前の経験および他の機器の欠如を考慮して、脱保護されたオリゴマーを精製するための好ましい代替物として電気泳動を選択した。しかし、代わりにHPLCを有効な方法として使用することも可能である15 。精製されたオリゴヌクレオチドの特徴付けは、質量分析、マトリックス支援レーザー脱離/イオン化 - 飛行時間（MALDI-TOF）を介して、我々のグループ16による報告された手順を用いて行った。 構造的特徴付けとその<html>得られた二重鎖の安定性はCD を介して行った。具体的には、CDを用いて、修飾されたRNAおよび修飾されていないRNAの熱変性転移を、バンドの楕円率の低下をca. （負の楕円率を有する）バンドの消失とともに、210nmでのλmaxでの消光を示す。ハイブリダイゼーションの前後のスペクトル比較は、それらの違いを説明し、使用された方法論のバリデーションを提供するために提供される。 CDの使用は、核酸およびアミノ酸17の構造モチーフの決定において広く受け入れられており、したがって、様々な構造および熱力学的パラメーターを決定するためのツールとして使用することができる18 。しかしながら、この技術を熱変性の変化を評価するために用いる多くの例はない。いくつかの場合には、G-quadruplexesを含むDNAに対する熱安定性の決定が含まれる尻=「外部参照」&gt; 19、20、または二本鎖RNAと21のヘアピンです。 このレポートは、非専門家の読者または視聴者に、この種の研究を円滑に開始するための一連のツールを提供する予定です。このエキサイティングな科学分野に関わる他の研究機関の方法論や技術を強化し、比較するのに役立ちます。このレポートの内容は、さまざまな情報源からこのテクノロジーの既存のプロトコルを追加し、各ステップの視覚的な援助の経験を豊かにし、容易にします。

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="778">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:445px;">AbsolveTM</td>
			<td style="width:152px;">PerkinElmer</td>
			<td style="width:117px;">6NE9711</td>
			<td style="width:64px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Acetonitrile 99.9%, HPLC Grade</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>75-05-8</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Acetonitrile 99.9%, anhydrous for DNA sequencing</td>
			<td>Fisher BioReagents</td>
			<td>75-05-8</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Acrylamide, 99+%</td>
			<td>ACROS Organics</td>
			<td>164850025</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Ammonium chloride 98+%</td>
			<td>Alfa Aesar</td>
			<td>12125-02-9</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Ammonium citrate, dibasic 98%</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>3012-65-5</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Ammonium Fluoride&#160; 98.0%, ACS grade</td>
			<td>Alfa Aesar</td>
			<td>12125-01-8</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Ammonium hydroxide 28-30% in water, ACS Plus</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>1336-21-6</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Ammonium persulfate</td>
			<td>ACROS Organics</td>
			<td>1444</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Argon-ultra high purity</td>
			<td>&#160;Airgas</td>
			<td>7440-37-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Bis-acrylamide Ultra pure</td>
			<td>VWR-Amresco</td>
			<td>172</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Boric Acid</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A73-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Diethyl pyrocarbonate, 97%</td>
			<td>ACROS Organics</td>
			<td>A0368487</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Ethanol, anhydrous, histological grade</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>64-17-5</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Ethylenediamine tetraacetic acid, disodium salt dehydrate 100.2%</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>6381-92-6</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Formamide&#160;</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>75-12-7</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Hydrochloric acid, 36.5-38.0%, Certified ACS Plus</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>7647-01-0</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Magnesium chloride hexahydrate, 99%</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>7786-30-3</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Methanol, 99.9%,&#160; HPLC Grade</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>67-56-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Methylamine 40% in water</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>74-89-5</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">1-Methyl-2-pyrrolidinone, andhydrous, 99.5%</td>
			<td>Aldrich</td>
			<td>872-50-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Opti-TOFTM 96 Well Insert (123 x 81 mm)&#160;</td>
			<td>MDS SCIEX</td>
			<td>1020157</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">RNase Away</td>
			<td>Molecular BioProducts</td>
			<td>7005-11</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Sodium acetate, anhydrous 99.2%, Certified ACS</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>127-09-3</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Sodium chloride, 100.5%, Certified ACS</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>7647-14-5</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Sodium phosphate monobasic dihydrate 99.0%</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>13472-35-0</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">2&#8217;,4&#8217; Triethylamine, 99+%</td>
			<td>Alfa Aesar</td>
			<td>121-44-8</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">TEMED</td>
			<td>Amresco</td>
			<td>761</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Triethylamine trihydrofluoride, 98%</td>
			<td>Aldrich</td>
			<td>73602-61-6</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Trifluoroacetic acid, 99%</td>
			<td>Alfa Aesar</td>
			<td>76-05-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">6&#8217;-Trihydroxyacetophenone monohydrate 98%</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>480-66-0</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Tris Base</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP154-3</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Urea</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>U15-3</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Reagents for the RNA synthesis:</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Deblocking mix, 3% trichloroacetic acid in dichloromethane</td>
			<td>Glen Research</td>
			<td>&#160;40-4140-57</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Cap Mix A, THF/Pyridine/Acetic anhydride</td>
			<td>Glen Research</td>
			<td>40-4110-52</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Cap Mix B, 10% 1-methylimidazole in THF</td>
			<td>Glen Research</td>
			<td>40-4120-52</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Activator, 0.25 M 5-ethylthio-1H-tetrazole in anhydrous acetonitrile</td>
			<td>Glen Research</td>
			<td>&#160;30-3140-52</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Oxidizing Solution, 0.02 M iodine in THF/Pyridine/Water</td>
			<td>Glen Research</td>
			<td>40-4330-52</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">U-RNA-CPG</td>
			<td>Glen Research</td>
			<td>20-3330-xx</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Ac-G-RNA-CPG&#160;</td>
			<td>Glen Research</td>
			<td>20-3324-xx</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Ac-G-CE Phosphoramidite&#160;</td>
			<td>Glen Research</td>
			<td>10-3025-xx</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">U-CE Phosphoramidite</td>
			<td>Glen Research</td>
			<td>10-3030-xx</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Ac-C-CE Phosphoramidite</td>
			<td>Glen Research</td>
			<td>10-3015-xx</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Bz-A-CE Phosphoramidite&#160;</td>
			<td>Glen Research</td>
			<td>10-3003-xx</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

protocol for the solid-phase synthesis of oligomers of rna containing a 2'-o-thiophenylmethyl modification and characterization via circular dichroism

固相合成は、様々な分野および異なる研究目的での応用のための一般的な方法論にしてきた核酸、特にDNAまたはRNAのカノニカルおよび修飾ポリマーを得るために使用されてきた。本明細書に記載の手順は、C2 &#39; O位に位置する0個、1個または2個の修飾を含むRNA5&#39; - [CUA CGG AAU CAU] -3 &#39;のドデカマーの合成、精製および特徴づけに焦点を当てている。プローブは、2-チオフェニルメチル基に基づいており、標準的な有機合成によってRNAヌクレオチドに組み込まれ、それぞれのホスホルアミダイトを介して対応するオリゴヌクレオチドに導入される。この報告では、2&#39;- O-メチルアミノ基で修飾された2-チオフェニルメチル官能基化ヌクレオチドと同様に、4つの標準核酸塩基（Uridine（U）、Cytosine（C）、Guanosine（G）、Adenosine（A））を介したホスホラミダイト化学、ポジション;しかし、この方法論は大きなvar何年にもわたって開発されてきた変更の数々。オリゴヌクレオチドは、制御された孔のガラス（CPG）支持体上で合成され、続いて樹脂から切断され、標準的な条件、 すなわちアンモニアとメチルアミン（AMA）、続いてフッ化水素/トリエチルアミン/ N-メチルピロリジノンの混合物の下で脱保護された。対応するオリゴヌクレオチドは、逆相クロマトグラフィー（9-PAK、C 18 -カラム）を介して溶出、脱塩、及び単離に続いて、ポリアクリルアミド電気泳動（20％変性）を介して精製しました。 UV可視（UV-vis）および円二色性（CD）光度分析により、定量化および構造パラメータを評価した。このレポートは、この分野に着手するのに興味がある初心者や専門家のためのリソースとガイドとして役立つことを目指しています。新しい技術と方法論が開発されるにつれて、それは進行中の仕事として役立つことが期待されています。 thi内の方法論とテクニックの記述ホスホラミダイト化学を使用するDNA / RNA合成装置（2013年に改装され購入された）に対応しています。

C2&#39;- O-位に0個、1個または2個の2-チオフェニルメチル修飾を含むRNAドデカマーの合成を、対応する精製および特徴付けとともに記載する。さらに、CDを介して行われた構造解析の詳細な説明も含まれています。 固相合成によってRNAの4つの鎖（相補的配列を有する鎖を含む）を得た後、各オリゴヌクレオチドの300~70...

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Protocol for the Solid-phase Synthesis of Oligomers of RNA Containing a 2'-O-thiophenylmethyl Modification and Characterization via Circular Dichroism

この記事では、C2&#39;- O-位置で修飾されたRNAのドデカマーの固相合成、精製、およびキャラクタリゼーションに関する詳細な手順を提供します。 UV-visおよび円二色性光度分析を用いて、構造的側面、 すなわち一本鎖または二本鎖を定量化および特徴づける。

2 &#39;末端を含むRNAのオリゴマーの固相合成のためのプロトコール<em&gt; O</em&gt;チオフェンメチル修飾と環状二色性によるキャラクタリゼーション

Solid-phase synthesis has been used to obtain canonical and modified polymers of nucleic acids, specifically of DNA or RNA, which has made it a popular ...

protocol-for-solid-phase-synthesis-oligomers-rna-containing-2-o

Research

JoVE Journal

Chemistry

Protocol for the Solid-phase Synthesis of Oligomers of RNA Containing a 2'-O-thiophenylmethyl Modification and Characterization via Circular Dichroism

18.9K ビュー.  University of Colorado Denver. この記事では、C2'- O-位置で修飾されたRNAのドデカマーの固相合成、精製、およびキャラクタリゼーションに関する詳細な手順を提供します。 UV-visおよび円二色性光度分析を用いて、構造的側面、 すなわち一本鎖または二本鎖を定量化および特徴づける。 

ビデオ: Protocol for the Solid-phase Synthesis of Oligomers of RNA Containing a 2'-O-thiophenylmethyl Modification and Characterization via Circular Dichroism

Split-and-pool Synthesis and Characterization of Peptide Tertiary Amide Library

Peptidomimetics are great sources of protein ligands. The oligomeric nature of these compounds enables us to access large synthetic libraries on solid phase by using combinatorial chemistry. One of the most well studied classes of peptidomimetics is peptoids. Peptoids are easy to synthesize and have been shown to be proteolysis-resistant and cell-permeable. Over the past decade, many useful protein ligands have been identified through screening of peptoid libraries. However, most of the ligands identified from peptoid libraries do not display high affinity, with rare exceptions. This may be due, in part, to the lack of chiral centers and conformational constraints in peptoid molecules. Recently, we described a new synthetic route to access peptide tertiary amides (PTAs). PTAs are a superfamily of peptidomimetics that include but are not limited to peptides, peptoids and N-methylated peptides. With side chains on both &#945;-carbon and main chain nitrogen atoms, the conformation of these molecules are greatly constrained by sterical hindrance and allylic 1,3 strain. (Figure 1) Our study suggests that these PTA molecules are highly structured in solution and can be used to identify protein ligands. We believe that these molecules can be a future source of high-affinity protein ligands. Here we describe the synthetic method combining the power of both split-and-pool and sub-monomer strategies to synthesize a sample one-bead one-compound (OBOC) library of PTAs.

Peptide tertiary amides (PTAs) are a superfamily of peptidomimetics that include but are not limited to peptides, peptoids and N-methylated peptides. Here we describe a synthetic method which combines&#160;both split-and-pool and sub-monomer strategies to synthesize a one-bead one-compound library of PTAs.

ペプチド第三級アミドライブラリのスプリット·アンド·プールの合成とキャラクタリゼーション

Peptidomimetics are great sources of protein ligands. The oligomeric nature of these compounds enables us to access large synthetic libraries on solid ...

化学

Synthesis and Characterization of Functionalized Metal-organic Frameworks

Metal-organic frameworks have attracted extraordinary amounts of research attention, as they are attractive candidates for numerous industrial and technological applications. Their signature property is their ultrahigh porosity, which however imparts a series of challenges when it comes to both constructing them and working with them. Securing desired MOF chemical and physical functionality by linker/node assembly into a highly porous framework of choice can pose difficulties, as less porous and more thermodynamically stable congeners (e.g., other crystalline polymorphs, catenated analogues) are often preferentially obtained by conventional synthesis methods. Once the desired product is obtained, its characterization often requires specialized techniques that address complications potentially arising from, for example, guest-molecule loss or preferential orientation of microcrystallites. Finally, accessing the large voids inside the MOFs for use in applications that involve gases can be problematic, as frameworks may be subject to collapse during removal of solvent molecules (remnants of solvothermal synthesis). In this paper, we describe synthesis and characterization methods routinely utilized in our lab either to solve or circumvent these issues. The methods include solvent-assisted linker exchange, powder X-ray diffraction in capillaries, and materials activation (cavity evacuation) by supercritical CO2 drying. Finally, we provide a protocol for determining a suitable pressure region for applying the Brunauer-Emmett-Teller analysis to nitrogen isotherms, so as to estimate surface area of MOFs with good accuracy.

Synthesis, activation, and characterization of intentionally designed metal-organic framework materials is challenging, especially when building blocks are incompatible or unwanted polymorphs are thermodynamically favored over desired forms. We describe how applications of solvent-assisted linker exchange, powder X-ray diffraction in capillaries and activation via supercritical CO2 drying, can address some of these challenges.

官能化有機金属構造体の合成とキャラクタリゼーション

Metal-organic frameworks have attracted extraordinary amounts of research attention, as they are attractive candidates for numerous industrial and ...

Synthetic Methodology for Asymmetric Ferrocene Derived Bio-conjugate Systems via Solid Phase Resin-based Methodology

Early detection is a key to successful treatment of most diseases, and is particularly imperative for the diagnosis and treatment of many types of cancer. The most common techniques utilized are imaging modalities such as Magnetic Resonance Imaging (MRI), Positron Emission Topography (PET), and Computed Topography (CT) and are optimal for understanding the physical structure of the disease but can only be performed once every four to six weeks due to the use of imaging agents and overall cost. With this in mind, the development of &#8220;point of care&#8221; techniques, such as biosensors, which evaluate the stage of disease and/or efficacy of treatment in the clinician&#8217;s office and do so in a timely manner, would revolutionize treatment protocols.1 As a means to exploring ferrocene based biosensors for the detection of biologically relevant molecules2, methods were developed to produce ferrocene-biotin bio-conjugates described herein. This report will focus on a biotin-ferrocene-cysteine system that can be immobilized on a gold surface.

The synthesis of asymmetric species of ferrocene is challenging using solution techniques. This report focuses on the methods carried out to produce a ferrocene-biotin bioconjugate using facile and clean reactions accomplished via solid-phase synthesis. Incorporation of a thiolate moiety is shown to impart the ability for immobilization on gold surfaces.

固相樹脂系の方法論を経由して、非対称フェロセン派生バイオコンジュゲートシステムのための合成方法論

Early detection is a key to successful treatment of most diseases, and is particularly imperative for the diagnosis and treatment of many types of cancer. ...

The Synthesis, Characterization and Reactivity of a Series of Ruthenium N-triphosPh Complexes

Herein we report the synthesis of a tridentate phosphine ligand N(CH2PPh2)3 (N-triphosPh) (1) via a phosphorus based Mannich reaction of the hydroxylmethylene phosphine precursor with ammonia in methanol under a nitrogen atmosphere. The N-triphosPh ligand precipitates from the solution after approximately 1 hr of reflux and can be isolated analytically pure via simple cannula filtration procedure under nitrogen. Reaction of the N-triphosPh ligand with [Ru3(CO)12] under reflux affords a deep red solution that show evolution of CO gas on ligand complexation. Orange crystals of the complex [Ru(CO)2{N(CH2PPh2)3}-&#954;3P] (2) were isolated on cooling to RT. The 31P{1H} NMR spectrum showed a characteristic single peak at lower frequency compared to the free ligand. Reaction of a toluene solution of complex 2 with oxygen resulted in the instantaneous precipitation of the carbonate complex [Ru(CO3)(CO){N(CH2PPh2)3}-&#954;3P] (3) as an air stable orange solid. Subsequent hydrogenation of 3 under 15 bar of hydrogen in a high-pressure reactor gave the dihydride complex [RuH2(CO){N(CH2PPh2)3}-&#954;3P] (4), which was fully characterized by X-ray crystallography and NMR spectroscopy. Complexes 3 and 4 are potentially useful catalyst precursors for a range of hydrogenation reactions, including biomass-derived products such as levulinic acid (LA). Complex 4 was found to cleanly react with LA in the presence of the proton source additive NH4PF6 to give [Ru(CO){N(CH2PPh2)3}-&#954;3P{CH3CO(CH2)2CO2H}-&#954;2O](PF6) (6).

The Synthesis, Characterization and Reactivity of a Series of Ruthenium N-triphosPh Complexes

Ruthenium phosphine complexes are widely used for homogeneous catalytic reactions such as hydrogenations. The synthesis of a series of novel tridentate ruthenium complexes bearing the N-triphos ligand N(CH2PPh2)3 is reported. Additionally, the stoichiometric reaction of a dihydride Ru&#8211;N-triphos complex with levulinic acid is described.

ルテニウムのシリーズの合成、キャラクタリゼーションと反応性<em&gt; N</em&gt; -triphos<sup&gt; Phで</sup&gt;錯体

Herein we report the synthesis of a tridentate phosphine ligand N(CH2PPh2)3 (N-triphosPh) (1) via a phosphorus based Mannich reaction of the ...

A Direct, Early Stage Guanidinylation Protocol for the Synthesis of Complex Aminoguanidine-containing Natural Products

The guanidine functional group, displayed most prominently in the amino acid arginine, one of the fundamental building blocks of life, is an important structural element found in many complex natural products and pharmaceuticals. Owing to the continual discovery of new guanidine-containing natural products and designed small molecules, rapid and efficient guanidinylation methods are of keen interest to synthetic and medicinal organic chemists. Because the nucleophilicity and basicity of guanidines can affect subsequent chemical transformations, traditional, indirect guanidinylation is typically pursued. Indirect methods commonly employ multiple protection steps involving a latent amine precursor, such as an azide, phthalimide, or carbamate. By circumventing these circuitous methods and employing a direct guanidinylation reaction early in the synthetic sequence, it was possible to forge the linear terminal guanidine containing backbone of clavatadine A to realize a short and streamlined synthesis of this potent factor XIa inhibitor. In practice, guanidine hydrochloride is elaborated with a carefully constructed protecting array that is optimized to survive the synthetic steps to come. In the preparation of clavatadine A, direct guanidinylation of a commercially available diamine eliminated two unnecessary steps from its synthesis. Coupled with the wide variety of known guanidine protecting groups, direct guanidinylation evinces a succinct and efficient practicality inherent to methods that find a home in a synthetic chemist&#39;s toolbox.

Here, we present a protocol for direct, early stage guanidinylation that enables rapid total synthesis of aminoguanidine-containing small organic molecules. An advanced synthetic intermediate used in the synthesis of a blood coagulation factor XIa inhibitor was prepared using this protocol.

複雑なアミノグアニジン含有天然物の合成のための直接、早期グアニジニルプロトコル

The guanidine functional group, displayed most prominently in the amino acid arginine, one of the fundamental building blocks of life, is an important ...

Protocol for the Synthesis of Ortho-trifluoromethoxylated Aniline Derivatives

Molecules bearing trifluoromethoxy (OCF3) group often show desired pharmacological and biological properties. However, facile synthesis of trifluoromethoxylated aromatic compounds remains a formidable challenge in organic synthesis. Conventional approaches often suffer from poor substrate scope, or require use of highly toxic, difficult-to-handle, and/or thermally labile reagents. Herein, we report a user-friendly protocol for the synthesis of methyl 4-acetamido-3-(trifluoromethoxy)benzoate using 1-trifluoromethyl-1,2-benziodoxol-3(1H)-one (Togni reagent II). Treating methyl 4-(N-hydroxyacetamido)benzoate (1a) with Togni reagent II in the presence of a catalytic amount of cesium carbonate (Cs2CO3) in chloroform at RT afforded methyl 4-(N-(trifluoromethoxy)acetamido)benzoate (2a). This intermediate was then converted to the final product methyl 4-acetamido-3-(trifluoromethoxy)benzoate (3a) in nitromethane at 120 &#176;C. This procedure is general and can be applied to the synthesis of a broad spectrum of ortho-trifluoromethoxylated aniline derivatives, which could serve as useful synthetic building blocks for the discovery and development of new pharmaceuticals, agrochemicals, and functional materials.

Protocol for the Synthesis of Ortho-trifluoromethoxylated Aniline Derivatives

An operationally simple procedure for the synthesis of ortho-trifluoromethoxylated aniline derivatives via a two-step sequence of O-trifluoromethylation of N-aryl-N-hydroxyacetamide followed by thermally induced intramolecular OCF3-migration is reported.

の合成のためのプロトコル<em&gt;オルソ</em&gt; -trifluoromethoxylatedアニリン誘導体

Molecules bearing trifluoromethoxy (OCF3) group often show desired pharmacological and biological properties. However, facile synthesis of ...

Synthesis and Characterization of Supramolecular Colloids

Control over colloidal assembly is of utmost importance for the development of functional colloidal materials with tailored structural and mechanical properties for applications in photonics, drug delivery and coating technology. Here we present a new family of colloidal building blocks, coined supramolecular colloids, whose self-assembly is controlled through surface-functionalization with a benzene-1,3,5-tricarboxamide (BTA) derived supramolecular moiety. Such BTAs interact via directional, strong, yet reversible hydrogen-bonds with other identical BTAs. Herein, a protocol is presented that describes how to couple these BTAs to colloids and how to quantify the number of coupling sites, which determines the multivalency of the supramolecular colloids. Light scattering measurements show that the refractive index of the colloids is almost matched with that of the solvent, which strongly reduces the van der Waals forces between the colloids. Before photo-activation, the colloids remain well dispersed, as the BTAs are equipped with a photo-labile group that blocks the formation of hydrogen-bonds. Controlled deprotection with UV-light activates the short-range hydrogen-bonds between the BTAs, which triggers the colloidal self-assembly. The evolution from the dispersed state to the clustered state is monitored by confocal microscopy. These results are further quantified by image analysis with simple routines using ImageJ and Matlab. This merger of supramolecular chemistry and colloidal science offers a direct route towards light- and thermo-responsive colloidal assembly encoded in the surface-grafted monolayer.

A protocol for the synthesis and characterization of colloids coated with supramolecular moieties is described. These supramolecular colloids undergo self-assembly upon the activation of the hydrogen-bonds between the surface-anchored molecules by UV-light.

超分子コロイドの合成とキャラクタリゼーション

Control over colloidal assembly is of utmost importance for the development of functional colloidal materials with tailored structural and mechanical ...

Synthesis of Protein Bioconjugates via Cysteine-maleimide Chemistry

The chemical linking or bioconjugation of proteins to fluorescent dyes, drugs, polymers and other proteins has a broad range of applications, such as the development of antibody drug conjugates (ADCs) and nanomedicine, fluorescent microscopy and systems chemistry. For many of these applications, specificity of the bioconjugation method used is of prime concern. The Michael addition of maleimides with cysteine(s) on the target proteins is highly selective and proceeds rapidly under mild conditions, making it one of the most popular methods for protein bioconjugation.
We demonstrate here the modification of the only surface-accessible cysteine residue on yeast cytochrome c with a ruthenium(II) bisterpyridine maleimide. The protein bioconjugation is verified by gel electrophoresis and purified by aqueous-based fast protein liquid chromatography in 27% yield of isolated protein material. Structural characterization with MALDI-TOF MS and UV-Vis is then used to verify that the bioconjugation is successful. The protocol shown here is easily applicable to other cysteine - maleimide coupling of proteins to other proteins, dyes, drugs or polymers.

Synthesis of Protein Bioconjugates via Cysteine-maleimide Chemistry

This protocol details the important steps required for the bioconjugation of a cysteine containing protein to a maleimide, including reagent purification, reaction conditions, bioconjugate purification and bioconjugate characterization.

タンパク質のバイオコンジュゲートの合成<em&gt;経由で</em&gt;システイン - マレイミドケミストリー

The chemical linking or bioconjugation of proteins to fluorescent dyes, drugs, polymers and other proteins has a broad range of applications, such as the ...

Microfluidic Dry-spinning and Characterization of Regenerated Silk Fibroin Fibers

The protocol demonstrates a method for mimicking the spinning process of silkworm. In the native spinning process, the contracting spinning duct enables the silk proteins to be compact and ordered by shearing and elongation forces. Here, a biomimetic microfluidic channel was designed to mimic the specific geometry of the spinning duct of the silkworm. Regenerated silk fibroin (RSF) spinning doped with high concentration, was extruded through the microchannel to dry-spin fibers at ambient temperature and pressure. In the post-treated process, the as-spun fibers were drawn and stored in ethanol aqueous solution. Synchrotron radiation wide-angle X-ray diffraction (SR-WAXD) technology was used to investigate the microstructure of single RSF fibers, which were fixed to a sample holder with the RSF fiber axis normal to the microbeam of the X-ray. The crystallinity, crystallite size, and crystalline orientation of the fiber were calculated from the WAXD data. The diffraction arcs near the equator of the two-dimensional WAXD pattern indicate that the post-treated RSF fiber has a high orientation degree.

A protocol for the microfluidic spinning and microstructure characterization of regenerated silk fibroin monofilament is presented.

マイクロ流体ドライ回転と再生絹フィブロイン繊維の特性

The protocol demonstrates a method for mimicking the spinning process of silkworm. In the native spinning process, the contracting spinning duct enables ...

Synthesis of Substrate-Bound Au Nanowires Via an Active Surface Growth Mechanism

Advancing synthetic capabilities is important for the development of nanoscience and nanotechnology. The synthesis of nanowires has always been a challenge, as it requires asymmetric growth of symmetric crystals. Here, we report a distinctive synthesis of substrate-bound Au nanowires. This template-free synthesis employs thiolated ligands and substrate adsorption to achieve the continuous asymmetric deposition of Au in solution at ambient conditions. The thiolated ligand prevented the Au deposition on the exposed surface of the seeds, so the Au deposition only occurs at the interface between the Au seeds and the substrate. The side of the newly deposited Au nanowires is immediately covered with the thiolated ligand, while the bottom facing the substrate remains ligand-free and active for the next round of Au deposition. We further demonstrate that this Au nanowire growth can be induced on various substrates, and different thiolated ligands can be used to regulate the surface chemistry of the nanowires. The diameter of the nanowires can also be controlled with mixed ligands, in which another &#34;bad&#34; ligand could turn on the lateral growth. With the understanding of the mechanism, Au nanowire-based nanostructures can be designed and synthesized.

We report a solution-based method to synthesize substrate-bound Au nanowires. By tuning the molecular ligands used during the synthesis, the Au nanowires can be grown from various substrates with different surface properties. Au nanowire-based nanostructures can also be synthesized by adjusting the reaction parameters.